3OE6A

Crystal structure of the cxcr4 chemokine receptor in complex with a small molecule antagonist it1t in i222 spacegroup
Total Genus 133
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
133
sequence length
442
structure length
418
Chain Sequence
NFNKIFLPTIYSIIFLTGIVGNGLVILVMGYQKKLRSMTDKYRLHLSVADLLFVITLPFWAVDAVANWYFGNFLCKAVHVIYTVNLYSSVWILAFISLDRYLAIVHATNSQRPRKLLAEKVVYVGVWIPALLLTIPDFIFANVSEADDRYICDRFYPNDLWVVVFQFQHIMVGLILPGIVILSCYCIIISKLDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAALINMVFQMGETGVAGFSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDRKALKTTVILILAFFACWLPYYIGISIDSFILLEIIKQGCEFENTVHKWISITEALAFFHCCLNPILYAFLGAKFKTS
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Structures of the CXCR4 chemokine GPCR with small-molecule and cyclic peptide antagonists.
pubmed doi rcsb
molecule tags Signaling protein, hydrolase
source organism Homo sapiens
molecule keywords C-X-C chemokine receptor type 4, Lysozyme Chimera
total genus 133
structure length 418
sequence length 442
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2010-08-12

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
A PF00001 7tm_1 7 transmembrane receptor (rhodopsin family)
A PF12109 CXCR4_N CXCR4 Chemokine receptor N terminal
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 3oe6A02
1.20.1070.10 Mainly Alpha Up-down Bundle Rhopdopsin 7-helix transmembrane proteins Rhopdopsin 7-helix transmembrane proteins 3oe6A01
1C8SA 159LA 184LA 3QBGA 1BM1A 4BV0A 1SX2A 2JAFA 127LA 1C6KA 1XJUA 2OE7X 260LA 2CUUA 1QUGA 3HT6A 1AP9A 2OE4X 1L0KA 237LA 4DAJA 4I7PA 3DNAA 1H2SA 5H2LA 3DN6A 4MD1A 3UZCA 1G06A 1L32A 1L39A 1L35A 4W51A 232LA 4GBRA 4ZPUA 1KY0A 1ZWNA 4PXFA 199LA 3CDRA 4EJ4A 1P64A 1H68A 1L54A 1L66A 138LA 1L43A 4GRVA 4ARQB 2L78A 1MGYA 3S3CB 1QTVA 4BUOA 149LA 1C6GA 3FI5A 1P46A 3FA0A 4W56A 1LWKA 254LA 3RFMA 2B75A 3HAOA 3F8VA 1L16A 1PQKA 1SSWA 4I7KA 165LA 2Y03A 3ZEVA 1D3MA 2LNLA 1XEPA 160LA 1L26A 1QS9A 1DYFA 120LA 167LA 1L47A 3C7WA 1R84A 4Y9HA 1TN0A 3EH3B 5AHYA 4AQNA 4PXKA 1OYUA 1UAZA 3OE8A 3HTFA 3HTBA 2B6TA 1QHJA 3GUNA 3NY8A 3HUAA 5AHZA 2Y04A 3V2WA 128LA 1LI2A 4YXAC 2I21A 1G0JA 3AM6A 3QBKA 4HYJA 1QUDA 4JR8A 5H2OA 5A44A 1L57A 3QDCA 131LA 5JJEA 4G7RB 102LA 1D3JA 4I7QA 1C67A 1C69A 1X0SA 3ZPQA 1L17A 3EH5B 5DHHA 3UZAA 1QT3A 1QKOA 222LA 2R4SA 1G0KA 4UHRA 148LE 5I14A 4W52A 4N4YB 1C8RA 4QIDA 4JKVA 5BR5A 2WJLA 1G0PA 2HUKA 1B6IA 3HWLA 1L55A 2RBPA 1L94A 200LA 1P37A 3DMZA 4FPDA 1P2LA 1QT7A 1C68A 1L04A 3QJVB 3SBBC 213LA 3G3WA 1DYAA 1L24A 2RBSA 3C82A 4X32A 1PQIA 1L63A 1XMEB 145LA 261LA 1L37A 1L61A 1P6YA 5FJGA 3COCA 3DN2A 215LA 1KG9A 1KNIA 1L28A 2F32A 3HT9A 4NC3A 3F9LA 1C62A 1LYEA 1DYDA 3GUOA 1L15A 3HU8A 162LA 1ZYTA 3K2RA 4EPIA 2I20A 3CDQA 2Y02A 1KW7A 1L40A 1LGXA 4AMIA 225LA 2HUMA 1DYCA 4G7QB 1L75A 1I6SA 3L2XA 4MD2A 1G1WA 1L30A 4I7OA 231LA 1IXFA 1U19A 4G7SB 4XTOA 1L92A 3HT8A 2F2QA 3VG9A 1L51A 1OVJA 1C6NA 5G2AA 3G3XA 3GUKA 3AYMA 3QJSB 4G71B 2R4RA 3HAPA 5B6ZA 141LA 1CTWA 4EPFA 3T45A 1JTNA 1CU3A 1NHBA 3DN8A 140LA 5G53A 163LA 5LWEA 172LA 235LA 2HULA 1CV5A 4XTNA 1L65A 147LA 2QB0B 4ARQA 5H2JA 104LA 4DKLA 1L81A 1DYBA 230LA 4ARLA 1QT4A 2F95A 1EHKB 1L19A 1C6DA 1CVKA 3PDSA 1E0PA 4WW3A 4AMJA 112LA 1M0LA 2L6XA 3HT7A 3HU9A 142LA 3G3VA 3UTYA 5DHGA 259LA 3SB7A 1CWQA 1L53A 1M0KA 1PXSA 3GUPA 1C6EA 177LA 1QTHA 2ZZLA 3PXOA 1L98A 2ANVA 2I35A 1L79A 4DJHA 2B73A 4MBSA 1D2WA 1GUEA 1FBBA 1KY1A 1X0I1 1C6BA 189LA 1QTZA 3HASA 1L06A 1L11A 1T8GA 3L64A 164LA 2QARC 146LA 1XIOA 4E97A 240LA 3A7KA 1L62A 3PQRA 1C6HA 4ARMB 1L95A 1P5CA 166LA 1JV7A 197LA 1C6IA 3S3BB 1IW9A 181LA 1O0AA 1QS5A 1QSBA 219LA 3KJ6A 3GUIA 103LA 178LA 3P0GA 3SB6A 4G72B 239LA 2YDVA 5A8EA 1L08A 2G87A 3HH3A 1S8JA 1L02A 1QUOA 3SB9A 5TGZA 1L82A 3DMVA 1M0MA 4ARJA 5JJJA 1BRRA 1L85A 1T8FA 4HYXA 1XJIA 185LA 186LA 4PK0A 4N6HA 1L93A 1EPYA 1L77A 1L68A 119LA 4I7TA 5AWZA 157LA 229LA 1QT8A 2JAGA 3SN6R 1KW5A 1L09A 4XT1A 4W59A 2OE9X 2RH1A 1LYDA 1JTMA 1HZXA 4X31A 171LA 3PWHA 1L76A 3ODUA 169LA 1L44A 1L70A 4EKQA 4FBZA 1QTDA 3NS0A 1L41A 158LA 4W54A 4KNFA 2X72A 2B6ZA 262LA 5G36A 4LDEA 5G2CA 3FADA 1L90A 2OU0X 2I1XA 1L60A 3QJQB 3HARA 3SB8A 151LA 1IW6A 123LA 1L22A 253LA 3UONA 4LDOA 5H2IA 3QAPA 3CDTA 3NYAA 1LGUA 3V2YA 150LA 1K28A 1LYJA 2KSYA 5H2MA 4YX7C 4FAAB 3UTXA 3S8GB 1LI3A 1S8LA 220LA 5A45A 2OEAX 3HANA 3UG9A 1G0MA 1CV6A 223LA 1Q5JA 5EN0A 3S3DB 205LA 4QI1A 250LA 4TL3A 3GUMA 3VW7A 5G54A 3GULA 3UTVA 226LA 248LA 4I7MA 2O4WA 1ZURA 4OO9A 1L12A 108LA 1KG8A 1LN6A 115LA 2YCXA 5KKHA 1LI6A 2OTYX 1JFPA 5C1MA 191LA 5G2DA 3HH4A 3MBVA 1L25A 211LA 3WQJA 5J7AA 1G07A 3DDLA 1C6AA 2OU9A 5B6VA 144LA 3C7ZA 1L20A 2RB1X 3ZPRA 1OV7A 258LA 3DMXA 210LA 1C65A 2HPYA 5JJNA 1LLHA 5B6YA 1L67A 1L80A 2RBRA 1F4ZA 1L64A 1L56A 242LA 255LA 2BRDA 1G0GA 1CX7A 3RZEA 1VJMA 1QT6A 156LA 4ARMA 3C9MA 1L29A 7LZMA 130LA 3DN3A 2KSBA 1P8UA 1L27A 1KGBA 3UTWA 5AX0A 1QTCA 1LYHA 1L48A 1T8AA 111LA 1L9HA 4N4WA 190LA 1D9WA 3GUJA 3OAXA 249LA 3HH6A 4IB4A 170LA 1QM8A 2RBOA 4LDLA 2NTUA 2VT4A 4GPOA 1L97A 1P56A 4W58A 1PQOA 3DQBA 196LA 3C8RA 4BWBA 1L18A 209LA 1CU6A 256LA 1L86A 187LA 2RAZX 2RB2X 3X3BA 238LA 1KS3A 1G1VA 1T6HA 4EIYA 4BEYA 1UCQA 109LA 1L00A 1P36A 5LZMA 4FA7B 1QKPA 1C6TA 1OVHA 4K5YA 1L23A 4A4MA 168LA 4I7LA 4BEZA 1L0JA 1PQJA 2LZMA 2AT9A 122LA 1E12A 234LA 3C8QA 4L6RA 3VHZA 3C81A 152LA 3PBLA 2F47A 245LA 236LA 3D4SA 4I7NA 1KMEA 1CUQA 1L01A 1LYIA 2PEDA 244LA 161LA 224LA 113LA 3CAPA 2ZIYA 4I7JA 1X0K1 4X1HA 1C6QA 1D3FA 2WJKA 5ITCA 3QJTB 1QTBA 251LA 2YDOA 6LZMA 1L58A 4I7RA 1BRDA 5H2KA 1L84A 5B2NA 1CU0A 2YCZA 1L34A 182LA 3HTGA 227LA 1GU8A 1PXRA 1LGWA 1JV6A 1L71A 1L14A 1L69A 3CODA 1L73A 2O7AA 3HUKA 4EKSA 2ANXA 2QPEB 1S51A 1SWYA 1L07A 2Z6BA 180LA 1S52A 3BVDB 3QJUB 1AT9A 1C63A 2RB0X 198LA 3OE9A 4KLYA 1SSYA 3CDVA 4YXCA 257LA 4MQTA 3VGAA 4XT3A 1VGOA 1L96A 3SB5A 1F88A 3VVKA 1L10A 4W55A 129LA 1P7SA 214LA 2YCWA 1S53A 1LWGA 3AYNA 2B70A 3VI0A 1C6JA 1OWYA 1S54A 5AX1A 1L45A 3C9LA 3OE6A 3C7YA 2EI4A 2RBQA 3DN1A 206LA 3REYA 1DYEA 4EA3A 1T97A 247LA 1D3NA 252LA 1C3WA 1JGJA 4GP4B 2KSAA 1PQMA 4IAQA 2B7XA 3C80A 3HDEA 4JQ6A 3HUQA 4LZMA 3DN0A 4HWLA 107LA 3HDFA 1G0LA 1C61A 1C60A 2Z55A 3QBIA 5DYSA 1R2NA 2J4YA 1PQDA 221LA 5ETZA 175LA 1F50A 188LA 4GP5B 4UG2A 4GBRB 1L31A 1L03A 3S8FB 4ARPA 4XXJA 1TLAA 241LA 4EKPA 3CDOA 4W57A 3QJRB 4EKRA 1LW9A 4S0WA 4OV0A 1L33A 1LYFA 2IGCA 2B6YA 3HAQA 143LA 4IARA 5AZDA 3QAKA 1L99A 4MQSA 1L87A 118LA 1CV1A 1OV5A 1SX7A 1WTHA 217LA 1DYGA 1JQUA 2NTGA 1P2RA 3C83A 2A4TA 216LA 3DKEX 3RUNA 4WAVA 4EXMA 1L91A 4GP8B 2Z73A 1G0QA 3C8SA 3ABWA 1DZEA 1C6CA 2Q9EA 5H2PA 1L46A 4L35A 3EMLA 1C6MA 2LCBA 2OU8A 1FBKA 1CU5A 1LYGA 2Y00A 4G70B 5B34A 4W53A 5H2NA 2NTHA 3NY9A 4GYCA 5B35A 3NSBA 1L13A 2O79A 3DN4A 155LA 137LA 1C6FA 1L36A 174LA 1L42A 1L0MA 1L52A 2NTWA 1C64A 218LA 5ITEA 2RAYX 176LA 1TN5A 110LA 126LA 1P8IA 4BVNA 3HTDA 183LA 1L88A 1L74A 4I7SA 1CV3A 2KS9A 2B6WA 1P8HA 5F8UA 2QPDB 1L05A 3OE0A 4PJZA 5B6XA 201LA 1CV4A 2B6XA 1C6LA 1D2YA 2Q9DA 2ZFEA 3X3CA 1L49A 2YCYA 2M3GA 4QRYA 1QUHA 1LPYA 1L38A 1C66A 1L21A 1P3NA 5BR2A 3EH4B 1XJTA 1C6PA 1QT5A 1PY6A 1L89A 1Q5IA 4J4QA 2B72A 2B74A 243LA 195LA 1L59A 2F93A 1GZMA 246LA 3QBLA 1OVKA 1CV0A 1L72A 1L83A 1QSQA 1SWZA 4XTLA 5G28A 1L50A 1CX6A 192LA 212LA 5B0WA 173LA 3SBAA 114LA 5B6WA 233LA 2RBNA 2LC9A 1OWZA 228LA 1CU2A 2Y01A 1BRXA 2OTZX 5H2HA 139LA 125LA 3LZMA 4IAPA 3HH5A 3JR6A 1CUPA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4XADA 1WQMA 1BM1A 4BV0A 1SX2A 2JAFA 1C6KA 1HMLA 1XJUA 260LA 4ETBA 3DNAA 1NF5A 3DN6A 2DQCY 1L32A 5HQ1A 1QTEA 4W51A 4GBRA 4GLVA 4PXFA 1LZ1A 4GRVA 1B2KA 1QTVA 1GAYA 1C6GA 1HSWA 3RFMA 1DPXA 3WYHA 3F8VA 3HAOA 4I7KA 165LA 1V7SA 5LIOA 4GLAA 4J1BA 2HEFA 1QS9A 1DYFA 1IOQA 1L47A 2W1YA 3C7WA 3EH3B 1B5UA 5AHYA 4GCBA 4PXKA 4WO6A 3NY8A 1GFAA 5AHZA 128LA 1QQYA 5LA5A 3QDCA 5JJEA 102LA 1XSFA 1C67A 3A8ZA 1X0SA 3ZPQA 222LA 5I14A 1B5VA 5KJ9A 4N4YB 5KXKA 3HWLA 1B9OA 1L55A 1F10A 3WVYA 3DMZA 4AXTA 1P2LA 3QJVB 4B49A 2BQGA 1L24A 3C82A 261LA 5ILCA 1P6YA 1L61A 4NC3A 1GE1A 1LYEA 3GUOA 1VDPA 1L15A 3F6ZA 3CSQA 3CDQA 1I56A 2Y02A 5E9RA 3W6EA 1LZ5A 3AGGG 3L2XA 4MD2A 4PRUA 4HTKA 4G7SB 1LHIA 1L92A 3RU5A 3WXUA 1LJIA 1W08A 5G2AA 3G3XA 3QJSB 4N0JA 2R4RA 1GB3A 3EXDA 141LA 1CTWA 3TXKA 5G53A 235LA 1LYYA 1CV5A 5H2JA 104LA 1L81A 2ZILA 1JJ0A 4G4HA 2F95A 4WM5A 2XJWA 4AMJA 2I26L 3A6BY 2EQLA 4Z98A 2BQBA 3SB7A 1CWQA 1M0KA 2ANVA 1L79A 4N1CC 1H6MA 2B73A 1H87A 2C8PA 1KY1A 1LZCA 1GFVA 5I53A 1T8GA 1LYZA 1B5XA 4LT2A 4XJHA 1C6HA 1L95A 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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