4HPEA

Crystal structure of a putative cell wall hydrolase (cd630_03720) from clostridium difficile 630 at 2.38 a resolution
Total Genus 95
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
95
sequence length
293
structure length
288
Chain Sequence
TGMNLSAEVLKHQPMVEKYARENGISEYVNVLLAIIQVESGGTAEDVMQSSESLGLPPNSLDTESSIKQGCKYFASLLSSSKNQGIDDLNVAIQSYNYGGGYVGYVAGKGKKHTFNLAESFAREKSGGKKVTYTNPIAVAKNGGWRWNYGNMFYVELVNQYLTSGELAQKVMNEALKYQGWKYVYGGSNPNTSFDSGLTQWCYGKAGISLPRTAQAQYDATQHLPLSQAKAGDLVFFHSTYNAGSYVTHVGIYVGNNQMYHAGDPIGYADLSSSYWQQHLIGAGRVKQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Crystal structure of a putative cell wall hydrolase (CD630_03720) from Clostridium difficile 630 at 2.38 A resolution
rcsb
molecule tags Hydrolase
source organism Clostridium difficile
molecule keywords Putative cell wall hydrolase Tn916-like,CTn1-Orf17
total genus 95
structure length 288
sequence length 293
chains with identical sequence B, C, D, E, F
ec nomenclature
pdb deposition date 2012-10-23

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00877 NLPC_P60 NlpC/P60 family
A PF13702 Lysozyme_like Lysozyme-like
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 4hpeA01
3.90.1720.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex endopeptidase fold (from Nostoc punctiforme) endopeptidase domain like (from Nostoc punctiforme) 4hpeA02
1J1OY 1HHLA 2HEEA 135LA 5I53A 2ZIJA 5APEA 4H93A 3CQLA 1YL1X 3WH1A 5B07A 5LIOA 1UICA 1GB2A 3W6CA 1PZYA 1OUDA 5F81A 1HEWA 5KKJA 4FJRA 3LN2A 1GB0A 1GFHA 1NBZC 3WPLA 2DQIY 4NHIA 1IWYA 3TXJA 4DDBA 5B59A 154LA 1WQQA 4B1AA 2HECA 5I54A 4HZ9A 5KXWA 1OUGA 1AT6A 3AGHA 4QEQA 4IATA 4PRQA 4AGAA 4A7DA 1G7LC 1JHLA 1BB5A 2EKSC 4H8YA 4HJYA 5FDJA 4NHPA 1GPQC 1GF9A 4LYTA 1BB6A 4HPIA 1DXJA 1UA6Y 4NFVA 4HV1A 3I86A 1WTNA 1B2KA 2DQJY 1GF6A 1XSFA 2YBIA 3WU8A 1IEEA 1B5XA 1UIAA 5IELA 2F2NA 4WM4A 2D91A 2Q0MX 4XJBA 4XN6A 4J7VA 2LYOA 4ML7A 4Z98A 3H41A 4R0KA 4NWEA 2VPMA 4DD9A 1LSDA 4OW1A 1NDGC 1WQRA 1HSWA 1YILA 4TTDA 2Z2EA 1HC0A 1HERA 2LZTA 5AMYA 2LZ2A 4F0VA 3J4GA 1BB3A 1VEDA 4G9SA 3OK0A 3O98A 134LA 1LSCA 3A91A 4NY5A 4UWUA 3TMUA 4EMNA 3GXRA 3W3EA 1RCMA 2FBBA 1B5WA 2XIVA 1C43A 4RLNA 2CJLA 4NGLA 2XBRA 4GN4A 2D4IA 1TBYA 1BQLY 3WULA 4WM5A 4J1AA 4GLVA 4CT3A 1LHLA 1JUGA 5LA8A 4NEBA 3TMVA 1KXXA 5DN4A 3WW6A 4DDAA 1FDLY 3A2ZA 1QDTA 4LGKA 1V7TA 5I4WA 1IVMA 4R0FA 1LHHA 1NDMC 4M6DA 4IASA 4LYCA 4DD0A 1B7NA 1YQVY 2ZQ4A 4LT2A 5M1YA 1P2CC 4N8ZA 2MEDA 4XADA 4H9IA 4W96A 4ETBA 4II8A 1LZGA 4LYMA 4B4JA 1YAOA 1A4VA 1VDQA 2RSCA 4N1CC 5D5FA 1IO5A 4B4EA 5KXOA 5FEKA 2VOBA 4CGKA 1B7OA 1JTOL 1KIPC 1GFVA 1SQ2L 2W1MA 3W6DA 3WU7A 1GF3A 1CJ9A 2YBHA 1IC4Y 4CFOA 1V7SA 1LPIA 2Z19A 4XJFA 3ZVQB 2DQFC 4LT3A 2C8PA 1LZ5A 1B5UA 1J1XY 1XEJA 3M1UA 4YENA 5KXZA 4WL7A 4DT3A 4HTKA 4NWHA 3WUMA 3EMSA 3P68A 1LHKA 2CGIA 2HEDA 4GCEA 1LYSA 4H92A 4WO9A 3QNGA 1LMPA 1GFGA 5C6LA 4G4CA 1IX0A 1XGPC 5LVIA 3RT5X 1ZVYB 3HBEX 1LMOA 1REMA 4OWHA 5DN5A 1QUTA 1T3PA 3F6ZA 3WUNA 1D0KA 3AW7A 1BGIA 4XJIA 4PJ2C 5HMJA 3SP3A 1REYA 2Z2FA 5KY1A 2NWDX 3TXBA 4PRUA 1AKIA 1LZBA 1OUBA 2DQDY 5KXMA 1NKHA 4PPOA 3T6UA 1LJFA 2ZYCA 3AGIA 1LHMA 3WPJA 1HEOA 1GF5A 4GCCA 1KXWA 5LXWA 3A92A 1KIQC 1IORA 1FKVA 207LA 2ZNXY 2HUBA 5A3EA 5KXKA 4Q4GX 2ZQ3A 3AZ4A 2W1YA 1UIEA 3B0KA 1FLUA 2MEIA 1LZ9A 3FI7A 4Q4NA 2BQCA 2BQEA 4B4IA 5A3ZA 5KXTA 1IIZA 4WM2A 3RZ4A 1YAQA 4OOOA 4N5RA 1YIKA 2MEFA 4H94A 1GF4A 3A94A 1IP2A 4N1EI 4NG1A 4JXBA 4G4BA 2EVRA 1UIFA 3TXDA 4X3BA 5B06A 4YOPA 4ANRA 132LA 5HMVA 4XJHA 4Z46A 5K7OA 3KW0A 1E8LA 1LJEA 1NBYC 1OUAA 1BB7A 4OWCA 2MEHA 4YM8A 1B7LA 3RNXA 1Z55A 2ZNWY 3AZ6A 4F4MA 4GN3A 4I0CA 1IOQA 1QUSA 1QSWA 1OUCA 4HP0A 2A7DA 3M3UA 1LYOA 3GT2A 2XJWA 2YBMA 1OP9B 2D4JA 1RE2A 4WLYA 4R6CA 1GB8A 1LZRA 5KXRA 5DLAA 4H1PA 1YAMA 4WG1A 2XTHA 1LSFA 7LYZA 4NHQA 1DI3A 4BADA 1LSYA 1XEIA 2BQDA 4H9BA 4WL6A 2H9KA 2IHLA 1LMCA 1GDWA 4NSHA 4J1BA 4WOAA 5F9UA 2LRJA 1LSMA 1H87A 1IC5Y 5HQ1A 4CSHA 5KXXA 5EBHA 1JTPL 1GAYA 3T36A 1VATA 2Z18A 1UCOA 2HEFA 1LZ1A 4XENA 3WMKA 1UBZA 1GF7A 2DQCY 5FELA 1JJ1A 1GFKA 5KXLA 4BAPA 4TSCA 1G7IC 2BQLA 4ZFPA 4EOFA 1MELL 1ZVHL 1GBOA 2HU3A 3W6EA 4LFXA 4CGEA 2IOAA 4EQ8A 1GFTA 3LHMA 1LSPA 4L41A 3W6AA 1ZMYL 1LKSA 1CKHA 1LZ6A 1LSAA 4H9FA 4NGOA 1YKYX 3HFMY 4OWAA 1LZAA 3WPKA 3TXGA 1GBZA 1OUIA 3CSZA 4H9HA 5LVKA 1B7RA 3NPFA 1REXA 2BPUA 4RW2A 1UC0A 6LYTA 1IWWA 4NGZA 4NHSA 4DD7A 4KL7A 5APCA 4H9EA 1LJ4A 1LJNA 4NSIA 5IDDA 1IR9A 1QTKA 1LHJA 1I20A 4LFPA 5LYTA 1FLYA 1LHIA 1IOSA 3BKHA 4DYGA 4UWNA 5E4PA 4AXTA 4C5FA 2DQEY 4NSGA 5ILCA 1QDRA 1NQIA 2DQGY 2FBDA 2XBSA 4Q4TA 1LZNA 2BQNA 1JIYA 1WVVA 3LYOA 1IR7A 1B7SA 1JPOA 2BQHA 4LT0A 1KIRC 4NGWA 4XJDA 2K1GA 2LYZA 4OLKA 1VFBC 2X0AA 1G7JC 3EXDA 1GFJA 1XFPL 3A67Y 4GCDA 1IWZA 1LYZA 2BQBA 3W6BA 1HNLA 3P64A 3CT5A 4WM1A 4LZTA 4TUNA 4QGZA 4WLTA 4OOTA 1B5VA 1IWUA 2Z37A 3AZ5A 1LYYA 2I25L 2MEBA 3AGGG 2LHMA 4IJ4A 4RW1A 4TWSA 2FYCA 3CB7A 3CT1A 3N9EA 1OUJA 1RFPA 1VAUA 2IO8A 2BQKA 1UIBA 3KAMA 3TXEA 1GE0A 3PBCA 1WTMA 3A90A 1IWXA 1EL1A 4ZIXA 1LJIA 1IOTA 4F0WA 1NHEA 1JKDA 1HFYA 2G4NA 1IP1A 4H8XA 4HV2A 4NIJA 4BS7A 4EQAA 1GXXA 3M18B 1HELA 3S0QA 1QQYA 4H91A 1QSAA 2Z39A 5D5CA 4DD2A 1IC7Y 2HBWA 1WQPA 4LJ1A 3VPJA 1XGQC 1HFZA 1RI8B 3AW6A 2D4KA 4P2EA 1GB7A 1T6VL 5T3FA 1LSBA 1B0DA 3TMXA 1YKZX 1LMAA 133LA 1LOZA 4HJVA 1IP6A 1G7MC 208LA 4TSBA 3IJUA 1FN5A 2DQAA 3NE0A 1LZ4A 1LMQA 4NSJA 4LYOA 5B1GA 3PVQA 1NMMA 1BWHA 194LA 1KXYA 4KPMA 1JJ0A 1LKRA 3A3QA 3TMWA 3J6KA 1WQOA 4D9ZA 1OUEA 5FSTA 2CDSA 2G4PA 2HEBA 3B6LA 1J1PY 1QIOA 4HJZA 4H90A 5LAFA 2LYMA 1LSGA 1GBWA 1GWDA 2I6ZA 4M4OA 1GEZA 4WLDA 3WVXA 5LYMA 4FQBA 4OWEA 4CFPA 2ZYPA 2F4GA 5II3A 3P4ZA 1HSXA 4DDCA 1BVXA 3MGWA 1YKXX 2BQMA 2BQFA 5HLLA 1UUZC 3BKVA 8LYZA 2N5ZA 5FHWA 1LAAA 1QTEA 3AYQA 2VB1A 1TAYA 2YBLA 2D6BA 4WMGA 1GFAA 4XJGA 5B1FA 4C3WA 1F0WA 3CSQA 5I4YA 2PC2A 3A96A 1JKCA 3LYTA 5LA5A 5LVJA 5J7CA 1CNSA 1ZV5L 3LYZA 3WW5A 2F4AA 1C08C 1W6ZA 3G3AB 1MLCE 4MR1A 5APFA 1YROA 5I5QA 2EQLA 5L3HA 5LAGA 4CJ2A 2WARA 1OUFA 1SLYA 2DKVA 2YVBA 1F6RA 1GE2A 4DD3A 4YF2A 4W94A 5LINA 4HTNA 1D0LA 1GF8A 1GBXA 3P66A 1FLWA 3LZ2A 3E3DA 1B9OA 4BAFA 3ATNA 3ZEKA 1VDPA 3RW8A 1JJ3A 3EO5A 3RU5A 1IY3A 2FG0A 5F9XA 5L3IA 1BB4A 2Z12A 1REZA 4B0DA 1UACY 2ZILA 2GV0A 4LYBA 2MEEA 2HEAA 3A30A 1IWTA 1IY4A 1YAPA 2BQJA 3EBAB 4H9AA 4U3XB 5KJ9A 3A2YA 4ZEEA 4H9CA 1I1ZA 2Z38A 2IFFY 1XGRC 1D6PA 4HTQA 3CT0A 1XEKA 1I56A 1GBSA 153LA 2ZWBA 1IR8A 1JISA 5KXPA 3ZVQA 4FGIA 3VPIA 3A3RX 1C45A 1DZBX 4YEOA 2MECA 1IP7A 1LMTA 1LZCA 4NGIA 5KXSA 1GFEA 3QE8A 5APDA 1EQEA 2BLXA 1GFUA 3TXIA 1GHLA 3AZ7A 2W1LA 1CJ7A 3P65A 1GBYA 3A95A 2FYDA 2K3AA 3IJVA 2H5ZA 2HU1A 1BHZA 1LJKA 4DC4A 3B0OA 3PBIA 2BQAA 1DI5A 4UWVA 1HEPA 1LZYA 1LZSA 1DKJA 2CWIA 1D9UA 4MSTA 2YSSC 1C46A 1YANA 1XGTC 2C8OA 4WM3A 2ZIKA 1DKKA 4ETCA 1GAZA 3AJNA 1XGUC 4N9RA 1FBIX 1GDXA 1ALCA 3HBHA 1C7PA 4XYYA 5F14A 1TEWA 1LSEA 1OUHA 3WL2A 1AZFA 1HMKA 4NGKA 1D0MA 1H6MA 1LZTA 1VDTA 1LMNA 3OJPA 1B7MA 1GB5A 3HBDA 3K3TA 1HENA 4GLAA 1WVUA 4LYZA 5KXNA 5JENB 2VPSA 1JKBA 5E9RA 1LJGA 4DD1A 1DI4A 1FKQA 4KT3A 3A6CY 4WG7A 3GXKA 4ETEA 4Z3MA 4NGYA 3WXTA 6LYZA 3IWRA 5KKIA 2YBJA 5HNCA 1WQMA 3QY4A 5DM9A 4J0LA 3TXHA 1GB3A 4ET9A 2BLYA 2IOBA 1IP5A 1LZEA 1LZ8A 1DQJC 1D6QA 1W08A 2I26L 2MEAA 4ET8A 1TCYA 5HNLA 4FDYA 4NG8A 1JTTL 4HPEA 5KXYA 1PS5A 4PHIA 4FQAA 4WM6A 3A6BY 1A2YC 1B5YA 1LJJA 3WXUA 1CKCA 4QDNA 2IF6A 1LSNA 4E3UA 1CKFA 4LT1A 4GCBA 2EIZC 4WO6A 1HF4A 1GXV2 1HEQA 1LJ3A 5F16A 5C6JA 3N9AA 3N9CA 1G7HC 1NWGA 1LCNA 1F6SA 1JKAA 1UIGA 4H8ZA 5L9JA 4DWXA 1CKDA 4I8SA 4G49A 3ULRA 9LYZA 1AT5A 1HMLA 4PGJB 3WU9A 3WYHA 1CJ6A 2W1XA 3D3DA 5LVGA 2B5ZA 3LYMA 4N0JA 3VWOA 1TDYA 1INUA 1JSEA 1GE4A 2HTXA 1VDSA 1WQNA 1LZDA 1YL0X 2Y8PA 3D9AC 3W6FA 1GFRA 2F30A 4O34A 4WLXA 4B49A 1B5ZA 1N4FA 2H9JA 1AM7A 4HSFA 4NHTA 193LA 4CHXA 5LVHA 2BQGA 4NGVA 1GE3A 1EQ5A 3B72A 2EPEA 1EQ4A 2DBTA 1CKGA 4GN5C 4FGDA 3CSRA 1LJHA 1GD6A 1BWJA 1BVKC 1GF0A 2A7FA 2MEGA 4G4HA 4MCKA 1IP4A 4NGJA 3TXKA 2YDGA 1JWRA 4RLMA 1GEVA 2BQIA 3A8ZA 1UIHA 4QY9A 5LYZA 1IP3A 4ETDA 1GB9A 1FLQA 5B05A 3A93A 5FCPA 3B0IA 4YEMA 3WUAA 5IHGA 2IO9A 3LZTA 2AUBA 1LTMA 1O23A 2DQHY 2YBNA 3ATOA 5DL9A 4OWBA 1IOCA 4GCFA 1LSZA 1UIDA 1CJ8A 1JEFA 2IO7A 3TXFA 4EOBA 1DPWA 1GE1A 1HFXA 1JITA 3A34A 1C10A 3G3BB 4KXIA 1GB6A 3AB6A 2BQOA 1JSFA 1RJCB 3FE0A 4Z41A 5I4XA 3WVYA 1F10A 4TX7A 1BWIA 2G4QA 1NF5A 1HEMA 1DPXA 5ILFA 4RDSA 1OQMA 4FGEA 4HZBA 1IWVA 2BAAA 4ETAA 1B7QA 5C6IA 1B7PA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
256LA 5APEA 5I53A 1C64A 1GB2A 3W6CA 1PZYA 1C68A 1HEWA 4FJRA 1CVKA 1L27A 3LN2A 1GFHA 4NHIA 4B1AA 1P6YA 2HECA 3GUPA 4HZ9A 3DN0A 4QEQA 4A7DA 1G7LC 181LA 4LYTA 1C6MA 1L05A 3HTBA 1B2KA 3C7WA 1XSFA 3FADA 5IELA 4WM4A 2D91A 4XN6A 3H41A 4I7MA 1LSDA 4OW1A 1YILA 1HC0A 1L42A 3O98A 1LSCA 3W3EA 219LA 2XIVA 172LA 4GN4A 1TBYA 4WM5A 5DN4A 1CX6A 1IVMA 1NDMC 4IASA 228LA 1L67A 4ARPA 4EKRA 2B6WA 4W96A 4II8A 4LYMA 4N1CC 4HFKA 2HULA 226LA 1B7OA 1GF3A 1C6FA 4XJFA 1LPIA 2B75A 3ZVQB 1LZ5A 1B5UA 3M1UA 120LA 4H92A 1QUGA 3NY8A 1IX0A 5LVIA 3HBEX 176LA 158LA 1LMOA 1QUTA 3F6ZA 1L54A 1LYEA 5HMJA 4ARJA 1REYA 2Z2FA 1CU0A 123LA 5KXMA 3T6UA 3DNAA 1LHMA 3WPJA 5LXWA 1L83A 3A92A 2ZNXY 5KXKA 147LA 245LA 1L34A 2ZQ3A 1UIEA 125LA 3FI5A 4B4IA 1CU6A 2MEFA 1L79A 1GF4A 4N1EI 4JXBA 2EVRA 4X3BA 4YOPA 1E8LA 1NBYC 3RNXA 2IGCA 1OUCA 139LA 3M3UA 1NHBA 1LYOA 1DYBA 4LDOA 222LA 5DLAA 4H1PA 1T6HA 2XTHA 1LSFA 3G3XA 4IAPA 4NHQA 1LSYA 2BQDA 1QSQA 1QS5A 1GDWA 4J1BA 127LA 1IC5Y 1L82A 1LSMA 2RBQA 4EJ4A 2B6ZA 5KXXA 1JTPL 2HEFA 2A4TA 138LA 4TSCA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1J1O Y;  1HHL A;  2HEE A;  135L A;  5I53 A;  2ZIJ A;  5APE A;  4H93 A;  3CQL A;  1YL1 X;  3WH1 A;  5B07 A;  5LIO A;  1UIC A;  1GB2 A;  3W6C A;  1PZY A;  1OUD A;  5F81 A;  1HEW A;  5KKJ A;  4FJR A;  3LN2 A;  1GB0 A;  1GFH A;  1NBZ C;  3WPL A;  2DQI Y;  4NHI A;  1IWY A;  3TXJ A;  4DDB A;  5B59 A;  154L A;  1WQQ A;  4B1A A;  2HEC A;  5I54 A;  4HZ9 A;  5KXW A;  1OUG A;  1AT6 A;  3AGH A;  4QEQ A;  4IAT A;  4PRQ A;  4AGA A;  4A7D A;  1G7L C;  1JHL A;  1BB5 A;  2EKS C;  4H8Y A;  4HJY A;  5FDJ A;  4NHP A;  1GPQ C;  1GF9 A;  4LYT A;  1BB6 A;  4HPI A;  1DXJ A;  1UA6 Y;  4NFV A;  4HV1 A;  3I86 A;  1WTN A;  1B2K A;  2DQJ Y;  1GF6 A;  1XSF A;  2YBI A;  3WU8 A;  1IEE A;  1B5X A;  1UIA A;  5IEL A;  2F2N A;  4WM4 A;  2D91 A;  2Q0M X;  4XJB A;  4XN6 A;  4J7V A;  2LYO A;  4ML7 A;  4Z98 A;  3H41 A;  4R0K A;  4NWE A;  2VPM A;  4DD9 A;  1LSD A;  4OW1 A;  1NDG C;  1WQR A;  1HSW A;  1YIL A;  4TTD A;  2Z2E A;  1HC0 A;  1HER A;  2LZT A;  5AMY A;  2LZ2 A;  4F0V A;  3J4G A;  1BB3 A;  1VED A;  4G9S A;  3OK0 A;  3O98 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
 256L A;  5APE A;  5I53 A;  1C64 A;  1GB2 A;  3W6C A;  1PZY A;  1C68 A;  1HEW A;  4FJR A;  1CVK A;  1L27 A;  3LN2 A;  1GFH A;  4NHI A;  4B1A A;  1P6Y A;  2HEC A;  3GUP A;  4HZ9 A;  3DN0 A;  4QEQ A;  4A7D A;  1G7L C;  181L A;  4LYT A;  1C6M A;  1L05 A;  3HTB A;  1B2K A;  3C7W A;  1XSF A;  3FAD A;  5IEL A;  4WM4 A;  2D91 A;  4XN6 A;  3H41 A;  4I7M A;  1LSD A;  4OW1 A;  1YIL A;  1HC0 A;  1L42 A;  3O98 A;  1LSC A;  3W3E A;  219L A;  2XIV A;  172L A;  4GN4 A;  1TBY A;  4WM5 A;  5DN4 A;  1CX6 A;  1IVM A;  1NDM C;  4IAS A;  228L A;  1L67 A;  4ARP A;  4EKR A;  2B6W A;  4W96 A;  4II8 A;  4LYM A;  4N1C C;  2HUL A;  226L A;  1B7O A;  1GF3 A;  1C6F A;  4XJF A;  1LPI A;  2B75 A;  3ZVQ B;  1LZ5 A;  1B5U A;  3M1U A;  120L A;  4H92 A;  1QUG A;  3NY8 A;  1IX0 A;  5LVI A;  3HBE X;  176L A;  158L A;  1LMO A;  1QUT A;  3F6Z A;  1L54 A;  1LYE A;  5HMJ A;  4ARJ A;  1REY A;  2Z2F A;  1CU0 A;  123L A;  5KXM A;  3T6U A;  3DNA A;  1LHM A;  3WPJ A;  5LXW A;  1L83 A;  3A92 A;  2ZNX Y;  5KXK A;  147L A;  245L A;  1L34 A; 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