3V2YA

Crystal structure of a lipid g protein-coupled receptor at 2.80a
Total Genus 150
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
150
sequence length
462
structure length
455
Chain Sequence
VSDYVNYDIIVRHYNYTGKLNISADKENSIKLTSVVFILICCFIILENIFVLLTIWKTKKFHRPMYYFIGNLALSDLLAGVAYTANLLLSGATTYKLTPAQWFLREGSMFVALSASVFSLLAIAIERYITMLKNNFRLFLLISACWVISLILGGLPIMGWNCISALSSCSTVLPLYHKHYILFCTTVFTLLLLSIVILYCRIYSLVRTRNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYASRSSENVALLKTVIIVLSVFIACWAPLFILLLLDVGCKVKTCDILFRAEYFLVLAVLNSGTNPIIYTLTNKEMRRAFIRIMGRPL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Crystal structure of a lipid G protein-coupled receptor.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Sphingosine 1-phosphate receptor 1, Lysozyme chimera (E.C.3.
molecule tags Hydrolase
source organism Homo sapiens
total genus 150
structure length 455
sequence length 462
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2011-12-12

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
A PF00001 7tm_1 7 transmembrane receptor (rhodopsin family)
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 3v2yA02
1.20.1070.10 Mainly Alpha Up-down Bundle Rhopdopsin 7-helix transmembrane proteins Rhopdopsin 7-helix transmembrane proteins 3v2yA01
1BRDA 166LA 238LA 1S54A 186LA 3SBAA 3HTGA 4N4YB 4MD2A 215LA 3SBBC 103LA 1IXFA 110LA 1G0PA 4I7JA 1C6NA 216LA 230LA 256LA 4QIDA 3AM6A 1DYDA 2YDVA 4QRYA 4LDEA 162LA 1S8LA 4G7QB 1PQIA 227LA 1R2NA 1T97A 1D3MA 1L42A 1EPYA 167LA 3P0GA 3NYAA 3HH6A 1C8SA 2OE7X 170LA 1QUOA 1C67A 165LA 1C63A 1L80A 209LA 2ANXA 3VW7A 206LA 2CUUA 1C6GA 4AQNA 1QKOA 3QJRB 1HZXA 5B6VA 119LA 1L46A 2I21A 4MD1A 151LA 181LA 3QBGA 3OE0A 4UG2A 4G7RB 4LZMA 2WJKA 3HH4A 1P37A 4I7KA 5H2IA 168LA 3DN2A 4ARMA 1D3FA 2RB0X 1PQOA 248LA 3PXOA 1C65A 1C6AA 1L75A 3EH5B 1L40A 4JKVA 4BEZA 1L86A 1QHJA 1P46A 3HWLA 5FJGA 1IW9A 1GU8A 1L57A 1KY0A 109LA 2I35A 5H2JA 2F32A 5G2CA 4MBSA 4W53A 1P6YA 3AYNA 4XT3A 2Y04A 111LA 228LA 3GULA 177LA 3RFMA 1L43A 1OVHA 4GBRA 250LA 2KSBA 5G36A 4I7RA 4KLYA 260LA 255LA 1QTHA 1OYUA 2QB0B 5JJNA 1SX2A 1R84A 5TGZA 1DYAA 1QSBA 1JV7A 241LA 3SB8A 1L25A 1OWZA 2LC9A 222LA 2Z55A 1UCQA 1T8GA 1L69A 3SB5A 3D4SA 1L88A 3C82A 1D3JA 4YX7C 1L60A 2I20A 1TN5A 3CDOA 4S0WA 233LA 5BR2A 4I7NA 1L82A 1L22A 1L23A 3SN6R 2F93A 1DYBA 4IAQA 192LA 1C62A 144LA 5AZDA 3S3DB 148LE 3F8VA 3VG9A 102LA 3G3WA 4WW3A 1XMEB 4EKRA 2OE4X 2RB1X 3SB6A 141LA 1L06A 1GZMA 2B6TA 180LA 1M0MA 1QKPA 3DN4A 1CU6A 3C8RA 1L9HA 1L34A 1L44A 1G07A 1QT7A 1E0PA 1MGYA 1C6IA 259LA 187LA 3HT8A 2NTUA 249LA 4JR8A 1CV3A 3NSBA 3PBLA 1L76A 2B72A 2B7XA 1FBKA 149LA 200LA 1QTBA 4EKQA 1L62A 2RBNA 201LA 3DN1A 219LA 5A45A 118LA 4FAAB 1D2YA 1L51A 3UTVA 2OTYX 226LA 1ZURA 1IW6A 1L27A 138LA 104LA 1LGXA 2O79A 2G87A 3QDCA 4EPFA 1D2WA 114LA 1PQMA 236LA 3C9MA 4UHRA 1G1VA 1L53A 4DKLA 1SSYA 3GUPA 2L78A 3UTWA 1L30A 5ITEA 3DMXA 1F88A 3DQBA 1X0K1 3HAQA 1QS9A 2J4YA 171LA 1B6IA 2O4WA 1GUEA 5DHGA 4ARJA 1BM1A 4GYCA 1C6CA 1L68A 217LA 1L14A 4OO9A 2L6XA 5J7AA 130LA 2Z6BA 3C7ZA 5JJEA 205LA 1XEPA 1LWKA 2IGCA 3CDRA 1KGBA 3HAOA 5AHZA 1CV4A 1KS3A 1LGUA 2HPYA 3EMLA 3HU8A 2JAGA 1C61A 3OAXA 5G2DA 1S52A 3CDQA 140LA 1L55A 1QUHA 3QBLA 3S8GB 3QBIA 139LA 1QT8A 155LA 2Y01A 5DHHA 5ETZA 1L81A 2RBOA 4LDOA 3QJTB 3G3VA 1OVKA 2B6ZA 4XTOA 5F8UA 4IB4A 4TL3A 159LA 1XJIA 4I7MA 1U19A 4GRVA 1C6BA 4I7SA 195LA 1L39A 1JQUA 1S8JA 127LA 1XIOA 210LA 1X0SA 4G7SB 1L05A 5H2NA 3C80A 1L41A 3PQRA 1L04A 4G71B 3HANA 4HYXA 239LA 4DJHA 1L56A 254LA 1LI2A 4ARPA 5LWEA 1C6JA 1L45A 223LA 123LA 3HH3A 1L58A 1QTCA 1L66A 1L38A 2O7AA 1LWGA 4L6RA 3VI0A 3GUJA 5EN0A 3SB9A 3PWHA 1L70A 3A7KA 1T8FA 2YCXA 4X32A 3OE8A 221LA 2YDOA 2BRDA 1LPYA 1L74A 1T8AA 5G54A 244LA 5B34A 1L65A 1P2LA 3C7YA 1KW7A 243LA 3OE9A 1L15A 1L12A 5G2AA 1L16A 2F95A 1L96A 178LA 5AX1A 3GUNA 1L19A 1L77A 1Q5JA 3COCA 3C7WA 4JQ6A 1CU5A 1L32A 1VJMA 1LYDA 1PXRA 1PY6A 3G3XA 1QUGA 3HTDA 1L79A 3QJSB 108LA 1QT5A 4AMIA 4XXJA 1L08A 3SB7A 1JV6A 1DYFA 4MQTA 1L63A 175LA 1LYJA 3C8SA 1L54A 4I7PA 4EKPA 4GP4B 4W59A 4I7LA 1C6MA 1L93A 3EH4B 3FA0A 1S53A 3DDLA 1CX7A 1D3NA 2F47A 2YCYA 1P36A 173LA 1TLAA 3LZMA 1KMEA 3HUQA 1G0QA 1KW5A 5B6XA 1L97A 3CAPA 218LA 157LA 4FPDA 1L02A 4FBZA 1L67A 2Y02A 1H2SA 3HUAA 2R4RA 1G06A 3BVDB 1T6HA 2YCZA 2EI4A 1C6HA 2M3GA 1WTHA 3HU9A 1L92A 1ZYTA 1SSWA 1FBBA 3C9LA 1L10A 1L72A 252LA 1F4ZA 1L29A 2VT4A 5H2LA 1CV6A 2Z73A 1CUPA 4G72B 262LA 1OVJA 182LA 235LA 257LA 3DN6A 3QBKA 4IARA 3VHZA 197LA 1L49A 183LA 234LA 1X0I1 189LA 224LA 3T45A 4ARQB 3VVKA 1L89A 1L07A 3C83A 5B0WA 1C3WA 4N4WA 1CV5A 2F2QA 3S3CB 184LA 4YXAC 1L20A 3FI5A 2OU8A 4IAPA 4XT1A 1L17A 5LZMA 2X72A 2RBRA 1H68A 3HARA 1VGOA 4W54A 1XJUA 1CUQA 3HH5A 211LA 1C60A 4G70B 1L0JA 1OWYA 1SWZA 2YCWA 4GP5B 1BRRA 5DYSA 3UZAA 3RUNA 1LGWA 129LA 5A44A 2NTHA 2B6WA 1L90A 163LA 2KSAA 122LA 2B74A 4FA7B 4W55A 3QJUB 115LA 1P3NA 245LA 4NC3A 4N6HA 1L85A 1L48A 185LA 3UONA 4EKSA 1PXSA 188LA 1P64A 1P56A 3HDEA 4EXMA 6LZMA 4KNFA 1G0JA 4XTNA 137LA 1SWYA 1L35A 3HDFA 3KJ6A 4BVNA 1C64A 1C6FA 3GUKA 3PDSA 1L95A 5ITCA 212LA 1DYGA 2OEAX 2RBQA 2I1XA 4X31A 2Q9DA 1L11A 4ZPUA 1L0KA 1LI3A 1XJTA 4ARMB 156LA 1L24A 3UZCA 1QT3A 2Q9EA 2NTWA 5H2MA 161LA 3S3BB 1L84A 1L36A 1DYCA 1L50A 1L33A 3DN8A 3F9LA 1C6QA 2B6YA 2A4TA 4LDLA 4EJ4A 1M0KA 237LA 5B2NA 3X3BA 3ZPRA 3AYMA 1KG9A 1G0GA 107LA 4I7TA 147LA 5B35A 1C6PA 126LA 5JJJA 131LA 1P8HA 1L83A 1L64A 1P8UA 3HASA 1C6KA 261LA 2OTZX 1PQKA 4DAJA 2B6XA 1LW9A 3CODA 1G0LA 5B6WA 1L28A 1QS5A 3QJVB 4PXKA 2LZMA 3S8FB 4BUOA 4W57A 2R4SA 2B73A 2RAYX 5H2KA 3ZPQA 3HTFA 240LA 5AHYA 4PJZA 1OV5A 3DMZA 2WJLA 164LA 1L18A 1QTVA 1P7SA 3DKEX 2RAZX 1LYIA 1K28A 2KS9A 150LA 2OU0X 1JGJA 1F50A 5H2OA 1CWQA 1G0KA 1L31A 2RBSA 4XTLA 3DN0A 158LA 4BV0A 5BR5A 1BRXA 2NTGA 3V2YA 2PEDA 3MBVA 2AT9A 2LCBA 3DN3A 4AMJA 1OV7A 3VGAA 1L87A 1L91A 3WQJA 176LA 1L0MA 4BEYA 2ZZLA 220LA 1C66A 190LA 1CTWA 2ANVA 1LN6A 3HTBA 5A8EA 4K5YA 1C6TA 2QPDB 1CU2A 1L09A 1QT6A 4J4QA 4Y9HA 1M0LA 169LA 2Y00A 1JTMA 4I7QA 1DZEA 1LYHA 1G0MA 4BWBA 4L35A 5B6YA 3RZEA 160LA 4W51A 3HAPA 214LA 1LYGA 4W52A 3HT9A 3NS0A 1C68A 1KNIA 2QPEB 4GPOA 1L59A 1P2RA 1L03A 7LZMA 5C1MA 1L21A 1QUDA 1ZWNA 4MQSA 1G1WA 1QM8A 3UTXA 1AP9A 142LA 5KKHA 5G53A 120LA 2Y03A 3JR6A 5AWZA 1C6LA 2RB2X 128LA 1C6EA 1PQDA 1D9WA 1LYFA 3QAKA 1E12A 3OE6A 5B6ZA 4ARLA 3HUKA 1KG8A 2JAFA 5AX0A 146LA 3REYA 196LA 2B75A 3NY9A 246LA 232LA 2HULA 1P8IA 225LA 229LA 247LA 3C81A 2LNLA 1CX6A 1S51A 4A4MA 1KY1A 1C8RA 1Q5IA 3EH3B 145LA 1L98A 1JFPA 4I7OA 1QTDA 1UAZA 1L71A 143LA 4W58A 258LA 3DNAA 2OU9A 3V2WA 4OV0A 4X1HA 4QI1A 1L13A 1I6SA 1JTNA 3X3CA 1PQJA 3DMVA 3C8QA 1L47A 1O0AA 3L64A 4EPIA 3K2RA 3GUOA 4WAVA 1QSQA 4E97A 2HUMA 1P5CA 4W56A 2ZIYA 1TN0A 3HT6A 1QT4A 174LA 1L94A 2ZFEA 1C69A 1NHBA 5I14A 1CV0A 1C6DA 1L73A 242LA 1L61A 251LA 3GUIA 1CVKA 5G28A 1L01A 1SX7A 125LA 3UTYA 113LA 4PK0A 3HT7A 3ODUA 4EA3A 3ABWA 1CV1A 2HUKA 3CDTA 1L37A 3NY8A 1QTZA 4YXCA 3UG9A 231LA 3QAPA 1L99A 1L52A 1LI6A 3CDVA 1EHKB 3GUMA 3QJQB 199LA 2B70A 4HYJA 198LA 5H2PA 2RH1A 1L00A 2KSYA 4HWLA 4ARQA 2QARC 4GP8B 2RBPA 3FADA 152LA 1DYEA 5H2HA 112LA 191LA 4EIYA 1LLHA 4PXFA 172LA 1CU0A 1L26A 3ZEVA 1AT9A 1CU3A 1LYEA 2OE9X 4GBRB 213LA 253LA 3L2XA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1YL0X 238LA 3TXJA 1MELL 1LOZA 4B1AA 1G0PA 1C6NA 3AM6A 2EPEA 3P4ZA 2YBHA 1GB5A 4H9AA 3P0GA 3HH6A 3VW7A 206LA 2B5ZA 2XQOA 4I8SA 2I21A 151LA 1OQMA 1XGUC 4LZMA 4UWVA 1P37A 5H2IA 1EQ5A 4BAFA 1WVVA 1YIKA 3B6LA 1OUJA 1LZGA 1YKXX 1L75A 4JKVA 1L40A 1C46A 1L86A 3LYZA 4OW1A 1IW9A 3LZTA 4YM8A 109LA 1LSAA 4W53A 3AYNA 4NGYA 1GE1A 2BQOA 1TEWA 4RLNA 4GBRA 250LA 5G36A 4I7RA 1GF4A 255LA 1LZCA 1SX2A 1JEFA 1DYAA 3AB6A 1T3PA 1OWZA 2I6ZA 4D9ZA 3D4SA 4PHIA 1D3JA 4XJBA 2I20A 1TN5A 4NGIA 1LKSA 1HFYA 2F93A 1DYBA 192LA 4XJFA 1FDLY 144LA 102LA 1IIZA 2FYCA 1G7IC 4WW3A 1AT6A 1XEKA 5B1FA 141LA 3B0OA 2B6TA 5KXYA 4NGJA 1L9HA 1L34A 1E0PA 2BLYA 1GE2A 4XADA 1B5WA 5B07A 2NTUA 249LA 1CV3A 1BVXA 3NSBA 3PBLA 1FBKA 2LHMA 4N5RA 1LZ1A 2F4AA 4GLVA 1D2YA 2BQLA 3WMKA 2OTYX 1L27A 2O79A 1LGXA 1PQMA 5DN5A 2DQDY 5FHWA 4DD2A 5I53A 1SSYA 1L30A 3W6CA 3DQBA 1QS9A 171LA 1I1ZA 4GYCA 1C6CA 2LYOA 1FLWA 2Z6BA 3RU5A 5J7CA 5JJEA 1LWKA 4RW1A 5AHZA 1CV4A 4C3WA 2HPYA 3EMLA 3HU8A 1C61A 1LHLA 5G2DA 1S52A 1QT8A 1J1PY 1B7QA 4LDOA 3LYTA 5F8UA 4ZIXA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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 2KSA A;  122L A;  2B74 A;  4FA7 B;  4W55 A;  3QJU B;  115L A;  1P3N A;  245L A;  4NC3 A;  4N6H A;  1L85 A;  1L48 A;  185L A;  3UON A;  4EKS A;  1PXS A;  188L A;  1P64 A;  1P56 A;  3HDE A;  4EXM A;  6LZM A;  4KNF A;  1G0J A;  4XTN A;  137L A;  1SWY A;  1L35 A;  3HDF A;  3KJ6 A;  4BVN A;  1C64 A;  1C6F A;  3GUK A;  3PDS A;  1L95 A;  5ITC A;  212L A;  1DYG A;  2OEA X;  2RBQ A;  2I1X A;  4X31 A;  2Q9D A;  1L11 A;  4ZPU A;  1L0K A;  1LI3 A;  1XJT A;  4ARM B;  156L A;  1L24 A;  3UZC A;  1QT3 A;  2Q9E A;  2NTW A;  5H2M A;  161L A;  3S3B B;  1L84 A;  1L36 A;  1DYC A;  1L50 A;  1L33 A;  3DN8 A;  3F9L A;  1C6Q A;  2B6Y A;  2A4T A;  4LDL A;  4EJ4 A;  1M0K A;  237L A;  5B2N A;  3X3B A;  3ZPR A;  3AYM A;  1KG9 A;  1G0G A;  107L A;  4I7T A;  147L A;  5B35 A;  1C6P A;  126L A;  5JJJ A;  131L A;  1P8H A;  1L83 A;  1L64 A;  1P8U A;  3HAS A;  1C6K A;  261L A;  2OTZ X;  1PQK A;  4DAJ A;  2B6X A;  1LW9 A;  3COD A;  1G0L A;  5B6W A;  1L28 A;  1QS5 A;  3QJV B;  4PXK A;  2LZM A;  3S8F B;  4BUO A;  4W57 A;  2R4S A; 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 1C6L A;  2RB2 X;  128L A;  1C6E A;  1PQD A;  1D9W A;  1LYF A;  3QAK A;  1E12 A;  3OE6 A;  5B6Z A;  4ARL A;  3HUK A;  1KG8 A;  2JAF A;  5AX0 A;  146L A;  3REY A;  196L A;  2B75 A;  3NY9 A;  246L A;  232L A;  2HUL A;  1P8I A;  225L A;  229L A;  247L A;  3C81 A;  2LNL A;  1CX6 A;  1S51 A;  4A4M A;  1KY1 A;  1C8R A;  1Q5I A;  3EH3 B;  145L A;  1L98 A;  1JFP A;  4I7O A;  1QTD A;  1UAZ A;  1L71 A;  143L A;  4W58 A;  258L A;  3DNA A;  2OU9 A;  3V2W A;  4OV0 A;  4X1H A;  4QI1 A;  1L13 A;  1I6S A;  1JTN A;  3X3C A;  1PQJ A;  3DMV A;  3C8Q A;  1L47 A;  1O0A A;  3L64 A;  4EPI A;  3K2R A;  3GUO A;  4WAV A;  1QSQ A;  4E97 A;  2HUM A;  1P5C A;  4W56 A;  2ZIY A;  1TN0 A;  3HT6 A;  1QT4 A;  174L A;  1L94 A;  2ZFE A;  1C69 A;  1NHB A;  5I14 A;  1CV0 A;  1C6D A;  1L73 A;  242L A;  1L61 A;  251L A;  3GUI A;  1CVK A;  5G28 A;  1L01 A;  1SX7 A;  125L A;  3UTY A;  113L A;  4PK0 A;  3HT7 A;  3ODU A;  4EA3 A;  3ABW A;  1CV1 A;  2HUK A;  3CDT A;  1L37 A;  3NY8 A;  1QTZ A;  4YXC A;  3UG9 A;  231L A;  3QAP A;  1L99 A;  1L52 A;  1LI6 A;  3CDV A;  1EHK B;  3GUM A;  3QJQ B;  199L A;  2B70 A;  4HYJ A;  198L A;  5H2P A;  2RH1 A;  1L00 A;  2KSY A;  4HWL A;  4ARQ A;  2QAR C;  4GP8 B;  2RBP A;  3FAD A;  152L A;  1DYE A;  5H2H A;  112L A;  191L A;  4EIY A;  1LLH A;  4PXF A;  172L A;  1CU0 A;  1L26 A;  3ZEV A;  1AT9 A;  1CU3 A;  1LYE A;  2OE9 X;  4GBR B;  213L A;  253L A;  3L2X A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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