3V2WA

Crystal structure of a lipid g protein-coupled receptor at 3.35a
Total Genus 151
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
151
sequence length
456
structure length
442
Chain Sequence
SDYVNYDIIVRHYNYTGKLNISALTSVVFILICCFIILENIFVLLTIWKTKKFHRPMYYFIGNLALSDLLAGVAYTANLLLSGATTYKLTPAQWFLREGSMFVALSASVFSLLAIAIERYITMLKNNFRLFLLISACWVISLILGGLPIMGWNCISALSSCSTVLPLYHKHYILFCTTVFTLLLLSIVILYCRIYSLVRTRNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYASRSSENVALLKTVIIVLSVFIACWAPLFILLLLDVGCKVKTCDILFRAEYFLVLAVLNSGTNPIIYTLTNKEMRRAFIRI
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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publication title Crystal structure of a lipid G protein-coupled receptor.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Sphingosine 1-phosphate receptor 1, Lysozyme chimera
molecule tags Hydrolase
source organism Homo sapiens
total genus 151
structure length 442
sequence length 456
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2011-12-12

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
A PF00001 7tm_1 7 transmembrane receptor (rhodopsin family)
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 3v2wA02
1.20.1070.10 Mainly Alpha Up-down Bundle Rhopdopsin 7-helix transmembrane proteins Rhopdopsin 7-helix transmembrane proteins 3v2wA01
3UZCA 3DKEX 3AM6A 1P3NA 175LA 3QBGA 5AWZA 2OU9A 3DN1A 1R2NA 138LA 4X1HA 235LA 232LA 3PXOA 1L76A 1H2SA 2B72A 1CU0A 258LA 1PQMA 2RB2X 1PQKA 146LA 1C3WA 1L19A 3CDOA 3G3XA 4I7JA 1C6IA 1JV6A 1KW7A 4I7TA 3HWLA 3UZAA 4GP5B 3CDTA 1QM8A 2X72A 4IAQA 5DHHA 2B6XA 2RH1A 1L85A 5G2DA 4Y9HA 1L82A 225LA 1JQUA 1P37A 260LA 4ARQA 162LA 5ITCA 5AX1A 1L34A 2Q9EA 4N4WA 1FBKA 1LYIA 4DKLA 1L53A 4QI1A 4LDOA 2I21A 1C6CA 140LA 4IAPA 1S52A 1L03A 178LA 2Y02A 5J7AA 4MBSA 1L16A 5B6WA 1C65A 249LA 4XXJA 4OV0A 168LA 149LA 3VGAA 1KW5A 5G2AA 1L61A 197LA 1XIOA 2RAYX 3A7KA 1L0JA 2VT4A 2B74A 3EMLA 1L98A 2KS9A 4G71B 1L08A 4QIDA 4EIYA 4JKVA 3L64A 1L42A 164LA 4XTNA 1L02A 2F2QA 3QBIA 3NY8A 1C60A 3ZEVA 4UHRA 1L39A 7LZMA 1M0KA 259LA 5LZMA 1UAZA 2B6TA 1D3MA 1L52A 3AYNA 2YDVA 2RAZX 5G54A 1L35A 4X32A 4I7KA 5G2CA 1QS5A 4AMJA 1EHKB 1C6PA 261LA 184LA 110LA 1PQDA 4G70B 107LA 3PQRA 1P2RA 2OE9X 1G0MA 127LA 130LA 1P8IA 1L22A 4MD1A 1I6SA 1LYDA 108LA 1CU2A 3JR6A 1IW6A 211LA 3C9MA 3G3WA 4KNFA 3HUKA 1S8LA 1OVKA 4G72B 4N6HA 5A45A 3GULA 1LGWA 1D3NA 3S3DB 4MQTA 1G0QA 3SBAA 4YX7C 2NTUA 1L50A 185LA 1C6GA 2IGCA 2I35A 1QSBA 1CX6A 4LZMA 1LGXA 3C81A 3SB8A 1L0KA 3QBLA 3OE0A 215LA 171LA 2O4WA 152LA 1VGOA 262LA 1JTNA 1L58A 3C7ZA 2HUMA 242LA 1L46A 3NYAA 176LA 4TL3A 5H2JA 200LA 2F95A 1D9WA 2F32A 3S3CB 161LA 3QDCA 3C9LA 4HYXA 3DNAA 1C8RA 1L77A 5BR2A 1L54A 1L95A 2Q9DA 3LZMA 217LA 1C6QA 1G0LA 1S51A 2WJKA 1L37A 4EXMA 1D3FA 2RB0X 2EI4A 120LA 3GUNA 209LA 2RBSA 3C82A 5ITEA 3RUNA 3HH4A 1Q5JA 1L94A 1L05A 3QAKA 1C8SA 1L32A 5F8UA 3X3CA 2G87A 5AHZA 2B6WA 1QUGA 1OV7A 1OV5A 3DN8A 4XTLA 4QRYA 1T8FA 4AMIA 4W58A 1L79A 4UG2A 170LA 165LA 3NY9A 3DN3A 157LA 3FADA 1L86A 1QUHA 2B6YA 2ZIYA 3HAQA 4GP4B 1L65A 3DMXA 1LYHA 4ARMA 1L33A 112LA 1XMEB 4EJ4A 2YCYA 3HAOA 3RFMA 2I1XA 1L91A 2KSYA 2O7AA 5AHYA 1L41A 1MGYA 1KY1A 4I7RA 4EA3A 2A4TA 1R84A 3EH3B 3P0GA 102LA 1L9HA 4GP8B 2RBRA 4ARJA 1KG9A 1D2YA 1L60A 2HUKA 111LA 1CV4A 4JQ6A 2L6XA 1QT5A 5A8EA 2LCBA 1S54A 4LDLA 3CDRA 169LA 2OE4X 4XTOA 3HU8A 4ARLA 1L29A 1X0K1 5B6ZA 1SSYA 229LA 3UTWA 1G0KA 246LA 5TGZA 1E12A 3HARA 5JJJA 4AQNA 1D3JA 1PQOA 1VJMA 3CAPA 3NS0A 4ARQB 3SN6R 3QAPA 3HTBA 160LA 4GBRA 2M3GA 144LA 125LA 1QTZA 1CV6A 233LA 3HH3A 1L38A 1E0PA 1L70A 1L81A 3C8SA 3HDFA 1LI6A 3GUPA 1G1WA 5B6VA 3FI5A 3HTDA 145LA 244LA 1QHJA 1C6EA 3OE9A 4I7PA 1BRRA 3D4SA 1L96A 1LYJA 5KKHA 1L89A 3GUMA 1CU6A 1JV7A 3F9LA 1C63A 1X0SA 1C66A 139LA 3RZEA 4EPIA 4XT3A 3HT8A 3MBVA 167LA 257LA 1P8UA 1AT9A 2NTWA 3PWHA 4GRVA 1L71A 3DN0A 4S0WA 104LA 4DAJA 4WW3A 2WJLA 3HH6A 5LWEA 1L18A 1JTMA 1T97A 186LA 223LA 4DJHA 1CV5A 3QJUB 1L72A 1L45A 1T6HA 2LZMA 3ODUA 4A4MA 188LA 1L21A 3VG9A 1XEPA 1L47A 3VHZA 177LA 2J4YA 236LA 6LZMA 1C6HA 250LA 1KGBA 1TN0A 1L26A 1L0MA 1L09A 2RB1X 1EPYA 114LA 4EKRA 1L64A 1GU8A 1L51A 1O0AA 4PXKA 5ETZA 1CV3A 1L73A 1L36A 2OE7X 1L17A 2PEDA 4BUOA 3HUAA 1KY0A 1L00A 2OTZX 1L10A 205LA 3QJRB 1GUEA 1AP9A 4FAAB 1L56A 2QPEB 2CUUA 4EKPA 2R4RA 4IARA 1C6FA 3DMVA 1L49A 1L75A 1C6JA 2OTYX 4HYJA 4YXCA 4K5YA 1XJTA 2YCZA 2YCXA 5FJGA 5H2OA 1S53A 1QUDA 4PXFA 2KSAA 1L24A 1L25A 5JJNA 4ZPUA 163LA 1B6IA 2KSBA 1SX7A 3SBBC 1LI3A 2L78A 5B0WA 1CWQA 1L40A 247LA 1P7SA 2R4SA 3HUQA 3DQBA 5DYSA 1C6DA 3UTYA 1L11A 174LA 1L93A 1C68A 1QTDA 251LA 2HULA 214LA 4XT1A 199LA 1T8GA 4L35A 1OWYA 1QTCA 222LA 1QT3A 1CUPA 1C6KA 3CDQA 1L80A 1UCQA 1P2LA 1DYBA 4I7OA 4W55A 3V2WA 4IB4A 118LA 123LA 254LA 3HAPA 1BRXA 1P36A 4OO9A 3SB6A 1DYCA 1C67A 1L31A 1PXRA 3NSBA 230LA 183LA 1D2WA 245LA 2O79A 5B34A 5G36A 3V2YA 166LA 1P6YA 4GPOA 1C6TA 1DYEA 4I7MA 1Q5IA 4G7RB 1DYFA 5BR5A 1G07A 3DN4A 1XJIA 1FBBA 1P46A 3HTGA 1L15A 4W54A 1OVJA 119LA 231LA 4BEZA 3VW7A 3HT6A 3QJTB 1L59A 2B6ZA 4I7QA 4NC3A 1PQJA 3BVDB 2B75A 1QKPA 2Y00A 189LA 103LA 4FA7B 5H2MA 1CVKA 3HANA 3HDEA 1C62A 1P56A 1LWGA 237LA 2B73A 3HU9A 3HH5A 221LA 3SB9A 3QJVB 2OU0X 255LA 4KLYA 5H2HA 156LA 3DDLA 2NTGA 1L06A 4PK0A 253LA 1L87A 126LA 1QT4A 1L07A 182LA 227LA 1OYUA 4GBRB 3S8GB 3G3VA 1QTBA 148LE 1CX7A 1QT8A 2RBQA 1C6NA 1CUQA 4GYCA 4G7QB 1KG8A 4BWBA 252LA 150LA 1LGUA 1XJUA 3UONA 1QUOA 3HTFA 1DYAA 1F4ZA 191LA 2B70A 2F93A 218LA 3L2XA 3X3BA 131LA 1C6LA 4W51A 1HZXA 1K28A 2RBOA 1C6MA 240LA 3C7YA 1QT7A 4WAVA 4ARPA 3C8RA 5B35A 206LA 213LA 2RBNA 1LYEA 2Y04A 1L20A 5B2NA 1QTHA 1L88A 1L97A 187LA 5JJEA 5H2PA 1X0I1 2OU8A 4I7SA 228LA 1S8JA 1GZMA 1L27A 256LA 4W52A 141LA 3FA0A 2ANXA 1CU3A 4BEYA 1LWKA 4L6RA 3ZPQA 1DYGA 2ZZLA 4I7NA 2OEAX 2QB0B 1G0JA 115LA 2F47A 3EH4B 4N4YB 2BRDA 216LA 1L63A 1SSWA 4PJZA 1BM1A 3HT7A 180LA 1ZWNA 4W53A 4YXAC 1CV1A 4E97A 1QT6A 1SWYA 1H68A 4I7LA 4W59A 1P8HA 5H2NA 3UTXA 172LA 1L99A 1NHBA 1L68A 5B6YA 3WQJA 243LA 2Z73A 3SB7A 1L74A 5A44A 2Z55A 1KNIA 2I20A 3ZPRA 3REYA 3F8VA 142LA 1L92A 1IXFA 5H2KA 5G53A 1LLHA 1LW9A 4EKQA 4EPFA 1OVHA 3KJ6A 1LI2A 3OAXA 212LA 1U19A 248LA 1L66A 2JAFA 2Y01A 196LA 4FBZA 1G1VA 1T8AA 158LA 5EN0A 5C1MA 143LA 1P5CA 3T45A 181LA 241LA 1QS9A 2RBPA 3C8QA 3EH5B 3S3BB 4X31A 2B7XA 1C6BA 2Z6BA 1C6AA 2HPYA 226LA 3HASA 190LA 1L30A 1LYFA 3PDSA 5G28A 3HT9A 210LA 1TN5A 3C80A 4BV0A 1L62A 1G0PA 1M0LA 3CODA 1L44A 1L55A 1L84A 3AYMA 1SX2A 3GUOA 3CDVA 1DYDA 3UTVA 192LA 173LA 1PY6A 2LNLA 1L28A 1L90A 1JFPA 147LA 1L69A 2YDOA 1LYGA 1C69A 113LA 1WTHA 1L13A 2ANVA 1P64A 3S8FB 1L83A 3GUJA 1L67A 4FPDA 122LA 4W57A 159LA 234LA 4G7SB 3ABWA 1L01A 1QSQA 220LA 4EKSA 1OWZA 1PXSA 3PBLA 2YCWA 155LA 1QTVA 201LA 1M0MA 2QARC 3SB5A 224LA 4MQSA 3UG9A 3C7WA 1SWZA 2LC9A 2JAGA 4HWLA 1L57A 1DZEA 128LA 151LA 1ZURA 4MD2A 3GUIA 1KMEA 1G0GA 1CTWA 1F88A 2ZFEA 1LN6A 1PQIA 2QPDB 1QKOA 4ARMB 4BVNA 1ZYTA 1TLAA 1G06A 1IW9A 1BRDA 4JR8A 137LA 3VVKA 2NTHA 1C64A 3QJQB 195LA 239LA 198LA 1KS3A 219LA 3C83A 3GUKA 4J4QA 5B6XA 3DN6A 3K2RA 3COCA 1JGJA 3DN2A 4W56A 4LDEA 5I14A 1LPYA 5DHGA 3DMZA 109LA 3VI0A 1L14A 2Y03A 2AT9A 3QBKA 1L04A 238LA 1C61A 3OE6A 1CU5A 5H2LA 1CV0A 1L23A 3QJSB 129LA 1L48A 3OE8A 1F50A 5AX0A 5H2IA 1L43A 5AZDA 1L12A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
175LA 2OU9A 4GCEA 1R2NA 1GE2A 235LA 2IFFY 4LT2A 1L76A 2GV0A 1AKIA 3TMVA 1UIAA 258LA 3WU9A 1C3WA 4I7JA 1KW7A 1YIKA 2RH1A 1INUA 5G2DA 1BGIA 3T36A 1JJ3A 5AX1A 4N4WA 1FBKA 1XGQC 4QI1A 4LDOA 2I21A 1C6CA 1LMTA 4LFPA 5J7AA 4OV0A 168LA 1KW5A 4HSFA 1L61A 4C5FA 1XIOA 2VT4A 1LJKA 3EMLA 2KS9A 1GDWA 1IO5A 4EIYA 1YAQA 1L42A 4XTNA 4DQ5A 2XTHA 3ZEVA 5M1YA 1L39A 1GBYA 259LA 1D3MA 3AYNA 5D5CA 1GF4A 1EHKB 261LA 184LA 3PQRA 130LA 4YOPA 1P8IA 1D6QA 3JR6A 211LA 3C9MA 3G3WA 1OUDA 1S8LA 1OVKA 3GULA 1EQ4A 3W6CA 3SBAA 4YX7C 3CSRA 2BQOA 1HEOA 185LA 133LA 3C81A 3QBLA 4WM2A 171LA 3LYZA 1JTNA 2ZNWY 1L46A 2HU1A 4TL3A 1WQNA 4OW1A 4N8ZA 1YANA 1XGPC 2HTXA 4HYXA 1L77A 5F14A 1QDTA 217LA 1C6QA 5FSTA 1S51A 4NGJA 4YEMA 3WUAA 1LHMA 3GUNA 1HSXA 1F6RA 1L32A 3X3CA 5A3ZA 2XQOA 3ULRA 3WH1A 5KKJA 4IATA 4AMIA 170LA 4LT3A 3DN3A 3HAQA 1DPWA 4PRUA 4GP4B 1LZYA 1L65A 3DMXA 3TXBA 4J0LA 4ZIXA 3WL2A 1MGYA 1KIQC 4I7RA 2A4TA 1R84A 102LA 4DT3A 1O23A 2H9JA 1WVUA 4R0FA 2RBRA 4PJ2C 1HMLA 1GAYA 4J1BA 1WTNA 2L6XA 4Z41A 3LZTA 1S54A 2MEDA 4XTOA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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 219L A;  3C83 A;  3GUK A;  4J4Q A;  5B6X A;  3DN6 A;  3K2R A;  3COC A;  1JGJ A;  3DN2 A;  4W56 A;  4LDE A;  5I14 A;  1LPY A;  5DHG A;  3DMZ A;  109L A;  3VI0 A;  1L14 A;  2Y03 A;  2AT9 A;  3QBK A;  1L04 A;  238L A;  1C61 A;  3OE6 A;  1CU5 A;  5H2L A;  1CV0 A;  1L23 A;  3QJS B;  129L A;  1L48 A;  3OE8 A;  1F50 A;  5AX0 A;  5H2I A;  1L43 A;  5AZD A;  1L12 A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
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