The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
164
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sequence length |
541
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structure length |
522
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Chain Sequence |
LGHLAKGASLDDLIDSCIQSFDADGNLCRSNQLLQVMLTMHRIVISSAELLQKVITLYKDALAKNSPGLCLKICYFVRYWITEFWVMFKMDASLTDTMEEFQELVKAKGEELHCRLIDTTQINARDWSRKLTQKKRKVSLLFDHLEPEELSEHLTYLEFKSFRRISFSDYQNYLVNSCVKENPTMERSIALCNGISQWVQLMVLSRPTPQLRAEVFIKFIQVAQKLHQLQNFNTLMAVIGGLCHSSISRLKETSSHVPHEINKVLGEMTELLSSSRNYDNYRRAYGECTDFKIPILGVHLKDLISLYEAMPDYLEDGKVNVHKLLALYNHISELVQLQEVAPPLEANKDLVHLLTLSLDLYYTEDEIYELSYAREPRPVVVDWASGVSPKPDPKTISKHVQRMVDSVFKNYDHDQDGYISQEEFEKIAASFPFSFCVMDKDREGLISRDEITAYFMRASSIYSKLGLGFPHNFQETTYLKPTFCDNCAGFLWGVIKQGYRCKDCGMNCHKQCKDLVVFECKK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Structural analysis of autoinhibition in the Ras-specific exchange factor RasGRP1.
pubmed doi rcsb |
| molecule tags |
Signaling protein
|
| source organism |
Homo sapiens
|
| molecule keywords |
RAS guanyl-releasing protein 1
|
| total genus |
164
|
| structure length |
522
|
| sequence length |
541
|
| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2013-06-18 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF00130 | C1_1 | Phorbol esters/diacylglycerol binding domain (C1 domain) |
| A | PF00617 | RasGEF | RasGEF domain |
| A | PF00618 | RasGEF_N | RasGEF N-terminal motif |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | Recoverin; domain 1 | EF-hand | ||
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | Son of Sevenless (SoS) protein; Chain S, domain 2 | Ras guanine-nucleotide exchange factors catalytic domain | ||
| Mainly Alpha | Up-down Bundle | Son of sevenless (SoS) protein; Chain S, domain 1 | Son of sevenless (SoS) protein Chain: S domain 1 | ||
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Wheat Germ Agglutinin (Isolectin 2); domain 1 | Wheat Germ Agglutinin (Isolectin 2); domain 1 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2M0R A; 1BR1 B; 1R6P A; 2VRG A; 5D69 A; 4DIR A; 1BT6 A; 1TNP A; 1BF5 A; 2E73 A; 1XD2 C; 4DCK A; 5AAN A; 4ZCU A; 1K8U A; 1WY9 A; 2K7D A; 2KHN A; 5HKZ A; 2MJW B; 3A8R A; 4PE0 A; 4ETO A; 2EGD A; 3BOW A; 1J55 A; 3CR4 X; 3CZT X; 1SPY A; 1KWO C; 1F8H A; 2KAX A; 3UFF A; 2L2E A; 1PK0 D; 2BEC A; 2QPO A; 3OHM B; 3TDI A; 1K95 A; 4OKH A; 2J9R A; 2DOQ A; 1TBN A; 3LL8 B; 2Y4Q A; 3IF7 A; 2JNX A; 1YUS A; 1R79 A; 2K2F A; 3FWC A; 1WRK A; 2BKH B; 3SG7 A; 1DVI A; 4MZJ A; 1UHJ A; 4PE7 A; 4FTG A; 1M63 B; 1N0Y A; 1QS7 A; 1DF0 A; 1F4O A; 3CGA A; 3JTD B; 1RWY A; 1CDN A; 1JFK A; 1XFV O; 1WLZ A; 1NVU S; 2F3Z A; 2L0P A; 1OMR A; 1Y1X A; 3EVR A; 1RJV A; 1IRJ A; 2LE9 B; 4QJ5 B; 4OVN F; 2K2A A; 1Y0V H; 2KNE A; 1Y1U A; 2KI6 C; 2L4I A; 1JC2 A; 5G08 A; 1G4Y R; 4CID A; 1CMF A; 3GK4 X; 5FUX A; 2PAL A; 2MAZ A; 1NVV S; 3NSK A; 3EKJ A; 1L2O B; 3CR2 A; 3O6B A; 1EXR A; 1CLB A; 1B1G A; 1B47 A; 5KTY A; 2JT0 A; 2LVI A; 2HQW A; 3T6G A; 3SG5 A; 4GAO A; 3NXA A; 1KSO A; 4A4C A; 2ELI A; 1OZO A; 2LHI A; 3BUO B; 2ZN8 A; 2BKI B; 3F45 A; 4PHM A; 5F6T A; 4MGK E; 3FIA A; 1TIZ A; 1F4Q A; 2PVB A; 1CB1 A; 1PAL A; 2CCM A; 1AJ5 A; 3WNX B; 1XA5 A; 4YBH B; 4M2O A; 1D1O A; 4XYN A; 1NWD A; 2KI4 B; 3OX5 A; 1H4B A; 2KQ6 A; 3KHE A; 1J7Q A; 2LM5 A; 5I2L A; 2L98 A; 3I5G B; 1KFU S; 1BR4 B; 2IS9 A; 3IQQ A; 2FNF X; 5GQQ C; 1OZS A; 4JWQ A; 5IBW A; 2M9G A; 2AMI A; 2ZFD A; 3VRN A; 1K96 A; 4PE4 A; 4GFT A; 3CXL A; 1A75 B; 2MLF C; 5HYD A; 2LVV A; 4MRX A; 1C07 A; 1OSA A; 1UHK A; 1SYM A; 2GVI A; 5B8I B; 1EJ3 A; 1U5I A; 2LLT A; 2BL0 C; 1NIW A; 1F54 A; 1WDC B; 1AUI B; 2WVJ A; 2PRU A; 3BXK A; 1FBV A; 1QAT A; 2CXJ A; 2M49 B; 2AUC A; 2OS8 B; 3GK2 A; 1KBE A; 4MGZ E; 2EHB A; 2I7A A; 4NDC A; 3MSE B; 2I18 A; 2PAS A; 2E30 A; 2MA2 A; 3VRO A; 3TS5 C; 1IH0 A; 2I94 A; 3EK8 A; 2KAV A; 3JVT B; 1OMV A; 1CLL A; 2JTT A; 1JBA A; 5CSJ A; 1CM4 A; 2F3Y A; 4ORB B; 3SIA A; 1CFD A; 1W7J B; 4USL A; 4M2Q A; 2KDH A; 4UXI A; 2WCB A; 3EKH A; 2LP2 A; 1NPQ A; 2F2O A; 3TUY B; 3WXA A; 1IWQ A; 4XJK A; 2CNP A; 4WQ3 A; 2QPT A; 2UZ3 A; 1OQP A; 1MQ1 A; 2MHH A; 2H2K A; 1YUR A; 1JF0 A; 5CSI A; 3AKA A; 2JA1 A; 1LKJ A; 1XFX O; 3AAK A; 1WRL A; 1QIV A; 5CSN A; 1N2D A; 5HLV A; 1IQ5 A; 3CS1 A; 4MZK A; 1DF0 B; 1PSR A; 2LAP A; 1UUR A; 2JC2 A; 1UP5 A; 1MWN A; 2L50 A; 3OP0 A; 4NDD A; 4ORA B; 5I8N A; 1SCM C; 2BYV E; 3I5F B; 3NSL A; 1BG1 A; 4PAL A; 1KQM B; 1SRA A; 1DGU A; 2JTZ A; 1GGW A; 1LVC D; 5I2O A; 1SR6 B; 3DF0 A; 1CFP A; 1MXE A; 5ER4 X; 4L9M A; 3BQ3 A; 1SL9 A; 1N65 A; 5FUW A; 2QQE A; 1YUU A; 2SCP A; 4NYI S; 4I5K A; 4OCI A; 1B8L A; 4FKD A; 4NQG A; 1GGZ A; 1M31 A; 4MRY A; 1G33 A; 3BJI A; 3M0W A; 2ENZ A; 2Q4U A; 4E68 A; 1UHN A; 4JQ0 D; 2MBX A; 1YRT B; 3KEV A; 2KOT A; 4P2Y B; 1W4R A; 2NLN A; 3I5I B; 1XA6 A; 2CTN A; 1QXP A; 1REC A; 5DKN A; 1TCF A; 2HF5 A; 1TNQ A; 2EC6 C; 2K7B A; 2PMY A; 4HSZ A; 2DB6 A; 5FUV A; 1QVI Z; 2BE6 A; 1RTP 1; 2K7C A; 3I5H C; 1QX7 A; 1MXL C; 1TCO B; 3CWG A; 1S36 A; 2FCD A; 3UEY A; 1OMD A; 1C7W A; 2JNF A; 3T6A A; 1EG3 A; 3OB1 B; 2M8U A; 1BOD A; 4M2P A; 1AJ4 A; 1DJY A; 1A2X A; 2CT9 A; 2FJU B; 4C0J A; 1SBJ A; 1UUS A; 2R2I A; 2D8N A; 1FF1 A; 1NVW S; 4AQJ A; 1XFZ O; 4CFQ A; 1ALW A; 1K90 D; 4D1E A; 3PSR A; 2K61 A; 1TRF A; 2F33 A; 1A03 A; 2KGB C; 1AHR A; 1TTX A; 3A4U B; 3JTD C; 4MSP A; 2M1K B; 1U5I B; 5AEQ A; 1F71 A; 1BOC A; 3KY9 A; 1J1D A; 1SW8 A; 1IGV A; 1YRU B; 1IKU A; 1FAR A; 2BBN A; 3HX4 A; 1SL7 A; 4URU S; 2JUL A; 2JT3 A; 2WC8 A; 2ZRS A; 2QQ0 A; 1K9K A; 1NCY A; 1KK7 Y; 1EG4 A; 3KSY A; 1ZUZ A; 2ISD A; 1M45 A; 2MRD A; 1ODB A; 2M7N A; 1KWO B; 1PVA A; 2OPO A; 3NSI A; 3RLZ A; 3SIB A; 4JGW A; 5JJG A; 3HCM A; 5D7F A; 3SG6 A; 4N1G A; 4HRH A; 1B7T Y; 2JZI A; 3VRP A; 4MGI E; 2ROW A; 3DVK A; 3H4S E; 2LVK A; 1QX5 B; 2BCB A; 2WOS A; 2KFG A; 2L51 A; 1TOP A; 3D0Y B; 4B6D A; 1A29 A; 3AAJ A; 2KI4 C; 2KBI A; 3QXL A; 5ER5 A; 4MEW A; 1TNX A; 3I5G C; 2Q91 A; 1WRZ A; 2JXL A; 4OR9 B; 1GQM A; 1MUX A; 2Y1M A; 3DVJ A; 1H8B A; 1KK8 B; 5HKW A; 1LIN A; 1SKT A; 2KBM A; 1S5G Y; 3DF0 B; 1XBT A; 1PRW A; 1DJI A; 3O4Y A; 3ZNI A; 2ORV A; 3ZWH A; 3VRR A; 3FWB A; 2LMU A; 2FOT A; 3PLF B; 1BJF A; 3LLE A; 3PN7 B; 1XFU O; 4F7Z A; 2AAO A; 1FPW A; 1EH2 A; 1ZFS A; 2F2P A; 2JU0 A; 4YGD B; 2OS8 C; 1F55 A; 4BY4 A; 2LLS A; 2HET A; 1ZMZ A; 2NCO A; 2O5G A; 3PFV A; 3SG3 A; 1DT7 B; 3LK0 A; 3CR5 X; 2ZNE A; 4C0K A; 1TNW A; 1XO5 A; 4URY S; 4UXJ A; 1LA0 A; 4NYM S; 1C7V A; 4DUQ A; 5KU1 A; 3FS7 A; 2VRW B; 2ZN9 A; 1FW4 A; 2LUC A; 2WND A; 1KSM A; 2SAS A; 1CM1 A; 4P5O E; 3BOW B; 1XK4 A; 2YUU A; 4YGB B; 4OV2 A; 1CDP A; 1LXF C; 2Y1N A; 1QTX A; 1IJ6 A; 1CKK A; 5DKQ A; 4YGA A; 1ZOT B; 1V1F A; 4IL1 A; 4F0Z B; 1CFF A; 1NX0 A; 3EK7 A; 1YX7 A; 1NP8 A; 2KI6 D; 3GOF A; 4JPZ B; 3PM8 A; 1CTR A; 4GPL B; 4CPV A; 3UEJ A; 5K89 A; 1CDM A; 1AP4 A; 1NX2 A; 1RRO A; 2L4H A; 3DD4 A; 1SR6 C; 2NZ0 A; 2WCF A; 1PVB A; 1M39 A; 1SY9 A; 1NSH A; 1K2H A; 2WCE A; 1JF2 A; 1S6J A; 1CFC A; 4QJ3 B; 1NCX A; 2KFH A; 1XFY O; 3EVU A; 1B4C A; 1KCY A; 2BCA A; 5AFP A; 1KBF A; 2M3W A; 4I5L B; 1BKD S; 2ZKM X; 1B8C A; 1IG5 A; 1MF8 B; 3TS5 B; 1HT9 A; 1X02 A; 1QIW A; 1ZAC A; 2K7O A; 1GJY A; 3BUX B; 2ZND A; 1RK9 A; 2LV7 A; 5KSZ A; 2ORW A; 1DJW A; 1VRK A; 2KGR A; 2LP3 A; 1JWD A; 1DMO A; 2LMT A; 4PHK A; 1S1E A; 2J87 A; 1M46 A; 3VGO A; 1A4P A; 1IQ3 A; 1QLK A; 3UGD A; 1XVJ A; 3D10 A; 4PDZ A; 4US2 S; 3NSO A; 2G9B A; 1UHH A; 4AQI A; 1XK4 C; 1CLM A; 1G8I A; 1OOJ A; 2MLE C; 4HRG A; 1J1E A; 2GV5 A; 1B9A A; 4N5X A; 4TNC A; 4YGE B; 2OTG B; 4Q04 A; 4PCW A; 4DRW A; 4URV S; 1ALV A; 1SCM B; 3PAL A; 1W7I B; 2LUX A; 5CM9 A; 2KYC A; 2GGZ A; 2F8P A; 1SNL A; 1J7P A; 4GGN A; 2HPS A; 2JXC A; 4UXH A; 1A75 A; 1JUO A; 1S5G Z; 1EL4 A; 4YGC B; 4CFR A; 4YI8 A; 2M7L A; 5BPJ A; 2PSR A; 4GGF C; 1IJ5 A; 1DGV A; 1WLM A; 2TN4 A; 3BYA A; 4MGY E; 4MBE A; 4N1F A; 3BUW B; 2B8T A; 4YRU A; 4URX S; 3CF6 E; 3K21 A; 2EC6 B; 2ENN A; 4ZCV A; 3I5H B; 5HKY A; 1NVX S; 1NX3 A; 2G2B A; 1L2O C; 1SMG A; 4GBA A; 2KQY A; 1UWO A; 4URW S; 4XJK B; 2KAY A; 3EK4 A; 4ICB A; 4HRE E; 2I2R E; 1KFX L; 5CM8 A; 2NXQ A; 1XYD A; 1K93 D; 1TBO A; 1KK8 C; 2BCX A; 5JOL A; 4GNK B; 5HLO A; 1K9U A; 3C1V A; 2B1U A; 1FI5 A; 1BMO A; 2V53 A; 4WQ2 A; 1AVS A; 5AER A; 4WRI A; 2K8M B; 1YUT A; 1YVH A; 2M97 A; 1Y1A A; 3PN7 C; 3UGI A; 3IQO A; 5AXI A; 3BUM B; 1MR8 A; 1SK6 D; 1QV0 A; 4NDB A; 3EVV A; 5I2Q A; 3WHT B; 1SCV A; 2KYF A; 1QVI Y; 3KF9 A; 1QAS A; 1NUB A; 1FAQ A; 3LK1 A; 1WDC C; 4MZL A; 4BY5 A; 4QJ4 B; 3LCP C; 1XFW O; 1J7O A; 1KQV A; 2WOR A; 4FQO A; 1UHI A; 1K94 A; 3KPX A; 1NCZ A; 3ICB A; 2H61 A; 4A4B A; 1BU3 A; 4MN0 A; 1HQV A; 2HQ8 A; 1YX8 A; 5CSF A; 3E2I A; 1B8R A; 4PHN A; 3WHU B; 1S6I A; 3JVT C; 4MH0 E; 1TN4 A; 1R2U A; 1L7Z A; 2LVJ A; 2NCP A; 2JWW A; 3TUY C; 2IJE S; 4URZ S; 5FUY A; 1PSB A; 2LMV A; 1YR5 A; 1F70 A; 1E8A A; 3TZ1 A; 1Y8F A; 2KFF A; 1OE9 B; 2LNK A; 4YI9 A; 4US1 S; 3DVE A; 4MLW A; 1RFJ A; 1YTZ C; 3SG2 A; 4I5J A; 2KSP A; 1K9P A; 1J7R A; 2LHL A; 1YVL A; 5CPV A; 2M29 A; 2JQ6 A; 3SG4 A; 3I5F C; 1DJG A; 3TDU A; 3UGL A; 1KQM C; 2JRF A; 2K0J A; 1RFH A; 1NX1 A; 2COL B; 4GGF A; 5J3X A; 4NYJ S; 1DJH A; 2BL0 B; 1QLS A; 1MHO A; 2M1U A; 2RGI A; 2P6B B; 1JFJ A; 1JSA A; 2BE4 A; 3CLN A; 3DVM A; 1FI6 A; 5DKR A; 3GK1 A; 3OB2 B; 4GUK A; 3O2P A; 4R1E A; 1SL8 A; 3QRX A; 2JT8 A; 1AK8 A; 1PTQ A; 1DJX A; 5FYX A; 5TNC A; 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