2RH1 | Genus

Total Genus 181

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	181
sequence length	442
structure length	442
Chain Sequence	DEVWVVGMGIVMSLIVLAIVFGNVLVITAIAKFERLQTVTNYFITSLACADLVMGLAVVPFGAAHILMKMWTFGNFWCEFWTSIDVLCVTASIETLCVIAVDRYFAITSPFKYQSLLTKNKARVIILMVWIVSGLTSFLPIQMHWYRATHQEAINCYAEETCCDFFTNQAYAIASSIVSFYVPLVIMVFVYSRVFQEAKRQLNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYKFCLKEHKALKTLGIIMGTFTLCWLPFFIVNIVHVIQDNLIRKEVYILLNWIGYVNSGFNPLIYCRSPDFRIAFQELLCL

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__256162192757324__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__256162192757324__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/2RH1/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__256162192757324__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"256162192757324","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/2RH1/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__256162192757324__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

Viewer cachePut cache://localLOAD_/file/5cfd97798afc9b100a3df089/pdb.gz

Viewer cachePut https://genus.fuw.edu.pl/file/5cfd97798afc9b100a3df089/pdb.gz

FileManager.getAtomSetCollectionFromFile(/file/5cfd97798afc9b100a3df089/pdb.gz)

loadScript /static/js/j2s/core/corezip.z.js

The Resolver thinks Pdb

loadScript /static/js/j2s/core/corebio.z.js

Time for openFile(/file/5cfd97798afc9b100a3df089/pdb.gz): 68 ms

reading 442 atoms

ModelSet: haveSymmetry:false haveUnitcells:false haveFractionalCoord:false

1 model in this collection. Use getProperty "modelInfo" or getProperty "auxiliaryInfo" to inspect them.

Default Van der Waals type for model set to Jmol

442 atoms created

ModelSet: autobonding; use autobond=false to not generate bonds automatically

Time for creating model: 29 ms

Adding embedded #jmolscript: select ({0:441});backbone only;select *;

platformSpeed = 8

cartoonsFancy = true

sheetSmoothing = 1.0

traceAlpha = true

loadScript /static/js/j2s/core/corescriptcmd.z.js

specularPower = 9

ambientPercent = 20

antialiasDisplay = true

Script completed

Jmol script terminated

loadScript /static/js/j2s/J/g3d/HermiteRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/renderbio/BioMeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/render/MeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/shape/Mesh.js

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Membrane protein / hydrolase
source organism	Homo sapiens
publication title	High-resolution crystal structure of an engineered human beta2-adrenergic G protein-coupled receptor. pubmed doi rcsb
molecule keywords	beta-2-adrenergic receptor/T4-lysozyme chimera
total genus	181
structure length	442
sequence length	442
ec nomenclature	ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date	2007-10-05

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00959	Phage_lysozyme	Phage lysozyme
A	PF00001	7tm_1	7 transmembrane receptor (rhodopsin family)

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
1.10.530.40	Mainly Alpha	Orthogonal Bundle	Lysozyme	Lysozyme	2rh1A02
1.20.1070.10	Mainly Alpha	Up-down Bundle	Rhopdopsin 7-helix transmembrane proteins	Rhopdopsin 7-helix transmembrane proteins	2rh1A01

3NSBA 1D9WA 1XJTA 104LA 224LA 1KY0A 4I7PA 3QBLA 148LE 1QTZA 3DN8A 4HWLA 166LA 2WJLA 144LA 197LA 4NC3A 4G72B 4MBSA 3OAXA 1CU2A 4I7NA 1LI3A 5B0WA 5B6ZA 1KMEA 114LA 1TN5A 112LA 1C63A 1D2YA 3EH4B 7LZMA 2OEAX 3CAPA 1GU8A 2Q9DA 3RFMA 164LA 1L14A 1DYCA 3EMLA 1FBKA 4GP8B 4A4MA 4W57A 4I7MA 2OE9X 1L35A 1G0LA 1L30A 187LA 1L28A 2OE4X 3C7WA 1F4ZA 3S3DB 3HUQA 4HYJA 5ETZA 5G28A 1QUDA 3DDLA 3HASA 1C6CA 147LA 1ZURA 177LA 261LA 1CWQA 210LA 3QJRB 2RBQA 1QTVA 1L21A 167LA 1C6TA 221LA 1BRDA 4MQSA 4XTNA 4XXJA 1LYEA 3QJTB 200LA 2YDOA 2LNLA 155LA 4I7KA 3UONA 3HAPA 3UZCA 3SBAA 2QPEB 1JV7A 1L51A 5I14A 3BVDB 1LPYA 1CU3A 257LA 5LWEA 1CVKA 3GUJA 131LA 4PK0A 1P46A 234LA 1VJMA 4JKVA 163LA 250LA 3PXOA 1L82A 1F50A 222LA 5B6YA 1QTHA 5ITCA 119LA 1R2NA 3QBGA 1O0AA 1CV6A 4GRVA 4GP5B 195LA 169LA 1L48A 3QBIA 4EA3A 4FPDA 2L78A 240LA 3SB7A 176LA 1QS9A 2B74A 3GUOA 3X3BA 4GBRA 1E12A 180LA 123LA 2RBSA 227LA 2Y04A 3NYAA 4I7RA 4W58A 186LA 3UZAA 1CV1A 1S53A 168LA 3HDFA 3G3WA 3COCA 1LGXA 1DYDA 2B72A 3C8SA 1CV4A 1JTMA 1QT8A 237LA 3ABWA 1P64A 1OVHA 1LI6A 1QUGA 4GPOA 5B35A 3UTYA 1LI2A 2NTWA 2RAZX 3S8GB 1OV7A 2YCXA 1L0JA 1L62A 3CDTA 3P0GA 4PXFA 1CTWA 178LA 2Y00A 4LDOA 3V2WA 1BRRA 5AZDA 3RUNA 3RZEA 3QAPA 5G2DA 165LA 1LGUA 1L65A 217LA 5EN0A 5H2MA 159LA 3HT9A 1QT7A 4EKRA 1C6LA 1KG9A 2QPDB 4QI1A 1P5CA 1L74A 5H2HA 1JFPA 241LA 5FJGA 3VGAA 189LA 2Q9EA 1L01A 1L47A 1DYGA 1LYDA 1XEPA 1SX7A 2O7AA 3ZEVA 1DYFA 1G07A 3DN1A 199LA 1LYFA 1ZWNA 1L58A 1L50A 5BR5A 3S3CB 226LA 1BRXA 5AHZA 2B73A 2HPYA 4BEYA 1L67A 3C80A 230LA 2B6ZA 3GULA 1L26A 3SBBC 5AX0A 3ZPRA 5B6WA 1OVKA 1C6HA 214LA 1L96A 3L2XA 4DKLA 1OV5A 2OTZX 1KNIA 4EPIA 3C7YA 4W51A 4JQ6A 175LA 1UCQA 2ANXA 3HT6A 1PQOA 1L03A 2ANVA 1L36A 1D2WA 3S8FB 130LA 1DYAA 3FADA 1C67A 5J7AA 1C6IA 1L81A 111LA 126LA 113LA 161LA 3HTDA 3NY9A 4EKSA 4BWBA 1OYUA 4I7JA 2OU9A 2RB2X 3SB5A 4DAJA 2RBRA 1QUOA 156LA 4I7SA 4K5YA 107LA 2CUUA 2RBPA 2G87A 211LA 4FBZA 5A44A 1L27A 4N4YB 5DHGA 256LA 1L68A 246LA 3AYNA 2B6TA 5JJJA 182LA 3C83A 1EHKB 3G3VA 5A45A 1KG8A 1T8AA 1X0K1 2L6XA 3HH6A 5A8EA 3VG9A 2F32A 2B7XA 3AYMA 4ARQA 219LA 1H68A 5H2JA 4WAVA 1L29A 4W56A 5H2IA 3V2YA 2RAYX 2A4TA 2R4SA 3DMZA 3DNAA 3NS0A 1L44A 1OVJA 1LYJA 3FI5A 139LA 2AT9A 4PXKA 1DZEA 1D3FA 260LA 1L17A 181LA 141LA 2I1XA 4IAQA 1QT6A 110LA 3OE6A 1L72A 172LA 1CU6A 3F8VA 4W52A 115LA 2Z55A 2ZFEA 4N4WA 4J4QA 4PJZA 3DN3A 1LYGA 3OE0A 4G70B 5H2KA 1L71A 1L02A 4EKQA 4GP4B 1LWKA 1L64A 2WJKA 1L75A 3CDQA 5AHYA 1XJUA 1L42A 255LA 196LA 3PBLA 1C62A 3HUKA 1S51A 3DMXA 1C60A 1G1WA 3C82A 4TL3A 1L11A 1C6AA 1L66A 4GBRB 171LA 1C6EA 2OU8A 4KNFA 1L37A 3LZMA 1T6HA 1L23A 1L13A 2Y01A 5JJEA 4I7TA 1L18A 4L35A 122LA 4G7QB 1DYBA 1L79A 1C6BA 3C8QA 1L12A 3GUIA 1L41A 2QARC 3HDEA 1IW9A 3UG9A 5H2OA 1C6GA 188LA 5DHHA 109LA 1C61A 4ARMA 1UAZA 1XIOA 209LA 4EIYA 4I7QA 215LA 205LA 1P8UA 1G1VA 1P2LA 228LA 5G53A 5B6XA 252LA 3HUAA 103LA 3C9MA 1C3WA 3DKEX 5AWZA 1M0LA 1AP9A 253LA 3UTXA 1L38A 1C6MA 2YCYA 3OE8A 1M0KA 142LA 2B75A 1L33A 4W53A 3DN6A 3UTWA 1JQUA 4XT1A 5ITEA 245LA 184LA 1LYIA 3QJSB 149LA 2VT4A 4BUOA 173LA 1KS3A 1L43A 102LA 1JGJA 2LZMA 143LA 3K2RA 3X3CA 2KSBA 3HU9A 3QDCA 5H2PA 2NTGA 3DN0A 1TN0A 5G54A 6LZMA 1L60A 1PY6A 1S54A 1QT5A 3SB8A 1L20A 1HZXA 158LA 1CV3A 1L99A 191LA 137LA 125LA 1S52A 1L56A 232LA 4MD1A 1M0MA 1L77A 4LDEA 4HYXA 1QTCA 4XTOA 1LN6A 3OE9A 2I21A 1L84A 2OE7X 3JR6A 1CUQA 2B6WA 248LA 1PQMA 1PQIA 1QT3A 1L49A 4G7SB 1L70A 2X72A 1C6PA 4W55A 247LA 1QTDA 5DYSA 190LA 1C6QA 233LA 2I20A 3SB9A 3HT7A 1L19A 1P56A 2Y02A 1P6YA 1L34A 4LZMA 1L55A 1L32A 3C81A 3A7KA 5JJNA 3HWLA 1C8RA 3HT8A 4ARPA 3CODA 3NY8A 3VW7A 236LA 2RB0X 4X1HA 4KLYA 120LA 3T45A 3C8RA 238LA 1CU5A 2LC9A 1KGBA 3CDVA 1ZYTA 3QJUB 1LLHA 1L90A 2NTHA 2J4YA 5KKHA 1X0SA 3HH4A 1L89A 1D3JA 1L80A 4S0WA 2PEDA 1KW5A 174LA 4L6RA 4OV0A 1B6IA 4W54A 152LA 1GUEA 127LA 1P8HA 1XMEB 5G2AA 4AMJA 1P8IA 4IARA 1U19A 3HAQA 118LA 3WQJA 2EI4A 1L15A 3SN6R 4ZPUA 3QBKA 1PQKA 1I6SA 3C9LA 5BR2A 5AX1A 1L0KA 1L31A 1P7SA 1LW9A 4IAPA 1L16A 1L00A 1H2SA 201LA 4MQTA 212LA 5B2NA 4ARLA 2RBNA 1CV5A 3EH5B 1SX2A 2YCZA 4FA7B 2BRDA 1KY1A 1L93A 4UG2A 2Y03A 1DYEA 3AM6A 5LZMA 5TGZA 2RBOA 2IGCA 1P36A 1BM1A 5F8UA 1L07A 4BEZA 206LA 4X31A 1L08A 5H2NA 225LA 1LYHA 4I7OA 2KS9A 3HU8A 1L87A 1CU0A 4ARMB 2Z73A 1CV0A 5G36A 1SWYA 2B70A 242LA 4EJ4A 3C7ZA 1L9HA 1EPYA 1L45A 4YXCA 1PXSA 1X0I1 1D3NA 4AQNA 2B6YA 2QB0B 4I7LA 3KJ6A 1L06A 3DN4A 1L94A 4QIDA 3PDSA 1TLAA 1JTNA 4LDLA 1L97A 223LA 1PXRA 1S8JA 1G0PA 1C6JA 1C66A 2JAFA 2M3GA 1T8FA 2O4WA 216LA 1L04A 1KW7A 1R84A 1C64A 198LA 2ZIYA 183LA 3HTFA 1QM8A 3UTVA 3GUKA 4E97A 1L10A 1L69A 3PQRA 4UHRA 1QSBA 1WTHA 262LA 1QTBA 254LA 157LA 251LA 1D3MA 4BVNA 4GYCA 1F88A 1C6DA 1L46A 1PQJA 244LA 239LA 1L05A 1G06A 4YXAC 3FA0A 3GUNA 3D4SA 3QJQB 213LA 1L73A 3HH3A 4JR8A 4X32A 1JV6A 4FAAB 1OWZA 1L53A 1S8LA 1P37A 2YDVA 2YCWA 4WW3A 2ZZLA 1L92A 1T8GA 4BV0A 1G0QA 1GZMA 3HARA 2B6XA 4EKPA 1QSQA 2RB1X 4EXMA 3DMVA 1FBBA 3SB6A 1L40A 1QKOA 1L54A 1L83A 1IXFA 5B34A 1AT9A 1L57A 3DQBA 1SWZA 3F9LA 1SSYA 1L76A 1L98A 1QT4A 1MGYA 1VGOA 2HUKA 243LA 1L88A 185LA 220LA 4AMIA 4ARJA 5G2CA 4W59A 1XJIA 3S3BB 1CUPA 1C8SA 3VI0A 3QAKA 1L25A 1L59A 1G0MA 1E0PA 2KSAA 1L22A 1C68A 1L63A 3HTGA 4Y9HA 2LCBA 1L24A 1CX6A 192LA 249LA 2O79A 1L39A 3DN2A 1QUHA 1IW6A 3ODUA 5H2LA 1PQDA 258LA 1QKPA 1L0MA 1OWYA 4MD2A 1L86A 4YX7C 4G71B 2R4RA 3HANA 1C6NA 1T97A 218LA 259LA 4XT3A 3ZPQA 1P2RA 151LA 1LGWA 1C69A 1L52A 1QS5A 4XTLA 3MBVA 2KSYA 2HULA 1L91A 3HTBA 1G0GA 3G3XA 2F47A 2I35A 3PWHA 231LA 162LA 1C65A 4ARQB 150LA 3CDRA 140LA 129LA 108LA 3CDOA 160LA 1CX7A 1NHBA 2F2QA 4DJHA 1G0KA 2OTYX 146LA 145LA 1P3NA 3HH5A 229LA 1Q5JA 3GUMA 2JAGA 4IB4A 1G0JA 3HAOA 3EH3B 5B6VA 1C6FA 1C6KA 1L09A 4G7RB 1SSWA 3QJVB 3VHZA 128LA 3VVKA 1LWGA 4QRYA 5C1MA 2OU0X 138LA 1L85A 3GUPA 2HUMA 1K28A 4EPFA 1L95A 1Q5IA 2NTUA 235LA 4N6HA 2F95A 2RH1A 2F93A 170LA 1QHJA 2Z6BA 3L64A 3REYA 4OO9A 1L61A
chains in the Genus database with same CATH superfamily

4DC4A 207LA 3AZ7A 2WJLA 4HP0A 4G72B 1IY3A 1IIZA 1LI3A 2Z2EA 112LA 1D2YA 7LZMA 3HBDA 2OEAX 1YIKA 3CAPA 1LSMA 1XGTC 3P68A 4N0JA 3RT5X 1CJ9A 4ETEA 2OE9X 1L35A 2PC2A 1G0LA 1OUHA 1QIOA 3A95A 3HFMY 3HUQA 4HYJA 4WM3A 5G28A 3ZEKA 147LA 1LZ5A 261LA 2G4QA 3A6CY 4D9ZA 3RNXA 4XJHA 1CWQA 1C6TA 1BRDA 4XTNA 1LYEA 1GD6A 3D3DA 2YDOA 1CKGA 5J7CA 4I7KA 3HAPA 3OJPA 2QPEB 1JV7A 1LPYA 4NGLA 257LA 3CT1A 1VJMA 2EIZC 250LA 1LJHA 3PXOA 1HMKA 2LYMA 222LA 5B6YA 1QTHA 5C6LA 3QY4A 5ITCA 1LMOA 4EA3A 240LA 5F9XA 1IR8A 1E12A 2RBSA 3NYAA 1OUDA 168LA 3G3BB 2MEBA 4G4HA 3ABWA 1GE3A 1OVHA 1LI6A 2HECA 5KXNA 4PXFA 1CTWA 3AW7A 1ZVHL 3BKVA 2Y00A 4LDOA 5C6IA 1LKSA 1NBYC 4XN6A 165LA 217LA 5H2MA 3W3EA 1QT7A 4DD1A 1H6MA 4QI1A 1P5CA 4J0LA 3WUNA 1BB5A 2F4GA 1L47A 1LYDA 3DN1A 1GFKA 1LYFA 1GFGA 5BR5A 4GLVA 2ZWBA 1BRXA 2HPYA 3ZPRA 5LAGA 1L26A 1L96A 2I26L 1GFHA 1IOTA 4JQ6A 1GXV2 1PQOA 130LA 3FADA 3RZ4A 2N5ZA 5DN5A 161LA 1UACY 4BWBA 4I7JA 2OU9A 4NGWA 4DAJA 1NMMA 4XJDA 1GAZA 4I7SA 1REZA 4KXIA 2CUUA 4FBZA 2XBSA 4M6DA 1GFTA 4ZFPA 2BPUA 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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2RH1A

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