3OE0A

Crystal structure of the cxcr4 chemokine receptor in complex with a cyclic peptide antagonist cvx15
Total Genus 168
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
168
sequence length
440
structure length
433
Chain Sequence
KEPCFREENANFNKIFLPTIYSIIFLTGIVGNGLVILVMGYQSMTDKYRLHLSVADLLFVITLPFWAVDAVANWYFGNFLCKAVHVIYTVNLYSSVWILAFISLDRYLAIVHATNSQRPRKLLAEKVVYVGVWIPALLLTIPDFIFANVSEADDRYICDRFYPNDLWVVVFQFQHIMVGLILPGIVILSCYCIIISKLSHNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYGHQKRKALKPTVILILAFFACWLPYYIGISIDSFILLEIIKQGCEFENTVHKWISITEALAFFHCCLNPILYA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Structures of the CXCR4 chemokine GPCR with small-molecule and cyclic peptide antagonists.
pubmed doi rcsb
molecule tags Signaling protein, hydrolase/antibiotic
source organism Homo sapiens
molecule keywords C-X-C chemokine receptor type 4, Lysozyme Chimera
total genus 168
structure length 433
sequence length 440
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2010-08-12

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
A PF00001 7tm_1 7 transmembrane receptor (rhodopsin family)
A PF12109 CXCR4_N CXCR4 Chemokine receptor N terminal
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 3oe0A02
1.20.1070.10 Mainly Alpha Up-down Bundle Rhopdopsin 7-helix transmembrane proteins Rhopdopsin 7-helix transmembrane proteins 3oe0A01
3SB5A 4ARJA 3VHZA 1LI2A 2RBNA 4MD2A 5H2OA 2LNLA 1T8AA 5I14A 4GBRA 137LA 3VVKA 1SSWA 1XJIA 1L38A 3DNAA 2RBQA 1G0QA 2KS9A 3VI0A 1L22A 1P46A 1CV3A 3QJUB 1OWZA 3ZEVA 4X32A 3HAOA 1L61A 1L87A 4EKSA 3A7KA 3HT9A 2KSAA 4QRYA 1OYUA 2HPYA 118LA 4GP8B 4OV0A 217LA 2RAYX 3GUJA 1KW7A 1P8HA 3UTXA 5ITEA 1L54A 5H2JA 2HULA 3G3VA 1X0K1 111LA 2F32A 4ARQB 1QS5A 3SB6A 3NS0A 236LA 1L99A 1LLHA 2OU8A 1CU5A 3HUQA 1L01A 1CTWA 1C66A 1PXRA 4XT1A 2BRDA 1S51A 1L75A 246LA 3C7ZA 1C6QA 1L33A 3QBLA 2RB2X 114LA 1P56A 1LN6A 5BR2A 2R4SA 2RB1X 146LA 3F9LA 1E0PA 2OE4X 4A4MA 3VGAA 138LA 1JQUA 2B73A 5FJGA 4XTNA 5LZMA 1QT6A 3REYA 1L0MA 115LA 4AMJA 4K5YA 1M0KA 1CUPA 144LA 1LW9A 1KW5A 1L90A 3OE8A 1S54A 1C3WA 4QIDA 257LA 1ZYTA 1PXSA 2RBSA 233LA 175LA 4LZMA 1UCQA 209LA 235LA 260LA 218LA 4GP5B 2VT4A 4GBRB 4EIYA 1OWYA 1L27A 4YXCA 1BM1A 1QKOA 1OVHA 3UZCA 1G1WA 131LA 2F95A 4DJHA 4ARLA 1FBKA 2I21A 1L32A 3QAPA 4HYXA 3ABWA 5H2NA 245LA 174LA 1L48A 2B72A 2KSBA 188LA 4EJ4A 1L72A 162LA 1PQJA 1L53A 1GUEA 1CVKA 2O4WA 1L63A 1L12A 4I7PA 3EH4B 1L34A 2F47A 4LDOA 3SB7A 3ZPQA 4GPOA 2I20A 3WQJA 1L57A 126LA 4LDEA 182LA 1T97A 2Y01A 1L66A 3C8SA 1L68A 1S8LA 1L14A 1L60A 2Z73A 5AX1A 3C8RA 5H2PA 206LA 4DKLA 4E97A 2JAFA 4L35A 1X0I1 1C6EA 1CUQA 3QAKA 254LA 2OU9A 1JV7A 1P64A 1JFPA 4TL3A 5JJJA 239LA 1L42A 151LA 4JR8A 1SWYA 220LA 3GUPA 1IXFA 1L06A 4MQSA 3SB9A 3CDVA 3DN4A 2PEDA 211LA 3HARA 3GUNA 2YCXA 5B6VA 4W56A 3GUIA 2Y04A 2B6YA 5H2IA 4MBSA 4IAQA 5B0WA 1L93A 1C6FA 143LA 2O79A 4DAJA 195LA 1C6BA 3QJVB 238LA 3HTBA 1QKPA 4I7SA 3DMVA 210LA 145LA 1C6CA 3D4SA 3SBBC 3HDEA 187LA 4EPFA 3C9MA 3S3BB 1KY0A 205LA 1L47A 4EPIA 4Y9HA 5KKHA 1H68A 1L18A 123LA 3C7YA 3V2YA 104LA 109LA 3S3CB 3UONA 4XXJA 3UTYA 1CWQA 5JJNA 1L97A 4MD1A 189LA 1C65A 1SSYA 2F2QA 150LA 190LA 158LA 3OE6A 7LZMA 1AT9A 1D3NA 3C81A 1L49A 1XMEB 1L23A 1C6JA 4W53A 1D3MA 1L59A 1L26A 3RFMA 5AX0A 120LA 4I7LA 1HZXA 1VJMA 2I35A 3QJQB 227LA 3HH6A 4YX7C 1XJTA 3QJRB 1C6DA 1X0SA 1AP9A 2Y03A 1IW9A 4W59A 4KNFA 1QT7A 1C6GA 4FAAB 3NYAA 219LA 3GUMA 1L80A 1L69A 1L13A 1L64A 198LA 1LGWA 4GYCA 2OE7X 4EA3A 3NSBA 1LYEA 1QM8A 4FPDA 159LA 1DYCA 3PXOA 3C9LA 1DYGA 2R4RA 1LGXA 1DYFA 166LA 1MGYA 1P5CA 1E12A 1L81A 1G1VA 1L98A 2B74A 1ZWNA 4G7RB 3HT8A 1FBBA 1L82A 1QTBA 2ZIYA 249LA 1D9WA 5A44A 107LA 262LA 2RBRA 4N4WA 4OO9A 201LA 3QBGA 2OE9X 4MQTA 2ANVA 164LA 5G54A 244LA 1U19A 2EI4A 2JAGA 1QT5A 3CAPA 112LA 178LA 1L70A 3CDTA 248LA 215LA 4ARPA 256LA 140LA 2OEAX 1L50A 1P8IA 1G0LA 3QBKA 4G70B 3C7WA 1LYJA 213LA 230LA 1LYFA 177LA 3EH3B 4HYJA 259LA 1L16A 1NHBA 1L31A 155LA 1DYEA 5H2LA 2RAZX 1QTZA 168LA 2WJLA 3SBAA 110LA 3CODA 1QSBA 5H2KA 1L39A 197LA 261LA 4QI1A 5TGZA 3SN6R 4G72B 157LA 1L40A 5JJEA 3C83A 3G3WA 4XTOA 156LA 2RBOA 3OAXA 5G28A 1LI3A 139LA 2KSYA 1L37A 1Q5IA 1TN0A 1C61A 2X72A 127LA 1L07A 1F4ZA 3MBVA 5H2MA 4GRVA 3HTGA 1L17A 1S8JA 1L05A 3G3XA 4XTLA 3S8GB 1PY6A 4BUOA 4I7TA 2ANXA 3V2WA 4X31A 5BR5A 226LA 4PK0A 1DYDA 169LA 2B6WA 5LWEA 1DYBA 5H2HA 1L85A 2Z6BA 1QS9A 4ARMA 1LI6A 149LA 4BVNA 3PWHA 1L46A 4FBZA 1C60A 1QTDA 3P0GA 3S3DB 1L25A 3HH5A 152LA 5B2NA 1SX2A 1DZEA 5A8EA 1KY1A 1L28A 1L45A 2ZZLA 1LYGA 180LA 2Q9DA 4I7OA 1C6MA 1L30A 1QT4A 2Y00A 4N4YB 4WW3A 4IB4A 4NC3A 4W55A 2B6XA 1L96A 4KLYA 232LA 5B6XA 1I6SA 241LA 1TN5A 2QB0B 3BVDB 3EH5B 3L64A 5DYSA 1H2SA 1C67A 181LA 1C68A 4PXFA 4UG2A 1IW6A 5AZDA 4PJZA 3SB8A 3AYMA 1C6HA 3ZPRA 5G2CA 3LZMA 1C63A 1L24A 1L58A 1LWKA 2Y02A 1BRRA 3DMZA 4J4QA 2ZFEA 3DN6A 1M0MA 3HTDA 2QARC 1T6HA 258LA 1D2YA 1CX6A 3QJSB 3AM6A 3GUKA 3HT6A 142LA 184LA 3COCA 3OE0A 3HANA 1T8GA 2A4TA 4EXMA 3PBLA 2I1XA 3X3BA 255LA 2CUUA 4AQNA 196LA 2YCZA 3UTWA 1S52A 2B7XA 191LA 1C8RA 5AHYA 4N6HA 3RUNA 1G0GA 3HH4A 5G2DA 2IGCA 1P36A 4G71B 2M3GA 1L0KA 3VG9A 5C1MA 1L11A 1KS3A 1L73A 3DQBA 4JKVA 1L0JA 5J7AA 251LA 5ITCA 1K28A 2L6XA 4ARMB 4G7SB 148LE 2B6TA 1JGJA 1C6IA 1PQDA 4WAVA 1G06A 129LA 1T8FA 1L77A 1LGUA 2LZMA 1OVKA 1L00A 4ZPUA 1QUDA 5DHGA 3HUKA 1S53A 1UAZA 2G87A 1L44A 1R2NA 173LA 252LA 4W54A 1CX7A 1G0KA 3HWLA 1BRDA 1G0PA 1WTHA 3HDFA 1L88A 1L52A 3L2XA 2NTHA 2LCBA 4XT3A 161LA 2B75A 1L83A 4W57A 1OVJA 4PXKA 1C6KA 1CV0A 3FA0A 128LA 3GUOA 1Q5JA 4X1HA 1G07A 1F88A 170LA 5B6ZA 3NY9A 4EKRA 5AWZA 3JR6A 1P6YA 1C69A 1L15A 3K2RA 1P2RA 1L56A 147LA 1QTCA 2LC9A 1C6NA 237LA 1F50A 2Z55A 1L35A 1LYDA 1L9HA 2OTZX 1KNIA 1L02A 1L03A 192LA 2O7AA 1G0MA 3UZAA 3S8FB 3DN2A 186LA 1G0JA 1L20A 1L51A 1EHKB 1VGOA 2L78A 4EKPA 1C64A 1CV5A 1PQIA 4L6RA 5G36A 3HAPA 5F8UA 4AMIA 4GP4B 1L21A 2RH1A 1L74A 1C6PA 3FADA 2NTWA 253LA 2YDOA 234LA 4IARA 1L41A 5ETZA 3X3CA 1CU6A 4W52A 2F93A 1LYIA 4I7QA 1CV6A 3QDCA 3UG9A 1LWGA 1P2LA 247LA 6LZMA 1L86A 1EPYA 1L67A 3DN0A 1M0LA 160LA 3F8VA 1L79A 1KGBA 1L55A 1R84A 3HU9A 3FI5A 1C8SA 1B6IA 3HTFA 2NTGA 1DYAA 5EN0A 1QUOA 1LYHA 3VW7A 1CU2A 1QTHA 1L10A 1QT8A 1PQKA 4BEZA 4S0WA 1C6AA 2YCYA 243LA 1QSQA 4HWLA 3HUAA 4I7MA 2RBPA 3QBIA 1QUGA 3DDLA 2B70A 3DKEX 1GU8A 1OV7A 2QPEB 1XIOA 1D3FA 171LA 1L84A 1PQMA 1P8UA 5AHZA 1L91A 1JV6A 199LA 1SWZA 5B35A 3PQRA 4W51A 1D2WA 1L71A 200LA 1L65A 1L09A 1XEPA 2HUKA 3DN3A 2RB0X 1L94A 225LA 3KJ6A 1CV4A 3NY8A 1BRXA 1L36A 223LA 1P37A 2Q9EA 1L19A 1KMEA 224LA 1ZURA 212LA 1QTVA 3HH3A 3C82A 214LA 222LA 1D3JA 5G2AA 102LA 3HAQA 2AT9A 3CDRA 3ODUA 2NTUA 5DHHA 4G7QB 1P3NA 4BWBA 1CU0A 2OU0X 1L62A 1L08A 1L89A 2HUMA 3OE9A 3UTVA 119LA 1QUHA 165LA 1L76A 216LA 5A45A 4IAPA 1OV5A 2QPDB 4LDLA 1L92A 1P7SA 3AYNA 3CDQA 2J4YA 167LA 3DMXA 3T45A 1KG9A 4BV0A 228LA 4W58A 240LA 4ARQA 1GZMA 5B34A 3HASA 4UHRA 1L95A 103LA 122LA 2B6ZA 3RZEA 1O0AA 1JTMA 1JTNA 1L43A 1L29A 1QHJA 3C80A 4BEYA 3EMLA 3DN8A 3C8QA 242LA 2OTYX 1KG8A 4EKQA 5B6YA 108LA 4YXAC 4FA7B 2YCWA 1CU3A 113LA 2WJKA 5B6WA 3HU8A 5G53A 221LA 172LA 1PQOA 1XJUA 1CV1A 4I7RA 125LA 183LA 3HT7A 231LA 4I7KA 3CDOA 1TLAA 185LA 3DN1A 3GULA 3PDSA 4JQ6A 141LA 4I7JA 1L04A 130LA 163LA 1C6TA 1SX7A 229LA 1LPYA 2YDVA 3QJTB 1C62A 250LA 176LA 1C6LA 1QT3A 4I7NA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4ARJA 3VHZA 4MD2A 137LA 2LZ2A 1CV3A 3OJPA 3WPKA 1BWIA 1L61A 4EKSA 1TAYA 2RAYX 2B5ZA 1KW7A 3IJVA 3WMKA 3G3VA 2F32A 4ZEEA 5KY1A 4GLVA 1CU5A 2BQCA 1LKRA 4MR1A 1L01A 2IHLA 2LZTA 4NHPA 1B0DA 1YAPA 1GF9A 1L75A 3C7ZA 1LSBA 1LJNA 4NGYA 2R4SA 5DN5A 2OE4X 2RSCA 4B4JA 4H8ZA 5LZMA 3RU5A 1QT6A 3REYA 1IOTA 1CJ8A 115LA 1LHMA 4AMJA 144LA 4ET8A 1L90A 2BAAA 1S54A 4RDSA 1ZYTA 3LZTA 154LA 4GCEA 4D9ZA 2VT4A 3AZ7A 3UZCA 1OVHA 1LJ3A 1REXA 1B7OA 4N0JA 131LA 2F95A 4OWCA 3A6BY 2I21A 1L32A 3TXHA 1JITA 1GB7A 3N9AA 4WM6A 1L48A 2B72A 4NGVA 4EJ4A 3LYTA 4B49A 4I7PA 3W6FA 1L34A 1LJGA 4J1BA 126LA 1B5ZA 2MEBA 4RLMA 4LDEA 4RW1A 4OWBA 2ZILA 1L66A 1AZFA 1L14A 1L60A 1CUQA 3QAKA 4ETDA 4TL3A 1LHKA 1JKAA 1P64A 5JJJA 4JR8A 1TDYA 220LA 4DQ7A 3DN4A 211LA 3WL2A 1RJCB 1LYOA 2YCXA 2Q0MX 5H2IA 143LA 4GN5C 238LA 5II3A 1WQOA 210LA 5LA5A 1DI3A 1C6CA 3D4SA 4ETBA 4TX7A 4CFOA 1TEWA 4WM3A 1KY0A 1GDXA 104LA 3S3CB 1HSWA 1BGIA 189LA 3WUMA 190LA 158LA 1DI4A 3OE6A 1AT9A 1QIOA 1HFXA 1L49A 4UWVA 1C6JA 4TTDA 1GF3A 1VJMA 3HH6A 1JKBA 4II8A 1OUGA 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 184L A;  3COC A;  3OE0 A;  3HAN A;  1T8G A;  2A4T A;  4EXM A;  3PBL A;  2I1X A;  3X3B A;  255L A;  2CUU A;  4AQN A;  196L A;  2YCZ A;  3UTW A;  1S52 A;  2B7X A;  191L A;  1C8R A;  5AHY A;  4N6H A;  3RUN A;  1G0G A;  3HH4 A;  5G2D A;  2IGC A;  1P36 A;  4G71 B;  2M3G A;  1L0K A;  3VG9 A;  5C1M A;  1L11 A;  1KS3 A;  1L73 A;  3DQB A;  4JKV A;  1L0J A;  5J7A A;  251L A;  5ITC A;  1K28 A;  2L6X A;  4ARM B;  4G7S B;  148L E;  2B6T A;  1JGJ A;  1C6I A;  1PQD A;  4WAV A;  1G06 A;  129L A;  1T8F A;  1L77 A;  1LGU A;  2LZM A;  1OVK A;  1L00 A;  4ZPU A;  1QUD A;  5DHG A;  3HUK A;  1S53 A;  1UAZ A;  2G87 A;  1L44 A;  1R2N A;  173L A;  252L A;  4W54 A;  1CX7 A;  1G0K A;  3HWL A;  1BRD A;  1G0P A;  1WTH A;  3HDF A;  1L88 A;  1L52 A;  3L2X A;  2NTH A;  2LCB A;  4XT3 A;  161L A;  2B75 A;  1L83 A;  4W57 A;  1OVJ A;  4PXK A;  1C6K A;  1CV0 A;  3FA0 A;  128L A;  3GUO A;  1Q5J A;  4X1H A;  1G07 A;  1F88 A;  170L A;  5B6Z A;  3NY9 A;  4EKR A;  5AWZ A;  3JR6 A;  1P6Y A;  1C69 A;  1L15 A;  3K2R A;  1P2R A;  1L56 A; 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 1P8U A;  5AHZ A;  1L91 A;  1JV6 A;  199L A;  1SWZ A;  5B35 A;  3PQR A;  4W51 A;  1D2W A;  1L71 A;  200L A;  1L65 A;  1L09 A;  1XEP A;  2HUK A;  3DN3 A;  2RB0 X;  1L94 A;  225L A;  3KJ6 A;  1CV4 A;  3NY8 A;  1BRX A;  1L36 A;  223L A;  1P37 A;  2Q9E A;  1L19 A;  1KME A;  224L A;  1ZUR A;  212L A;  1QTV A;  3HH3 A;  3C82 A;  214L A;  222L A;  1D3J A;  5G2A A;  102L A;  3HAQ A;  2AT9 A;  3CDR A;  3ODU A;  2NTU A;  5DHH A;  4G7Q B;  1P3N A;  4BWB A;  1CU0 A;  2OU0 X;  1L62 A;  1L08 A;  1L89 A;  2HUM A;  3OE9 A;  3UTV A;  119L A;  1QUH A;  165L A;  1L76 A;  216L A;  5A45 A;  4IAP A;  1OV5 A;  2QPD B;  4LDL A;  1L92 A;  1P7S A;  3AYN A;  3CDQ A;  2J4Y A;  167L A;  3DMX A;  3T45 A;  1KG9 A;  4BV0 A;  228L A;  4W58 A;  240L A;  4ARQ A;  1GZM A;  5B34 A;  3HAS A;  4UHR A;  1L95 A;  103L A;  122L A;  2B6Z A;  3RZE A;  1O0A A;  1JTM A;  1JTN A;  1L43 A;  1L29 A;  1QHJ A;  3C80 A;  4BEY A;  3EML A;  3DN8 A;  3C8Q A;  242L A;  2OTY X;  1KG8 A;  4EKQ A;  5B6Y A;  108L A;  4YXA C;  4FA7 B;  2YCW A;  1CU3 A;  113L A;  2WJK A;  5B6W A;  3HU8 A;  5G53 A;  221L A;  172L A;  1PQO A;  1XJU A;  1CV1 A;  4I7R A;  125L A;  183L A;  3HT7 A;  231L A;  4I7K A;  3CDO A;  1TLA A;  185L A;  3DN1 A;  3GUL A;  3PDS A;  4JQ6 A;  141L A;  4I7J A;  1L04 A;  130L A;  163L A;  1C6T A;  1SX7 A;  229L A;  1LPY A;  2YDV A;  3QJT B;  1C62 A;  250L A;  176L A;  1C6L A;  1QT3 A;  4I7N A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
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