3VW7A

Crystal structure of human protease-activated receptor 1 (par1) bound with antagonist vorapaxar at 2.2 angstrom
Total Genus 165
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
165
sequence length
447
structure length
442
Chain Sequence
DASGYLTSSWLTLFVPSVYTGVFVVSLPLNIMAIVVFILKMKVKKPAVVYMLHLATADVLFVSVLPFKISYYFSGSDWQFGSELCRFVTAAFYCNMYASILLMTVISIDRFLAVVYPMRTLGRASFTCLAIWALAIAGVVPLLLKEQTIQVPGLGITTCHDVLSETLLEGYYAYYFSAFSAVFFFVPLIISTVCYVSIIRCLSSSANIFEMLRIDEGLRLKIYKNTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYANRSKKSRALFLSAAVFCIFIICFGPTNVLLIAHYSFLSHTSTTEAAYFAYLLCVCVSSISCCIDPLIYYYASSEC
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title High-resolution crystal structure of human protease-activated receptor 1
pubmed doi rcsb
molecule keywords Proteinase-activated receptor 1, Lysozyme
molecule tags Signaling protein/antagonist
source organism Homo sapiens
total genus 165
structure length 442
sequence length 447
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2012-08-07

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
A PF00001 7tm_1 7 transmembrane receptor (rhodopsin family)
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 3vw7A02
1.20.1070.10 Mainly Alpha Up-down Bundle Rhopdopsin 7-helix transmembrane proteins Rhopdopsin 7-helix transmembrane proteins 3vw7A01
3DN3A 1PQKA 257LA 1L30A 1L81A 1L63A 242LA 141LA 2RBOA 1PQDA 2A4TA 3F8VA 1L65A 3OE0A 131LA 4OV0A 4A4MA 1DYBA 1CV3A 2CUUA 1L62A 2LCBA 1TLAA 2RH1A 1QT3A 3COCA 1EPYA 3ZPRA 1GZMA 110LA 2B70A 4MD2A 1L83A 155LA 4EPIA 236LA 1P2LA 1G1WA 2Y03A 1CX7A 5H2NA 2Y00A 1R84A 2RBPA 3HAQA 4N6HA 1L40A 4MQSA 195LA 1QTHA 3HARA 1C3WA 5I14A 4N4WA 3DN4A 1F4ZA 4MBSA 241LA 120LA 1LLHA 2B75A 3HT7A 1IXFA 5B0WA 214LA 3BVDB 3GUOA 1JFPA 3HT6A 159LA 1LGXA 1F88A 1LGWA 161LA 1L86A 226LA 245LA 5AWZA 1QUOA 2OTYX 4EA3A 1L92A 258LA 144LA 4EPFA 1L20A 205LA 4WAVA 1C64A 4YX7C 1OV7A 2YCXA 4MD1A 1S54A 1L32A 2F95A 3QBIA 2RBNA 5H2KA 3CDVA 3GUIA 5JJJA 4DJHA 1PQMA 4BUOA 3F9LA 3HUAA 5B6WA 2JAFA 3UG9A 1EHKB 5LWEA 1LWKA 3C82A 1QTVA 1BRRA 1CWQA 2OU0X 1JV7A 3P0GA 1L75A 2BRDA 1P64A 2PEDA 5AHZA 1L0MA 5A44A 1L14A 1LYJA 1QS9A 4ARLA 4FPDA 1L99A 3GUKA 235LA 125LA 2RB0X 1QT6A 4G7SB 1L46A 4YXAC 2L6XA 3CDOA 4GP5B 1L36A 2F2QA 4XT1A 1L93A 1L57A 1L45A 4HWLA 4GBRA 4GP8B 1MGYA 1DYAA 1P8HA 2L78A 1L11A 149LA 1QT7A 1E0PA 3SB8A 1CV6A 1L27A 218LA 1XIOA 3S8FB 129LA 3D4SA 3FI5A 188LA 4W53A 3X3BA 2I35A 102LA 1L50A 2OE7X 3GUPA 1LI3A 118LA 1C60A 2AT9A 3DDLA 5G2DA 3SB9A 2RBQA 1L34A 1L59A 3V2WA 1KMEA 170LA 1KNIA 1L12A 2IGCA 2B72A 2KS9A 1C6NA 145LA 1L77A 138LA 1L31A 1L23A 233LA 5LZMA 122LA 1LW9A 4IAQA 1L69A 3C8RA 1P46A 4W59A 1KW5A 5G2AA 4UHRA 5DYSA 217LA 4ARJA 2YCZA 1L84A 5H2JA 4OO9A 1C6JA 1L44A 3GUNA 4G7RB 1CV5A 2B6WA 4W58A 1M0KA 3QDCA 4JQ6A 215LA 2QB0B 2F47A 256LA 5G36A 1L05A 1SSWA 1KG9A 1C6GA 254LA 1P3NA 4ARMB 169LA 1L29A 4I7QA 1M0LA 1ZYTA 151LA 1DYFA 1L68A 4E97A 1D3MA 4I7OA 3HDEA 1C8SA 2F93A 247LA 5KKHA 209LA 103LA 3CDQA 178LA 2HULA 3QAKA 228LA 5H2IA 2VT4A 2O4WA 1L47A 1L82A 5TGZA 3NYAA 3HH3A 1QTDA 1GU8A 2KSYA 3HWLA 1L37A 2B7XA 2J4YA 3S8GB 1XEPA 1L56A 2Z6BA 4EKPA 164LA 3S3BB 1L90A 3AM6A 3DN0A 255LA 130LA 160LA 112LA 1G0JA 201LA 3A7KA 1U19A 2NTGA 137LA 1L76A 1L0KA 224LA 5AZDA 1CV1A 2M3GA 185LA 2HUKA 3OE6A 3PQRA 1OWZA 2X72A 3HU8A 4I7RA 1CU2A 1D2YA 1OWYA 5ITEA 3RFMA 5H2HA 1C67A 1L61A 4BEYA 4LDEA 2Q9DA 4FBZA 128LA 3QJUB 1L58A 1L25A 1L19A 212LA 3OE9A 1BM1A 1L9HA 1L96A 1OV5A 1E12A 4S0WA 2I21A 3C80A 251LA 1T8GA 4W52A 1KS3A 162LA 1OYUA 1DZEA 1LYGA 1L60A 1F50A 1L03A 1VJMA 2B6XA 3KJ6A 1I6SA 2ZZLA 1OVJA 4EKSA 3T45A 2RBSA 1L74A 3NY9A 1SWZA 4W56A 1LYDA 3SB5A 2R4SA 5B35A 172LA 213LA 5G2CA 1L95A 3AYMA 1QTBA 4ARQA 1L64A 4HYJA 1L49A 5ETZA 5H2PA 1C6BA 5H2MA 1L26A 1B6IA 5AHYA 3UTVA 1C6DA 3CDRA 3HH4A 1G1VA 4ARPA 4QRYA 1P5CA 3EH3B 5B6ZA 3CODA 123LA 1Q5JA 5A8EA 157LA 1S8JA 1P36A 3HH5A 4WW3A 3DMVA 2JAGA 3VI0A 3HH6A 1R2NA 1G0KA 3LZMA 3RUNA 1XMEB 1C66A 1G0PA 1IW9A 4W54A 1L42A 4XTLA 3C7ZA 3QJRB 5FJGA 260LA 3G3VA 1L52A 3DN2A 1PQOA 108LA 5JJEA 1H2SA 1L38A 1QKOA 1CU6A 1QUDA 4I7TA 156LA 1C6FA 3L2XA 4XTNA 3HTFA 1L22A 1OVKA 4YXCA 2Y02A 1CUQA 1L89A 4XT3A 2F32A 237LA 3OE8A 168LA 2LZMA 3QJVB 1QTCA 1IW6A 2OU9A 3C8SA 3G3XA 1X0I1 1P56A 111LA 3VVKA 4L6RA 1L67A 2O7AA 1D3NA 2YDVA 3PWHA 3DNAA 1QSBA 1QT5A 220LA 3C7YA 189LA 3QJQB 5H2OA 2HUMA 5B2NA 198LA 163LA 206LA 2OU8A 1L16A 1PQIA 107LA 1L72A 221LA 4GBRB 1L15A 1L21A 2LC9A 176LA 1G0QA 1L04A 7LZMA 1S53A 4KLYA 4AMIA 4AQNA 3EH5B 249LA 1KGBA 190LA 3DMXA 4L35A 1XJIA 2Y01A 5BR5A 1L94A 1L91A 1T8AA 253LA 238LA 4IB4A 4UG2A 1P8IA 4PXFA 1C6KA 3UTXA 3DN6A 3QJSB 1L48A 1QUHA 187LA 1L00A 4LDOA 2I1XA 139LA 1JTNA 113LA 1L33A 1CVKA 1TN0A 5B6VA 182LA 5BR2A 1C6HA 4BV0A 3HTBA 146LA 1L87A 3QBGA 1C6EA 4DAJA 3VGAA 1P37A 4IARA 1L28A 1JV6A 3ZEVA 1HZXA 5EN0A 1UCQA 4AMJA 5DHHA 143LA 5B6YA 171LA 1GUEA 1JGJA 4JKVA 4I7MA 2OE9X 2QPDB 3FA0A 211LA 2Y04A 1CUPA 2OEAX 5B34A 1L88A 2RB1X 1L85A 3QJTB 2WJLA 4I7SA 2WJKA 1C63A 1DYDA 3MBVA 4HYXA 1JQUA 3VG9A 5DHGA 3UZAA 3GULA 2ZFEA 199LA 1L24A 126LA 5AX1A 3HTDA 5A45A 1XJUA 1ZWNA 246LA 3SBBC 4XXJA 1SWYA 1PY6A 2YCYA 1H68A 3OAXA 2KSBA 1C6CA 4X32A 119LA 1LN6A 1LI2A 1AT9A 1C62A 3CDTA 2ANVA 3HT9A 3SB7A 1NHBA 1QM8A 5F8UA 244LA 1L98A 5H2LA 2B6YA 1QS5A 1BRDA 1L66A 2YCWA 3PDSA 1C61A 1K28A 2OE4X 1S8LA 1FBKA 1Q5IA 4KNFA 4BWBA 4BEZA 115LA 2B73A 2ANXA 150LA 1BRXA 5B6XA 3VW7A 1L70A 1LYFA 225LA 4QI1A 3L64A 5G53A 2KSAA 1D3JA 1QSQA 4G70B 1CU0A 4TL3A 2RAYX 262LA 3GUMA 3HUQA 192LA 3VHZA 3K2RA 3HT8A 4GRVA 3G3WA 6LZMA 1QTZA 1G0LA 1S51A 4LDLA 1VGOA 4NC3A 3EMLA 1M0MA 152LA 2EI4A 3WQJA 1D2WA 191LA 1QT8A 4I7JA 1X0K1 3C9LA 1C6AA 183LA 2B74A 1L51A 3CAPA 1DYCA 1KY1A 1D9WA 1LWGA 1L01A 1L71A 3FADA 3V2YA 5JJNA 1S52A 3ABWA 2R4RA 109LA 167LA 239LA 3C7WA 1L54A 3S3DB 177LA 3C81A 3NS0A 4X1HA 175LA 1XJTA 3SN6R 196LA 2NTWA 1L43A 3C8QA 1LYIA 3HAPA 2I20A 174LA 1T8FA 5J7AA 1CU5A 1L41A 1KY0A 1DYGA 4X31A 3ZPQA 4EJ4A 1L17A 4ARQB 248LA 4GYCA 232LA 4DKLA 1KG8A 4FAAB 1CX6A 3HANA 3SBAA 2G87A 1G06A 259LA 5ITCA 2B6ZA 1C69A 1C6QA 1LI6A 3HAOA 4GPOA 1L13A 3NY8A 166LA 1LYEA 1L09A 2Q9EA 4W51A 4G72B 4I7LA 1L80A 184LA 3DN8A 3DKEX 1P6YA 3PXOA 200LA 4JR8A 3QBLA 1T6HA 1FBBA 3C9MA 1CV4A 2ZIYA 3GUJA 2Z73A 1PXSA 4I7NA 158LA 1L79A 216LA 3ODUA 5C1MA 1L39A 1C65A 1G07A 3DN1A 1SX2A 4PJZA 1L18A 5G28A 2OTZX 229LA 1L35A 147LA 1G0MA 1G0GA 1L02A 1L06A 1SSYA 148LE 1L97A 3HU9A 2NTHA 4ZPUA 1C8RA 104LA 1C6TA 3JR6A 1O0AA 3UTWA 250LA 3HASA 5AX0A 1UAZA 2RBRA 1C6LA 222LA 1ZURA 1SX7A 5G54A 4BVNA 4Y9HA 1C68A 4ARMA 4EXMA 1PXRA 3NSBA 3UTYA 3X3CA 1OVHA 3AYNA 261LA 3DMZA 197LA 2O79A 1TN5A 4GP4B 1JTMA 1DYEA 210LA 2Z55A 230LA 223LA 2HPYA 4W57A 4PK0A 142LA 1L0JA 1LYHA 2B6TA 3QAPA 1L55A 3S3CB 180LA 4G71B 173LA 4MQTA 4G7QB 231LA 1P8UA 127LA 1P7SA 2LNLA 4LZMA 4EKQA 1AP9A 3HUKA 1L53A 234LA 2RB2X 181LA 1D3FA 3RZEA 4N4YB 4QIDA 1CTWA 1L73A 2QARC 227LA 3PBLA 186LA 1PQJA 1L07A 1L08A 1KW7A 165LA 3UONA 3REYA 4IAPA 2NTUA 3HTGA 219LA 4J4QA 1T97A 1LPYA 1CU3A 4FA7B 4I7PA 1QKPA 2YDOA 1C6PA 1L10A 1C6IA 4W55A 3C83A 2RAZX 1QT4A 114LA 3DQBA 1P2RA 243LA 240LA 4I7KA 140LA 1LGUA 3SB6A 4PXKA 4XTOA 2QPEB 1CV0A 252LA 4EKRA 3QBKA 4EIYA 1C6MA 4K5YA 1QHJA 1X0SA 1QUGA 3EH4B 3HDFA 3UZCA 1WTHA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3DN3A 1PQKA 1L30A 2RBOA 141LA 3EXDA 1IC5Y 1PQDA 2A4TA 3F8VA 1ZVHL 1CV3A 3A92A 1L62A 3VWOA 2RH1A 1XGQC 4AGAA 1DKKA 3ZPRA 4NSHA 5AMYA 155LA 4EPIA 2Y03A 4MSTA 3HAQA 4N6HA 1L40A 1REYA 1C3WA 1F4ZA 5KKJA 3HT7A 4WLDA 4KPMA 3BKVA 2LYZA 1LGWA 5J7CA 1QUOA 4NY5A 4WAVA 1C64A 4MD1A 1CKFA 2F95A 3QBIA 5H2KA 3CDVA 1JITA 3WYHA 5A3EA 5B6WA 1NWGA 2Z12A 4ML7A 3EBAB 1LYOA 1CWQA 1GB2A 5AHZA 1L0MA 5A44A 4IJ4A 1L99A 4H93A 4H9AA 1C46A 1WTMA 2RB0X 1JJ3A 1LZYA 1QSWA 1V7SA 1CKCA 4GCBA 133LA 2ZILA 5T3FA 1LZBA 1MGYA 2YBHA 149LA 1E0PA 2YBJA 1GFKA 1YAOA 2YBNA 4QGZA 4WLXA 1L50A 3GUPA 4WO9A 118LA 5KXPA 1L34A 1L59A 1KMEA 3CT0A 2IGCA 145LA 1L31A 4J0LA 5LINA 1BWJA 1IOTA 1L23A 1YANA 2G4PA 122LA 3N9AA 1L69A 2LYMA 4W59A 4QY9A 1OP9B 1GBZA 1JPOA 2G4QA 1LZ1A 3W6BA 1CV5A 4J7VA 2DQEY 4WL7A 3QDCA 1LSZA 215LA 2ZIKA 1LZ6A 1P3NA 1L29A 1D3MA 5FEKA 5L3HA 3HDEA 1C8SA 2F93A 4XADA 209LA 103LA 2D4KA 1V7TA 3WPKA 1QTDA 1LTMA 1BB3A 1DZBX 4EKPA 3S3BB 1L90A 1GF8A 1D9UA 160LA 5FSTA 3P64A 3A7KA 5AZDA 1C08C 1CV1A 1LSBA 185LA 1OUHA 1GEZA 2BQBA 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 1GUE A;  1JGJ A;  4JKV A;  4I7M A;  2OE9 X;  2QPD B;  3FA0 A;  211L A;  2Y04 A;  1CUP A;  2OEA X;  5B34 A;  1L88 A;  2RB1 X;  1L85 A;  3QJT B;  2WJL A;  4I7S A;  2WJK A;  1C63 A;  1DYD A;  3MBV A;  4HYX A;  1JQU A;  3VG9 A;  5DHG A;  3UZA A;  3GUL A;  2ZFE A;  199L A;  1L24 A;  126L A;  5AX1 A;  3HTD A;  5A45 A;  1XJU A;  1ZWN A;  246L A;  3SBB C;  4XXJ A;  1SWY A;  1PY6 A;  2YCY A;  1H68 A;  3OAX A;  2KSB A;  1C6C A;  4X32 A;  119L A;  1LN6 A;  1LI2 A;  1AT9 A;  1C62 A;  3CDT A;  2ANV A;  3HT9 A;  3SB7 A;  1NHB A;  1QM8 A;  5F8U A;  244L A;  1L98 A;  5H2L A;  2B6Y A;  1QS5 A;  1BRD A;  1L66 A;  2YCW A;  3PDS A;  1C61 A;  1K28 A;  2OE4 X;  1S8L A;  1FBK A;  1Q5I A;  4KNF A;  4BWB A;  4BEZ A;  115L A;  2B73 A;  2ANX A;  150L A;  1BRX A;  5B6X A;  3VW7 A;  1L70 A;  1LYF A;  225L A;  4QI1 A;  3L64 A;  5G53 A;  2KSA A;  1D3J A;  1QSQ A;  4G70 B;  1CU0 A;  4TL3 A;  2RAY X;  262L A;  3GUM A;  3HUQ A;  192L A;  3VHZ A;  3K2R A;  3HT8 A;  4GRV A;  3G3W A;  6LZM A;  1QTZ A;  1G0L A;  1S51 A;  4LDL A; 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 5C1M A;  1L39 A;  1C65 A;  1G07 A;  3DN1 A;  1SX2 A;  4PJZ A;  1L18 A;  5G28 A;  2OTZ X;  229L A;  1L35 A;  147L A;  1G0M A;  1G0G A;  1L02 A;  1L06 A;  1SSY A;  148L E;  1L97 A;  3HU9 A;  2NTH A;  4ZPU A;  1C8R A;  104L A;  1C6T A;  3JR6 A;  1O0A A;  3UTW A;  250L A;  3HAS A;  5AX0 A;  1UAZ A;  2RBR A;  1C6L A;  222L A;  1ZUR A;  1SX7 A;  5G54 A;  4BVN A;  4Y9H A;  1C68 A;  4ARM A;  4EXM A;  1PXR A;  3NSB A;  3UTY A;  3X3C A;  1OVH A;  3AYN A;  261L A;  3DMZ A;  197L A;  2O79 A;  1TN5 A;  4GP4 B;  1JTM A;  1DYE A;  210L A;  2Z55 A;  230L A;  223L A;  2HPY A;  4W57 A;  4PK0 A;  142L A;  1L0J A;  1LYH A;  2B6T A;  3QAP A;  1L55 A;  3S3C B;  180L A;  4G71 B;  173L A;  4MQT A;  4G7Q B;  231L A;  1P8U A;  127L A;  1P7S A;  2LNL A;  4LZM A;  4EKQ A;  1AP9 A;  3HUK A;  1L53 A;  234L A;  2RB2 X;  181L A;  1D3F A;  3RZE A;  4N4Y B;  4QID A;  1CTW A;  1L73 A;  2QAR C;  227L A;  3PBL A;  186L A;  1PQJ A;  1L07 A;  1L08 A;  1KW7 A;  165L A;  3UON A;  3REY A;  4IAP A;  2NTU A;  3HTG A;  219L A;  4J4Q A;  1T97 A;  1LPY A;  1CU3 A;  4FA7 B;  4I7P A;  1QKP A;  2YDO A;  1C6P A;  1L10 A;  1C6I A;  4W55 A;  3C83 A;  2RAZ X;  1QT4 A;  114L A;  3DQB A;  1P2R A;  243L A;  240L A;  4I7K A;  140L A;  1LGU A;  3SB6 A;  4PXK A;  4XTO A;  2QPE B;  1CV0 A;  252L A;  4EKR A;  3QBK A;  4EIY A;  1C6M A;  4K5Y A;  1QHJ A;  1X0S A;  1QUG A;  3EH4 B;  3HDF A;  3UZC A;  1WTH A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
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