The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
56
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sequence length |
231
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structure length |
225
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Chain Sequence |
SGSMIEYIIGALGLIIASVQDEIEDYIWIFLAVFGVLFAIYSSITLLDYSILINSISGFVICFILGYMMFLSGIGGGDGKMLIGLGALVPKFQMPIYTSLGTLLNLNYVPTFPIMVFINGIFFMVFLPFVILFRNILNGARPKTGKEFILMFFGEKMKVNVAKEQKRLIMGQNDKINFFPADEDFSKYSNNEEIWVTPQIPLIIPITLSYLVTPIIGDRILDFLI
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
The crystal structure of GXGD membrane protease FlaK.
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
Peptidase A24B, FlaK domain protein
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| molecule tags |
Hydrolase
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| source organism |
Methanococcus maripaludis
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| total genus |
56
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| structure length |
225
|
| sequence length |
231
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| chains with identical sequence |
B
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| ec nomenclature |
ec
3.4.23.52: Preflagellin peptidase. |
| pdb deposition date | 2011-05-13 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF01478 | Peptidase_A24 | Type IV leader peptidase family |
| A | PF06847 | Arc_PepC_II | Archaeal Peptidase A24 C-terminus Type II |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Up-down Bundle | Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) | Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) | ||
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Gyrase A; domain 2 | Gyrase A; domain 2 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 3S0X A; #chains in the Genus database with same CATH topology 4IJJ A; 4RBN A; 4B6I A; 2J9V A; 1JAF A; 3AD9 C; 2R93 A; 2JA7 K; 2EIN C; 3KYI A; 4LLC A; 2EBB A; 3B71 A; 1LI5 A; 2QY9 A; 1TWF A; 3GWL A; 1HW1 A; 4C3H C; 2R92 A; 4ULV A; 3AD8 C; 1SFO A; 4FZB A; 3GTQ K; 5C4J C; 4NOI A; 2JD3 A; 3G50 A; 2Y0S D; 2CGE A; 4OIR A; 2R03 A; 4Z9J A; 1LS1 A; 4AYB L; 1I3Q K; 1Y4C A; 1O28 A; 2GSU A; 3Q7G A; 2Q9C A; 1V55 C; 4CDY A; 3LEV A; 5IOR A; 1Q0K A; 2YU9 C; 2HSB A; 1CGN A; 4G78 A; 2A6E F; 1UV7 A; 1TWF K; 4BG0 A; 3L0I A; 3S1N C; 3M3Y K; 4GTF A; 1VRQ C; 1Q0G A; 2R92 K; 1I50 A; 3S29 A; 1NFO A; 2JA7 C; 2GAH C; 1JPN A; 4HFF B; 4JC7 A; 5T3W A; 3GTM K; 3C8Z A; 5DS4 A; 3GTO A; 1YJG A; 2A68 A; 4E0I A; 4C45 A; 3GM3 A; 1VOM A; 3GTQ C; 1FFT C; 1SYQ A; 5KYX B; 1Z7Q c; 2D6F C; 1NU9 C; 3CQZ A; 2IXO A; 1I3Q C; 1VLS A; 3NMJ A; 1BS2 A; 4OIQ A; 3E9V A; 3QZC A; 4ULW A; 4I1O B; 1Z3I X; 4U5D E; 1I50 K; 2GSN A; 3V4G A; 4DBQ A; 2R7X A; 1Q0D A; 1NSG B; 3N0B A; 2R25 A; 2OEV A; 3AG1 C; 3AQP A; 2G62 A; 2H8A A; 1IBA A; 1APC A; 3CZ6 A; 2HMZ A; 1OXK A; 3J06 A; 3M3Y C; 3GTO K; 2R92 C; 3HNK A; 1OCO C; 3ABK C; 3MBG A; 4U9E A; 1WN0 A; 5M3F K; 1O3U A; 3HOZ K; 3QVZ A; 3U9J A; 4MVS A; 2DI3 A; 3GTM C; 1USO A; 1VB5 A; 1M2O A; 3H3V D; 3TFH A; 4G7O A; 2WZF A; 1WCM A; 2NUP B; 5CJ9 A; 1F93 A; 1G51 A; 1F7V A; 1K40 A; 1JVI A; 2KGO A; 5KYX A; 3DD7 A; 2AU5 A; 3U0C A; 3KPH A; 4FWV A; 3ZC4 A; 3SYN A; 2Z15 A; 3U9M A; 2WZL A; 4LQY A; 3JRM O; 1BBH A; 4JEB A; 2Y3P A; 2NG1 A; 2NVT K; 4OIN A; 1HE9 A; 3L4J A; 1JMW A; 2BC5 A; 4P9T A; 1BZ4 A; 4QI0 A; 3DM5 A; 2YQY A; 5JSL A; 3H65 A; 3GTJ K; 1WCM K; 3B0P A; 5E3A A; 5B3I A; 1I6V A; 3HOZ C; 2C04 A; 2GWW A; 4XEK A; 5M5Y K; 1ZHY A; 3GEI A; 2W4M A; 3S1R K; 3NKE A; 3K7D A; 1Y1V C; 2YLD A; 3JYH A; 1XZP B; 1F9N A; 3U8V A; 3POV A; 2NUP A; 3LNR A; 2J45 A; 5IOS A; 2J7P D; 1J98 A; 3TUL A; 4PK4 A; 4GTD A; 1K05 A; 5M5W K; 2WAQ D; 3A8J A; 4JUR I; 2L7A A; 1WOL A; 3UGO A; 2XLV A; 4M63 A; 4MVM A; 5COG A; 3GTJ C; 4JRZ A; 1WSR A; 4JEA A; 4C3I K; 1WCM C; 1YZC A; 2GSO A; 2XLO A; 4OD5 A; 5AC5 A; 2HKV A; 2EIL C; 3L34 A; 2NSF A; 3T6G B; 1AUE A; 1WIH A; 4CS7 A; 1IW7 A; 4JE9 A; 3B9Q A; 3S2D C; 2HSQ A; 4KAT A; 3S1R C; 3S2H K; 4XCH A; 1V4A A; 3X1O A; 3S16 K; 3LS0 A; 1JOE A; 3JST A; 3T01 A; 1OW8 A; 3DAG A; 1XZP A; 2JX0 A; 1YLM A; 5A69 A; 1T6U A; 4KDD A; 1SF8 A; 1JPJ A; 2YL7 A; 1INN A; 1QVX A; 1MMA A; 4C3I C; 2Q9B A; 4LLE A; 2UUI A; 4NTB A; 4YT5 A; 3S27 A; 1EQR A; 1BGW A; 5F5H A; 3C7J A; 2XM4 A; 3M4C A; 2J9U A; 4P6I C; 4GYT A; 4K0D A; 4G7H F; 2E2H A; 2PMZ L; 1OR3 A; 1KTM A; 2CDQ A; 3S2H C; 4WIL A; 1VLT A; 4MQ9 F; 5E2Q A; 4O6Y A; 5BQG A; 2A69 F; 3S16 C; 2QE9 A; 3EZI A; 3WOD A; 2YL0 A; 4LDK A; 1XWJ A; 3LUT B; 4FX5 A; 4OD4 A; 1O25 A; 4LER A; 2MYS A; 3RZD K; 3LLI A; 3L8J A; 1HI9 A; 2PBE A; 3RQG A; 4KMA A; 1VMA A; 4ZLD A; 3EH1 A; 1GQA A; 4BLB A; 3S1M K; 2E2H K; 4PAC A; 2QTV A; 3B0V C; 3S14 K; 3PDM P; 3TOM A; 2YLG A; 4KMD A; 2L6F A; 1GM5 A; 3DZA A; 4CX9 A; 1VJE A; 2HJ3 A; 2O5I A; 3I4U A; 2XLH A; 1A0B A; 3JSE O; 3HKK A; 3G4C A; 1D0X A; 2Y3D A; 3M79 A; 1FTS A; 3PO3 K; 4J7Y A; 4MW3 A; 3RIP A; 4YT8 A; 2FQO A; 4YFN A; 4PJJ A; 4PFP A; 1O26 A; 4KMH A; 2KJG A; 4NCQ A; 2R7Z A; 2JA6 A; 1O27 A; 3RZD C; 4JTD B; 1H9T A; 3O6X A; 4O6N A; 4H54 A; 2R05 A; 3LAP A; 3K1H A; 5KYW B; 1EKY A; 2HFI A; 3HOU C; 3PMR A; 5DS6 A; 5JS5 A; 3S1M C; 3IQC A; 1Y1W K; 2OG2 A; 2I8B A; 2UUH A; 4HFK B; 1ZXO A; 3L4K A; 3S14 C; 2E87 A; 4I3M A; 2ZXP A; 1OCC C; 3QW0 A; 2P1A A; 2XRH A; 3ZQV A; 1I6H K; 4EIY A; 1B68 A; 4J32 B; 4MND A; 3EHM A; 2CYD A; 4H4K C; 2YL3 A; 1Q0F A; 4C3B A; 1PJ7 A; 1F1M A; 1JQW A; 4WJ4 A; 4Z9H A; 4GFQ A; 4P9S A; 2P6V A; 3TFJ A; 1J6W A; 4LR2 A; 3DXJ A; 1C03 A; 3RZO K; 2R7Z K; 1PV3 A; 3HKZ D; 2NPU A; 3C8G B; 4Q7C A; 4DJ9 A; 3PO3 C; 3IQ6 A; 1LI7 A; 4U9D A; 4Q4Z A; 3ZG1 A; 1TWG K; 1WOR A; 2GAQ A; 1B4A A; 3SZR A; 2XCR B; 2ZXR A; 4IAO A; 3ABM C; 3M4O K; 2ZPA A; 1J6X A; 4PAB A; 3M15 A; 2A0U A; 4E18 A; 4DRH B; 1Y1W C; 3N0T A; 5KYW A; 1YNJ A; 5CIV A; 3C18 A; 4N6H A; 1I6H C; 1K83 C; 1GGQ A; 1YA9 A; 2IBF A; 2LCH A; 3KH2 A; 2QLA A; 2OJE D; 3RYL A; 1A7E A; 3NYJ A; 5TMC A; 4YT4 A; 3RZO C; 3ZVR A; 3QW1 A; 2AWY A; 3RH3 A; 1AB4 A; 1LIH A; 4JW1 A; 1TWG C; 2ICW G; 3VM6 A; 4K7B A; 1DCO A; 2P7V A; 4JZA A; 2J9W A; 3C8G A; 2YU9 A; 1V54 C; 2YKZ A; 2HUJ A; 3M4O C; 2EPK X; 3I4M K; 5L0G A; 1NZE A; 3EQL F; 3L1M A; 3RQE A; 3SXY A; 4C3H K; 1WOO A; 2PA8 D; 3GTK C; 4A3C C; 2YL1 A; 1YZA A; 2JA7 A; 4KMU A; 4KAS A; 3HOW K; 5L0C A; 3DMD A; 4BXX K; 4WJ3 M; 1VGX A; 3BP3 A; 1OW6 A; 3GEH A; 2F22 A; 4XWJ A; 4O6M A; 4LJZ A; 3NKD A; 3EZH A; 2NVX C; 4P5B A; 3K6B A; 5A6B D; 4GTL A; 1WOP A; 1I3Q A; 3T6J A; 5L0H A; 2YWA A; 2FAP B; 1RKC A; 4DVY P; 3S1N K; 3ZIB A; 1CGO A; 2X51 A; 2KWA A; 1TWH A; 1PJ5 A; 2WB1 L; 3I4M C; 1D0Y A; 1TFK B; 2CNW D; 2RSE B; 3MML B; 2PPB A; 2GAG C; 4XEV A; 4JKV A; 2O9X A; 3QTH A; 1C02 A; 2W7V A; 4J30 B; 2PX3 A; 1IL2 A; 1EH1 A; 3HOW C; 4QIW L; 3GTM A; 4XSX A; 2DYS C; 1JOG A; 3S28 A; 3GWN A; 3C62 A; 1XPP A; 4BXX C; 3ORE A; 1HMD A; 3HOY C; 5A6J A; 4XLP A; 3NMK A; 3QX3 A; 2XCO A; 2Q00 A; 1ZQ1 C; 3M1C B; 1ZHX A; 5L0J A; 2R7W A; 5IYC K; 1TWH K; 4YT2 A; 3UMI A; 2XLD A; 2NSG A; 4XTK A; 3SP1 A; 4OIP F; 3GTL A; 2W45 A; 1VTM P; 4DXW A; 2M64 A; 2WVQ A; 3MLG A; 1R9T K; 1LPE A; 2LFD A; 2OOC A; 2R7R A; 3G4A A; 4ANJ A; 1TR2 A; 4X0R A; 4YL3 A; 4BJ1 A; 3SZZ A; 4G7H A; 1YDI A; 1R5I D; 3DWW A; 4NQF A; 2LQG A; 4N6C A; 4A3J K; 3BP8 C; 4MQ9 A; 4FM9 A; 2R7T A; 3GTL K; 5EGH A; 4KAW X; 3FOF A; 3IQ5 A; 2OKU A; 5IYC C; 3HNL A; 1TWH C; 1Y1V A; 4D4X A; 5FCL A; 5IOT A; 2ZFZ A; 1WGW A; 3Q3Q A; 5M3M K; 2ZXO A; 1TWA A; 3JCU Q; 1WAT A; 3PO2 K; 1R9T C; 1HW2 A; 3ADA C; 3AH5 A; 2A6H F; 4A3F K; 5C44 K; 4OIO A; 2HV6 A; 4YN0 B; 2Y3H A; 3GTJ A; 1NFN A; 5TMF A; 1W2W A; 1E84 A; 1ISE A; 3S90 A; 4AL1 A; 4BBS K; 3GTG C; 1VYI A; 3UMK A; 4G7Z A; 5GPG B; 1Y1V K; 4CSA C; 4EBK A; 2CW0 F; 1OQC A; 2KYH A; 4A3J C; 2ZD9 A; 3VAY A; 3MX3 A; 2NVY A; 3GTL C; 2ETS A; 3N3Y A; 4N06 A; 4PAA A; 1MNE A; 3JYY A; 1TWA K; 4BEM J; 3QMK A; 4NC3 A; 5DVW A; 4E7S A; 4Y7N K; 4Y52 C; 4QI2 A; 4U5F E; 2IXM A; 3AG3 C; 1SMY F; 1AVO B; 4BJ5 C; 4PJM A; 3IPM O; 1U6H A; 3PO2 C; 1N1C A; 2VUM A; 1I4Y A; 4A3F C; 4JJF A; 2L9J A; 1ZVU A; 3EGD B; 5C44 C; 3KKB A; 1LKX A; 3RF3 A; 4CDV A; 3VYW A; 1ZYR F; 3Q6M A; 2J8W A; 1E86 A; 3GDZ A; 2NVY K; 4BBS C; 4P9F A; 3S2D K; 3EH2 A; 1M2V B; 5JRA A; 4EHP A; 2DGJ A; 1D0Z A; 2R9R B; 4YWQ A; 1PD1 A; 5B3S C; 4GEH A; 2PFD A; 4N4W A; 1TWA C; 3FHZ A; 2LIG A; 2YEV A; 2VUM K; 1VYK A; 2H7B A; 4Y7N C; 1ZHT A; 5JT4 A; 1ST6 A; 3H2U A; 2H7V C; 3UNG C; 2AP3 A; 2LD6 A; 2PX0 A; 4RMF A; 1Y6D A; 1RU0 A; 4IRU A; 4KM9 A; 2LP4 A; 3FAP B; 4NTF A; 1O29 A; 4JTC B; 1T5O A; 3FVY A; 2NVY C; 3EGD A; 5K0I A; 3QVY A; 4RD9 A; 4XLN A; 2Q4F A; 2WVO A; 3T4R A; 1BR4 A; 2I15 A; 4EBB A; 3SXK A; 1L3P A; 1M2V A; 2Q3T A; 1U89 A; 4G0V A; 5DS5 A; 2PHC B; 4XPW A; 2R7U A; 4AL0 A; 3LES A; 5IY5 C; 2VUM C; 4PJL A; 2J7P A; 1U0B B; 1MMD A; 2NUT B; 1QLE C; 1K04 A; 3NYL A; 4Z9I A; 3T00 A; 3S15 K; 4DVZ A; 1ZW3 A; 1IQ0 A; 4PJN A; 2MWQ A; 3JTL O; 1BR2 A; 3DI5 A; 3PHF 2; 1LVK A; 2G3K A; 5JLI A; 4CBE A; 3HLZ A; 1O2B A; 4WGZ A; 4KN4 A; 3K1I C; 3TTG A; 5T1D B; 3GM1 A; 3AQO A; 1I5N A; 2XLE A; 3B0U X; 2GDC A; 3S1Q K; 2A68 F; 4PR9 A; 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