3V2WA

Crystal structure of a lipid g protein-coupled receptor at 3.35a
Total Genus 151
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
151
sequence length
456
structure length
442
Chain Sequence
SDYVNYDIIVRHYNYTGKLNISALTSVVFILICCFIILENIFVLLTIWKTKKFHRPMYYFIGNLALSDLLAGVAYTANLLLSGATTYKLTPAQWFLREGSMFVALSASVFSLLAIAIERYITMLKNNFRLFLLISACWVISLILGGLPIMGWNCISALSSCSTVLPLYHKHYILFCTTVFTLLLLSIVILYCRIYSLVRTRNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYASRSSENVALLKTVIIVLSVFIACWAPLFILLLLDVGCKVKTCDILFRAEYFLVLAVLNSGTNPIIYTLTNKEMRRAFIRI
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Crystal structure of a lipid G protein-coupled receptor.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Sphingosine 1-phosphate receptor 1, Lysozyme chimera
molecule tags Hydrolase
source organism Homo sapiens
total genus 151
structure length 442
sequence length 456
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2011-12-12

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
A PF00001 7tm_1 7 transmembrane receptor (rhodopsin family)
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 3v2wA02
1.20.1070.10 Mainly Alpha Up-down Bundle Rhopdopsin 7-helix transmembrane proteins Rhopdopsin 7-helix transmembrane proteins 3v2wA01
1C61A 2NTHA 4ARJA 1XIOA 2L78A 3GUNA 244LA 2B6TA 1CVKA 4EPFA 4GBRA 1L0MA 5JJJA 157LA 4W54A 1L53A 1L79A 1QTBA 1P6YA 1L43A 221LA 4L6RA 206LA 1GU8A 7LZMA 1L50A 2YCZA 5ITEA 1E0PA 231LA 3REYA 1C68A 3HAPA 3EMLA 3NS0A 1SWYA 3DN0A 162LA 4YXAC 128LA 1PQDA 1FBKA 1L02A 5B6VA 1SX7A 1H68A 2LNLA 1SSYA 2RH1A 4WAVA 5H2JA 3ZPRA 1L96A 1UAZA 1L52A 4EKSA 2B6ZA 104LA 1L0JA 6LZMA 2OEAX 1L23A 4EA3A 3DMVA 2A4TA 1L09A 167LA 1CU5A 1QSQA 3NYAA 1L84A 1C67A 130LA 3P0GA 4KLYA 3S8GB 1C6FA 1L41A 3L64A 112LA 4XTNA 3SB9A 3GUIA 1PQMA 1KG9A 2O7AA 4GP4B 212LA 3HTGA 252LA 2G87A 1L51A 225LA 242LA 3HDEA 4I7RA 2WJKA 189LA 1C3WA 2YDVA 4I7PA 3X3CA 1QHJA 1L82A 2F95A 3QJSB 2NTUA 2RB2X 2JAGA 1Q5JA 1L56A 3HTDA 4WW3A 250LA 1C66A 4UHRA 2QB0B 1C6EA 5KKHA 201LA 4I7JA 3GUOA 1IXFA 113LA 4BEYA 5H2KA 198LA 3GULA 1KG8A 226LA 127LA 1L88A 4FA7B 2PEDA 218LA 1X0K1 139LA 3MBVA 4MQTA 1CTWA 3DKEX 166LA 183LA 3F8VA 2ZFEA 3QJTB 2B72A 1L30A 111LA 1P2LA 1L93A 3C8QA 1DZEA 3HH6A 261LA 4DAJA 3G3VA 1QT6A 5G2CA 2I35A 110LA 141LA 146LA 1L16A 3BVDB 4MBSA 1H2SA 1C6DA 4BUOA 1C6IA 253LA 1KY1A 1L24A 4GYCA 3OAXA 1KGBA 1C6MA 1OYUA 2OE4X 2QPDB 2ZZLA 2YCXA 2Q9EA 1CU3A 1L39A 232LA 1LI3A 5G54A 1D2WA 1L27A 215LA 1L94A 222LA 3PXOA 1CWQA 1QTHA 4J4QA 149LA 3OE8A 3DDLA 5TGZA 1P36A 257LA 3FA0A 4E97A 4BEZA 1XEPA 2F2QA 1L29A 176LA 3GUJA 1F88A 1D2YA 3RZEA 1LYFA 228LA 4W51A 1QSBA 3QBIA 4N4WA 3T45A 1P56A 5B6YA 1CV5A 1DYDA 1P64A 3RUNA 1C62A 5H2PA 1PQIA 4AMJA 4W53A 5EN0A 1JQUA 3S8FB 5F8UA 1PXRA 4G70B 1CX7A 1LYJA 4X31A 1JTMA 1L22A 1L55A 1CU0A 1L61A 224LA 3VHZA 4GP5B 5A44A 3D4SA 1L69A 1QT5A 3HUQA 3DN2A 3FADA 1EPYA 1L71A 164LA 1KMEA 1QTCA 1C6KA 1L03A 1LLHA 1LYHA 3C80A 2L6XA 213LA 4XTLA 1JGJA 1D3JA 3G3WA 1C6NA 3A7KA 3GUPA 2RAZX 1L44A 1L18A 1L65A 1KY0A 4I7QA 1L70A 3GUKA 140LA 1G0JA 1L14A 3HT8A 211LA 3HTBA 4MD2A 2M3GA 3SB8A 2JAFA 1O0AA 1D3FA 143LA 1LYGA 4GRVA 3HUKA 2I1XA 3HH4A 1C6HA 5DHHA 5A45A 1C6BA 227LA 2B6WA 2R4SA 173LA 4I7SA 4I7TA 2OU8A 5G28A 152LA 4YX7C 238LA 236LA 3SBBC 119LA 1L67A 2OU0X 4AMIA 3PQRA 123LA 190LA 185LA 1C6JA 1SSWA 192LA 1T97A 1P2RA 3NSBA 1LN6A 4JQ6A 3VG9A 1L19A 3HASA 3C8SA 1L49A 2HPYA 3QJRB 1LPYA 4ARMA 3SB6A 4A4MA 3PBLA 5B6ZA 5BR5A 1CU6A 1CV6A 1G0LA 2RBNA 4XXJA 2OTZX 3C9LA 2IGCA 3DN6A 2Q9DA 1OVJA 2RB0X 1VGOA 1QKPA 4YXCA 3C7ZA 3F9LA 2BRDA 248LA 3DN4A 138LA 1C6GA 4ARQB 4W52A 3CODA 1LYIA 4PXKA 1LWKA 1L08A 2OE9X 4HYXA 5B34A 4ZPUA 1S52A 4IAPA 1D3MA 1L76A 216LA 3C81A 3DNAA 4W59A 171LA 1KW5A 1T6HA 102LA 1QTVA 4DKLA 3C7WA 1L73A 1L77A 254LA 2RBRA 2Z73A 1QS9A 1X0SA 1PY6A 4MQSA 4PXFA 1L48A 3HDFA 1XMEB 4IAQA 1DYBA 3HTFA 1JV7A 1P46A 1FBBA 2X72A 3CDTA 1L45A 239LA 2HULA 1L54A 2O4WA 156LA 3JR6A 3UONA 1CV1A 3DN3A 209LA 1TN0A 4GP8B 4XT1A 1L32A 1PXSA 4QRYA 4W55A 1M0KA 5H2NA 1DYGA 1BRRA 230LA 2I21A 4X32A 4BWBA 1L97A 1TLAA 188LA 2Y02A 2YCWA 159LA 1L10A 3ZEVA 1U19A 4N4YB 4G71B 5B35A 142LA 1L26A 4UG2A 1GUEA 1C64A 3HT9A 4EKPA 1JFPA 4FAAB 3HAQA 4G7QB 1Q5IA 5G2AA 1OV7A 2OE7X 195LA 1L75A 1P8IA 1C6QA 3AYNA 5H2HA 1L20A 4EIYA 5JJEA 5B6WA 3HU9A 4W58A 2WJLA 2Y03A 5LWEA 2B70A 2LC9A 5H2LA 1L33A 1C8RA 125LA 5I14A 1P5CA 249LA 1CV4A 1QTDA 2RBQA 4I7OA 4EJ4A 4EKQA 2YDOA 103LA 1BRXA 2EI4A 1L15A 1LI6A 233LA 3V2WA 1AP9A 1IW9A 145LA 2RAYX 5G36A 2QPEB 1LWGA 161LA 240LA 1XJUA 1L17A 200LA 1M0LA 1UCQA 3PDSA 3X3BA 1S8LA 1D3NA 2HUMA 3QDCA 205LA 210LA 3SN6R 5AWZA 4X1HA 1QM8A 1CUQA 2QARC 1LI2A 2VT4A 3KJ6A 180LA 1S51A 4GPOA 5AX0A 165LA 155LA 1L99A 1G0KA 5G2DA 1L87A 4I7LA 1L68A 245LA 1OWYA 2B75A 1VJMA 3S3CB 2Z6BA 199LA 4HYJA 178LA 4GBRB 1F4ZA 1P8UA 3CDRA 1AT9A 3UTVA 1L86A 1LYDA 1L74A 1NHBA 1L42A 1C63A 3CAPA 4S0WA 217LA 1QTZA 5AX1A 1G0GA 3UG9A 2F32A 182LA 3OE6A 3OE9A 1F50A 2AT9A 2Y01A 151LA 1PQOA 5C1MA 1L72A 1P37A 3HARA 172LA 1QUDA 2Y00A 170LA 3C8RA 1G0MA 2ZIYA 3HU8A 1L89A 1L05A 181LA 1QS5A 2J4YA 4IB4A 4XTOA 1BM1A 1L12A 2F93A 1OV5A 1C65A 1CX6A 3C82A 5ITCA 1DYCA 4ARMB 1C6PA 120LA 1L25A 1DYAA 1D9WA 1LGXA 163LA 4ARPA 5BR2A 4BV0A 1L35A 1S8JA 5H2OA 219LA 258LA 3C9MA 1G0PA 1L38A 5H2IA 3HT7A 5A8EA 118LA 2KS9A 1C6CA 5G53A 1X0I1 3HWLA 1DYEA 5H2MA 2YCYA 3EH3B 1PQJA 1C69A 2NTGA 3QJUB 4XT3A 1XJTA 1L11A 1CV0A 1QT8A 1QUOA 1G07A 1L01A 1L36A 1ZYTA 1KNIA 4I7MA 3HUAA 4W56A 4I7KA 3DN8A 3DMZA 5ETZA 2OU9A 3AYMA 1R84A 5AZDA 1OVHA 3PWHA 5B2NA 2NTWA 1P8HA 3CDOA 147LA 191LA 259LA 1M0MA 1DYFA 234LA 1L21A 1SX2A 1C6AA 1IW6A 1LW9A 4G72B 3VGAA 2HUKA 2RBSA 5AHZA 1L91A 3HH3A 1L98A 4G7SB 1QT4A 1L47A 1T8AA 4DJHA 5B0WA 5LZMA 137LA 1L63A 3ODUA 5DHGA 2KSYA 4EPIA 168LA 1P3NA 2LZMA 3DN1A 1JV6A 1E12A 1L46A 3WQJA 115LA 1L37A 187LA 1G0QA 3QBGA 1CV3A 4LDLA 1L13A 3QJQB 1LGWA 174LA 131LA 214LA 2B73A 148LE 1L0KA 1L28A 3QJVB 4L35A 2OTYX 3DMXA 4AQNA 262LA 1T8GA 129LA 1LGUA 186LA 4K5YA 2B6XA 4KNFA 3NY8A 1MGYA 4NC3A 3ABWA 107LA 2B74A 4ARQA 1PQKA 1KW7A 1T8FA 4QIDA 3NY9A 3HAOA 3FI5A 1L04A 3LZMA 3VI0A 3COCA 1C6LA 247LA 246LA 3C83A 4JR8A 5FJGA 2Y04A 237LA 1K28A 5B6XA 4EKRA 2O79A 3QBKA 1XJIA 1G06A 2ANVA 4EXMA 3UTYA 4OO9A 1L00A 4OV0A 2B7XA 3HT6A 1OWZA 1I6SA 1L64A 4ARLA 1L40A 1SWZA 3QAKA 2ANXA 1R2NA 2I20A 1L06A 3DQBA 1JTNA 1L92A 1LYEA 3AM6A 3RFMA 3EH4B 2Z55A 4JKVA 126LA 3UZCA 2RBOA 114LA 3L2XA 160LA 3UTXA 3OE0A 1WTHA 3HH5A 1QKOA 4IARA 197LA 3SB7A 4W57A 3QBLA 3UZAA 1L34A 260LA 1L90A 1C8SA 1QUHA 3GUMA 1CUPA 1L31A 1L81A 4LDOA 1EHKB 1S53A 4G7RB 2KSBA 1L59A 223LA 196LA 1QT7A 3SBAA 1HZXA 158LA 4FPDA 3UTWA 4LZMA 3VVKA 2F47A 150LA 3V2YA 169LA 1P7SA 4LDEA 2KSAA 241LA 3C7YA 1C6TA 4QI1A 235LA 1QUGA 3HANA 3K2RA 4FBZA 4BVNA 175LA 177LA 5AHYA 122LA 1G1VA 2CUUA 3SB5A 5DYSA 243LA 1L57A 2RBPA 4PK0A 1TN5A 1B6IA 3CDVA 229LA 1L85A 1L62A 5JJNA 2R4RA 3EH5B 144LA 255LA 3QAPA 1CU2A 251LA 3G3XA 1L80A 1BRDA 1C60A 1G1WA 1L60A 1ZWNA 4TL3A 5J7AA 1ZURA 1L95A 1L66A 4MD1A 3S3DB 1GZMA 1KS3A 184LA 4PJZA 1QT3A 4HWLA 4N6HA 1L07A 4I7NA 256LA 220LA 3VW7A 2RB1X 1L83A 2B6YA 109LA 4Y9HA 1OVKA 3CDQA 108LA 1L9HA 1L58A 1S54A 3S3BB 2LCBA 3ZPQA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2NTHA 2YSSC 244LA 3N9AA 5LAFA 4GBRA 4EPFA 3LYTA 4RW2A 1L53A 1P6YA 1L43A 3G3BB 1GU8A 1HEWA 1L50A 3WW5A 1GEZA 4H9EA 1LJNA 4HV1A 3F6ZA 4NWEA 1LSAA 1AM7A 128LA 4BAPA 4WAVA 2RH1A 5H2JA 4EKSA 104LA 4TUNA 2OEAX 1H87A 1GWDA 1LZ9A 3DMVA 1OUIA 1DI5A 1VDQA 1GFKA 3L64A 4XTNA 3SB9A 2Z18A 2HECA 1IC5Y 1C7PA 1PQMA 1QDRA 2GV0A 5C6JA 1GEVA 5KXZA 5LVKA 1KG9A 3OJPA 5LIOA 5E9RA 1L51A 1CJ9A 1V7TA 5HLLA 1LMCA 2JAGA 1BQLY 4UHRA 2QB0B 1C6EA 1AT6A 2DBTA 201LA 1CJ6A 1QIOA 4PJ2C 2XTHA 5H2KA 1HENA 1X0K1 1GB7A 1GB3A 3MBVA 1GFGA 2CDSA 1CTWA 3QJTB 1L30A 111LA 4DAJA 5EBHA 2I35A 141LA 1LZ6A 1D9UA 1H2SA 1C6DA 2F30A 1C6IA 1OYUA 2OE4X 2YCXA 2Q9EA 3CSQA 1L94A 1CWQA 4NSHA 1NF5A 149LA 4J4QA 1LZEA 1P36A 1VDTA 257LA 4ZEEA 1XGUC 1GF9A 1NBZC 228LA 4TX7A 1P2CC 1IOCA 3QBIA 4N4WA 3AW6A 3T45A 3RW8A 1LHHA 1LYOA 1P64A 5LXWA 3J6KA 4W53A 4GN3A 1LYJA 1G7IC 1UBZA 1CKGA 224LA 3VHZA 1L69A 1XEJA 3HUQA 4XJDA 4B4JA 1UUZC 3EXDA 1LLHA 1RFPA 4XTLA 3A6BY 1JEFA 3TMUA 1JGJA 1HEOA 5DN5A 1LSFA 3G3WA 3GUKA 5HNCA 1EQ5A 3A3RX 2I1XA 2ZNWY 5DHHA 5A45A 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 4EXM A;  3UTY A;  4OO9 A;  1L00 A;  4OV0 A;  2B7X A;  3HT6 A;  1OWZ A;  1I6S A;  1L64 A;  4ARL A;  1L40 A;  1SWZ A;  3QAK A;  2ANX A;  1R2N A;  2I20 A;  1L06 A;  3DQB A;  1JTN A;  1L92 A;  1LYE A;  3AM6 A;  3RFM A;  3EH4 B;  2Z55 A;  4JKV A;  126L A;  3UZC A;  2RBO A;  114L A;  3L2X A;  160L A;  3UTX A;  3OE0 A;  1WTH A;  3HH5 A;  1QKO A;  4IAR A;  197L A;  3SB7 A;  4W57 A;  3QBL A;  3UZA A;  1L34 A;  260L A;  1L90 A;  1C8S A;  1QUH A;  3GUM A;  1CUP A;  1L31 A;  1L81 A;  4LDO A;  1EHK B;  1S53 A;  4G7R B;  2KSB A;  1L59 A;  223L A;  196L A;  1QT7 A;  3SBA A;  1HZX A;  158L A;  4FPD A;  3UTW A;  4LZM A;  3VVK A;  2F47 A;  150L A;  3V2Y A;  169L A;  1P7S A;  4LDE A;  2KSA A;  241L A;  3C7Y A;  1C6T A;  4QI1 A;  235L A;  1QUG A;  3HAN A;  3K2R A;  4FBZ A;  4BVN A;  175L A;  177L A;  5AHY A;  122L A;  1G1V A;  2CUU A;  3SB5 A;  5DYS A;  243L A;  1L57 A;  2RBP A;  4PK0 A;  1TN5 A;  1B6I A;  3CDV A;  229L A;  1L85 A;  1L62 A;  5JJN A;  2R4R A;  3EH5 B;  144L A;  255L A;  3QAP A;  1CU2 A;  251L A;  3G3X A;  1L80 A;  1BRD A;  1C60 A;  1G1W A;  1L60 A;  1ZWN A;  4TL3 A;  5J7A A;  1ZUR A;  1L95 A;  1L66 A;  4MD1 A;  3S3D B;  1GZM A;  1KS3 A;  184L A;  4PJZ A;  1QT3 A;  4HWL A;  4N6H A;  1L07 A;  4I7N A;  256L A;  220L A;  3VW7 A;  2RB1 X;  1L83 A;  2B6Y A;  109L A;  4Y9H A;  1OVK A;  3CDQ A;  108L A;  1L9H A;  1L58 A;  1S54 A;  3S3B B;  2LCB A;  3ZPQ A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
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 1OUG A;  3UTV A;  1LYD A;  5B1F A;  1NHB A;  5APC A;  3CAP A;  4S0W A;  4RLM A;  1G0G A;  3UG9 A;  3OE6 A;  3OE9 A;  2RSC A;  3TMX A;  135L A;  1LSZ A;  4H9H A;  1GBS A;  2MEF A;  1KXY A;  1OV5 A;  1C65 A;  3TMV A;  4N0J A;  1VDP A;  2I26 L;  4ML7 A;  120L A;  1DYA A;  1G0P A;  3ULR A;  5B06 A;  4LYC A;  1CKH A;  5H2M A;  3EH3 B;  3QE8 A;  1W08 A;  1IC7 Y;  4XT3 A;  1MLC E;  1B7S A;  1G07 A;  1L01 A;  3HBE X;  3TXH A;  3HBH A;  4I7M A;  1UIB A;  4IAT A;  2D91 A;  5B2N A;  1IY4 A;  1JTO L;  5B1G A;  3WU8 A;  5KKJ A;  1LJH A;  3CDO A;  1IX0 A;  1IWZ A;  191L A;  5KY1 A;  234L A;  3TXJ A;  1L21 A;  1SX2 A;  1LW9 A;  4G72 B;  2D4J A;  2HUK A;  5F14 A;  4DDB A;  3HH3 A;  1L47 A;  4DJH A;  2F4A A;  5DHG A;  4NHT A;  168L A;  4CHX A;  3WQJ A;  2LZM A;  1JV6 A;  1YKY X;  4GCD A;  3QBG A;  4B1A A;  1IR7 A;  3QJQ B;  1L13 A;  3ZEK A;  4KXI A;  1B5V A;  214L A;  2B73 A;  148L E;  3QJV B;  4NGK A;  1YAN A;  3DMX A;  1WVV A;  1ZVY B;  186L A;  1LSM A;  1LJE A;  4ARQ A;  5F9X A;  2XBS A;  2FYC A;  1CKC A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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