3OE6A

Crystal structure of the cxcr4 chemokine receptor in complex with a small molecule antagonist it1t in i222 spacegroup
Total Genus 133
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
133
sequence length
442
structure length
418
Chain Sequence
NFNKIFLPTIYSIIFLTGIVGNGLVILVMGYQKKLRSMTDKYRLHLSVADLLFVITLPFWAVDAVANWYFGNFLCKAVHVIYTVNLYSSVWILAFISLDRYLAIVHATNSQRPRKLLAEKVVYVGVWIPALLLTIPDFIFANVSEADDRYICDRFYPNDLWVVVFQFQHIMVGLILPGIVILSCYCIIISKLDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAALINMVFQMGETGVAGFSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDRKALKTTVILILAFFACWLPYYIGISIDSFILLEIIKQGCEFENTVHKWISITEALAFFHCCLNPILYAFLGAKFKTS
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Structures of the CXCR4 chemokine GPCR with small-molecule and cyclic peptide antagonists.
pubmed doi rcsb
molecule keywords C-X-C chemokine receptor type 4, Lysozyme Chimera
molecule tags Signaling protein, hydrolase
source organism Homo sapiens
total genus 133
structure length 418
sequence length 442
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2010-08-12

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
A PF00001 7tm_1 7 transmembrane receptor (rhodopsin family)
A PF12109 CXCR4_N CXCR4 Chemokine receptor N terminal
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 3oe6A02
1.20.1070.10 Mainly Alpha Up-down Bundle Rhopdopsin 7-helix transmembrane proteins Rhopdopsin 7-helix transmembrane proteins 3oe6A01
5TGZA 2YCYA 3GUIA 2KSBA 1C60A 3OE9A 1L59A 2B73A 4G71B 1X0SA 1D3NA 2L6XA 1L40A 3HH4A 3UZCA 253LA 4K5YA 1L82A 1S52A 1C6HA 1P2RA 1SSWA 237LA 3HAQA 1L08A 1L87A 1C66A 1L13A 5LZMA 1C3WA 1L10A 1SWYA 2B72A 2G87A 3ZPQA 3GUNA 1C6NA 1L67A 5H2PA 3C82A 5B6VA 3S8FB 177LA 2Y03A 1L61A 1C6LA 1L34A 1LYJA 1QTDA 1L45A 1OWYA 1OVJA 1L37A 1PQIA 2B6YA 175LA 1L25A 1LI3A 3HAOA 1KG9A 262LA 2VT4A 229LA 3DN2A 1L05A 2OE9X 3HARA 198LA 4IAQA 3X3CA 3UONA 1L65A 1L44A 5ITEA 1X0I1 1C65A 4AMIA 4BEZA 5G53A 167LA 4QI1A 238LA 2KSYA 2CUUA 1L47A 3SBBC 1P7SA 182LA 1KMEA 4QRYA 4I7PA 2LCBA 5C1MA 1QS5A 1K28A 6LZMA 149LA 142LA 3OE8A 183LA 4W56A 125LA 1QT3A 4W51A 2WJLA 118LA 228LA 1S53A 1L79A 4OV0A 5AX0A 1L26A 2I35A 1P5CA 1L76A 1D3MA 2QPEB 4IARA 4DJHA 4WAVA 4YXAC 4LZMA 1BRRA 3NS0A 146LA 4NC3A 180LA 4E97A 1CVKA 3VG9A 4EIYA 5H2HA 5H2OA 1FBKA 1T97A 206LA 147LA 1L62A 1L15A 1D9WA 1L52A 4ARLA 3S3BB 1G06A 1BRDA 3HAPA 3C7WA 3RFMA 3HASA 1D3FA 120LA 1LGWA 1LYGA 3GUMA 4I7LA 230LA 2HPYA 1Q5IA 4EKRA 1LYFA 3S3CB 226LA 126LA 4GP8B 1KG8A 1VJMA 3C81A 1DYFA 178LA 148LE 1QT5A 1G0QA 3HTFA 4IAPA 3REYA 3CAPA 3QJTB 4X1HA 3G3WA 144LA 1QUGA 3HTBA 2AT9A 4TL3A 240LA 3OE6A 3DNAA 5G2CA 160LA 3T45A 1SWZA 3A7KA 1D2WA 145LA 254LA 3DN0A 1QT8A 1IW6A 4L6RA 3VW7A 3QAKA 3WQJA 5A8EA 5KKHA 2RBQA 3DN3A 176LA 159LA 1L22A 2F2QA 1CU5A 1G0GA 1CU0A 3PBLA 4EJ4A 1C8SA 1SSYA 3HUQA 4DKLA 4N4YB 1QSQA 4FAAB 157LA 5G36A 1L93A 195LA 1L33A 1JFPA 3V2WA 1QKPA 223LA 4XTLA 3LZMA 123LA 1C63A 4G7RB 1LI6A 3G3XA 3FADA 127LA 3DMZA 3C80A 3GULA 2YCXA 1L04A 3SB7A 2O7AA 1C6IA 2R4SA 128LA 4I7KA 1L51A 3HDEA 3QDCA 255LA 3UG9A 1QTVA 2LZMA 235LA 246LA 3PQRA 4GP4B 1LYHA 2Z6BA 1KW5A 4W52A 1DYAA 4BVNA 1OV7A 187LA 1L16A 1PXRA 1IXFA 1C6KA 213LA 2PEDA 2OU9A 1U19A 2ZFEA 171LA 1L60A 3HWLA 3VI0A 197LA 139LA 3DN4A 3CDVA 1TN0A 5ETZA 2Y04A 3OAXA 4N6HA 1O0AA 1L0JA 138LA 1AP9A 3DMXA 5G2AA 4BEYA 1QM8A 4S0WA 5G28A 1PQMA 7LZMA 4ARPA 1P2LA 3VVKA 4ARMB 5AZDA 4MQSA 2RB1X 4PXFA 1DYDA 4G7QB 5H2MA 244LA 3HUAA 4FA7B 2ZIYA 1H68A 5I14A 214LA 1L19A 103LA 1L30A 1CU6A 2YCZA 104LA 1ZWNA 4HYXA 1L02A 2J4YA 1G0JA 1L21A 170LA 4I7TA 3RUNA 131LA 1L54A 1QSBA 3V2YA 1L73A 1QUDA 4OO9A 3PXOA 3KJ6A 3QAPA 245LA 3HTGA 3DMVA 1C6PA 1P36A 1T8AA 4LDOA 4GRVA 4GYCA 4L35A 1P3NA 5B0WA 1L91A 220LA 4DAJA 1G0PA 2OE7X 4I7NA 1DZEA 1P8HA 4MQTA 4PXKA 172LA 4W57A 3NY8A 2QARC 1C6AA 4EXMA 3HT8A 3GUJA 1AT9A 3DN6A 2RBSA 4XTNA 1L20A 3NYAA 1KY1A 1DYCA 2Z55A 200LA 3SBAA 2ANVA 4JKVA 2JAGA 1EPYA 4EKQA 4G72B 212LA 1PXSA 2HUKA 5AWZA 108LA 1B6IA 3QJSB 188LA 1L48A 4X32A 3F8VA 1C6DA 2Y01A 1GU8A 199LA 2B75A 1CV6A 1E12A 1TN5A 158LA 1C6EA 1C62A 190LA 1L28A 251LA 3HT7A 3COCA 5DHGA 1L90A 3CODA 3X3BA 218LA 5B34A 4GP5B 3HH3A 5BR5A 1BM1A 2HUMA 1C6BA 261LA 243LA 3C7YA 1DYGA 1IW9A 1G0KA 1L00A 3QBKA 4WW3A 4EA3A 5JJJA 4PK0A 3EH5B 1UAZA 4GBRB 1L06A 259LA 2HULA 1L46A 5EN0A 3NY9A 3C8RA 1L84A 1TLAA 2Y00A 1S8JA 1DYBA 5H2IA 1QKOA 3UTXA 1L14A 3CDOA 162LA 3FA0A 249LA 3MBVA 1G07A 109LA 3HANA 1C6FA 1L39A 1XIOA 1S8LA 2EI4A 1CV5A 3HH6A 231LA 4HWLA 1L96A 5F8UA 1L11A 166LA 4JR8A 1L49A 4KNFA 3HUKA 1QTHA 4I7QA 5B2NA 3FI5A 137LA 225LA 2OU8A 3EH4B 3DQBA 247LA 3UZAA 1CWQA 1QTZA 1L23A 1G1VA 107LA 184LA 3C83A 1C8RA 3GUPA 4X31A 5H2KA 1P8UA 201LA 1G1WA 3AYMA 5AHYA 1LYDA 1M0LA 1H2SA 141LA 2BRDA 2YDOA 163LA 1C67A 260LA 3BVDB 1QTBA 1CUPA 113LA 4J4QA 5LWEA 1L66A 1T8GA 4YX7C 1C6TA 1QHJA 5G2DA 1Q5JA 2YDVA 1L50A 3UTYA 3SB6A 3ABWA 1CV0A 2RAZX 5H2JA 1P64A 1I6SA 2RH1A 155LA 1L27A 2NTWA 1QUOA 1KW7A 3G3VA 4EKPA 3DKEX 173LA 2JAFA 1CX6A 3VHZA 1PY6A 4N4WA 1CV3A 5J7AA 1L89A 241LA 4GPOA 5B6XA 2B6TA 1L81A 3PDSA 1L55A 2RBRA 196LA 3DDLA 232LA 5B6ZA 5A45A 1E0PA 1CX7A 1JQUA 1L09A 1C6MA 1L80A 4UG2A 211LA 248LA 3HH5A 1L86A 1L57A 1LWKA 1G0LA 2A4TA 1SX2A 4ZPUA 1P8IA 5G54A 164LA 4ARMA 2RAYX 2RBOA 1L17A 1ZYTA 4EPFA 1JV6A 242LA 3D4SA 4XXJA 2KSAA 3ZPRA 233LA 1LLHA 151LA 2B7XA 1KNIA 1PQKA 1L75A 4W53A 224LA 1L43A 4ARQB 156LA 4KLYA 2F47A 3C9LA 4I7RA 1L85A 1C6CA 4W54A 209LA 3ZEVA 1L41A 112LA 2LNLA 1C61A 3JR6A 3L2XA 5JJEA 5BR2A 1L77A 2R4RA 115LA 3EMLA 4A4MA 4MBSA 2B6XA 1L24A 3RZEA 5FJGA 4UHRA 1JV7A 3HTDA 3C9MA 215LA 210LA 168LA 1L72A 1L74A 1L95A 1BRXA 3HT9A 2OEAX 3F9LA 140LA 3SN6R 1KGBA 143LA 1XJIA 4W58A 165LA 3UTVA 1L94A 1C64A 1L9HA 1P6YA 4QIDA 4AMJA 1L97A 1CV1A 1XEPA 1T8FA 1M0MA 1PQDA 169LA 1JTNA 3S3DB 5AHZA 1L18A 1ZURA 4I7JA 1NHBA 3GUOA 5DHHA 1L53A 1L42A 1CUQA 4I7MA 5AX1A 1R2NA 1L69A 2ZZLA 1LWGA 4W59A 216LA 3HU9A 4LDLA 1SX7A 129LA 3HU8A 102LA 1LW9A 2F32A 4YXCA 1F4ZA 2Y02A 4FBZA 191LA 4GBRA 4XT3A 3NSBA 122LA 4AQNA 1XMEB 3QJVB 4EKSA 1L63A 110LA 1L31A 3CDQA 1FBBA 1S51A 2L78A 2NTUA 5DYSA 161LA 250LA 3GUKA 3HDFA 1S54A 2YCWA 1QS9A 1LYEA 3OE0A 111LA 258LA 3UTWA 1L36A 4BUOA 119LA 1L29A 1HZXA 4MD1A 1L71A 4JQ6A 2NTGA 185LA 1OVHA 1LN6A 222LA 2RB2X 1KY0A 3EH3B 1L58A 1PQOA 4I7OA 2I20A 3QBGA 5A44A 1L0KA 2QB0B 4W55A 4EPIA 1MGYA 3SB5A 150LA 1P37A 1G0MA 1LYIA 205LA 3P0GA 1L07A 4BV0A 1L35A 1L56A 3C8QA 4BWBA 1QUHA 256LA 1C6QA 1L0MA 1F88A 1QT7A 2OE4X 4G70B 3C8SA 2M3GA 1PQJA 1QTCA 3QJQB 2F93A 4G7SB 174LA 1CV4A 1CTWA 5H2NA 5H2LA 3SB9A 1L01A 2OTZX 1M0KA 2B74A 1OWZA 130LA 2O79A 1GZMA 5ITCA 1L32A 1R84A 4I7SA 4MD2A 3HT6A 5B35A 1JTMA 2Q9DA 2RB0X 1LGXA 1D2YA 1L98A 1OYUA 192LA 1L83A 2RBPA 219LA 1XJUA 5JJNA 186LA 3CDTA 4XTOA 189LA 1L88A 1L12A 1L38A 2ANXA 2OTYX 2WJKA 4ARJA 2KS9A 1X0K1 1GUEA 3C7ZA 3SB8A 1L68A 1L99A 1C69A 257LA 2OU0X 3DN8A 1C6JA 252LA 4ARQA 1EHKB 3QBLA 2B6WA 1OV5A 1XJTA 3AYNA 1LI2A 1OVKA 2F95A 3QJUB 2I1XA 3PWHA 1L92A 227LA 4IB4A 3K2RA 1LGUA 1P46A 4LDEA 3QJRB 2B70A 4PJZA 1L70A 3CDRA 181LA 2X72A 1D3JA 2O4WA 1QT6A 1L03A 1T6HA 239LA 1LPYA 217LA 1UCQA 2QPDB 3QBIA 3S8GB 152LA 236LA 1KS3A 4HYJA 4FPDA 5B6YA 1VGOA 2LC9A 3VGAA 3AM6A 1WTHA 1CU3A 5B6WA 1CU2A 1C68A 1P56A 1QT4A 1DYEA 234LA 2IGCA 3DN1A 3L64A 1JGJA 2B6ZA 114LA 1C6GA 221LA 2I21A 2Z73A 2RBNA 4XT1A 3ODUA 4Y9HA 2NTHA 1F50A 2Q9EA 1L64A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
5TGZA 4XYYA 1KXWA 1D3NA 1IP2A 1L40A 1BHZA 5APCA 3HAQA 1GF5A 5KKJA 1C66A 4NEBA 2EPEA 1QTKA 1L67A 5H2PA 3AZ7A 1C6LA 1L34A 1L37A 1TBYA 1CKCA 3DN2A 1L05A 3HARA 2MEEA 1B2KA 4QY9A 4QI1A 238LA 1REXA 3G3AB 1KMEA 4I7PA 149LA 4HJYA 5LIOA 3OE8A 2ZYCA 125LA 1S53A 1L26A 1L76A 5HMJA 1HSWA 4GCBA 3KAMA 4WAVA 4YXAC 4HJZA 1BRRA 1GBYA 3NS0A 180LA 2Z2EA 4DD0A 1FBKA 206LA 4WO9A 1D9WA 5J7CA 4ARLA 3S3BB 5KXKA 1G06A 2MEBA 2ZNWY 3HASA 1D3FA 3B0OA 1FBIX 4ETBA 4NHIA 126LA 1DYFA 178LA 1IY3A 5I4WA 144LA 3WU9A 4N1EI 1BQLY 3T45A 4QDNA 254LA 1GFRA 3DN0A 1QT8A 3VW7A 3QAKA 3DN3A 1L22A 2F2QA 1IWYA 5A3EA 1D0LA 2Z38A 2Z2FA 4DKLA 4LT0A 3N9CA 5G36A 1IC7Y 1GF4A 3V2WA 1TEWA 2DQGY 4BADA 223LA 1RJCB 3T6UA 4HV2A 2YCXA 2YBLA 5DN5A 1C6IA 3WW5A 4W52A 3A34A 1LSDA 2XQOA 1PXRA 1YL1X 1IXFA 1WQPA 171LA 1L60A 3A91A 1GF9A 4HTQA 197LA 3DN4A 4N6HA 1GFEA 2PC2A 1O0AA 1AP9A 3DMXA 2YSSC 1G7JC 1QM8A 4S0WA 3M18B 1PQMA 2W1YA 4PXFA 1DYDA 3ZEKA 5A3ZA 103LA 1LKSA 1IP1A 2J4YA 1JKDA 1L21A 1CKHA 4PGJB 3RUNA 1FLWA 131LA 1IP6A 1UICA 3KJ6A 3QAPA 245LA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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 1L94 A;  1C64 A;  1L9H A;  1P6Y A;  4QID A;  4AMJ A;  1L97 A;  1CV1 A;  1XEP A;  1T8F A;  1M0M A;  1PQD A;  169L A;  1JTN A;  3S3D B;  5AHZ A;  1L18 A;  1ZUR A;  4I7J A;  1NHB A;  3GUO A;  5DHH A;  1L53 A;  1L42 A;  1CUQ A;  4I7M A;  5AX1 A;  1R2N A;  1L69 A;  2ZZL A;  1LWG A;  4W59 A;  216L A;  3HU9 A;  4LDL A;  1SX7 A;  129L A;  3HU8 A;  102L A;  1LW9 A;  2F32 A;  4YXC A;  1F4Z A;  2Y02 A;  4FBZ A;  191L A;  4GBR A;  4XT3 A;  3NSB A;  122L A;  4AQN A;  1XME B;  3QJV B;  4EKS A;  1L63 A;  110L A;  1L31 A;  3CDQ A;  1FBB A;  1S51 A;  2L78 A;  2NTU A;  5DYS A;  161L A;  250L A;  3GUK A;  3HDF A;  1S54 A;  2YCW A;  1QS9 A;  1LYE A;  3OE0 A;  111L A;  258L A;  3UTW A;  1L36 A;  4BUO A;  119L A;  1L29 A;  1HZX A;  4MD1 A;  1L71 A;  4JQ6 A;  2NTG A;  185L A;  1OVH A;  1LN6 A;  222L A;  2RB2 X;  1KY0 A;  3EH3 B;  1L58 A;  1PQO A;  4I7O A;  2I20 A;  3QBG A;  5A44 A;  1L0K A;  2QB0 B;  4W55 A;  4EPI A;  1MGY A;  3SB5 A;  150L A;  1P37 A;  1G0M A;  1LYI A;  205L A;  3P0G A;  1L07 A;  4BV0 A;  1L35 A;  1L56 A;  3C8Q A;  4BWB A;  1QUH A;  256L A;  1C6Q A;  1L0M A;  1F88 A;  1QT7 A;  2OE4 X;  4G70 B;  3C8S A;  2M3G A;  1PQJ A;  1QTC A;  3QJQ B;  2F93 A;  4G7S B;  174L A;  1CV4 A;  1CTW A;  5H2N A;  5H2L A;  3SB9 A;  1L01 A;  2OTZ X;  1M0K A;  2B74 A;  1OWZ A;  130L A;  2O79 A;  1GZM A;  5ITC A;  1L32 A;  1R84 A;  4I7S A;  4MD2 A;  3HT6 A;  5B35 A;  1JTM A;  2Q9D A;  2RB0 X;  1LGX A;  1D2Y A;  1L98 A;  1OYU A;  192L A;  1L83 A;  2RBP A;  219L A;  1XJU A;  5JJN A;  186L A;  3CDT A;  4XTO A;  189L A;  1L88 A;  1L12 A;  1L38 A;  2ANX A;  2OTY X;  2WJK A;  4ARJ A;  2KS9 A;  1X0K 1;  1GUE A;  3C7Z A;  3SB8 A;  1L68 A;  1L99 A;  1C69 A;  257L A;  2OU0 X;  3DN8 A;  1C6J A;  252L A;  4ARQ A;  1EHK B;  3QBL A;  2B6W A;  1OV5 A;  1XJT A;  3AYN A;  1LI2 A;  1OVK A;  2F95 A;  3QJU B;  2I1X A;  3PWH A;  1L92 A;  227L A;  4IB4 A;  3K2R A;  1LGU A;  1P46 A;  4LDE A;  3QJR B;  2B70 A;  4PJZ A;  1L70 A;  3CDR A;  181L A;  2X72 A;  1D3J A;  2O4W A;  1QT6 A;  1L03 A;  1T6H A;  239L A;  1LPY A;  217L A;  1UCQ A;  2QPD B;  3QBI A;  3S8G B;  152L A;  236L A;  1KS3 A;  4HYJ A;  4FPD A;  5B6Y A;  1VGO A;  2LC9 A;  3VGA A;  3AM6 A;  1WTH A;  1CU3 A;  5B6W A;  1CU2 A;  1C68 A;  1P56 A;  1QT4 A;  1DYE A;  234L A;  2IGC A;  3DN1 A;  3L64 A;  1JGJ A;  2B6Z A;  114L A;  1C6G A;  221L A;  2I21 A;  2Z73 A;  2RBN A;  4XT1 A;  3ODU A;  4Y9H A;  2NTH A;  1F50 A;  2Q9E A;  1L64 A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
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