3OE6A

Crystal structure of the cxcr4 chemokine receptor in complex with a small molecule antagonist it1t in i222 spacegroup
Total Genus 133
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
133
sequence length
442
structure length
418
Chain Sequence
NFNKIFLPTIYSIIFLTGIVGNGLVILVMGYQKKLRSMTDKYRLHLSVADLLFVITLPFWAVDAVANWYFGNFLCKAVHVIYTVNLYSSVWILAFISLDRYLAIVHATNSQRPRKLLAEKVVYVGVWIPALLLTIPDFIFANVSEADDRYICDRFYPNDLWVVVFQFQHIMVGLILPGIVILSCYCIIISKLDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAALINMVFQMGETGVAGFSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDRKALKTTVILILAFFACWLPYYIGISIDSFILLEIIKQGCEFENTVHKWISITEALAFFHCCLNPILYAFLGAKFKTS
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Structures of the CXCR4 chemokine GPCR with small-molecule and cyclic peptide antagonists.
pubmed doi rcsb
molecule tags Signaling protein, hydrolase
source organism Homo sapiens
molecule keywords C-X-C chemokine receptor type 4, Lysozyme Chimera
total genus 133
structure length 418
sequence length 442
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2010-08-12

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
A PF00001 7tm_1 7 transmembrane receptor (rhodopsin family)
A PF12109 CXCR4_N CXCR4 Chemokine receptor N terminal
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 3oe6A02
1.20.1070.10 Mainly Alpha Up-down Bundle Rhopdopsin 7-helix transmembrane proteins Rhopdopsin 7-helix transmembrane proteins 3oe6A01
1O0AA 112LA 1WTHA 4S0WA 4DJHA 2WJKA 1L62A 4E97A 4JQ6A 3F9LA 198LA 1OWYA 1L64A 4YXAC 1C6NA 250LA 1LYJA 3HUQA 4K5YA 2G87A 4ARPA 1PY6A 4N4WA 3SB8A 5JJEA 4ARMB 2LCBA 3UG9A 3S8FB 2L78A 1LYHA 1QKOA 137LA 1P8IA 1T97A 2JAFA 115LA 1L00A 214LA 3G3VA 4AQNA 189LA 2RBOA 1ZURA 2NTUA 3CDOA 1L9HA 5H2IA 2F93A 3C9MA 1C60A 220LA 3SBBC 1L66A 3ABWA 175LA 3QDCA 5ETZA 3C8RA 3G3XA 206LA 1CX6A 1L22A 1SWYA 1P36A 224LA 5B6ZA 3HH5A 1G0PA 1QT6A 1T6HA 183LA 3PDSA 1L98A 5C1MA 1C6BA 1L49A 1CV3A 2ANVA 3VHZA 1X0I1 1L46A 3K2RA 4GPOA 4XTOA 1P2LA 1C62A 1L97A 1Q5IA 4QIDA 5A45A 4I7NA 4UG2A 1C6TA 5B6VA 1C6IA 3C81A 2QB0B 1QT8A 1HZXA 4FBZA 2HULA 1KY1A 2B74A 4MBSA 4X32A 6LZMA 1PQJA 2RAYX 3GUMA 4LDOA 5BR5A 246LA 233LA 104LA 2Q9EA 4DKLA 1JTNA 127LA 2X72A 1LWGA 3QAKA 1JV7A 3FADA 1CV1A 4QRYA 5ITEA 3UTXA 172LA 1P8UA 4GBRA 1C6MA 3NY8A 2LZMA 3KJ6A 187LA 3HH6A 3QBGA 1L51A 5H2JA 103LA 3V2WA 1S52A 1L65A 239LA 5TGZA 1C3WA 1PQIA 4IAQA 3MBVA 3DDLA 1QUOA 4JKVA 1QT3A 2RAZX 3HDFA 2B73A 3VW7A 2RBRA 3C8QA 4G70B 4XTLA 1L28A 1KY0A 1AP9A 191LA 1L10A 1L42A 244LA 216LA 1UCQA 2OU8A 1C6HA 4I7TA 4I7MA 1L79A 129LA 3A7KA 182LA 4OO9A 4L6RA 4EPIA 2R4RA 125LA 1L44A 240LA 4G7RB 1C8RA 151LA 163LA 4G7QB 1M0LA 4ARMA 3C83A 1L52A 259LA 1LYGA 2AT9A 176LA 1L87A 1QUHA 1L88A 1QTBA 5DHHA 1BRXA 1L31A 225LA 3GUIA 122LA 3CDTA 4QI1A 1F50A 3VGAA 1C6EA 3DKEX 1PQDA 1C63A 3HT8A 184LA 4J4QA 5B34A 2I1XA 2RBSA 2KS9A 1QT7A 5H2KA 1L11A 141LA 221LA 200LA 142LA 2NTHA 2I21A 5ITCA 4PXKA 4ARJA 1L57A 1NHBA 5A44A 219LA 1XIOA 2YCWA 209LA 197LA 3QJVB 4GYCA 1DYDA 1L43A 3HTDA 215LA 262LA 1OWZA 1KG8A 5G2CA 2RB0X 4GBRB 4YX7C 248LA 1L63A 254LA 3PBLA 1S54A 107LA 4W51A 4ARQB 4GP5B 3WQJA 1JQUA 4EA3A 249LA 3X3BA 1M0KA 167LA 4PXFA 2I35A 2OTZX 4W52A 1C6CA 1CU0A 3DMZA 1PXRA 237LA 5AHYA 1OV7A 1G0QA 2RBPA 3L2XA 1BM1A 119LA 1C6DA 4EIYA 2QPEB 3HT7A 3HUKA 2PEDA 4A4MA 2M3GA 1L26A 1PQOA 1D3FA 2OU9A 2VT4A 5DYSA 3P0GA 5H2PA 5JJNA 1C66A 1CUPA 2QARC 1LGWA 3C7WA 1S51A 3DN8A 1TN0A 2YCZA 1LI3A 190LA 253LA 1G1WA 111LA 228LA 5G28A 1C6KA 3DN3A 1C6LA 3HWLA 2HUMA 3GUNA 2O7AA 177LA 1L32A 3PQRA 4IARA 1P46A 3HU9A 3SB9A 3RFMA 1L50A 4N6HA 4W55A 4EPFA 1L99A 1L83A 4EKSA 2F32A 1L67A 185LA 1LI6A 2J4YA 252LA 4I7RA 181LA 235LA 1C6GA 205LA 3SBAA 3QJUB 1LW9A 1OVJA 5DHGA 1DYCA 1L68A 1L72A 4Y9HA 5B6WA 1T8FA 217LA 2IGCA 236LA 1G1VA 1CV4A 1G0KA 1QS5A 3DN1A 4I7SA 3HT6A 4HYXA 3UONA 4EJ4A 1SWZA 2RBQA 5G53A 3VI0A 1L54A 3C82A 2I20A 1JGJA 1L07A 3DQBA 146LA 186LA 1C6PA 1L60A 5B6XA 138LA 4W56A 1DYGA 4ZPUA 3C80A 5KKHA 3SB5A 3REYA 2OTYX 4G7SB 1L61A 1G0MA 1L30A 1CU5A 2O4WA 3QBIA 2ZIYA 4L35A 1LGUA 1TLAA 3L64A 2EI4A 1L06A 230LA 3CODA 2HPYA 1L91A 1R84A 261LA 3SB6A 1D3JA 1LN6A 4FPDA 2Y03A 4MD1A 2KSYA 118LA 7LZMA 2BRDA 2Y01A 1D2WA 1KG9A 3AYNA 3UTWA 4MQTA 4AMJA 5AX0A 1SSYA 3FA0A 2OE4X 241LA 4ARQA 3AYMA 1GUEA 1CU6A 3C7YA 1L95A 3QJRB 1P3NA 5H2OA 1C61A 3NS0A 1L05A 3QJTB 1EHKB 4HWLA 226LA 1P56A 128LA 231LA 4EKRA 155LA 5EN0A 102LA 3GULA 2B7XA 3HANA 2JAGA 5H2LA 4FA7B 232LA 1L37A 3SN6R 173LA 110LA 1OVHA 1L38A 1CU2A 3QBKA 109LA 1TN5A 1XJUA 5BR2A 5H2MA 4GP4B 243LA 3AM6A 108LA 3UTVA 1KS3A 3OE8A 1L93A 1H2SA 1L71A 1LPYA 4BV0A 1G06A 5B0WA 3GUKA 1CV5A 1L19A 5J7AA 2B6TA 3GUPA 5AWZA 199LA 1L89A 1L04A 4NC3A 1CV6A 1LYEA 3ODUA 1PXSA 2Z73A 2NTWA 150LA 1CX7A 1QTCA 1VJMA 148LE 1I6SA 1L58A 1QSBA 3DN0A 3HTBA 4X31A 213LA 1VGOA 3RZEA 2OU0X 2ANXA 2A4TA 4JR8A 1L12A 3RUNA 3OE9A 3QJSB 3S3CB 2CUUA 1ZWNA 3CDQA 3PWHA 1DZEA 3UTYA 4MD2A 229LA 2Z55A 1QTDA 4PK0A 158LA 3C9LA 1G07A 4XT3A 2KSAA 1P6YA 2YDVA 2WJLA 120LA 1L94A 4I7LA 1L77A 170LA 1XEPA 160LA 3DN6A 1QTVA 4G71B 1C65A 1L56A 3C7ZA 4I7QA 1IW6A 2F2QA 3UZAA 4IB4A 4W58A 1L59A 201LA 2Q9DA 4I7KA 1L47A 1Q5JA 4EKQA 211LA 1XJTA 3BVDB 1L53A 1L90A 4G72B 1L25A 1LGXA 3HUAA 1E0PA 4XXJA 4BEYA 5B6YA 1L75A 5JJJA 123LA 1P7SA 1BRDA 130LA 5LWEA 2B72A 162LA 4I7PA 1GU8A 1C6QA 2NTGA 171LA 2R4SA 1CU3A 1EPYA 1L13A 5G36A 1L14A 1FBKA 1L20A 1MGYA 1K28A 3PXOA 4BVNA 1L73A 1IXFA 1L41A 245LA 1JV6A 1C69A 1L76A 2YDOA 2F95A 247LA 3UZCA 3DN2A 4WAVA 4PJZA 1LI2A 2QPDB 1L40A 2LNLA 1DYAA 2F47A 1CVKA 4EXMA 3HT9A 1L96A 1LLHA 1SX7A 114LA 212LA 3D4SA 1L15A 1L70A 2B6YA 1C6FA 1KGBA 126LA 4W54A 1L35A 2RH1A 3EMLA 2Y04A 1CTWA 2RB1X 3DN4A 1L0MA 1DYFA 3NY9A 1LYDA 1C6JA 218LA 4TL3A 4GP8B 5B35A 3LZMA 4BEZA 166LA 161LA 2LC9A 3F8VA 5G2AA 260LA 222LA 1L81A 4XT1A 5H2NA 3DNAA 5H2HA 159LA 3T45A 1L36A 1LYFA 3OE0A 1C68A 4MQSA 1KW7A 4EKPA 2Y00A 2ZFEA 4AMIA 3G3WA 1SX2A 140LA 195LA 3FI5A 1PQKA 251LA 4LDEA 2YCXA 3GUJA 2B6ZA 2B6XA 2O79A 4BUOA 2RBNA 178LA 145LA 1L0JA 1QTHA 4YXCA 113LA 1L85A 2Z6BA 1XMEB 1GZMA 4OV0A 1D3NA 4UHRA 1L23A 1E12A 1F88A 4LDLA 3NSBA 1L02A 1OYUA 1L03A 5FJGA 192LA 1QSQA 1C8SA 1P2RA 2HUKA 3HU8A 4KLYA 2RB2X 1CWQA 2YCYA 1L08A 180LA 4W59A 1L74A 1DYBA 1UAZA 1L01A 3HAQA 1L48A 1D9WA 3OAXA 1BRRA 3ZPRA 5AHZA 1L33A 210LA 1L21A 256LA 1L27A 4ARLA 1S53A 4DAJA 3HH3A 1X0K1 2Y02A 3QBLA 5G2DA 1KW5A 147LA 1JTMA 3HH4A 3DMXA 1B6IA 3HTGA 1QT5A 4XTNA 3VVKA 4N4YB 223LA 1D3MA 2OE9X 1QM8A 1R2NA 3HAPA 1FBBA 5AX1A 3JR6A 3VG9A 1T8AA 5LZMA 2ZZLA 169LA 188LA 3HDEA 5I14A 1KNIA 1L84A 1L17A 2OE7X 4I7OA 2KSBA 1F4ZA 131LA 1L18A 3QJQB 1DYEA 1L69A 5A8EA 164LA 3S3BB 4W57A 1L16A 3EH3B 1LWKA 3CAPA 1L55A 1P64A 257LA 1L82A 1IW9A 1T8GA 4KNFA 4WW3A 3ZEVA 4IAPA 3S3DB 1LYIA 1ZYTA 3QAPA 139LA 1C67A 4W53A 1L86A 3SB7A 1KMEA 3C8SA 168LA 1G0JA 3HASA 4HYJA 144LA 4FAAB 1U19A 1XJIA 143LA 149LA 1G0GA 1G0LA 3ZPQA 1L80A 165LA 1S8JA 1X0SA 1QUDA 4LZMA 1L29A 1L92A 227LA 3HTFA 1JFPA 5F8UA 2OEAX 2B6WA 1CUQA 234LA 1M0MA 1P5CA 1P8HA 3OE6A 3EH5B 3V2YA 1PQMA 3NYAA 242LA 3GUOA 152LA 4GRVA 1QHJA 4BWBA 1P37A 1QUGA 1OV5A 1SSWA 1L0KA 5G54A 258LA 1S8LA 1C64A 1QKPA 255LA 1QT4A 4I7JA 3DMVA 156LA 238LA 3EH4B 1L09A 5AZDA 2B70A 157LA 1H68A 1CV0A 3COCA 3HAOA 1L45A 1L24A 1C6AA 1L34A 1QTZA 1D2YA 3CDRA 196LA 3X3CA 1AT9A 3S8GB 2B75A 2L6XA 5B2NA 1OVKA 3CDVA 3HARA 1L39A 174LA 4X1HA 1QS9A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1LSEA 5LA8A 1L62A 1IWWA 1UIBA 3F9LA 198LA 1B7LA 4YXAC 1IWZA 1PY6A 4N4WA 2LCBA 1QKOA 2BQLA 4AQNA 189LA 1KIPC 1IOCA 1B7RA 4DD9A 1L9HA 1SQ2L 1YROA 1YANA 2YDGA 8LYZA 5ETZA 1P36A 5B6ZA 4B1AA 1L98A 2DBTA 4H8ZA 4GCEA 4OOOA 1HERA 1L46A 4GPOA 1P2LA 4BAFA 1RCMA 2DQFC 1GB5A 4ETAA 1B7OA 1Q5IA 4UG2A 3EBAB 3TMXA 1QT8A 1HZXA 1KY1A 2DQHY 4HTNA 4MBSA 2Z37A 4LDOA 5BR5A 1INUA 1GBZA 1JTNA 2RSCA 3AZ7A 4B4EA 1LWGA 1OUAA 3QAKA 2LYZA 4NGWA 1CV1A 1QUSA 172LA 1HEPA 2LZMA 4NSGA 187LA 3HH6A 4NWHA 1S52A 2X0AA 5KJ9A 1GFEA 2RAZX 1JTTL 3VW7A 3C8QA 4XTLA 1L28A 3WPKA 2OU8A 4I7MA 1YKXX 4L6RA 182LA 4OO9A 4EPIA 125LA 1L44A 5E4PA 1C8RA 2FBDA 4ARMA 1Z55A 1L52A 1QUHA 2DQCY 3A67Y 1XGTC 3W3EA 1TAYA 122LA 2MEHA 4QI1A 1C6EA 1PS5A 1LZ8A 134LA 4DD1A 1C63A 2ZNWY 3HT8A 2I1XA 2KS9A 1HF4A 2F2NA 2XTHA 1B5VA 200LA 5LVHA 5ITCA 4ARJA 4HJYA 2YCWA 209LA 4L41A 5F16A 1DYDA 1JKBA 1HEMA 215LA 262LA 1KG8A 4OW1A 1HMKA 1BWHA 4ARQB 3AW7A 3N9CA 1YQVY 2HUBA 4XENA 1M0KA 4W52A 1QTKA 4ETEA 1CU0A 1GFTA 3QE8A 5AHYA 1IP3A 1OV7A 1GXXA 1LZTA 2RBPA 1C6DA 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 258L A;  1S8L A;  1C64 A;  1QKP A;  255L A;  1QT4 A;  4I7J A;  3DMV A;  156L A;  238L A;  3EH4 B;  1L09 A;  5AZD A;  2B70 A;  157L A;  1H68 A;  1CV0 A;  3COC A;  3HAO A;  1L45 A;  1L24 A;  1C6A A;  1L34 A;  1QTZ A;  1D2Y A;  3CDR A;  196L A;  3X3C A;  1AT9 A;  3S8G B;  2B75 A;  2L6X A;  5B2N A;  1OVK A;  3CDV A;  3HAR A;  1L39 A;  174L A;  4X1H A;  1QS9 A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
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