3OE0 | Genus

Total Genus 168

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	168
sequence length	440
structure length	433
Chain Sequence	KEPCFREENANFNKIFLPTIYSIIFLTGIVGNGLVILVMGYQSMTDKYRLHLSVADLLFVITLPFWAVDAVANWYFGNFLCKAVHVIYTVNLYSSVWILAFISLDRYLAIVHATNSQRPRKLLAEKVVYVGVWIPALLLTIPDFIFANVSEADDRYICDRFYPNDLWVVVFQFQHIMVGLILPGIVILSCYCIIISKLSHNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYGHQKRKALKPTVILILAFFACWLPYYIGISIDSFILLEIIKQGCEFENTVHKWISITEALAFFHCCLNPILYA

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__9876562533318496__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__9876562533318496__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/3OE0/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__9876562533318496__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"9876562533318496","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/3OE0/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__9876562533318496__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

Viewer cachePut cache://localLOAD_/file/5cffc7f542fbfc870e101c84/pdb.gz

Viewer cachePut https://genus.fuw.edu.pl/file/5cffc7f542fbfc870e101c84/pdb.gz

FileManager.getAtomSetCollectionFromFile(/file/5cffc7f542fbfc870e101c84/pdb.gz)

loadScript /static/js/j2s/core/corezip.z.js

The Resolver thinks Pdb

loadScript /static/js/j2s/core/corebio.z.js

Time for openFile(/file/5cffc7f542fbfc870e101c84/pdb.gz): 1282 ms

reading 433 atoms

ModelSet: haveSymmetry:false haveUnitcells:false haveFractionalCoord:false

1 model in this collection. Use getProperty "modelInfo" or getProperty "auxiliaryInfo" to inspect them.

Default Van der Waals type for model set to Jmol

433 atoms created

ModelSet: autobonding; use autobond=false to not generate bonds automatically

Time for creating model: 27 ms

Adding embedded #jmolscript: select ({0:432});backbone only;select *;

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Signaling protein, hydrolase/antibiotic
source organism	Homo sapiens
publication title	Structures of the CXCR4 chemokine GPCR with small-molecule and cyclic peptide antagonists. pubmed doi rcsb
molecule keywords	C-X-C chemokine receptor type 4, Lysozyme Chimera
total genus	168
structure length	433
sequence length	440
ec nomenclature	ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date	2010-08-12

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00959	Phage_lysozyme	Phage lysozyme
A	PF00001	7tm_1	7 transmembrane receptor (rhodopsin family)
A	PF12109	CXCR4_N	CXCR4 Chemokine receptor N terminal

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
1.10.530.40	Mainly Alpha	Orthogonal Bundle	Lysozyme	Lysozyme	3oe0A02
1.20.1070.10	Mainly Alpha	Up-down Bundle	Rhopdopsin 7-helix transmembrane proteins	Rhopdopsin 7-helix transmembrane proteins	3oe0A01

2OE7X 1C64A 3DDLA 3UTVA 1G06A 1QTDA 115LA 1OV5A 3QBKA 4PK0A 178LA 4GPOA 4BEYA 3HDFA 4FAAB 4BVNA 4W55A 1TLAA 119LA 2AT9A 3QBIA 4DAJA 5ITCA 1L62A 1PQJA 157LA 1ZURA 184LA 2LNLA 3K2RA 3MBVA 3UTWA 4AQNA 2EI4A 225LA 189LA 1PQKA 1KMEA 5AHZA 167LA 4ZPUA 1BM1A 173LA 1L71A 4A4MA 1WTHA 4I7JA 2F95A 158LA 186LA 1L82A 1L68A 1L0KA 3CDQA 3VW7A 5EN0A 3CAPA 2B6XA 4FBZA 4HWLA 4L35A 1CX7A 1QM8A 1CV5A 2I1XA 4G7RB 1L90A 1PQDA 2OTZX 1GZMA 1L93A 4DKLA 4G7SB 3WQJA 3ZPQA 5AX1A 5DYSA 1L66A 1L57A 221LA 232LA 107LA 129LA 5JJNA 1L86A 4MBSA 1OWZA 2B6ZA 3HAQA 123LA 120LA 1NHBA 3DKEX 5JJJA 1L40A 5F8UA 1PQOA 1T97A 1X0I1 3HUQA 4IB4A 1C6MA 1XEPA 3QBLA 3VVKA 1C6FA 1P5CA 1P64A 1P8IA 4W53A 1QSQA 229LA 1CU3A 2JAGA 5B34A 2HPYA 2Y02A 1G0PA 2B6YA 3HTFA 223LA 1LGUA 1QTHA 4MD1A 1L28A 1G0MA 3GUNA 1UAZA 4GYCA 1L21A 4ARPA 1D2YA 1L11A 1XJUA 4LDLA 2Y00A 1QT8A 2RBOA 4LDOA 1FBKA 1MGYA 5B2NA 1S54A 1EHKB 1Q5IA 4FA7B 188LA 1HZXA 1L05A 1L77A 1P36A 4I7LA 1L09A 3NY9A 4MQTA 3DN3A 3DMXA 185LA 1D2WA 4IARA 255LA 4I7NA 1G0GA 1L42A 1L27A 4GBRB 212LA 3ABWA 5H2JA 5KKHA 1L79A 4PXFA 3NSBA 1L06A 1LGXA 3HUKA 1C6CA 2OTYX 1L41A 4S0WA 112LA 180LA 4JR8A 1QS5A 258LA 3HASA 3S8GB 152LA 109LA 1LYGA 4GP4B 3T45A 4QIDA 1L94A 1AP9A 2O79A 1L80A 3SB8A 1QT4A 1L96A 3OE6A 2RBRA 108LA 1SSYA 3GUMA 3HDEA 5B0WA 262LA 1L51A 1L30A 228LA 3QAKA 190LA 4I7SA 237LA 2F2QA 2YCWA 1P37A 3HARA 5AHYA 1L10A 261LA 5G2CA 3BVDB 2ANVA 260LA 218LA 1L19A 3A7KA 4KLYA 5A44A 170LA 1L76A 3DNAA 1O0AA 1QUDA 4XTLA 2RB2X 2YCZA 1DYAA 2RBNA 3C83A 1QKPA 3AM6A 4EIYA 3C7ZA 1GUEA 1BRRA 235LA 1QKOA 2YCXA 259LA 2ZZLA 3GUKA 4EPFA 1L13A 3OE0A 198LA 2Z73A 2YDOA 175LA 3SB7A 3X3BA 2Q9EA 3PXOA 3QJVB 2RB1X 1LYHA 4YXAC 1L56A 1F88A 2QPDB 1L72A 1AT9A 177LA 4IAPA 2ZIYA 1SWZA 1C62A 240LA 1G07A 1L45A 2B70A 5H2HA 3F9LA 3G3WA 2RAYX 3HH6A 4IAQA 169LA 2B72A 149LA 1L12A 2QARC 2Y01A 2LCBA 3HANA 3HT9A 246LA 2OU8A 1CUPA 168LA 1OYUA 3UG9A 4KNFA 1CX6A 1CU6A 3GUPA 3HTBA 3PDSA 1L95A 227LA 4UG2A 1C6JA 1C6EA 4JQ6A 110LA 3GULA 1D3FA 4XXJA 3EH5B 3X3CA 1LYFA 1SWYA 1R84A 2F32A 3HT6A 2OE9X 151LA 1FBBA 1S53A 118LA 1C66A 1L0MA 2VT4A 140LA 1C6DA 4QRYA 1DYGA 3AYNA 1L25A 4X1HA 213LA 3G3VA 1C67A 4ARLA 4EKQA 3OAXA 1G1WA 4EKSA 3ODUA 3FADA 1L17A 4YXCA 3FI5A 1XMEB 4MQSA 1SSWA 4Y9HA 1C6QA 1C6IA 1BRXA 148LE 3SB5A 162LA 5DHGA 3C81A 3COCA 1JFPA 1LI3A 3UZAA 2RBPA 2OEAX 3CDVA 3RFMA 3L64A 4L6RA 1LLHA 183LA 1F4ZA 4OV0A 166LA 1JTMA 1LYIA 3ZPRA 2B74A 5FJGA 1LGWA 1L83A 2Y03A 4UHRA 3HU8A 2NTUA 3UTYA 1P8UA 3SB6A 1L47A 4WW3A 5AX0A 224LA 4OO9A 142LA 245LA 226LA 1S52A 3GUJA 1CV0A 150LA 1C63A 1KW7A 1B6IA 3DQBA 1QT6A 4DJHA 5BR2A 1GU8A 4I7PA 3S8FB 4XTNA 3DN6A 4X32A 1D3JA 1M0KA 187LA 1OVJA 3HH4A 3HWLA 160LA 176LA 5G2AA 1T8GA 1JGJA 3NS0A 5H2KA 1L08A 3P0GA 3SBBC 3QJQB 5G28A 1CVKA 3PQRA 1H2SA 1M0LA 1E12A 1QTBA 1EPYA 1C8RA 4EKPA 1CU0A 1QUGA 1S8LA 4BV0A 241LA 1DYDA 199LA 1OV7A 1L43A 1CV4A 1QT3A 4XTOA 1DYBA 1L14A 1QTCA 3UTXA 2RH1A 3RZEA 2YDVA 1XJTA 128LA 1L73A 3VGAA 2B6WA 4G7QB 1C6BA 1L60A 250LA 4HYXA 2QPEB 4I7KA 1L50A 155LA 3C8RA 3GUOA 2QB0B 3QJUB 4GP8B 216LA 1L35A 1L07A 2WJLA 192LA 1C6HA 2M3GA 3DMZA 1OVKA 233LA 4W57A 1CTWA 1PQIA 1IW6A 1T8FA 1X0SA 3ZEVA 1QSBA 2OU9A 5JJEA 4W54A 4LZMA 1C3WA 3DN2A 114LA 1PY6A 249LA 254LA 4QI1A 1L18A 2X72A 5C1MA 1X0K1 2Q9DA 5DHHA 3V2YA 3EH3B 4W56A 2HUMA 4BEZA 3C82A 1L74A 219LA 239LA 3QBGA 215LA 1LI6A 3DN1A 4N6HA 4LDEA 1E0PA 2OE4X 253LA 1L23A 4EPIA 5ETZA 1CU5A 1G0JA 4EJ4A 3C8SA 1L59A 1L92A 1C6AA 2KS9A 1L39A 1UCQA 1LWKA 247LA 257LA 1XIOA 5B6YA 2L78A 4G71B 147LA 1L9HA 2G87A 3C9LA 1L99A 1P2RA 4BWBA 1L55A 3DN0A 2F93A 1L63A 5B35A 130LA 196LA 1QUHA 2Z6BA 3RUNA 1KY1A 4W51A 3NY8A 4XT3A 1L81A 1D3NA 211LA 1C6GA 3HAPA 3HU9A 3QDCA 1XJIA 4FPDA 2B73A 1S51A 3DN4A 1K28A 3LZMA 3SBAA 3DN8A 230LA 1LN6A 172LA 1LPYA 1L65A 1L75A 1L22A 1C6NA 2B75A 1L04A 5G54A 1L54A 161LA 1C6PA 156LA 4BUOA 1BRDA 1CV1A 1C6LA 1L67A 4I7OA 5H2LA 1G0LA 5BR5A 145LA 4ARJA 4ARMB 2PEDA 3CDTA 3OE8A 5ITEA 102LA 1L48A 1L64A 131LA 244LA 3S3BB 1LWGA 1L01A 5TGZA 1L36A 1P3NA 113LA 3NYAA 1P7SA 4I7QA 4HYJA 5LWEA 1L98A 3AYMA 1P6YA 137LA 3HTGA 5H2MA 2KSBA 1G1VA 1L46A 3SB9A 1PXRA 4W58A 3C7WA 3HAOA 191LA 1C65A 2Y04A 5B6WA 3VI0A 3S3DB 1DYCA 195LA 3D4SA 2A4TA 1L69A 1L29A 1QT5A 206LA 1LYJA 4ARQA 3VHZA 1T8AA 3G3XA 210LA 2ZFEA 1QTVA 3PWHA 1CU2A 1L87A 2J4YA 103LA 1P2LA 1D3MA 4AMIA 4JKVA 1JTNA 1L0JA 1DYFA 1TN0A 234LA 5H2IA 1P56A 2B6TA 6LZMA 2WJKA 1JV6A 3L2XA 5H2OA 5H2PA 163LA 1LYEA 1LW9A 4I7RA 4K5YA 1TN5A 164LA 3CODA 201LA 2KSYA 122LA 3FA0A 1QT7A 1T6HA 3C7YA 3V2WA 1R2NA 1OVHA 4GP5B 2OU0X 4W52A 4AMJA 4ARMA 1L38A 1S8JA 3HT7A 1QHJA 2I35A 182LA 1L89A 2JAFA 1P46A 1L16A 1G0QA 4J4QA 1CV3A 1L85A 1H68A 5AWZA 1U19A 1L52A 1KG9A 1L70A 1L24A 3QJTB 2RB0X 3HH3A 143LA 3PBLA 1CV6A 1L53A 1QUOA 217LA 5B6XA 3SN6R 256LA 4X31A 1L97A 3KJ6A 2NTWA 2I20A 2B7XA 1IW9A 220LA 126LA 4GRVA 1PQMA 4NC3A 4PXKA 2HUKA 1L03A 1ZYTA 4WAVA 5B6VA 2YCYA 222LA 1VGOA 1L33A 4W59A 1P8HA 5H2NA 1L58A 5LZMA 1QTZA 1C60A 4PJZA 4E97A 171LA 3EH4B 1L44A 3UONA 4G70B 1L84A 2IGCA 1JQUA 1CUQA 1ZWNA 3HTDA 5AZDA 174LA 3HUAA 1L15A 3QJRB 243LA 200LA 2LC9A 165LA 3HT8A 1L37A 4N4WA 242LA 3DMVA 1M0MA 1PXSA 125LA 139LA 1KW5A 3C80A 4MD2A 3EMLA 1L26A 209LA 1C8SA 1VJMA 2I21A 7LZMA 1SX2A 1L49A 3QJSB 1C6KA 2L6XA 2RBQA 3QAPA 2BRDA 3GUIA 1IXFA 2NTGA 1I6SA 4ARQB 2R4RA 4TL3A 1JV7A 1L02A 2O7AA 4I7TA 236LA 4N4YB 3F8VA 1OWYA 111LA 104LA 2LZMA 1C69A 2Z55A 1L88A 1SX7A 2O4WA 2R4SA 3HH5A 1L91A 127LA 1KG8A 1C68A 3S3CB 2RAZX 1G0KA 3REYA 2ANXA 4EA3A 1CWQA 1C61A 1DYEA 1KGBA 1L32A 4EXMA 1L31A 3JR6A 3C8QA 3VG9A 205LA 2RBSA 2KSAA 5B6ZA 2F47A 197LA 3UZCA 1KY0A 5G2DA 146LA 2CUUA 1Q5JA 141LA 1LI2A 251LA 2HULA 4YX7C 159LA 214LA 1L00A 1DZEA 181LA 4EKRA 4XT1A 5G36A 1LYDA 138LA 1D9WA 3C9MA 1F50A 4G72B 5G53A 5A45A 1KS3A 4GBRA 1L61A 3CDOA 3CDRA 4I7MA 2NTHA 1L34A 5J7AA 248LA 1KNIA 252LA 3OE9A 144LA 5I14A 238LA 1C6TA 5A8EA 231LA 1L20A 1QS9A
chains in the Genus database with same CATH superfamily

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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1SQ2 L;  4HSF A;  1QTD A;  3A6B Y;  178L A;  1LJF A;  3HDF A;  5KKJ A;  2FYD A;  1PQJ A;  1ZUR A;  5II3 A;  3AB6 A;  1UIC A;  5HNL A;  1IIZ A;  1KME A;  4ZPU A;  1NDG C;  1BM1 A;  3CT0 A;  4GLV A;  2F95 A;  1OUI A;  4N9R A;  5EN0 A;  2B6X A;  4HWL A;  1G7H C;  1QM8 A;  4DQ7 A;  1JKD A;  1PQD A;  1GZM A;  1JUG A;  1HEP A;  4YOP A;  5AX1 A;  5DYS A;  1L57 A;  5JJN A;  154L A;  3M3U A;  1L86 A;  2B6Z A;  123L A;  4ETC A;  4L41 A;  5KXP A;  1T97 A;  4ET9 A;  1P64 A;  1QSQ A;  229L A;  1CU3 A;  1ZVY B;  2I26 L;  1GWD A;  1LGU A;  5LVH A;  1WTN A;  4G4B A;  1MEL L;  1XJU A;  3GXK A;  2RBO A;  5LXW A;  1MGY A;  1IEE A;  5B2N A;  3CT1 A;  4RLM A;  1UIB A;  1D2W A;  3WW5 A;  1B5U A;  4IAR A;  1L27 A;  1UC0 A;  3ABW A;  3NSB A;  1L06 A;  3HUK A;  1B7R A;  1BWI A;  1RI8 B;  1GBX A;  1L41 A;  1HEN A;  1IOT A;  2F4G A;  1LZR A;  152L A;  4GP4 B;  1IP5 A;  4QID A;  1L94 A;  1QT4 A;  3OE6 A;  194L A;  1LYO A;  1IOS A;  5B0W A;  262L A;  1L30 A;  3QAK A;  3TXI A;  2YCW A;  3HAR A;  2F2Q A;  1L10 A;  5G2C A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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3OE0A

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