3OE9A

Crystal structure of the chemokine cxcr4 receptor in complex with a small molecule antagonist it1t in p1 spacegroup
Total Genus 137
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
137
sequence length
437
structure length
420
Chain Sequence
CFRNFNKIFLPTIYSIIFLTGIVGNGLVILVMGYQKKLRSMTDKYRLHLSVADLLFVITLPFWAVDAVANWYFGNFLCKAVHVIYTVNLYSSVWILAFISLDRYLAIVHATNSQRPRKLLAEKVVYVGVWIPALLLTIPDFIFANVSEADDRYICDRFYPNDLWVVVFQFQHIMVGLILPGIVILSCYCIIISKLSHNIFEMLRIDEGLRLKIYKGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYKALKPTVILILAFFACWLPYYIGISIDSFILLEIIKCEFENTVHKWISITEALAFFHCCLNPILYA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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publication title Structures of the CXCR4 chemokine GPCR with small-molecule and cyclic peptide antagonists.
pubmed doi rcsb
molecule keywords C-X-C chemokine receptor type 4, Lysozyme Chimera
molecule tags Signaling protein, hydrolase
source organism Homo sapiens
total genus 137
structure length 420
sequence length 437
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2010-08-12

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
A PF00001 7tm_1 7 transmembrane receptor (rhodopsin family)
A PF12109 CXCR4_N CXCR4 Chemokine receptor N terminal
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 3oe9A02
1.20.1070.10 Mainly Alpha Up-down Bundle Rhopdopsin 7-helix transmembrane proteins Rhopdopsin 7-helix transmembrane proteins 3oe9A01
1DYCA 3SB5A 5B0WA 1L22A 239LA 169LA 3DN3A 214LA 1D3FA 5AHYA 1OVKA 1L01A 160LA 254LA 1IW9A 5KKHA 4MD2A 5LZMA 1L08A 2RBQA 1L68A 229LA 1JFPA 3C80A 141LA 1SX2A 3V2WA 2QPDB 3SB8A 3WQJA 1L69A 198LA 1T8FA 5C1MA 182LA 1L31A 3HT6A 1BRDA 2RBPA 4N4WA 1CWQA 3UZAA 244LA 1G0PA 2B70A 2HUMA 3UG9A 1LGUA 1JV6A 2OEAX 3HT9A 4HWLA 4JR8A 1L44A 2Y01A 5H2LA 1L16A 144LA 1L27A 4W57A 4MQTA 1C8RA 1D9WA 4BVNA 175LA 2B6WA 1CX6A 1QSBA 1ZURA 2RH1A 157LA 1XJTA 1JGJA 1SSYA 4ARPA 1KY0A 177LA 3FA0A 1QUDA 1CU2A 1SWZA 189LA 1C8SA 172LA 255LA 4W55A 4BEYA 3DN0A 3ODUA 1CU6A 4AMJA 3HDFA 1C6QA 104LA 2B75A 1L89A 1L48A 163LA 4TL3A 5A45A 1L20A 4X1HA 1L61A 3BVDB 1QTBA 215LA 4GP4B 3OE9A 4GRVA 4QI1A 3S8FB 4BUOA 145LA 181LA 2R4SA 1X0K1 2B72A 5H2IA 1L30A 3GUJA 1C6EA 4L6RA 1L04A 236LA 2NTGA 1L91A 137LA 246LA 176LA 1Q5JA 1L51A 1L59A 1L90A 217LA 146LA 1C68A 1CV3A 1QT6A 3DN6A 4XTLA 3HAOA 3T45A 3X3BA 4XT3A 5AX0A 3EMLA 3HH4A 1P8IA 2VT4A 1P2RA 3CDVA 1L88A 1L06A 1JV7A 114LA 1QT4A 250LA 2B6XA 201LA 3FADA 1L11A 4PK0A 2J4YA 3VGAA 3MBVA 1KG9A 4I7RA 125LA 2OE4X 1L60A 1KY1A 1D3NA 3HTGA 1E12A 1X0SA 3QJVB 138LA 142LA 2PEDA 4XTNA 1I6SA 258LA 2JAGA 1C6JA 1GUEA 131LA 1C6MA 4FA7B 3DKEX 1L63A 1G0KA 4EPIA 2I1XA 1VGOA 1L26A 3PDSA 174LA 213LA 1G1WA 1L95A 4I7TA 3KJ6A 4I7OA 4MBSA 113LA 3X3CA 107LA 210LA 4WAVA 4I7PA 1C6LA 223LA 2I20A 2NTHA 1P37A 1IXFA 2A4TA 5H2KA 4GPOA 3S3BB 2B73A 3RUNA 2B6TA 1L70A 1L25A 1QSQA 3SBBC 3AYMA 3S3CB 1G07A 178LA 1QUOA 3L64A 1LWKA 1P6YA 1CV6A 147LA 1XMEB 186LA 1LLHA 2Y04A 128LA 1P5CA 3DMZA 1L33A 1P8HA 3DDLA 4PXKA 1G0MA 1PQIA 171LA 3GUMA 1PXRA 3HAQA 1H68A 2RB2X 4NC3A 5AHZA 3S8GB 4G7QB 3PQRA 1L38A 1L77A 2F2QA 4G7SB 261LA 1GU8A 4W59A 5J7AA 5B6YA 2G87A 241LA 4LDOA 234LA 2RAYX 1L03A 4PXFA 5BR2A 110LA 1BRXA 5A8EA 1L13A 1QHJA 1L35A 1LI3A 3HT8A 103LA 225LA 2HPYA 1L07A 3D4SA 1S8JA 1OWZA 262LA 3QAPA 4BWBA 4L35A 1SSWA 1DYBA 1G0QA 4IARA 180LA 129LA 1L71A 231LA 220LA 1E0PA 1L0JA 2O7AA 4FBZA 185LA 1LYDA 187LA 3QAKA 1LYHA 4MQSA 218LA 3SB9A 1L21A 1OYUA 1S52A 1LGWA 2KSBA 3HUQA 5JJNA 1DZEA 5ITEA 2AT9A 5B6XA 4GBRA 1KW7A 4ZPUA 1C6PA 206LA 3DN8A 4EIYA 127LA 143LA 1C6DA 1L32A 199LA 3HUAA 1LI6A 2Y03A 1C61A 2X72A 1C6TA 3GUKA 3QJQB 3PBLA 161LA 2RB1X 222LA 1QTDA 1T8GA 260LA 2F47A 2NTUA 1CV0A 1KMEA 4Y9HA 5EN0A 1L40A 3NY9A 4YXAC 148LE 1S8LA 1EHKB 2NTWA 1CU0A 1G06A 2KS9A 4X31A 1L58A 2R4RA 3G3XA 1DYDA 1R2NA 1KNIA 2YCZA 3HAPA 3QBGA 2OE7X 5AZDA 2KSAA 1P36A 1SWYA 4PJZA 4G7RB 4WW3A 1G1VA 1P64A 1C63A 4I7KA 1L09A 2LZMA 1P3NA 1L29A 1L92A 1QS9A 183LA 3C7ZA 2B74A 3SB6A 3V2YA 1L55A 7LZMA 3CAPA 1PQKA 1L86A 242LA 2Z6BA 2YCWA 1LGXA 1ZWNA 2HUKA 1D3MA 4LDLA 3SN6R 5AX1A 156LA 1C6HA 1C64A 120LA 168LA 3DN2A 5DHHA 1L66A 1CV5A 1LPYA 118LA 2QB0B 4EKRA 3COCA 1L99A 1L76A 1L0MA 2L6XA 4ARQB 1L53A 1D2YA 3QBLA 2B6ZA 4JKVA 5F8UA 4W53A 3OE6A 5G53A 184LA 1OV7A 2OU9A 5G2DA 1PXSA 3OAXA 1P46A 140LA 188LA 164LA 1L64A 3VW7A 1XJIA 2F32A 2YDOA 3QBKA 1L67A 1C6AA 1NHBA 3UONA 5I14A 1UCQA 1L57A 4W56A 2LCBA 5H2HA 2I35A 5G54A 4HYJA 1P8UA 1C60A 3ABWA 1L84A 4XT1A 211LA 4BEZA 1F88A 4AMIA 1L17A 4W51A 5ETZA 1LYFA 2OE9X 2RBSA 3C7WA 3CODA 4I7SA 1G0JA 1L10A 1CU5A 6LZMA 1C6IA 1QTVA 2KSYA 2Q9DA 3HU8A 1C6BA 1JTNA 1OV5A 4YX7C 3EH3B 111LA 1CV1A 3VI0A 249LA 1PQJA 2OTZX 3K2RA 1TN0A 1L56A 1C6CA 1T6HA 245LA 4YXCA 4XXJA 4DAJA 1L34A 108LA 3P0GA 4MD1A 2YCXA 1QT7A 4G70B 2OTYX 1Q5IA 3VVKA 130LA 4AQNA 1ZYTA 1QM8A 1WTHA 3VG9A 3HASA 1L72A 5B2NA 2OU0X 3C8QA 1VJMA 4LDEA 4G71B 122LA 1OVJA 4XTOA 1FBBA 3C9LA 1MGYA 1L37A 1TN5A 3UTVA 1L14A 1L94A 2HULA 4S0WA 1L85A 1C66A 3DNAA 227LA 3SB7A 191LA 1R84A 3HANA 1OVHA 1EPYA 1QKOA 1L50A 1XIOA 1C6GA 5H2PA 1L02A 155LA 1LYEA 3QBIA 2QARC 4G72B 190LA 170LA 1CTWA 3HTBA 2F93A 248LA 1L73A 197LA 3EH5B 4HYXA 5DHGA 5ITCA 3HUKA 3SBAA 4W58A 4OO9A 3G3WA 4IAQA 4IB4A 4KLYA 5B34A 3UTWA 4BV0A 3DQBA 4N6HA 252LA 4ARJA 2B6YA 4ARLA 5AWZA 5G28A 2EI4A 3REYA 1L80A 226LA 2YDVA 1L24A 3JR6A 3DN1A 1L96A 3UTYA 3CDRA 2WJKA 4QRYA 3FI5A 4KNFA 1QTZA 159LA 1L54A 3HH5A 4FAAB 2LNLA 209LA 150LA 3C82A 165LA 4IAPA 1L52A 3QJUB 5H2JA 1C69A 1L49A 5LWEA 1F4ZA 139LA 1L15A 3HDEA 1CUQA 1LN6A 3RZEA 1UAZA 3C9MA 3C7YA 3G3VA 4EA3A 1XJUA 3GUNA 3HWLA 1G0GA 195LA 3F8VA 3HH3A 1L98A 151LA 3DN4A 1PQOA 3NS0A 3A7KA 1CX7A 1L36A 162LA 3OE0A 1GZMA 2I21A 3OE8A 1L42A 1L75A 3NSBA 4A4MA 4ARQA 1L41A 3HU9A 3F9LA 1SX7A 2RB0X 4I7QA 3QJRB 1L45A 1QT3A 3C8SA 1C3WA 2O4WA 1L19A 4K5YA 1L23A 1F50A 2F95A 1S54A 1L81A 1CVKA 2Q9EA 2Z55A 3DMVA 1X0I1 1TLAA 1L28A 5G2AA 4UG2A 4EJ4A 3S3DB 3L2XA 2ZZLA 1C65A 1L0KA 5JJJA 1L18A 1KGBA 1IW6A 228LA 2ANXA 1LYIA 115LA 4ARMB 1AT9A 2Y00A 1D2WA 123LA 192LA 5B35A 212LA 4LZMA 5TGZA 4W54A 1L97A 4GBRB 5BR5A 4I7JA 4GP5B 1PQDA 2OU8A 173LA 1QUHA 2LC9A 3CDQA 1O0AA 1K28A 1S53A 3EH4B 253LA 4J4QA 1QT5A 259LA 2L78A 1XEPA 1PY6A 5DYSA 2B7XA 4DKLA 3LZMA 3HT7A 1L39A 3GUOA 4N4YB 2RBRA 1LI2A 158LA 109LA 1G0LA 2CUUA 5H2MA 1KS3A 251LA 119LA 112LA 1OWYA 3NY8A 3RFMA 1L12A 1CUPA 5A44A 2RBNA 243LA 3HARA 4FPDA 3GUPA 1L00A 1L74A 1QT8A 102LA 221LA 1DYAA 1LW9A 237LA 4UHRA 5G2CA 216LA 1P56A 1QUGA 4E97A 1L47A 3VHZA 1C62A 3UZCA 2O79A 1H2SA 2JAFA 233LA 126LA 4W52A 152LA 3UTXA 1L83A 1M0LA 3GUIA 3AM6A 1KG8A 1T8AA 1FBKA 1DYFA 196LA 1C67A 1L46A 205LA 5B6WA 1CV4A 2M3GA 2QPEB 1DYEA 3GULA 3PWHA 232LA 1BRRA 1BM1A 1JQUA 3ZPQA 3ZPRA 3PXOA 2RBOA 1DYGA 1QTHA 1LYJA 4DJHA 1B6IA 3CDTA 1C6KA 1D3JA 2YCYA 4QIDA 5FJGA 5H2OA 1U19A 1L62A 1QS5A 1P2LA 235LA 3C83A 2BRDA 2ANVA 3QDCA 2ZIYA 1JTMA 3QJTB 3ZEVA 1M0MA 4EKSA 1LYGA 219LA 3HH6A 1S51A 4I7MA 4GP8B 1L82A 1L65A 4EKPA 256LA 4EKQA 149LA 1L9HA 1L79A 238LA 4GYCA 3C81A 1HZXA 1CU3A 1QKPA 2ZFEA 1QTCA 1C6FA 1L93A 4JQ6A 167LA 3HTDA 5JJEA 3HTFA 2Z73A 4EXMA 3C8RA 3AYNA 4X32A 1C6NA 4EPFA 230LA 247LA 3CDOA 224LA 4I7LA 240LA 257LA 2IGCA 3NYAA 1AP9A 1T97A 200LA 2WJLA 1LWGA 5H2NA 1P7SA 1M0KA 3QJSB 166LA 5G36A 1L05A 1L43A 1KW5A 1L87A 2RAZX 4I7NA 1PQMA 4ARMA 4OV0A 2Y02A 5B6ZA 5B6VA 3DMXA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3WUMA 1DYCA 3AZ5A 1GE1A 1IORA 1D3FA 5AHYA 1UACY 2YBLA 4LGKA 2LYOA 4HPIA 1HF4A 2RBQA 1JFPA 3W6FA 141LA 2X0AA 3A90A 182LA 5I53A 1HMKA 2RBPA 4DT3A 4N4WA 1UCOA 5FDJA 1FLYA 2HUMA 1G0PA 5E9RA 4NGYA 2BQNA 4QGZA 4HWLA 4JR8A 1L44A 2Y01A 4AXTA 4W57A 5KXWA 1B7MA 5I4YA 1QSBA 1ZURA 3D3DA 1SSYA 3CSQA 1KY0A 4NG8A 4NHPA 177LA 1G7MC 1QUSA 1QUDA 3LYOA 1CU2A 189LA 2HU3A 4W55A 2HEDA 4U3XB 3HDFA 5A3EA 1QTKA 2B75A 1L89A 1UA6Y 5A45A 4GCEA 4X1HA 4QI1A 215LA 1IC5Y 4OOOA 1X0K1 4G49A 2NTGA 137LA 246LA 3WH1A 1Q5JA 1LZ5A 1L51A 1L59A 4XTLA 146LA 1QT6A 2EIZC 4ET8A 5HLLA 4XT3A 5AX0A 3EMLA 1P8IA 1L06A 1QT4A 1VDQA 3FADA 3FE0A 4GLVA 3MBVA 3A6CY 1G7JC 125LA 153LA 4H90A 1L60A 4LYTA 1E12A 1X0SA 1LSAA 3TXGA 1GUEA 1TBYA 1TEWA 4HV2A 4I7TA 213LA 4MBSA 3X3CA 210LA 1GFHA 4UWVA 4I7PA 2I20A 1LHIA 1ALCA 1IXFA 2MEHA 3SBBC 1P6YA 147LA 1XMEB 5HMVA 1SLYA 1LLHA 1P8HA 2D4KA 3CT1A 5M1YA 1LZCA 4KXIA 4G7QB 1L77A 1IP7A 2F2QA 4ET9A 1AT6A 5J7AA 4GN4A 1QTEA 3B72A 234LA 1GDXA 1DXJA 4PXFA 103LA 3CT0A 1S8JA 3D4SA 4BWBA 1DYBA 1G7IC 1GFJA 1JKDA 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 3HAR A;  4FPD A;  3GUP A;  1L00 A;  1L74 A;  1QT8 A;  102L A;  221L A;  1DYA A;  1LW9 A;  237L A;  4UHR A;  5G2C A;  216L A;  1P56 A;  1QUG A;  4E97 A;  1L47 A;  3VHZ A;  1C62 A;  3UZC A;  2O79 A;  1H2S A;  2JAF A;  233L A;  126L A;  4W52 A;  152L A;  3UTX A;  1L83 A;  1M0L A;  3GUI A;  3AM6 A;  1KG8 A;  1T8A A;  1FBK A;  1DYF A;  196L A;  1C67 A;  1L46 A;  205L A;  5B6W A;  1CV4 A;  2M3G A;  2QPE B;  1DYE A;  3GUL A;  3PWH A;  232L A;  1BRR A;  1BM1 A;  1JQU A;  3ZPQ A;  3ZPR A;  3PXO A;  2RBO A;  1DYG A;  1QTH A;  1LYJ A;  4DJH A;  1B6I A;  3CDT A;  1C6K A;  1D3J A;  2YCY A;  4QID A;  5FJG A;  5H2O A;  1U19 A;  1L62 A;  1QS5 A;  1P2L A;  235L A;  3C83 A;  2BRD A;  2ANV A;  3QDC A;  2ZIY A;  1JTM A;  3QJT B;  3ZEV A;  1M0M A;  4EKS A;  1LYG A;  219L A;  3HH6 A;  1S51 A;  4I7M A;  4GP8 B;  1L82 A;  1L65 A;  4EKP A;  256L A;  4EKQ A;  149L A;  1L9H A;  1L79 A;  238L A;  4GYC A;  3C81 A;  1HZX A;  1CU3 A;  1QKP A;  2ZFE A;  1QTC A;  1C6F A;  1L93 A;  4JQ6 A;  167L A;  3HTD A;  5JJE A;  3HTF A;  2Z73 A;  4EXM A;  3C8R A;  3AYN A;  4X32 A;  1C6N A;  4EPF A;  230L A;  247L A;  3CDO A;  224L A;  4I7L A;  240L A;  257L A;  2IGC A;  3NYA A;  1AP9 A;  1T97 A;  200L A;  2WJL A;  1LWG A;  5H2N A;  1P7S A;  1M0K A;  3QJS B;  166L A;  5G36 A;  1L05 A;  1L43 A;  1KW5 A;  1L87 A;  2RAZ X;  4I7N A;  1PQM A;  4ARM A;  4OV0 A;  2Y02 A;  5B6Z A;  5B6V A;  3DMX A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
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