3VW7A

Crystal structure of human protease-activated receptor 1 (par1) bound with antagonist vorapaxar at 2.2 angstrom
Total Genus 165
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
165
sequence length
447
structure length
442
Chain Sequence
DASGYLTSSWLTLFVPSVYTGVFVVSLPLNIMAIVVFILKMKVKKPAVVYMLHLATADVLFVSVLPFKISYYFSGSDWQFGSELCRFVTAAFYCNMYASILLMTVISIDRFLAVVYPMRTLGRASFTCLAIWALAIAGVVPLLLKEQTIQVPGLGITTCHDVLSETLLEGYYAYYFSAFSAVFFFVPLIISTVCYVSIIRCLSSSANIFEMLRIDEGLRLKIYKNTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYANRSKKSRALFLSAAVFCIFIICFGPTNVLLIAHYSFLSHTSTTEAAYFAYLLCVCVSSISCCIDPLIYYYASSEC
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title High-resolution crystal structure of human protease-activated receptor 1
pubmed doi rcsb
molecule tags Signaling protein/antagonist
source organism Homo sapiens
molecule keywords Proteinase-activated receptor 1, Lysozyme
total genus 165
structure length 442
sequence length 447
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2012-08-07

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
A PF00001 7tm_1 7 transmembrane receptor (rhodopsin family)
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 3vw7A02
1.20.1070.10 Mainly Alpha Up-down Bundle Rhopdopsin 7-helix transmembrane proteins Rhopdopsin 7-helix transmembrane proteins 3vw7A01
1JQUA 1L52A 1L97A 1M0LA 1L03A 4QIDA 177LA 1LPYA 4QI1A 3HAPA 2YCYA 1CUQA 244LA 3QJVB 1CV5A 2HUKA 2RBSA 2HULA 199LA 1CU3A 1M0MA 1KGBA 1C6NA 237LA 1L9HA 2KSYA 4MD1A 2OTZX 1WTHA 4JQ6A 1CV6A 1JV7A 3QAKA 4J4QA 3UG9A 1L71A 3HU8A 4K5YA 247LA 1L90A 3SB5A 248LA 5AX1A 243LA 1L75A 1P8HA 3QDCA 2B6ZA 3DKEX 2B70A 1E0PA 4Y9HA 1QTVA 1SWZA 3HH6A 3SBBC 1JFPA 4GBRB 222LA 3FI5A 3ABWA 1SX2A 3PDSA 4PXKA 3DNAA 1G0GA 1L98A 1T8FA 1TN0A 1P56A 5B0WA 1BM1A 176LA 1C6KA 1QS9A 3HUQA 201LA 3DN8A 3HWLA 1C6IA 3C7YA 1BRDA 1L00A 3GUPA 2LC9A 213LA 3HH3A 1L55A 157LA 3QJSB 1X0K1 254LA 3NSBA 3HDFA 1UCQA 109LA 1G0LA 200LA 1FBBA 2RB0X 1T8GA 186LA 1L86A 5I14A 2Z55A 3S3BB 4LDOA 3S3DB 1C6GA 3D4SA 2KSBA 1OV5A 146LA 185LA 129LA 5JJJA 1QT7A 4W55A 3G3VA 3FADA 4X32A 4HYXA 236LA 1L39A 4W54A 3X3CA 3PQRA 3SB9A 1L19A 1L46A 1L33A 1Q5IA 4G70B 228LA 3VHZA 1KNIA 5AWZA 1L38A 2QPEB 4XT3A 1P8IA 1L77A 2RB2X 3C83A 4KNFA 5A8EA 4MQTA 3DMZA 1P6YA 223LA 3NY9A 4FPDA 4DAJA 1K28A 1C6LA 131LA 1L47A 2A4TA 3F8VA 2Z73A 4WW3A 3MBVA 4X31A 1LYGA 1L43A 4EIYA 4IAQA 3REYA 4JKVA 3VVKA 2OE4X 3DN1A 2NTWA 2OTYX 1L28A 1C61A 2QARC 126LA 1L21A 1L73A 3FA0A 1C3WA 233LA 219LA 180LA 3SB7A 1L66A 3WQJA 2BRDA 4MBSA 1F4ZA 1CU5A 246LA 1LYJA 5DHHA 1L70A 4G71B 1CV4A 250LA 1L05A 2Z6BA 1OYUA 4ARQB 5B6YA 2QB0B 1L25A 3OE0A 1L44A 1DYDA 2ANVA 1S8JA 1L13A 1L50A 3HTDA 2B6WA 1QTHA 1LN6A 1GU8A 1L08A 166LA 2HPYA 4HYJA 158LA 3OAXA 159LA 242LA 2Q9EA 3DQBA 1QT6A 4TL3A 4IARA 107LA 1SSWA 1L80A 217LA 3EH4B 127LA 1VGOA 4A4MA 2RBNA 2YCWA 1QTCA 4L6RA 3DN0A 3GUKA 1U19A 2Y04A 3X3BA 4AMIA 3GUNA 3HTBA 1L18A 2B75A 1QT5A 4YXAC 1P2LA 3ZPRA 156LA 4GYCA 1P46A 3GULA 1G0PA 1JTMA 3OE6A 4W57A 1P36A 2QPDB 1L45A 5G2CA 4BEZA 4BV0A 229LA 4GP4B 261LA 2RAYX 3JR6A 1X0SA 4W52A 4W53A 5H2OA 3AM6A 1L96A 1ZURA 234LA 1PQMA 4EXMA 3PXOA 5EN0A 245LA 1OVJA 1QTDA 2WJKA 1C8RA 3QJTB 1L06A 1PY6A 1LYHA 1L09A 4XT1A 251LA 2O4WA 5ITEA 3HTGA 3UTXA 4YXCA 112LA 152LA 147LA 3C8QA 1L20A 104LA 1L62A 1QUGA 1D3JA 2B6XA 191LA 1C6PA 4W58A 4EKSA 1H68A 1XMEB 224LA 1C65A 3UTYA 1C6DA 3HTFA 7LZMA 1G0KA 1LLHA 1QTBA 1L83A 1LYIA 5H2JA 1L81A 4X1HA 5LWEA 192LA 1L67A 1L82A 103LA 206LA 1LGUA 1C6HA 3ODUA 3C82A 3QBIA 227LA 232LA 3UTWA 1CWQA 5H2PA 1L01A 1L51A 1L53A 5FJGA 1QSBA 178LA 2IGCA 2Y01A 4ZPUA 240LA 3HASA 3VG9A 4OO9A 2F2QA 1L30A 1LYFA 1L63A 175LA 4W51A 123LA 1C67A 2F47A 3ZEVA 1C6TA 1P8UA 1LI3A 2Y02A 1LW9A 239LA 1L85A 2CUUA 3RZEA 4G7RB 1UAZA 4ARMA 4L35A 162LA 1L76A 137LA 160LA 1ZWNA 3AYMA 2I1XA 3HDEA 3CDTA 1KG8A 2OU8A 4MQSA 195LA 1HZXA 3HH5A 4UHRA 182LA 3C81A 225LA 3QJUB 2G87A 1G06A 1M0KA 1L57A 1L79A 3HU9A 113LA 1QUHA 1L88A 1L10A 1L17A 3NYAA 5TGZA 1D3NA 1LGWA 5JJEA 5A45A 1C6CA 1PXSA 2Q9DA 165LA 190LA 3F9LA 144LA 139LA 2AT9A 141LA 1D2WA 1G0QA 4W56A 1P5CA 2ZFEA 2R4SA 125LA 2OEAX 3HH4A 2RBQA 1F50A 3GUMA 4GPOA 1QUOA 2O79A 1L56A 1C66A 1OVKA 2NTHA 183LA 172LA 2B7XA 1FBKA 2I20A 1KG9A 1JV6A 1CV1A 3HUKA 1QM8A 4XTNA 5B2NA 3C9MA 4N6HA 130LA 3C7ZA 1CV0A 1PQDA 1L32A 1PQKA 4EKQA 1L60A 1AT9A 1O0AA 3HARA 4XXJA 1QUDA 2RH1A 1SSYA 4W59A 1QT3A 2OU9A 1L69A 2ZZLA 168LA 119LA 5BR5A 1NHBA 3CDOA 118LA 3C8SA 1L59A 4N4YB 3HUAA 1L64A 2Y00A 5G2DA 256LA 1L95A 3DN2A 1S8LA 142LA 1L15A 4NC3A 3UZCA 1KS3A 3EMLA 1PQJA 1D9WA 1L74A 2L6XA 1C8SA 4PXFA 1C6JA 4EPFA 3NS0A 1C6FA 4LZMA 1C63A 1DYCA 220LA 1T8AA 3V2YA 1MGYA 1L61A 2J4YA 122LA 253LA 3HT7A 1L36A 2OE7X 4G7QB 4I7LA 1P2RA 5AX0A 174LA 1L92A 3GUJA 4EJ4A 3VI0A 4GRVA 2JAGA 3ZPQA 3HT6A 5B35A 1OWZA 1ZYTA 2OU0X 5AHYA 5H2MA 2PEDA 2F93A 5B6XA 1CU0A 2X72A 1L84A 241LA 4GP5B 4BVNA 2WJLA 5DHGA 2JAFA 3QJRB 1L23A 4HWLA 1QKPA 1D2YA 3LZMA 1L34A 1XJUA 4ARJA 187LA 4E97A 230LA 2ZIYA 4MD2A 2F32A 2LZMA 4UG2A 215LA 1PQOA 167LA 1G1VA 2B72A 212LA 3A7KA 3HANA 3CDRA 3SB6A 1E12A 1DYBA 252LA 1L0MA 5G28A 164LA 1L42A 3PBLA 3VGAA 1QTZA 2YCZA 3K2RA 2I35A 5ITCA 1C69A 1QT8A 128LA 3C8RA 5G54A 1KY1A 1XIOA 5J7AA 1D3MA 1L0KA 205LA 1GUEA 1CTWA 3CDQA 5C1MA 1LI6A 5G36A 1L48A 4EPIA 249LA 169LA 3KJ6A 231LA 4GP8B 188LA 2OE9X 5H2HA 3HT8A 226LA 1Q5JA 260LA 5JJNA 3VW7A 1DYAA 3DMVA 1LYEA 1L91A 138LA 2LCBA 4GBRA 3P0GA 1L41A 1VJMA 3C9LA 1L49A 3C80A 1L29A 5B6VA 259LA 1C62A 108LA 2YCXA 1KW7A 1CU6A 3RFMA 3T45A 4S0WA 5LZMA 5H2KA 3PWHA 1C60A 1JGJA 4XTLA 1LI2A 4KLYA 1L87A 2RBOA 1X0I1 3UONA 1S53A 155LA 2B6YA 3DN3A 1D3FA 3CAPA 3S8GB 1OVHA 170LA 6LZMA 3QBKA 1L04A 3S8FB 257LA 140LA 5BR2A 4I7MA 4EKPA 102LA 1IXFA 2M3GA 3AYNA 1IW9A 3DMXA 5H2LA 4N4WA 189LA 4ARLA 1H2SA 4DJHA 2KSAA 4OV0A 1L02A 1BRXA 1P64A 1L26A 2B74A 4I7JA 3UTVA 4IAPA 4AQNA 1S52A 3V2WA 1L54A 4LDEA 161LA 1QS5A 4ARMB 3L64A 5H2NA 3GUOA 4LDLA 2I21A 1DYFA 1L16A 1LGXA 5G53A 1L11A 1LWGA 209LA 3NY8A 3DDLA 1L58A 4JR8A 1SWYA 258LA 4YX7C 1QHJA 1S54A 1CUPA 3S3CB 1B6IA 4IB4A 216LA 1L93A 2RBRA 5KKHA 2EI4A 2NTGA 197LA 1KMEA 1QT4A 1R84A 1L31A 1XEPA 171LA 1G0JA 218LA 3QJQB 5B6ZA 145LA 184LA 214LA 2YDOA 4FAAB 238LA 2F95A 3OE8A 1L27A 4I7NA 5AHZA 2VT4A 3EH5B 3G3XA 1LYDA 1CX7A 1L22A 1L37A 143LA 4QRYA 1AP9A 1I6SA 1QKOA 4DKLA 235LA 1OV7A 4EKRA 1DYEA 3QAPA 5DYSA 255LA 1L99A 5B34A 4ARQA 3HT9A 1DZEA 198LA 2O7AA 4PK0A 1XJIA 181LA 1TN5A 4WAVA 151LA 1GZMA 1C64A 2NTUA 1C6AA 1XJTA 1OWYA 4EA3A 2RAZX 173LA 4G72B 210LA 2B6TA 1IW6A 1L40A 115LA 1P3NA 1JTNA 3UZAA 1C68A 4I7QA 1R2NA 1T6HA 110LA 2Y03A 1LWKA 3HAQA 4PJZA 4XTOA 1G1WA 148LE 163LA 111LA 1QSQA 3SB8A 4BEYA 1P7SA 2RB1X 120LA 3EH3B 1EHKB 4BUOA 1CVKA 1PXRA 1CU2A 196LA 3SN6R 4ARPA 1C6EA 2HUMA 1DYGA 4I7OA 5H2IA 1L89A 5AZDA 3RUNA 1TLAA 2ANXA 3L2XA 2B73A 1L68A 2L78A 3QBGA 3QBLA 5A44A 4I7TA 114LA 5G2AA 1G0MA 1CX6A 1F88A 2KS9A 4I7RA 1L0JA 2R4RA 1L94A 1C6QA 1CV3A 1L14A 3DN6A 4G7SB 1L12A 4AMJA 3BVDB 1PQIA 1S51A 1G07A 4BWBA 1L24A 3DN4A 3HAOA 1C6MA 3GUIA 149LA 2YDVA 5B6WA 1T97A 1L65A 5F8UA 3C7WA 1L07A 3G3WA 2LNLA 4FBZA 4I7KA 3CODA 1KY0A 3COCA 4I7SA 221LA 3CDVA 4I7PA 1KW5A 1EPYA 3SBAA 1L72A 211LA 3OE9A 1C6BA 1BRRA 5ETZA 1SX7A 4FA7B 150LA 1L35A 1P37A 262LA 2RBPA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4TWSA 1GB9A 244LA 1O23A 2HUKA 3EO5A 1T6VL 1KGBA 1L9HA 3WMKA 4XJDA 1NBYC 3TXKA 2KSYA 2OTZX 3B0KA 3QAKA 3UG9A 2HECA 247LA 1L90A 4G9SA 243LA 194LA 1GFVA 2ZNWY 2B70A 3HH6A 1JFPA 5LA5A 222LA 2I26L 1SX2A 1IP5A 1QSWA 4ML7A 2EIZC 3DN8A 213LA 3ZVQA 3HH3A 1LMQA 109LA 1G0LA 5ILFA 2RB0X 5I14A 1C6GA 2AUBA 2HEDA 2KSBA 185LA 1E8LA 5JJJA 1QT7A 3G3VA 1UUZC 1IP2A 5LINA 1UIGA 5F16A 2MEFA 4WL6A 2DQJY 1L33A 1PS5A 228LA 3VHZA 1GE4A 1W08A 1L77A 3B0IA 5LAGA 5A8EA 2DQAA 1W6ZA 1CKDA 223LA 1K28A 1L47A 1ZV5L 4IAQA 4NFVA 2G4NA 2OE4X 2BAAA 3TXEA 2OTYX 1HMKA 2QARC 2ZQ3A 1C3WA 3FA0A 233LA 180LA 2CDSA 4DDBA 5I4YA 3TXBA 5L3HA 1F4ZA 1UIEA 4N1EI 1LYJA 5DHHA 1L70A 2WARA 4E3UA 1L25A 1L50A 5IDDA 3HTDA 1GU8A 5KXYA 1LN6A 1OUDA 1L08A 3W3EA 2HPYA 4D9ZA 3EH4B 1VGOA 4A4MA 2YCWA 3ATNA 3DN0A 1MELL 1JISA 1P2LA 1VFBC 2HEEA 4YXAC 1G0PA 1JTMA 4W57A 2QPDB 1B5ZA 4GP4B 1X0SA 1ZURA 4WG1A 1PQMA 4EXMA 5EN0A 245LA 1QTDA 4CHXA 1GDWA 4QY9A 2D4KA 3UTXA 4YXCA 112LA 1WVVA 3C8QA 1C7PA 1GFTA 104LA 4W58A 1XMEB 1C6PA 2FYCA 3UTYA 2A7DA 1IR9A 7LZMA 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 4QRY A;  1AP9 A;  1I6S A;  1QKO A;  4DKL A;  235L A;  1OV7 A;  4EKR A;  1DYE A;  3QAP A;  5DYS A;  255L A;  1L99 A;  5B34 A;  4ARQ A;  3HT9 A;  1DZE A;  198L A;  2O7A A;  4PK0 A;  1XJI A;  181L A;  1TN5 A;  4WAV A;  151L A;  1GZM A;  1C64 A;  2NTU A;  1C6A A;  1XJT A;  1OWY A;  4EA3 A;  2RAZ X;  173L A;  4G72 B;  210L A;  2B6T A;  1IW6 A;  1L40 A;  115L A;  1P3N A;  1JTN A;  3UZA A;  1C68 A;  4I7Q A;  1R2N A;  1T6H A;  110L A;  2Y03 A;  1LWK A;  3HAQ A;  4PJZ A;  4XTO A;  1G1W A;  148L E;  163L A;  111L A;  1QSQ A;  3SB8 A;  4BEY A;  1P7S A;  2RB1 X;  120L A;  3EH3 B;  1EHK B;  4BUO A;  1CVK A;  1PXR A;  1CU2 A;  196L A;  3SN6 R;  4ARP A;  1C6E A;  2HUM A;  1DYG A;  4I7O A;  5H2I A;  1L89 A;  5AZD A;  3RUN A;  1TLA A;  2ANX A;  3L2X A;  2B73 A;  1L68 A;  2L78 A;  3QBG A;  3QBL A;  5A44 A;  4I7T A;  114L A;  5G2A A;  1G0M A;  1CX6 A;  1F88 A;  2KS9 A;  4I7R A;  1L0J A;  2R4R A;  1L94 A;  1C6Q A;  1CV3 A;  1L14 A;  3DN6 A;  4G7S B;  1L12 A;  4AMJ A;  3BVD B;  1PQI A;  1S51 A;  1G07 A;  4BWB A;  1L24 A;  3DN4 A;  3HAO A;  1C6M A;  3GUI A;  149L A;  2YDV A;  5B6W A;  1T97 A;  1L65 A;  5F8U A;  3C7W A;  1L07 A;  3G3W A;  2LNL A;  4FBZ A;  4I7K A;  3COD A;  1KY0 A;  3COC A;  4I7S A;  221L A;  3CDV A;  4I7P A;  1KW5 A;  1EPY A;  3SBA A;  1L72 A;  211L A;  3OE9 A;  1C6B A;  1BRR A;  5ETZ A;  1SX7 A;  4FA7 B;  150L A;  1L35 A;  1P37 A;  262L A;  2RBP A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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