3OE8 | Genus

Total Genus 158

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	158
sequence length	443
structure length	433
Chain Sequence	PCNFNKIFLPTIYSIIFLTGIVGNGLVILVMGYQKKLRSMTDKYRLHLSVADLLFVITLPFWAVDAVANWYFGNFLCKAVHVIYTVNLYSSVWILAFISLDRYLAIVHATNSQRPRKLLAEKVVYVGVWIPALLLTIPDFIFANVSEADDRYICDRFYPNDLWVVVFQFQHIMVGLILPGIVILSCYCIIISKLSHSGSNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYHQKRKALKTTVILILAFFACWLPYYIGISIDSFILLEIIKQGCEFENTVHKWISITEALAFFHCCLNPILYAFL

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__0595056938319578__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__0595056938319578__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/3OE8/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__0595056938319578__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"0595056938319578","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/3OE8/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__0595056938319578__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

Viewer cachePut cache://localLOAD_/file/5cffc7c6c1298f547ea891e4/pdb.gz

Viewer cachePut https://genus.fuw.edu.pl/file/5cffc7c6c1298f547ea891e4/pdb.gz

FileManager.getAtomSetCollectionFromFile(/file/5cffc7c6c1298f547ea891e4/pdb.gz)

loadScript /static/js/j2s/core/corezip.z.js

The Resolver thinks Pdb

loadScript /static/js/j2s/core/corebio.z.js

Time for openFile(/file/5cffc7c6c1298f547ea891e4/pdb.gz): 747 ms

reading 433 atoms

ModelSet: haveSymmetry:false haveUnitcells:false haveFractionalCoord:false

1 model in this collection. Use getProperty "modelInfo" or getProperty "auxiliaryInfo" to inspect them.

Default Van der Waals type for model set to Jmol

433 atoms created

ModelSet: autobonding; use autobond=false to not generate bonds automatically

Time for creating model: 31 ms

Adding embedded #jmolscript: select ({0:432});backbone only;select *;

platformSpeed = 8

cartoonsFancy = true

sheetSmoothing = 1.0

traceAlpha = true

loadScript /static/js/j2s/core/corescriptcmd.z.js

specularPower = 9

ambientPercent = 20

antialiasDisplay = true

Script completed

Jmol script terminated

loadScript /static/js/j2s/J/g3d/HermiteRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/renderbio/BioMeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/render/MeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/shape/Mesh.js

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Signaling protein, hydrolase
source organism	Homo sapiens
publication title	Structures of the CXCR4 chemokine GPCR with small-molecule and cyclic peptide antagonists. pubmed doi rcsb
molecule keywords	C-X-C chemokine receptor type 4, Lysozyme Chimera
total genus	158
structure length	433
sequence length	443
chains with identical sequence	B, C
ec nomenclature	ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date	2010-08-12

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00959	Phage_lysozyme	Phage lysozyme
A	PF00001	7tm_1	7 transmembrane receptor (rhodopsin family)
A	PF12109	CXCR4_N	CXCR4 Chemokine receptor N terminal

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
1.10.530.40	Mainly Alpha	Orthogonal Bundle	Lysozyme	Lysozyme	3oe8A02
1.20.1070.10	Mainly Alpha	Up-down Bundle	Rhopdopsin 7-helix transmembrane proteins	Rhopdopsin 7-helix transmembrane proteins	3oe8A01

1L85A 5F8UA 4W59A 1L36A 1OWZA 1S51A 3AM6A 1T8AA 1CWQA 167LA 1L07A 2R4RA 5C1MA 1L95A 1L50A 2J4YA 2LNLA 212LA 192LA 118LA 3ZPQA 2R4SA 1C69A 1I6SA 3EH3B 1C6DA 3SB9A 5AHYA 2B70A 172LA 2RBPA 162LA 4QIDA 1DYFA 109LA 1L55A 254LA 1GZMA 5FJGA 1LYFA 4IARA 1PQKA 248LA 3V2YA 1LI3A 3QBLA 1QTHA 1G1WA 2B7XA 1M0MA 1C6GA 3HTDA 1QM8A 1R84A 2RB0X 3GUNA 1L54A 1OYUA 4BUOA 1XEPA 1DYDA 1SX2A 4L35A 1OV5A 4BV0A 253LA 1C6NA 2X72A 220LA 161LA 2LC9A 4G7SB 1L53A 3CAPA 206LA 1L20A 164LA 122LA 1L29A 1L89A 3HUAA 1XJTA 1SWYA 128LA 3HT7A 188LA 4LDLA 262LA 1P8UA 1D9WA 156LA 1P7SA 5G53A 3L2XA 251LA 5BR2A 1TN5A 3UTXA 1LI2A 1CV6A 3S3CB 3C81A 1CU5A 1L10A 1QTVA 1P56A 1DYEA 1C62A 4I7TA 3HUQA 112LA 1L21A 119LA 4YXAC 4PJZA 2G87A 1TLAA 4MQSA 1L19A 1FBKA 1C67A 2RBSA 1L98A 4EPFA 1S8LA 1P37A 2B75A 3C7YA 1L15A 1L45A 3PBLA 4EKRA 4EPIA 5DHGA 3S8GB 4LZMA 1L24A 1L59A 3GUIA 3PQRA 5H2NA 1LYDA 1P36A 1G0JA 3RUNA 1JGJA 3HARA 1L44A 246LA 3UONA 1LWKA 1PQOA 247LA 4EA3A 1CUPA 209LA 4DKLA 1X0SA 1L87A 1CV3A 1C60A 5AX1A 1OV7A 1LGXA 3V2WA 1P8HA 1M0KA 5A8EA 1P5CA 4J4QA 1T8FA 4PXKA 2QPDB 1QT4A 4GP4B 1L64A 1G1VA 199LA 4G71B 1L70A 3VG9A 2I20A 184LA 3ZPRA 3CDVA 2Y03A 4GP5B 1QT8A 4FAAB 147LA 1C66A 173LA 142LA 2I35A 1L47A 3DMXA 141LA 5B6ZA 1C6LA 3GUJA 1C61A 1L35A 3D4SA 1D2WA 3SB6A 1AT9A 1G06A 110LA 2O79A 3HAOA 1XMEB 1OVKA 1CTWA 1L62A 1T97A 1L0MA 3ZEVA 2CUUA 4YX7C 1XJIA 1DYCA 3DNAA 1P3NA 155LA 1E12A 3HT8A 1BRXA 4ARMA 1KG9A 1G07A 175LA 3NYAA 5G2CA 2F47A 217LA 1H2SA 5ITCA 3SBAA 120LA 4AMIA 5A44A 3OE9A 1LYGA 146LA 3HH4A 4W53A 5JJNA 2QARC 2Q9EA 2NTWA 255LA 4IAQA 1JV6A 3UTWA 149LA 3DDLA 5H2MA 103LA 1M0LA 3C7WA 1C6IA 3HU9A 3G3VA 1P64A 3PWHA 5AHZA 2OTYX 4PXFA 131LA 1JTMA 6LZMA 4BEZA 177LA 3QJQB 5B35A 1CVKA 1QT7A 3DMVA 3SB5A 3VGAA 1LLHA 218LA 4FBZA 4I7LA 3F8VA 4I7JA 3RFMA 2HULA 1QUOA 221LA 5G28A 1L80A 1C6CA 3QJVB 3VHZA 3C8SA 4W55A 1P2LA 237LA 3S3DB 1C64A 1L14A 2RBQA 4W54A 3EMLA 1G0LA 1VGOA 3QJRB 4OO9A 3KJ6A 1QSQA 2NTHA 1F88A 3C8RA 1C63A 4HWLA 1OWYA 3C9LA 3HTFA 5LWEA 2YCZA 139LA 3FADA 1L69A 1O0AA 3CDTA 1QSBA 4I7MA 1L0JA 1L60A 3GUKA 1PQIA 1LYJA 126LA 1P2RA 1ZYTA 241LA 2M3GA 4XTOA 5B2NA 1EPYA 1L97A 4I7NA 1KY0A 3F9LA 1L38A 4MQTA 4ARQB 1G0KA 236LA 3CDQA 4W58A 148LE 249LA 3HDEA 1D3NA 3OE6A 2I21A 3COCA 3UTVA 257LA 4GYCA 1CX7A 4EIYA 5H2IA 1L76A 3DN6A 3UZCA 1L11A 4ARJA 1JQUA 1CU0A 1PQDA 4JQ6A 4EKQA 3SB7A 3T45A 2L78A 178LA 180LA 2Y04A 3DQBA 2O4WA 159LA 259LA 4ARQA 2Y01A 4GP8B 4UHRA 1L18A 1L86A 1KS3A 1C6QA 108LA 2RBRA 2F95A 2F32A 2OEAX 1C6HA 1L34A 1U19A 2Y00A 5ETZA 1ZWNA 1QT6A 2Z73A 3MBVA 239LA 3AYMA 1NHBA 1KMEA 1L84A 2YCYA 4BEYA 129LA 114LA 1L09A 3HH5A 1VJMA 3QDCA 145LA 1C6JA 1L43A 3EH4B 1H68A 1L33A 1LN6A 1S54A 2B72A 1QT5A 230LA 2Z6BA 3ABWA 3HWLA 2HUMA 1L66A 1GU8A 232LA 1T8GA 2L6XA 2ANXA 3VI0A 1L22A 150LA 1QTBA 1IW6A 3C7ZA 3UG9A 256LA 1L03A 242LA 2ANVA 3C9MA 5G2DA 4FPDA 1DYGA 1L67A 205LA 4GBRB 1KG8A 4IAPA 189LA 3NY8A 5BR5A 1KNIA 1B6IA 1JTNA 3LZMA 3NS0A 5H2LA 102LA 2ZZLA 3QAPA 1C3WA 4X32A 3X3CA 163LA 1QTCA 3L64A 4ARMB 2B74A 1LW9A 4JR8A 1SX7A 2OE7X 1L81A 2HUKA 115LA 3NY9A 1L30A 123LA 4W51A 3SB8A 1QTDA 4XXJA 4HYXA 3FI5A 5H2PA 1L27A 229LA 1P8IA 216LA 1S52A 3WQJA 1LWGA 3HT6A 165LA 4GBRA 1C6PA 3DN2A 5A45A 3HH6A 107LA 3HANA 4XT3A 169LA 4MBSA 5G36A 3G3XA 4HYJA 4QRYA 1L42A 4MD2A 1T6HA 4GRVA 3HASA 4IB4A 197LA 1C6FA 1L01A 231LA 3CODA 3G3WA 213LA 3HUKA 4K5YA 7LZMA 5H2JA 1G0QA 2RH1A 4QI1A 2WJLA 3PDSA 1IW9A 1L52A 3VVKA 250LA 3VW7A 1QTZA 1L74A 222LA 5I14A 4GPOA 4PK0A 1QS5A 2B73A 4S0WA 5B6VA 2NTGA 3PXOA 1LGWA 1L37A 4G7RB 170LA 3DN8A 1QKPA 1LYEA 3QBIA 1SSYA 1L0KA 2RB1X 2JAFA 1G0MA 4X1HA 2F93A 1C65A 2B6WA 3DN1A 224LA 3GUPA 5ITEA 4EKPA 225LA 244LA 4ARLA 4YXCA 1ZURA 171LA 1L23A 2JAGA 4TL3A 1PQMA 3GUOA 4X31A 1L56A 211LA 4BVNA 1L88A 4EJ4A 4ARPA 3QJUB 3C82A 5AX0A 2B6YA 1L83A 1L05A 158LA 1L68A 5H2KA 130LA 1S8JA 183LA 1L73A 2F2QA 2NTUA 190LA 3DN4A 1L99A 5JJEA 1CV1A 5G54A 137LA 4I7OA 1L58A 1L48A 4N6HA 196LA 4LDOA 3DKEX 258LA 3DN3A 4DAJA 2LZMA 1GUEA 1L41A 4I7PA 2A4TA 3OE8A 1L31A 2VT4A 5TGZA 5H2HA 3HTGA 1QUGA 1D3MA 4I7KA 4A4MA 1QKOA 1L17A 2Q9DA 1CV0A 1LGUA 198LA 2Y02A 3QBKA 1R2NA 5DYSA 1CX6A 4OV0A 1C8RA 4ZPUA 3OE0A 4N4WA 5KKHA 104LA 3ODUA 3UZAA 1BM1A 3DMZA 174LA 4Y9HA 125LA 1CV5A 160LA 1L57A 138LA 238LA 5LZMA 227LA 1X0I1 1OVHA 2OTZX 1LYIA 3NSBA 2OU8A 1C6MA 1WTHA 3EH5B 157LA 4KNFA 1DYBA 1BRDA 2YDOA 4UG2A 5G2AA 3P0GA 1L04A 3UTYA 185LA 5B6XA 1KW5A 3X3BA 181LA 2QPEB 1XJUA 1L46A 3BVDB 4N4YB 1P6YA 1Q5IA 3HAPA 4E97A 2EI4A 1L79A 1L49A 5H2OA 1G0GA 1F4ZA 3C8QA 4I7RA 1L61A 3QAKA 1JV7A 4G70B 1QT3A 1BRRA 4KLYA 152LA 1L28A 3C83A 1S53A 1LYHA 261LA 2OE9X 2PEDA 3SN6R 1L92A 5EN0A 200LA 1C6AA 1K28A 240LA 245LA 4I7QA 4BWBA 1L77A 1SSWA 1L82A 1CUQA 3CDRA 3RZEA 4DJHA 1PXSA 144LA 1CV4A 1FBBA 219LA 2OE4X 3QJTB 4NC3A 5AZDA 1PY6A 3S3BB 2QB0B 1L08A 1L93A 1L96A 1UCQA 1F50A 3S8FB 4WAVA 2OU9A 140LA 4MD1A 2RB2X 2B6TA 1D3JA 1L06A 3DN0A 233LA 3HH3A 3HT9A 4W57A 2OU0X 2KS9A 4W56A 1L94A 2B6ZA 5B6WA 1JFPA 5B0WA 1L13A 1QUDA 2BRDA 3AYNA 3REYA 226LA 234LA 2IGCA 143LA 1DZEA 4G72B 3HU8A 1L00A 4XTLA 4XTNA 2KSAA 3GUMA 1MGYA 1QHJA 4L6RA 3K2RA 235LA 2RBOA 2HPYA 5AWZA 1L75A 1Q5JA 1TN0A 1C6KA 215LA 2B6XA 1HZXA 214LA 2LCBA 5J7AA 4XT1A 1D2YA 1LPYA 186LA 1SWZA 3HTBA 1PXRA 3CDOA 1UAZA 4EKSA 1DYAA 210LA 223LA 1L63A 5JJJA 1X0K1 1L26A 2RBNA 176LA 1CU6A 1L40A 1L25A 182LA 1L12A 2O7AA 2ZIYA 4WW3A 4EXMA 5B34A 3OAXA 1KGBA 1G0PA 3GULA 166LA 3FA0A 151LA 1L51A 228LA 2YCXA 3A7KA 1OVJA 4LDEA 1C6EA 3SBBC 1L65A 1LI6A 1PQJA 1C6TA 1IXFA 1E0PA 191LA 1L9HA 2KSBA 168LA 1L90A 3JR6A 1CU3A 260LA 1CU2A 195LA 2ZFEA 4JKVA 4I7SA 113LA 1C68A 3HAQA 2RAYX 1P46A 3HDFA 5DHHA 3C80A 1QS9A 2AT9A 2KSYA 2RAZX 111LA 5B6YA 1EHKB 2Z55A 1L72A 4G7QB 1C6BA 3QJSB 1L71A 243LA 1L91A 1XIOA 4FA7B 2YCWA 127LA 187LA 1L39A 201LA 4AQNA 1QUHA 1AP9A 2I1XA 252LA 4W52A 4AMJA 1KY1A 2YDVA 1L16A 1D3FA 3QBGA 1L02A 1KW7A 2WJKA 1L32A 1C8SA
chains in the Genus database with same CATH superfamily

1L85A 1I56A 4DDBA 1L36A 1OWZA 1XSFA 1L07A 4G4CA 192LA 1C69A 3SB9A 172LA 2RBPA 162LA 5B06A 1DYFA 109LA 1GE2A 254LA 4IARA 1WQOA 3QBLA 1QTHA 1QM8A 2RB0X 3GUNA 1OYUA 1XGQC 3A92A 4BUOA 1XEPA 1DYDA 5LVIA 4DC4A 4BV0A 2FBBA 1JTTL 2X72A 220LA 3CAPA 1RI8B 4NGLA 122LA 4L41A 3OJPA 1GXV2 4DQ5A 5HNLA 4H9HA 2W1LA 4GCFA 4I0CA 1OUAA 3CSRA 3CSZA 2Z19A 5KXWA 4PPOA 1TN5A 5HMVA 1HF4A 1CV6A 1LJ4A 3W6DA 1GB9A 1FKVA 1LSCA 1L21A 3A95A 2G87A 1LZGA 4EPIA 1L45A 4EKRA 3GUIA 1IWUA 1G0JA 4WM2A 4OWBA 4H8ZA 1L44A 246LA 247LA 209LA 4DKLA 1CV3A 1C60A 1LZYA 2BQGA 4J4QA 3HBHA 1QT4A 1DPWA 4DQ7A 4GP4B 1RFPA 3ATOA 3VG9A 1JPOA 1LHHA 1INUA 1EL1A 1IR8A 3CB7A 2Y03A 4HP0A 1LSGA 4TTDA 142LA 1HSXA 2DBTA 3AB6A 1IY3A 7LYZA 3T36A 3GUJA 1AT9A 3HAOA 1I1ZA 1CTWA 1DYCA 5M1YA 1E12A 1EQ4A 1BRXA 1KG9A 3W6CA 3NYAA 1D6PA 5F16A 2NWDX 5ITCA 1OUBA 1GE4A 1OUEA 5JJNA 2NTWA 2Q9EA 255LA 3UTWA 4NG8A 1VAUA 3DDLA 1M0LA 3G3VA 1P64A 1C08C 1HSWA 4RLMA 3G3BB 1JTMA 1CVKA 1QT7A 1LLHA 218LA 4LYCA 3GXKA 1QUOA 221LA 5G28A 1L80A 4DD0A 1FN5A 3AGHA 1IC7Y 4AGAA 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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3OE8A

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