4FDYA

Crystal structure of a similar to lipoprotein, nlp/p60 family (sav0400) from staphylococcus aureus subsp. aureus mu50 at 2.23 a resolution
Total Genus 96
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
96
sequence length
295
structure length
294
Chain Sequence
GVTVSPEVLAHRPLIEKYGKEYGIEDYVSYILAIMQVESGGTAEDVMQSSESLGLPPNSLSTEESIKQGVKYFSELLTSAEQQGVDIDSVIQSYNYGGGFLNYVRSHGKKYTYELAEQFSKEKSGGQKADYPNPIAIPVNGGWRYNYGNQFYVQLVSQYLTDTSPTEFDDETVQVIMDEALKYEGFPYVFGGASPTTSFDSGLIQWVYDKAGISLPRVAQDQYDATQEISMEEAQAGDLIFFHSTYNAGTYVTHVAIYLEGNRFYHAGDPIGYGDLSSRYWQDHLIGARRVIHN
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Structures of a Bifunctional Cell Wall Hydrolase CwlT Containing a Novel Bacterial Lysozyme and an NlpC/P60 dl-Endopeptidase.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
source organism Staphylococcus aureus subsp. aureus
molecule keywords Similar to lipoprotein, NLP/P60 family
total genus 96
structure length 294
sequence length 295
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2012-05-29

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00877 NLPC_P60 NlpC/P60 family
A PF13702 Lysozyme_like Lysozyme-like
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 4fdyA01
3.90.1720.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex endopeptidase fold (from Nostoc punctiforme) endopeptidase domain like (from Nostoc punctiforme) 4fdyA02
1J1OY 4DWXA 3TXKA 1YROA 4NSHA 9LYZA 1GEVA 1IWWA 1C46A 4HJYA 3HBEX 1OUIA 3WXUA 5LVJA 4NHSA 5A3ZA 5M1YA 1XGUC 5KXRA 1BHZA 1PS5A 4H9BA 4N9RA 4NHQA 1GAYA 4NGVA 1IP4A 2YDGA 1JWRA 133LA 1QTKA 2MEEA 1GFAA 2MEAA 5F9XA 1HELA 2W1LA 5B06A 5KXPA 1CJ8A 5KXNA 3B0KA 1LZRA 1CKCA 3AZ7A 5HLLA 5LVHA 3I86A 1I56A 4IJ4A 2Z12A 3TXEA 1IWYA 1F10A 1JEFA 1UUZC 5LINA 5LIOA 1LJNA 2Z2EA 1LOZA 5APEA 5I53A 2DQFC 1GE2A 2BQAA 1GBOA 1HC0A 1GD6A 3WUAA 4Z46A 3H41A 1IOTA 1LJ3A 4WM5A 4WMGA 1UA6Y 1SQ2L 4G4BA 1JJ1A 3IJUA 1LZ8A 3TXIA 3A2ZA 3W6DA 1GF5A 1UIBA 4NG8A 1A4VA 3VPIA 4DD9A 1OUDA 3AGHA 1HMKA 1UIEA 5HQ1A 2FYCA 5D5CA 4BS7A 1T3PA 1LSNA 2WARA 1GB7A 1HFXA 3AGIA 1YAPA 4NWHA 4HPIA 5JENB 1GFEA 3BKHA 1FN5A 3TXGA 5FELA 3N9AA 1UIHA 4RLNA 4A7DA 4G9SA 1GF8A 2X0AA 2HEFA 2C8OA 1LZGA 1WQMA 2N5ZA 1LYSA 3A94A 3W6BA 5FEKA 1VATA 2HEEA 2BQOA 2HTXA 1LSPA 2VOBA 5B07A 2HEBA 1GWDA 3G3AB 1LSGA 4EQAA 1HFYA 1LSMA 4CSHA 2AUBA 1REXA 1LZAA 4NGWA 2DQJY 1EQ5A 1IOQA 1LZBA 4H94A 1HSWA 2VPSA 1REYA 1WTNA 3RU5A 3EO5A 1N4FA 2BQEA 2D4IA 4Z3MA 4LYMA 5F16A 1D6QA 1XFPL 2Z38A 2LHMA 1HEQA 3ULRA 1JJ0A 2XBSA 1CKFA 1GBWA 4GN5C 1UACY 4CFOA 4G4CA 4GCCA 1IEEA 1CNSA 1LSFA 1LSCA 2YVBA 3P68A 4TTDA 4WLTA 4ZIXA 2VPMA 1IR7A 3ZVQA 4I8SA 3WPJA 1LMTA 2BQHA 3WU7A 1IP2A 4DYGA 1YAQA 2D4JA 4ETEA 5C6LA 4ETDA 4R0KA 1FBIX 3ATNA 5F81A 1LHMA 1PZYA 3AGGG 1I1ZA 4BAPA 1IR8A 8LYZA 4LFXA 1CJ9A 5HMVA 4H92A 3AZ4A 4DD3A 2IOBA 4Q4NA 1KXYA 1GFJA 4NGIA 5APFA 2W1YA 5FDJA 5KXLA 4NG1A 1LYZA 1W08A 1VDQA 1CJ6A 1BWIA 4OWAA 4Q4TA 1ZVYB 1T6VL 1XGPC 1SLYA 2MEHA 4LFPA 3EMSA 1IC4Y 1IC7Y 3GXKA 1LKSA 1BB5A 3LYMA 1TDYA 3TMXA 1C10A 3WXTA 4KT3A 3A3RX 4DDAA 4FQAA 5B05A 4DD2A 4HV1A 3AZ5A 4G49A 1RJCB 135LA 194LA 1GB0A 5IDDA 2W1MA 4ANRA 3D9AC 134LA 2MEFA 4XN6A 1ZVHL 1JTPL 1GB5A 4ETAA 2A7FA 1LHKA 1JITA 4XJFA 1HERA 3RT5X 3ZVQB 4HTNA 1IWUA 1GB3A 3E3DA 1BQLY 4Z98A 4LT0A 1B2KA 2CDSA 2IO9A 1GFRA 6LYZA 3RW8A 4PRQA 3A34A 1B7PA 1OUJA 2BQJA 4ZEEA 4D9ZA 2XIVA 3J4GA 5FSTA 1LTMA 3GXRA 2Z19A 2ZWBA 4H91A 1GBZA 4YOPA 1WQRA 1QIOA 5I54A 3TXDA 3AB6A 5F14A 4F4MA 4YEMA 2MEGA 208LA 4C3WA 1AT6A 1O23A 1IY4A 4LGKA 1LZYA 1OUCA 3AJNA 2DQAA 4NGLA 4W96A 1IX0A 5B1GA 3LYZA 3PBCA 1LHJA 3RNXA 2Q0MX 4G4HA 1A2YC 2I26L 1XEJA 1GF4A 3HFMY 1JKDA 1UIAA 1H6MA 1B5WA 2LZ2A 2IHLA 2VB1A 4HZBA 4OOTA 3WULA 4BADA 2MEDA 3FE0A 1EQ4A 2ZQ4A 4WLXA 1VDPA 4WM2A 2I25L 1BB6A 1BVKC 3A96A 1VDSA 3LYTA 2YBNA 1AKIA 1G7HC 1QSAA 1B5YA 1IWTA 1NBYC 4H9AA 1CKHA 3QY4A 4N1CC 1GF7A 1JKBA 1HNLA 1LYOA 1B7SA 1LZTA 2LYZA 2D91A 1CJ7A 1YQVY 4WO9A 2NWDX 1CKDA 4GCFA 4LZTA 1JKCA 1HFZA 3CQLA 3LZTA 4TSCA 4TWSA 5DL9A 5ILFA 4NY5A 1B7NA 1C45A 1P2CC 4HJZA 4LYZA 1LJEA 1LMOA 4J7VA 1LSAA 1LZDA 4HPEA 4OW1A 2EIZC 4F0VA 1LZ4A 4ML7A 1LZ5A 4GLVA 4LYTA 1WQQA 4M6DA 4X3BA 5L3HA 3QE8A 4HP0A 3PBIA 1D6PA 1IP3A 1TEWA 5AMYA 3WMKA 2FG0A 4B0DA 1B9OA 1DPXA 1LJIA 2D4KA 1BB7A 3LHMA 1H87A 3M3UA 4MR1A 3TXJA 2DBTA 2HUBA 132LA 3TXHA 1VDTA 1GE3A 1IP5A 2ZILA 4QDNA 3W6EA 4R6CA 1GXV2 5LA8A 3CSZA 1DKJA 5II3A 4FQBA 1LJFA 2FYDA 4MCKA 3A67Y 4C5FA 3RZ4A 2GV0A 5A3EA 4ET8A 4PPOA 4UWVA 1DI4A 1HEPA 1JTTL 1RE2A 4N1EI 1GEZA 1BWJA 1LJHA 1WVVA 1EQEA 4N5RA 5DM9A 3QNGA 4FGIA 4ZFPA 1GF0A 3N9CA 3P65A 1NDMC 1G7MC 1GDXA 2DQGY 4WM4A 1IP6A 5B59A 3P4ZA 5DLAA 4M4OA 2YBJA 4DDBA 3LN2A 5KXYA 4WLYA 1HEWA 4H93A 3TXFA 4F0WA 1C08C 3KAMA 2BQBA 4XJGA 3W6AA 1IVMA 2IF6A 4HZ9A 4AXTA 3SP3A 3NPFA 1GE1A 5KXZA 1NHEA 2C8PA 2Y8PA 4PRUA 5C6IA 1TAYA 1W6ZA 1YAOA 3FI7A 2IOAA 1QSWA 1UCOA 1AZFA 1QTEA 1B5XA 4NHPA 3WH1A 4IATA 1KIPC 1GE0A 2DQIY 2IFFY 4QY9A 1GFGA 2F4GA 1UIFA 4EQ8A 1IWZA 2EPEA 1IO5A 4NSGA 3WW6A 4CGEA 4AGAA 1EL1A 2ZYPA 1HF4A 1ZV5L 2Z37A 1LJGA 3KW0A 4H9FA 1GB8A 4XJIA 1GAZA 1B0DA 2BQCA 2K3AA 1DKKA 1JISA 1MLCE 4CJ2A 4NSIA 5K7OA 4NGOA 2ZQ3A 4FGDA 1GB9A 1JUGA 1IOCA 1DI3A 4DT3A 2HU3A 1LHIA 5LYZA 1GBXA 1TCYA 2YBMA 4NGYA 3AW7A 1LZCA 4GN3A 3VPJA 1HEOA 1LSYA 4DD1A 4UWUA 5I4XA 1OUFA 2BQLA 1LZNA 1INUA 1B7RA 3D3DA 2B5ZA 1YL1X 5DN5A 3B6LA 2DKVA 3TXBA 3EBAB 4NGKA 4YENA 2BQGA 1NQIA 4GCBA 4BAFA 5KXOA 1YKYX 4Q4GX 1B5ZA 3WW5A 1FLQA 1WQPA 1DZBX 2ZNWY 4H9EA 4DDCA 3OJPA 2H9JA 2HEAA 4HTKA 1DI5A 4TX7A 1XEKA 1FDLY 4IASA 1LSDA 1XSFA 4CFPA 1B5VA 3B0IA 4LT3A 4NSJA 1HSXA 2F4AA 1OP9B 4J1AA 1IR9A 5FHWA 1V7TA 2RSCA 4ETBA 2BQIA 1F6SA 3MGWA 4EOBA 4XJHA 2MECA 4YF2A 1LHLA 1IP7A 1B7MA 1FLWA 1MELL 1FKVA 1JIYA 1OQMA 2BQNA 5LAFA 5LVIA 1GB2A 2BLYA 3OK0A 5KXTA 1REMA 1G7LC 3WUMA 1QDRA 1TBYA 1GPQC 4E3UA 1JKAA 4GLAA 1LSZA 2BQKA 4HTQA 1KIQC 1YL0X 4W94A 3WVXA 2HU1A 1LZ1A 3ATOA 1LMAA 2G4NA 4LT2A 3WYHA 3W6FA 4RDSA 2F30A 3P66A 4LYOA 5LVGA 2H9KA 1RCMA 1FLYA 4WM3A 3WU8A 3NE0A 3AYQA 2LYMA 5D5FA 5APCA 3M1UA 4CGKA 2DQDY 2YBIA 4WM6A 3G3BB 5KXKA 1J1PY 4LYCA 1HENA 1IIZA 2Z2FA 2D6BA 1IWXA 1RI8B 2LRJA 1GF9A 4B1AA 3W6CA 1WQOA 4OWEA 4XYYA 4QEQA 1YAMA 5T3FA 2DQCY 2H5ZA 1NKHA 3M18B 4EOFA 4II8A 1GF6A 1GXXA 3CT5A 1IOSA 4HJVA 3T36A 3CT0A 7LYZA 4L41A 5IHGA 2XJWA 5FCPA 153LA 4WLDA 1IY3A 1B5UA 1DQJC 1XGQC 4UWNA 4YEOA 5EBHA 1LZ6A 4YM8A 1JPOA 3EXDA 1UICA 3TMVA 1QUTA 5LYTA 3A6BY 4B49A 1LMNA 1JSEA 1LMCA 5I4YA 2BQFA 4CHXA 1RFPA 4TUNA 4NHTA 4FGEA 3CSQA 2I6ZA 1BWHA 4U3XB 1GBSA 4DD7A 4H1PA 5LXWA 3O98A 4WOAA 6LYTA 1KIRC 5KKJA 1D0LA 1GB6A 1D9UA 1XGTC 4FJRA 1REZA 3A91A 4MSTA 3CB7A 4NGJA 1OUHA 1IC5Y 1UBZA 5J7CA 3WVYA 4R0FA 3HBDA 5KJ9A 4OWBA 4H9HA 4B4IA 1BB4A 1GFKA 154LA 4XENA 2XBRA 3W3EA 5KY1A 3GT2A 4P2EA 4WG1A 4HV2A 3WPKA 4CT3A 1E8LA 3AZ6A 1LJ4A 4NHIA 1LHHA 1LMPA 1VFBC 4GCDA 2MEIA 3IWRA 4H9CA 1G7IC 5HNLA 2BAAA 2BLXA 2CWIA 4J0LA 2MEBA 1B7LA 1QQYA 4GCEA 3IJVA 4OOOA 4ETCA 4B4EA 5IELA 1F6RA 4WM1A 2BQMA 2G4QA 3PVQA 4WL6A 1YKXX 5I5QA 1I20A 2Z39A 4OWHA 5ILCA 4H90A 4OWCA 4PHIA 4RLMA 4RW1A 3A2YA 1HMLA 1GFHA 3A93A 3WL2A 1VAUA 1WQNA 4TSBA 1XGRC 1FLUA 1Z55A 3B0OA 4HSFA 1LJKA 2IO8A 5LVKA 1JHLA 2ZIJA 4GN4A 3A8ZA 1VEDA 2HECA 1OUEA 5L9JA 2K1GA 3A95A 4XJDA 1JJ3A 1HHLA 3ZEKA 5LYMA 2CJLA 2CGIA 3HBHA 3TMUA 1BGIA 2LZTA 5I4WA 1NDGC 5KXMA 2W1XA 3WUNA 1FKQA 1QUSA 1DXJA 1UIDA 2ZIKA 4JXBA 4XJBA 1B7QA 1LZEA 4PJ2C 5DN4A 4H8ZA 2HEDA 5APDA 5LA5A 1BB3A 4LJ1A 2EKSC 4O34A 3CT1A 4ET9A 3A30A 4Z41A 3P64A 2F2NA 2YSSC 1GBYA 2FBBA 4WL7A 2BQDA 4QGZA 1OUAA 4DC4A 4PGJB 1CKGA 1YKZX 3S0QA 5E9RA 1JSFA 2EQLA 1GDWA 2ZNXY 2HBWA 1ALCA 1QDTA 3BKVA 4NEBA 3WU9A 4NIJA 3LZ2A 4H9IA 2BPUA 2A7DA 1DPWA 1D0MA 1LSEA 1YILA 1OUBA 1GFUA 1KXWA 1OUGA 2ZYCA 5KXSA 1NF5A 3N9EA 4I0CA 1GF3A 4LYBA 3A6CY 2G4PA 3J6KA 3AW6A 2LYOA 3K3TA 3LYOA 4NGZA 3A92A 4WO6A 1LKRA 1YANA 5KXXA 1WVUA 1NWGA 3B72A 4RW2A 4J1BA 1LZ9A 2DQEY 1GFTA 3T6UA 3CSRA 1BVXA 3A3QA 5L3IA 5KXWA 5C6JA 1NMMA 2EVRA 1AM7A 4NFVA 1LPIA 1LZSA 3TMWA 1ZMYL 2FBDA 4DD0A 1LYYA 5E4PA 1HEMA 2XTHA 1UIGA 4H8YA 4FDYA 1F0WA 4N0JA 4LT1A 1D0KA 1JTOL 1V7SA 4NWEA 3VWOA 2IO7A 1IORA 1LAAA 4WG7A 3F6ZA 1IWVA 1YIKA 4KPMA 4N8ZA 1AT5A 1G7JC 4XADA 5B1FA 193LA 3A90A 1LSBA 5HNCA 4B4JA 1LCNA 5HMJA 5KKIA 2PC2A 1B7OA 1GE4A 207LA 1GFVA 2YBLA 4OLKA 2YBHA 1C7PA 4H8XA 4KXIA 1IP1A 3WPLA 1J1XY 4EMNA 2DQHY 1XEIA 5F9UA 1NBZC 4KL7A 1GHLA 1KXXA 5LAGA 1C43A 1LJJA 1LMQA 1WTMA 1UC0A 2Z18A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1J1OY 1YROA 4NSHA 9LYZA 1L69A 1IWWA 1OUIA 3WXUA 5M1YA 4AQNA 1PS5A 2RBNA 4NHQA 3OE9A 4NGVA 2YDGA 5KXPA 1CJ8A 1DYBA 3I86A 2Z12A 1IWYA 1UUZC 5LINA 1L81A 155LA 1LOZA 5I53A 1GBOA 3H41A 1OWYA 1QSQA 1JJ1A 1LZ8A 151LA 1CTWA 2RBRA 1A4VA 232LA 4DD9A 1OUDA 1HMKA 1UIEA 2FYCA 1L44A 5D5CA 1GB7A 1HFXA 3PBLA 5JENB 3TXGA 4I7JA 1GF8A 1LYSA 2HEEA 2VOBA 1L08A 1GWDA 252LA 2AUBA 1REXA 1CU6A 1IOQA 1LZBA 1SX7A 1L93A 3DN2A 1N4FA 2BQEA 2D4IA 172LA 1D6QA 3V2WA 1C60A 3P68A 1LSCA 1IR7A 2RBSA 4DYGA 1YAQA 3ATNA 4BAPA 3CDVA 8LYZA 4LDEA 236LA 4NGIA 1L01A 1LYZA 3HUQA 4OWAA 1T6VL 4LFPA 222LA 1IC4Y 3EMSA 3LYMA 1TDYA 3L2XA 4FQAA 4DD2A 4HV1A 1PQOA 3AZ5A 1L49A 135LA 194LA 1GB0A 2W1MA 134LA 1ZVHL 1GB5A 3C83A 1LHKA 4XJFA 259LA 1BQLY 6LYZA 1L85A 4DQJA 3A34A 1B7PA 1OUJA 4D9ZA 2XIVA 5FSTA 2Z19A 4H91A 1C6BA 4YXCA 3HTDA 4C3WA 1C6PA 1LZYA 4W96A 2DQAA 5B1GA 2I26L 1H6MA 1C6IA 1L07A 2OE7X 3WULA 4BADA 2ZQ4A 1CU3A 1L91A 1VDPA 1T97A 2YBNA 1AKIA 1B5YA 140LA 1L97A 1LW9A 4WO9A 4TWSA 1JKCA 1P46A 4TSCA 4HJZA 1LJEA 1LSAA 4HPEA 5L3HA 3QE8A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1J1O Y;  4DWX A;  3TXK A;  1YRO A;  4NSH A;  9LYZ A;  1GEV A;  1IWW A;  1C46 A;  4HJY A;  3HBE X;  1OUI A;  3WXU A;  5LVJ A;  4NHS A;  5A3Z A;  5M1Y A;  1XGU C;  5KXR A;  1BHZ A;  1PS5 A;  4H9B A;  4N9R A;  4NHQ A;  1GAY A;  4NGV A;  1IP4 A;  2YDG A;  1JWR A;  133L A;  1QTK A;  2MEE A;  1GFA A;  2MEA A;  5F9X A;  1HEL A;  2W1L A;  5B06 A;  5KXP A;  1CJ8 A;  5KXN A;  3B0K A;  1LZR A;  1CKC A;  3AZ7 A;  5HLL A;  5LVH A;  3I86 A;  1I56 A;  4IJ4 A;  2Z12 A;  3TXE A;  1IWY A;  1F10 A;  1JEF A;  1UUZ C;  5LIN A;  5LIO A;  1LJN A;  2Z2E A;  1LOZ A;  5APE A;  5I53 A;  2DQF C;  1GE2 A;  2BQA A;  1GBO A;  1HC0 A;  1GD6 A;  3WUA A;  4Z46 A;  3H41 A;  1IOT A;  1LJ3 A;  4WM5 A;  4WMG A;  1UA6 Y;  1SQ2 L;  4G4B A;  1JJ1 A;  3IJU A;  1LZ8 A;  3TXI A;  3A2Z A;  3W6D A;  1GF5 A;  1UIB A;  4NG8 A;  1A4V A;  3VPI A;  4DD9 A;  1OUD A;  3AGH A;  1HMK A;  1UIE A;  5HQ1 A;  2FYC A;  5D5C A;  4BS7 A;  1T3P A;  1LSN A;  2WAR A;  1GB7 A;  1HFX A;  3AGI A;  1YAP A;  4NWH A;  4HPI A;  5JEN B;  1GFE A;  3BKH A;  1FN5 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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