3ODUA

The 2.5 a structure of the cxcr4 chemokine receptor in complex with small molecule antagonist it1t
Total Genus 161
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
161
sequence length
466
structure length
466
Chain Sequence
PCFREENANFNKIFLPTIYSIIFLTGIVGNGLVILVMGYQKKLRSMTDKYRLHLSVADLLFVITLPFWAVDAVANWYFGNFLCKAVHVIYTVNLYSSVWILAFISLDRYLAIVHATNSQRPRKLLAEKVVYVGVWIPALLLTIPDFIFANVSEADDRYICDRFYPNDLWVVVFQFQHIMVGLILPGIVILSCYCIIISKLSHSGSNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYGSKGHQKRKALKTTVILILAFFACWLPYYIGISIDSFILLEIIKQGCEFENTVHKWISITEALAFFHCCLNPILYAFLGAKFKTSAQHALTSGRPLEVLFQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Structures of the CXCR4 chemokine GPCR with small-molecule and cyclic peptide antagonists.
pubmed doi rcsb
molecule tags Signaling protein, hydrolase
source organism Homo sapiens
molecule keywords C-X-C chemokine receptor type 4, Lysozyme Chimera
total genus 161
structure length 466
sequence length 466
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2010-08-11

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
A PF00001 7tm_1 7 transmembrane receptor (rhodopsin family)
A PF12109 CXCR4_N CXCR4 Chemokine receptor N terminal
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 3oduA02
1.20.1070.10 Mainly Alpha Up-down Bundle Rhopdopsin 7-helix transmembrane proteins Rhopdopsin 7-helix transmembrane proteins 3oduA01
232LA 1KS3A 1JGJA 4LZMA 128LA 1QT3A 3QJRB 3DN3A 3HU8A 2RBQA 3T45A 4EIYA 2RBSA 3HT8A 1H68A 152LA 1TN5A 1G0LA 1JTMA 1FBBA 1LW9A 1I6SA 4QRYA 1QT7A 3G3VA 1LYEA 3HAQA 196LA 1L83A 1L79A 1OYUA 1L43A 3AM6A 3C8SA 4EKRA 238LA 5J7AA 148LE 1L67A 1L97A 4PXKA 1P3NA 3GULA 2O4WA 5A44A 3CDVA 4AQNA 1QT4A 3C80A 3NYAA 1L93A 1L52A 3HDFA 1L50A 142LA 3QDCA 1P6YA 1KW5A 4X32A 4N4WA 175LA 1L19A 4N4YB 1L71A 1L85A 4MD1A 3A7KA 1C63A 1L21A 1T8GA 1T97A 178LA 247LA 114LA 1L0KA 6LZMA 3AYNA 5B0WA 1P37A 1L40A 3QJTB 5AX1A 1T8AA 1C6EA 262LA 1L46A 210LA 1DYGA 228LA 3OE6A 4DAJA 5A45A 1IXFA 1L76A 4QIDA 3VI0A 5BR5A 1L07A 1L27A 161LA 1D3JA 1P8HA 174LA 1C66A 4JR8A 1LYJA 4OV0A 1C60A 1CU2A 1F4ZA 1XJTA 2B6WA 3C7WA 4WAVA 229LA 2R4SA 250LA 109LA 137LA 1CV4A 3UTWA 1D2WA 1L03A 4ARMB 2YCWA 4JQ6A 1LGXA 3QJSB 3HANA 1M0LA 195LA 1P2LA 3D4SA 1L02A 4HYJA 5FJGA 211LA 212LA 1X0I1 2HUMA 4UG2A 108LA 182LA 125LA 1L42A 2B75A 1XJUA 163LA 4KNFA 190LA 4I7RA 2OTZX 1L94A 1L63A 1L73A 221LA 2A4TA 4ARMA 1L91A 219LA 1QUGA 102LA 5TGZA 118LA 150LA 5KKHA 1L75A 2RBNA 3ABWA 5H2HA 3BVDB 1KNIA 3SB6A 1DYAA 4PJZA 167LA 5AWZA 1T6HA 1C6AA 1Q5JA 231LA 2AT9A 4BV0A 1P64A 3PQRA 3HH6A 2Y04A 2RB2X 1DYDA 3NSBA 1OV5A 2I20A 1L0JA 2QPDB 1C64A 1L37A 4GRVA 3CODA 1QTZA 236LA 1L49A 4BUOA 140LA 2Y03A 1L34A 241LA 1L30A 4W53A 1DZEA 4HWLA 1SSYA 4X31A 3GUIA 4L6RA 1L25A 1G06A 1PXSA 4N6HA 1CVKA 3ODUA 1G0MA 1L95A 1QUDA 4I7QA 5ITEA 1L0MA 107LA 1L98A 2NTWA 187LA 242LA 1L82A 2LZMA 4LDOA 1R2NA 2LCBA 1VJMA 4I7JA 2WJKA 3KJ6A 1L56A 2OU0X 1L64A 1L55A 1VGOA 5G53A 1D3NA 2Z73A 1T8FA 3REYA 1DYEA 2Y02A 4MQTA 122LA 1QM8A 1KY1A 1QT5A 3VW7A 4W56A 4XT3A 1L20A 1L39A 3VGAA 4GBRB 3CDTA 1L96A 172LA 4AMJA 149LA 3L2XA 1X0SA 1CV1A 257LA 2RAZX 3UZCA 1BRXA 1L33A 5DHHA 111LA 4TL3A 4XXJA 5G2AA 1L10A 1ZWNA 3HUQA 1L77A 4HYXA 4G7SB 1QSBA 1WTHA 2ANVA 1L80A 1XEPA 1M0KA 1OWYA 1QUHA 2F2QA 1PQKA 1TLAA 1L74A 1JFPA 1L45A 1SWYA 2RH1A 3CAPA 3EH4B 1PXRA 115LA 1KY0A 3HT6A 2NTUA 4G72B 5B6ZA 4IAPA 1ZURA 1C8SA 3UTXA 5B6XA 1L18A 253LA 1C6GA 1CU3A 3HUKA 1P56A 5JJNA 4W58A 256LA 4S0WA 5A8EA 2VT4A 1L32A 227LA 3OAXA 258LA 3HU9A 1L36A 4I7MA 1OVJA 3PWHA 3C8QA 5ITCA 3AYMA 5H2OA 159LA 130LA 259LA 3RZEA 2LNLA 3FADA 3SB8A 157LA 1QT6A 1L14A 1GU8A 1CV0A 1L89A 3DN4A 1L54A 1L12A 3EH5B 5H2IA 3PDSA 1L26A 1TN0A 2RBRA 1C6LA 4FBZA 1L24A 1G1VA 2EI4A 3DMVA 2I35A 3SB7A 3G3WA 3HT9A 2JAFA 5B6VA 3GUMA 139LA 3S3BB 104LA 5H2LA 1P7SA 1L08A 1C6CA 1L61A 112LA 5B6YA 145LA 1C6FA 1C6KA 1D9WA 1L01A 4FA7B 3NY9A 3HWLA 3OE0A 1LN6A 2B6XA 5G36A 1G0QA 3HARA 2HUKA 5H2KA 5B34A 180LA 2KSBA 1PQMA 5LWEA 2OE9X 1LWKA 223LA 4W51A 200LA 4XTLA 1G0PA 1OWZA 127LA 1LI2A 4DKLA 197LA 1QKOA 214LA 3FA0A 2I1XA 3V2YA 4ARJA 169LA 1CV6A 1LYHA 1E12A 3PXOA 1QTCA 1L59A 1S54A 1KMEA 1C6TA 1L53A 131LA 1OVHA 1G0JA 1LYIA 2RB0X 1C67A 3F8VA 201LA 4EXMA 220LA 213LA 1QSQA 1P8UA 4GYCA 119LA 4X1HA 3HTBA 181LA 1L69A 254LA 162LA 3UZAA 3SN6R 189LA 1UCQA 3FI5A 199LA 1S51A 2X72A 3GUOA 1C6BA 3C8RA 1LI6A 3DN8A 1P5CA 3DN0A 4ARPA 4EKPA 1QUOA 2RAYX 4W55A 5G28A 230LA 1L66A 3DQBA 164LA 1KG9A 237LA 3NY8A 198LA 2ZIYA 1PQIA 5JJEA 5BR2A 3RFMA 1C6MA 4A4MA 5JJJA 155LA 1P2RA 1C3WA 3DNAA 246LA 4MQSA 3S8GB 3QBIA 1CWQA 1L38A 2OEAX 4MBSA 1LI3A 2NTHA 2ANXA 234LA 5DHGA 1KW7A 1L87A 1C6JA 1C62A 2B74A 1EPYA 3EMLA 209LA 5C1MA 1L51A 1SX2A 4JKVA 1PQJA 1S52A 188LA 2CUUA 129LA 2O7AA 3HT7A 1QKPA 3UTYA 3QBKA 1SWZA 5I14A 3QJQB 239LA 4W57A 4NC3A 251LA 1P36A 4EA3A 4YXAC 1FBKA 1CUQA 1D3FA 176LA 1JV7A 216LA 4LDEA 1L84A 3L64A 3COCA 226LA 205LA 2Z55A 3QAPA 1B6IA 245LA 1L15A 2Z6BA 4G7QB 4WW3A 1C6QA 218LA 3HAOA 1SX7A 4PK0A 2OU8A 5AZDA 222LA 1S53A 1DYCA 5ETZA 1IW9A 2B70A 186LA 4I7LA 2B6TA 3HDEA 177LA 3GUJA 2Q9DA 2QPEB 1OVKA 3DN6A 3SB5A 1L90A 1L09A 1EHKB 5B2NA 184LA 1D2YA 138LA 3GUPA 170LA 3CDRA 1M0MA 1P46A 2F47A 3GUNA 260LA 4YX7C 113LA 2RB1X 3HH3A 3SB9A 1CU6A 1F50A 168LA 1QTDA 1IW6A 4E97A 240LA 4G71B 144LA 1K28A 2IGCA 3C7ZA 4G7RB 4IAQA 3HH4A 2PEDA 4GBRA 261LA 4IB4A 3DMZA 4EKQA 146LA 2OU9A 2I21A 2JAGA 3X3BA 3SBBC 5EN0A 5F8UA 3ZPQA 3DKEX 1F88A 233LA 1QTVA 4ARQB 1L47A 2QARC 1C6HA 1LYFA 1PQOA 3UONA 3WQJA 4Y9HA 1L11A 1G0KA 1CV5A 5AHZA 1LWGA 4GP8B 1C61A 1CX7A 1L17A 5B35A 1L00A 248LA 3S3CB 3DMXA 1C65A 1QTHA 1S8LA 1CUPA 1U19A 3VG9A 1CU0A 4FAAB 166LA 1G0GA 2KSYA 1LYDA 1L65A 3OE8A 5G54A 110LA 2WJLA 2KS9A 4AMIA 3ZEVA 156LA 255LA 1E0PA 215LA 2RBOA 4ARQA 1L48A 1MGYA 185LA 1LLHA 1ZYTA 1CV3A 1LYGA 4GP5B 3OE9A 3EH3B 3QAKA 1XMEB 4XTOA 1C6DA 2HULA 3F9LA 3C81A 3HTGA 1Q5IA 235LA 1L88A 5H2JA 3VHZA 192LA 3HUAA 4I7SA 217LA 5AHYA 1PQDA 1AP9A 1L06A 2G87A 1C6NA 1QT8A 4EPIA 4XT1A 4UHRA 1LGWA 2YDOA 1BRDA 4MD2A 2B7XA 4LDLA 1R84A 2LC9A 1UAZA 225LA 5AX0A 5B6WA 126LA 1CX6A 2OTYX 1XJIA 1GUEA 120LA 1OV7A 4W52A 2Y01A 243LA 1D3MA 123LA 183LA 1QS5A 244LA 2YDVA 4FPDA 4KLYA 3C7YA 5H2MA 1QTBA 2HPYA 1L70A 2B72A 3JR6A 4W54A 2B6YA 1L86A 1L23A 3X3CA 3CDQA 1O0AA 4ZPUA 3HTDA 3K2RA 1L31A 1H2SA 1L13A 1L05A 1G1WA 3DDLA 1X0K1 3QJUB 4W59A 2Q9EA 3PBLA 1L58A 249LA 3MBVA 2QB0B 252LA 103LA 2F32A 1KG8A 7LZMA 2R4RA 4GPOA 4EJ4A 3HASA 4IARA 1JTNA 4EPFA 3GUKA 3SBAA 5G2CA 3C83A 2OE7X 1BM1A 171LA 1L62A 191LA 1S8JA 4I7KA 1G07A 5H2NA 3ZPRA 3CDOA 173LA 4I7OA 3C9MA 2F95A 2BRDA 1C69A 3QBLA 3G3XA 1L41A 4BWBA 3UG9A 141LA 1L22A 224LA 2L78A 5LZMA 1L28A 1AT9A 1HZXA 1KGBA 2YCYA 4EKSA 3S3DB 3RUNA 3S8FB 3C82A 1L57A 3HTFA 1C8RA 1P8IA 1GZMA 4XTNA 1C6PA 4OO9A 4G70B 4BEYA 1L16A 3VVKA 2B73A 4K5YA 2YCZA 1JQUA 4BEZA 1LPYA 1CU5A 2OE4X 1QHJA 3LZMA 4I7PA 1L81A 1L92A 206LA 2RBPA 147LA 3DN2A 1NHBA 2Y00A 1L04A 1L29A 2M3GA 3QJVB 1C68A 1XIOA 2O79A 1L44A 158LA 2NTGA 3UTVA 1L60A 2KSAA 1CTWA 1LGUA 3HAPA 3P0GA 3DN1A 1PY6A 1SSWA 165LA 4L35A 1BRRA 5H2PA 2ZFEA 4I7TA 5G2DA 4BVNA 2YCXA 3NS0A 3V2WA 1L9HA 3QBGA 3HH5A 4J4QA 4YXCA 4I7NA 151LA 4GP4B 1L99A 5DYSA 1L35A 4ARLA 160LA 2J4YA 2ZZLA 1DYFA 1JV6A 1QS9A 2L6XA 1C6IA 4DJHA 4PXFA 1L68A 2F93A 3C9LA 4QI1A 2B6ZA 143LA 1L72A 1DYBA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4XJHA 3QJRB 2RBQA 1AM7A 1H68A 3ATNA 1JTMA 1FBBA 1HEMA 1LW9A 5LIOA 3G3VA 1LYEA 5C6IA 1LZYA 1L43A 2MEEA 2HUBA 4PXKA 3GULA 2O4WA 3CDVA 4YF2A 5D5CA 142LA 4X32A 175LA 1L19A 1MLCE 4LT0A 1GB3A 4RW1A 4YOPA 247LA 1B5VA 4HJVA 1LSGA 1GE3A 1L40A 4OOTA 1C6EA 2BQCA 5A45A 2ZIJA 1T3PA 1JITA 1IX0A 1IXFA 3VI0A 5D5FA 4MR1A 3TXBA 4OV0A 3LHMA 4NY5A 4XJGA 1KIQC 1C60A 1CU2A 3A34A 1B7RA 1XGPC 5LYMA 4RLMA 229LA 3BKVA 4AXTA 1D2WA 1LGXA 3HANA 2D6BA 3WW5A 1HELA 3W6BA 125LA 1DXJA 1N4FA 2LYZA 163LA 4HJZA 190LA 1JIYA 1L94A 1LZTA 4NGLA 4M6DA 3W6DA 2DQIY 1GBZA 1L73A 1IWTA 4WLTA 1NBZC 219LA 2CDSA 4XADA 2RBNA 5H2HA 4TUNA 3BVDB 5I4YA 4QDNA 1KNIA 1DYAA 1IC5Y 167LA 5AWZA 1IP2A 1IOCA 1C6AA 5KXSA 2AT9A 2EPEA 1ZVHL 2Y04A 1DYDA 3QY4A 3NSBA 2QPDB 1IO5A 4ET9A 2Y03A 4W53A 1DZEA 4HWLA 3J4GA 1A4VA 5F14A 3TXKA 1PXSA 2BLXA 1QUDA 4IASA 1UIBA 1L82A 2ZWBA 3D3DA 4LDOA 3KJ6A 1HNLA 3REYA 1DYEA 3RU5A 4MQTA 2YBMA 2DQAA 4QGZA 3CDTA 1HHLA 4NFVA 1CV1A 2C8PA 2RAZX 111LA 1PS5A 4TL3A 1L77A 3A90A 3T6UA 3CSQA 1QSBA 1XEPA 1GPQC 2D91A 1L45A 2YBJA 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 4W59 A;  2Q9E A;  3PBL A;  1L58 A;  249L A;  3MBV A;  2QB0 B;  252L A;  103L A;  2F32 A;  1KG8 A;  7LZM A;  2R4R A;  4GPO A;  4EJ4 A;  3HAS A;  4IAR A;  1JTN A;  4EPF A;  3GUK A;  3SBA A;  5G2C A;  3C83 A;  2OE7 X;  1BM1 A;  171L A;  1L62 A;  191L A;  1S8J A;  4I7K A;  1G07 A;  5H2N A;  3ZPR A;  3CDO A;  173L A;  4I7O A;  3C9M A;  2F95 A;  2BRD A;  1C69 A;  3QBL A;  3G3X A;  1L41 A;  4BWB A;  3UG9 A;  141L A;  1L22 A;  224L A;  2L78 A;  5LZM A;  1L28 A;  1AT9 A;  1HZX A;  1KGB A;  2YCY A;  4EKS A;  3S3D B;  3RUN A;  3S8F B;  3C82 A;  1L57 A;  3HTF A;  1C8R A;  1P8I A;  1GZM A;  4XTN A;  1C6P A;  4OO9 A;  4G70 B;  4BEY A;  1L16 A;  3VVK A;  2B73 A;  4K5Y A;  2YCZ A;  1JQU A;  4BEZ A;  1LPY A;  1CU5 A;  2OE4 X;  1QHJ A;  3LZM A;  4I7P A;  1L81 A;  1L92 A;  206L A;  2RBP A;  147L A;  3DN2 A;  1NHB A;  2Y00 A;  1L04 A;  1L29 A;  2M3G A;  3QJV B;  1C68 A;  1XIO A;  2O79 A;  1L44 A;  158L A;  2NTG A;  3UTV A;  1L60 A;  2KSA A;  1CTW A;  1LGU A;  3HAP A;  3P0G A;  3DN1 A;  1PY6 A;  1SSW A;  165L A;  4L35 A;  1BRR A;  5H2P A;  2ZFE A;  4I7T A;  5G2D A;  4BVN A;  2YCX A;  3NS0 A;  3V2W A;  1L9H A;  3QBG A;  3HH5 A;  4J4Q A;  4YXC A;  4I7N A;  151L A;  4GP4 B;  1L99 A;  5DYS A;  1L35 A;  4ARL A;  160L A;  2J4Y A;  2ZZL A;  1DYF A;  1JV6 A;  1QS9 A;  2L6X A;  1C6I A;  4DJH A;  4PXF A;  1L68 A;  2F93 A;  3C9L A;  4QI1 A;  2B6Z A;  143L A;  1L72 A;  1DYB A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
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