3OE8A

Crystal structure of the cxcr4 chemokine receptor in complex with a small molecule antagonist it1t in p1 spacegroup
Total Genus 158
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
158
sequence length
443
structure length
433
Chain Sequence
PCNFNKIFLPTIYSIIFLTGIVGNGLVILVMGYQKKLRSMTDKYRLHLSVADLLFVITLPFWAVDAVANWYFGNFLCKAVHVIYTVNLYSSVWILAFISLDRYLAIVHATNSQRPRKLLAEKVVYVGVWIPALLLTIPDFIFANVSEADDRYICDRFYPNDLWVVVFQFQHIMVGLILPGIVILSCYCIIISKLSHSGSNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYHQKRKALKTTVILILAFFACWLPYYIGISIDSFILLEIIKQGCEFENTVHKWISITEALAFFHCCLNPILYAFL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Structures of the CXCR4 chemokine GPCR with small-molecule and cyclic peptide antagonists.
pubmed doi rcsb
molecule tags Signaling protein, hydrolase
source organism Homo sapiens
molecule keywords C-X-C chemokine receptor type 4, Lysozyme Chimera
total genus 158
structure length 433
sequence length 443
chains with identical sequence B, C
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2010-08-12

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
A PF00001 7tm_1 7 transmembrane receptor (rhodopsin family)
A PF12109 CXCR4_N CXCR4 Chemokine receptor N terminal
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 3oe8A02
1.20.1070.10 Mainly Alpha Up-down Bundle Rhopdopsin 7-helix transmembrane proteins Rhopdopsin 7-helix transmembrane proteins 3oe8A01
127LA 103LA 3HU9A 2M3GA 2Z55A 5B6YA 3QAKA 259LA 4BUOA 155LA 1ZYTA 237LA 5JJJA 1QT3A 3QJTB 1QTBA 2JAGA 1LYJA 126LA 1CUPA 1ZURA 3ABWA 109LA 5G28A 1L45A 150LA 4OV0A 3HTBA 2ANXA 1C6QA 5FJGA 3FI5A 5JJNA 1L60A 1P3NA 3C9LA 187LA 1P8HA 5F8UA 2B6XA 3T45A 1KY0A 131LA 1L28A 2RBPA 120LA 1G0KA 1P5CA 1OWYA 1SWZA 3C8QA 2ANVA 1P8UA 2LNLA 4W51A 3HDFA 1L58A 2R4SA 5A44A 4MQTA 174LA 1F4ZA 4X31A 235LA 4EXMA 1E0PA 3UTXA 1DYCA 112LA 1L89A 1L42A 1L91A 2B70A 4PK0A 1XJIA 3CDRA 2LCBA 1P46A 1L04A 1LYIA 1L27A 1SSWA 2RB2X 3HTDA 3HANA 1T8AA 2L78A 5I14A 4YXCA 3FA0A 4ARMA 192LA 128LA 4G72B 1PQMA 3L64A 3NSBA 130LA 139LA 3NY9A 1DYEA 3ODUA 165LA 195LA 1DYBA 1OWZA 4OO9A 1L02A 4LDLA 4ARPA 1DZEA 251LA 4EPIA 3EH5B 198LA 3VGAA 4BWBA 3LZMA 1KNIA 218LA 196LA 3GUJA 4UG2A 1GU8A 1LI3A 1C64A 1VJMA 4BVNA 236LA 1JV7A 1L43A 1L55A 2YCXA 3ZEVA 3AM6A 2B75A 110LA 1C6CA 4IB4A 1L25A 3G3XA 4GBRB 3S3CB 5B0WA 188LA 3X3BA 5B6VA 1T8FA 1L67A 2RAYX 1CX6A 1L97A 3K2RA 2B6YA 2QB0B 3SBBC 4LDOA 2X72A 2HPYA 144LA 164LA 2HUKA 2YDVA 3NS0A 2LZMA 232LA 2OU0X 3G3WA 3QBGA 142LA 1QS9A 115LA 260LA 256LA 3QJRB 1XIOA 1G1VA 2OU8A 2OE7X 1P8IA 3HU8A 3AYNA 1L0JA 4E97A 1QSQA 253LA 1L03A 3HH5A 4L35A 3A7KA 3GUOA 2YCYA 1L73A 3HASA 3OE8A 1L32A 1WTHA 1C6GA 212LA 3HUAA 1S52A 1X0K1 201LA 1LWGA 5B35A 4TL3A 1S51A 3VHZA 1LYDA 1XEPA 3HUKA 1C65A 1LPYA 1CV4A 3WQJA 1PQJA 4IAQA 205LA 215LA 2NTUA 4W57A 4N4WA 2Q9EA 5H2HA 129LA 169LA 4W56A 3C8SA 1C6BA 3DN8A 3DQBA 1L31A 1VGOA 2I1XA 4BEZA 255LA 3NY8A 1L26A 2F47A 1HZXA 1L46A 4QRYA 4FAAB 3C81A 1C6MA 4J4QA 5AWZA 5TGZA 1L38A 1OV7A 248LA 5J7AA 6LZMA 5B6ZA 2QPDB 1BRXA 1M0KA 1L47A 257LA 3PQRA 5DHHA 1D2WA 5B6WA 3PDSA 1CWQA 122LA 5EN0A 5BR2A 1E12A 3DN4A 3GUKA 1C6KA 4G7SB 4FA7B 5KKHA 1L71A 5ITCA 1QS5A 1L74A 3QJVB 1L75A 1L66A 1LGWA 3SBAA 1P7SA 1C63A 2AT9A 1C6LA 224LA 3HWLA 1CV6A 1PQKA 3UTVA 1PQOA 3V2WA 2ZIYA 1FBBA 1CTWA 3EH4B 5AX0A 1L11A 167LA 1L17A 225LA 2OTYX 1PXSA 3QBIA 1L70A 1QTDA 3SB7A 1LI2A 1BM1A 2B6ZA 2Y03A 3KJ6A 5ITEA 1L05A 249LA 1CU5A 1D3JA 1L80A 5AZDA 2CUUA 1X0SA 1L24A 1LYEA 3QJQB 1GZMA 2HUMA 3ZPQA 1PQIA 1UCQA 1L76A 1S54A 2YDOA 1PY6A 5G54A 1SX7A 157LA 1KMEA 149LA 1L61A 1QSBA 1C62A 1L40A 4I7JA 2Z6BA 1BRRA 4DJHA 2RAZX 1L59A 1L37A 4I7SA 2F93A 3F8VA 4W52A 159LA 170LA 4I7LA 2JAFA 4NC3A 4EKQA 197LA 211LA 1L53A 1LYHA 217LA 1QTVA 1G06A 230LA 2I35A 183LA 2RBRA 4PXKA 3SB9A 162LA 206LA 4ARLA 3CAPA 2Y01A 3QDCA 1CV3A 2B72A 3SN6R 3UG9A 2A4TA 1G0PA 3EMLA 3HH3A 3HARA 1L68A 1L06A 1QUGA 213LA 1R2NA 4WAVA 1LN6A 1L0KA 1F50A 245LA 4ARQA 186LA 1L63A 3REYA 1L85A 3HH4A 4N4YB 252LA 1LWKA 4GYCA 118LA 1CU6A 1D3FA 1L99A 1F88A 3PWHA 3DMXA 3HT6A 250LA 1GUEA 1C68A 3C80A 3QBLA 220LA 3PBLA 1T6HA 2O79A 1U19A 5AX1A 5G2DA 1JQUA 1QT5A 175LA 1P37A 148LE 181LA 2OE4X 1QM8A 5H2OA 4EA3A 1L94A 185LA 1L88A 3HT9A 1L95A 1H68A 209LA 5DYSA 4YXAC 3CDTA 166LA 4PXFA 2RBQA 5B6XA 3L2XA 5DHGA 1KG9A 226LA 151LA 1QUHA 2Q9DA 4YX7C 1L29A 1L39A 1P6YA 1C69A 1KW5A 4GP4B 1IW6A 1QTHA 3CDVA 3C7YA 1G07A 5A8EA 4BEYA 146LA 4N6HA 1L00A 2B74A 4GP5B 3OE9A 1JV6A 1L86A 3VW7A 258LA 2Y04A 4Y9HA 1L07A 5LZMA 1OV5A 1ZWNA 163LA 4K5YA 1L92A 1L30A 1L48A 3EH3B 4W58A 2QPEB 3RZEA 4I7PA 2RBOA 3S3DB 1L0MA 4HYXA 4LZMA 4XXJA 240LA 176LA 2QARC 1QHJA 1L69A 1XJUA 4G70B 1G0QA 4IAPA 1C6TA 1QT4A 161LA 3HDEA 2WJKA 2NTGA 1L52A 2F2QA 1L01A 4I7KA 2I21A 2G87A 228LA 2ZFEA 1IXFA 4EJ4A 3HAOA 1L93A 2KSAA 216LA 1CV1A 102LA 168LA 3SB5A 2ZZLA 3QJSB 1D3NA 3BVDB 5JJEA 3C82A 1L10A 1L18A 4ARMB 104LA 1L49A 3C8RA 1AT9A 5H2PA 1OVJA 1L90A 3GUIA 3VVKA 1L64A 242LA 3HH6A 1C6AA 1D9WA 1Q5JA 5G2CA 4XT1A 5B2NA 1L72A 3NYAA 2OU9A 4S0WA 1LI6A 1UAZA 1XMEB 1QT6A 1P56A 3HAQA 147LA 160LA 1L35A 1LYFA 1QTCA 238LA 246LA 3D4SA 3DN0A 3DN1A 4ARQB 1CVKA 2B73A 1C67A 1L44A 1OVKA 2F32A 4I7NA 1CU2A 4MQSA 1DYFA 3COCA 1L82A 4EKPA 1QTZA 4W55A 3RFMA 4A4MA 4W53A 2L6XA 138LA 1L33A 4GBRA 1JTNA 5LWEA 4EKSA 3UONA 1SSYA 1CV5A 1L65A 3P0GA 3C7WA 2LC9A 231LA 3AYMA 2PEDA 3CDQA 3OE0A 1D2YA 3ZPRA 1P2LA 3C83A 214LA 3QBKA 3QJUB 3HT7A 1TN0A 184LA 2B6WA 3OE6A 4DAJA 1BRDA 4JKVA 4AQNA 4UHRA 1X0I1 4GP8B 1L84A 1QUOA 3UZCA 2WJLA 1CU0A 4GRVA 125LA 1L36A 2IGCA 1QT7A 3GUMA 1C66A 1IW9A 1KG8A 2EI4A 1G0MA 4KNFA 1QKPA 4XT3A 5H2IA 5B34A 3UTYA 1TLAA 3UZAA 2NTWA 1T97A 1C6DA 1QT8A 1OVHA 2NTHA 4I7QA 1JGJA 5AHZA 4JR8A 4X1HA 1CU3A 4XTNA 2R4RA 4I7TA 4IARA 3CODA 1TN5A 3VI0A 1NHBA 4W54A 4AMJA 140LA 3V2YA 4ARJA 3S8FB 1C60A 3DDLA 4HWLA 1LGUA 229LA 210LA 3DN2A 4QI1A 1LYGA 3GULA 2B7XA 1KW7A 2HULA 1L23A 1KY1A 2RB0X 3C7ZA 5H2KA 2OTZX 1C61A 3SB8A 3G3VA 1OYUA 1C6JA 4XTOA 114LA 1C6PA 1KS3A 1K28A 1D3MA 1H2SA 1L41A 3FADA 4JQ6A 3RUNA 4LDEA 1L54A 244LA 152LA 1L98A 2OEAX 3SB6A 1C6EA 4EIYA 3GUPA 1SWYA 3S8GB 1P64A 156LA 1DYGA 3HT8A 1L62A 143LA 4FBZA 3S3BB 3X3CA 158LA 1G1WA 1P36A 4W59A 4G7QB 113LA 1T8GA 1QKOA 1C6FA 4FPDA 1L50A 1L81A 189LA 1DYAA 262LA 2VT4A 1L83A 3HUQA 1L22A 1Q5IA 5G2AA 2YCZA 233LA 3HTFA 4X32A 191LA 1L09A 4I7RA 1PXRA 171LA 4ZPUA 2I20A 1L51A 2RBSA 241LA 4G7RB 1L79A 2O4WA 177LA 3UTWA 2F95A 3OAXA 1L12A 4DKLA 1CUQA 111LA 1L9HA 1MGYA 1FBKA 1S8LA 2KSBA 182LA 1C6HA 1L13A 3C9MA 1EPYA 4XTLA 1L20A 123LA 2O7AA 173LA 2KSYA 4KLYA 108LA 5G36A 1B6IA 1PQDA 227LA 2J4YA 190LA 3VG9A 2Y00A 1L08A 1KGBA 4I7MA 3QAPA 1C6NA 2Y02A 1G0JA 3DMVA 199LA 223LA 2B6TA 1C8SA 1L14A 1M0LA 1O0AA 3F9LA 5BR5A 5H2MA 1LW9A 3DNAA 1L15A 3PXOA 3JR6A 1EHKB 172LA 1LGXA 1M0MA 1XJTA 4EKRA 3DN3A 1JFPA 4L6RA 1I6SA 4I7OA 2BRDA 1L56A 5A45A 1P2RA 1L16A 243LA 7LZMA 3HTGA 1S8JA 4HYJA 3HAPA 4GPOA 1L77A 219LA 1L34A 2RB1X 1C3WA 141LA 234LA 3DMZA 2RBNA 2Z73A 2RH1A 107LA 254LA 3GUNA 1CX7A 222LA 5C1MA 137LA 178LA 1G0LA 3DN6A 1C6IA 5G53A 4G71B 1CV0A 5H2JA 5H2LA 247LA 4MD2A 5H2NA 3CDOA 239LA 1AP9A 5AHYA 5ETZA 1LLHA 221LA 4AMIA 119LA 1L87A 1L96A 4EPFA 4QIDA 1S53A 145LA 1G0GA 1JTMA 4WW3A 4MBSA 3MBVA 2YCWA 1L21A 200LA 4MD1A 1SX2A 1C8RA 1QUDA 1DYDA 3DKEX 4PJZA 1R84A 4BV0A 2OE9X 180LA 2KS9A 1L19A 261LA 1L57A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
127LA 4R6CA 3HU9A 5I4YA 3A93A 2Z55A 155LA 1ALCA 5JJJA 1HFYA 1LJHA 5KXMA 1GF4A 1LMNA 1LYJA 1CUPA 1ZURA 7LYZA 3ABWA 5G28A 150LA 3HTBA 1C10A 1L60A 1P3NA 187LA 2EPEA 1P8HA 1XGPC 3T45A 2D4KA 5LAGA 1P5CA 1OWYA 3B0KA 2LNLA 2DQEY 4PRQA 3HDFA 4XJFA 5A44A 1F4ZA 4X31A 1EL1A 3WUAA 112LA 1L89A 1XJIA 1HEPA 1P46A 135LA 1B2KA 3LYOA 4YXCA 128LA 4G72B 2BQOA 1PQMA 4ET8A 2H5ZA 5LXWA 2BAAA 4OO9A 3N9EA 1NQIA 1LMCA 5C6LA 1DZEA 4B4IA 4EPIA 3EH5B 3T36A 4BWBA 1ZVHL 4H8ZA 4DQ5A 4NGLA 4UG2A 5LVHA 1JV7A 1OUIA 2B75A 4IB4A 1L25A 5B0WA 188LA 2IHLA 1T8FA 1XGUC 2B6YA 2QB0B 3SBBC 144LA 3NS0A 115LA 1B7LA 256LA 1IWXA 5B05A 2OU8A 4PJ2C 2B5ZA 1LHMA 3HU8A 1HF4A 3AYNA 5HMVA 1IWVA 5APDA 2BQAA 1A4VA 3HH5A 2EKSC 1KIPC 1OUEA 2YCYA 1L73A 3HASA 1AT5A 1LZCA 1X0K1 1LWGA 4RW1A 1LYDA 1CV4A 3WQJA 4YM8A 5M1YA 215LA 4N4WA 1CKDA 3C8SA 1QTEA 3DQBA 4DD9A 255LA 1LSBA 4B49A 1OP9B 4H1PA 5AWZA 5TGZA 1OV7A 4LZTA 1BRXA 3B0OA 1FDLY 4NWHA 4ZEEA 1D2WA 3PDSA 1NDMC 5KJ9A 5EN0A 3DN4A 1C6KA 3IJVA 1QS5A 5KXKA 1CJ6A 4TSBA 3SBAA 2AT9A 4RLNA 1LCNA 1CV6A 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 4MD2 A;  5H2N A;  3CDO A;  239L A;  1AP9 A;  5AHY A;  5ETZ A;  1LLH A;  221L A;  4AMI A;  119L A;  1L87 A;  1L96 A;  4EPF A;  4QID A;  1S53 A;  145L A;  1G0G A;  1JTM A;  4WW3 A;  4MBS A;  3MBV A;  2YCW A;  1L21 A;  200L A;  4MD1 A;  1SX2 A;  1C8R A;  1QUD A;  1DYD A;  3DKE X;  4PJZ A;  1R84 A;  4BV0 A;  2OE9 X;  180L A;  2KS9 A;  1L19 A;  261L A;  1L57 A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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