3OE0A

Crystal structure of the cxcr4 chemokine receptor in complex with a cyclic peptide antagonist cvx15
Total Genus 168
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
168
sequence length
440
structure length
433
Chain Sequence
KEPCFREENANFNKIFLPTIYSIIFLTGIVGNGLVILVMGYQSMTDKYRLHLSVADLLFVITLPFWAVDAVANWYFGNFLCKAVHVIYTVNLYSSVWILAFISLDRYLAIVHATNSQRPRKLLAEKVVYVGVWIPALLLTIPDFIFANVSEADDRYICDRFYPNDLWVVVFQFQHIMVGLILPGIVILSCYCIIISKLSHNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYGHQKRKALKPTVILILAFFACWLPYYIGISIDSFILLEIIKQGCEFENTVHKWISITEALAFFHCCLNPILYA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Structures of the CXCR4 chemokine GPCR with small-molecule and cyclic peptide antagonists.
pubmed doi rcsb
molecule tags Signaling protein, hydrolase/antibiotic
source organism Homo sapiens
molecule keywords C-X-C chemokine receptor type 4, Lysozyme Chimera
total genus 168
structure length 433
sequence length 440
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2010-08-12

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
A PF00001 7tm_1 7 transmembrane receptor (rhodopsin family)
A PF12109 CXCR4_N CXCR4 Chemokine receptor N terminal
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 3oe0A02
1.20.1070.10 Mainly Alpha Up-down Bundle Rhopdopsin 7-helix transmembrane proteins Rhopdopsin 7-helix transmembrane proteins 3oe0A01
1E0PA 3OE0A 173LA 1UCQA 1P64A 236LA 4ARPA 2VT4A 1L95A 2F2QA 2B6XA 1GUEA 1L61A 3UZCA 1D3FA 1XEPA 1G0JA 3HUKA 237LA 3QAKA 3COCA 1L03A 1PXSA 1QS9A 3LZMA 1L16A 1L0JA 5A8EA 3HDEA 4DJHA 5H2MA 4UHRA 1L41A 3C7ZA 3FI5A 4W57A 3D4SA 251LA 5G54A 3VW7A 3HWLA 1QTZA 1P2LA 5ITEA 1I6SA 1P5CA 3K2RA 3C9LA 1L21A 1L19A 4GPOA 4I7RA 1H2SA 4GP8B 1CV5A 1L96A 3SB6A 245LA 1M0LA 3HH3A 1KY1A 1C65A 148LE 1QTHA 1L36A 2OU9A 2LC9A 3C8QA 3L2XA 1DYGA 3VVKA 1KY0A 1C6IA 3GUMA 4DAJA 5AX1A 1L18A 3C8RA 2ZZLA 4JQ6A 3HT7A 5J7AA 1CU5A 3HU8A 5FJGA 1CX6A 104LA 214LA 3C7YA 138LA 1KW7A 4G7SB 5G53A 235LA 120LA 4BEZA 3DN4A 1SX7A 1KGBA 3BVDB 1LGXA 233LA 2LNLA 2OU8A 5B35A 1HZXA 3P0GA 1QUGA 1SX2A 145LA 4IAPA 2YCWA 4I7JA 3VI0A 3S8FB 182LA 1L01A 3GUOA 5C1MA 1E12A 175LA 5B0WA 1QSQA 4MQSA 1S8JA 1M0KA 2Y04A 3HASA 2PEDA 3EH4B 4QRYA 3ZPQA 151LA 1P56A 219LA 3G3XA 1JV7A 1CV3A 1JFPA 247LA 1L73A 3DN6A 3C9MA 260LA 143LA 4KNFA 137LA 224LA 1KNIA 2NTUA 5B6YA 125LA 4JR8A 1L13A 1F50A 4OV0A 4ARQA 3SB5A 261LA 1PQIA 1L29A 4XTNA 3PBLA 1L97A 2OE9X 1LYEA 3ZPRA 1P6YA 1L66A 115LA 3OE6A 1R84A 3T45A 1CV4A 1SSYA 4ARJA 4GBRB 1L74A 5A44A 4EPIA 4G7RB 1L82A 1XJTA 1BM1A 141LA 3SB9A 3UTWA 5G2DA 155LA 5A45A 3UZAA 164LA 253LA 1LPYA 147LA 4BUOA 3GULA 1LI3A 242LA 1OWYA 4J4QA 2RB1X 2B70A 1FBKA 3QJQB 3V2WA 1C6GA 213LA 4FAAB 2OEAX 3ZEVA 1LGUA 2OU0X 2QARC 2ZFEA 1SSWA 5G28A 1L44A 1VGOA 1L98A 5BR2A 1L93A 1D3NA 4AMJA 1L72A 1L69A 1JV6A 152LA 1QT3A 2QPDB 2B72A 2RBOA 3PDSA 1P8HA 139LA 3X3CA 174LA 4MBSA 4EIYA 1L32A 1PQMA 4E97A 3RZEA 1L51A 3QJUB 4PXFA 2HUMA 3WQJA 1L38A 187LA 1L23A 234LA 2LCBA 5H2HA 1L46A 1L42A 4W52A 3DMZA 188LA 1C6LA 4ARLA 3S3BB 2KSYA 109LA 1SWZA 220LA 256LA 259LA 1T8GA 1L62A 2R4SA 1L08A 1L0MA 1L76A 1M0MA 4NC3A 186LA 110LA 4GP4B 211LA 1G0MA 3OE9A 1L25A 1T8FA 5LZMA 4EKSA 3S3CB 1DYFA 1L15A 123LA 2Y00A 1L91A 229LA 2B74A 161LA 1L67A 3CDRA 1X0SA 1CTWA 226LA 4BV0A 4HWLA 3GUNA 176LA 2Z55A 118LA 3G3VA 1CU6A 215LA 4L6RA 4XTLA 3HT9A 126LA 2KSBA 1L64A 1NHBA 3DQBA 2F32A 2YDVA 1L84A 2Q9EA 5B6ZA 3ABWA 221LA 3HUQA 4ARMA 1C6MA 2L6XA 4FPDA 231LA 3C8SA 1C64A 3DKEX 2RBSA 1PXRA 4UG2A 5B6XA 3AYNA 4FBZA 2Y01A 250LA 1ZURA 3QJTB 3X3BA 1AT9A 1Q5IA 3HDFA 1L90A 1QT7A 4W59A 3PQRA 1LLHA 198LA 4KLYA 1D9WA 240LA 3C80A 4I7TA 1L24A 1L02A 2RH1A 2RB0X 4LZMA 2I21A 1L22A 2B6TA 4XXJA 1CV1A 1XJUA 159LA 1G1VA 2O79A 1L70A 1L75A 1OYUA 5ETZA 2OE7X 2M3GA 2HULA 6LZMA 2RAZX 5B6VA 3AM6A 3DN0A 4YX7C 1L14A 178LA 1G1WA 5H2OA 1C61A 4A4MA 1WTHA 1L54A 4EJ4A 257LA 1KG8A 209LA 140LA 1L33A 1KG9A 1L99A 1T8AA 4HYJA 2JAFA 4L35A 1MGYA 1L30A 1LYDA 4LDEA 1CUPA 7LZMA 3CDVA 4EA3A 3SB8A 1L94A 4ARQB 1QM8A 1L50A 1DYDA 1C8RA 1L77A 4G71B 1L80A 4WW3A 150LA 4W54A 1DYAA 248LA 1L9HA 2O7AA 1GZMA 2IGCA 2I35A 1L83A 2HUKA 1L37A 3HANA 3NYAA 1BRDA 4G70B 1L86A 171LA 5AZDA 1L40A 5DHGA 2F93A 2KSAA 3NS0A 5DYSA 114LA 3QJRB 5AHZA 1S51A 3HAQA 2LZMA 1C6BA 3S8GB 1L89A 2Z73A 3KJ6A 1CWQA 2O4WA 1QTDA 1C60A 2ANVA 2Q9DA 177LA 3QBKA 1QT8A 1QSBA 1G0GA 1C6NA 1QTVA 3QAPA 2G87A 5H2IA 3DMVA 1L10A 1K28A 5JJJA 2NTGA 3UG9A 165LA 180LA 2RBPA 2HPYA 1OV7A 1CU3A 3CAPA 5H2JA 199LA 4WAVA 1L11A 107LA 1S53A 1T6HA 1KS3A 1L45A 3GUKA 1IW9A 1L27A 166LA 3HTBA 1L20A 210LA 1P36A 262LA 3PXOA 3CODA 5JJNA 1C6EA 3C82A 4GYCA 3HT8A 1S52A 3VHZA 217LA 1CVKA 1L43A 1C6CA 3OAXA 1C6QA 4MD1A 4OO9A 1DZEA 1EPYA 1C6DA 1L71A 3MBVA 238LA 1D2WA 1JQUA 1P2RA 1P8UA 131LA 1C6HA 1G0LA 4I7NA 3FA0A 2QB0B 1XMEB 3GUJA 1FBBA 1QKPA 2ANXA 1BRRA 1QHJA 4IARA 192LA 2NTWA 2Y03A 201LA 169LA 3RUNA 113LA 197LA 128LA 167LA 2I20A 3HAPA 111LA 1L05A 4S0WA 1ZYTA 3JR6A 4EPFA 4JKVA 3C83A 1QT6A 239LA 1H68A 4N4YB 146LA 5AWZA 4I7PA 1G0PA 1PQJA 1ZWNA 2R4RA 3QJSB 3HU9A 1XIOA 5TGZA 4N4WA 183LA 244LA 2CUUA 246LA 4LDLA 1JTNA 1L65A 2A4TA 3DN8A 227LA 1LYIA 2Z6BA 3RFMA 172LA 2RBNA 4I7OA 3AYMA 3S3DB 1CUQA 4W58A 1L34A 4W56A 241LA 2JAGA 1R2NA 4X31A 4ARMB 1GU8A 5G2AA 156LA 1UAZA 3SBAA 4QI1A 190LA 3UTYA 249LA 2YCYA 1L63A 1QUOA 1AP9A 5H2PA 2BRDA 1LYGA 1TLAA 1F4ZA 1U19A 206LA 163LA 3FADA 1LYJA 3L64A 4PJZA 1TN5A 2ZIYA 5H2LA 108LA 205LA 1G06A 222LA 102LA 1KW5A 1C6PA 1L53A 3CDQA 1TN0A 2AT9A 1L47A 2YCZA 1L06A 3ODUA 1C62A 1PQDA 3DNAA 4EKQA 1CX7A 184LA 3NSBA 3F9LA 4Y9HA 3SN6R 3HH6A 160LA 1S8LA 232LA 5AHYA 1QT5A 2RB2X 3QBGA 1L92A 1L59A 2B75A 4EKPA 1L48A 1P3NA 218LA 1LI6A 1OVKA 1L52A 1L88A 5B2NA 1L12A 2B6WA 2WJLA 2F47A 1L81A 1C8SA 1KMEA 1EHKB 1LN6A 168LA 4PK0A 1L04A 216LA 3HT6A 2I1XA 3QBLA 2B7XA 3OE8A 2X72A 149LA 2YCXA 1QUHA 3A7KA 3UTVA 1OV5A 1C67A 1CU2A 1L87A 1L26A 2B73A 3HTDA 5B6WA 3SBBC 3HAOA 1F88A 2OTZX 2WJKA 3DN3A 1IXFA 2L78A 3HH5A 4I7SA 158LA 3HH4A 4BVNA 230LA 1DYBA 4GP5B 1OWZA 3UONA 2J4YA 4IB4A 4X1HA 2OTYX 1DYCA 1G07A 1L09A 4BEYA 5BR5A 1QKOA 4TL3A 4MQTA 1L35A 3CDOA 4XT1A 1OVJA 4G7QB 3QDCA 3HTGA 1C3WA 1L58A 1S54A 5H2KA 4K5YA 195LA 1SWYA 1LI2A 1QT4A 191LA 5AX0A 3GUPA 3CDTA 1C6FA 4W55A 3NY8A 3HTFA 3UTXA 4QIDA 1L60A 1PQKA 1L85A 1CU0A 1D2YA 122LA 1LGWA 228LA 1L39A 243LA 2OE4X 4EXMA 1QS5A 130LA 1G0QA 1L28A 225LA 129LA 2RAYX 2F95A 4I7QA 1L56A 1P46A 1X0I1 181LA 3DMXA 4X32A 1JTMA 5LWEA 2Y02A 4N6HA 3GUIA 5B34A 1LW9A 1C69A 1L55A 4FA7B 4GRVA 1D3JA 1QTBA 162LA 4YXCA 1X0K1 4DKLA 3VGAA 112LA 4W51A 3PWHA 1P8IA 4AQNA 1QUDA 2B6ZA 255LA 3EH5B 1C6AA 1L0KA 157LA 3C7WA 1VJMA 196LA 1L49A 4IAQA 144LA 5G2CA 2KS9A 4BWBA 2QPEB 119LA 4I7KA 4HYXA 1C66A 1QTCA 1PY6A 3VG9A 5DHHA 1CV6A 1L17A 1P7SA 103LA 1L79A 3HARA 3QJVB 4G72B 4GBRA 3DN1A 189LA 200LA 1PQOA 254LA 1C6TA 1OVHA 2EI4A 4PXKA 2RBRA 3DN2A 5KKHA 3F8VA 3DDLA 4YXAC 1JGJA 1LYFA 3HUAA 5F8UA 1T97A 1LYHA 127LA 3EMLA 5I14A 4AMIA 1L57A 4W53A 1BRXA 3QBIA 3SB7A 1L07A 4I7LA 1CV0A 1L31A 170LA 2B6YA 5EN0A 3G3WA 1C6JA 1O0AA 5H2NA 142LA 1IW6A 2YDOA 4XT3A 3NY9A 3V2YA 1L68A 1C63A 1D3MA 2NTHA 5JJEA 5ITCA 1DYEA 1P37A 4LDOA 4EKRA 1L00A 1LWGA 4ZPUA 3REYA 1LWKA 1B6IA 3C81A 1XJIA 3EH3B 223LA 1C68A 258LA 4XTOA 4I7MA 5G36A 252LA 4MD2A 1Q5JA 2RBQA 212LA 1C6KA 1G0KA 185LA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4NG1A 1UCQA 236LA 4ARPA 1E8LA 4MCKA 3TXJA 1BB3A 4D9ZA 1RI8B 4DJHA 4UHRA 1LJ3A 3FI5A 1UUZC 1VATA 1VEDA 1P2LA 2C8OA 4HJZA 1A4VA 5FDJA 1I6SA 1WQMA 3K2RA 1NDGC 4I7RA 3RW8A 2EKSC 5B07A 2ZIJA 3HH3A 2DQDY 2LC9A 3C8QA 3LYTA 2CWIA 3TMUA 4DAJA 5AX1A 1GBSA 4JQ6A 4RW2A 2ZZLA 5FJGA 1EL1A 104LA 3C7YA 1OUAA 2YBIA 1J1XY 4LYBA 2HEEA 4NHQA 4G4CA 1HZXA 3P0GA 1SX2A 1FLYA 145LA 2YCWA 182LA 1L01A 1XEJA 1NKHA 1IR7A 5C1MA 5B0WA 4MQSA 1M0KA 2Y04A 1LZ5A 4DWXA 2HECA 219LA 1JFPA 247LA 1B5WA 1DI4A 4DQ5A 143LA 5B6YA 1F50A 1LSNA 2BQKA 1PQIA 1XGQC 1L29A 1LYEA 1P6YA 5HNLA 4DD0A 1BVXA 1GXXA 2DQCY 2BQBA 4WM3A 1WVVA 4G7RB 4WM6A 5B05A 155LA 5A45A 3UZAA 1W6ZA 3LYMA 253LA 3G3BB 2MEIA 5EBHA 1LI3A 3VWOA 4H8XA 1GEVA 4HTQA 154LA 2RB1X 1C6GA 4XN6A 2AUBA 5FELA 5E9RA 4DQJA 1CJ9A 2OU0X 2ZFEA 4G4BA 1SSWA 5G28A 4RDSA 4B4EA 4YF2A 152LA 5KXWA 2QPDB 3AYQA 3CSRA 2ZNWY 3PDSA 3X3CA 4HJVA 4MBSA 2HU3A 1PQMA 1GB9A 4NGZA 1UCOA 1FLQA 2HUMA 1L38A 4NGYA 4OWEA 2LCBA 3BKHA 5H2HA 1L42A 4OOTA 1NWGA 3BKVA 3DMZA 109LA 4H9IA 132LA 256LA 5DN5A 1T8GA 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 111L A;  1L05 A;  4S0W A;  1ZYT A;  3JR6 A;  4EPF A;  4JKV A;  3C83 A;  1QT6 A;  239L A;  1H68 A;  4N4Y B;  146L A;  5AWZ A;  4I7P A;  1G0P A;  1PQJ A;  1ZWN A;  2R4R A;  3QJS B;  3HU9 A;  1XIO A;  5TGZ A;  4N4W A;  183L A;  244L A;  2CUU A;  246L A;  4LDL A;  1JTN A;  1L65 A;  2A4T A;  3DN8 A;  227L A;  1LYI A;  2Z6B A;  3RFM A;  172L A;  2RBN A;  4I7O A;  3AYM A;  3S3D B;  1CUQ A;  4W58 A;  1L34 A;  4W56 A;  241L A;  2JAG A;  1R2N A;  4X31 A;  4ARM B;  1GU8 A;  5G2A A;  156L A;  1UAZ A;  3SBA A;  4QI1 A;  190L A;  3UTY A;  249L A;  2YCY A;  1L63 A;  1QUO A;  1AP9 A;  5H2P A;  2BRD A;  1LYG A;  1TLA A;  1F4Z A;  1U19 A;  206L A;  163L A;  3FAD A;  1LYJ A;  3L64 A;  4PJZ A;  1TN5 A;  2ZIY A;  5H2L A;  108L A;  205L A;  1G06 A;  222L A;  102L A;  1KW5 A;  1C6P A;  1L53 A;  3CDQ A;  1TN0 A;  2AT9 A;  1L47 A;  2YCZ A;  1L06 A;  3ODU A;  1C62 A;  1PQD A;  3DNA A;  4EKQ A;  1CX7 A;  184L A;  3NSB A;  3F9L A;  4Y9H A;  3SN6 R;  3HH6 A;  160L A;  1S8L A;  232L A;  5AHY A;  1QT5 A;  2RB2 X;  3QBG A; 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 1QS5 A;  130L A;  1G0Q A;  1L28 A;  225L A;  129L A;  2RAY X;  2F95 A;  4I7Q A;  1L56 A;  1P46 A;  1X0I 1;  181L A;  3DMX A;  4X32 A;  1JTM A;  5LWE A;  2Y02 A;  4N6H A;  3GUI A;  5B34 A;  1LW9 A;  1C69 A;  1L55 A;  4FA7 B;  4GRV A;  1D3J A;  1QTB A;  162L A;  4YXC A;  1X0K 1;  4DKL A;  3VGA A;  112L A;  4W51 A;  3PWH A;  1P8I A;  4AQN A;  1QUD A;  2B6Z A;  255L A;  3EH5 B;  1C6A A;  1L0K A;  157L A;  3C7W A;  1VJM A;  196L A;  1L49 A;  4IAQ A;  144L A;  5G2C A;  2KS9 A;  4BWB A;  2QPE B;  119L A;  4I7K A;  4HYX A;  1C66 A;  1QTC A;  1PY6 A;  3VG9 A;  5DHH A;  1CV6 A;  1L17 A;  1P7S A;  103L A;  1L79 A;  3HAR A;  3QJV B;  4G72 B;  4GBR A;  3DN1 A;  189L A;  200L A;  1PQO A;  254L A;  1C6T A;  1OVH A;  2EI4 A;  4PXK A;  2RBR A;  3DN2 A;  5KKH A;  3F8V A;  3DDL A;  4YXA C;  1JGJ A;  1LYF A;  3HUA A;  5F8U A;  1T97 A;  1LYH A;  127L A;  3EML A;  5I14 A;  4AMI A;  1L57 A;  4W53 A;  1BRX A;  3QBI A;  3SB7 A;  1L07 A;  4I7L A;  1CV0 A;  1L31 A;  170L A;  2B6Y A;  5EN0 A;  3G3W A;  1C6J A;  1O0A A;  5H2N A;  142L A;  1IW6 A;  2YDO A;  4XT3 A;  3NY9 A;  3V2Y A;  1L68 A;  1C63 A;  1D3M A;  2NTH A;  5JJE A;  5ITC A;  1DYE A;  1P37 A;  4LDO A;  4EKR A;  1L00 A;  1LWG A;  4ZPU A;  3REY A;  1LWK A;  1B6I A;  3C81 A;  1XJI A;  3EH3 B;  223L A;  1C68 A;  258L A;  4XTO A;  4I7M A;  5G36 A;  252L A;  4MD2 A;  1Q5J A;  2RBQ A;  212L A;  1C6K A;  1G0K A;  185L A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
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