3ODU | Genus

Total Genus 161

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	161
sequence length	466
structure length	466
Chain Sequence	PCFREENANFNKIFLPTIYSIIFLTGIVGNGLVILVMGYQKKLRSMTDKYRLHLSVADLLFVITLPFWAVDAVANWYFGNFLCKAVHVIYTVNLYSSVWILAFISLDRYLAIVHATNSQRPRKLLAEKVVYVGVWIPALLLTIPDFIFANVSEADDRYICDRFYPNDLWVVVFQFQHIMVGLILPGIVILSCYCIIISKLSHSGSNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYGSKGHQKRKALKTTVILILAFFACWLPYYIGISIDSFILLEIIKQGCEFENTVHKWISITEALAFFHCCLNPILYAFLGAKFKTSAQHALTSGRPLEVLFQ

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__898285732180827__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__898285732180827__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/3ODU/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__898285732180827__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"898285732180827","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/3ODU/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__898285732180827__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

Viewer cachePut cache://localLOAD_/file/5cffc8c7d0d0d4dbe647db5d/pdb.gz

Viewer cachePut https://genus.fuw.edu.pl/file/5cffc8c7d0d0d4dbe647db5d/pdb.gz

FileManager.getAtomSetCollectionFromFile(/file/5cffc8c7d0d0d4dbe647db5d/pdb.gz)

loadScript /static/js/j2s/core/corezip.z.js

The Resolver thinks Pdb

loadScript /static/js/j2s/core/corebio.z.js

Time for openFile(/file/5cffc8c7d0d0d4dbe647db5d/pdb.gz): 339 ms

reading 466 atoms

ModelSet: haveSymmetry:false haveUnitcells:false haveFractionalCoord:false

1 model in this collection. Use getProperty "modelInfo" or getProperty "auxiliaryInfo" to inspect them.

Default Van der Waals type for model set to Jmol

466 atoms created

ModelSet: autobonding; use autobond=false to not generate bonds automatically

Time for creating model: 30 ms

Adding embedded #jmolscript: select ({0:465});backbone only;select *;

platformSpeed = 8

cartoonsFancy = true

sheetSmoothing = 1.0

traceAlpha = true

loadScript /static/js/j2s/core/corescriptcmd.z.js

specularPower = 9

ambientPercent = 20

antialiasDisplay = true

Script completed

Jmol script terminated

loadScript /static/js/j2s/J/g3d/HermiteRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/renderbio/BioMeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/render/MeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/shape/Mesh.js

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Signaling protein, hydrolase
source organism	Homo sapiens
publication title	Structures of the CXCR4 chemokine GPCR with small-molecule and cyclic peptide antagonists. pubmed doi rcsb
molecule keywords	C-X-C chemokine receptor type 4, Lysozyme Chimera
total genus	161
structure length	466
sequence length	466
chains with identical sequence	B
ec nomenclature	ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date	2010-08-11

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00959	Phage_lysozyme	Phage lysozyme
A	PF00001	7tm_1	7 transmembrane receptor (rhodopsin family)
A	PF12109	CXCR4_N	CXCR4 Chemokine receptor N terminal

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
1.10.530.40	Mainly Alpha	Orthogonal Bundle	Lysozyme	Lysozyme	3oduA02
1.20.1070.10	Mainly Alpha	Up-down Bundle	Rhopdopsin 7-helix transmembrane proteins	Rhopdopsin 7-helix transmembrane proteins	3oduA01

5H2OA 1L37A 1LPYA 1L77A 1R2NA 4W58A 4BEZA 1DYDA 224LA 3OAXA 1C61A 3REYA 239LA 1CVKA 1G0JA 3CDRA 3VW7A 1PQIA 5I14A 1GZMA 5AX0A 2RBSA 1L04A 3RFMA 3S8GB 1L66A 1SSYA 3F8VA 4UHRA 1L86A 3PBLA 4EKPA 3C80A 1L07A 1L16A 1C6BA 3GUKA 4JR8A 1L64A 1L60A 3V2WA 235LA 3S3CB 3DQBA 1QT4A 4XXJA 1F50A 1L09A 3ABWA 3SBBC 171LA 1L22A 4LZMA 1LYFA 143LA 3EH3B 4GP5B 1G0MA 1UAZA 4PK0A 1SX7A 210LA 3UONA 1C68A 4IARA 158LA 1BRDA 1L49A 2Y02A 236LA 3RZEA 1L29A 2LZMA 1BRRA 108LA 1X0K1 4DKLA 4QI1A 1L75A 2HUMA 1L26A 4EKQA 5BR2A 1L57A 1L05A 1QTVA 3OE0A 1OWYA 1XJUA 1CV3A 1JV7A 3GUOA 3HT8A 197LA 1L19A 2A4TA 1C6AA 4XTOA 3CAPA 1ZYTA 120LA 1AP9A 2Q9DA 2PEDA 1X0I1 5B2NA 2B6XA 3DMXA 229LA 3NY8A 2G87A 1DYAA 1P37A 1CX7A 2YDOA 1NHBA 199LA 3C9MA 131LA 248LA 173LA 1L0JA 1FBBA 2KS9A 1G1WA 2EI4A 1DYGA 1CU6A 4WAVA 161LA 168LA 4S0WA 5TGZA 4OV0A 2F93A 4GYCA 1XEPA 3MBVA 1P64A 3QBKA 5B6XA 3CDTA 4DAJA 4G7RB 3SB8A 1L74A 5ITEA 1CUPA 4J4QA 4N4YB 2ANVA 163LA 2L78A 4I7MA 3HANA 1QT6A 3PWHA 4AMJA 3K2RA 4W53A 1L96A 2NTWA 1C6IA 2OE7X 1QKOA 1JTMA 1B6IA 1C65A 1CU5A 1C66A 2B7XA 1G07A 1L79A 2KSBA 1L35A 1PXSA 1PXRA 1S51A 176LA 2RBPA 221LA 1DYFA 259LA 4ZPUA 211LA 3GUJA 4K5YA 1S52A 4ARPA 3T45A 3DDLA 3NY9A 1QS5A 2YCXA 1LN6A 4ARQA 1L81A 1XMEB 3ZPQA 1C6LA 3C8QA 1L13A 129LA 2VT4A 5LWEA 3S3BB 1C6TA 1G06A 150LA 3LZMA 2BRDA 238LA 2HUKA 2KSAA 4G70B 3GUIA 188LA 4TL3A 215LA 3EH4B 1C63A 1P5CA 2ZIYA 253LA 175LA 1D9WA 3GUMA 2RBQA 7LZMA 1HZXA 3AYMA 5G53A 1VJMA 4EKRA 1CV6A 5A44A 1OVHA 5AHZA 206LA 237LA 225LA 3BVDB 2Z55A 5AZDA 1FBKA 5AHYA 3UTWA 3G3VA 1JQUA 1L36A 5G28A 122LA 1L76A 3QBIA 3G3WA 3HDEA 1PY6A 3PXOA 1SWYA 1L54A 1P8HA 1C8SA 5H2LA 2I1XA 1L80A 3WQJA 1UCQA 1KMEA 3UZAA 3SB7A 1KG9A 4Y9HA 1PQOA 177LA 3CDQA 5LZMA 5H2NA 4EPFA 190LA 1L45A 2OU9A 3EH5B 2CUUA 4G7QB 4PJZA 181LA 1C6CA 3P0GA 5B34A 127LA 1C6DA 1L0KA 2OE4X 3DNAA 144LA 3X3CA 128LA 5B6WA 4PXKA 1T8GA 1CWQA 5F8UA 1L02A 1XJTA 178LA 244LA 1L06A 1L27A 4I7LA 2YCZA 2HULA 4W54A 1L61A 3HTFA 196LA 3NS0A 2OU0X 2AT9A 1QHJA 4MBSA 4GP8B 1L97A 4YXCA 3DN2A 1LGWA 5G2CA 1U19A 1LYIA 147LA 2OE9X 252LA 3VHZA 2OU8A 3DN0A 1TLAA 5H2MA 2OTYX 164LA 1L87A 1LWKA 1WTHA 1M0LA 4ARQB 1P6YA 103LA 214LA 4ARJA 169LA 1L25A 4BUOA 1KG8A 4L6RA 1P2RA 3NYAA 2B74A 4I7QA 5BR5A 2RH1A 3HAQA 3C8RA 1L40A 1OWZA 250LA 223LA 1L23A 4I7NA 5JJEA 1GU8A 3CODA 4KLYA 5J7AA 4G7SB 2JAFA 185LA 3S8FB 1LI3A 1L65A 1OV7A 3C82A 1L59A 2Z73A 182LA 1L39A 3F9LA 4ARLA 1CU2A 1C6NA 3A7KA 198LA 3GUPA 1F88A 2F95A 4GP4B 125LA 149LA 1L73A 1L89A 1KY0A 1L99A 3FADA 2B73A 3DN3A 4NC3A 114LA 5KKHA 3VI0A 1OV5A 1P7SA 2RBRA 1L95A 6LZMA 2ZFEA 4FBZA 5DHGA 2B75A 1L62A 2RB0X 110LA 2O7AA 1QS9A 1QUDA 1QT7A 3OE9A 3X3BA 2RB2X 4ARMA 2Y03A 1QTDA 4LDLA 4G72B 3CDVA 1XJIA 5G36A 3PQRA 3NSBA 2WJKA 5AWZA 4A4MA 2B6TA 4I7TA 1QUHA 3ZEVA 1L82A 4X1HA 1QTCA 2RAZX 3OE6A 109LA 1CV1A 3SBAA 1L88A 4AQNA 1DYCA 3C7YA 4MD1A 2R4SA 1C60A 3DN4A 3HTGA 3COCA 201LA 5DHHA 4I7JA 1L32A 102LA 1SX2A 262LA 4GBRB 222LA 2YCWA 2B6YA 241LA 1H2SA 4I7RA 5JJJA 3SB6A 1JGJA 1L94A 1L72A 227LA 3HUKA 183LA 2B72A 1LYDA 2RBNA 5EN0A 1LGUA 1LI6A 1T8AA 228LA 1QM8A 249LA 5H2JA 5G54A 3UTVA 2Z6BA 3VVKA 162LA 145LA 1AT9A 242LA 4L35A 119LA 2QARC 1X0SA 1SWZA 1LYEA 3C7WA 1C6FA 1LW9A 1P56A 1L56A 3C8SA 1L91A 3DKEX 2J4YA 3QJTB 5G2AA 258LA 2B70A 5C1MA 2I35A 151LA 1QTBA 219LA 3SN6R 4XTLA 1L47A 115LA 2LCBA 1G0KA 1L15A 1OYUA 1C6PA 3HTDA 139LA 2YCYA 1L67A 3SB9A 1P8IA 4PXFA 3GULA 3QJVB 1C8RA 1P8UA 3GUNA 1L10A 1P36A 137LA 195LA 1KNIA 1L12A 4N4WA 1L01A 186LA 140LA 1PQKA 4IAQA 130LA 2ZZLA 4UG2A 3HWLA 2I20A 4X32A 3HH5A 1QTZA 167LA 3V2YA 1L44A 5B0WA 4QIDA 2QPEB 4E97A 4ARMB 2F2QA 2B6WA 4BVNA 1R84A 4I7PA 255LA 2X72A 1QSQA 4GPOA 160LA 192LA 4YX7C 5ETZA 1CUQA 2QPDB 2NTGA 1L08A 1L50A 1G1VA 4EXMA 1L03A 2OTZX 1TN5A 231LA 1LWGA 261LA 170LA 1CV4A 4W56A 141LA 3DMZA 3HH6A 1E12A 3HT7A 1L41A 5FJGA 1QSBA 189LA 2F32A 1MGYA 1XIOA 4GBRA 3ZPRA 5A8EA 3CDOA 3HDFA 1L21A 3HTBA 2LC9A 1L0MA 1L18A 4I7SA 3C81A 187LA 4LDOA 4JKVA 1L30A 1L00A 5AX1A 1QUOA 5H2IA 1L43A 1F4ZA 1CV0A 200LA 4IB4A 3RUNA 1C3WA 1S53A 2RAYX 234LA 174LA 1L42A 1L24A 1L84A 1DYBA 4KNFA 4MD2A 2NTHA 226LA 1LYJA 2L6XA 4EPIA 1C6HA 4I7OA 3QJQB 3HAPA 1QUGA 3QAPA 1QT5A 3KJ6A 3C83A 1KGBA 157LA 1M0KA 3QJSB 4HWLA 1D3JA 2O4WA 1C6QA 1L55A 1P2LA 1OVJA 5B6VA 107LA 1S54A 1L85A 5H2KA 1L83A 184LA 1L34A 4G71B 3QBLA 1L53A 142LA 146LA 2RB1X 5B6YA 104LA 251LA 2KSYA 3UTYA 4MQSA 111LA 2R4RA 4EA3A 4GRVA 232LA 2JAGA 1LYHA 1C6MA 2RBOA 1G0PA 113LA 1I6SA 148LE 180LA 4BEYA 2Y00A 1S8JA 1C67A 1L98A 218LA 217LA 155LA 4LDEA 1IXFA 1L17A 205LA 2IGCA 1DYEA 257LA 1T6HA 1L71A 3VGAA 1ZURA 4EJ4A 1GUEA 4HYJA 3FA0A 3QJRB 4JQ6A 1D3FA 2HPYA 3L2XA 1T8FA 3UZCA 256LA 3DN1A 3DN6A 1BM1A 212LA 233LA 2WJLA 1LYGA 240LA 1DZEA 1PQJA 3SB5A 1L9HA 1SSWA 3VG9A 1CV5A 1L20A 3ODUA 216LA 4N6HA 4XTNA 166LA 3C9LA 3HASA 1CTWA 1Q5IA 1C6KA 152LA 1L69A 1G0QA 1C69A 3PDSA 1VGOA 4XT3A 1G0LA 3HH3A 1CX6A 1L70A 213LA 4QRYA 5H2HA 1CU3A 2M3GA 4I7KA 3QJUB 1QT3A 3HARA 112LA 1PQDA 1L33A 1KW5A 1QT8A 1L38A 165LA 4MQTA 1OVKA 1P46A 3HAOA 1LLHA 3G3XA 1L51A 260LA 1D3NA 2OEAX 4OO9A 4W57A 4XT1A 1L31A 138LA 3HT6A 5G2DA 1CU0A 3HU9A 2B6ZA 3OE8A 2QB0B 4EIYA 1EHKB 5H2PA 4W51A 1JV6A 4HYXA 172LA 1D2WA 4YXAC 2O79A 1JTNA 1LGXA 1S8LA 4W52A 1K28A 2Q9EA 1L68A 2I21A 209LA 3HUQA 1L48A 1QTHA 3DMVA 4W59A 2Y01A 3FI5A 1JFPA 1L93A 1H68A 1O0AA 5ITCA 191LA 1TN0A 1C6EA 123LA 3HU8A 1KW7A 118LA 1E0PA 2YDVA 3UG9A 1EPYA 245LA 3QBGA 1IW6A 4FPDA 1L90A 243LA 3HUAA 1LI2A 3L64A 2NTUA 3S3DB 4DJHA 230LA 1C6GA 1C64A 1L58A 1L63A 1KY1A 1C6JA 4W55A 1IW9A 1M0MA 3AM6A 3DN8A 3AYNA 3QDCA 1L28A 3D4SA 254LA 4BV0A 3QAKA 1D2YA 220LA 4X31A 4IAPA 5JJNA 1L52A 2LNLA 246LA 1Q5JA 3EMLA 156LA 1G0GA 159LA 1L92A 126LA 2F47A 4FAAB 1C62A 247LA 1PQMA 1KS3A 1D3MA 1T97A 3JR6A 1QKPA 5DYSA 3UTXA 2ANXA 1L46A 1P3NA 5B35A 2Y04A 1ZWNA 4FA7B 4BWBA 3HT9A 1L14A 3HH4A 4AMIA 1BRXA 1L11A 4EKSA 4WW3A 5A45A 3C7ZA 5B6ZA
chains in the Genus database with same CATH superfamily

1GBZA 1GB5A 1R2NA 3OAXA 1NQIA 3REYA 4HTNA 4LYTA 4PRQA 239LA 1BVXA 1GEZA 2W1XA 2MEAA 4U3XB 2F30A 4WL6A 3C80A 1C6BA 1L60A 3D3DA 3DQBA 1QT4A 1L09A 2RSCA 3T36A 4G4HA 4Z98A 4RDSA 3EMSA 1G0MA 1SX7A 1L49A 2ZWBA 4H8ZA 236LA 1BRRA 2LZMA 3W6DA 4QI1A 4EKQA 5E4PA 1OWYA 1GF9A 3GUOA 3P4ZA 4OWBA 4C3WA 3CAPA 1GF3A 4NSIA 120LA 1AP9A 2MEBA 4QY9A 3NY8A 2G87A 3A96A 1IC5Y 1NHBA 1E8LA 199LA 3C9MA 4YEOA 1GPQC 1D0LA 1G1WA 4M6DA 1DYGA 1CU6A 2EI4A 4WAVA 161LA 4H94A 3VWOA 4ET8A 1P64A 4OWCA 3QBKA 4DAJA 3SB8A 5ITEA 2DQEY 3G3BB 163LA 4I7MA 4L41A 2OE7X 1JTMA 1B6IA 1CU5A 2KSBA 5LVGA 1S51A 4ARPA 3NY9A 5APEA 3RNXA 2YCXA 1LN6A 1GAZA 1C6LA 3C8QA 1L13A 3A6CY 1IORA 238LA 4G70B 3EH4B 2ZNWY 2ZIYA 3TXBA 3LYOA 4HV1A 5A44A 206LA 1GF0A 4WLXA 5AHYA 3J4GA 5DLAA 1WTMA 1DI3A 4TX7A 1GE2A 3HDEA 4II8A 4GN4A 4N1CC 1PS5A 2HEBA 1WTNA 1TEWA 1YAPA 3UZAA 5C6IA 3SB7A 1PQOA 3CDQA 4GN3A 2BAAA 5LZMA 5KJ9A 2D4JA 2CUUA 4G7QB 4B4JA 181LA 1C6CA 1OQMA 127LA 4PXKA 1CWQA 5F8UA 1LYSA 5APCA 2HU3A 2HULA 4YM8A 1DI4A 1LMAA 2LYZA 3NS0A 134LA 3ATOA 1QHJA 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1GBZ A;  1GB5 A;  1R2N A;  3OAX A;  1NQI A;  3REY A;  4HTN A;  4LYT A;  4PRQ A;  239L A;  1BVX A;  1GEZ A;  2W1X A;  2MEA A;  4U3X B;  2F30 A;  4WL6 A;  3C80 A;  1C6B A;  1L60 A;  3D3D A;  3DQB A;  1QT4 A;  1L09 A;  2RSC A;  3T36 A;  4G4H A;  4Z98 A;  4RDS A;  3EMS A;  1G0M A;  1SX7 A;  1L49 A;  2ZWB A;  4H8Z A;  236L A;  1BRR A;  2LZM A;  3W6D A;  4QI1 A;  4EKQ A;  5E4P A;  1OWY A;  1GF9 A;  3GUO A;  3P4Z A;  4OWB A;  4C3W A;  3CAP A;  1GF3 A;  4NSI A;  120L A;  1AP9 A;  2MEB A;  4QY9 A;  3NY8 A;  2G87 A;  3A96 A;  1IC5 Y;  1NHB A;  1E8L A;  199L A;  3C9M A;  4YEO A;  1GPQ C;  1D0L A;  1G1W A;  4M6D A;  1DYG A;  1CU6 A;  2EI4 A;  4WAV A;  161L A;  4H94 A;  3VWO A;  4ET8 A;  1P64 A;  4OWC A;  3QBK A;  4DAJ A;  3SB8 A;  5ITE A;  2DQE Y;  3G3B B;  163L A;  4I7M A;  4L41 A;  2OE7 X;  1JTM A;  1B6I A;  1CU5 A;  2KSB A;  5LVG A;  1S51 A;  4ARP A;  3NY9 A;  5APE A;  3RNX A;  2YCX A;  1LN6 A;  1GAZ A;  1C6L A;  3C8Q A;  1L13 A;  3A6C Y;  1IOR A;  238L A;  4G70 B;  3EH4 B;  2ZNW Y;  2ZIY A;  3TXB A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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3ODUA

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