3OE8A

Crystal structure of the cxcr4 chemokine receptor in complex with a small molecule antagonist it1t in p1 spacegroup
Total Genus 158
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
158
sequence length
443
structure length
433
Chain Sequence
PCNFNKIFLPTIYSIIFLTGIVGNGLVILVMGYQKKLRSMTDKYRLHLSVADLLFVITLPFWAVDAVANWYFGNFLCKAVHVIYTVNLYSSVWILAFISLDRYLAIVHATNSQRPRKLLAEKVVYVGVWIPALLLTIPDFIFANVSEADDRYICDRFYPNDLWVVVFQFQHIMVGLILPGIVILSCYCIIISKLSHSGSNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYHQKRKALKTTVILILAFFACWLPYYIGISIDSFILLEIIKQGCEFENTVHKWISITEALAFFHCCLNPILYAFL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Structures of the CXCR4 chemokine GPCR with small-molecule and cyclic peptide antagonists.
pubmed doi rcsb
molecule keywords C-X-C chemokine receptor type 4, Lysozyme Chimera
molecule tags Signaling protein, hydrolase
source organism Homo sapiens
total genus 158
structure length 433
sequence length 443
chains with identical sequence B, C
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2010-08-12

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
A PF00001 7tm_1 7 transmembrane receptor (rhodopsin family)
A PF12109 CXCR4_N CXCR4 Chemokine receptor N terminal
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 3oe8A02
1.20.1070.10 Mainly Alpha Up-down Bundle Rhopdopsin 7-helix transmembrane proteins Rhopdopsin 7-helix transmembrane proteins 3oe8A01
2YCWA 4E97A 1EPYA 1L01A 1QKOA 129LA 3CDRA 119LA 2ANXA 1C3WA 3HTBA 3HWLA 216LA 3SN6R 4PXKA 261LA 1CTWA 1L30A 3OE8A 4XTLA 4I7MA 1SX7A 181LA 2I35A 4QIDA 2B72A 1D3JA 1PXRA 190LA 3UTVA 2VT4A 1QS9A 1T8GA 2NTWA 4IB4A 1L63A 4BV0A 169LA 1QM8A 3CODA 120LA 4I7QA 1L97A 2F95A 1T8AA 1L36A 1C65A 1L93A 4AQNA 1AT9A 4FPDA 1O0AA 1LYEA 1LGWA 2B7XA 1IXFA 4IAQA 1L17A 2Z55A 1QT7A 5DHHA 1OVJA 230LA 1L96A 3C8QA 4DAJA 3SBAA 3GUJA 2B74A 1C6MA 250LA 1L13A 1BRXA 4KLYA 3C7WA 1L40A 2CUUA 2WJKA 2B6WA 1X0SA 3OE9A 2QPDB 1QT3A 3CAPA 1Q5IA 3HAQA 1QT6A 1XJUA 2HUKA 1KG9A 1L11A 4YXCA 1KG8A 1C8RA 1R84A 1L94A 2JAGA 4I7LA 3ODUA 1CV5A 191LA 4W53A 3AYNA 3G3XA 3HT6A 4HYJA 221LA 3QJVB 236LA 1C61A 4G71B 3NSBA 1L0KA 3UTWA 1QTHA 2Q9EA 1H2SA 5ITCA 1L9HA 2KSBA 3HUAA 1S53A 2J4YA 115LA 2B75A 1C6BA 3MBVA 1EHKB 1XJTA 211LA 1L47A 3GUIA 1L26A 1SWZA 1S52A 1L71A 5G54A 222LA 2RBOA 114LA 2OTZX 1WTHA 1C6HA 177LA 1XJIA 4QI1A 4KNFA 1QSQA 1L82A 1L00A 1T8FA 243LA 1H68A 217LA 1CU2A 3SB6A 4G7SB 5LZMA 5H2PA 5ITEA 2RB0X 2I1XA 109LA 1IW6A 1DYCA 1CV6A 5H2IA 5B6YA 182LA 1CU5A 1C6PA 2RAYX 2ZIYA 3NY8A 1PXSA 262LA 1L77A 3CDOA 1L50A 209LA 3HTGA 3GUPA 1L46A 233LA 5H2NA 1JV7A 3VG9A 3DN8A 4XTNA 2RAZX 4EA3A 3VVKA 4ARQB 5G28A 2A4TA 2OU9A 4K5YA 3COCA 1D2WA 5AX1A 1P64A 3HH6A 1DYBA 2BRDA 3EH3B 1L07A 3FADA 3GUKA 3QAKA 5B34A 4UHRA 3VW7A 1AP9A 2LCBA 4BEYA 214LA 4TL3A 3CDTA 3QJRB 147LA 1DYGA 5H2MA 1LLHA 1C6NA 2ANVA 1OWZA 128LA 2RBPA 1L70A 235LA 1XEPA 1P46A 1L49A 1CV4A 4GRVA 5H2OA 4G70B 1G0JA 2EI4A 3ZEVA 1L16A 1SSYA 1VJMA 174LA 3C9MA 1G0MA 1ZURA 212LA 2G87A 1L81A 232LA 2NTHA 1KNIA 4I7PA 144LA 1G0GA 1R2NA 2F2QA 1L52A 2Z73A 1G0LA 215LA 1QT8A 4W56A 1L58A 5B35A 5G53A 4HWLA 1K28A 4XTOA 218LA 1L31A 1C6LA 1JV6A 2KS9A 5H2JA 1L85A 4ARPA 130LA 3DKEX 1DYAA 4MBSA 3HDEA 4FBZA 3NS0A 1LGXA 2YCYA 2O4WA 5AWZA 2F93A 2HPYA 2IGCA 2I21A 127LA 110LA 225LA 1FBKA 5A45A 1JQUA 3EH4B 4AMJA 1L65A 2QPEB 165LA 172LA 253LA 229LA 4I7NA 1C6EA 4FA7B 3NY9A 4MD2A 2LZMA 5AHZA 1UAZA 156LA 1CX6A 1P36A 4GPOA 5J7AA 1L51A 1L02A 1QTVA 223LA 4ARMB 5H2HA 1L87A 1JFPA 1P8UA 1G1WA 4W54A 5I14A 5JJEA 103LA 1L98A 1C6KA 3OE6A 3GUNA 2Y02A 1D3MA 1L76A 2OE7X 1LYGA 3G3WA 1L68A 5G2DA 1L14A 1C6JA 1C66A 1KW7A 1CX7A 152LA 1U19A 226LA 7LZMA 1L80A 210LA 1G06A 205LA 1L18A 2OE9X 1NHBA 3C8RA 4S0WA 107LA 1QT5A 3HH4A 1HZXA 251LA 131LA 3HTFA 4UG2A 2R4RA 1L03A 260LA 4EXMA 1SSWA 2M3GA 146LA 164LA 176LA 3QJTB 3RFMA 171LA 1QHJA 1QUGA 1JTNA 4WAVA 3SB7A 3HANA 5EN0A 3X3BA 1P2RA 241LA 228LA 3FI5A 4EKPA 113LA 5A44A 4G72B 1L28A 2AT9A 4BUOA 3S8FB 244LA 4ARQA 1M0LA 1C60A 4J4QA 4HYXA 1L67A 1L88A 1L32A 4BWBA 4GBRB 2OU8A 4QRYA 1PQDA 5H2KA 4X31A 1E12A 4XXJA 1F50A 4ARJA 5G36A 1L61A 3UTXA 238LA 3DNAA 1LYIA 3C81A 196LA 1OWYA 3CDVA 1C69A 1OV5A 1P8IA 3DMXA 1KMEA 2KSYA 249LA 122LA 1C6AA 3QJUB 3V2WA 2NTUA 5JJJA 1P2LA 3C83A 1L45A 2B6TA 1QTCA 1XIOA 3HU9A 2RBQA 1BRDA 3K2RA 1LI6A 240LA 1CWQA 4WW3A 1L56A 5BR2A 188LA 245LA 5B0WA 5B6VA 2B6ZA 1KY1A 4OV0A 2YDVA 145LA 1QKPA 118LA 3OAXA 1M0MA 3DN2A 4XT1A 4EIYA 3QBIA 1L91A 1C6IA 2OE4X 5FJGA 1OVHA 4G7RB 1L27A 1QUOA 2B6YA 1L24A 1QSBA 4NC3A 5F8UA 3V2YA 1L05A 1L15A 1CU6A 3UZCA 1LI3A 4W51A 167LA 137LA 3C8SA 3PQRA 4I7JA 5B6XA 4MQSA 3DMZA 1C6DA 5BR5A 1L92A 1LYFA 139LA 239LA 1X0K1 2YCZA 1L23A 1L66A 180LA 4GP5B 104LA 140LA 102LA 5DHGA 1L89A 3D4SA 248LA 2LC9A 4N4WA 3REYA 2YCXA 3C82A 3EH5B 1C6CA 1L20A 3QJQB 1PY6A 2RH1A 4I7OA 1QTZA 4ARMA 1L90A 2LNLA 1PQJA 2RBSA 197LA 1LWKA 4EPIA 1G0KA 3HT9A 3HASA 163LA 2Z6BA 4LDEA 1D3NA 1KGBA 1S8LA 5G2CA 1F88A 4EKSA 4DJHA 1L12A 1QUDA 1BM1A 3UTYA 3L64A 1D3FA 3DN4A 3QDCA 1L95A 2Y04A 3HU8A 5JJNA 4YX7C 1LW9A 1L62A 2B70A 141LA 258LA 1LGUA 1L57A 1L0MA 5B2NA 2WJLA 198LA 1PQIA 2KSAA 3HDFA 3PBLA 1L41A 3HARA 3T45A 242LA 3HH3A 3HAOA 4G7QB 3GUOA 3HTDA 3DMVA 125LA 5H2LA 1DYEA 1L60A 1C64A 1L84A 1L73A 2RB1X 3AYMA 1L53A 1L86A 1QS5A 1L44A 2Y00A 3VGAA 138LA 1QT4A 4L6RA 201LA 5AHYA 1CV0A 4LDLA 1LN6A 3C80A 1L08A 2L6XA 4LDOA 237LA 4LZMA 255LA 1CVKA 4I7SA 4GP4B 2O79A 111LA 1P5CA 1P37A 3DN6A 3SBBC 4GBRA 4BEZA 1KW5A 4W55A 1DZEA 3HT8A 158LA 1Q5JA 1D9WA 4Y9HA 3NYAA 3HUQA 1C6TA 1L04A 1TN0A 4JKVA 1E0PA 170LA 3OE0A 4IAPA 5LWEA 1IW9A 1XMEB 1C6QA 2I20A 1L39A 2YDOA 1VGOA 1C68A 123LA 1CU3A 2OTYX 3DN1A 5B6WA 1CUPA 1L29A 1L54A 224LA 231LA 3QBLA 4N6HA 192LA 4W57A 3C7ZA 1L25A 1L48A 1T97A 4PK0A 1MGYA 4EKRA 187LA 2NTGA 256LA 2Y01A 1FBBA 4I7TA 183LA 2B6XA 1PQMA 1L79A 3VHZA 1LI2A 155LA 4DKLA 3ABWA 2F32A 4PXFA 1L35A 3GUMA 4GYCA 1GZMA 3UONA 185LA 1L19A 3HUKA 4EJ4A 1G0QA 112LA 2F47A 3DN3A 3P0GA 3S3CB 1LPYA 160LA 3SB8A 1JGJA 3FA0A 1CU0A 1G1VA 1CUQA 1P3NA 5AX0A 3HAPA 1P56A 1TLAA 3QAPA 2QB0B 3C7YA 4ZPUA 2RBNA 3ZPRA 1P6YA 1L43A 2PEDA 2O7AA 1P7SA 2Y03A 1S8JA 1ZWNA 126LA 1C6GA 4A4MA 2ZZLA 4W58A 1L21A 4EKQA 1P8HA 3KJ6A 4X32A 5AZDA 3UZAA 1L75A 2B73A 162LA 178LA 259LA 1L37A 1UCQA 1C63A 3DQBA 5DYSA 227LA 3PWHA 4JQ6A 5C1MA 2RBRA 3CDQA 3GULA 1OVKA 3L2XA 1L83A 1C67A 4EPFA 1KS3A 3A7KA 1L0JA 148LE 175LA 199LA 1OV7A 1PQOA 2Q9DA 1LYHA 219LA 5G2AA 173LA 1CV1A 4I7KA 5TGZA 257LA 1L99A 1DYFA 1LYDA 1L38A 4YXAC 4N4YB 1ZYTA 1S51A 1F4ZA 1L69A 195LA 168LA 1L72A 1DYDA 3DN0A 3BVDB 2X72A 150LA 1GUEA 2OU0X 4BVNA 166LA 252LA 2R4SA 3WQJA 161LA 1D2YA 2HUMA 1G07A 4GP8B 4W59A 3S3DB 157LA 4JR8A 186LA 189LA 1KY0A 1L09A 1G0PA 4ARLA 3PDSA 200LA 3F8VA 151LA 1JTMA 1LWGA 108LA 246LA 4X1HA 5KKHA 213LA 3HT7A 1S54A 2ZFEA 3X3CA 3F9LA 2JAFA 3C9LA 3EMLA 1QTBA 3SB9A 1T6HA 4OO9A 3S3BB 1L34A 206LA 4IARA 159LA 1C6FA 1L59A 5ETZA 2L78A 2OEAX 4L35A 1SWYA 3JR6A 1L42A 1B6IA 6LZMA 184LA 1OYUA 3DDLA 1LYJA 1QTDA 2QARC 143LA 3HH5A 4XT3A 3S8GB 3VI0A 247LA 1X0I1 1PQKA 3QJSB 1L10A 3UG9A 1C62A 1L64A 3AM6A 220LA 5A8EA 149LA 3QBGA 3QBKA 1C8SA 4W52A 3RZEA 1GU8A 4FAAB 1TN5A 1L22A 3LZMA 5B6ZA 1L33A 1SX2A 4AMIA 254LA 234LA 4MQTA 1L74A 4PJZA 1M0KA 1CV3A 1L06A 1L55A 2HULA 4I7RA 3RUNA 1BRRA 3PXOA 2RB2X 3ZPQA 3G3VA 4MD1A 1I6SA 1QUHA 3SB5A 142LA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1EPYA 1L01A 3CDRA 3SN6R 261LA 5II3A 3OE8A 1VDPA 4IATA 1SX7A 190LA 3ZVQB 5I5QA 5KXYA 4AQNA 1AT9A 2XBRA 1LYEA 2RSCA 1XGTC 1QT7A 4NEBA 3WU7A 4ZEEA 2D91A 1OVJA 1L96A 1GFUA 2W1MA 3C8QA 3ZEKA 3N9CA 2B74A 1L13A 3A92A 4KLYA 1GWDA 1L40A 2I6ZA 3AGIA 4P2EA 4NWEA 2B6WA 1X0SA 1QT3A 1XEKA 3CAPA 3HAQA 1QT6A 1L11A 4YXCA 4U3XB 2BQIA 1YAQA 2JAGA 1IWTA 3QJVB 1C61A 3NSBA 4YF2A 3J4GA 2BQJA 1L9HA 4IJ4A 1REXA 3HUAA 2B75A 4DWXA 4NGJA 1EHKB 1XJTA 1LZ5A 1L26A 1S52A 1L71A 5G54A 114LA 4KNFA 1LHMA 1L82A 1T8FA 243LA 4LGKA 5F9UA 3SB6A 4G7SB 5ITEA 1OUFA 3WULA 1CV6A 1EQ4A 4WMGA 1GEZA 2ZIYA 209LA 3HTGA 3GUPA 233LA 1IY4A 4CFPA 2RAZX 5G28A 2A4TA 1QIOA 3ULRA 1D2WA 5AX1A 4DDBA 1RI8B 3FADA 3QAKA 1IIZA 3VW7A 1GF0A 4BEYA 1ZVHL 4B4EA 4MR1A 4MSTA 4TL3A 1DYGA 4N9RA 2ANVA 128LA 2RBPA 4R0FA 2G4QA 1XEPA 4NIJA 1L16A 3RT5X 4OWEA 232LA 1GF5A 1KNIA 2F2QA 2BQAA 1K28A 3HBHA 1GE1A 1NMMA 3DKEX 1DYAA 1GBOA 4MBSA 4FBZA 1B5WA 1WQQA 2F93A 4DQ5A 2IGCA 2I21A 1IR8A 5KXSA 2IFFY 3A3QA 5A45A 1KIPC 4DD2A 1L65A 253LA 5LA8A 4I7NA 194LA 4FA7B 2DQCY 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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 148L E;  175L A;  199L A;  1OV7 A;  1PQO A;  2Q9D A;  1LYH A;  219L A;  5G2A A;  173L A;  1CV1 A;  4I7K A;  5TGZ A;  257L A;  1L99 A;  1DYF A;  1LYD A;  1L38 A;  4YXA C;  4N4Y B;  1ZYT A;  1S51 A;  1F4Z A;  1L69 A;  195L A;  168L A;  1L72 A;  1DYD A;  3DN0 A;  3BVD B;  2X72 A;  150L A;  1GUE A;  2OU0 X;  4BVN A;  166L A;  252L A;  2R4S A;  3WQJ A;  161L A;  1D2Y A;  2HUM A;  1G07 A;  4GP8 B;  4W59 A;  3S3D B;  157L A;  4JR8 A;  186L A;  189L A;  1KY0 A;  1L09 A;  1G0P A;  4ARL A;  3PDS A;  200L A;  3F8V A;  151L A;  1JTM A;  1LWG A;  108L A;  246L A;  4X1H A;  5KKH A;  213L A;  3HT7 A;  1S54 A;  2ZFE A;  3X3C A;  3F9L A;  2JAF A;  3C9L A;  3EML A;  1QTB A;  3SB9 A;  1T6H A;  4OO9 A;  3S3B B;  1L34 A;  206L A;  4IAR A;  159L A;  1C6F A;  1L59 A;  5ETZ A;  2L78 A;  2OEA X;  4L35 A;  1SWY A;  3JR6 A;  1L42 A;  1B6I A;  6LZM A;  184L A;  1OYU A;  3DDL A;  1LYJ A;  1QTD A;  2QAR C;  143L A;  3HH5 A;  4XT3 A;  3S8G B;  3VI0 A;  247L A;  1X0I 1;  1PQK A;  3QJS B;  1L10 A;  3UG9 A;  1C62 A;  1L64 A;  3AM6 A;  220L A;  5A8E A;  149L A;  3QBG A;  3QBK A;  1C8S A;  4W52 A;  3RZE A;  1GU8 A;  4FAA B;  1TN5 A;  1L22 A;  3LZM A;  5B6Z A;  1L33 A;  1SX2 A;  4AMI A;  254L A;  234L A;  4MQT A;  1L74 A;  4PJZ A;  1M0K A;  1CV3 A;  1L06 A;  1L55 A;  2HUL A;  4I7R A;  3RUN A;  1BRR A;  3PXO A;  2RB2 X;  3ZPQ A;  3G3V A;  4MD1 A;  1I6S A;  1QUH A;  3SB5 A;  142L A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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