4FDYA

Crystal structure of a similar to lipoprotein, nlp/p60 family (sav0400) from staphylococcus aureus subsp. aureus mu50 at 2.23 a resolution
Total Genus 96
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
96
sequence length
295
structure length
294
Chain Sequence
GVTVSPEVLAHRPLIEKYGKEYGIEDYVSYILAIMQVESGGTAEDVMQSSESLGLPPNSLSTEESIKQGVKYFSELLTSAEQQGVDIDSVIQSYNYGGGFLNYVRSHGKKYTYELAEQFSKEKSGGQKADYPNPIAIPVNGGWRYNYGNQFYVQLVSQYLTDTSPTEFDDETVQVIMDEALKYEGFPYVFGGASPTTSFDSGLIQWVYDKAGISLPRVAQDQYDATQEISMEEAQAGDLIFFHSTYNAGTYVTHVAIYLEGNRFYHAGDPIGYGDLSSRYWQDHLIGARRVIHN
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Structures of a Bifunctional Cell Wall Hydrolase CwlT Containing a Novel Bacterial Lysozyme and an NlpC/P60 dl-Endopeptidase.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
source organism Staphylococcus aureus subsp. aureus
molecule keywords Similar to lipoprotein, NLP/P60 family
total genus 96
structure length 294
sequence length 295
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2012-05-29

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00877 NLPC_P60 NlpC/P60 family
A PF13702 Lysozyme_like Lysozyme-like
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 4fdyA01
3.90.1720.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex endopeptidase fold (from Nostoc punctiforme) endopeptidase domain like (from Nostoc punctiforme) 4fdyA02
4HZBA 2H9JA 4C5FA 4UWNA 2NWDX 1LMCA 3A90A 1GB6A 3A3QA 4LJ1A 4R0FA 5FCPA 2EKSC 3TXBA 5I5QA 1JJ0A 4LZTA 4NHSA 2CWIA 3D3DA 1RFPA 4LT0A 5KXWA 3PBCA 4WLYA 2ZIKA 3LHMA 3TMWA 1BHZA 1BB7A 1D6QA 1VDSA 1J1OY 2Z38A 3CQLA 1D9UA 1GB9A 1YKXX 3EXDA 3IJUA 4XJIA 4XJBA 4ET9A 2X0AA 1REXA 3W6BA 3WXUA 4YEOA 2BQNA 1WQRA 2BQOA 2D6BA 1LZ9A 1QQYA 4GCBA 5B07A 4NSGA 3TXGA 3ZVQA 1LOZA 3W6DA 2VPMA 2DQIY 1XGQC 1JIYA 4ETEA 5HMVA 1IC4Y 3ATOA 1IO5A 5T3FA 4DC4A 2YBIA 5ILFA 1GBWA 1YAPA 1XGRC 4NWEA 4NGOA 3WW6A 4B1AA 5I4WA 154LA 2CJLA 1LZ4A 2DQJY 5LINA 4MCKA 1OUEA 3O98A 3TXFA 1GFVA 5LIOA 1JJ1A 4F0WA 1LYZA 3AZ7A 133LA 3PVQA 1GAYA 1GFRA 1NF5A 1IIZA 1TAYA 1IY3A 2XJWA 1GF0A 1VDPA 3AZ5A 3CT5A 132LA 2C8PA 4WLTA 3VWOA 4QY9A 4H93A 1LHHA 1B5VA 1HENA 2IOAA 1LJHA 2DBTA 3LZTA 1GHLA 5LVIA 5KXXA 4LGKA 1YILA 2IOBA 3WL2A 4J0LA 4LFXA 1GE1A 1SQ2L 4ETCA 4H9IA 4XENA 4YENA 1LSEA 1RCMA 5KXMA 3ULRA 4CGEA 4NGZA 2EVRA 4NSHA 4H94A 5B1FA 5ILCA 2BQMA 2MEBA 5LYMA 2A7DA 1KXYA 1GF7A 2FYDA 4YF2A 3IJVA 4XN6A 3OJPA 4LT3A 5LVKA 4R0KA 3EBAB 4ML7A 1LMAA 1FN5A 2LZTA 4FDYA 4TTDA 2LZ2A 3AYQA 3AGIA 1OUFA 2HEEA 1DI5A 1DKJA 1VFBC 1HFZA 1LJKA 2F4GA 2HU1A 3A3RX 5LXWA 1GFHA 1H6MA 4HJYA 3ZVQB 5DN4A 1D6PA 4JXBA 4NGWA 5KXPA 1FLYA 2YDGA 5KXNA 2VB1A 5I53A 4N0JA 2IO8A 2ZILA 1LHKA 4AGAA 2DQGY 1JEFA 5LA8A 3TXIA 2FBDA 1A2YC 1TDYA 1LZTA 1IOSA 6LYZA 4OOOA 1GF4A 1LJ3A 1JITA 1W6ZA 4LT1A 2EPEA 4LT2A 4WOAA 1JKDA 4II8A 2I26L 4TUNA 3CT0A 5KXTA 1HEPA 1NHEA 4Q4NA 4DD0A 1GD6A 3D9AC 2XBSA 4GLVA 3VPIA 4HZ9A 1B0DA 2CGIA 4MR1A 3WPLA 1XGUC 1FLWA 135LA 5KXYA 1GFGA 1LSAA 1OUIA 3LN2A 1YKZX 3LYOA 1NBYC 1WQOA 2WARA 1V7TA 2H9KA 2IF6A 1LPIA 3A2ZA 4WMGA 3IWRA 1IP6A 1BWHA 3LYTA 4NHIA 1IP4A 1GWDA 4LYOA 2Z12A 2N5ZA 1LZDA 2Q0MX 1KXWA 3WUAA 1XSFA 4HTKA 5II3A 1B7SA 1IWYA 1WQQA 3A8ZA 3E3DA 1D0KA 1LKSA 3AJNA 4J1BA 5KXZA 4WO6A 3WMKA 2HECA 1JKBA 2YBNA 1F6SA 1CJ6A 1ZV5L 1LMOA 3FI7A 5FSTA 1DQJC 2MEHA 4NG1A 5IELA 1QTKA 1RE2A 3NPFA 2MEDA 4U3XB 4WM3A 2K3AA 4NHTA 4NEBA 1LMNA 1C46A 1BB4A 1G7IC 5I54A 3WVYA 1KIRC 4NSJA 1GFKA 3LYMA 3M18B 1ZVHL 4I0CA 1GBZA 5DM9A 4GCFA 4XADA 5AMYA 4KXIA 1LZBA 3RNXA 1LSCA 1IP3A 1GBSA 1HEQA 4BADA 4RW2A 1LHMA 193LA 2BAAA 1XGTC 1QIOA 3WU9A 4ETBA 1RI8B 1TBYA 5F81A 3TMXA 4DWXA 1GPQC 1IWVA 1WQMA 4QGZA 4EMNA 4CHXA 1MELL 1AT5A 1UIAA 1GAZA 2IHLA 2MECA 1CJ9A 1HFXA 1OUHA 4GN3A 5APCA 4B0DA 1UCOA 4WL7A 1IP1A 2D4JA 1GB8A 4RDSA 5DL9A 4HJZA 5B1GA 1JJ3A 2BQDA 4N8ZA 4PRUA 1BWIA 1HMLA 2BQBA 1BQLY 2LRJA 1T6VL 153LA 2HUBA 1GXXA 5KKIA 4RW1A 1LSPA 1GBOA 1LZAA 1IY4A 1O23A 1VDTA 2AUBA 1HFYA 4GCEA 3QNGA 1EL1A 3M1UA 1IOQA 1LZCA 4TX7A 1QUTA 5L3HA 1YQVY 2XIVA 3H41A 1LZ1A 4PHIA 2ZYCA 9LYZA 1YANA 2IFFY 3WVXA 1BB5A 2W1LA 4F0VA 5F16A 1UA6Y 3A93A 4G4HA 2MEIA 2G4PA 1B7RA 4WG1A 2B5ZA 4D9ZA 4OWAA 1G7JC 3B0KA 3A94A 3B72A 1NKHA 2CDSA 2BQJA 3LZ2A 4MSTA 3WH1A 4BAPA 2BQHA 2BQFA 1G7MC 5I4YA 4HPEA 4DD2A 5LAGA 3AGGG 3G3AB 3T36A 4OWBA 4Q4GX 1D0LA 2DQFC 5F9UA 4CFOA 2Z18A 4TWSA 1HEWA 3PBIA 4QDNA 3A2YA 3TXKA 1IWTA 1C10A 1HHLA 1B7OA 1HELA 4LYTA 4BAFA 1VATA 3ATNA 4LYCA 1I20A 4N5RA 4WL6A 4B4IA 1GEVA 4G49A 1YAQA 2Z39A 5FHWA 5L3IA 1BVKC 4DD1A 1CJ8A 5F9XA 1JKAA 3BKHA 1LZ6A 2H5ZA 4LYMA 5B05A 5KXRA 3KAMA 2K1GA 1P2CC 5KKJA 1WVUA 2ZYPA 3F6ZA 2IO9A 1LSYA 4YOPA 4NGLA 4WG7A 1YAMA 1GB3A 4F4MA 1JISA 1UIHA 3A95A 5LA5A 2BLYA 3A96A 2DQHY 3CSZA 3TXDA 3P64A 1OUGA 3WUMA 208LA 1GF3A 1YKYX 4I8SA 3A34A 4RLNA 1FDLY 1INUA 1FKVA 1GB0A 1GE0A 1QTEA 3CSRA 4H91A 4WLDA 5HMJA 4EQ8A 1IX0A 5LVJA 1B7QA 1KXXA 1V7SA 4DDBA 5IHGA 2RSCA 4UWUA 4KL7A 4WM2A 2FYCA 1IR9A 1B2KA 5KXOA 4M4OA 1QSWA 4HV1A 1IORA 4IASA 4C3WA 1IOTA 4EOFA 5HLLA 2ZWBA 4GN4A 5J7CA 4N9RA 1LJGA 1LTMA 4H8XA 1HMKA 1LMQA 3AZ6A 1CNSA 5LVHA 3BKVA 1OQMA 4TSCA 1LHLA 1LZSA 3K3TA 4G4BA 1GXV2 1Z55A 3W6AA 1FBIX 1G7LC 5M1YA 1LSZA 4ZFPA 1FLQA 5C6JA 4PPOA 2VOBA 1LZYA 134LA 5LYTA 1GFAA 1D0MA 4HJVA 1OUDA 2DQEY 4Z41A 1B5ZA 5EBHA 1GFTA 1OUBA 1OUCA 1BB6A 1QDTA 2Z37A 1EQ4A 1JUGA 1C45A 3J4GA 2G4NA 1EQ5A 1UICA 1ALCA 4NSIA 1C43A 3AW7A 4YEMA 4YM8A 4WM5A 4NGVA 3RZ4A 1AM7A 4H9FA 4WM4A 1IP7A 1TEWA 4DT3A 4WM1A 2YBHA 1KIQC 1NWGA 1LHJA 4H8ZA 4NGIA 1W08A 2GV0A 1QDRA 4GLAA 4XJDA 1GF8A 1IC7Y 4QEQA 5E9RA 5KY1A 2W1YA 4CSHA 3W3EA 4M6DA 3A67Y 2D4IA 4ET8A 5FDJA 2EIZC 1LZNA 4OWEA 1VDQA 1KIPC 2LYZA 3TXEA 3NE0A 5HQ1A 1LJFA 1IEEA 3A6CY 2EQLA 1IWWA 4NGYA 2Y8PA 4XJGA 1NMMA 1LMTA 1RJCB 1WVVA 3SP3A 1MLCE 5B59A 1ZVYB 4WLXA 3G3BB 1UACY 1LSNA 4O34A 1B5WA 1UIEA 3M3UA 4G4CA 3WUNA 1REMA 5E4PA 1WTNA 2DQDY 3OK0A 3QE8A 4ZIXA 1AKIA 3B0OA 5KJ9A 1PZYA 4CT3A 1LSMA 3WW5A 5C6LA 194LA 2XTHA 2YBMA 1GEZA 2DKVA 4Z98A 1CKFA 3T6UA 1C08C 4A7DA 4ANRA 1GFEA 4TSBA 1UIGA 1GF6A 1GB7A 1HC0A 1GDXA 4HPIA 1GFUA 2ZNWY 1HERA 2LYMA 3RU5A 1LJNA 2ZNXY 5APFA 4H9BA 1JTOL 2ZQ3A 1IWUA 2W1XA 3FE0A 4FGEA 3WULA 4CGKA 1IWXA 1CJ7A 1GE4A 4HP0A 3WPKA 3W6FA 2BQGA 1PS5A 1CKDA 3GXKA 1JWRA 1LMPA 3A6BY 3HBDA 1HF4A 1YROA 4NGKA 1LHIA 1WQNA 5KXSA 1GE3A 1B5XA 5K7OA 1DZBX 1TCYA 1IOCA 1LZGA 3CB7A 1YL0X 4H9EA 1XFPL 4N1EI 5FELA 3TMVA 4KT3A 3A30A 3RT5X 1GBYA 3A91A 2D91A 1IR7A 4PGJB 1GDWA 3W6EA 3N9AA 1YL1X 4OWCA 2HEBA 3B6LA 1GF9A 4H1PA 2MEAA 1B7LA 1UIBA 4WM6A 4B49A 1F10A 4ZEEA 4UWVA 1N4FA 1IP2A 1LZ8A 5LYZA 4H92A 1J1XY 4NG8A 5HNCA 1AZFA 5LVGA 1UBZA 3A92A 4NY5A 2Z2EA 4AXTA 5D5CA 1AT6A 2ZIJA 4XYYA 3TXJA 5F14A 1JHLA 2I6ZA 1GB5A 2YBJA 3KW0A 1HEOA 3TMUA 3CSQA 3WU8A 2BQEA 7LYZA 2FBBA 4WO9A 2A7FA 2MEEA 5HNLA 1LSBA 4ETAA 1GBXA 3P65A 3VPJA 1LJ4A 5FEKA 1VAUA 1DI3A 1J1PY 4HSFA 1UC0A 5C6IA 4NGJA 1JTTL 1HNLA 4B4EA 2VPSA 3AGHA 4GCDA 4GN5C 1I1ZA 1B7MA 4L41A 1NDGC 1UIDA 2LYOA 1LSGA 1XGPC 2HEFA 3P66A 4J1AA 4PRQA 4G9SA 4J7VA 4LFPA 4XJFA 2PC2A 2XBRA 4H90A 3W6CA 1JKCA 3AB6A 3LYZA 5I4XA 1XEIA 4XJHA 4H9CA 1ZMYL 1JTPL 3EO5A 4FJRA 5A3ZA 1HSXA 1JSFA 1LJEA 3WYHA 1IVMA 2ZQ4A 1JPOA 4IJ4A 1DKKA 4H8YA 4NHQA 1B7NA 2YVBA 2Z19A 3P4ZA 4CFPA 1E8LA 4FQAA 4EQAA 3P68A 3HBEX 5B06A 1F0WA 4Z46A 3WPJA 1B5YA 4HTQA 1DPWA 1LCNA 1LSFA 1G7HC 2W1MA 1JSEA 1SLYA 1UUZC 2BQIA 2C8OA 2HEDA 2MEFA 1FKQA 1BGIA 1C7PA 1UIFA 1LSDA 4GCCA 4OOTA 3CT1A 4LYZA 1H87A 3RW8A 1VEDA 3HBHA 1OP9B 1OUAA 4DD3A 1REYA 3QY4A 1BVXA 4FGIA 4NWHA 3TXHA 2BLXA 2BQKA 4OLKA 4X3BA 1YIKA 4DD9A 4DDAA 3GT2A 4LYBA 5APDA 4Z3MA 5KXKA 3J6KA 1YAOA 2I25L 4HV2A 2BQLA 5JENB 2BPUA 1NDMC 1LJIA 3MGWA 4B4JA 1REZA 2IO7A 4HTNA 1CKCA 5D5FA 1XEJA 4Q4TA 1A4VA 1DI4A 1LAAA 3HFMY 4NHPA 4OW1A 2G4QA 4W96A 4CJ2A 2HEAA 8LYZA 5IDDA 2YSSC 1NQIA 2HBWA 3I86A 1DXJA 1NBZC 1GB2A 3WU7A 1LZ5A 2MEGA 4P2EA 1XEKA 1GE2A 5DLAA 3GXRA 4E3UA 4OWHA 4R6CA 5L9JA 2HU3A 4H9HA 1T3PA 2BQAA 1LYOA 3AZ4A 1F6RA 3N9EA 4NFVA 4NIJA 1HSWA 1IC5Y 2HTXA 2Z2FA 1BWJA 4FGDA 4IATA 1WTMA 4ETDA 3S0QA 3B0IA 1B7PA 1IWZA 1GF5A 4W94A 2DQCY 1EQEA 5APEA 2LHMA 1QUSA 2YBLA 1B5UA 1IR8A 1DPXA 1FLUA 4DYGA 4FQBA 1BB3A 1I56A 4N1CC 2DQAA 5LAFA 5KXLA 4H9AA 1QSAA 2FG0A 1IP5A 1HEMA 1LZRA 4BS7A 4DD7A 6LYTA 5A3EA 3EMSA 5DN5A 1LJJA 4EOBA 1LZEA 2BQCA 1B9OA 3N9CA 1LYSA 2D4KA 3WXTA 3ZEKA 4KPMA 1OUJA 4PJ2C 1LKRA 4DDCA 2F30A 3AW6A 2F2NA 1LYYA 207LA 1CKGA 1GFJA 1CKHA 1WQPA 4RLMA 2F4AA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1LMCA 3TXBA 3F8VA 4LT0A 1TLAA 3TMWA 1D6QA 4XJIA 1REXA 1L28A 1QQYA 3W6DA 1XGQC 4ETEA 3C80A 3ATOA 2RBSA 5ILFA 1D3JA 3OE9A 5I4WA 1LZ4A 1L51A 2DQJY 4MCKA 1XEPA 1GFVA 1L25A 1QT6A 1IIZA 3CT5A 4WLTA 1LHHA 1HENA 3GULA 1CV5A 2OU8A 2Q9DA 4LFXA 4EKPA 119LA 4YENA 3ULRA 4CGEA 5ILCA 2HULA 1H6MA 4HJYA 3ZVQB 1L46A 1FLYA 253LA 5I53A 3CDQA 4N0JA 3C7ZA 4AGAA 5LA8A 2FBDA 220LA 1LZTA 1L05A 1T6HA 1JITA 2I26L 1C6DA 3CT0A 5KXTA 3DN1A 2A4TA 4DD0A 3VPIA 167LA 1B0DA 3L64A 196LA 1QTCA 4MR1A 1XGUC 1P37A 3LN2A 1LPYA 1YKZX 146LA 2WARA 1CX7A 2RB0X 1BWHA 1IP4A 3LZMA 1QT8A 2RBQA 1B7SA 1IWYA 1WQQA 4J1BA 4WO6A 1JKBA 2YBNA 2RBOA 1LMOA 1DQJC 180LA 1QTKA 2MEDA 4WM3A 4NHTA 120LA 1KIRC 4I7KA 1P2LA 4I0CA 4KXIA 104LA 1XGTC 1L53A 1RI8B 1TBYA 1IWVA 1AT5A 1OUHA 4GN3A 1GB8A 1L77A 3DN6A 1L79A 1T6VL 153LA 1GXXA 1LSPA 1LWGA 1HFYA 3M1UA 1EL1A 4JURA 2QB0B 2XIVA 4PHIA 1L80A 1CTWA 224LA 3WVXA 4EJ4A 2G4PA 1B7RA 1L62A 3B72A 1L20A 3LZ2A 2XQOA 4DD2A 3G3AB 3T36A 4OWBA 4Q4GX 4CFOA 163LA 2B6YA 2ANXA 3TXKA 1IWTA 1C10A 1C62A 1L50A 4LYTA 1VATA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4HZB A;  2H9J A;  4C5F A;  4UWN A;  2NWD X;  1LMC A;  3A90 A;  1GB6 A;  3A3Q A;  4LJ1 A;  4R0F A;  5FCP A;  2EKS C;  3TXB A;  5I5Q A;  1JJ0 A;  4LZT A;  4NHS A;  2CWI A;  3D3D A;  1RFP A;  4LT0 A;  5KXW A;  3PBC A;  4WLY A;  2ZIK A;  3LHM A;  3TMW A;  1BHZ A;  1BB7 A;  1D6Q A;  1VDS A;  1J1O Y;  2Z38 A;  3CQL A;  1D9U A;  1GB9 A;  1YKX X;  3EXD A;  3IJU A;  4XJI A;  4XJB A;  4ET9 A;  2X0A A;  1REX A;  3W6B A;  3WXU A;  4YEO A;  2BQN A;  1WQR A;  2BQO A;  2D6B A;  1LZ9 A;  1QQY A;  4GCB A;  5B07 A;  4NSG A;  3TXG A;  3ZVQ A;  1LOZ A;  3W6D A;  2VPM A;  2DQI Y;  1XGQ C;  1JIY A;  4ETE A;  5HMV A;  1IC4 Y;  3ATO A;  1IO5 A;  5T3F A;  4DC4 A;  2YBI A;  5ILF A;  1GBW A;  1YAP A;  1XGR C;  4NWE A;  4NGO A;  3WW6 A;  4B1A A;  5I4W A;  154L A;  2CJL A;  1LZ4 A;  2DQJ Y;  5LIN A;  4MCK A;  1OUE A;  3O98 A;  3TXF A;  1GFV A;  5LIO A;  1JJ1 A;  4F0W A;  1LYZ A;  3AZ7 A;  133L A;  3PVQ A;  1GAY A;  1GFR A;  1NF5 A;  1IIZ A;  1TAY A;  1IY3 A;  2XJW A;  1GF0 A;  1VDP A;  3AZ5 A;  3CT5 A;  132L A;  2C8P A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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