3V2YA

Crystal structure of a lipid g protein-coupled receptor at 2.80a
Total Genus 150
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
150
sequence length
462
structure length
455
Chain Sequence
VSDYVNYDIIVRHYNYTGKLNISADKENSIKLTSVVFILICCFIILENIFVLLTIWKTKKFHRPMYYFIGNLALSDLLAGVAYTANLLLSGATTYKLTPAQWFLREGSMFVALSASVFSLLAIAIERYITMLKNNFRLFLLISACWVISLILGGLPIMGWNCISALSSCSTVLPLYHKHYILFCTTVFTLLLLSIVILYCRIYSLVRTRNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYASRSSENVALLKTVIIVLSVFIACWAPLFILLLLDVGCKVKTCDILFRAEYFLVLAVLNSGTNPIIYTLTNKEMRRAFIRIMGRPL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Crystal structure of a lipid G protein-coupled receptor.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
source organism Homo sapiens
molecule keywords Sphingosine 1-phosphate receptor 1, Lysozyme chimera (E.C.3.
total genus 150
structure length 455
sequence length 462
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2011-12-12

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
A PF00001 7tm_1 7 transmembrane receptor (rhodopsin family)
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 3v2yA02
1.20.1070.10 Mainly Alpha Up-down Bundle Rhopdopsin 7-helix transmembrane proteins Rhopdopsin 7-helix transmembrane proteins 3v2yA01
1LYHA 1L19A 189LA 1OWZA 168LA 256LA 1C66A 3HH6A 4I7OA 2I1XA 1G07A 3HH3A 5G54A 1CU6A 1IXFA 1XEPA 1FBKA 2YCXA 3S8GB 1PQJA 4W52A 5DHHA 5H2PA 2NTUA 4DKLA 4TL3A 3SB6A 2F47A 3DDLA 1L31A 1LYDA 1QT5A 3UONA 1GZMA 217LA 3HTDA 3QJQB 1LYEA 4MD2A 1L93A 5EN0A 3JR6A 1PXRA 4W56A 3HT7A 1GUEA 1MGYA 2HPYA 2OE7X 4WAVA 1L33A 1QKPA 5DYSA 1L61A 130LA 1LPYA 1PQDA 2G87A 3V2YA 3PXOA 3HUKA 2LCBA 4S0WA 1QM8A 4XT1A 1P8UA 3C7ZA 4G7QB 3HT8A 1PXSA 3HAOA 1PY6A 1KMEA 114LA 1JTMA 2X72A 1L55A 1L98A 1QT7A 127LA 5H2MA 1PQIA 5G53A 1L24A 5LZMA 1DYCA 3RFMA 4MQTA 4ARJA 4A4MA 1LGWA 2O79A 3CDOA 2Y00A 1T6HA 3QJRB 5ETZA 1AP9A 3QBGA 2JAFA 1T8AA 3CDTA 262LA 3UZAA 1SWYA 3K2RA 125LA 3DN2A 5AX1A 5ITCA 4BVNA 1L40A 230LA 1L27A 1L32A 171LA 200LA 1OWYA 234LA 5J7AA 1UAZA 1OVJA 1OYUA 3DN3A 172LA 4EPFA 1CWQA 5B6YA 2Y03A 1QTVA 3C9LA 232LA 3HDFA 2LZMA 4LDEA 2QPDB 5C1MA 2M3GA 1L25A 5FJGA 5AX0A 1OV7A 1P7SA 3V2WA 102LA 1QHJA 2F93A 1P46A 1VGOA 2BRDA 4WW3A 2OU0X 174LA 1L74A 5G36A 2YDOA 173LA 199LA 1CV0A 3EMLA 4ARPA 2R4SA 2RBRA 1L11A 3HDEA 3QAKA 1ZWNA 1T97A 2B6YA 4GPOA 2KSAA 4BV0A 245LA 4QRYA 1KW5A 1L29A 1QTHA 4GYCA 3OE9A 3AYNA 1L10A 2F32A 4BWBA 1GU8A 3GUMA 1C61A 1LYJA 4I7PA 1M0MA 4I7KA 5ITEA 1L01A 2Y04A 4N4WA 1C6KA 248LA 1LLHA 1C6JA 1L70A 250LA 140LA 185LA 1C6EA 4EXMA 3QBKA 1LGUA 4KLYA 4XTOA 1P36A 1IW9A 1L18A 1D3NA 2YCWA 160LA 1SX2A 4W58A 163LA 3ZPQA 4HYJA 197LA 3SN6R 123LA 4LZMA 1WTHA 3OE8A 1L17A 3C8SA 2L6XA 5G2AA 3EH3B 1QTBA 2RH1A 2F95A 2B6WA 110LA 5B6WA 4I7MA 3PQRA 1P2LA 161LA 1C65A 1L69A 2QPEB 1P64A 3L64A 4MD1A 4GRVA 1L37A 1DYEA 4EKPA 5AWZA 2YCYA 1KY1A 1L95A 3FI5A 4PJZA 218LA 4I7RA 4BUOA 142LA 1C6CA 158LA 3PDSA 1D3MA 1L13A 215LA 4G7SB 4LDLA 170LA 1L87A 4PK0A 4YXAC 1L57A 229LA 4AMIA 1R2NA 2Z6BA 1VJMA 1QS5A 115LA 3PBLA 1L83A 5B6XA 1SSYA 2RB1X 3QBIA 2VT4A 1KW7A 1L60A 249LA 1LI6A 2B6TA 1CV6A 3SB5A 1C6PA 1AT9A 3G3WA 3DMXA 4K5YA 4FPDA 1DYAA 1L38A 3BVDB 3GUOA 1L94A 1C6LA 3DN6A 180LA 2B73A 1LWGA 1CV4A 2OU9A 169LA 3HTGA 4OV0A 206LA 187LA 1K28A 4I7SA 4W51A 1L52A 1DZEA 164LA 1CX7A 4I7TA 1CV1A 3GUIA 1HZXA 3GUPA 1C3WA 178LA 3VI0A 1L0KA 1JGJA 3SBAA 1C63A 1L21A 4E97A 4MBSA 4I7LA 1L85A 224LA 2ZFEA 3C81A 3HTFA 184LA 1L97A 6LZMA 1TN0A 1L46A 1T8FA 3HT6A 3SB9A 182LA 2LC9A 3DQBA 1L9HA 3UTYA 2NTGA 4FAAB 3DNAA 118LA 1L82A 4LDOA 2PEDA 1ZURA 4I7JA 1KY0A 1S8JA 3ODUA 3HAPA 5DHGA 5LWEA 3OE6A 4DJHA 2YCZA 109LA 3CAPA 1L16A 1U19A 3QJUB 1P8HA 3QAPA 3D4SA 1L71A 1TN5A 143LA 155LA 1L99A 2WJLA 2NTHA 2KS9A 166LA 5A45A 3HT9A 1T8GA 4GP8B 2OTZX 3HH5A 222LA 1L36A 5JJNA 2J4YA 1C64A 1XJIA 1CX6A 2AT9A 5H2IA 1L42A 1F88A 1C6HA 1H2SA 2OE9X 1NHBA 4G72B 1KS3A 1QUHA 223LA 1L28A 260LA 2IGCA 1C69A 1SWZA 1XJTA 246LA 2Y02A 1LGXA 5BR2A 3VHZA 1C67A 5G2DA 2RAZX 1JV6A 5H2HA 239LA 2Z55A 4QIDA 4ARLA 4JKVA 3NYAA 3HASA 1L77A 4L35A 1C6MA 1KG8A 4PXKA 3GUJA 5B35A 2L78A 3S8FB 1L86A 5AZDA 156LA 1L50A 2CUUA 1LW9A 5H2LA 2Q9DA 3P0GA 181LA 2RB2X 252LA 3G3XA 4Y9HA 3GUKA 3HU8A 3QBLA 192LA 1L43A 205LA 1CVKA 7LZMA 4QI1A 4FBZA 3S3DB 1CUPA 1C6DA 211LA 3ZPRA 196LA 1CU2A 2HULA 233LA 1E0PA 4EPIA 1L66A 3F8VA 1P37A 5B2NA 3G3VA 4G71B 148LE 131LA 214LA 176LA 2RBOA 1BRRA 5H2NA 3UZCA 1L45A 1XMEB 3KJ6A 4GP5B 3HH4A 159LA 1CU0A 3RZEA 5I14A 3HWLA 5B34A 1G1VA 1L89A 5JJJA 5KKHA 1L80A 1L84A 2F2QA 1L81A 3C8QA 4GBRA 3EH5B 1L02A 5B0WA 5B6ZA 1OVKA 3NY8A 3NS0A 3NSBA 5B6VA 1L06A 3CDRA 1L23A 1QS9A 1S53A 3VG9A 3HANA 186LA 3HTBA 4XTLA 3RUNA 145LA 4N4YB 1D2WA 1H68A 4GBRB 1L51A 4EKQA 1L03A 3HUQA 1L68A 4DAJA 3T45A 4BEYA 2I35A 167LA 216LA 1X0I1 5TGZA 3EH4B 1CTWA 4ARMA 4BEZA 4EJ4A 1S52A 2RBNA 4AQNA 4ARQA 1TLAA 1L75A 4ZPUA 4I7NA 3X3CA 1JV7A 3QJSB 3CDVA 4ARMB 1G06A 2Y01A 1C6IA 2B75A 4KNFA 2ANVA 5AHYA 137LA 3C7YA 144LA 261LA 1QTCA 1KGBA 4G7RB 5G2CA 1Q5IA 3QJTB 4GP4B 190LA 2I20A 1QT6A 3HUAA 1O0AA 1C6FA 4W53A 3FADA 157LA 1QKOA 1L49A 1BM1A 259LA 2B74A 3C8RA 1E12A 5A8EA 2OE4X 2R4RA 2B72A 4IAPA 1M0LA 3VGAA 1G1WA 1X0K1 1Q5JA 2QARC 2O4WA 258LA 3LZMA 1IW6A 191LA 1L34A 1L54A 2Q9EA 3SB7A 221LA 138LA 3UG9A 1G0LA 3HAQA 1L88A 1QT4A 3C9MA 1C62A 1CUQA 227LA 212LA 1L09A 1L30A 165LA 226LA 5AHZA 1JFPA 2HUMA 2LNLA 1L12A 4MQSA 3UTVA 3HU9A 126LA 1L67A 4IARA 3UTXA 1D3JA 3CODA 2RAYX 2OU8A 4EKRA 1L04A 5BR5A 1L15A 1CV3A 150LA 112LA 4HWLA 4UG2A 4EKSA 1FBBA 2ANXA 1LI3A 4XXJA 3ABWA 210LA 1L90A 1DYFA 3S3CB 251LA 146LA 3GULA 4I7QA 4X1HA 231LA 1P6YA 1C6AA 1DYGA 1L62A 5F8UA 5A44A 4AMJA 3F9LA 1L0MA 237LA 1L22A 1G0KA 3DN0A 1XIOA 1JTNA 1L20A 1L58A 1L47A 1D2YA 1S54A 2JAGA 253LA 2RBPA 198LA 4IB4A 5H2JA 4HYXA 1QT8A 1G0MA 201LA 1L72A 247LA 1ZYTA 1R84A 4JR8A 1OV5A 3WQJA 1EHKB 1LWKA 3L2XA 257LA 3VW7A 2ZZLA 1OVHA 3FA0A 1LN6A 1C6GA 4IAQA 1LYGA 235LA 236LA 4OO9A 3SBBC 2A4TA 4L6RA 1BRXA 1LYIA 129LA 1L48A 3C83A 2KSBA 1L92A 2I21A 139LA 2NTWA 1L07A 3DN1A 213LA 3DMVA 242LA 2B6ZA 1PQKA 1L00A 3A7KA 113LA 2B70A 1KNIA 3C80A 3VVKA 4X31A 1L26A 1P2RA 1SX7A 2YDVA 1C60A 1L05A 1KG9A 3OE0A 3GUNA 1SSWA 4W59A 3SB8A 1S51A 1L79A 111LA 3HARA 1DYBA 3AM6A 5H2OA 4UHRA 1LYFA 151LA 1QSQA 1L35A 3DKEX 1XJUA 1DYDA 1BRDA 2OTYX 1CU5A 119LA 3C82A 4W55A 1L39A 1P8IA 1L73A 1QSBA 1L96A 2EI4A 1QUDA 4YXCA 1L14A 1X0SA 1F50A 107LA 2KSYA 4X32A 122LA 209LA 2QB0B 1I6SA 1L65A 2RB0X 1L56A 1F4ZA 2OEAX 147LA 5JJEA 4PXFA 1CU3A 152LA 120LA 3UTWA 1QUGA 3S3BB 183LA 1L44A 1L63A 1PQMA 1P5CA 4N6HA 1L08A 243LA 3CDQA 244LA 4EIYA 2B6XA 238LA 1CV5A 1L41A 3QJVB 5H2KA 220LA 108LA 3AYMA 241LA 195LA 175LA 1C6BA 1L91A 2RBSA 1UCQA 149LA 3QDCA 1G0JA 1D3FA 2O7AA 4ARQB 1D9WA 228LA 1B6IA 254LA 3OAXA 3C7WA 4XTNA 3DMZA 3DN4A 4W57A 103LA 1L64A 1QT3A 3MBVA 1C6TA 1L59A 104LA 1PQOA 1L53A 1G0GA 1G0QA 3NY9A 1C8RA 1C8SA 1QTDA 3PWHA 4JQ6A 3REYA 1S8LA 4EA3A 1LI2A 1L76A 1M0KA 162LA 128LA 225LA 3X3BA 4J4QA 141LA 188LA 2RBQA 1C6QA 240LA 4W54A 177LA 2HUKA 4NC3A 3DN8A 2Z73A 4FA7B 4YX7C 5G28A 1L0JA 2WJKA 4G70B 3ZEVA 1JQUA 255LA 3COCA 1C68A 4XT3A 1QUOA 1QTZA 1P3NA 219LA 1G0PA 1C6NA 1EPYA 1P56A 2ZIYA 2B7XA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1LHHA 189LA 4WG7A 4B1AA 1BHZA 256LA 1C66A 3LYOA 3CQLA 2BQLA 1IXFA 4G4BA 3S8GB 1PQJA 4RW1A 3SB6A 3A6CY 1L31A 2F4GA 1B5XA 1GZMA 3QJQB 1L93A 2LYMA 3A92A 2HPYA 3V2YA 1UIGA 4DT3A 2LCBA 4G7QB 2HEDA 4B4EA 3WU7A 1QDTA 5KXXA 3FE0A 1B7PA 3A94A 5LZMA 1DYCA 4LFPA 5KKJA 4MQTA 2O79A 3AB6A 3E3DA 1YL0X 1T6HA 1AP9A 3QBGA 1HMKA 2JAFA 1HEWA 5B06A 1SWYA 125LA 5AX1A 2DQFC 230LA 1IR8A 1OWYA 2G4NA 5J7AA 1J1OY 1CWQA 172LA 1HEOA 3C9LA 4WLYA 4XJDA 2LZMA 4LDEA 1HFXA 3A3RX 1L25A 1YILA 1AKIA 5AX0A 5KXLA 1P7SA 1QHJA 2BRDA 1GFTA 174LA 5B05A 2YDOA 173LA 1CV0A 2R4SA 1LKSA 3KAMA 1TEWA 5A3ZA 245LA 1KW5A 1QTHA 3MGWA 4GYCA 4H8YA 1L10A 1LKRA 1DKJA 4I7PA 1M0MA 4I7KA 1L01A 2Y04A 4N4WA 1C6KA 3WW6A 1INUA 1D3NA 1SX2A 4W58A 163LA 5KXWA 4HYJA 4LZMA 1GXXA 1C45A 1PS5A 2L6XA 2RH1A 5B6WA 2ZYPA 161LA 4H9BA 2LYZA 4DD9A 4EKPA 5KXNA 1JJ3A 1L95A 4GN5C 3A95A 3PDSA 1L13A 1LHIA 4ML7A 215LA 2XBSA 4WM6A 1IWUA 1L57A 2HEFA 4AMIA 4ETBA 1LPIA 115LA 1GF4A 3QBIA 4HTNA 1FKVA 1LJKA 3A91A 2EQLA 4FPDA 1KIPC 1IC5Y 1C6LA 1GF7A 3HTGA 187LA 1K28A 1IP4A 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 3AM6 A;  5H2O A;  4UHR A;  1LYF A;  151L A;  1QSQ A;  1L35 A;  3DKE X;  1XJU A;  1DYD A;  1BRD A;  2OTY X;  1CU5 A;  119L A;  3C82 A;  4W55 A;  1L39 A;  1P8I A;  1L73 A;  1QSB A;  1L96 A;  2EI4 A;  1QUD A;  4YXC A;  1L14 A;  1X0S A;  1F50 A;  107L A;  2KSY A;  4X32 A;  122L A;  209L A;  2QB0 B;  1I6S A;  1L65 A;  2RB0 X;  1L56 A;  1F4Z A;  2OEA X;  147L A;  5JJE A;  4PXF A;  1CU3 A;  152L A;  120L A;  3UTW A;  1QUG A;  3S3B B;  183L A;  1L44 A;  1L63 A;  1PQM A;  1P5C A;  4N6H A;  1L08 A;  243L A;  3CDQ A;  244L A;  4EIY A;  2B6X A;  238L A;  1CV5 A;  1L41 A;  3QJV B;  5H2K A;  220L A;  108L A;  3AYM A;  241L A;  195L A;  175L A;  1C6B A;  1L91 A;  2RBS A;  1UCQ A;  149L A;  3QDC A;  1G0J A;  1D3F A;  2O7A A;  4ARQ B;  1D9W A;  228L A;  1B6I A;  254L A;  3OAX A;  3C7W A;  4XTN A;  3DMZ A;  3DN4 A;  4W57 A;  103L A;  1L64 A;  1QT3 A;  3MBV A;  1C6T A;  1L59 A;  104L A;  1PQO A;  1L53 A;  1G0G A;  1G0Q A;  3NY9 A;  1C8R A;  1C8S A;  1QTD A;  3PWH A;  4JQ6 A;  3REY A;  1S8L A;  4EA3 A;  1LI2 A;  1L76 A;  1M0K A;  162L A;  128L A;  225L A;  3X3B A;  4J4Q A;  141L A;  188L A;  2RBQ A;  1C6Q A;  240L A;  4W54 A;  177L A;  2HUK A;  4NC3 A;  3DN8 A;  2Z73 A;  4FA7 B;  4YX7 C;  5G28 A;  1L0J A;  2WJK A;  4G70 B;  3ZEV A;  1JQU A;  255L A;  3COC A;  1C68 A;  4XT3 A;  1QUO A;  1QTZ A;  1P3N A;  219L A;  1G0P A;  1C6N A;  1EPY A;  1P56 A;  2ZIY A;  2B7X A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
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 1D3N A;  1SX2 A;  4W58 A;  163L A;  5KXW A;  4HYJ A;  4LZM A;  1GXX A;  1C45 A;  1PS5 A;  2L6X A;  2RH1 A;  5B6W A;  2ZYP A;  161L A;  4H9B A;  2LYZ A;  4DD9 A;  4EKP A;  5KXN A;  1JJ3 A;  1L95 A;  4GN5 C;  3A95 A;  3PDS A;  1L13 A;  1LHI A;  4ML7 A;  215L A;  2XBS A;  4WM6 A;  1IWU A;  1L57 A;  2HEF A;  4AMI A;  4ETB A;  1LPI A;  115L A;  1GF4 A;  3QBI A;  4HTN A;  1FKV A;  1LJK A;  3A91 A;  2EQL A;  4FPD A;  1KIP C;  1IC5 Y;  1C6L A;  1GF7 A;  3HTG A;  187L A;  1K28 A;  1IP4 A;  1VDP A;  2A7F A;  1CX7 A;  4I7T A;  1KIQ C;  1HZX A;  1UCO A;  4LYB A;  178L A;  1JGJ A;  1LZB A;  4MR1 A;  1KXY A;  4MBS A;  4I7L A;  1L85 A;  1UID A;  3C81 A;  3HTF A;  2Z2F A;  6LZM A;  3SB9 A;  1IP5 A;  4KL7 A;  4FAA B;  2H5Z A;  3TMW A;  3WYH A;  3LYM A;  5DHG A;  2YCZ A;  3CAP A;  3D4S A;  5LIN A;  5J7C A;  3LHM A;  1GBS A;  2WJL A;  1T8G A;  4H93 A;  4GP8 B;  4EOF A;  2J4Y A;  1C64 A;  5LVK A;  2EPE A;  1LJJ A;  1UIB A;  223L A;  1L28 A;  5BR2 A;  1C67 A;  4PGJ B;  2EKS C;  1CKC A;  2RAZ X;  1JV6 A;  1WQO A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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