3V2Y | Genus

Total Genus 150

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	150
sequence length	462
structure length	455
Chain Sequence	VSDYVNYDIIVRHYNYTGKLNISADKENSIKLTSVVFILICCFIILENIFVLLTIWKTKKFHRPMYYFIGNLALSDLLAGVAYTANLLLSGATTYKLTPAQWFLREGSMFVALSASVFSLLAIAIERYITMLKNNFRLFLLISACWVISLILGGLPIMGWNCISALSSCSTVLPLYHKHYILFCTTVFTLLLLSIVILYCRIYSLVRTRNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYASRSSENVALLKTVIIVLSVFIACWAPLFILLLLDVGCKVKTCDILFRAEYFLVLAVLNSGTNPIIYTLTNKEMRRAFIRIMGRPL

Loading diagram...

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__3901851481015277__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__3901851481015277__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/3V2Y/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__3901851481015277__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"3901851481015277","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/3V2Y/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__3901851481015277__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Hydrolase
source organism	Homo sapiens
publication title	Crystal structure of a lipid G protein-coupled receptor. pubmed doi rcsb
molecule keywords	Sphingosine 1-phosphate receptor 1, Lysozyme chimera (E.C.3.
total genus	150
structure length	455
sequence length	462
ec nomenclature	ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date	2011-12-12

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00959	Phage_lysozyme	Phage lysozyme
A	PF00001	7tm_1	7 transmembrane receptor (rhodopsin family)

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
1.10.530.40	Mainly Alpha	Orthogonal Bundle	Lysozyme	Lysozyme	3v2yA02
1.20.1070.10	Mainly Alpha	Up-down Bundle	Rhopdopsin 7-helix transmembrane proteins	Rhopdopsin 7-helix transmembrane proteins	3v2yA01

1LI3A 187LA 1OV7A 3CAPA 1L48A 3HARA 1ZWNA 245LA 1L28A 3C83A 3QJSB 2HUKA 2Y00A 141LA 1DYAA 1LYJA 5A45A 1XEPA 1JTMA 3HDEA 4I7PA 1L17A 2RB2X 3HT7A 4FA7B 171LA 5AHYA 144LA 205LA 145LA 1AT9A 3L2XA 2RAYX 4GP5B 1T8AA 1C6MA 220LA 222LA 258LA 3GUIA 3HH3A 4X31A 4XT1A 4BEZA 1L61A 1UAZA 4W57A 1C6EA 2O4WA 3AM6A 1L71A 3VVKA 1L0KA 3QBLA 4IAPA 4TL3A 1P56A 1H2SA 1T8GA 152LA 1QS9A 1D3MA 1QT6A 1D2YA 1MGYA 3C8RA 1JV6A 4J4QA 5JJJA 1L96A 4EKSA 1PQDA 1F4ZA 1G0MA 1L87A 262LA 2F2QA 1PXSA 4PXFA 1C60A 4W51A 4HYXA 3UONA 4S0WA 1GUEA 3C82A 157LA 2B6YA 3GUPA 3F8VA 3HAOA 3HTFA 2YDVA 3EH5B 2B6WA 156LA 2ZFEA 1WTHA 1OVKA 1SSWA 3DN4A 1CWQA 4G7QB 1D2WA 197LA 2R4RA 1PQMA 3VW7A 3S8GB 2BRDA 233LA 1C64A 259LA 1C6NA 4GPOA 5B6YA 1C67A 241LA 1EPYA 188LA 2B75A 1EHKB 1L04A 3QJTB 3HWLA 161LA 1B6IA 4XXJA 2NTHA 1S8JA 3A7KA 1KW7A 1QKPA 218LA 2EI4A 4ARPA 1L23A 1QTZA 1C6JA 230LA 2OE9X 4EJ4A 3NY8A 4W59A 4G7RB 4AQNA 5G54A 128LA 1CU3A 1L93A 1OV5A 4EPFA 2RBNA 226LA 2HUMA 1L06A 3PBLA 243LA 1CU6A 3ZEVA 1DYEA 1LWKA 2M3GA 5LWEA 2KSYA 3VHZA 3C80A 4MQTA 5B6ZA 3HH6A 5H2LA 4I7LA 1BRRA 237LA 1C69A 180LA 1CX7A 1L9HA 3SB8A 254LA 1C8SA 2QB0B 1KGBA 2OE4X 3UTWA 1CU0A 115LA 1DYFA 257LA 3F9LA 1L31A 119LA 4AMJA 4MBSA 2Y01A 1LYFA 4I7OA 3C7WA 3G3VA 252LA 2JAGA 1L86A 159LA 174LA 1CUPA 239LA 217LA 4X32A 2OTZX 5JJNA 118LA 3RZEA 2LZMA 1D9WA 1XMEB 1L59A 1L98A 4ARQB 5AX1A 5H2MA 2RH1A 149LA 1Q5IA 1L94A 1F50A 2QPDB 195LA 108LA 1XJTA 1L65A 1U19A 158LA 4XTOA 2LCBA 5ITCA 3L64A 103LA 3QBGA 1X0K1 1NHBA 1C6QA 3G3WA 1L11A 2Y04A 1LN6A 1QTHA 221LA 3QJUB 229LA 1P37A 2F47A 1OVJA 5BR5A 147LA 2IGCA 114LA 3GUOA 1P64A 4I7KA 5G2AA 1PQKA 107LA 1QT8A 212LA 2L6XA 131LA 4BEYA 261LA 1P6YA 2ZZLA 5JJEA 2B74A 4I7QA 138LA 4QIDA 225LA 110LA 1L39A 3PDSA 1PY6A 2KSBA 2RB0X 1L21A 181LA 122LA 4W58A 2RAZX 1H68A 1SX2A 3DN2A 126LA 1L12A 2YCWA 1C62A 1C66A 4W52A 4JQ6A 1TN0A 2AT9A 127LA 4KNFA 1L13A 1D3JA 1L35A 1L56A 1L03A 227LA 4I7TA 1IXFA 4QRYA 1AP9A 1L05A 4NC3A 1D3FA 1L34A 3ZPQA 3X3CA 3C7ZA 3HANA 1G06A 1LYEA 1L92A 2Q9EA 112LA 162LA 1L18A 1G0QA 104LA 1C63A 2B6ZA 4I7NA 5ETZA 4BUOA 3HT9A 2NTWA 129LA 5J7AA 1JFPA 1L83A 1L91A 5TGZA 4AMIA 3DMXA 1D3NA 244LA 4LDOA 4EKPA 3GUJA 165LA 1QSBA 4I7RA 5G36A 2HPYA 215LA 224LA 4W55A 2OU9A 3DN3A 1M0LA 1UCQA 2Q9DA 4WAVA 3VGAA 4PJZA 4KLYA 5F8UA 5G2DA 1T97A 151LA 4YX7C 3T45A 1L89A 7LZMA 1C6DA 219LA 2A4TA 1LW9A 3NY9A 1L00A 1L75A 4JKVA 4EXMA 148LE 1QUOA 4I7MA 2O7AA 2YCYA 214LA 4FBZA 3C81A 3DMVA 3HTBA 1CV1A 1G1WA 2NTGA 3KJ6A 4N4WA 2ANVA 1L37A 3CDQA 1L22A 111LA 3S3DB 1L95A 4ARQA 2I20A 4N6HA 4QI1A 1ZURA 3NYAA 1L88A 2YCXA 4UG2A 3SB7A 1JV7A 123LA 2B70A 1K28A 1PQIA 1L32A 166LA 3NS0A 146LA 3HT6A 1XIOA 4K5YA 2LNLA 5A44A 3HU9A 3HAPA 3S3BB 1L01A 1L10A 3VI0A 3UZAA 2Z73A 1C3WA 5H2JA 143LA 2B73A 1L47A 1L30A 1L26A 1L38A 1L25A 1QTVA 4GP8B 3V2YA 3QBIA 4G70B 5KKHA 1L15A 3EH3B 177LA 4ARLA 5ITEA 5B6WA 3OE9A 1CU2A 2QARC 1KS3A 3QAPA 2NTUA 1DYGA 4OV0A 5G28A 3DN0A 1L33A 4IARA 2WJKA 1L09A 183LA 5AHZA 1CV3A 4MD2A 1P8IA 186LA 1R2NA 1L79A 3SBAA 4XTNA 2OTYX 1LWGA 3G3XA 1P2RA 3VG9A 3D4SA 139LA 1SWYA 1L85A 5DYSA 4IAQA 5G2CA 1P36A 3QJQB 1XJUA 1C65A 3UTYA 3HAQA 1LYHA 1L62A 4FAAB 1L29A 1ZYTA 1L07A 4I7JA 1LGXA 1L70A 4A4MA 1L43A 1SSYA 1L63A 1QUDA 2JAFA 1L0MA 2OU0X 5C1MA 1L42A 3DDLA 4L6RA 1KY1A 1P8HA 5LZMA 1L73A 3P0GA 1C6IA 3C7YA 3CDVA 189LA 253LA 4G7SB 3HU8A 1QSQA 2ZIYA 1E0PA 4EIYA 236LA 4EPIA 1L72A 1DZEA 137LA 1C6GA 2CUUA 4LDLA 3UZCA 1LYDA 248LA 1S8LA 2F95A 1L44A 4GYCA 5B2NA 1I6SA 3MBVA 209LA 5AZDA 1JQUA 1E12A 4YXCA 2Y03A 176LA 1L82A 1PQJA 247LA 210LA 1F88A 1BRDA 3COCA 3HH5A 201LA 223LA 142LA 1G07A 3UTVA 3V2WA 2OEAX 4PXKA 4HYJA 4ARMB 4EKRA 2Y02A 3HTGA 4G71B 3HUKA 1L27A 102LA 3QAKA 1KY0A 1LGWA 2YDOA 5B34A 3SB6A 1CV4A 1G0KA 3DKEX 255LA 4LDEA 4W56A 2B6TA 2RBQA 3PXOA 1G0LA 1CTWA 1L02A 1G0GA 1L66A 2RBRA 3GUNA 1P3NA 4W54A 1QT4A 1SX7A 4XTLA 1L99A 1LLHA 150LA 1XJIA 1L68A 2G87A 5H2PA 1L41A 2O79A 1Q5JA 1CV5A 213LA 1LPYA 170LA 231LA 1LI2A 2OE7X 2L78A 1CV6A 232LA 1L97A 1L53A 3FA0A 4DJHA 4DKLA 5AX0A 242LA 3DMZA 1FBKA 2QPEB 113LA 1G1VA 1LI6A 1QKOA 5DHGA 2ANXA 5I14A 5A8EA 234LA 1JTNA 1L19A 1JGJA 4WW3A 5B6VA 3GUMA 1CX6A 1L76A 1C6PA 3NSBA 4IB4A 1P7SA 3WQJA 191LA 2B7XA 1L81A 140LA 1TLAA 1L20A 2RBOA 4OO9A 2I35A 1KG8A 1CVKA 3ODUA 1FBBA 5BR2A 160LA 2WJLA 3CDRA 1KMEA 1X0SA 2PEDA 4GBRA 5G53A 1PQOA 198LA 1C6FA 109LA 3FI5A 3DN8A 1T8FA 228LA 3GULA 3HASA 3EH4B 4ZPUA 3C8QA 1L51A 2RBSA 1C6CA 3LZMA 3SB5A 1CUQA 1BM1A 1L77A 4G72B 5H2KA 3CDTA 3S3CB 3OE8A 125LA 5B6XA 173LA 168LA 1S52A 3UTXA 1LGUA 1L84A 2B72A 3ABWA 3QJVB 4BV0A 1CV0A 1L40A 3OE6A 1QT7A 1DYDA 3HUAA 1LYGA 2Z55A 3JR6A 206LA 238LA 1QTDA 4PK0A 1HZXA 1VJMA 190LA 1C68A 1C6BA 1QTCA 1L55A 3AYNA 192LA 175LA 155LA 1L36A 3HUQA 2RB1X 3SN6R 1L64A 1S51A 5H2OA 3HDFA 1L54A 1G0PA 1O0AA 5AWZA 2F32A 4ARMA 260LA 1KW5A 184LA 1L67A 2I21A 2B6XA 1S54A 1TN5A 3HT8A 6LZMA 3REYA 1L80A 3HTDA 3BVDB 249LA 4E97A 1L08A 3HH4A 4EKQA 2J4YA 3GUKA 4JR8A 1L46A 1OYUA 3DNAA 3AYMA 2Z6BA 4N4YB 2I1XA 1IW9A 3RUNA 164LA 185LA 1QUHA 1KG9A 3X3BA 1L52A 1QTBA 1L14A 196LA 2LC9A 1GU8A 1L60A 3SBBC 1P5CA 4GBRB 4HWLA 2KS9A 235LA 1C6AA 3C9LA 1IW6A 1GZMA 3UG9A 4BWBA 3DN6A 1P46A 1C6LA 4EA3A 4FPDA 4Y9HA 3CODA 1OWYA 5B0WA 1L50A 251LA 1CU5A 1L58A 3DQBA 1LYIA 3QJRB 1SWZA 4X1HA 4MQSA 167LA 1R84A 1L57A 4BVNA 1G0JA 2KSAA 1L45A 1L69A 1L0JA 5B35A 1C61A 1DYCA 4LZMA 1OVHA 4GRVA 1QS5A 1P8UA 246LA 211LA 1C6TA 130LA 5FJGA 5EN0A 1QT3A 3OAXA 3DN1A 1QT5A 1L16A 1PXRA 1QUGA 1X0I1 3RFMA 3PQRA 4YXAC 3ZPRA 4ARJA 3QDCA 182LA 4W53A 199LA 1L49A 3PWHA 163LA 3S8FB 3QBKA 1L74A 1P2LA 1OWZA 5H2HA 4I7SA 1L24A 2VT4A 250LA 216LA 200LA 2OU8A 4MD1A 2HULA 4UHRA 3FADA 178LA 5DHHA 4XT3A 256LA 2YCZA 2RBPA 1QM8A 1VGOA 5H2NA 2F93A 3SB9A 169LA 1DYBA 2R4SA 120LA 3CDOA 3EMLA 3OE0A 1KNIA 1M0MA 4DAJA 1BRXA 1C8RA 240LA 172LA 3C8SA 1S53A 1M0KA 5H2IA 1C6KA 3C9MA 4L35A 1T6HA 2X72A 4GP4B 3K2RA 1QHJA 1C6HA 1L90A
chains in the Genus database with same CATH superfamily

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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 187L A;  5C6L A;  3HAR A;  3C83 A;  5L9J A;  141L A;  1DYA A;  1GBZ A;  1JTM A;  4I7P A;  4ZEE A;  1L17 A;  3E3D A;  1GFH A;  144L A;  1ALC A;  2RAY X;  258L A;  222L A;  2HTX A;  3GUI A;  4W57 A;  1C6E A;  3VVK A;  1L71 A;  1B7R A;  3BKH A;  1QT6 A;  2BQA A;  3P64 A;  2YDG A;  1LHH A;  1PQD A;  4GCF A;  1AKI A;  1L87 A;  2F2Q A;  4HYX A;  3BKV A;  4S0W A;  4LYC A;  2B6Y A;  3GUP A;  5LXW A;  4LYT A;  4UWN A;  2ZFE A;  1CKD A;  2BQL A;  1OVK A;  4HTK A;  1D2W A;  1IOQ A;  1C64 A;  259L A;  2MED A;  3B0K A;  1YKY X;  4GPO A;  1LSG A;  2B75 A;  4H9F A;  1EHK B;  1GF4 A;  161L A;  1GHL A;  1KW7 A;  1QKP A;  5KKJ A;  2EI4 A;  1OUG A;  1L23 A;  4G7R B;  5FEL A;  3F6Z A;  1L93 A;  2HUM A;  5ILC A;  4II8 A;  5FHW A;  5L3H A;  4LT2 A;  3FI7 A;  2F2N A;  3VHZ A;  1BB5 A;  3C80 A;  1UIF A;  4MQT A;  5B6Z A;  5H2L A;  4I7L A;  2GV0 A;  1BHZ A;  1LSC A;  1YAM A;  3SB8 A;  254L A;  1JSF A;  1KGB A;  3UTW A;  1C45 A;  1GE0 A;  119L A;  4BAP A;  4AMJ A;  3WPJ A;  1JSE A;  1B7N A;  3G3V A;  1LCN A;  3CQL A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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3V2YA

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