3NY8 | Genus

Total Genus 167

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	167
sequence length	439
structure length	439
Chain Sequence	WVVGMGIVMSLIVLAIVFGNVLVITAIAKFERLQTVTNYFITSLACADLVMGLAVVPFGAAHILMKMWTFGNFWCEFWTSIDVLCVTASIWTLCVIAVDRYFAITSPFKYQSLLTKNKARVIILMVWIVSGLTSFLPIQMHWYRATHQEAINCYAEETCCDFFTNQAYAIASSIVSFYVPLVIMVFVYSRVFQEAKRQLNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYKFCLKEHKALKTLGIIMGTFTLCWLPFFIVNIVHVIQDNLIRKEVYILLNWIGYVNSGFNPLIYCRSPDFRIAFQELLCL

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__657509116538898__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__657509116538898__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/3NY8/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__657509116538898__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"657509116538898","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/3NY8/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__657509116538898__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

Viewer cachePut cache://localLOAD_/file/5cffba9c6c004539fbbf8554/pdb.gz

Viewer cachePut https://genus.fuw.edu.pl/file/5cffba9c6c004539fbbf8554/pdb.gz

FileManager.getAtomSetCollectionFromFile(/file/5cffba9c6c004539fbbf8554/pdb.gz)

loadScript /static/js/j2s/core/corezip.z.js

The Resolver thinks Pdb

loadScript /static/js/j2s/core/corebio.z.js

Time for openFile(/file/5cffba9c6c004539fbbf8554/pdb.gz): 447 ms

reading 439 atoms

ModelSet: haveSymmetry:false haveUnitcells:false haveFractionalCoord:false

1 model in this collection. Use getProperty "modelInfo" or getProperty "auxiliaryInfo" to inspect them.

Default Van der Waals type for model set to Jmol

439 atoms created

ModelSet: autobonding; use autobond=false to not generate bonds automatically

Time for creating model: 33 ms

Adding embedded #jmolscript: select ({0:438});backbone only;select *;

platformSpeed = 8

cartoonsFancy = true

sheetSmoothing = 1.0

traceAlpha = true

loadScript /static/js/j2s/core/corescriptcmd.z.js

specularPower = 9

ambientPercent = 20

antialiasDisplay = true

Script completed

Jmol script terminated

loadScript /static/js/j2s/J/g3d/HermiteRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/renderbio/BioMeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/render/MeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/shape/Mesh.js

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Membrane protein
source organism	Homo sapiens
publication title	Conserved Binding Mode of Human beta(2) Adrenergic Receptor Inverse Agonists and Antagonist Revealed by X-ray Crystallography pubmed doi rcsb
molecule keywords	Beta-2 adrenergic receptor, Lysozyme
total genus	167
structure length	439
sequence length	439
ec nomenclature	ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date	2010-07-14

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00959	Phage_lysozyme	Phage lysozyme
A	PF00001	7tm_1	7 transmembrane receptor (rhodopsin family)

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
1.10.530.40	Mainly Alpha	Orthogonal Bundle	Lysozyme	Lysozyme	3ny8A02
1.20.1070.10	Mainly Alpha	Up-down Bundle	Rhopdopsin 7-helix transmembrane proteins	Rhopdopsin 7-helix transmembrane proteins	3ny8A01

211LA 3FA0A 3HT7A 1L88A 1C6AA 4WAVA 1L61A 197LA 234LA 3DN8A 3C81A 3GUKA 1NHBA 4I7NA 1L74A 1LYGA 3HARA 2B73A 3FADA 1LI6A 4G7SB 1L85A 2OU8A 4EPFA 213LA 5AHZA 3C83A 4I7KA 3CDQA 4PK0A 191LA 1L28A 1QT7A 4UHRA 151LA 2RB2X 1G0MA 3DN4A 1H68A 1WTHA 3CAPA 5F8UA 3C80A 169LA 248LA 3RZEA 2OTYX 143LA 3ABWA 4EIYA 1C6DA 1FBBA 4X32A 3PWHA 1DYDA 160LA 1QT6A 1D2WA 1LLHA 140LA 3HH5A 261LA 4L35A 2Y01A 3ZPRA 5BR2A 1S54A 4ARMA 2PEDA 1G0LA 2HULA 205LA 4FAAB 2L78A 1IW6A 2YCYA 3VW7A 5AX1A 1L14A 1D3MA 1JV6A 2OE9X 1I6SA 174LA 1PQOA 1KG9A 3VI0A 5C1MA 5AZDA 1L68A 3L64A 1XMEB 3HH3A 1CUPA 1C6QA 232LA 3PQRA 1F88A 4XXJA 4YXCA 1L0KA 1PQDA 178LA 2ANXA 1QKPA 3G3VA 3EMLA 3UZAA 3QBLA 244LA 1JFPA 3X3BA 3AYMA 3HH6A 3HANA 4OV0A 1SSWA 1C6TA 2EI4A 1CUQA 215LA 242LA 4G7RB 1C3WA 2F47A 4IB4A 1L81A 3FI5A 1PQMA 3UG9A 1XJUA 4ZPUA 4PXFA 131LA 1UCQA 3QAPA 3QJSB 1G0GA 1S52A 4W52A 1E0PA 4BWBA 1QS5A 5DHHA 3GUJA 3L2XA 1L40A 3GULA 3OE6A 161LA 1CU2A 5G53A 1L72A 3ZEVA 1OWZA 2R4SA 3NY9A 3AYNA 1C6GA 3QJUB 1JTMA 112LA 1L15A 4W53A 175LA 1FBKA 1L18A 127LA 1P5CA 1HZXA 165LA 1LW9A 254LA 2Y02A 214LA 181LA 1CX6A 158LA 120LA 2OU9A 1L08A 128LA 5G36A 3UTVA 1L91A 3NYAA 3QAKA 4XTLA 102LA 125LA 1QTCA 1M0LA 1LYJA 1L56A 1C64A 1QM8A 3G3XA 1VJMA 4G70B 171LA 3MBVA 1LGXA 2CUUA 1T97A 2ZIYA 1QTBA 233LA 2AT9A 3GUIA 2O7AA 1L12A 1LYHA 4N6HA 3EH5B 4ARPA 2RB0X 4GPOA 3GUNA 1L34A 1JGJA 5DHGA 4BUOA 4FA7B 146LA 3VG9A 3PDSA 217LA 1L58A 2Y03A 235LA 2QB0B 4GBRA 4EKRA 3C8RA 1CVKA 5I14A 3HTFA 196LA 249LA 3C9LA 3C82A 5G54A 4KLYA 1CV3A 4LDLA 1C6IA 1L57A 118LA 1L03A 1L39A 209LA 5B6VA 3HAQA 236LA 1L10A 198LA 222LA 5A45A 1S53A 4N4YB 3A7KA 260LA 253LA 5B6YA 1L60A 3BVDB 1L95A 5ETZA 1LYIA 3S3CB 3ZPQA 1L79A 3C7YA 3VGAA 3HWLA 4I7QA 4QRYA 163LA 2O4WA 4XT3A 4AQNA 2OTZX 2B70A 164LA 257LA 5B35A 4HYJA 5H2OA 2B75A 4FBZA 2ZFEA 1JQUA 4G72B 3DDLA 1D9WA 1L0MA 1T6HA 1L36A 3V2YA 230LA 4MD2A 3C9MA 1DYGA 4HWLA 4JQ6A 3F8VA 2Y04A 1VGOA 122LA 1P2RA 2B6XA 1L75A 1EHKB 2BRDA 147LA 186LA 4DJHA 1DYBA 3UTYA 1L96A 1QSQA 1LGUA 3C8SA 2HUMA 3QJQB 5H2KA 1LYFA 1OV7A 159LA 4ARJA 1KMEA 3PXOA 4XT1A 4JKVA 189LA 1KG8A 4I7SA 1QSBA 139LA 1ZURA 2NTHA 3KJ6A 5G2CA 1G1WA 226LA 225LA 3OAXA 2B6YA 2F93A 3HTBA 2I35A 2Q9EA 1SX7A 4W54A 3ODUA 4XTNA 3DN3A 5BR5A 157LA 255LA 1QHJA 1LI3A 2RBRA 1G0JA 1C62A 1DYCA 3F9LA 3CDVA 1L9HA 5EN0A 1C66A 1L22A 168LA 1X0I1 4LZMA 1L63A 3HT9A 1PXSA 5H2JA 231LA 4MQTA 3HT8A 3SB7A 1L67A 5G2DA 3RFMA 1L50A 1L16A 2I21A 6LZMA 4ARMB 1L25A 1L05A 4I7MA 2F32A 2QARC 2YCWA 1L07A 4XTOA 3SBBC 173LA 4QIDA 1D3FA 4J4QA 7LZMA 1DYFA 2YCXA 110LA 4MQSA 2LC9A 1C6PA 1SSYA 2R4RA 3DN2A 229LA 4X31A 5H2HA 4I7JA 1SWYA 216LA 1G06A 1L17A 2F95A 2RBPA 1R84A 1M0MA 4EKSA 2KSAA 5A8EA 1L26A 166LA 1DYEA 2OE7X 1C69A 1L49A 141LA 138LA 199LA 1GUEA 1L35A 4PXKA 3CDRA 1L0JA 1QTZA 3DN1A 155LA 177LA 5H2LA 3LZMA 2HUKA 4ARQA 2NTUA 2B6WA 251LA 2RBNA 1TN5A 1QS9A 2I1XA 130LA 1CU0A 4EKPA 5B6WA 149LA 1OVKA 3HDFA 3X3CA 182LA 4HYXA 4G71B 5J7AA 1L64A 1QTDA 1C8RA 2RBQA 5JJJA 1C6LA 3C7ZA 201LA 2NTWA 1SWZA 3SBAA 4GYCA 2RBSA 3VVKA 2RAZX 4W55A 4I7RA 4Y9HA 162LA 1L44A 1F4ZA 1C6BA 4BEZA 1KY0A 2OE4X 1LYEA 1OV5A 3HH4A 1U19A 1QT3A 2OU0X 220LA 4ARLA 1BRXA 1L62A 1QUHA 150LA 2OEAX 3HU8A 4LDEA 5AHYA 4BV0A 4BEYA 4FPDA 3DNAA 4KNFA 2RH1A 1P46A 185LA 1L31A 3DMXA 104LA 5LWEA 2JAGA 3GUOA 1UAZA 1CV4A 1G07A 115LA 1L69A 1LWKA 1C6FA 2VT4A 1KW5A 1L38A 180LA 1S51A 5FJGA 241LA 3CDTA 2F2QA 2RAYX 3S8GB 1L83A 1CV0A 3AM6A 4I7OA 5G2AA 1L33A 1P7SA 3HUQA 5ITEA 4N4WA 1L21A 1CWQA 1L32A 108LA 3G3WA 1L09A 4G7QB 172LA 4WW3A 1L51A 1L47A 4GBRB 145LA 2Q9DA 5B6ZA 188LA 4K5YA 3NS0A 3UZCA 2M3GA 1C6MA 1KNIA 1JV7A 1QT4A 1G0PA 1L20A 3SB9A 1L52A 1L04A 237LA 3COCA 1L19A 5H2NA 3NSBA 1L30A 3OE9A 1Q5JA 1XEPA 1GZMA 3C7WA 4YX7C 1IXFA 1Q5IA 1L45A 1IW9A 1QUDA 1PXRA 1C6EA 1L71A 240LA 219LA 258LA 1LWGA 3HUAA 1P64A 2B6ZA 1X0SA 1M0KA 107LA 1L80A 123LA 3PBLA 1L46A 1PQIA 1L42A 223LA 1CV5A 3DMVA 2B72A 2J4YA 3UTWA 4DKLA 4AMJA 1C6JA 3OE0A 1QTVA 187LA 1L41A 1L65A 1L27A 5B34A 4EKQA 5AWZA 1L99A 5H2PA 1D3NA 1L48A 1LYDA 252LA 4X1HA 3CODA 1QTHA 3GUMA 5B0WA 3HU9A 1S8JA 206LA 1L06A 4EJ4A 4MBSA 4UG2A 137LA 4LDOA 103LA 5LZMA 3SB5A 4NC3A 3DMZA 126LA 2Z73A 4AMIA 3HTDA 200LA 1E12A 224LA 1L59A 3QJTB 195LA 2RBOA 3HASA 3QBIA 5H2MA 1G0QA 1C61A 1QUGA 2B74A 3GUPA 2NTGA 1KS3A 2Z55A 1P8UA 2KSYA 4W57A 4GP4B 1T8FA 1L54A 259LA 1CV1A 170LA 2IGCA 1L01A 1BRDA 1CV6A 1X0K1 3QJRB 111LA 1L29A 1QT8A 1KGBA 2YCZA 1L87A 1C67A 1L89A 1OVHA 1KW7A 1D3JA 1L77A 3DQBA 1BM1A 144LA 4IAPA 1C8SA 2YDOA 190LA 1G0KA 238LA 1QUOA 4E97A 119LA 2LNLA 2RB1X 1L55A 4S0WA 1L02A 1QKOA 1LI2A 247LA 1L98A 2ANVA 129LA 4I7PA 2I20A 1L24A 2ZZLA 1H2SA 5ITCA 4YXAC 218LA 4W58A 192LA 3D4SA 3HT6A 221LA 114LA 1L86A 183LA 3JR6A 1C6KA 1C63A 1F50A 1S8LA 4QI1A 1OVJA 4W56A 1T8AA 1ZYTA 4DAJA 5AX0A 2LCBA 4PJZA 1L76A 2G87A 1B6IA 4MD1A 1L70A 1PQJA 4TL3A 1C60A 176LA 1L53A 3S3DB 3HAPA 2A4TA 4GRVA 2HPYA 1L90A 167LA 152LA 1D2YA 1TLAA 3C8QA 1BRRA 4JR8A 3DKEX 3SB8A 5KKHA 1P56A 1C65A 228LA 1L92A 1DYAA 2JAFA 4IAQA 1CX7A 1XJIA 1CU6A 1EPYA 2LZMA 1L37A 3DN6A 3UONA 2WJLA 3QDCA 3HAOA 1AP9A 4ARQB 2KSBA 5H2IA 1L43A 2Z6BA 1QT5A 1R2NA 5G28A 2WJKA 5JJNA 1XJTA 1CU5A 5B2NA 142LA 4I7TA 1L73A 4I7LA 1C6HA 3EH4B 4L6RA 2L6XA 5B6XA 2B6TA 3SB6A 1L23A 4EXMA 1MGYA 1GU8A 1OWYA 3CDOA 246LA 1O0AA 1JTNA 1P36A 256LA 2X72A 1P8HA 1CU3A 148LE 3NY8A 4BVNA 1L00A 3RUNA 3EH3B 4OO9A 3OE8A 1XIOA 1ZWNA 239LA 1P3NA 1TN0A 3P0GA 3HUKA 4EA3A 1KY1A 4W51A 5TGZA 1T8GA 3UTXA 3T45A 2KS9A 3VHZA 5JJEA 1LPYA 5A44A 4GP8B 184LA 1G1VA 1L11A 1L94A 1OYUA 212LA 227LA 2O79A 3HDEA 3QBKA 3HTGA 4A4MA 1AT9A 3QJVB 2QPEB 3REYA 3WQJA 1P6YA 1L93A 2B7XA 1PY6A 2YDVA 1P2LA 156LA 1PQKA 4W59A 210LA 113LA 1P37A 3SN6R 1LGWA 1L84A 1SX2A 1L66A 1CTWA 262LA 3K2RA 243LA 1L13A 250LA 1DZEA 3DN0A 1C6CA 109LA 3S3BB 1L97A 2QPDB 4EPIA 4GP5B 4IARA 3V2WA 1P8IA 1L82A 245LA 3QBGA 5DYSA 1C68A 1C6NA 1LN6A 1K28A 2Y00A 3S8FB
chains in the Genus database with same CATH superfamily

211LA 3HT7A 4RW1A 3P65A 234LA 4EPFA 1LZ8A 1RFPA 4PK0A 2EQLA 3SP3A 1F0WA 1VDTA 5F8UA 4YF2A 3ABWA 4EIYA 1FBBA 4X32A 1JEFA 1DI4A 160LA 2H5ZA 1D2WA 1LLHA 140LA 3A6CY 4L35A 4NSHA 1S54A 132LA 4ARMA 2YCYA 3VW7A 4PJ2C 1JV6A 2OE9X 5I4XA 1EL1A 5T3FA 1L68A 3L64A 5KXPA 2MEBA 1XGQC 3WVYA 1XEKA 3EMLA 3UZAA 3HH6A 4DYGA 1QDRA 2BQHA 1LKSA 4G7RB 2F47A 4IB4A 3FI5A 4H9AA 1JPOA 1UCQA 1S52A 5DHHA 4ET8A 3ZEVA 4DD2A 1YIKA 4MCKA 4KPMA 1RE2A 3AYNA 2HEDA 4MSTA 2ZYCA 4NIJA 5C6JA 1JIYA 3A3RX 1HZXA 214LA 158LA 4H94A 128LA 5K7OA 1GEVA 1NQIA 2BLYA 1HF4A 1J1PY 125LA 4G4CA 1M0LA 1I20A 1J1OY 171LA 2CUUA 5JENB 4GLAA 3GUIA 5E9RA 4WO9A 4N6HA 1CJ8A 1JGJA 3WULA 4FA7B 1QTKA 3VG9A 217LA 1L58A 2Y03A 4EKRA 1LZ5A 3W6CA 2IFFY 2DQHY 1CJ7A 1UUZC 1B5VA 4KLYA 1CV3A 4XADA 1L57A 1DPXA 2DQGY 2BQNA 2D4JA 4H9CA 1B9OA 1L95A 1LYIA 3ZPQA 5F14A 1YKYX 3TMWA 3AZ5A 1NDGC 1PS5A 2W1LA 1WVVA 2B70A 257LA 5B35A 4FBZA 2AUBA 4G72B 1GPQC 2NWDX 3ZVQA 3P66A 3C9MA 1NBZC 1VGOA 3A92A 1L75A 1IY3A 1GHLA 1EHKB 1YAQA 2BRDA 4DJHA 1DYBA 3UTYA 3VWOA 1A2YC 5H2KA 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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3NY8A

Total Genus

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