3OE6A

Crystal structure of the cxcr4 chemokine receptor in complex with a small molecule antagonist it1t in i222 spacegroup
Total Genus 133
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
133
sequence length
442
structure length
418
Chain Sequence
NFNKIFLPTIYSIIFLTGIVGNGLVILVMGYQKKLRSMTDKYRLHLSVADLLFVITLPFWAVDAVANWYFGNFLCKAVHVIYTVNLYSSVWILAFISLDRYLAIVHATNSQRPRKLLAEKVVYVGVWIPALLLTIPDFIFANVSEADDRYICDRFYPNDLWVVVFQFQHIMVGLILPGIVILSCYCIIISKLDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAALINMVFQMGETGVAGFSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDRKALKTTVILILAFFACWLPYYIGISIDSFILLEIIKQGCEFENTVHKWISITEALAFFHCCLNPILYAFLGAKFKTS
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Signaling protein, hydrolase
source organism Homo sapiens
publication title Structures of the CXCR4 chemokine GPCR with small-molecule and cyclic peptide antagonists.
pubmed doi rcsb
molecule keywords C-X-C chemokine receptor type 4, Lysozyme Chimera
total genus 133
structure length 418
sequence length 442
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2010-08-12

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
A PF00001 7tm_1 7 transmembrane receptor (rhodopsin family)
A PF12109 CXCR4_N CXCR4 Chemokine receptor N terminal
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 3oe6A02
1.20.1070.10 Mainly Alpha Up-down Bundle Rhopdopsin 7-helix transmembrane proteins Rhopdopsin 7-helix transmembrane proteins 3oe6A01
1L96A 4PK0A 141LA 3HTDA 1DYFA 4PXFA 3C81A 2WJKA 1G0PA 1L53A 3G3VA 4GBRB 3QJRB 3HAPA 1P5CA 3VHZA 2B70A 2LZMA 4DJHA 1XJTA 5B35A 2JAFA 4MQTA 1L81A 1XIOA 1DYGA 4ARMA 5H2MA 1LYEA 222LA 3F8VA 1C6QA 247LA 1OYUA 4X31A 7LZMA 4XTNA 2O7AA 1E12A 1GU8A 210LA 159LA 2QPDB 1L0MA 4QIDA 1L04A 4I7NA 3QBGA 2OU9A 4BVNA 1QS5A 4W51A 1OV5A 3QBLA 3UTXA 3UZCA 3RUNA 1AP9A 1CU2A 1QT7A 163LA 238LA 4I7MA 4HYJA 1OVKA 1L44A 176LA 3DN2A 3UTVA 3QJTB 4FA7B 1E0PA 1L51A 1JV7A 1L95A 1C6MA 173LA 113LA 230LA 227LA 234LA 2OTYX 2AT9A 152LA 3COCA 1D3JA 1L31A 5BR5A 3HT9A 3HT7A 212LA 4I7QA 1S53A 1L29A 3HAOA 3GUPA 256LA 4N4WA 1LLHA 2RBQA 1C8RA 3OE8A 1CU6A 2B72A 186LA 4IARA 1L82A 2B6TA 1C6TA 3DN0A 3UTWA 1L34A 4ARQB 5TGZA 2NTWA 1C66A 1BM1A 4W55A 1CVKA 3AM6A 1KY1A 184LA 1PXSA 5H2KA 1XJIA 3VGAA 1L08A 104LA 3CDRA 5AHYA 1OWZA 3CODA 3REYA 177LA 3HANA 2RBOA 110LA 2F32A 1G0GA 262LA 261LA 1L18A 187LA 1FBKA 2OU0X 3EH5B 1ZYTA 3PQRA 3HU9A 1SWZA 3DN4A 2Z73A 2YDVA 3X3CA 2A4TA 4X1HA 4JKVA 4A4MA 236LA 4GYCA 1L90A 140LA 226LA 3DN1A 1CV4A 2OE9X 1OWYA 2VT4A 192LA 3DKEX 1C6JA 4EXMA 1C65A 1C6CA 1PQDA 1BRXA 1QM8A 1DYBA 3GUOA 4EKRA 1L55A 2EI4A 4AMIA 3S3BB 5AHZA 4BEYA 1QUHA 4EKSA 1L19A 4IAPA 1L0KA 215LA 260LA 1L88A 1CUPA 3NS0A 2NTHA 4MQSA 3DNAA 1CTWA 1L97A 1QKPA 1G0LA 3ZPQA 3GUKA 1IW9A 1IW6A 3DN6A 1CWQA 1P8HA 1L09A 5H2IA 3A7KA 2RAZX 125LA 1L30A 1G0JA 3S3DB 1QTCA 3PDSA 1L43A 1L61A 1LGWA 1K28A 1T8FA 209LA 1SSYA 4W52A 2B6WA 162LA 1L16A 3DQBA 3OE0A 3EH3B 189LA 3AYNA 3PBLA 1D3FA 235LA 1QT4A 1F88A 4EPFA 1L73A 198LA 4N6HA 1ZURA 5G54A 1L9HA 1DYEA 1TLAA 160LA 5ETZA 1S51A 1C6DA 1L91A 3FA0A 4NC3A 3NY9A 4W56A 3SB7A 4I7PA 1P8UA 4W53A 1L71A 1L57A 1SWYA 1SX7A 1T6HA 255LA 237LA 5G2AA 2RH1A 6LZMA 1BRRA 3C7WA 224LA 3OE9A 3K2RA 1PQKA 1O0AA 4W54A 4FBZA 1L93A 183LA 190LA 1P46A 1QSBA 243LA 3SB9A 3HDFA 3QJVB 3C8SA 3C82A 4OV0A 4HYXA 3L2XA 127LA 4G7QB 3QJUB 3DN8A 2LC9A 119LA 1L21A 1JQUA 5AWZA 221LA 1WTHA 1M0LA 2Y02A 4FPDA 4BWBA 130LA 2BRDA 3S8FB 3GUJA 1CV0A 1L06A 1L12A 3BVDB 1L59A 1B6IA 5ITCA 252LA 3C83A 144LA 115LA 3UONA 5ITEA 1LYFA 1P37A 248LA 253LA 1QUGA 1L32A 1QT3A 4QI1A 3AYMA 5EN0A 169LA 2YCXA 5B0WA 3FADA 1C3WA 4TL3A 112LA 4W58A 3C8RA 3MBVA 1L11A 231LA 5A8EA 4MD1A 1L56A 1L25A 185LA 1JV6A 3HH3A 129LA 3HUKA 1L07A 1C69A 3C7YA 1VJMA 2QPEB 4PXKA 1KW7A 3V2WA 225LA 111LA 205LA 5G36A 4I7RA 4OO9A 137LA 1C6NA 138LA 3PXOA 2F47A 1L38A 1UAZA 1L23A 1C6PA 2CUUA 3F9LA 2B6YA 1C6LA 4BV0A 259LA 1X0K1 4W59A 1L89A 1QT6A 4HWLA 2X72A 1XMEB 2KSAA 142LA 1NHBA 1XEPA 1L24A 4XTOA 1L66A 3PWHA 1G0QA 1G06A 1L65A 1L80A 1QTDA 3CDQA 1OV7A 4MBSA 5H2JA 2B73A 2Y04A 2YCWA 3CDOA 4ARMB 1L98A 1QT8A 3EH4B 3VVKA 4GRVA 1L35A 2RB0X 3UZAA 166LA 1BRDA 4GP5B 191LA 3HUQA 1PXRA 1C6GA 1C6FA 164LA 4XT1A 201LA 1QUOA 1L54A 1C6EA 1LI2A 1OVHA 5B6YA 2I35A 244LA 1P2RA 2RB2X 257LA 1P6YA 2RBSA 1LN6A 5A44A 3OE6A 1L0JA 1CV1A 102LA 3GULA 4QRYA 1CV3A 1H68A 3ABWA 5H2PA 1L15A 2NTGA 3UTYA 1X0I1 3DMZA 2B6ZA 118LA 2HUMA 1QKOA 3C80A 1PQOA 211LA 5H2LA 1D2WA 254LA 3QJSB 3DN3A 1CU3A 3DDLA 3ZEVA 3S8GB 1L05A 2Y03A 4LDOA 1L74A 1LYJA 122LA 4EA3A 5G53A 4WW3A 1C6AA 4UG2A 3QDCA 1D3MA 2PEDA 1L01A 3NSBA 1C6HA 1C67A 4S0WA 1IXFA 1L85A 1LI6A 5H2HA 4L35A 1LWGA 5G28A 161LA 5KKHA 1M0KA 2ZFEA 4I7TA 1L39A 217LA 4IB4A 4EJ4A 1T8AA 1L68A 1LWKA 4LZMA 1L40A 1C60A 1XJUA 3HWLA 4I7SA 2WJLA 216LA 246LA 1L87A 3L64A 120LA 1C6BA 1DYCA 2J4YA 1L84A 126LA 5G2CA 2QB0B 4GP8B 5BR2A 2IGCA 4I7LA 1KGBA 4DAJA 2O4WA 1R84A 4MD2A 1ZWNA 148LE 1S8LA 2I20A 4EKQA 1LGXA 1LGUA 3HTBA 1C68A 1EHKB 5B6ZA 2YDOA 3P0GA 2OE7X 155LA 1L13A 3X3BA 167LA 251LA 258LA 1OVJA 2OE4X 147LA 1R2NA 4N4YB 3VG9A 143LA 3HTFA 4GBRA 1L28A 4E97A 1UCQA 233LA 3SB8A 3EMLA 1L77A 5JJNA 5LWEA 4PJZA 1S54A 1L52A 4I7OA 5B6VA 2NTUA 172LA 145LA 1L37A 2I21A 4G71B 213LA 1L22A 5B6XA 2RBPA 3HARA 1L75A 2Z55A 1L46A 3HH5A 128LA 1L83A 5B34A 4EIYA 1PQMA 1KNIA 3QAPA 1QS9A 1L58A 1AT9A 1TN5A 1C6KA 1L67A 3HU8A 1CU0A 1L92A 131LA 2OTZX 3GUIA 3ZPRA 2B7XA 1DYDA 4G7SB 1L20A 3SB5A 2Y00A 2HULA 174LA 1L45A 5C1MA 1KG9A 5J7AA 1SX2A 2L78A 1L69A 1D9WA 1L10A 3RZEA 1L33A 5G2DA 1VGOA 3CAPA 1L49A 3HT8A 4FAAB 5H2NA 1L02A 1P3NA 214LA 1X0SA 3GUMA 5AX1A 3D4SA 219LA 4UHRA 1C6IA 1L47A 4DKLA 1LYIA 4YXCA 5DHGA 1QTZA 2RBNA 3DMXA 3CDVA 107LA 3FI5A 218LA 2YCZA 2B75A 3SBBC 4G70B 3JR6A 2I1XA 4JR8A 3WQJA 178LA 5F8UA 2HUKA 2OEAX 3HTGA 2B6XA 2L6XA 1DYAA 4J4QA 3SB6A 220LA 4YXAC 4ARQA 250LA 1P8IA 3VI0A 1L76A 1JTNA 4I7KA 3DMVA 1T8GA 1CV6A 1QSQA 1L79A 4GPOA 2ANVA 4W57A 2OU8A 3QJQB 240LA 3GUNA 245LA 4L6RA 2ZZLA 3SBAA 2KS9A 1L72A 1C63A 4G7RB 4YX7C 4K5YA 200LA 223LA 2HPYA 1L42A 5FJGA 4AMJA 1QTVA 4LDLA 123LA 3QBKA 1QT5A 1H2SA 5DYSA 181LA 3VW7A 1S8JA 3KJ6A 3HASA 1PQJA 3QBIA 2G87A 2LCBA 5B2NA 3UG9A 3ODUA 114LA 2KSYA 1KS3A 1L94A 1PQIA 1MGYA 3HH4A 1JFPA 3C7ZA 149LA 3OAXA 1GZMA 1JTMA 171LA 1S52A 2F93A 1F50A 150LA 1LI3A 2RBRA 4ARLA 5LZMA 195LA 1QUDA 4JQ6A 1QTBA 2R4RA 4LDEA 1L17A 103LA 1G1WA 1L50A 1KW5A 165LA 1L41A 2O79A 2Z6BA 3HAQA 1G1VA 4XTLA 1CUQA 4ZPUA 2R4SA 5JJEA 4AQNA 146LA 139LA 4EPIA 1LPYA 242LA 3NY8A 1P2LA 2M3GA 5B6WA 108LA 1D3NA 1PY6A 2ZIYA 2Q9DA 3NYAA 3CDTA 1L70A 4G72B 4ARJA 2RB1X 1C61A 158LA 1CU5A 4KNFA 1KG8A 1LW9A 1CX7A 1L14A 1KMEA 1F4ZA 1FBBA 1GUEA 170LA 5AZDA 229LA 249LA 1L36A 232LA 2Q9EA 5DHHA 4EKPA 2YCYA 4X32A 3V2YA 1L60A 1DZEA 151LA 1M0MA 1L27A 5A45A 2KSBA 1G07A 1LYHA 1G0MA 3SN6R 1C8SA 2F2QA 3HUAA 4WAVA 3C9LA 1CV5A 5H2OA 1L26A 4XXJA 206LA 188LA 1L48A 5JJJA 157LA 3S3CB 3HT6A 4IAQA 5AX0A 1LYGA 1P36A 2Y01A 1L00A 1KY0A 5I14A 1Q5JA 4Y9HA 1HZXA 1U19A 4KLYA 1L63A 1D2YA 239LA 197LA 1P7SA 199LA 180LA 2B74A 175LA 3HH6A 1QHJA 2JAGA 3G3XA 2LNLA 156LA 1EPYA 1TN0A 1L86A 3QAKA 4GP4B 196LA 3C9MA 1SSWA 2QARC 1P64A 2F95A 4XT3A 1P56A 1L99A 1QTHA 228LA 1CX6A 4BUOA 2RAYX 1L03A 1C62A 3T45A 1L62A 1JGJA 1C64A 1G0KA 1T97A 3RFMA 1L64A 1LYDA 3G3WA 1Q5IA 1I6SA 4BEZA 109LA 4I7JA 241LA 182LA 168LA 3C8QA 2ANXA 3HDEA 4ARPA 3LZMA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1WQPA 1B5YA 1LZNA 1XFPL 5II3A 1IP6A 1T3PA 1YL1X 3VHZA 2B70A 2LZMA 5B35A 4MQTA 1KXWA 1ZVHL 1LYEA 1IP2A 4N5RA 2YBJA 3A67Y 4XTNA 3AZ7A 2GV0A 3TXFA 4QY9A 1L0MA 2OU9A 3WU9A 1QS5A 1UIAA 163LA 5APEA 176LA 1B5VA 3DN2A 3RZ4A 2ZYPA 1C6MA 4PPOA 2Z39A 2BPUA 1D3JA 3HT9A 3HT7A 212LA 1LJHA 3HAOA 5C6JA 3OE8A 1L82A 3DN0A 3AM6A 3OJPA 184LA 1JJ1A 5KXYA 5E9RA 4DD3A 104LA 3CODA 2RBOA 110LA 3TXEA 3W6BA 1LYZA 1SQ2L 3HU9A 2FYCA 5KXMA 4X1HA 236LA 140LA 1JHLA 2AUBA 4EXMA 1C6CA 4AMIA 3GUOA 1E8LA 5AHZA 3LN2A 4BEYA 1CJ9A 1IY3A 1UIEA 4EKSA 3P68A 1CUPA 4CFPA 2MEFA 1CJ6A 3RNXA 4MQSA 1VDSA 1LPIA 5A3EA 1REYA 1AM7A 5H2IA 3A7KA 1B7NA 1YILA 1W6ZA 4OWCA 5KXWA 1L43A 1LGWA 1SSYA 4W52A 2B6WA 3OE0A 4ZFPA 3PBLA 1D3FA 5FELA 4EPFA 1L73A 198LA 5I4WA 5G54A 1OP9B 1DYEA 160LA 1GBWA 5ETZA 3F6ZA 1C6DA 1L91A 3FA0A 1I1ZA 4W56A 4HWLA 1SX7A 3AW6A 4LT2A 1XEKA 6LZMA 1XGPC 224LA 1IR8A 3G3AB 5FEKA 4ETCA 2A7DA 1FLWA 4N1EI 183LA 1P46A 1QSBA 3SB9A 1IVMA 3QJUB 3B0IA 4KXIA 2EKSC 119LA 1L21A 5KJ9A 4BWBA 130LA 2BRDA 5KXSA 4NGKA 5ITEA 1P37A 253LA 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 3FI5 A;  218L A;  2YCZ A;  2B75 A;  3SBB C;  4G70 B;  3JR6 A;  2I1X A;  4JR8 A;  3WQJ A;  178L A;  5F8U A;  2HUK A;  2OEA X;  3HTG A;  2B6X A;  2L6X A;  1DYA A;  4J4Q A;  3SB6 A;  220L A;  4YXA C;  4ARQ A;  250L A;  1P8I A;  3VI0 A;  1L76 A;  1JTN A;  4I7K A;  3DMV A;  1T8G A;  1CV6 A;  1QSQ A;  1L79 A;  4GPO A;  2ANV A;  4W57 A;  2OU8 A;  3QJQ B;  240L A;  3GUN A;  245L A;  4L6R A;  2ZZL A;  3SBA A;  2KS9 A;  1L72 A;  1C63 A;  4G7R B;  4YX7 C;  4K5Y A;  200L A;  223L A;  2HPY A;  1L42 A;  5FJG A;  4AMJ A;  1QTV A;  4LDL A;  123L A;  3QBK A;  1QT5 A;  1H2S A;  5DYS A;  181L A;  3VW7 A;  1S8J A;  3KJ6 A;  3HAS A;  1PQJ A;  3QBI A;  2G87 A;  2LCB A;  5B2N A;  3UG9 A;  3ODU A;  114L A;  2KSY A;  1KS3 A;  1L94 A;  1PQI A;  1MGY A;  3HH4 A;  1JFP A;  3C7Z A;  149L A;  3OAX A;  1GZM A;  1JTM A;  171L A;  1S52 A;  2F93 A;  1F50 A;  150L A;  1LI3 A;  2RBR A;  4ARL A;  5LZM A;  195L A;  1QUD A;  4JQ6 A;  1QTB A;  2R4R A;  4LDE A;  1L17 A;  103L A;  1G1W A;  1L50 A;  1KW5 A;  165L A;  1L41 A;  2O79 A;  2Z6B A;  3HAQ A;  1G1V A;  4XTL A;  1CUQ A;  4ZPU A;  2R4S A;  5JJE A;  4AQN A;  146L A;  139L A;  4EPI A;  1LPY A;  242L A;  3NY8 A;  1P2L A;  2M3G A;  5B6W A;  108L A;  1D3N A;  1PY6 A;  2ZIY A;  2Q9D A;  3NYA A;  3CDT A;  1L70 A;  4G72 B;  4ARJ A;  2RB1 X;  1C61 A;  158L A;  1CU5 A;  4KNF A;  1KG8 A;  1LW9 A;  1CX7 A;  1L14 A;  1KME A;  1F4Z A;  1FBB A;  1GUE A;  170L A;  5AZD A;  229L A;  249L A;  1L36 A;  232L A;  2Q9E A;  5DHH A;  4EKP A;  2YCY A;  4X32 A;  3V2Y A;  1L60 A;  1DZE A;  151L A;  1M0M A;  1L27 A;  5A45 A;  2KSB A;  1G07 A;  1LYH A;  1G0M A;  3SN6 R;  1C8S A;  2F2Q A;  3HUA A;  4WAV A;  3C9L A;  1CV5 A;  5H2O A;  1L26 A;  4XXJ A;  206L A;  188L A;  1L48 A;  5JJJ A;  157L A;  3S3C B;  3HT6 A;  4IAQ A;  5AX0 A;  1LYG A;  1P36 A;  2Y01 A;  1L00 A;  1KY0 A;  5I14 A;  1Q5J A;  4Y9H A;  1HZX A;  1U19 A;  4KLY A;  1L63 A;  1D2Y A;  239L A;  197L A;  1P7S A;  199L A;  180L A;  2B74 A;  175L A;  3HH6 A;  1QHJ A;  2JAG A;  3G3X A;  2LNL A;  156L A;  1EPY A;  1TN0 A;  1L86 A;  3QAK A;  4GP4 B;  196L A;  3C9M A;  1SSW A;  2QAR C;  1P64 A;  2F95 A;  4XT3 A;  1P56 A;  1L99 A;  1QTH A;  228L A;  1CX6 A;  4BUO A;  2RAY X;  1L03 A;  1C62 A;  3T45 A;  1L62 A;  1JGJ A;  1C64 A;  1G0K A;  1T97 A;  3RFM A;  1L64 A;  1LYD A;  3G3W A;  1Q5I A;  1I6S A;  4BEZ A;  109L A;  4I7J A;  241L A;  182L A;  168L A;  3C8Q A;  2ANX A;  3HDE A;  4ARP A;  3LZM A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
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 3PBL A;  1D3F A;  5FEL A;  4EPF A;  1L73 A;  198L A;  5I4W A;  5G54 A;  1OP9 B;  1DYE A;  160L A;  1GBW A;  5ETZ A;  3F6Z A;  1C6D A;  1L91 A;  3FA0 A;  1I1Z A;  4W56 A;  4HWL A;  1SX7 A;  3AW6 A;  4LT2 A;  1XEK A;  6LZM A;  1XGP C;  224L A;  1IR8 A;  3G3A B;  5FEK A;  4ETC A;  2A7D A;  1FLW A;  4N1E I;  183L A;  1P46 A;  1QSB A;  3SB9 A;  1IVM A;  3QJU B;  3B0I A;  4KXI A;  2EKS C;  119L A;  1L21 A;  5KJ9 A;  4BWB A;  130L A;  2BRD A;  5KXS A;  4NGK A;  5ITE A;  1P37 A;  253L A;  1QT3 A;  5B0W A;  4QI1 A;  3AYM A;  169L A;  1B7P A;  112L A;  1H6M A;  4WG1 A;  3A93 A;  1Z55 A;  4NHS A;  1L11 A;  231L A;  1BB6 A;  2C8O A;  1VJM A;  129L A;  1KIQ C;  3V2W A;  111L A;  4Z41 A;  4OO9 A;  4B1A A;  2BQD A;  3LZ2 A;  4BV0 A;  1X0K 1;  5F9U A;  4W59 A;  3WPK A;  3A95 A;  2Z38 A;  2X72 A;  1FLU A;  1B9O A;  3CSZ A;  4ETB A;  1OUE A;  1YL0 X;  4NIJ A;  1L65 A;  1IOC A;  194L A;  1FN5 A;  2DQC Y;  4H9E A;  2Y04 A;  2BQG A;  1L98 A;  1QT8 A;  3LYO A;  1L35 A;  3UZA A;  166L A;  4II8 A;  3GXR A;  2CGI A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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