3V2YA

Crystal structure of a lipid g protein-coupled receptor at 2.80a
Total Genus 150
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
150
sequence length
462
structure length
455
Chain Sequence
VSDYVNYDIIVRHYNYTGKLNISADKENSIKLTSVVFILICCFIILENIFVLLTIWKTKKFHRPMYYFIGNLALSDLLAGVAYTANLLLSGATTYKLTPAQWFLREGSMFVALSASVFSLLAIAIERYITMLKNNFRLFLLISACWVISLILGGLPIMGWNCISALSSCSTVLPLYHKHYILFCTTVFTLLLLSIVILYCRIYSLVRTRNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYASRSSENVALLKTVIIVLSVFIACWAPLFILLLLDVGCKVKTCDILFRAEYFLVLAVLNSGTNPIIYTLTNKEMRRAFIRIMGRPL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
source organism Homo sapiens
publication title Crystal structure of a lipid G protein-coupled receptor.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Sphingosine 1-phosphate receptor 1, Lysozyme chimera (E.C.3.
total genus 150
structure length 455
sequence length 462
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2011-12-12

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
A PF00001 7tm_1 7 transmembrane receptor (rhodopsin family)
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 3v2yA02
1.20.1070.10 Mainly Alpha Up-down Bundle Rhopdopsin 7-helix transmembrane proteins Rhopdopsin 7-helix transmembrane proteins 3v2yA01
4GPOA 4EKRA 1L66A 1UAZA 4W53A 1L80A 2J4YA 196LA 3C8RA 4L6RA 4XTLA 2B75A 3HTBA 111LA 5JJJA 241LA 221LA 2B70A 1C60A 1L33A 1LLHA 131LA 1LI3A 4I7JA 4EPFA 3QBLA 102LA 104LA 1MGYA 3EH3B 1QUHA 5G53A 235LA 1KG8A 1L23A 184LA 1PQMA 2R4SA 4ARPA 1R2NA 4N6HA 2OU8A 1DZEA 4Y9HA 5EN0A 4JKVA 2B74A 1L37A 1X0I1 2F93A 5H2HA 2YDOA 5H2JA 222LA 1CTWA 3EH5B 4XXJA 1L48A 1L16A 1CU2A 3JR6A 3QJQB 1L74A 5LWEA 1H2SA 1QTDA 227LA 243LA 5A45A 107LA 1QS9A 2L78A 1P8UA 4KNFA 3PDSA 225LA 2ZZLA 1PXRA 2RB2X 1L64A 3C82A 1H68A 187LA 4ARQA 1L51A 4GBRB 166LA 2OU0X 3NS0A 3C8QA 5F8UA 3S8GB 5G54A 223LA 4I7OA 3ZEVA 1G0PA 1L0KA 3VI0A 3CDQA 3C7ZA 3HT6A 3UTXA 1L21A 259LA 1C6BA 1L88A 3DMVA 3HTGA 1C63A 1P2LA 2NTHA 4MQSA 3AYNA 3FADA 3VHZA 1L9HA 195LA 1L12A 3L2XA 1IW9A 1UCQA 4W52A 1KY1A 3GULA 181LA 1L38A 3GUKA 3QBKA 1L96A 2Y01A 4TL3A 5ITCA 1L91A 4BWBA 163LA 1L39A 242LA 244LA 1OYUA 1FBBA 2WJKA 152LA 2Q9EA 233LA 2KS9A 4EJ4A 1QUOA 138LA 4ARMB 1CUPA 1L35A 1LYEA 1E0PA 1Q5IA 1L95A 226LA 114LA 3C7WA 4W57A 4G7RB 1QT5A 4XT3A 1QTHA 3NY8A 129LA 1LYIA 1C6LA 3GUMA 2F47A 5LZMA 109LA 1L85A 1S54A 2CUUA 2NTUA 3HARA 240LA 1L11A 1C67A 1L56A 110LA 1LYGA 256LA 2LNLA 4W54A 4G72B 4N4YB 1S8LA 4XTOA 4BUOA 113LA 137LA 3VGAA 1GUEA 238LA 4W59A 3UZCA 2RBRA 5B6ZA 1TN5A 3HT8A 2B6TA 4GYCA 1L27A 3GUIA 3HTDA 3GUJA 167LA 3SN6R 5B34A 141LA 1L82A 1G1VA 2ZFEA 3DN8A 1QT4A 4FPDA 1QTVA 4HYJA 172LA 1L53A 1C6GA 186LA 1P46A 4I7QA 2O79A 150LA 2I35A 1CV5A 5AWZA 1F50A 1LGXA 4XTNA 1BM1A 4EKQA 4I7MA 1XJTA 1L0MA 5BR2A 189LA 1WTHA 231LA 4UHRA 1L29A 198LA 1DYDA 3SBBC 3V2WA 4WW3A 3CDRA 5G36A 1T8AA 1D3MA 3QAKA 1C6HA 1L28A 177LA 1X0SA 1GU8A 4MBSA 1T8FA 3HU9A 1EHKB 1L04A 209LA 1LWGA 3FA0A 1U19A 1L08A 1L77A 1C3WA 1JQUA 3S3DB 120LA 4X31A 1LYJA 3EMLA 5G2AA 3HH6A 1C6PA 1L25A 4FA7B 1M0KA 3QJRB 103LA 220LA 174LA 1CV3A 2RH1A 1C8SA 3WQJA 1L99A 3RFMA 1L14A 1TN0A 4I7TA 157LA 1T6HA 1ZWNA 1C6JA 3SB5A 1S51A 3HH3A 1QT8A 1L97A 3EH4B 1LGUA 1P3NA 4I7PA 2RBQA 155LA 1SSWA 5AHZA 5B0WA 173LA 1L81A 258LA 3SB7A 3S8FB 2Z55A 3UZAA 3FI5A 4BEZA 1C6NA 230LA 205LA 3COCA 2R4RA 3DDLA 4FBZA 1CV1A 3NYAA 1B6IA 1C6TA 2PEDA 4XT1A 3F9LA 4EIYA 3DN6A 4UG2A 1DYBA 4GRVA 1C8RA 1KG9A 4LZMA 1L65A 5AHYA 1L24A 1NHBA 217LA 1C62A 218LA 1L92A 1L54A 3ODUA 3BVDB 1S8JA 1C6MA 5AX1A 1IW6A 3HAOA 1SWYA 1QHJA 4GBRA 4HYXA 1C66A 2F95A 2BRDA 2F32A 1BRXA 192LA 2OTYX 2RAZX 165LA 1BRRA 1L86A 3CDVA 1G0LA 1C6FA 1L26A 190LA 5H2IA 3OE8A 1F4ZA 2HPYA 3UG9A 5G28A 3DN1A 249LA 2HUKA 112LA 212LA 200LA 3SBAA 1L41A 2B7XA 2OE7X 1L15A 2Y03A 4W55A 1L44A 3S3BB 1G0MA 3QBIA 3C8SA 1OVKA 1L67A 213LA 3C9MA 5B2NA 2AT9A 3HASA 3C80A 260LA 3VG9A 5KKHA 1L71A 1PQDA 2YCYA 4PJZA 1OVHA 4DKLA 2Y00A 1C69A 1OV7A 1L73A 1L90A 4ARJA 5JJEA 4ARMA 2RBOA 3OE6A 2B6YA 2A4TA 1L00A 3V2YA 1LYHA 122LA 2HUMA 128LA 1I6SA 2Z6BA 4LDLA 1PQIA 2KSBA 1E12A 2QPEB 2OE4X 1L62A 1DYCA 1KY0A 3OAXA 4PXFA 1P37A 1PY6A 1M0LA 1L87A 1QTZA 1QKPA 1CV6A 1JFPA 1XJUA 1L0JA 2RB0X 3DKEX 5AX0A 1C6AA 1LGWA 2O4WA 1LN6A 4YXCA 3VW7A 3PQRA 1L63A 2B6WA 206LA 3UONA 4QIDA 1L75A 236LA 4G70B 3C81A 1L01A 1L22A 115LA 215LA 108LA 1C6QA 1CX6A 147LA 253LA 3QJVB 4MD2A 4I7RA 1P56A 251LA 1XMEB 3QJUB 5H2LA 3S3CB 3OE9A 1C6IA 4YX7C 1QT6A 1ZURA 214LA 5H2NA 1L06A 252LA 1L60A 4IB4A 1L19A 4X32A 126LA 2I21A 3UTYA 3HT9A 2KSAA 3NY9A 1G07A 4PK0A 3SB9A 1CU5A 1S52A 1D2YA 239LA 1CX7A 1L79A 1OWZA 3DMZA 2YCZA 3C83A 1QS5A 3L64A 4E97A 1QSBA 245LA 3GUOA 170LA 1JTNA 1LYDA 3HH5A 4I7NA 2JAGA 1TLAA 2RBNA 5G2DA 1LI6A 158LA 4NC3A 1L17A 1KW5A 2OEAX 1PQJA 148LE 1GZMA 2RAYX 216LA 178LA 1L03A 3C7YA 3P0GA 140LA 1L59A 1OWYA 1QT7A 2YCWA 1CV0A 185LA 2Y02A 2ANVA 1L13A 2Y04A 1L18A 1L94A 2ZIYA 3PBLA 1HZXA 1C64A 1LWKA 3DN3A 1D3NA 2B6ZA 1CV4A 1L58A 1DYGA 1L84A 2Z73A 139LA 1L70A 123LA 1DYEA 2LZMA 168LA 4BV0A 4DJHA 2VT4A 3CAPA 3T45A 1XEPA 3PXOA 1SWZA 1SSYA 7LZMA 4BEYA 1XJIA 1QTBA 3G3XA 5ITEA 146LA 4BVNA 1QTCA 3QAPA 1DYAA 2O7AA 3HDEA 5DYSA 1BRDA 1L83A 2M3GA 3HAPA 3QJSB 119LA 4G7QB 4OV0A 4KLYA 1P7SA 248LA 1C65A 180LA 3LZMA 1L93A 4EPIA 1ZYTA 2Q9DA 3MBVA 3D4SA 3RUNA 1L43A 3GUPA 169LA 182LA 1C68A 2OE9X 188LA 5I14A 1CU6A 1P5CA 2KSYA 5DHHA 130LA 1T97A 1IXFA 3HANA 1CU3A 1L68A 1JV7A 2NTWA 1C6EA 1QSQA 3HTFA 1L50A 201LA 219LA 2X72A 3UTVA 3QJTB 1KW7A 3SB8A 4FAAB 4QRYA 1OV5A 5JJNA 1P36A 1T8GA 3UTWA 175LA 229LA 4G71B 1G1WA 3SB6A 3REYA 199LA 2I1XA 1P6YA 2YDVA 5DHGA 1LYFA 2IGCA 3DN0A 4IARA 160LA 1L05A 3HUAA 4AQNA 1L52A 1L32A 2I20A 1XIOA 4GP5B 1QKOA 1FBKA 4I7LA 4EKSA 5B35A 4W58A 3K2RA 1SX2A 4X1HA 176LA 2G87A 5C1MA 4GP8B 162LA 1LI2A 232LA 125LA 4I7SA 5BR5A 144LA 3RZEA 5AZDA 3HWLA 5A44A 5B6YA 1K28A 3PWHA 4YXAC 1CUQA 261LA 4K5YA 3HT7A 4MQTA 1PQOA 3NSBA 5B6WA 4EXMA 2JAFA 2EI4A 4W56A 1L89A 5ETZA 4AMIA 1AP9A 1F88A 1VJMA 3G3VA 228LA 1C6DA 211LA 1KS3A 1JTMA 2LC9A 191LA 4QI1A 2OTZX 4ARQB 1L47A 2B73A 3HDFA 145LA 3CODA 4GP4B 2B72A 2RB1X 1P8HA 1SX7A 2B6XA 3CDOA 246LA 1KMEA 5J7AA 1QUGA 1S53A 1L46A 1P64A 237LA 156LA 1DYFA 1QT3A 164LA 1G0QA 2QB0B 1L07A 4ARLA 3DN4A 3AYMA 4N4WA 3F8VA 1LW9A 4JR8A 1C61A 3HUQA 1KGBA 1D2WA 3X3CA 2RBSA 210LA 224LA 5H2MA 1L02A 4ZPUA 1L45A 250LA 1EPYA 1PXSA 3AM6A 3DN2A 5H2OA 255LA 1G0GA 3ZPRA 4JQ6A 4EKPA 4S0WA 1L76A 4LDOA 1D3JA 1L69A 1L31A 1L42A 197LA 1O0AA 1D9WA 1OVJA 3KJ6A 4OO9A 5H2PA 1P2RA 1X0K1 4WAVA 5B6VA 1C6KA 3GUNA 127LA 3QBGA 151LA 3QDCA 3CDTA 3DQBA 1R84A 1L49A 3ZPQA 4PXKA 1Q5JA 1AT9A 118LA 1CU0A 5G2CA 1PQKA 2HULA 4L35A 4W51A 3HH4A 4HWLA 1P8IA 1L72A 3HU8A 1L40A 1L30A 1L20A 4I7KA 4AMJA 1G0KA 1CVKA 2F2QA 234LA 4J4QA 4MD1A 183LA 3HUKA 4IAPA 2L6XA 1KNIA 1L09A 2WJLA 4G7SB 1G06A 161LA 254LA 1D3FA 2QPDB 1LPYA 247LA 2NTGA 1L61A 2LCBA 2YCXA 3C9LA 3HAQA 5FJGA 4A4MA 5B6XA 3G3WA 1L10A 3VVKA 1L55A 3OE0A 3X3BA 2OU9A 2RBPA 143LA 171LA 142LA 1L98A 3DNAA 5A8EA 5TGZA 1VGOA 1CWQA 2QARC 1G0JA 257LA 1QM8A 3ABWA 4EA3A 1L57A 6LZMA 1C6CA 149LA 3A7KA 1L36A 159LA 1JGJA 1JV6A 5H2KA 1L34A 262LA 4LDEA 2ANXA 4IAQA 3DMXA 1M0MA 4DAJA 1QUDA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4GPOA 5B06A 2BQFA 5KXSA 4W53A 1UAZA 1V7TA 4HTKA 2H9JA 2J4YA 196LA 3C8RA 1BB6A 5JJJA 4LFPA 1NQIA 5DN5A 4WLYA 1LI3A 4EPFA 1HHLA 1OUBA 1QUHA 3CT1A 4H9EA 1YL0X 1IWUA 1PZYA 5H2HA 1GB6A 1UICA 1CTWA 222LA 3IWRA 4UWUA 3EH5B 2N5ZA 3JR6A 3QJQB 2W1MA 1TDYA 1H2SA 3MGWA 227LA 4PGJB 1QS9A 2L78A 5L3HA 4H90A 4KNFA 3PDSA 1REXA 2ZZLA 2F30A 1CNSA 1VAUA 2Z19A 3WULA 2BQKA 187LA 4ARQA 3E3DA 5J7CA 3C8QA 5ILFA 1LMAA 2H5ZA 3G3BB 4XYYA 4ETCA 3VI0A 1B2KA 4NG1A 3A92A 4B49A 1L9HA 1L12A 3IJUA 1INUA 5B59A 181LA 4TL3A 4B4EA 163LA 4W94A 242LA 2LYZA 4GLAA 2A7DA 3W6BA 1YROA 4NY5A 1QUOA 1RJCB 4ARMB 1LYEA 3A3RX 1Q5IA 1L95A 1QT5A 5IELA 1QTHA 1HMLA 129LA 1NDGC 4BAPA 1S54A 2WARA 4XJIA 1L11A 110LA 2LNLA 4W54A 1S8LA 113LA 1GUEA 4GN4A 238LA 4W59A 5LYTA 1YAOA 4TUNA 1TN5A 4M4OA 5E4PA 4H9CA 4CFPA 3GUIA 3HTDA 3GUJA 167LA 2HEEA 1F10A 1LKSA 1G1VA 135LA 3DN8A 4HTQA 3ULRA 1QTVA 172LA 186LA 150LA 1CV5A 3GXRA 1W6ZA 1BM1A 1L0MA 3AZ4A 4NSJA 1RE2A 4YM8A 4HP0A 3OK0A 4WW3A 2EKSC 1LJEA 4ZFPA 1GBXA 5LAGA 1N4FA 1T8FA 3HU9A 1L08A 2YDGA 1M0KA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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