3OE8A

Crystal structure of the cxcr4 chemokine receptor in complex with a small molecule antagonist it1t in p1 spacegroup
Total Genus 158
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
158
sequence length
443
structure length
433
Chain Sequence
PCNFNKIFLPTIYSIIFLTGIVGNGLVILVMGYQKKLRSMTDKYRLHLSVADLLFVITLPFWAVDAVANWYFGNFLCKAVHVIYTVNLYSSVWILAFISLDRYLAIVHATNSQRPRKLLAEKVVYVGVWIPALLLTIPDFIFANVSEADDRYICDRFYPNDLWVVVFQFQHIMVGLILPGIVILSCYCIIISKLSHSGSNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYHQKRKALKTTVILILAFFACWLPYYIGISIDSFILLEIIKQGCEFENTVHKWISITEALAFFHCCLNPILYAFL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Structures of the CXCR4 chemokine GPCR with small-molecule and cyclic peptide antagonists.
pubmed doi rcsb
molecule tags Signaling protein, hydrolase
source organism Homo sapiens
molecule keywords C-X-C chemokine receptor type 4, Lysozyme Chimera
total genus 158
structure length 433
sequence length 443
chains with identical sequence B, C
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2010-08-12

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
A PF00001 7tm_1 7 transmembrane receptor (rhodopsin family)
A PF12109 CXCR4_N CXCR4 Chemokine receptor N terminal
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 3oe8A02
1.20.1070.10 Mainly Alpha Up-down Bundle Rhopdopsin 7-helix transmembrane proteins Rhopdopsin 7-helix transmembrane proteins 3oe8A01
4G7RB 258LA 1PQOA 2RH1A 2YCZA 3UTVA 3MBVA 2HUMA 1L97A 4DJHA 4GBRB 181LA 1JTMA 256LA 1JTNA 3DMZA 1C3WA 1L33A 2F47A 1L80A 1T6HA 3FADA 1QM8A 1CX6A 1M0MA 5B0WA 235LA 3ZPQA 1VGOA 2Y02A 1LI3A 141LA 4W57A 2ZIYA 103LA 2O79A 161LA 2RBNA 200LA 145LA 3C7WA 131LA 3HU8A 3GUOA 3VW7A 3SBBC 5J7AA 3S3BB 1LI6A 1S53A 3OE6A 246LA 4ARJA 1XMEB 1CV3A 3DN3A 2NTUA 3REYA 3NYAA 244LA 253LA 1C8SA 1JGJA 1L75A 1L79A 1L22A 1ZURA 1B6IA 1P64A 1R2NA 3HDEA 3SB7A 3SB9A 1C8RA 2I20A 1LYIA 3A7KA 3AYNA 4I7NA 5G2AA 4EA3A 1M0LA 2QPEB 1D3FA 2IGCA 1C63A 1DZEA 1PXRA 1L12A 1HZXA 1CUQA 2KSAA 5JJEA 128LA 2I21A 241LA 1E12A 243LA 1FBBA 190LA 5AX0A 210LA 1C6PA 196LA 4Y9HA 2NTGA 4YX7C 2O7AA 1L84A 1GUEA 1G0GA 3QDCA 219LA 1QHJA 4FBZA 5FJGA 180LA 5G36A 4W59A 1LWGA 3V2WA 1T8GA 3UZCA 3EH5B 187LA 1L25A 4DAJA 251LA 3C9MA 1L96A 1QUGA 1L82A 4BVNA 2LZMA 183LA 1G0PA 2Y03A 1OVJA 1L27A 4EKQA 164LA 1L49A 1G1VA 4OO9A 3HUKA 2BRDA 4GP8B 130LA 1CX7A 1E0PA 2Y04A 1P36A 4W58A 3RFMA 1C6LA 3VVKA 1KNIA 2B75A 242LA 1BRXA 1GZMA 1X0SA 2OE4X 4XTLA 1L36A 112LA 4QIDA 3P0GA 1L71A 1LYFA 1SWYA 5I14A 1L59A 1EHKB 1L77A 4I7JA 1M0KA 3FI5A 1Q5IA 1P3NA 3ODUA 5ETZA 3HASA 185LA 1LGXA 4BEYA 1QUHA 1L55A 3D4SA 5ITEA 4W55A 238LA 4I7TA 1IW9A 4EPIA 1UCQA 3C9LA 198LA 191LA 1D3JA 3ABWA 3VG9A 4ZPUA 2O4WA 1LI2A 182LA 248LA 1CV6A 1L85A 3DN1A 5LZMA 3HAOA 3HTFA 1L20A 4G72B 1L06A 1SSYA 3AM6A 1P8IA 1G06A 224LA 1L95A 102LA 127LA 129LA 158LA 138LA 3QAKA 236LA 1XJUA 2KSYA 1LYHA 3UTXA 3SN6R 1CV1A 1G1WA 1L05A 1QT3A 1L93A 143LA 3C80A 3L64A 1O0AA 3S3CB 192LA 1L52A 1XJTA 3C81A 3C7ZA 148LE 1OVHA 1L08A 1C6BA 221LA 3F8VA 3F9LA 2PEDA 4X1HA 1F50A 3DDLA 5H2KA 1ZWNA 1C6DA 1KW7A 1LYJA 4ARLA 4N4YB 2Y01A 4JQ6A 3GUKA 3QJTB 3NS0A 4BV0A 4X32A 4FPDA 1D2WA 2QB0B 3X3CA 2RB0X 2HPYA 1BRRA 1C61A 1G0LA 3HUQA 1C64A 1DYGA 1EPYA 1L65A 1OWZA 4GP5B 4YXCA 104LA 2JAFA 125LA 5KKHA 118LA 1C6MA 4IAQA 2X72A 2ZFEA 261LA 1S8JA 5BR2A 1L30A 1L51A 162LA 5AHZA 2A4TA 3C83A 3PDSA 4G71B 160LA 1L28A 1C6IA 3QJQB 3QJVB 1CTWA 2F95A 1PQKA 1L48A 1P46A 3CDQA 4AMIA 1C6HA 3HARA 108LA 231LA 3QJSB 2OU0X 4A4MA 110LA 119LA 169LA 3CDTA 1KG9A 1CV5A 2G87A 4ARQA 5H2PA 2RB1X 245LA 4W51A 1S8LA 1L60A 2OU9A 4IB4A 3FA0A 2RBPA 3DN2A 172LA 4EJ4A 1QT7A 1L01A 4ARPA 175LA 1L39A 3DN8A 4EXMA 1QT5A 1DYBA 3PQRA 3SB6A 1CU6A 1K28A 3QBIA 1TN5A 3QJUB 1L16A 4IAPA 234LA 1BRDA 4GPOA 1SWZA 2RB2X 4UG2A 4UHRA 4I7LA 1OV5A 2RBQA 4ARMA 3DNAA 2RBRA 107LA 1L94A 3DN0A 7LZMA 3CAPA 4YXAC 3GUNA 4S0WA 126LA 1F4ZA 5DHGA 4GP4B 144LA 1BM1A 3UG9A 1P37A 1F88A 1QKPA 5A45A 109LA 1C6JA 1QSBA 4HYJA 1CWQA 3HH3A 2B6XA 4I7PA 4IARA 3HTBA 4BEZA 1T8AA 1P7SA 3C8RA 3VHZA 1L46A 1S51A 1SX7A 4J4QA 2J4YA 1S54A 2HUKA 3RUNA 1T8FA 209LA 2B6YA 2WJKA 1C6FA 1I6SA 111LA 3OE8A 5H2OA 1CU2A 3KJ6A 3UZAA 147LA 1C6KA 1G0KA 4LZMA 1L43A 2YCYA 3BVDB 2LNLA 1DYDA 1LN6A 3CDVA 5G53A 1L24A 2R4RA 1C6CA 3SB5A 2KSBA 156LA 3CDOA 4NC3A 1KS3A 1L9HA 120LA 3EH3B 4XXJA 1VJMA 1L92A 214LA 1SSWA 1WTHA 1Q5JA 5EN0A 173LA 1L76A 1L53A 262LA 4BWBA 4G7QB 3CDRA 3UTWA 4AMJA 2OE7X 1L29A 2OEAX 4BUOA 177LA 1DYEA 1DYAA 197LA 4MQSA 1X0K1 5H2MA 1L88A 4KNFA 5BR5A 1P8UA 1L74A 2Z6BA 5DHHA 3VI0A 2RAYX 1L23A 2F2QA 3UONA 1LPYA 2F93A 2WJLA 140LA 2NTHA 3K2RA 4X31A 1L86A 4HWLA 1OV7A 2RBOA 151LA 5B6ZA 2Q9DA 1L35A 5A44A 1C6TA 171LA 3HAQA 3HDFA 2VT4A 1LGUA 3JR6A 5C1MA 1KW5A 1LW9A 1P2LA 1S52A 5AHYA 2YCWA 1LYEA 1TLAA 2B70A 5A8EA 2KS9A 227LA 137LA 1C62A 2B6ZA 3S8GB 167LA 4PXKA 1CU3A 1CU5A 4AQNA 4XTNA 1QS9A 4EIYA 6LZMA 4N6HA 5ITCA 3DKEX 165LA 188LA 174LA 4MD2A 1D2YA 1G07A 1LLHA 113LA 1QSQA 1L81A 1T97A 5B6XA 3PXOA 1L67A 4I7SA 142LA 225LA 2HULA 2I35A 1L83A 1L62A 3QJRB 4MBSA 1L54A 1C68A 232LA 4JKVA 122LA 1L58A 1L42A 1L90A 163LA 114LA 1L70A 2RBSA 152LA 1QTZA 4W53A 5H2IA 255LA 3OE0A 4WW3A 2YDVA 155LA 1L64A 1L04A 1CU0A 1C6NA 206LA 1L0JA 149LA 5DYSA 4PXFA 1XEPA 1L0KA 2F32A 176LA 1SX2A 5H2NA 259LA 5JJJA 186LA 2LC9A 3DQBA 3X3BA 5LWEA 4I7KA 1H68A 2ANXA 2Z55A 1OVKA 3QBGA 1QTBA 3HT6A 1AT9A 5JJNA 1QT8A 2OE9X 2B7XA 3VGAA 1OWYA 1KY1A 1L40A 4OV0A 1QT6A 1L26A 4KLYA 5G2CA 4MQTA 1QTDA 226LA 4EKRA 2RAZX 1QTHA 4PJZA 239LA 2EI4A 5B6YA 3WQJA 1L14A 2I1XA 1PQJA 1FBKA 229LA 223LA 3V2YA 1QKOA 3PBLA 1P2RA 1LYGA 4HYXA 5H2JA 1L99A 216LA 2ZZLA 2B6TA 5H2HA 2QARC 5H2LA 1G0MA 4I7RA 1L66A 1L63A 3HU9A 3RZEA 1R84A 1L87A 1L37A 4DKLA 2LCBA 1L00A 217LA 1DYFA 3CODA 170LA 1JV6A 4L35A 1QUOA 5B34A 178LA 1CUPA 1U19A 1DYCA 1L89A 4LDOA 2Z73A 4L6RA 2JAGA 1C60A 146LA 201LA 2CUUA 3DMXA 3LZMA 1C66A 3OAXA 4WAVA 1L07A 1L69A 247LA 150LA 5B6WA 1L17A 1CVKA 4QI1A 4EKPA 1L0MA 3NY8A 1L32A 3HTGA 1LGWA 4QRYA 139LA 1L91A 4GYCA 1L73A 1AP9A 1L09A 230LA 1C6QA 4N4WA 3NSBA 2B6WA 2YCXA 2OU8A 5B35A 1L68A 5G28A 1L56A 3OE9A 1L98A 1ZYTA 1JQUA 233LA 215LA 4TL3A 5B2NA 2M3GA 3G3XA 218LA 3NY9A 257LA 4W52A 1PQIA 3HT8A 3GUPA 1L47A 1L15A 1XJIA 3PWHA 1L50A 1C6EA 1L18A 3HH6A 3QBKA 1QT4A 1D9WA 2B73A 3QBLA 4ARQB 3GUMA 2B72A 3GULA 189LA 4W56A 2Y00A 4XTOA 3SBAA 1C6GA 1G0JA 3HAPA 1L44A 4PK0A 1JFPA 1L21A 249LA 3L2XA 1C6AA 1L03A 4E97A 166LA 3C8QA 4GBRA 1P5CA 252LA 4XT1A 250LA 1LYDA 1QTCA 3COCA 4G7SB 168LA 1C69A 1JV7A 1KGBA 4I7MA 1IXFA 212LA 4EPFA 1PXSA 2YDOA 1OYUA 4ARMB 1QUDA 1D3NA 3S3DB 1PQDA 5AZDA 3DMVA 1KMEA 3HANA 1NHBA 5AX1A 3EMLA 1KG8A 2R4SA 220LA 1P8HA 184LA 1L31A 2ANVA 3DN4A 3DN6A 3HH5A 195LA 157LA 5AWZA 3ZPRA 1GU8A 5B6VA 3AYMA 4LDEA 3HT7A 4FA7B 1L34A 3HH4A 4GRVA 1L61A 1L02A 1L45A 4LDLA 3HT9A 1H2SA 1LWKA 1UAZA 115LA 4EKSA 2L78A 4G70B 4W54A 3S8FB 2OTZX 3T45A 3UTYA 1PY6A 3EH4B 1P56A 3HWLA 1MGYA 4MD1A 1C67A 1D3MA 1L72A 3SB8A 3C7YA 4I7QA 1C65A 1L19A 1CV4A 1QS5A 2B74A 159LA 240LA 1PQMA 3HTDA 1L11A 254LA 4FAAB 1X0I1 2Q9EA 1IW6A 4JR8A 1L10A 3G3WA 4K5YA 2L6XA 1P6YA 213LA 5G2DA 3ZEVA 4I7OA 1XIOA 1QTVA 2AT9A 211LA 5F8UA 5TGZA 228LA 1G0QA 222LA 3QAPA 1L38A 2OTYX 1TN0A 4XT3A 3G3VA 1L13A 2NTWA 2QPDB 1KY0A 1L41A 1L57A 205LA 3C8SA 199LA 3GUJA 5G54A 3C82A 237LA 3HUAA 123LA 260LA 3GUIA 1CV0A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2RH1A 2YCZA 4DD2A 3MBVA 4J0LA 3UTVA 4GBRB 181LA 256LA 1UIDA 5T3FA 1L33A 5KKIA 2N5ZA 1D6QA 1JPOA 1IR7A 3CT1A 2ZIYA 5APFA 161LA 1G7HC 1YL1X 3GUOA 1OQMA 1W6ZA 5ILFA 4H1PA 244LA 5B07A 1L22A 1ZURA 1B7MA 1VDPA 3HDEA 4BS7A 3AYNA 5LYZA 1C63A 4P2EA 2KSAA 2G4NA 4H90A 2Y8PA 1LSCA 1C6PA 2NTGA 1IVMA 1JTOL 4CFOA 4IATA 3WUAA 1G0GA 1QSWA 1QHJA 4FBZA 180LA 1GF7A 1OUFA 1LKRA 4H9AA 2MEHA 3EH5B 4GCEA 1JITA 3HBHA 5FDJA 3A67Y 4BVNA 3W6BA 1LJEA 1C7PA 4GP8B 3HUKA 5KXKA 2Y04A 1C6LA 1UA6Y 1GZMA 4H92A 2BQLA 1LYFA 4H91A 1L77A 1Q5IA 5KXMA 1P3NA 3ODUA 1GFGA 4W55A 4XN6A 4EPIA 5D5FA 4O34A 4QY9A 1JSFA 2W1XA 4NGWA 3C9LA 1IOCA 191LA 1CJ7A 1UIGA 3VG9A 4NSIA 1L85A 1LJIA 1QUSA 3DN1A 4WM5A 4G72B 4NFVA 5LIOA 4A7DA 1GBWA 4HTKA 3WVXA 1O0AA 2MEBA 1L52A 1XJTA 1L08A 1IP5A 2PEDA 4X1HA 4I8SA 1WQNA 4JQ6A 2VB1A 3GUKA 1NMMA 4X32A 1DPXA 1DYGA 1OWZA 4GP5B 4XYYA 3LYZA 125LA 1C08C 5IELA 1B0DA 4XJGA 4IAQA 261LA 1FLQA 5AHZA 1QQYA 3W3EA 2FYCA 4G71B 2YBLA 4GCCA 4WO6A 4M4OA 1LZYA 4NHQA 1L48A 4OWCA 1F6SA 1C6HA 3QJSB 2I26L 4A4MA 119LA 134LA 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 4PK0 A;  1JFP A;  1L21 A;  249L A;  3L2X A;  1C6A A;  1L03 A;  4E97 A;  166L A;  3C8Q A;  4GBR A;  1P5C A;  252L A;  4XT1 A;  250L A;  1LYD A;  1QTC A;  3COC A;  4G7S B;  168L A;  1C69 A;  1JV7 A;  1KGB A;  4I7M A;  1IXF A;  212L A;  4EPF A;  1PXS A;  2YDO A;  1OYU A;  4ARM B;  1QUD A;  1D3N A;  3S3D B;  1PQD A;  5AZD A;  3DMV A;  1KME A;  3HAN A;  1NHB A;  5AX1 A;  3EML A;  1KG8 A;  2R4S A;  220L A;  1P8H A;  184L A;  1L31 A;  2ANV A;  3DN4 A;  3DN6 A;  3HH5 A;  195L A;  157L A;  5AWZ A;  3ZPR A;  1GU8 A;  5B6V A;  3AYM A;  4LDE A;  3HT7 A;  4FA7 B;  1L34 A;  3HH4 A;  4GRV A;  1L61 A;  1L02 A;  1L45 A;  4LDL A;  3HT9 A;  1H2S A;  1LWK A;  1UAZ A;  115L A;  4EKS A;  2L78 A;  4G70 B;  4W54 A;  3S8F B;  2OTZ X;  3T45 A;  3UTY A;  1PY6 A;  3EH4 B;  1P56 A;  3HWL A;  1MGY A;  4MD1 A;  1C67 A;  1D3M A;  1L72 A;  3SB8 A;  3C7Y A;  4I7Q A;  1C65 A;  1L19 A;  1CV4 A;  1QS5 A;  2B74 A;  159L A;  240L A;  1PQM A;  3HTD A;  1L11 A;  254L A;  4FAA B;  1X0I 1;  2Q9E A;  1IW6 A;  4JR8 A;  1L10 A;  3G3W A;  4K5Y A;  2L6X A;  1P6Y A;  213L A;  5G2D A;  3ZEV A;  4I7O A;  1XIO A;  1QTV A;  2AT9 A;  211L A;  5F8U A;  5TGZ A;  228L A;  1G0Q A;  222L A;  3QAP A;  1L38 A;  2OTY X;  1TN0 A;  4XT3 A;  3G3V A;  1L13 A;  2NTW A;  2QPD B;  1KY0 A;  1L41 A;  1L57 A;  205L A;  3C8S A;  199L A;  3GUJ A;  5G54 A;  3C82 A;  237L A;  3HUA A;  123L A;  260L A;  3GUI A;  1CV0 A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
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