4HPEA

Crystal structure of a putative cell wall hydrolase (cd630_03720) from clostridium difficile 630 at 2.38 a resolution
Total Genus 95
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
95
sequence length
293
structure length
288
Chain Sequence
TGMNLSAEVLKHQPMVEKYARENGISEYVNVLLAIIQVESGGTAEDVMQSSESLGLPPNSLDTESSIKQGCKYFASLLSSSKNQGIDDLNVAIQSYNYGGGYVGYVAGKGKKHTFNLAESFAREKSGGKKVTYTNPIAVAKNGGWRWNYGNMFYVELVNQYLTSGELAQKVMNEALKYQGWKYVYGGSNPNTSFDSGLTQWCYGKAGISLPRTAQAQYDATQHLPLSQAKAGDLVFFHSTYNAGSYVTHVGIYVGNNQMYHAGDPIGYADLSSSYWQQHLIGAGRVKQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Crystal structure of a putative cell wall hydrolase (CD630_03720) from Clostridium difficile 630 at 2.38 A resolution
rcsb
molecule tags Hydrolase
source organism Clostridium difficile
molecule keywords Putative cell wall hydrolase Tn916-like,CTn1-Orf17
total genus 95
structure length 288
sequence length 293
chains with identical sequence B, C, D, E, F
ec nomenclature
pdb deposition date 2012-10-23

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00877 NLPC_P60 NlpC/P60 family
A PF13702 Lysozyme_like Lysozyme-like
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 4hpeA01
3.90.1720.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex endopeptidase fold (from Nostoc punctiforme) endopeptidase domain like (from Nostoc punctiforme) 4hpeA02
5JENB 1LZ5A 1AT5A 4L41A 1UIFA 4OWAA 4OLKA 1LZ6A 3K3TA 3ATOA 4NGYA 3A8ZA 4F0WA 3D9AC 1SLYA 1IWUA 1JITA 1LSYA 2FBDA 5KXYA 3WU9A 2A7FA 5LAGA 3CQLA 1WQPA 2F4GA 1WQMA 5C6IA 1LSBA 3WW6A 4ANRA 1REZA 1LYSA 1H6MA 3J4GA 4LT0A 4N0JA 1JKDA 1GF7A 207LA 4NWEA 2EQLA 1IR7A 1G7HC 2Z19A 1CJ8A 1RFPA 1CJ6A 5HMVA 4HZBA 4IATA 3ZEKA 5EBHA 1GF4A 1KIRC 1OUGA 4TUNA 5KXSA 1SQ2L 1KIQC 1JIYA 2BQJA 2DQEY 7LYZA 1LZBA 1LMQA 4ETDA 2HEAA 1ZV5L 5I4YA 4LT2A 1YL0X 1B7QA 1XGUC 3O98A 194LA 1XGRC 3EO5A 2BQAA 5LAFA 1C08C 1BB7A 1F0WA 5A3ZA 1LYYA 1TBYA 1JJ0A 1UIAA 4DC4A 3EMSA 5B1FA 3WH1A 1QUTA 3A6BY 2D4KA 2IO9A 4H8ZA 1LMOA 1GEVA 2F30A 3LYTA 3KW0A 2VOBA 1IOSA 4GCDA 4Q4GX 1JSEA 4F0VA 1GFKA 3GXKA 3AYQA 1B7MA 1GB6A 2D4JA 2HEBA 5HNLA 4CGKA 2I26L 1B5UA 4A7DA 4KPMA 4B4JA 1HFZA 4HTNA 5LVGA 2CGIA 5FELA 1QTEA 4LYMA 4DWXA 1UIEA 3RZ4A 1HHLA 5IDDA 3LYZA 3BKHA 3P68A 4NHPA 5KXTA 3WULA 1LMAA 3AJNA 4QEQA 1IOQA 4G4CA 2IO7A 133LA 1NBZC 1VAUA 2BQFA 1AKIA 5LA8A 4CFPA 4H9EA 2ZNXY 3VPIA 2MECA 3CT1A 1GB9A 5KXZA 1NF5A 3AGIA 4W96A 4HZ9A 4HJZA 3E3DA 9LYZA 5APDA 1HERA 3S0QA 4WM2A 3N9AA 4GN5C 4LYBA 135LA 3AB6A 4XJBA 4ZFPA 5ILFA 3P66A 4WM1A 2Z38A 4W94A 1C7PA 5B1GA 4XJFA 2DQGY 2A7DA 2K1GA 1HMLA 2WARA 2YBJA 2BLXA 1IP7A 3AW7A 1FLQA 3TMWA 2MEFA 2EIZC 1LMCA 1LZAA 4YEOA 1LSMA 4J0LA 4LZTA 3A94A 1FDLY 4DYGA 3GXRA 3RT5X 1DPXA 1LSCA 1J1XY 1E8LA 1ALCA 1IC5Y 2EKSC 1B5ZA 1LJIA 1VFBC 2FYDA 1OUCA 4RW2A 3VWOA 1OUFA 3CSZA 5LYMA 4I8SA 1GHLA 1B5XA 1WQOA 1UIHA 1LZYA 1F6RA 1LJNA 4H9IA 1RE2A 1LZTA 1W08A 4NSJA 1DKKA 1F10A 1GWDA 1QDRA 1LZNA 1LMTA 4NGIA 4GCFA 5D5CA 4H9BA 1IP2A 1Z55A 3B0IA 4GN3A 5KKJA 1JKCA 8LYZA 3ZVQA 1HELA 2HTXA 4YOPA 4H91A 1JWRA 4HPIA 5F81A 1IWVA 4LFXA 1HC0A 1IWZA 134LA 1FBIX 1LCNA 1YILA 2HU3A 4GLAA 2DQHY 4DDCA 1BHZA 1HMKA 1G7MC 2CWIA 2IHLA 4OWHA 1A4VA 4UWVA 3TXKA 1YQVY 1XGQC 1NBYC 1LZCA 3WU8A 4B49A 2FG0A 4HV2A 1QSAA 2VB1A 1INUA 1YKYX 4NEBA 1UIBA 2MEAA 4NGZA 1BB3A 1JJ3A 1IC7Y 2Q0MX 1NHEA 2Z39A 4NFVA 4NY5A 3AW6A 4TSCA 4NGVA 1YL1X 1LZ1A 1IEEA 4OOTA 4H9HA 4NHQA 3WMKA 1GB3A 3A95A 3EXDA 5I4XA 4N9RA 2BQLA 2LZTA 1G7JC 3TMXA 3KAMA 4ML7A 4XJDA 5KXLA 1CKHA 3W6AA 1GE0A 4II8A 1GBOA 2DQJY 5KKIA 5FDJA 4E3UA 1LKRA 3T6UA 4BS7A 4WG1A 4G9SA 4EOFA 4XADA 1GFVA 5I54A 4HV1A 2IO8A 2G4NA 1IORA 1JKAA 2IOAA 3M1UA 1HEQA 1CKCA 1LMNA 1QDTA 4M4OA 4KT3A 1JSFA 4PRUA 3LYMA 1HEWA 4CJ2A 2MEGA 3TMUA 1GBSA 1LJ3A 1PS5A 4WMGA 1GAYA 3B6LA 4PJ2C 5L3IA 2DQDY 1T3PA 2ZYPA 1I56A 4XYYA 4BADA 4TSBA 4ZIXA 5LVJA 4H9CA 2DQCY 1B2KA 1TCYA 1BB6A 4N1EI 1B7SA 4AGAA 1A2YC 1D0MA 4M6DA 4AXTA 1DI5A 1LSPA 1OQMA 4LGKA 1XEIA 4DD1A 1D6PA 3AGGG 4NSIA 1GB7A 1GBWA 1GE1A 1LPIA 1LSEA 1WTMA 3AZ7A 1GF3A 3N9CA 4NGKA 3ATNA 3QNGA 4NG8A 1REXA 3FE0A 2G4QA 1FKVA 3CSRA 2BPUA 2YBMA 3T36A 2GV0A 2PC2A 4NGJA 1JPOA 1BB5A 1LSZA 5FSTA 1GB0A 6LYZA 1H87A 1RJCB 4R0KA 5M1YA 5KXKA 1QUSA 3B0OA 4ZEEA 1J1PY 1LHLA 1GAZA 3IWRA 1GB5A 1GE2A 3P65A 4WM3A 4DD7A 1WQRA 1G7IC 4FGEA 4NSHA 5D5FA 2D91A 1DI4A 4NHIA 1B7RA 4CHXA 153LA 4FGDA 2XJWA 1UIGA 4O34A 4LT1A 1LHMA 5L9JA 1LZRA 4GN4A 1DQJC 2BQIA 4LJ1A 2HUBA 2ZWBA 3LN2A 2MEBA 4CT3A 4WM5A 4NWHA 1IX0A 3MGWA 1IOTA 1BVKC 4HTKA 4B4IA 5HNCA 1WQNA 1IVMA 5KXMA 4NHSA 1P2CC 4RDSA 5DL9A 1XEKA 1WVVA 3LZ2A 4J1BA 1GB8A 1YAPA 1FLYA 3WXUA 3NE0A 1IP3A 1GF5A 1YANA 5DN4A 2BQCA 1JJ1A 5LVKA 1IP6A 1IWYA 4FQBA 2ZIKA 3D3DA 1OUBA 2C8OA 3G3AB 2K3AA 2I6ZA 2XIVA 1GPQC 2IOBA 1UCOA 2BQHA 2Z12A 1GDXA 4WLYA 1IC4Y 3TMVA 1LZEA 4WLDA 1GFJA 5IELA 2BLYA 2DQAA 4XJHA 3WUNA 1C10A 5B59A 4CGEA 4LYOA 4KL7A 3W6EA 3A67Y 4C5FA 4X3BA 4DDBA 1VDPA 5T3FA 4Q4TA 1YIKA 1GXV2 2YBLA 4XJIA 5HQ1A 1REMA 3WL2A 4PGJB 4BAPA 4QY9A 2ZNWY 5KXXA 2XBRA 1LJHA 3H41A 3TXGA 5LVHA 2HECA 3TXDA 3FI7A 2VPMA 1V7SA 2LZ2A 4ETBA 1BQLY 1HSWA 3TXHA 1KXWA 3I86A 1I1ZA 4RLNA 5C6JA 4LYZA 4G4BA 2EVRA 1ZVHL 4WM6A 4Z41A 1VDQA 5B07A 5B05A 4J1AA 1DZBX 1NDGC 3B0KA 1GFEA 1YKZX 2I25L 2BAAA 1IP5A 1B7PA 4Z98A 1GBXA 3WUMA 1MLCE 1JTTL 4LT3A 2LYMA 1LAAA 4B1AA 1YAOA 2DQFC 1EQ5A 2VPSA 2BQBA 4H9AA 4TTDA 1LSGA 1MELL 4ETCA 5I53A 1TAYA 1C46A 5KXRA 1WQQA 1NWGA 3ULRA 5DM9A 4GLVA 2Z2EA 3M3UA 1F6SA 1QSWA 4DD3A 4FQAA 1KIPC 2CJLA 3CSQA 2YSSC 4DDAA 4NHTA 5B06A 1FLUA 2MEEA 4NGLA 4PPOA 2XTHA 2IFFY 1GE4A 4H8XA 1RI8B 1LJFA 4GCCA 4HSFA 1AT6A 1CKFA 3A90A 1IP1A 4XJGA 4CSHA 4HJVA 2H9JA 3ZVQB 3CB7A 5LXWA 3VPJA 1FN5A 3A2ZA 3A2YA 1GD6A 2X0AA 5KXNA 2DBTA 1D9UA 5DN5A 5K7OA 1FLWA 2D6BA 2RSCA 3TXJA 5IHGA 1LZ9A 2CDSA 4KXIA 1J1OY 1GB2A 1UACY 2DKVA 2LYOA 5FHWA 4EQAA 1B9OA 4NGWA 1B7NA 1HF4A 1JHLA 1JKBA 2YVBA 2Z37A 4DT3A 2LRJA 3M18B 4N5RA 1GEZA 1OUIA 4H8YA 1GFGA 1VATA 5LYTA 1OP9B 3BKVA 3RNXA 1HSXA 4Q4NA 1CJ9A 4EOBA 5J7CA 1HEOA 4YM8A 1OUHA 4Z3MA 1CKGA 2Y8PA 3A96A 1XSFA 4R0FA 2HEEA 2Z2FA 5HMJA 4DD0A 1GFHA 2F2NA 5LIOA 1D0LA 3HFMY 3A91A 6LYTA 1XGPC 1VDTA 5ILCA 2W1XA 4H94A 4WO6A 4ETAA 4Z46A 1PZYA 1LJGA 1LJEA 4N8ZA 1B5WA 1DXJA 4J7VA 4ET9A 1GF8A 3TXIA 4OOOA 3A30A 1FKQA 1HEMA 1HNLA 1XEJA 1EL1A 3B72A 2ZQ4A 1LYOA 5APFA 5FEKA 3WPJA 1LZSA 5KY1A 1CNSA 1LSAA 5I4WA 193LA 5L3HA 1B5YA 4XN6A 4LFPA 1GF0A 4G4HA 1JUGA 1EQEA 3PBIA 5E9RA 1GBZA 1LZGA 208LA 1NDMC 1DPWA 3A92A 5APCA 3A6CY 1BVXA 3HBDA 3P4ZA 4H1PA 5KJ9A 1REYA 4FGIA 1IY4A 1GFUA 1HENA 2DQIY 4YF2A 1B7LA 4G49A 1BWIA 3P64A 4NG1A 5LINA 3PBCA 1LJJA 3A93A 3AGHA 3AZ6A 5F14A 1QIOA 1YKXX 4IASA 1YROA 1VDSA 1UIDA 2F4AA 1D6QA 3OK0A 4RLMA 4U3XB 4LYTA 1GFRA 2HBWA 3HBEX 2FYCA 1EQ4A 1QTKA 1IIZA 1LZDA 1GFAA 4MR1A 4QGZA 3WVXA 4D9ZA 3EBAB 1AM7A 1RCMA 5F16A 2YBNA 132LA 1JEFA 3AZ5A 3AZ4A 1HFXA 1LZ4A 1WVUA 3IJUA 3W3EA 4YENA 5A3EA 3WW5A 3PVQA 2BQGA 4FJRA 3CT5A 1ZVYB 1LZ8A 1OUDA 5LVIA 4CFOA 1LKSA 4WLTA 1UC0A 5F9UA 4TWSA 1BWJA 1DI3A 1D0KA 4MSTA 4DD9A 1OUEA 3IJVA 2ZILA 4B4EA 1NQIA 2FBBA 1WTNA 2W1MA 3TXEA 1TDYA 1GFTA 5F9XA 2BQNA 2BQOA 4R6CA 2YBHA 4UWNA 1I20A 5LYZA 3TXBA 1LSNA 3OJPA 1LSFA 4P2EA 3W6CA 4WL6A 1UBZA 1LSDA 1NMMA 2NWDX 4TX7A 4WOAA 4EMNA 4MCKA 4H93A 4PRQA 4YEMA 1NKHA 1LHIA 1YAQA 2B5ZA 2H9KA 3A34A 4F4MA 4OWCA 2N5ZA 1IWTA 3HBHA 1OUAA 2HEFA 3RW8A 1LYZA 2AUBA 2W1LA 4WG7A 4OWBA 1VEDA 3RU5A 3LZTA 1C45A 1BB4A 1GXXA 1JTPL 1IWXA 1DKJA 2ZQ3A 4NGOA 4OW1A 5KXWA 1B7OA 2HEDA 1XFPL 3WVYA 4H9FA 1IR8A 4H90A 2W1YA 3LHMA 4HJYA 5AMYA 1LJ4A 1O23A 2BQDA 2LYZA 1YAMA 2YDGA 1G7LC 4GCBA 4HPEA 3SP3A 1BWHA 1JISA 3CT0A 5LA5A 1UUZC 3W6DA 4NSGA 154LA 4WO9A 2Z18A 4LYCA 2D4IA 4IJ4A 3A3QA 5FCPA 4FDYA 3TXFA 1XGTC 4WL7A 4ETEA 1UA6Y 2IF6A 4PHIA 5II3A 3A3RX 1KXXA 2G4PA 4OWEA 4RW1A 2MEDA 3WXTA 3QY4A 4ET8A 1IO5A 1C43A 5E4PA 4BAFA 3NPFA 4JXBA 2EPEA 1LTMA 4XENA 1LHKA 2H5ZA 4DD2A 2MEHA 2BQEA 1LJKA 4NIJA 2ZYCA 1ZMYL 5HLLA 5APEA 3WYHA 4C3WA 4GCEA 1QQYA 4H92A 4I0CA 2XBSA 2YBIA 1T6VL 3N9EA 5DLAA 1GE3A 3QE8A 1W6ZA 1AZFA 1IY3A 1GBYA 3W6BA 1JTOL 1GF9A 5KXOA 1LHJA 2BQKA 2HU1A 5I5QA 1TEWA 1KXYA 4QDNA 2C8PA 3WUAA 4HTQA 1HFYA 4N1CC 1GDWA 1LHHA 1LMPA 1GF6A 1OUJA 3J6KA 2BQMA 3F6ZA 3G3BB 4WLXA 3WPLA 4B0DA 1N4FA 3GT2A 3LYOA 4UWUA 1B5VA 1HEPA 1CJ7A 1UICA 5KXPA 4WM4A 1IWWA 5C6LA 1IOCA 4EQ8A 2MEIA 2LHMA 1B0DA 3WPKA 3WU7A 1LOZA 1IP4A 1V7TA 4HP0A 1BGIA 1CKDA 3W6FA 1IR9A 2ZIJA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
131LA 1LZ5A 1C6FA 3K3TA 3ATOA 4F0WA 1JITA 3CQLA 1CTWA 4AQNA 1WQMA 1L98A 1LSBA 1OYUA 3J4GA 1L38A 1GF7A 207LA 4EKSA 2EQLA 2Z19A 3HT9A 3C7WA 3GUIA 4HZBA 4IATA 5EBHA 1GF4A 5I4YA 1C6GA 4LT2A 1YL0X 1XGUC 255LA 194LA 1C08C 1BB7A 1KY1A 5A3ZA 1LYYA 1TBYA 3EBQA 3EMSA 1KNIA 1LMOA 2F30A 3LYTA 4F0VA 1C6BA 1GFKA 1G07A 5LVGA 2CGIA 1QTEA 4LYMA 5IDDA 1QUOA 4NHPA 4QEQA 3OE6A 3SBBC 1L36A 1NBZC 1AKIA 4H9EA 2OU0X 2MECA 1LLHA 3AGIA 3CDTA 1LYHA 1L45A 1HERA 4LYBA 4GN5C 4XJBA 1L94A 2A7DA 2K1GA 3AW7A 185LA 2MEFA 3C8RA 4YEOA 1LSMA 3RT5X 1DPXA 1G0KA 4I7RA 2EKSC 1LJIA 1OUCA 200LA 4E97A 183LA 1C66A 1RE2A 1F10A 3RZEA 1L26A 1JKCA 152LA 4H91A 1JWRA 5F81A 1IWZA 1LCNA 1YILA 1G0MA 2HU3A 4GLAA 177LA 1CU3A 4DDCA 1HMKA 3L64A 1YQVY 1NBYC 180LA 1JJ3A 1IC7Y 2Q0MX 1NHEA 159LA 4OOTA 3WMKA 1GB3A 3EXDA 1C62A 1G7JC 3TMXA 3KAMA 1PQKA 3W6AA 4II8A 1G1VA 2RAZX 3T6UA 4BS7A 4XADA 5I54A 1IORA 218LA 1CKCA 1L89A 1JSFA 3G3XA 190LA 211LA 1T3PA 4TSBA 4H9CA 253LA 4N1EI 1A2YC 1L83A 1DYDA 4LGKA 3AGGG 4NSIA 1GBWA 2OU9A 3FE0A 2YBMA 3T36A 3HTBA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5JEN B;  1LZ5 A;  1AT5 A;  4L41 A;  1UIF A;  4OWA A;  4OLK A;  1LZ6 A;  3K3T A;  3ATO A;  4NGY A;  3A8Z A;  4F0W A;  3D9A C;  1SLY A;  1IWU A;  1JIT A;  1LSY A;  2FBD A;  5KXY A;  3WU9 A;  2A7F A;  5LAG A;  3CQL A;  1WQP A;  2F4G A;  1WQM A;  5C6I A;  1LSB A;  3WW6 A;  4ANR A;  1REZ A;  1LYS A;  1H6M A;  3J4G A;  4LT0 A;  4N0J A;  1JKD A;  1GF7 A;  207L A;  4NWE A;  2EQL A;  1IR7 A;  1G7H C;  2Z19 A;  1CJ8 A;  1RFP A;  1CJ6 A;  5HMV A;  4HZB A;  4IAT A;  3ZEK A;  5EBH A;  1GF4 A;  1KIR C;  1OUG A;  4TUN A;  5KXS A;  1SQ2 L;  1KIQ C;  1JIY A;  2BQJ A;  2DQE Y;  7LYZ A;  1LZB A;  1LMQ A;  4ETD A;  2HEA A;  1ZV5 L;  5I4Y A;  4LT2 A;  1YL0 X;  1B7Q A;  1XGU C;  3O98 A;  194L A;  1XGR C;  3EO5 A;  2BQA A;  5LAF A;  1C08 C;  1BB7 A;  1F0W A;  5A3Z A;  1LYY A;  1TBY A;  1JJ0 A;  1UIA A;  4DC4 A;  3EMS A;  5B1F A;  3WH1 A;  1QUT A;  3A6B Y;  2D4K A;  2IO9 A;  4H8Z A;  1LMO A;  1GEV A;  2F30 A;  3LYT A;  3KW0 A;  2VOB A;  1IOS A;  4GCD A;  4Q4G X;  1JSE A;  4F0V A;  1GFK A;  3GXK A;  3AYQ A;  1B7M A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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