3VW7A

Crystal structure of human protease-activated receptor 1 (par1) bound with antagonist vorapaxar at 2.2 angstrom
Total Genus 165
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
165
sequence length
447
structure length
442
Chain Sequence
DASGYLTSSWLTLFVPSVYTGVFVVSLPLNIMAIVVFILKMKVKKPAVVYMLHLATADVLFVSVLPFKISYYFSGSDWQFGSELCRFVTAAFYCNMYASILLMTVISIDRFLAVVYPMRTLGRASFTCLAIWALAIAGVVPLLLKEQTIQVPGLGITTCHDVLSETLLEGYYAYYFSAFSAVFFFVPLIISTVCYVSIIRCLSSSANIFEMLRIDEGLRLKIYKNTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYANRSKKSRALFLSAAVFCIFIICFGPTNVLLIAHYSFLSHTSTTEAAYFAYLLCVCVSSISCCIDPLIYYYASSEC
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title High-resolution crystal structure of human protease-activated receptor 1
pubmed doi rcsb
molecule keywords Proteinase-activated receptor 1, Lysozyme
molecule tags Signaling protein/antagonist
source organism Homo sapiens
total genus 165
structure length 442
sequence length 447
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2012-08-07

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
A PF00001 7tm_1 7 transmembrane receptor (rhodopsin family)
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 3vw7A02
1.20.1070.10 Mainly Alpha Up-down Bundle Rhopdopsin 7-helix transmembrane proteins Rhopdopsin 7-helix transmembrane proteins 3vw7A01
3HTBA 1CV5A 3SB9A 1S54A 2KS9A 5G2AA 1L96A 1L75A 1C6AA 1P6YA 210LA 5H2OA 2RB0X 3C8QA 1DYBA 2OU9A 2LZMA 3HDFA 3QBIA 198LA 4MD1A 1L15A 2RBNA 1Q5JA 2RBSA 1S8LA 1LI2A 197LA 4N6HA 1DYGA 1UAZA 125LA 1L21A 5DYSA 1C68A 1LYGA 152LA 1NHBA 3C7WA 3C80A 119LA 2QPEB 1P8HA 3DMZA 4LDLA 1C6KA 1C6CA 1PXSA 2YCYA 4LDEA 3X3CA 1XJTA 3NYAA 255LA 229LA 1BRXA 2WJLA 7LZMA 3P0GA 1P8IA 213LA 1LWKA 129LA 1T8FA 5G2DA 1L02A 1L0JA 5B34A 196LA 1L62A 3F9LA 235LA 3MBVA 2O79A 3GUIA 3ABWA 1QKPA 4L6RA 1CV3A 3HT7A 239LA 3DN4A 4LDOA 1FBKA 1LYIA 243LA 3DNAA 3SN6R 2I1XA 4TL3A 217LA 3HAPA 159LA 248LA 4GPOA 1L06A 1CX6A 1L41A 1L67A 4GRVA 4ARMA 1P2LA 1D2WA 1D3NA 1C6BA 2RAYX 4X31A 112LA 4W59A 5B6YA 3ODUA 128LA 1C6HA 221LA 2HPYA 3QDCA 1CX7A 166LA 3ZEVA 3OAXA 3QJQB 1L61A 5LZMA 2QPDB 3QBKA 171LA 256LA 1KW5A 2OU8A 1F88A 1L18A 2EI4A 1QTDA 1O0AA 2F93A 3A7KA 4FPDA 3T45A 252LA 1L07A 5DHGA 1TLAA 1L72A 2B6ZA 181LA 4PXFA 1SX7A 1L19A 6LZMA 5B6ZA 158LA 2Y01A 192LA 1LYEA 4I7NA 1IXFA 247LA 214LA 4N4YB 4QRYA 5H2JA 1LW9A 130LA 234LA 5B6XA 1KMEA 3QBGA 110LA 5G53A 160LA 4ARLA 1L36A 1C63A 1GUEA 3QAKA 149LA 1L05A 1C65A 2RH1A 4XTOA 1LYDA 180LA 211LA 1KG9A 1Q5IA 1GZMA 4MQSA 173LA 1L56A 1C67A 2RBQA 123LA 3VHZA 1JQUA 2YCXA 3S3DB 1QT4A 1D3JA 141LA 224LA 1P3NA 2Y04A 2RBPA 1E12A 3CDOA 2I21A 1C8RA 4GP5B 1QT7A 1L29A 1C3WA 3HT6A 1G0KA 1BRDA 167LA 1GU8A 3RFMA 1P46A 5KKHA 5DHHA 3HH6A 169LA 1LI6A 3C7ZA 1QTHA 3FADA 4W54A 1L83A 4YXCA 3GUJA 3UONA 2JAGA 1IW9A 190LA 170LA 2RB2X 1L90A 220LA 230LA 3KJ6A 1OV5A 1G06A 3HANA 244LA 3L64A 216LA 3QJUB 3V2WA 3UZAA 2WJKA 122LA 1L25A 2CUUA 3K2RA 3RZEA 4G71B 1L53A 3C9MA 3FA0A 4I7JA 3GUMA 2KSYA 3CAPA 3AYNA 4I7SA 2ZZLA 2I20A 5ITEA 4UHRA 137LA 1M0KA 5C1MA 1L43A 4MQTA 3CDTA 1P36A 1L79A 1MGYA 3EMLA 4IB4A 1L46A 1LLHA 1KGBA 1L04A 1OVKA 4W57A 1L34A 4DKLA 1L26A 1L39A 114LA 1PXRA 1L01A 2ZIYA 4A4MA 232LA 144LA 1G0MA 250LA 3HTGA 5H2LA 4G7SB 4EXMA 5JJEA 4W53A 2Y00A 257LA 1LGUA 4PXKA 5H2NA 1L89A 2B6YA 3UTWA 3NSBA 4BEYA 1G0LA 1L22A 164LA 1QS5A 2AT9A 108LA 3V2YA 1L31A 1L69A 3HU8A 1P5CA 236LA 2RB1X 3LZMA 1T6HA 4EKRA 1L58A 1JV6A 1P37A 1BRRA 1L85A 3OE8A 1DYEA 4GP8B 1LN6A 5AX1A 4BEZA 113LA 1L03A 3DKEX 1LYJA 3DN0A 1B6IA 1L88A 1L66A 1EPYA 184LA 3GUPA 4FA7B 1L24A 3HUKA 3HH4A 1LGXA 1I6SA 2YDOA 3HH3A 4XXJA 1G0JA 4ARQB 1C64A 2VT4A 4MBSA 5B6WA 5B35A 1G1WA 1L49A 3VG9A 1G07A 2BRDA 3ZPRA 4OV0A 126LA 1L95A 2KSAA 1LWGA 2KSBA 1C61A 2NTWA 1LI3A 3SBBC 1C6NA 2NTGA 2PEDA 254LA 5H2PA 2R4SA 2Q9EA 1L20A 1L63A 2B70A 1L10A 4G70B 145LA 107LA 1KW7A 1L48A 3HT8A 4G7RB 2O4WA 1L91A 223LA 1QUGA 188LA 200LA 1L42A 1C6MA 2B6WA 4EKSA 4XT1A 3REYA 1P56A 151LA 4WW3A 1PY6A 4ARQA 1F50A 1L32A 3OE6A 4BVNA 5JJJA 1VGOA 4KNFA 1T97A 1CVKA 1QTBA 2RBRA 4EA3A 4I7LA 1DYFA 1ZYTA 5AHZA 3HUQA 102LA 3COCA 4MD2A 3CDQA 246LA 2F47A 5ETZA 1L74A 1PQDA 4EJ4A 1KY1A 5G54A 4YXAC 1R84A 4L35A 1CU5A 3SB5A 3X3BA 1CU3A 1G0GA 1TN0A 189LA 1SWYA 240LA 1JGJA 1X0K1 4I7PA 5B0WA 1L99A 195LA 261LA 2Q9DA 5AX0A 176LA 3NY8A 3QJVB 5J7AA 3HTFA 4I7QA 2YCWA 1L60A 3HARA 1G0QA 2M3GA 4HWLA 3EH3B 1OWZA 3BVDB 4EKQA 115LA 1QTZA 1C6DA 4XT3A 1QUDA 1D9WA 1L35A 5A45A 1L40A 2QARC 1L09A 3NY9A 231LA 1QT6A 5LWEA 139LA 2Y03A 3SB8A 1OWYA 163LA 3HDEA 1XIOA 4XTLA 131LA 3UTYA 1QT8A 2YCZA 5F8UA 3QAPA 3UZCA 1DZEA 1KG8A 5A44A 3C81A 3ZPQA 3OE0A 2LCBA 1S52A 4HYJA 3VW7A 1D3FA 1F4ZA 1H2SA 1X0I1 1XJIA 1L97A 3G3VA 2B75A 3S8FB 1CU6A 1L17A 262LA 5JJNA 5AZDA 3L2XA 140LA 1LPYA 1OVJA 1JTMA 4BUOA 3C7YA 3QJSB 1SSWA 104LA 1SX2A 233LA 103LA 142LA 1PQOA 237LA 5H2MA 1C6FA 3SB7A 5BR5A 2A4TA 5A8EA 172LA 1L59A 1LYHA 2B6XA 1L23A 3VGAA 1L52A 1L45A 3PDSA 2RBOA 4XTNA 1CV6A 183LA 3G3XA 1C6LA 1JTNA 4W55A 182LA 3HU9A 1T8GA 1C8SA 4W58A 2I35A 4DAJA 4KLYA 1ZWNA 2HULA 2IGCA 2OE4X 5H2HA 3PQRA 1L54A 1L9HA 3C82A 4I7KA 3GUKA 1L51A 1L82A 111LA 2O7AA 1CV1A 1L27A 1L87A 2JAFA 3DN8A 2OE7X 4X32A 5H2KA 1LYFA 155LA 238LA 3CDVA 1S51A 2B7XA 5G2CA 219LA 148LE 1L00A 3DN6A 1M0LA 2ANVA 4WAVA 1L55A 4BWBA 2Z6BA 1L98A 1DYAA 1R2NA 1LGWA 1QS9A 146LA 4EPIA 1DYDA 1QT3A 4AMIA 249LA 5EN0A 206LA 1C69A 3DMVA 3EH5B 4JKVA 4G72B 258LA 3HASA 1L73A 1C6QA 1L37A 1L84A 2ANXA 2OU0X 3HWLA 3PWHA 1QKOA 3RUNA 2RAZX 1L71A 4EKPA 2OE9X 5B6VA 165LA 2YDVA 3S3BB 1OVHA 4GYCA 5I14A 1C6IA 5G28A 1L33A 4FAAB 3F8VA 3SBAA 1X0SA 161LA 5AHYA 3JR6A 168LA 3QJRB 4I7MA 4IAQA 3HAOA 4IARA 4ZPUA 3HAQA 1ZURA 3DN3A 1JFPA 1BM1A 1P8UA 3C9LA 3QBLA 4W56A 1L65A 1L11A 1L14A 4W52A 2F32A 4K5YA 4ARMB 1C60A 1L77A 3SB6A 1S8JA 2Y02A 3PXOA 1QTCA 1C6JA 5B2NA 1L28A 2R4RA 1C62A 2Z73A 1IW6A 138LA 2F95A 4I7RA 1L0MA 5G36A 1KY0A 245LA 1WTHA 253LA 4I7OA 1SWZA 143LA 3DMXA 5ITCA 1PQIA 3EH4B 209LA 2Z55A 1L86A 1D3MA 4PK0A 1L38A 3VVKA 1L47A 225LA 162LA 4DJHA 2B6TA 4X1HA 4OO9A 222LA 1P64A 3PBLA 156LA 187LA 3AM6A 5AWZA 1CWQA 1S53A 1SSYA 1U19A 1D2YA 157LA 1T8AA 228LA 2B73A 2LC9A 4G7QB 3GULA 3VI0A 1L68A 2LNLA 1QTVA 1L16A 1L64A 1K28A 3HUAA 1OV7A 4EIYA 1P2RA 4PJZA 1XEPA 1E0PA 1L93A 2ZFEA 3DQBA 1L08A 259LA 2HUKA 205LA 1L70A 4HYXA 3UTXA 2B74A 2F2QA 1L76A 4AMJA 1P7SA 1QM8A 2L78A 3FI5A 4YX7C 1AT9A 3C8RA 3GUNA 3NS0A 215LA 4QIDA 2X72A 1XMEB 2OTZX 260LA 2NTUA 1L50A 3DN2A 1L81A 2L6XA 2B72A 4LZMA 1PQKA 4NC3A 109LA 1OYUA 4IAPA 4GP4B 1KNIA 5BR2A 4JR8A 1CU0A 2G87A 3UG9A 2QB0B 1FBBA 3WQJA 4EPFA 4GBRB 3GUOA 1H68A 2NTHA 3DDLA 1EHKB 3UTVA 118LA 1M0MA 1G0PA 2OTYX 3C83A 2J4YA 3S8GB 1CUPA 4I7TA 226LA 4N4WA 4S0WA 3HTDA 4ARPA 174LA 2OEAX 3C8SA 251LA 5H2IA 1L13A 1JV7A 1PQMA 3D4SA 120LA 3OE9A 4J4QA 1CV0A 4QI1A 1C66A 1QHJA 1CUQA 1C6EA 3HH5A 3DN1A 1AP9A 147LA 1L0KA 1HZXA 1L44A 3S3CB 5TGZA 3AYMA 3HT9A 4BV0A 1L80A 201LA 4GBRA 1L94A 4FBZA 4Y9HA 1CTWA 1XJUA 242LA 4AQNA 1L92A 3QJTB 5FJGA 241LA 3CDRA 1L12A 1UCQA 1DYCA 150LA 1L30A 212LA 191LA 185LA 186LA 175LA 199LA 1CV4A 1CU2A 1QT5A 1PQJA 4ARJA 127LA 1KS3A 1VJMA 4W51A 4JQ6A 227LA 1L57A 3G3WA 1QUHA 1C6PA 1TN5A 178LA 1C6GA 1QSQA 177LA 1QSBA 2HUMA 218LA 3CODA 4UG2A 4E97A 1G1VA 1C6TA 1QUOA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3HTBA 1OUHA 1C6AA 2RBNA 1LI2A 197LA 1NHBA 1UC0A 2YBNA 1GDXA 2QPEB 1HHLA 5C6IA 1PXSA 1XJTA 4B4JA 255LA 154LA 7LZMA 4O34A 1UIAA 5B34A 1DZBX 2O79A 3GUIA 3AGGG 1DPXA 3HT7A 1UUZC 2DQIY 2HEDA 1BB6A 3SN6R 2Z2FA 3QY4A 2DQAA 3T6UA 159LA 2GV0A 1L06A 1LHMA 1L41A 1L67A 1P2LA 1GE1A 1SLYA 1D2WA 2RAYX 8LYZA 221LA 3WPJA 1FDLY 2Q0MX 3QJQB 171LA 5ILCA 1LSGA 2OU8A 1F88A 4J1BA 2F93A 3A7KA 1CKHA 4LYMA 2HEEA 1F6SA 3T45A 181LA 4CFOA 1MELL 1OUJA 1HSWA 192LA 2Y01A 4N4YB 3CSQA 5B6XA 1BWJA 3RNXA 110LA 2W1XA 3QAKA 1L05A 1C65A 1GF0A 2BQFA 3TMUA 180LA 4CFPA 5HNCA 1JKDA 173LA 3VHZA 1JQUA 1QT4A 2RBPA 3CDOA 1C3WA 1BRDA 4AXTA 4OOOA 4MCKA 169LA 1AZFA 3C7ZA 1QTHA 3P66A 3GUJA 4HTQA 190LA 170LA 2RB2X 3LYZA 220LA 230LA 3HANA 1FKQA 3L64A 4N9RA 3UZAA 2WJKA 1CKGA 5HQ1A 4ETEA 4I7JA 3CAPA 4NSIA 2ZZLA 2I20A 1YAOA 4E3UA 6LYTA 5C1MA 1L43A 4MQTA 3CDTA 5LVKA 4PRQA 4QY9A 4W57A 1L26A 1LPIA 1L01A 5I53A 1LJJA 2ZIYA 1OQMA 1JTPL 4NIJA 1G0MA 250LA 3HTGA 4G7SB 1IC5Y 3E3DA 5H2NA 4PXKA 1IORA 3B72A 2B6YA 4IJ4A 3UTWA 4BEYA 2AT9A 3HU8A 1P5CA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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 2A4T A;  5A8E A;  172L A;  1L59 A;  1LYH A;  2B6X A;  1L23 A;  3VGA A;  1L52 A;  1L45 A;  3PDS A;  2RBO A;  4XTN A;  1CV6 A;  183L A;  3G3X A;  1C6L A;  1JTN A;  4W55 A;  182L A;  3HU9 A;  1T8G A;  1C8S A;  4W58 A;  2I35 A;  4DAJ A;  4KLY A;  1ZWN A;  2HUL A;  2IGC A;  2OE4 X;  5H2H A;  3PQR A;  1L54 A;  1L9H A;  3C82 A;  4I7K A;  3GUK A;  1L51 A;  1L82 A;  111L A;  2O7A A;  1CV1 A;  1L27 A;  1L87 A;  2JAF A;  3DN8 A;  2OE7 X;  4X32 A;  5H2K A;  1LYF A;  155L A;  238L A;  3CDV A;  1S51 A;  2B7X A;  5G2C A;  219L A;  148L E;  1L00 A;  3DN6 A;  1M0L A;  2ANV A;  4WAV A;  1L55 A;  4BWB A;  2Z6B A;  1L98 A;  1DYA A;  1R2N A;  1LGW A;  1QS9 A;  146L A;  4EPI A;  1DYD A;  1QT3 A;  4AMI A;  249L A;  5EN0 A;  206L A;  1C69 A;  3DMV A;  3EH5 B;  4JKV A;  4G72 B;  258L A;  3HAS A;  1L73 A;  1C6Q A;  1L37 A;  1L84 A;  2ANX A;  2OU0 X;  3HWL A;  3PWH A;  1QKO A;  3RUN A;  2RAZ X;  1L71 A;  4EKP A;  2OE9 X;  5B6V A;  165L A;  2YDV A;  3S3B B;  1OVH A;  4GYC A;  5I14 A;  1C6I A;  5G28 A;  1L33 A;  4FAA B; 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 205L A;  1L70 A;  4HYX A;  3UTX A;  2B74 A;  2F2Q A;  1L76 A;  4AMJ A;  1P7S A;  1QM8 A;  2L78 A;  3FI5 A;  4YX7 C;  1AT9 A;  3C8R A;  3GUN A;  3NS0 A;  215L A;  4QID A;  2X72 A;  1XME B;  2OTZ X;  260L A;  2NTU A;  1L50 A;  3DN2 A;  1L81 A;  2L6X A;  2B72 A;  4LZM A;  1PQK A;  4NC3 A;  109L A;  1OYU A;  4IAP A;  4GP4 B;  1KNI A;  5BR2 A;  4JR8 A;  1CU0 A;  2G87 A;  3UG9 A;  2QB0 B;  1FBB A;  3WQJ A;  4EPF A;  4GBR B;  3GUO A;  1H68 A;  2NTH A;  3DDL A;  1EHK B;  3UTV A;  118L A;  1M0M A;  1G0P A;  2OTY X;  3C83 A;  2J4Y A;  3S8G B;  1CUP A;  4I7T A;  226L A;  4N4W A;  4S0W A;  3HTD A;  4ARP A;  174L A;  2OEA X;  3C8S A;  251L A;  5H2I A;  1L13 A;  1JV7 A;  1PQM A;  3D4S A;  120L A;  3OE9 A;  4J4Q A;  1CV0 A;  4QI1 A;  1C66 A;  1QHJ A;  1CUQ A;  1C6E A;  3HH5 A;  3DN1 A;  1AP9 A;  147L A;  1L0K A;  1HZX A;  1L44 A;  3S3C B;  5TGZ A;  3AYM A;  3HT9 A;  4BV0 A;  1L80 A;  201L A;  4GBR A;  1L94 A;  4FBZ A;  4Y9H A;  1CTW A;  1XJU A;  242L A;  4AQN A;  1L92 A;  3QJT B;  5FJG A;  241L A;  3CDR A;  1L12 A;  1UCQ A;  1DYC A;  150L A;  1L30 A;  212L A;  191L A;  185L A;  186L A;  175L A;  199L A;  1CV4 A;  1CU2 A;  1QT5 A;  1PQJ A;  4ARJ A;  127L A;  1KS3 A;  1VJM A;  4W51 A;  4JQ6 A;  227L A;  1L57 A;  3G3W A;  1QUH A;  1C6P A;  1TN5 A;  178L A;  1C6G A;  1QSQ A;  177L A;  1QSB A;  2HUM A;  218L A;  3COD A;  4UG2 A;  4E97 A;  1G1V A;  1C6T A;  1QUO A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
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 3LYZ A;  220L A;  230L A;  3HAN A;  1FKQ A;  3L64 A;  4N9R A;  3UZA A;  2WJK A;  1CKG A;  5HQ1 A;  4ETE A;  4I7J A;  3CAP A;  4NSI A;  2ZZL A;  2I20 A;  1YAO A;  4E3U A;  6LYT A;  5C1M A;  1L43 A;  4MQT A;  3CDT A;  5LVK A;  4PRQ A;  4QY9 A;  4W57 A;  1L26 A;  1LPI A;  1L01 A;  5I53 A;  1LJJ A;  2ZIY A;  1OQM A;  1JTP L;  4NIJ A;  1G0M A;  250L A;  3HTG A;  4G7S B;  1IC5 Y;  3E3D A;  5H2N A;  4PXK A;  1IOR A;  3B72 A;  2B6Y A;  4IJ4 A;  3UTW A;  4BEY A;  2AT9 A;  3HU8 A;  1P5C A;  236L A;  3LZM A;  4B4E A;  4EKR A;  3OE8 A;  113L A;  1XFP L;  1GAY A;  5FHW A;  3DKE X;  1EPY A;  3GUP A;  1HEN A;  1L24 A;  3HUK A;  3HH3 A;  4LYT A;  3VG9 A;  2BRD A;  1REX A;  4WO9 A;  2XQO A;  254L A;  4U3X B;  1L20 A;  1L63 A;  4PGJ B;  1L10 A;  145L A;  1KW7 A;  1WQR A;  1WVV A;  3HT8 A;  5DM9 A;  1QUG A;  1N4F A;  200L A;  1L42 A;  4EKS A;  2B6W A;  1TDY A;  5L9J A;  1GF8 A;  2A7F A;  4BVN A;  1L32 A;  2LHM A;  4KNF A;  1T97 A;  4H90 A;  1QTB A;  1HEP A;  1VFB C;  2RBR A;  1FKV A;  5AHZ A;  3COC A;  1WQQ A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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