3OE0A

Crystal structure of the cxcr4 chemokine receptor in complex with a cyclic peptide antagonist cvx15
Total Genus 168
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
168
sequence length
440
structure length
433
Chain Sequence
KEPCFREENANFNKIFLPTIYSIIFLTGIVGNGLVILVMGYQSMTDKYRLHLSVADLLFVITLPFWAVDAVANWYFGNFLCKAVHVIYTVNLYSSVWILAFISLDRYLAIVHATNSQRPRKLLAEKVVYVGVWIPALLLTIPDFIFANVSEADDRYICDRFYPNDLWVVVFQFQHIMVGLILPGIVILSCYCIIISKLSHNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYGHQKRKALKPTVILILAFFACWLPYYIGISIDSFILLEIIKQGCEFENTVHKWISITEALAFFHCCLNPILYA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Signaling protein, hydrolase/antibiotic
source organism Homo sapiens
publication title Structures of the CXCR4 chemokine GPCR with small-molecule and cyclic peptide antagonists.
pubmed doi rcsb
molecule keywords C-X-C chemokine receptor type 4, Lysozyme Chimera
total genus 168
structure length 433
sequence length 440
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2010-08-12

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
A PF00001 7tm_1 7 transmembrane receptor (rhodopsin family)
A PF12109 CXCR4_N CXCR4 Chemokine receptor N terminal
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 3oe0A02
1.20.1070.10 Mainly Alpha Up-down Bundle Rhopdopsin 7-helix transmembrane proteins Rhopdopsin 7-helix transmembrane proteins 3oe0A01
1UCQA 1AT9A 3PQRA 1QHJA 1P5CA 148LE 171LA 3HU9A 1DYFA 4ARMB 1M0LA 4G71B 5B2NA 1L45A 1C6NA 1L43A 206LA 1SSWA 2I20A 3C8QA 1I6SA 4FPDA 1LYEA 180LA 1LGXA 2F47A 1KG8A 244LA 1JV6A 1L08A 1L77A 3C82A 1GU8A 2B7XA 1D2YA 4XTOA 1DYEA 2JAGA 1CV1A 1L41A 1CV6A 127LA 7LZMA 3QJUB 189LA 2ANXA 1C6LA 168LA 3HUAA 3NYAA 1G1WA 1X0K1 2M3GA 2YCXA 4HYJA 4BEZA 3GUMA 4PXKA 214LA 1KMEA 3HH4A 3S3CB 2NTHA 2RB1X 4EKPA 2Q9EA 221LA 1JFPA 1L16A 3AYNA 1LN6A 1L36A 5B6WA 3RFMA 172LA 146LA 2NTGA 143LA 1LWKA 1TN0A 5AWZA 4I7SA 1SX2A 1T8GA 1L06A 2ANVA 3DMVA 4ARPA 1F4ZA 2Z6BA 1L85A 4MBSA 4EIYA 1L84A 2EI4A 3ZPQA 5H2PA 253LA 1C69A 2HUKA 235LA 118LA 1L63A 3HT8A 3G3VA 4I7KA 1G0LA 178LA 1L66A 5FJGA 5B6YA 1LWGA 1R2NA 1T8FA 1P7SA 195LA 190LA 175LA 155LA 3UTWA 3G3XA 150LA 2HULA 1L92A 3GUPA 1S8LA 1L91A 3HUKA 4S0WA 3DN1A 1TN5A 3QJQB 4FA7B 3HH3A 1T6HA 3F9LA 4AQNA 2X72A 232LA 198LA 3HT9A 1G0QA 1LYGA 1PQJA 2OE7X 3LZMA 239LA 3NY9A 1H2SA 1C6JA 1L15A 3REYA 186LA 3UONA 1HZXA 245LA 3C9MA 4FBZA 3SBAA 1L75A 4I7JA 1CV4A 1TLAA 3D4SA 191LA 1C64A 1FBKA 259LA 3DDLA 138LA 3GUOA 3HDFA 1P8HA 1C6IA 2B72A 1C60A 1E0PA 1CU5A 4GP4B 1C65A 1L09A 1L97A 4Y9HA 1D3MA 3UG9A 3HH5A 2YCYA 4BVNA 4XXJA 2RBNA 2B6YA 2JAFA 4LDLA 5AZDA 2HPYA 158LA 229LA 2RBQA 1S51A 3OE9A 2L6XA 5TGZA 1LW9A 1H68A 196LA 1MGYA 1L32A 3C7ZA 4EKQA 176LA 3DN3A 1L54A 237LA 1AP9A 1QKPA 1L74A 1QTDA 3S8FB 1EPYA 3EH3B 1E12A 1XMEB 1L86A 1L69A 3HANA 1T97A 1SWYA 2KS9A 3K2RA 1OVHA 1L0JA 140LA 234LA 5A44A 3SN6R 1L47A 2QB0B 2LZMA 3DKEX 4W59A 4EPFA 4JQ6A 5AHZA 4BUOA 2RBOA 3GULA 3JR6A 1OV7A 2B6ZA 3VHZA 2R4RA 181LA 1C8RA 1CU3A 1L07A 3X3CA 1L88A 2B70A 1GUEA 5H2OA 1LPYA 1L20A 2HUMA 5LWEA 2YCWA 3DMZA 1LYDA 3V2WA 2PEDA 1OWYA 3CDRA 1CVKA 1FBBA 247LA 3QAKA 1KS3A 2B73A 4W54A 2RBPA 5B6ZA 1LI2A 1LGWA 2Y02A 1SSYA 1L52A 1L58A 4LZMA 211LA 5B34A 1C6AA 4GBRB 3OAXA 3UTVA 1L26A 227LA 1C66A 5ITCA 1L29A 228LA 5F8UA 163LA 5EN0A 1LYIA 258LA 3DMXA 3VG9A 200LA 1M0KA 4IAQA 2BRDA 1C8SA 5H2HA 2OE9X 1G1VA 104LA 1L48A 3QJVB 192LA 1L87A 1LYHA 1DYCA 240LA 4ARJA 4QRYA 3SB5A 254LA 3F8VA 1QT7A 4I7PA 3P0GA 1L98A 3A7KA 1DYDA 1L50A 3QBGA 112LA 4JKVA 2B74A 1P64A 4W52A 4IARA 3FA0A 4DJHA 1L19A 4DKLA 142LA 4DAJA 4ARQB 1L0MA 128LA 4G72B 2KSYA 1C6QA 3HAPA 3NSBA 1G0MA 151LA 1QSQA 220LA 223LA 1CX6A 123LA 107LA 1L30A 1L53A 1T8AA 3OE0A 212LA 4G70B 1L17A 3KJ6A 3C9LA 5G2AA 130LA 4W53A 1L18A 2LNLA 1QS5A 252LA 1C3WA 3MBVA 141LA 3WQJA 1JTNA 5I14A 2Y04A 1QUDA 169LA 2Y01A 115LA 120LA 4LDOA 3C8SA 2RH1A 4BEYA 1X0SA 5G28A 170LA 4OV0A 4OO9A 1L35A 1LYFA 3PDSA 209LA 1CV5A 1L73A 201LA 4EKRA 2F93A 1BRRA 1CUPA 2OE4X 5B6VA 1L14A 216LA 1PQMA 1L01A 4ARMA 1C6CA 5B35A 2WJKA 3HARA 3C8RA 1C6HA 3V2YA 233LA 3FI5A 4IB4A 3DN6A 3QBIA 4MQSA 1QM8A 1XJIA 110LA 183LA 1P3NA 1C67A 1U19A 5DHGA 1PQKA 5AX1A 3QJTB 5JJNA 1L89A 5AX0A 1D9WA 2CUUA 3S8GB 3SB9A 187LA 1PQOA 5G53A 2NTUA 3QDCA 5LZMA 1BM1A 5J7AA 4LDEA 3PWHA 3PBLA 147LA 1DYAA 3RUNA 3L64A 249LA 224LA 1C6PA 4XT1A 3QAPA 167LA 3DN8A 2QPEB 5BR5A 205LA 1P2RA 4QIDA 1L65A 1L27A 4EPIA 4YXCA 157LA 1QTBA 3HUQA 1P56A 1F88A 2B6WA 4G7RB 3NY8A 3QJRB 5H2NA 166LA 1PXSA 3OE6A 1M0MA 3EH5B 1SX7A 4UG2A 4G7SB 1VGOA 3HASA 236LA 4BV0A 5H2JA 2O4WA 3SB7A 1C6GA 1LGUA 2F2QA 1L96A 4I7QA 2R4SA 1L59A 1PQIA 164LA 2RB0X 3RZEA 1L95A 182LA 3C83A 1JGJA 1KNIA 1P37A 1XEPA 102LA 2RBSA 2NTWA 5ETZA 5G36A 4HWLA 1Q5JA 1S54A 5DYSA 1NHBA 1CWQA 159LA 1G0GA 1L46A 4X32A 3QBKA 1IW9A 1L37A 185LA 3ODUA 1QTVA 3DN0A 5H2IA 1CTWA 3VVKA 3VW7A 1G07A 4PJZA 3QJSB 4X31A 4W57A 4GRVA 1CV0A 1L22A 3HT7A 4HYXA 1L44A 1L61A 1L60A 4XT3A 5B0WA 4W56A 1UAZA 3C7YA 111LA 256LA 1L0KA 1D2WA 2Q9DA 156LA 4I7MA 165LA 1L25A 241LA 4WAVA 1L05A 4A4MA 1CV3A 4N4WA 3UTXA 1L11A 2F32A 4GPOA 1O0AA 4AMIA 174LA 225LA 5JJEA 1LI3A 1P8UA 1L24A 4L35A 1L49A 1C62A 4E97A 1QT6A 1WTHA 109LA 2ZIYA 3HTDA 1L67A 1KGBA 1L23A 1KY1A 3HU8A 1QUHA 2LCBA 1L64A 199LA 1K28A 2B6TA 1G06A 184LA 1C61A 5H2MA 4W55A 1JQUA 1DZEA 4X1HA 1L79A 5DHHA 248LA 1DYBA 1BRDA 1P46A 1D3JA 243LA 113LA 1PY6A 1L40A 4EJ4A 3UZAA 2YDVA 3DNAA 4ARLA 1KW5A 1QT4A 3VI0A 2Z73A 1L70A 1C68A 3UTYA 125LA 1B6IA 1C6TA 238LA 2I21A 5BR2A 3CAPA 257LA 1R84A 4XTLA 1GZMA 5JJJA 1EHKB 3HTGA 4NC3A 1C63A 197LA 4J4QA 1L34A 4IAPA 2G87A 4PK0A 4MD1A 1KG9A 4PXFA 2WJLA 4GBRA 103LA 1LI6A 222LA 3NS0A 3PXOA 1OWZA 3C7WA 1IXFA 2OU9A 2VT4A 1SWZA 4MQTA 3UZCA 2A4TA 1D3FA 2LC9A 4GP5B 1L9HA 1L02A 2B6XA 4N4YB 4I7RA 3HAQA 3CDOA 3G3WA 1L31A 1L80A 1L76A 188LA 2RB2X 246LA 1S8JA 2F95A 3EH4B 1CX7A 219LA 4XTNA 5G54A 1VJMA 1L62A 152LA 4ZPUA 2ZFEA 1L10A 1L93A 3C80A 2KSBA 1JTMA 1C6FA 1C6KA 1L99A 4GP8B 4ARQA 161LA 1S52A 4YX7C 5G2CA 1QUGA 1D3NA 1C6DA 1P2LA 1QTZA 4WW3A 3S3BB 2QPDB 3GUKA 1L55A 2I35A 3T45A 1L28A 177LA 3S3DB 1L82A 1XJUA 4YXAC 3X3BA 1ZWNA 2I1XA 1L90A 1L81A 251LA 1L72A 4UHRA 3SB6A 3SBBC 119LA 1PQDA 1OVKA 1QSBA 2OTYX 1LYJA 4N6HA 1QT3A 2OEAX 4KLYA 3GUNA 3VGAA 2YDOA 162LA 6LZMA 129LA 1F50A 3GUJA 3CDTA 215LA 4I7TA 5A8EA 3QBLA 230LA 250LA 1C6EA 1CU0A 2OU8A 5KKHA 1L33A 126LA 1Q5IA 1G0JA 2Y00A 3SB8A 3AYMA 108LA 3COCA 4I7NA 3HTBA 3OE8A 3BVDB 260LA 1CU2A 3GUIA 2RAYX 3ABWA 2Y03A 4TL3A 3CDQA 3HWLA 1KW7A 1P36A 160LA 1L51A 5B6XA 149LA 226LA 4I7OA 4JR8A 3HTFA 114LA 144LA 122LA 1OVJA 2O7AA 1L83A 2L78A 3EMLA 2IGCA 3HT6A 3L2XA 5G2DA 1X0I1 3HH6A 4W58A 1ZURA 2B75A 1L00A 1KY0A 1LLHA 1OYUA 1QS9A 4FAAB 1OV5A 1QKOA 4W51A 4EA3A 1ZYTA 242LA 1L57A 3FADA 5C1MA 1DYGA 1L04A 1L13A 4I7LA 4QI1A 4K5YA 5H2KA 5AHYA 1L68A 261LA 2AT9A 4KNFA 2J4YA 3CDVA 139LA 1L56A 5H2LA 4EXMA 1QT5A 1CU6A 1G0KA 5A45A 2OTZX 1C6BA 2YCZA 1L42A 3DQBA 3DN2A 3ZEVA 218LA 4AMJA 1QTHA 4G7QB 213LA 4L6RA 1PXRA 255LA 1QUOA 1L12A 4BWBA 1L03A 1L38A 1QTCA 131LA 1S53A 2Z55A 2RAZX 4EKSA 1QT8A 2QARC 1P8IA 1L71A 1XIOA 173LA 1G0PA 2RBRA 137LA 5ITEA 2ZZLA 2O79A 3C81A 2KSAA 1BRXA 3AM6A 3DN4A 231LA 262LA 1C6MA 3ZPRA 1IW6A 3CODA 1JV7A 4MD2A 3HAOA 4GYCA 145LA 1P6YA 3HDEA 1XJTA 1L21A 1CUQA 1L94A 210LA 2OU0X 1L39A 217LA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1DI4A 4H8ZA 2BQNA 1L45A 5KXZA 3F6ZA 1GB6A 3G3AB 1MELL 1I6SA 1GF6A 1LYEA 4LT0A 5KXWA 1LGXA 3T6UA 4LYTA 2YCXA 2ANXA 3P64A 3HUAA 4W94A 1XEKA 214LA 3S3CB 1IC7Y 1IWYA 4EKPA 1JFPA 3AYNA 5D5CA 3GXKA 1LN6A 4KL7A 172LA 146LA 143LA 1LWKA 2AUBA 4WO6A 1SX2A 1T8GA 3DMVA 1BWJA 5I53A 1DZBX 2CGIA 1G0LA 1UIBA 1LSNA 1KIPC 1LWGA 4ETCA 1P7SA 195LA 1JKAA 190LA 1LSGA 3WULA 2HULA 1S8LA 3HUKA 4QY9A 3QJQB 4NFVA 1T6HA 2YBIA 4RLMA 1HNLA 1XGPC 1HZXA 4FBZA 1L75A 4I7JA 2LZTA 3P68A 2DKVA 3DDLA 3GUOA 5DL9A 1P8HA 1C65A 1L09A 1V7TA 2BQAA 4NGIA 4Y9HA 4H9IA 4H8YA 1I20A 5D5FA 5AZDA 2L6XA 5TGZA 1UBZA 196LA 1L32A 3C7ZA 2XQOA 2BQGA 1L74A 1QTDA 1EPYA 1CKCA 1HEWA 3A3RX 4GLAA 4AGAA 4UWNA 4G4BA 3A90A 3A3QA 5A44A 1F6RA 3SN6R 2QB0B 1UCOA 2LZMA 4W59A 4EPFA 2W1YA 1REZA 3VHZA 5HNCA 181LA 1LYYA 3W3EA 5B05A 4ZEEA 3SP3A 1L20A 1LSAA 2BQOA 2YCWA 4NGOA 1LYDA 1LZ4A 3ZEKA 1OWYA 1CVKA 4NIJA 4W54A 2B73A 5B59A 5LVJA 1LI2A 1L52A 4GBRB 3OAXA 227LA 3B0IA 1CJ9A 5F8UA 1LJJA 4GLVA 1SLYA 1LYIA 5EN0A 2F4AA 4IAQA 1GE2A 2BRDA 1C8SA 2OE9X 1L48A 4QRYA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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 1L61 A;  1L60 A;  4XT3 A;  5B0W A;  4W56 A;  1UAZ A;  3C7Y A;  111L A;  256L A;  1L0K A;  1D2W A;  2Q9D A;  156L A;  4I7M A;  165L A;  1L25 A;  241L A;  4WAV A;  1L05 A;  4A4M A;  1CV3 A;  4N4W A;  3UTX A;  1L11 A;  2F32 A;  4GPO A;  1O0A A;  4AMI A;  174L A;  225L A;  5JJE A;  1LI3 A;  1P8U A;  1L24 A;  4L35 A;  1L49 A;  1C62 A;  4E97 A;  1QT6 A;  1WTH A;  109L A;  2ZIY A;  3HTD A;  1L67 A;  1KGB A;  1L23 A;  1KY1 A;  3HU8 A;  1QUH A;  2LCB A;  1L64 A;  199L A;  1K28 A;  2B6T A;  1G06 A;  184L A;  1C61 A;  5H2M A;  4W55 A;  1JQU A;  1DZE A;  4X1H A;  1L79 A;  5DHH A;  248L A;  1DYB A;  1BRD A;  1P46 A;  1D3J A;  243L A;  113L A;  1PY6 A;  1L40 A;  4EJ4 A;  3UZA A;  2YDV A;  3DNA A;  4ARL A;  1KW5 A;  1QT4 A;  3VI0 A;  2Z73 A;  1L70 A;  1C68 A;  3UTY A;  125L A;  1B6I A;  1C6T A;  238L A;  2I21 A;  5BR2 A;  3CAP A;  257L A;  1R84 A;  4XTL A;  1GZM A;  5JJJ A;  1EHK B;  3HTG A;  4NC3 A;  1C63 A;  197L A;  4J4Q A;  1L34 A;  4IAP A;  2G87 A;  4PK0 A;  4MD1 A;  1KG9 A;  4PXF A;  2WJL A;  4GBR A; 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 2OU8 A;  5KKH A;  1L33 A;  126L A;  1Q5I A;  1G0J A;  2Y00 A;  3SB8 A;  3AYM A;  108L A;  3COC A;  4I7N A;  3HTB A;  3OE8 A;  3BVD B;  260L A;  1CU2 A;  3GUI A;  2RAY X;  3ABW A;  2Y03 A;  4TL3 A;  3CDQ A;  3HWL A;  1KW7 A;  1P36 A;  160L A;  1L51 A;  5B6X A;  149L A;  226L A;  4I7O A;  4JR8 A;  3HTF A;  114L A;  144L A;  122L A;  1OVJ A;  2O7A A;  1L83 A;  2L78 A;  3EML A;  2IGC A;  3HT6 A;  3L2X A;  5G2D A;  1X0I 1;  3HH6 A;  4W58 A;  1ZUR A;  2B75 A;  1L00 A;  1KY0 A;  1LLH A;  1OYU A;  1QS9 A;  4FAA B;  1OV5 A;  1QKO A;  4W51 A;  4EA3 A;  1ZYT A;  242L A;  1L57 A;  3FAD A;  5C1M A;  1DYG A;  1L04 A;  1L13 A;  4I7L A;  4QI1 A;  4K5Y A;  5H2K A;  5AHY A;  1L68 A;  261L A;  2AT9 A;  4KNF A;  2J4Y A;  3CDV A;  139L A;  1L56 A;  5H2L A;  4EXM A;  1QT5 A;  1CU6 A;  1G0K A;  5A45 A;  2OTZ X;  1C6B A;  2YCZ A;  1L42 A;  3DQB A;  3DN2 A;  3ZEV A;  218L A;  4AMJ A;  1QTH A;  4G7Q B;  213L A;  4L6R A;  1PXR A;  255L A;  1QUO A;  1L12 A;  4BWB A;  1L03 A;  1L38 A;  1QTC A;  131L A;  1S53 A;  2Z55 A;  2RAZ X;  4EKS A;  1QT8 A;  2QAR C;  1P8I A;  1L71 A;  1XIO A;  173L A;  1G0P A;  2RBR A;  137L A;  5ITE A;  2ZZL A;  2O79 A;  3C81 A;  2KSA A;  1BRX A;  3AM6 A;  3DN4 A;  231L A;  262L A;  1C6M A;  3ZPR A;  1IW6 A;  3COD A;  1JV7 A;  4MD2 A;  3HAO A;  4GYC A;  145L A;  1P6Y A;  3HDE A;  1XJT A;  1L21 A;  1CUQ A;  1L94 A;  210L A;  2OU0 X;  1L39 A;  217L A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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