4FDYA

Crystal structure of a similar to lipoprotein, nlp/p60 family (sav0400) from staphylococcus aureus subsp. aureus mu50 at 2.23 a resolution
Total Genus 96
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
96
sequence length
295
structure length
294
Chain Sequence
GVTVSPEVLAHRPLIEKYGKEYGIEDYVSYILAIMQVESGGTAEDVMQSSESLGLPPNSLSTEESIKQGVKYFSELLTSAEQQGVDIDSVIQSYNYGGGFLNYVRSHGKKYTYELAEQFSKEKSGGQKADYPNPIAIPVNGGWRYNYGNQFYVQLVSQYLTDTSPTEFDDETVQVIMDEALKYEGFPYVFGGASPTTSFDSGLIQWVYDKAGISLPRVAQDQYDATQEISMEEAQAGDLIFFHSTYNAGTYVTHVAIYLEGNRFYHAGDPIGYGDLSSRYWQDHLIGARRVIHN
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Structures of a Bifunctional Cell Wall Hydrolase CwlT Containing a Novel Bacterial Lysozyme and an NlpC/P60 dl-Endopeptidase.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
source organism Staphylococcus aureus subsp. aureus
molecule keywords Similar to lipoprotein, NLP/P60 family
total genus 96
structure length 294
sequence length 295
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2012-05-29

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00877 NLPC_P60 NlpC/P60 family
A PF13702 Lysozyme_like Lysozyme-like
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 4fdyA01
3.90.1720.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex endopeptidase fold (from Nostoc punctiforme) endopeptidase domain like (from Nostoc punctiforme) 4fdyA02
1LCNA 4XENA 4FQAA 4L41A 5APFA 5A3ZA 4LJ1A 4LYZA 1EL1A 1MELL 5KXKA 1D0LA 3AW6A 3EXDA 3PBIA 4U3XB 4LYCA 4QDNA 1GEVA 4H92A 4PRUA 5J7CA 3A93A 1UIDA 1QQYA 1B5UA 2AUBA 1GF7A 4GN4A 5APCA 3RZ4A 2I26L 2YBNA 2EPEA 3CQLA 4H8YA 1B5WA 1WQNA 1YL0X 2RSCA 5LVJA 3WH1A 3QNGA 4B1AA 2YBLA 3RW8A 4CSHA 1IP5A 6LYTA 1OP9B 3EMSA 4RLNA 1IWTA 4FGDA 3B0IA 1LPIA 1IP2A 1GEZA 2Z18A 3P4ZA 5K7OA 1IO5A 4OOTA 2DQHY 4Z41A 1ALCA 1JPOA 1LYZA 2HEBA 3M18B 4GLAA 3CSQA 4NHSA 2VB1A 1QSAA 1LHIA 2BPUA 3AGIA 3WW5A 1LZDA 2N5ZA 1CKDA 134LA 2CJLA 4W96A 4H8ZA 3SP3A 3T36A 4ETAA 1WQQA 3CB7A 4LT3A 1J1XY 1UIFA 3W6DA 1HC0A 2DQGY 2Z39A 133LA 3A94A 4NSJA 5L3HA 3TMVA 4J0LA 3RNXA 1IP6A 4B49A 9LYZA 5IDDA 2C8PA 3GXRA 3PVQA 5KXWA 2MEHA 5KXXA 1NHEA 1LZCA 2YSSC 4H9HA 2BQJA 1GB6A 4LT1A 5DN5A 4C3WA 2Z2EA 1GB5A 1GB7A 2BQBA 1FLUA 1IEEA 1NQIA 1GDXA 4H1PA 4WM1A 4B4JA 3BKVA 1UUZC 3PBCA 1DKKA 2F4GA 4NSIA 4WO6A 4DD2A 3FE0A 3IJUA 4NHIA 2BQAA 1CJ9A 1FKVA 1CNSA 1GE0A 3A6BY 1LYYA 1LJGA 4RLMA 4KXIA 1YQVY 4GCEA 4LYMA 3TMWA 1EQ5A 4DDBA 4XJFA 1FN5A 1HEPA 5LAFA 1GBSA 4NWHA 1IWZA 5A3EA 5FEKA 1LHMA 1P2CC 1UICA 3A92A 4NG8A 2Z2FA 2DQFC 1F0WA 1HNLA 1NBYC 4NSHA 4HPEA 4DDCA 2BQKA 1AKIA 1UIHA 1LJNA 1LMPA 1D0KA 4WLTA 1VFBC 1BQLY 4XJIA 4F0WA 1BB7A 3T6UA 2I25L 4H93A 4TSCA 4WL7A 1LAAA 1LSBA 1TBYA 2FYDA 5LVHA 1OUIA 4H9AA 4ETCA 2BLXA 3WVYA 4Q4GX 1LZTA 5DLAA 1XSFA 2BQLA 4X3BA 1JHLA 1LZSA 5HMJA 4NEBA 4FQBA 1A4VA 5D5CA 4OWBA 1HSWA 3B72A 4QEQA 4WM5A 3F6ZA 1KIQC 5ILCA 1IWYA 1QUSA 4WL6A 5LA5A 5KJ9A 1LJIA 4HP0A 4OOOA 4OW1A 4DT3A 4YEOA 4F4MA 1GB8A 1VEDA 4LYTA 4HV1A 4YM8A 1B7MA 1LHJA 194LA 1LZEA 3CT1A 3ZVQB 1JWRA 3ZEKA 4EOFA 3WMKA 2DQJY 5E9RA 4XJHA 4HJYA 1I1ZA 1WQRA 4PRQA 3I86A 1LZBA 4A7DA 1TDYA 4BAFA 3TXDA 1LHHA 1KIRC 4H91A 4EQAA 1O23A 2BQEA 2LZ2A 1GF9A 4WM6A 3WVXA 1LZ6A 4ML7A 1GE1A 4I8SA 4IJ4A 4ETBA 1GFRA 5KKJA 4GCFA 4IASA 4KT3A 5DL9A 2F2NA 1XGTC 3LYOA 1KIPC 1LSFA 1UACY 4CGEA 1WTNA 1HF4A 1J1PY 1JKCA 1GE2A 1IP1A 3D9AC 4HPIA 1HELA 3TXHA 4WM4A 4N9RA 2LYZA 2MECA 2EKSC 1KXYA 4TWSA 4QGZA 1QTEA 4DD3A 2HU1A 4KPMA 4N1EI 1LSYA 1HSXA 2ZQ4A 1LJ3A 2MEIA 5I5QA 1LSCA 1TCYA 1GB9A 3AZ5A 1A2YC 4NGYA 1YAPA 5KXLA 1DQJC 3LZ2A 4WLDA 1GAZA 3NPFA 1WQPA 2CWIA 2PC2A 1GFEA 3N9AA 2D4IA 1IVMA 2EIZC 1IR7A 1F6RA 1RE2A 4NHTA 2W1LA 5LVKA 4NGIA 5LVGA 2K1GA 4LYOA 3W6AA 1LZRA 1NWGA 4XJBA 1XGQC 1GBYA 3OK0A 1GBXA 3A95A 3EBAB 4HJVA 4NGOA 2Y8PA 5LXWA 4HSFA 1WVUA 4UWNA 4NHPA 1B7RA 3KAMA 1B9OA 5B07A 3W6EA 3WUAA 3FI7A 3MGWA 2ZYPA 4CHXA 3A30A 1LHLA 3A8ZA 132LA 1LSPA 2Z19A 1LZGA 3A3RX 4FGIA 2W1YA 2BQOA 3WL2A 2MEFA 1UIAA 4DD9A 5B05A 1CKCA 1HMLA 1QDTA 3CT0A 3HFMY 2C8OA 4AXTA 4Z46A 5LINA 5FHWA 1LYOA 1NF5A 3WXTA 5C6JA 3WPLA 1SQ2L 1GB2A 4MSTA 1HEWA 1GFJA 4NGKA 5DN4A 5LIOA 4ZFPA 2MEEA 3WUMA 2BQCA 1IWVA 2H9KA 1IIZA 1WVVA 3WPKA 1DI5A 3P66A 4XJGA 3G3AB 5HLLA 2FYCA 2Z37A 4OWEA 3P68A 4H94A 3K3TA 1JKBA 1GFVA 1BWHA 1OUEA 1B5XA 2GV0A 5C6IA 3CT5A 1XEJA 5I54A 1HFZA 3RT5X 4C5FA 1HEMA 2DQIY 1B7QA 1I20A 3J4GA 1JIYA 4BADA 3H41A 4G9SA 1IC7Y 5FCPA 1LZ5A 3AZ7A 1YROA 1RCMA 4DYGA 2HBWA 1B7SA 1C7PA 1GFHA 4NY5A 1IR8A 2FBBA 1JTTL 1REMA 1LZYA 1UIEA 1WQOA 2HEAA 4PHIA 3QY4A 4DD1A 1BWJA 1JJ3A 1IP7A 153LA 3D3DA 1LOZA 1ZMYL 5IELA 4OWCA 2BQIA 2ZILA 3TXGA 1VDTA 1CKHA 4EMNA 5T3FA 1C10A 4E3UA 1JTPL 1LSZA 1PZYA 2CDSA 2D4KA 1G7JC 3TXKA 4G4HA 2MEDA 2A7FA 1W08A 1BVXA 1YANA 3WXUA 4DD0A 4ETEA 2IHLA 5FDJA 1AT6A 8LYZA 2ZNXY 4LT2A 4WLYA 4QY9A 5KXMA 1AZFA 1G7HC 1E8LA 2HEEA 1IWXA 1YL1X 3B6LA 2IOBA 2F30A 1GBZA 2XBSA 1CKGA 2LYMA 1IP3A 4J1BA 2B5ZA 4FJRA 2FBDA 4NSGA 1KXXA 4II8A 1HFYA 1OQMA 1OUJA 3B0KA 1LSDA 1LSEA 1GHLA 2D4JA 4H9FA 1IC5Y 1C08C 1JSEA 1IOQA 2HEDA 2HU3A 3TXIA 1OUCA 1LMCA 1N4FA 1B7PA 1OUAA 5EBHA 1LJJA 4R6CA 1NBZC 1ZV5L 1RFPA 2HUBA 4XJDA 5LAGA 1QUTA 4BS7A 5B06A 3AGHA 1LHKA 3AJNA 3TXEA 2H5ZA 2IO7A 3NE0A 1LZ8A 1RI8B 1FKQA 207LA 4BAPA 2FG0A 3W6BA 4RW1A 2ZIKA 1JKAA 2DQDY 2H9JA 1LZ1A 4DDAA 1BB4A 3KW0A 3A2ZA 2A7DA 2DKVA 4MR1A 1GF0A 1UIGA 4RDSA 5F16A 3M3UA 1VDQA 3ZVQA 5I4YA 1WTMA 5L9JA 4OLKA 1AT5A 1BHZA 1BVKC 1GFUA 3LZTA 2IO9A 4J1AA 4UWVA 1V7TA 4H9IA 1REYA 1LKRA 1OUDA 1OUHA 2YDGA 1BGIA 4GCBA 4H9CA 2DBTA 1TAYA 2G4QA 3OJPA 1MLCE 4M4OA 3CSZA 4NGJA 4TSBA 1GFTA 5APDA 2EQLA 2MEBA 1TEWA 1C46A 4GN3A 1YKXX 1CJ8A 1HEOA 3W3EA 4XYYA 3TXBA 2VPSA 1HFXA 5KXOA 4LZTA 1QSWA 1B7NA 1XGUC 4ETDA 1LSGA 3M1UA 1LMOA 2IO8A 5F9UA 4XN6A 1GFGA 1XGRC 3QE8A 3A91A 3WU8A 1CJ6A 3A3QA 3LYTA 4H8XA 1F10A 3N9EA 1LTMA 3W6CA 2HTXA 4DD7A 4HZBA 1WQMA 1YIKA 3EO5A 3HBEX 1IWUA 4GLVA 5I4XA 1BB3A 4CJ2A 5JENB 1QDRA 1JISA 1IOCA 1LJKA 3WYHA 2BQFA 1BWIA 1GF5A 1DPWA 4NGVA 4UWUA 4NGWA 3AW7A 4G4CA 1YILA 4WMGA 5KXNA 3TXJA 4CT3A 2ZWBA 5B1FA 4N1CC 4DC4A 4NGZA 4TX7A 4ZIXA 1DXJA 3IWRA 1OUFA 2YBJA 2DQEY 2I6ZA 2NWDX 5KXZA 1EQ4A 5C6LA 2BQNA 1FDLY 1GBOA 1UCOA 2YBIA 3ULRA 3VPJA 1NMMA 1QIOA 1GE3A 4WM3A 1HHLA 1HEQA 2K3AA 1YAMA 1HENA 1YAOA 4WO9A 2W1MA 3LHMA 5LA8A 4WOAA 1LSAA 4YENA 2IF6A 3S0QA 3GXKA 3IJVA 1JITA 1H6MA 2BQGA 1LMAA 2LZTA 4GCCA 3ATOA 1YKYX 1B5ZA 4NG1A 5APEA 1XFPL 4P2EA 1FLYA 2ZYCA 2LRJA 4Z98A 1B0DA 4NFVA 4NIJA 2D6BA 4FGEA 1LSMA 2F4AA 1JEFA 1KXWA 1I56A 4PGJB 4ZEEA 1IOSA 1LZAA 1CJ7A 1FLQA 3WPJA 2G4PA 1D6QA 1JJ0A 4FDYA 4IATA 1DZBX 5ILFA 3AGGG 1B2KA 4PPOA 4ET9A 2HECA 2IOAA 5B1GA 5FSTA 2DQCY 1UBZA 2G4NA 4HTNA 4EOBA 1G7LC 5KXTA 1LJEA 5F14A 1REXA 4G4BA 4HJZA 4KL7A 4WG7A 2Q0MX 3B0OA 154LA 1W6ZA 4Q4TA 1IY3A 1QTKA 1LMNA 3LYZA 5L3IA 4OWHA 1GF6A 5LVIA 1IR9A 1SLYA 3WU9A 1IOTA 2YBMA 3WU7A 5HMVA 4NWEA 3LYMA 4H90A 3A2YA 4ANRA 1LZNA 1CKFA 2LHMA 2WARA 1ZVYB 1G7IC 2YBHA 4YF2A 5KXRA 193LA 4HZ9A 5II3A 3P64A 1LYSA 3VWOA 1DPXA 3AZ6A 1GE4A 5DM9A 2EVRA 4GCDA 5HNLA 1H87A 1VDPA 4R0KA 1B7LA 2DQAA 5F81A 1INUA 1VAUA 1ZVHL 1JUGA 1UA6Y 1GD6A 3A96A 4NHQA 5I53A 1XEKA 2LYOA 1UIBA 4H9BA 1GPQC 1LJFA 3AZ4A 4W94A 5AMYA 3P65A 1JKDA 1VDSA 4ET8A 1GXV2 1UC0A 2XJWA 3GT2A 1GB0A 1GWDA 4LFXA 4F0VA 1D9UA 5KKIA 1GB3A 3BKHA 1FBIX 4GN5C 4I0CA 4XADA 4EQ8A 2BAAA 1C45A 1D0MA 4N8ZA 3TXFA 2VOBA 1JTOL 1GXXA 7LYZA 135LA 4D9ZA 1AM7A 1VATA 3AB6A 1YKZX 1IORA 3HBDA 2W1XA 2XBRA 1GF4A 4J7VA 4CFOA 1HMKA 1IWWA 5KXYA 1DKJA 1DI3A 3J6KA 5B59A 1IY4A 2YVBA 5LYZA 4CFPA 5HQ1A 1J1OY 1B5YA 2Z38A 5FELA 1LMQA 4LFPA 4O34A 5IHGA 4OWAA 1IX0A 3ATNA 1D6PA 3W6FA 4YEMA 1JJ1A 1HERA 4M6DA 1T3PA 1JSFA 2ZNWY 1BB5A 2D91A 4Z3MA 3N9CA 3TMXA 3CSRA 3O98A 4R0FA 1YAQA 4YOPA 1C43A 1V7SA 2BQHA 5KXPA 1LJHA 3TMUA 3VPIA 4MCKA 1OUBA 2VPMA 2MEAA 5LYTA 1BB6A 4Q4NA 1DI4A 4N0JA 4G49A 3HBHA 1GDWA 1NKHA 3WUNA 1T6VL 5LYMA 1RJCB 1LZ9A 5KY1A 5KXSA 1GF3A 4AGAA 4LT0A 1GBWA 3A67Y 1LMTA 4DWXA 1GF8A 2XIVA 4HTQA 4HV2A 6LYZA 3A90A 2MEGA 2ZQ3A 4LGKA 2BQDA 1GFAA 3LN2A 1EQEA 1F6SA 3A6CY 3RU5A 1OUGA 4WLXA 4H9EA 2HEFA 1Z55A 1B5VA 2XTHA 1LJ4A 4B0DA 4CGKA 5I4WA 1REZA 4RW2A 4WG1A 208LA 1XGPC 2BLYA 4N5RA 4WM2A 5F9XA 4B4EA 1XEIA 1B7OA 4B4IA 1G7MC 1FLWA 5D5FA 1IC4Y 2ZIJA 3WULA 1LZ4A 4NGLA 3WW6A 4PJ2C 1IP4A 5M1YA 4TTDA 2Z12A 1GAYA 2CGIA 1NDGC 4LYBA 3A34A 2BQMA 1LSNA 1PS5A 3E3DA 2IFFY 1GFKA 4JXBA 4HTKA 2X0AA 4TUNA 3G3BB 5HNCA 3AYQA 5E4PA 1LKSA 1NDMC
chains in the Genus database with same CATH superfamily
229LA 1OVKA 1EL1A 4LYZA 4U3XB 4LYCA 4QDNA 1L62A 1UIDA 2AUBA 1G1VA 1C63A 4LDOA 2I26L 2YBNA 3CQLA 2YBLA 3RW8A 4ARQA 1OP9B 3EMSA 1IWTA 3P4ZA 1LPIA 2Z18A 4Z41A 1L09A 3NYAA 1ALCA 1JPOA 1LYZA 3M18B 3QAKA 4IAPA 3DN4A 3HH4A 2BPUA 1CKDA 2CJLA 2RBOA 165LA 1WQQA 2DQGY 3A94A 1DYDA 3GXRA 4ARMA 3PVQA 1G0KA 5DN5A 4H9HA 1L80A 4H1PA 4ZPUA 1L22A 3FE0A 3GUOA 2Z6BA 140LA 1L81A 249LA 1ZYTA 1EQ5A 1HEPA 1QS9A 1P2CC 1UICA 3A92A 191LA 4S0WA 1F0WA 119LA 1NBYC 2RBSA 1UIHA 4WLTA 4F0WA 1BB7A 1D3FA 4W58A 1ZWNA 1TBYA 2RBNA 1G1WA 5HMJA 2OU8A 1C6FA 1A4VA 1QSQA 2RB0X 4WM5A 1KIQC 4WL6A 1B7MA 1LZEA 3DKEX 1JWRA 2DQJY 4HJYA 1T8GA 233LA 1LZBA 3TXDA 1LHHA 1C6EA 1O23A 3WVXA 2B6YA 4I8SA 5KKJA 3C7ZA 1L91A 4GCFA 4IASA 1CU5A 232LA 3LYOA 1QTVA 4CGEA 1JTMA 1L93A 4KPMA 3HH3A 2ZQ4A 1LSCA 4NGYA 2OE7X 1DQJC 3LZ2A 4WLDA 1GFEA 2D4IA 1IR7A 1L87A 4W59A 4NHTA 1G0GA 260LA 1GBYA 1L89A 1TLAA 231LA 2Y8PA 1E8LA 3WUAA 3FI7A 3A30A 1LHLA 3A8ZA 1G0LA 3HT9A 3JR6A 3WL2A 4DD9A 1C66A 5B05A 181LA 1QDTA 4Z46A 5FHWA 1NF5A 3WXTA 1SQ2L 4ZFPA 1LI6A 1IIZA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1LCN A;  4XEN A;  4FQA A;  4L41 A;  5APF A;  5A3Z A;  4LJ1 A;  4LYZ A;  1EL1 A;  1MEL L;  5KXK A;  1D0L A;  3AW6 A;  3EXD A;  3PBI A;  4U3X B;  4LYC A;  4QDN A;  1GEV A;  4H92 A;  4PRU A;  5J7C A;  3A93 A;  1UID A;  1QQY A;  1B5U A;  2AUB A;  1GF7 A;  4GN4 A;  5APC A;  3RZ4 A;  2I26 L;  2YBN A;  2EPE A;  3CQL A;  4H8Y A;  1B5W A;  1WQN A;  1YL0 X;  2RSC A;  5LVJ A;  3WH1 A;  3QNG A;  4B1A A;  2YBL A;  3RW8 A;  4CSH A;  1IP5 A;  6LYT A;  1OP9 B;  3EMS A;  4RLN A;  1IWT A;  4FGD A;  3B0I A;  1LPI A;  1IP2 A;  1GEZ A;  2Z18 A;  3P4Z A;  5K7O A;  1IO5 A;  4OOT A;  2DQH Y;  4Z41 A;  1ALC A;  1JPO A;  1LYZ A;  2HEB A;  3M18 B;  4GLA A;  3CSQ A;  4NHS A;  2VB1 A;  1QSA A;  1LHI A;  2BPU A;  3AGI A;  3WW5 A;  1LZD A;  2N5Z A;  1CKD A;  134L A;  2CJL A;  4W96 A;  4H8Z A;  3SP3 A;  3T36 A;  4ETA A;  1WQQ A;  3CB7 A;  4LT3 A;  1J1X Y;  1UIF A;  3W6D A;  1HC0 A;  2DQG Y;  2Z39 A;  133L A;  3A94 A;  4NSJ A;  5L3H A;  3TMV A;  4J0L A;  3RNX A;  1IP6 A;  4B49 A;  9LYZ A;  5IDD A;  2C8P A;  3GXR A;  3PVQ A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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