3OE8A

Crystal structure of the cxcr4 chemokine receptor in complex with a small molecule antagonist it1t in p1 spacegroup
Total Genus 158
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
158
sequence length
443
structure length
433
Chain Sequence
PCNFNKIFLPTIYSIIFLTGIVGNGLVILVMGYQKKLRSMTDKYRLHLSVADLLFVITLPFWAVDAVANWYFGNFLCKAVHVIYTVNLYSSVWILAFISLDRYLAIVHATNSQRPRKLLAEKVVYVGVWIPALLLTIPDFIFANVSEADDRYICDRFYPNDLWVVVFQFQHIMVGLILPGIVILSCYCIIISKLSHSGSNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYHQKRKALKTTVILILAFFACWLPYYIGISIDSFILLEIIKQGCEFENTVHKWISITEALAFFHCCLNPILYAFL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Signaling protein, hydrolase
source organism Homo sapiens
publication title Structures of the CXCR4 chemokine GPCR with small-molecule and cyclic peptide antagonists.
pubmed doi rcsb
molecule keywords C-X-C chemokine receptor type 4, Lysozyme Chimera
total genus 158
structure length 433
sequence length 443
chains with identical sequence B, C
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2010-08-12

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
A PF00001 7tm_1 7 transmembrane receptor (rhodopsin family)
A PF12109 CXCR4_N CXCR4 Chemokine receptor N terminal
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 3oe8A02
1.20.1070.10 Mainly Alpha Up-down Bundle Rhopdopsin 7-helix transmembrane proteins Rhopdopsin 7-helix transmembrane proteins 3oe8A01
3GUNA 3HUQA 1L37A 3C9LA 1P56A 1QKPA 4MQTA 1L58A 1L49A 184LA 4QI1A 1L69A 4I7OA 1C8RA 1S8LA 3ZEVA 2OU8A 161LA 4Y9HA 4ARMA 1L27A 200LA 147LA 1XJUA 229LA 4W51A 1L10A 4I7LA 4KNFA 1M0MA 168LA 1L70A 2OEAX 3C83A 4I7JA 1QT5A 233LA 5H2NA 1TN0A 1XEPA 2YCYA 221LA 125LA 114LA 3HH5A 3ZPRA 1OVJA 2B73A 1L15A 1BRXA 1CUPA 237LA 3ODUA 1VGOA 1L45A 3GUMA 3HUAA 4W57A 1R2NA 1KW5A 115LA 3HASA 1C65A 1L60A 1NHBA 2Y03A 189LA 1L50A 1L22A 1SSYA 2X72A 3QJTB 5G53A 1L36A 3C8QA 4G7RB 1LI2A 152LA 1QKOA 3DN2A 4ZPUA 4N4WA 4YXAC 2RH1A 4GBRA 3VI0A 5JJNA 3QJVB 1L80A 145LA 4GYCA 4ARQB 1L31A 175LA 2LC9A 4HYXA 1L68A 5H2HA 1G1WA 1P64A 3VVKA 1L71A 3RUNA 3QDCA 3UG9A 3VGAA 209LA 2RB0X 2RBPA 1KG9A 3SBBC 246LA 1L40A 103LA 1C6FA 253LA 3LZMA 1C6NA 1XIOA 5A45A 4GRVA 1C60A 1T6HA 1P3NA 1G0JA 4I7SA 173LA 1CWQA 1L56A 5G2AA 1H2SA 3DN1A 2F93A 4OV0A 4L35A 1S53A 2YDOA 5B34A 1L74A 1D3MA 228LA 227LA 1L72A 4W59A 5AX1A 3UTVA 2B6XA 2OU0X 1OVKA 4XTOA 3HAPA 1C6JA 1L35A 1F4ZA 1LN6A 1Q5IA 141LA 1ZYTA 257LA 191LA 1GUEA 143LA 3GUOA 1PXSA 3PXOA 2LCBA 1F88A 195LA 1CU5A 1TN5A 1P36A 3QBGA 4UG2A 1QT7A 187LA 3COCA 3HWLA 120LA 4X32A 2B7XA 1B6IA 128LA 2CUUA 256LA 1L12A 2YCZA 1JFPA 1XJTA 3EH4B 1DZEA 1L65A 3G3VA 3EH5B 1QTZA 1P6YA 4YXCA 3X3CA 159LA 212LA 3C80A 198LA 1L16A 5JJJA 1G0PA 1L87A 1G0GA 1L9HA 1XJIA 176LA 258LA 185LA 1QTCA 1C63A 1L96A 1C62A 1L99A 5B2NA 2G87A 1L25A 201LA 4WAVA 3HH3A 4X31A 1CV3A 240LA 5AHYA 1CX6A 1T8GA 213LA 1P46A 3G3WA 1HZXA 1JV7A 1O0AA 1L33A 122LA 3C8RA 4N6HA 3HT6A 3NSBA 3DNAA 245LA 2RB2X 2NTWA 171LA 1KGBA 3G3XA 1P2RA 4G71B 1L48A 1L86A 235LA 155LA 3QAKA 3GUIA 1L04A 1QUOA 1PY6A 146LA 3C81A 2LZMA 1QUGA 3NY9A 4PXKA 2B6TA 3DN0A 2HPYA 2IGCA 5ITEA 1TLAA 4ARQA 1L03A 4PJZA 2I35A 3CDQA 2Y02A 1LW9A 1OWZA 3DN6A 177LA 170LA 2JAGA 1L93A 1KW7A 217LA 1JTNA 1GU8A 3VW7A 142LA 4MQSA 5A8EA 2Q9DA 2Z55A 4W54A 1LYFA 112LA 260LA 1C64A 4N4YB 2NTUA 4NC3A 5AWZA 1JGJA 238LA 4FPDA 1KG8A 102LA 4EXMA 5KKHA 5G54A 3HU9A 4JQ6A 123LA 1UCQA 3HT9A 2QARC 5TGZA 3S3CB 3FADA 3SB6A 4EKSA 1KNIA 236LA 1KY1A 222LA 3HDEA 1L24A 1PXRA 1X0I1 4BUOA 3SB5A 2B72A 3HDFA 1AP9A 3REYA 2KSYA 3OE8A 4GPOA 2B74A 157LA 4AQNA 1IW9A 4W56A 3OE9A 4ARPA 1L89A 5B6YA 3JR6A 1UAZA 1L84A 4FAAB 4FA7B 1CU3A 1E0PA 4BEZA 162LA 3PBLA 1L62A 5AX0A 5H2MA 1CU6A 3HAQA 4XT1A 1FBBA 1L85A 1C6BA 1C6TA 5DYSA 183LA 1L23A 1G0LA 2RBSA 1QSQA 1LI6A 3DKEX 4I7NA 1BRDA 5BR5A 2OTZX 3C7YA 248LA 1PQKA 3V2YA 3AM6A 1LYGA 1LYJA 4GBRB 3QJSB 1CTWA 3ZPQA 4JR8A 172LA 199LA 119LA 1L73A 1L18A 1ZURA 3DN8A 3FA0A 4EKPA 2I1XA 1XMEB 169LA 3HU8A 1L90A 5H2KA 1C6PA 4PK0A 3GUPA 1L20A 3DMZA 1C6HA 1SX2A 2RAZX 1PQIA 3L2XA 3HANA 3RZEA 160LA 2F32A 4DAJA 1K28A 2F2QA 3HT7A 1G0KA 2WJLA 230LA 2PEDA 110LA 220LA 1L51A 1P8HA 1S51A 1C6KA 2QB0B 4QRYA 3C9MA 167LA 1CU2A 1JV6A 1C6MA 2KS9A 1CV1A 5B6XA 2RBNA 196LA 1L38A 4GP8B 4EPIA 4QIDA 2OTYX 180LA 1P5CA 2HUKA 1QUDA 5LWEA 3MBVA 1AT9A 4XXJA 1P8UA 3T45A 1L34A 1QM8A 2QPDB 1QT8A 255LA 4W53A 5A44A 1CV6A 2Y04A 3C7WA 4K5YA 2HULA 129LA 4WW3A 2RBRA 3DDLA 131LA 4EKQA 1M0LA 1C6LA 1U19A 3UONA 1L94A 1QT6A 1H68A 1P8IA 231LA 3CODA 109LA 1L55A 3HH6A 2OE9X 1L41A 2ANVA 3UTXA 2ZIYA 218LA 3UTWA 1LGUA 1D9WA 1DYFA 5H2OA 5ITCA 4ARJA 1L53A 4HYJA 1T97A 1MGYA 5J7AA 2O7AA 4JKVA 1L46A 111LA 4I7QA 4LDEA 1PQJA 5AHZA 1OWYA 1C6AA 3DMVA 1C69A 149LA 1C66A 5ETZA 4DKLA 1SX7A 148LE 165LA 1L91A 2ANXA 3DMXA 3ABWA 3UZCA 5I14A 5B6WA 4TL3A 3RFMA 150LA 1DYAA 4GP5B 261LA 4IAPA 1L09A 1LGXA 1QTBA 3F8VA 2J4YA 3QJQB 3CDOA 3NY8A 4DJHA 5B0WA 3S3DB 1L17A 211LA 1L07A 4BV0A 3HTBA 2Y00A 2B6ZA 144LA 3D4SA 234LA 2YCXA 1L06A 1OYUA 254LA 3L64A 3DN4A 1QHJA 2VT4A 206LA 5G28A 224LA 205LA 166LA 1CUQA 1G0MA 2F47A 4EJ4A 6LZMA 1L76A 1LWGA 1L97A 232LA 1GZMA 3HAOA 1LYHA 4W58A 4PXFA 1X0SA 1DYDA 4AMJA 2ZZLA 1D2WA 1EPYA 107LA 259LA 1QUHA 1L13A 1L32A 3AYMA 5H2PA 1QS9A 239LA 138LA 174LA 2NTGA 1F50A 2HUMA 3OAXA 1L29A 3OE0A 2RB1X 3HH4A 1L61A 5C1MA 5F8UA 1QS5A 1C68A 4J4QA 3PDSA 3HTFA 1KY0A 2RAYX 3AYNA 1OV7A 1CV4A 3C7ZA 2I21A 3UZAA 1QTDA 2EI4A 1L42A 1L26A 226LA 3NS0A 1L92A 1LYIA 5G2CA 4OO9A 181LA 156LA 1SWZA 3QBKA 3HARA 1L28A 3SB7A 225LA 1E12A 3CDTA 2I20A 164LA 4FBZA 130LA 1CU0A 1JQUA 3HTDA 1L0KA 163LA 2B75A 5DHGA 4L6RA 5H2IA 2L6XA 219LA 4I7TA 4BVNA 104LA 1C6EA 1OVHA 3GUKA 3UTYA 3S8GB 1PQOA 3SB8A 4G72B 1L19A 1L39A 1SSWA 243LA 1KS3A 1L11A 2RBQA 4EIYA 1L75A 190LA 1G0QA 244LA 1LYEA 1L63A 3A7KA 4X1HA 4I7MA 1P7SA 4YX7C 1L0MA 2KSAA 2AT9A 1T8AA 2B6WA 2F95A 2O79A 2A4TA 1S54A 3KJ6A 3K2RA 4AMIA 4I7KA 1G1VA 3X3BA 4GP4B 2YDVA 1L82A 252LA 1C3WA 4W55A 2YCWA 2JAFA 3BVDB 5B6VA 3GULA 4XTLA 1R84A 2O4WA 1IXFA 4XTNA 5H2JA 1DYBA 262LA 3VHZA 151LA 1BRRA 242LA 1LI3A 1KMEA 4IAQA 4BWBA 3CDRA 5G2DA 3C8SA 1L81A 4MD2A 3VG9A 1L14A 3PWHA 3PQRA 1C61A 1LLHA 251LA 7LZMA 2R4SA 3HTGA 1L59A 3EH3B 1OV5A 1DYCA 113LA 5BR2A 118LA 186LA 1QTHA 1L79A 1D3JA 3DN3A 1Q5JA 2QPEB 1L00A 1LWKA 3QJRB 4XT3A 2RBOA 3QJUB 1C6GA 3HT8A 4G70B 1D2YA 1DYGA 4IARA 1CVKA 4ARMB 1JTMA 4UHRA 1LGWA 2OE7X 1CV0A 1L02A 1L0JA 3CAPA 4BEYA 1D3FA 1C6QA 1VJMA 250LA 1C6IA 3SN6R 2M3GA 1L95A 1QTVA 4E97A 1IW6A 1G06A 2B6YA 158LA 5G36A 3S3BB 4IB4A 1L52A 1QT4A 3QAPA 1PQMA 1I6SA 2NTHA 4W52A 5B35A 1LPYA 4EA3A 1D3NA 3EMLA 216LA 241LA 3F9LA 3V2WA 1C8SA 1S52A 5EN0A 1M0KA 2WJKA 2Z73A 4EPFA 1P2LA 1L57A 215LA 1S8JA 1L05A 1L47A 4I7RA 2Z6BA 1X0K1 1CV5A 126LA 137LA 1L44A 210LA 3WQJA 4ARLA 1CX7A 108LA 188LA 1L43A 2R4RA 2ZFEA 1C6CA 4HWLA 1WTHA 214LA 3QBIA 1C6DA 4G7SB 4I7PA 1L54A 3S8FB 127LA 2B70A 197LA 139LA 247LA 3SBAA 3FI5A 3SB9A 3DQBA 5B6ZA 223LA 5H2LA 1L83A 1L30A 1G07A 1L77A 1SWYA 1L98A 182LA 2OE4X 1L08A 2L78A 1P37A 3C82A 4KLYA 4MBSA 5AZDA 3OE6A 1L64A 249LA 178LA 3HUKA 1C67A 1FBKA 1QSBA 4EKRA 4A4MA 140LA 2OU9A 1PQDA 5LZMA 2LNLA 1L88A 2KSBA 3P0GA 1L01A 3GUJA 2BRDA 1QT3A 4LDOA 4LZMA 1L21A 5DHHA 5JJEA 1EHKB 3NYAA 1L67A 1ZWNA 2Q9EA 4LDLA 4G7QB 192LA 1L66A 4MD1A 2Y01A 1BM1A 4S0WA 5FJGA 1LYDA 3CDVA 3QBLA 1T8FA 1DYEA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
5LA8A 4W96A 1BB3A 1L49A 1LZ4A 1B7PA 1L69A 1C8RA 1S8LA 4GN3A 161LA 4QY9A 168LA 4I7JA 1XEPA 5HQ1A 221LA 3HH5A 1GB2A 208LA 1L15A 3OJPA 2W1YA 1R2NA 1GAYA 1IWWA 115LA 2DQFC 3AW7A 1NHBA 1NHEA 1HF4A 1OUBA 1LJHA 1SSYA 3CSZA 1H87A 1BQLY 4G7RB 1LI2A 1QKOA 1C10A 2RH1A 1B9OA 1UIDA 3VI0A 1VAUA 1Z55A 3VVKA 2HECA 3ZEKA 1GDWA 4J0LA 1KG9A 1VDQA 1C6NA 1LHIA 4GRVA 1C60A 1T6HA 1GF0A 1LZTA 4HTQA 1GB6A 1L56A 1HSWA 4OV0A 4L35A 1IVMA 2DBTA 4XN6A 3WUNA 1D3MA 228LA 1ZVHL 2BQKA 1FLQA 4UWNA 1GHLA 1GUEA 4H91A 1PXSA 2RSCA 4DQ5A 2F2NA 1F88A 4HJZA 5FCPA 1QT7A 4PHIA 120LA 1JPOA 1XJTA 1DZEA 4LYMA 159LA 1L16A 1IIZA 1G0PA 1L9HA 1AZFA 258LA 201LA 1WQMA 3FI7A 5B1FA 2HEEA 5AHYA 1HZXA 1P46A 1L33A 2Q0MX 122LA 3M18B 4ANRA 3G3XA 1L86A 5KXPA 146LA 4B0DA 1QUGA 1W6ZA 3N9AA 5ITEA 1TLAA 4ARQA 1L03A 5FSTA 4OWCA 2I35A 4WLYA 2YBNA 1LW9A 1JTTL 1KW7A 2BQJA 4CFOA 1GU8A 4MQSA 4GCEA 1C64A 3LYZA 1QIOA 238LA 5KKHA 2DQEY 123LA 2W1XA 3HT9A 1I1ZA 1KNIA 1PXRA 222LA 3SB5A 1ZVYB 3REYA 2KSYA 3OE9A 4ARPA 1YKXX 1IP4A 2N5ZA 4FA7B 1CU3A 1E0PA 1XGRC 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 1LGW A;  2OE7 X;  1CV0 A;  1L02 A;  1L0J A;  3CAP A;  4BEY A;  1D3F A;  1C6Q A;  1VJM A;  250L A;  1C6I A;  3SN6 R;  2M3G A;  1L95 A;  1QTV A;  4E97 A;  1IW6 A;  1G06 A;  2B6Y A;  158L A;  5G36 A;  3S3B B;  4IB4 A;  1L52 A;  1QT4 A;  3QAP A;  1PQM A;  1I6S A;  2NTH A;  4W52 A;  5B35 A;  1LPY A;  4EA3 A;  1D3N A;  3EML A;  216L A;  241L A;  3F9L A;  3V2W A;  1C8S A;  1S52 A;  5EN0 A;  1M0K A;  2WJK A;  2Z73 A;  4EPF A;  1P2L A;  1L57 A;  215L A;  1S8J A;  1L05 A;  1L47 A;  4I7R A;  2Z6B A;  1X0K 1;  1CV5 A;  126L A;  137L A;  1L44 A;  210L A;  3WQJ A;  4ARL A;  1CX7 A;  108L A;  188L A;  1L43 A;  2R4R A;  2ZFE A;  1C6C A;  4HWL A;  1WTH A;  214L A;  3QBI A;  1C6D A;  4G7S B;  4I7P A;  1L54 A;  3S8F B;  127L A;  2B70 A;  197L A;  139L A;  247L A;  3SBA A;  3FI5 A;  3SB9 A;  3DQB A;  5B6Z A;  223L A;  5H2L A;  1L83 A;  1L30 A;  1G07 A;  1L77 A;  1SWY A;  1L98 A;  182L A;  2OE4 X;  1L08 A;  2L78 A;  1P37 A;  3C82 A;  4KLY A;  4MBS A;  5AZD A;  3OE6 A;  1L64 A;  249L A;  178L A;  3HUK A;  1C67 A;  1FBK A;  1QSB A;  4EKR A;  4A4M A;  140L A;  2OU9 A;  1PQD A;  5LZM A;  2LNL A;  1L88 A;  2KSB A;  3P0G A;  1L01 A;  3GUJ A;  2BRD A;  1QT3 A;  4LDO A;  4LZM A;  1L21 A;  5DHH A;  5JJE A;  1EHK B;  3NYA A;  1L67 A;  1ZWN A;  2Q9E A;  4LDL A;  4G7Q B;  192L A;  1L66 A;  4MD1 A;  2Y01 A;  1BM1 A;  4S0W A;  5FJG A;  1LYD A;  3CDV A;  3QBL A;  1T8F A;  1DYE A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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