3D4S | Genus

Total Genus 160

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	160
sequence length	439
structure length	439
Chain Sequence	WVVGMGIVMSLIVLAIVFGNVLVITAIAKFERLQTVTNYFITSLACADLVMGLAVVPFGAAHILMKMWTFGNFWCEFWTSIDVLCVTASIWTLCVIAVDRYFAITSPFKYQSLLTKNKARVIILMVWIVSGLTSFLPIQMHWYRATHQEAINCYAEETCCDFFTNQAYAIASSIVSFYVPLVIMVFVYSRVFQEAKRQLNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYKFCLKEHKALKTLGIIMGTFTLCWLPFFIVNIVHVIQDNLIRKEVYILLNWIGYVNSGFNPLIYCRSPDFRIAFQELLCL

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__4276548495275914__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__4276548495275914__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/3D4S/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__4276548495275914__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"4276548495275914","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/3D4S/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__4276548495275914__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

Viewer cachePut cache://localLOAD_/file/5cfe9dc6e2c4c3214bf68e6c/pdb.gz

Viewer cachePut https://genus.fuw.edu.pl/file/5cfe9dc6e2c4c3214bf68e6c/pdb.gz

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Membrane protein
source organism	Homo sapiens
publication title	A specific cholesterol binding site is established by the 2.8 A structure of the human beta2-adrenergic receptor. pubmed doi rcsb
molecule keywords	Beta-2 adrenergic receptor/T4-lysozyme chimera
total genus	160
structure length	439
sequence length	439
ec nomenclature	ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date	2008-05-14

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00959	Phage_lysozyme	Phage lysozyme
A	PF00001	7tm_1	7 transmembrane receptor (rhodopsin family)

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
1.10.530.40	Mainly Alpha	Orthogonal Bundle	Lysozyme	Lysozyme	3d4sA02
1.20.1070.10	Mainly Alpha	Up-down Bundle	Rhopdopsin 7-helix transmembrane proteins	Rhopdopsin 7-helix transmembrane proteins	3d4sA01

1L42A 1L23A 3CDRA 3OE8A 1HZXA 1QT5A 2M3GA 4N4WA 259LA 3QBGA 3QJSB 1KG8A 4EIYA 1LYJA 1QTZA 187LA 3HUKA 2B74A 3D4SA 177LA 3HASA 4WAVA 4EPIA 2X72A 3QBLA 2EI4A 5H2PA 1L64A 3HT7A 1L25A 3AYNA 2KSAA 1UAZA 249LA 3FA0A 5H2JA 3NYAA 3QBIA 5G54A 3DN1A 213LA 3UTWA 4FA7B 126LA 1L11A 3GUMA 1S51A 1L56A 2RB2X 1C8RA 3HTFA 5B6WA 4WW3A 1C6KA 2B6XA 3VI0A 1CV0A 2LCBA 2RBNA 4JQ6A 109LA 1ZWNA 3HUQA 1BRRA 1P2RA 2G87A 3RUNA 1P6YA 1FBKA 3FI5A 163LA 1OWYA 4ARMA 4IB4A 1G0GA 2F95A 3HH3A 1L40A 1L51A 149LA 1D2YA 3CODA 1L50A 3VW7A 3C9LA 243LA 1L61A 1F50A 111LA 1P8HA 3NS0A 2HULA 1I6SA 1C6BA 2RH1A 155LA 1T8GA 4I7SA 4X1HA 3SB9A 5JJEA 5JJJA 3QBKA 1CVKA 1PXRA 1L49A 231LA 5BR2A 5AX0A 1L91A 3HWLA 3V2YA 1CU5A 1CV1A 3HDFA 1L66A 5BR5A 1C67A 103LA 5G2DA 4I7JA 5G2AA 1OVJA 1L28A 2L78A 4PK0A 2Q9DA 4W51A 2YCYA 115LA 122LA 1EPYA 3PXOA 5AHYA 171LA 4QIDA 1L77A 4I7LA 5AX1A 1XJUA 1LI6A 2OTZX 1CTWA 2ZZLA 4HWLA 1SSYA 5DHGA 212LA 1QKOA 5TGZA 3UTVA 1C6EA 2KSBA 2B75A 1L10A 4ARLA 3EH4B 1CWQA 1QT7A 2I20A 178LA 255LA 2JAFA 1L52A 1L00A 256LA 2ANVA 4ARJA 1L17A 3NY9A 2RAYX 1KG9A 2PEDA 1JV6A 107LA 164LA 1L18A 3CDOA 3HANA 3HH5A 227LA 1C6TA 3EH3B 1QHJA 2LZMA 1L95A 186LA 1G07A 1BM1A 3C82A 1L44A 3WQJA 1T8FA 1L37A 238LA 1L54A 4EXMA 3V2WA 3UTYA 5LWEA 1C64A 4DJHA 5ITEA 1P3NA 215LA 1DYGA 2OTYX 4YX7C 2NTWA 160LA 262LA 222LA 1L04A 2KSYA 4HYXA 1L87A 2ANXA 2OE4X 1JV7A 3GUPA 138LA 1L72A 5B6XA 1D3JA 1PQIA 2O79A 1L45A 1C6QA 3S3CB 3ZPRA 4I7QA 1KS3A 2YCXA 2Y04A 1CUQA 2B6ZA 1IW9A 151LA 5A8EA 214LA 258LA 1L43A 191LA 181LA 3SB6A 3F9LA 1LI3A 1T6HA 1F4ZA 2YDOA 1L89A 4G70B 4X31A 161LA 169LA 2RBRA 1C66A 3G3XA 3SBBC 1C6FA 2F47A 4L6RA 1AP9A 1QUDA 260LA 185LA 3AYMA 4G72B 3DMXA 4W52A 1PQJA 3C81A 4EKPA 5H2NA 1QKPA 1H68A 1ZURA 4XTNA 4UG2A 4W54A 3HDEA 1OV7A 4XTOA 192LA 4ARMB 2I35A 2QB0B 140LA 4LDEA 1EHKB 1SSWA 1C69A 3LZMA 1M0LA 1BRXA 195LA 1DYDA 3HTBA 3BVDB 3DNAA 209LA 184LA 7LZMA 3UTXA 4EA3A 2B70A 5H2OA 3DN8A 1L62A 233LA 142LA 125LA 1L47A 1R2NA 146LA 5H2IA 1L21A 205LA 3PBLA 1DZEA 1L92A 3A7KA 257LA 221LA 1XJTA 3KJ6A 1QTCA 1L06A 3OE9A 1P37A 1QS5A 225LA 1QT4A 2I21A 1B6IA 1CUPA 3QAPA 3FADA 1AT9A 1DYAA 1L08A 1JTMA 197LA 1QTHA 1PXSA 1G1WA 1L05A 3T45A 1T97A 1G0PA 145LA 1DYEA 1CX6A 5B6YA 4I7TA 1L74A 3L64A 3ODUA 158LA 1C6LA 4OO9A 1P8IA 1JFPA 1L96A 5F8UA 2RAZX 1WTHA 1GZMA 2I1XA 3S3BB 241LA 4N6HA 4I7NA 1X0K1 1KGBA 3EH5B 2Y02A 137LA 2B72A 4BVNA 237LA 4YXAC 141LA 172LA 1L55A 5G2CA 1GUEA 2RB1X 127LA 1L39A 3UZCA 4L35A 229LA 152LA 1L80A 166LA 244LA 4PJZA 2Y03A 2R4SA 4A4MA 2YCZA 3C7ZA 5H2KA 120LA 245LA 3DN2A 1QTBA 1D3FA 1L01A 4KNFA 2O4WA 3AM6A 4TL3A 1X0I1 176LA 4AMJA 4AMIA 170LA 1SX2A 1L0MA 4MQSA 162LA 196LA 1JQUA 1P64A 226LA 4NC3A 1QUHA 1IW6A 4UHRA 128LA 3C7WA 198LA 1CX7A 2ZIYA 1P2LA 2YDVA 5AHZA 3C7YA 129LA 4Y9HA 108LA 3DMZA 1G0MA 1G0KA 1L57A 1D2WA 1LGUA 5B0WA 230LA 234LA 3UG9A 1XJIA 1L98A 1OWZA 5G28A 1QTDA 1L29A 1DYBA 2RB0X 3QJUB 1LI2A 1L48A 4JR8A 3REYA 2B6TA 1TN0A 1LWGA 6LZMA 3OE6A 3VGAA 130LA 1PY6A 1C68A 2Q9EA 1M0MA 2B7XA 4K5YA 2O7AA 3C80A 1L24A 2OE9X 4XTLA 3HAOA 3DQBA 2B6WA 247LA 1L63A 3JR6A 1C6MA 1JTNA 5A44A 4PXKA 1C62A 1M0KA 1S53A 4GPOA 1S52A 5FJGA 1L20A 1L34A 1XEPA 1C6CA 1L58A 3VG9A 1OV5A 1OVKA 4W58A 3DKEX 1L26A 3HH4A 1CV5A 1L0KA 1L82A 4G7SB 1P7SA 104LA 1S8JA 2LNLA 4LDOA 261LA 1C63A 2IGCA 175LA 157LA 4W59A 3HAPA 188LA 4EKSA 1L22A 131LA 2J4YA 3QJTB 113LA 3S3DB 2RBSA 3GUOA 2BRDA 5G36A 1UCQA 112LA 1L30A 1L13A 1QTVA 3HTDA 1PQKA 1L9HA 3CDQA 3ZPQA 1KY1A 5I14A 1C8SA 4LZMA 223LA 168LA 4BUOA 1L35A 4BV0A 3HUAA 1L46A 1OYUA 4ARPA 4E97A 1P36A 1XIOA 143LA 1LLHA 3HT9A 1QM8A 2JAGA 3HT6A 2R4RA 3DN4A 1L0JA 1LPYA 1IXFA 2VT4A 254LA 3DDLA 5H2LA 211LA 3C8QA 248LA 3SB8A 3VVKA 3HU8A 1LN6A 3DN3A 1L16A 1PQMA 4FBZA 216LA 4G7RB 2A4TA 1L86A 2HUKA 1KMEA 1O0AA 1C6JA 3S8GB 1C6NA 5LZMA 2WJKA 5KKHA 4W53A 1L68A 1LYHA 5B6VA 1LYGA 201LA 4MBSA 1KW5A 4ARQB 1C6GA 4LDLA 1L85A 1P46A 1L75A 3VHZA 4EJ4A 1T8AA 4GP8B 4AQNA 1L14A 1C61A 4DKLA 1C6PA 1QUOA 4BEZA 1L12A 1L31A 4W55A 2B73A 4J4QA 1L69A 5B35A 3SB7A 2F93A 1D3MA 1KW7A 4MD1A 3C83A 1MGYA 5ITCA 123LA 1CU0A 1L93A 2QARC 1CU3A 1G0JA 3HU9A 3HT8A 3CAPA 1L67A 1DYCA 250LA 1QUGA 1LYDA 232LA 1QT6A 4EKQA 5AZDA 1QSQA 1L09A 144LA 3PQRA 2HUMA 102LA 2OEAX 3C8RA 4GP4B 5B2NA 1L73A 3DMVA 1L03A 2L6XA 5B34A 3UONA 1PQOA 3PDSA 1S54A 4GP5B 1QT3A 4I7RA 3NSBA 5C1MA 1TN5A 1JGJA 4I7PA 1U19A 3HAQA 1LYFA 1L15A 1SX7A 3QJVB 3RFMA 1L65A 4ARQA 3HARA 114LA 4G71B 4G7QB 1QT8A 5J7AA 148LE 1DYFA 4QRYA 183LA 1L79A 5A45A 5ETZA 1SWYA 3CDTA 1C6HA 3GUIA 3HTGA 239LA 1S8LA 2NTGA 1C6AA 1NHBA 2NTHA 3OE0A 2HPYA 1E12A 2F32A 3X3CA 110LA 4I7KA 1L84A 3SN6R 3S8FB 4XT1A 2RBQA 228LA 5DYSA 1SWZA 4S0WA 2CUUA 1LYEA 3SB5A 147LA 2LC9A 2Z55A 1G0QA 1LWKA 2WJLA 4MD2A 4BEYA 5H2MA 1PQDA 252LA 173LA 1C60A 224LA 1LGXA 4HYJA 5EN0A 1VGOA 3SBAA 1CV6A 1L36A 2YCWA 1L60A 3X3BA 240LA 4XT3A 159LA 1Q5IA 1L32A 1L19A 236LA 1CU6A 165LA 4DAJA 3G3WA 2F2QA 3F8VA 242LA 1K28A 1L27A 1L83A 217LA 3K2RA 1GU8A 1D3NA 2Z73A 3RZEA 1L94A 3HH6A 1E0PA 1L02A 220LA 4I7OA 1L90A 1L70A 1P8UA 1G06A 218LA 3GUJA 2Y01A 1R84A 2OE7X 3OAXA 182LA 1D9WA 1L53A 1XMEB 1L33A 5G53A 4OV0A 2OU0X 3P0GA 139LA 4N4YB 2OU9A 1FBBA 1LW9A 3GUNA 174LA 1CV3A 4W57A 180LA 4PXFA 1BRDA 4X32A 5DHHA 3C9MA 1C3WA 1G0LA 3GULA 1Q5JA 1L88A 1P56A 4GRVA 1L76A 235LA 1F88A 210LA 4MQTA 4FPDA 4IAQA 5H2HA 1X0SA 3CDVA 3QJQB 3UZAA 189LA 3NY8A 4GBRB 251LA 2KS9A 4QI1A 4I7MA 1L38A 1KNIA 3QJRB 3C8SA 4KLYA 1G1VA 2Z6BA 1QS9A 5JJNA 119LA 3ABWA 1P5CA 1VJMA 1CV4A 206LA 4EKRA 2ZFEA 1L71A 3DN0A 1C6IA 3DN6A 1H2SA 190LA 2QPEB 1C65A 1L41A 4IAPA 3QDCA 3QAKA 150LA 156LA 4XXJA 3ZEVA 1L81A 2AT9A 4FAAB 1L97A 3COCA 3EMLA 5B6ZA 1LGWA 199LA 4IARA 167LA 1L99A 3GUKA 2Y00A 2OU8A 2NTUA 1KY0A 5AWZA 219LA 1L59A 118LA 3MBVA 3L2XA 1CU2A 4BWBA 246LA 4JKVA 2B6YA 4YXCA 3PWHA 4GYCA 1C6DA 1LYIA 200LA 1TLAA 2RBOA 1OVHA 1QSBA 4W56A 2RBPA 1L07A 4ZPUA 2QPDB 4GBRA 4EPFA 3G3VA 1ZYTA 253LA
chains in the Genus database with same CATH superfamily

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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 3EBA B;  4N4W A;  1QT5 A;  3QJS B;  5KXS A;  1LYJ A;  4G4B A;  187L A;  4NFV A;  2X72 A;  1DPX A;  1REX A;  1LZE A;  249L A;  4LZT A;  3NYA A;  5G54 A;  1IP5 A;  3DN1 A;  213L A;  3UTW A;  4FA7 B;  3TXH A;  2N5Z A;  5HQ1 A;  5KXX A;  5F9U A;  2B6X A;  1CV0 A;  5DN5 A;  2RBN A;  3HUQ A;  4HPE A;  5B06 A;  1IR9 A;  1GFK A;  163L A;  1LSN A;  1G0G A;  3LYO A;  3HH3 A;  4N1C C;  2W1L A;  149L A;  2Z12 A;  4RDS A;  1C46 A;  1IO5 A;  4Z46 A;  1JTP L;  1VAU A;  2BQH A;  1LSP A;  3CSZ A;  1YAM A;  2NWD X;  155L A;  4I7S A;  5I4W A;  4PJ2 C;  1CVK A;  3HWL A;  1QUT A;  3N9E A;  4I7J A;  4XYY A;  3F6Z A;  4W51 A;  2Q9D A;  3LN2 A;  171L A;  1HSX A;  1L77 A;  4U3X B;  4QID A;  4DS7 E;  2ZZL A;  1CTW A;  4H9B A;  4HP0 A;  212L A;  2MEC A;  2KSB A;  1QSA A;  1XEJ A;  4C3W A;  1PS5 A;  1C43 A;  1L00 A;  1HEL A;  1LZT A;  2DBT A;  1IR8 A;  1JKC A;  2HU3 A;  1UIG A;  3AZ6 A;  3EH3 B;  1G07 A;  5C6I A;  3C82 A;  1OUB A;  1T8F A;  1L37 A;  1GFU A;  4G4H A;  1L54 A;  1C64 A;  1I20 A;  215L A;  4YX7 C;  2OTY X; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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3D4SA

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