3OE9A

Crystal structure of the chemokine cxcr4 receptor in complex with a small molecule antagonist it1t in p1 spacegroup
Total Genus 137
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
137
sequence length
437
structure length
420
Chain Sequence
CFRNFNKIFLPTIYSIIFLTGIVGNGLVILVMGYQKKLRSMTDKYRLHLSVADLLFVITLPFWAVDAVANWYFGNFLCKAVHVIYTVNLYSSVWILAFISLDRYLAIVHATNSQRPRKLLAEKVVYVGVWIPALLLTIPDFIFANVSEADDRYICDRFYPNDLWVVVFQFQHIMVGLILPGIVILSCYCIIISKLSHNIFEMLRIDEGLRLKIYKGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYKALKPTVILILAFFACWLPYYIGISIDSFILLEIIKCEFENTVHKWISITEALAFFHCCLNPILYA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Structures of the CXCR4 chemokine GPCR with small-molecule and cyclic peptide antagonists.
pubmed doi rcsb
molecule tags Signaling protein, hydrolase
source organism Homo sapiens
molecule keywords C-X-C chemokine receptor type 4, Lysozyme Chimera
total genus 137
structure length 420
sequence length 437
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2010-08-12

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
A PF00001 7tm_1 7 transmembrane receptor (rhodopsin family)
A PF12109 CXCR4_N CXCR4 Chemokine receptor N terminal
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 3oe9A02
1.20.1070.10 Mainly Alpha Up-down Bundle Rhopdopsin 7-helix transmembrane proteins Rhopdopsin 7-helix transmembrane proteins 3oe9A01
1OV5A 241LA 3HTDA 1QT3A 1L25A 1L42A 5B6WA 4GP8B 2B7XA 1QKOA 5J7AA 3F8VA 161LA 2HUKA 4YXCA 2WJLA 1L35A 1L30A 3QJRB 1KW5A 147LA 1C6GA 4I7OA 1G0JA 1L13A 1LYFA 1IXFA 1S8LA 1G1VA 1L15A 3CODA 5AHZA 1G0MA 1CV6A 166LA 1L59A 4UHRA 3NY9A 1PQKA 1H2SA 2R4RA 114LA 180LA 2B6YA 234LA 1L69A 1VGOA 1L75A 4WAVA 2QPDB 192LA 1L45A 1DZEA 5AZDA 213LA 1C60A 248LA 4EKRA 4GRVA 4GP5B 1L23A 1XJUA 2OU0X 2RBOA 4KNFA 1L19A 1CV1A 177LA 3QJQB 3GUJA 2RBNA 191LA 3CDOA 3T45A 156LA 160LA 4GP4B 1LLHA 3L2XA 3MBVA 3GUMA 1C61A 1XMEB 7LZMA 1P8IA 1L56A 1L99A 4XTNA 5BR2A 1XJIA 1L68A 3UG9A 4W57A 240LA 2ZIYA 2R4SA 5G28A 1L93A 225LA 1DYGA 1QSQA 5JJNA 127LA 5ITEA 1PQDA 4XT3A 5KKHA 5FJGA 254LA 5H2KA 129LA 3EMLA 3OE6A 4JR8A 252LA 1SSYA 1XIOA 1C66A 1P6YA 3HTGA 1C8RA 1T6HA 185LA 1F50A 2Y00A 256LA 1CX7A 196LA 2RB2X 1KG8A 1P56A 3PDSA 1L66A 1L24A 5G54A 5A8EA 2RAYX 3V2WA 4PJZA 259LA 1BM1A 4EIYA 1L83A 1CX6A 226LA 3F9LA 4W52A 2EI4A 3COCA 1GZMA 131LA 3SB8A 1L61A 3WQJA 3HAOA 4KLYA 2KS9A 2Y02A 1C63A 1QT7A 2NTGA 1UCQA 3CAPA 3BVDB 5A45A 1CWQA 1S52A 3QJTB 1CU5A 1S53A 1D3JA 5LWEA 5AX0A 3L64A 139LA 4ARQA 2LZMA 1LYHA 3UTWA 1LGUA 5G36A 126LA 247LA 2B75A 4ARMA 1PQJA 1L74A 4EKPA 1TLAA 3RFMA 3C7YA 209LA 5BR5A 2QARC 2RB1X 214LA 2RBPA 151LA 1L04A 162LA 1CU0A 245LA 4YXAC 4W54A 4LDOA 2KSBA 3SBAA 246LA 1QKPA 157LA 4PXFA 4XXJA 1L31A 4EJ4A 1L85A 2I1XA 1L57A 1QT4A 188LA 1SX2A 1KGBA 6LZMA 1G0LA 1BRDA 1LGXA 4K5YA 4FPDA 1L65A 4L6RA 1D3NA 221LA 3G3XA 216LA 109LA 249LA 1VJMA 4X32A 5G2AA 1C69A 4AMJA 1L76A 2RBQA 5H2LA 1CV0A 233LA 1DYCA 5ETZA 2Z55A 4ARLA 3S3CB 1L55A 2Y03A 1L91A 201LA 5JJJA 3PXOA 4IARA 1L79A 141LA 1GUEA 4EA3A 3HH4A 195LA 3GUKA 3QJVB 4BUOA 3C82A 3S3DB 1L62A 3C7WA 1E12A 4FBZA 2YCWA 3UZAA 3SBBC 1C67A 2B74A 1G0GA 4GBRB 1FBBA 4N4WA 4QI1A 1TN5A 2PEDA 1C68A 1QUHA 3SB6A 104LA 2HULA 3D4SA 3DN4A 3G3WA 137LA 3S3BB 1PY6A 1L98A 172LA 2IGCA 1L70A 2KSYA 3HASA 258LA 3CDVA 1JV7A 2OE7X 4X1HA 243LA 1D2YA 3JR6A 123LA 1L40A 3OE0A 5B2NA 2KSAA 3GULA 1QT8A 3NY8A 1U19A 2I20A 4A4MA 3QBGA 2QB0B 1L0JA 5LZMA 5G2CA 1L50A 1S54A 3SB9A 1P3NA 2YDOA 4XTOA 1CTWA 4OV0A 1C6DA 176LA 4I7LA 1C65A 1L18A 4N6HA 3C8RA 4L35A 1C64A 1C6MA 1CUPA 4I7KA 3HAQA 1L39A 4DAJA 1L06A 1L58A 1G0PA 118LA 1JTNA 2OE4X 4W53A 3SN6R 215LA 3NS0A 1LYJA 4MQSA 1G0QA 164LA 3UONA 2O79A 171LA 4I7MA 3RZEA 4G70B 1L48A 3GUIA 2L78A 4W59A 3QAPA 1QS5A 5F8UA 4AMIA 2L6XA 3NYAA 1L90A 1QTDA 1JFPA 150LA 1L27A 2I21A 2M3GA 2O7AA 1L54A 2OEAX 1P2RA 3HH6A 2Z6BA 3ODUA 2YDVA 4I7NA 4X31A 3S8GB 3UZCA 1L41A 1P37A 1L46A 1L73A 1L20A 3HWLA 1C8SA 1C6NA 1JTMA 1QUDA 142LA 145LA 2F2QA 103LA 1QT6A 1PXRA 1P36A 2WJKA 4XT1A 1P7SA 1L01A 2OE9X 1L21A 158LA 2LNLA 3GUPA 1L29A 3DN3A 1P64A 2BRDA 238LA 2B72A 5JJEA 197LA 120LA 1L87A 113LA 232LA 3C9LA 1LGWA 2ANVA 1P8HA 1KY0A 4ARPA 1E0PA 3S8FB 2G87A 255LA 174LA 1L38A 2LCBA 5B34A 2YCYA 1L37A 1KS3A 1L22A 219LA 5G53A 1BRXA 3ABWA 4G7QB 3HARA 1SWZA 4BWBA 3V2YA 3AYMA 155LA 223LA 3QBKA 1QUOA 1L10A 1CUQA 1C6EA 1L05A 2RB0X 4XTLA 178LA 1NHBA 4I7QA 3ZEVA 200LA 3HT9A 3AM6A 3EH4B 1PQIA 1OVKA 1G06A 4DJHA 4PXKA 5ITCA 1M0LA 239LA 236LA 1ZWNA 159LA 4ARJA 3HDEA 1CV3A 1LWKA 4LDEA 5G2DA 1ZYTA 4G7RB 1R84A 1LN6A 210LA 3HT8A 2RBRA 3HUAA 187LA 1L51A 1L32A 2HPYA 4AQNA 3HU8A 1ZURA 3OE8A 3DNAA 1H68A 237LA 1DYFA 1S8JA 1CU3A 1L92A 3VG9A 2F32A 1LYGA 5B6XA 3LZMA 4I7TA 1QM8A 1LI3A 5DHGA 1EPYA 3DN8A 4QRYA 4GBRA 2ZZLA 1L44A 5I14A 1C6TA 146LA 1SSWA 2B73A 3EH5B 1SX7A 3CDRA 4GPOA 3HUKA 2NTHA 1QTBA 1G07A 1LI6A 1L36A 182LA 244LA 1X0I1 3FADA 1IW6A 1L00A 224LA 1QTZA 4Y9HA 2F95A 115LA 1L63A 1OV7A 2CUUA 1KMEA 5DHHA 4W55A 110LA 1WTHA 2NTWA 1C3WA 1L9HA 5AHYA 2JAFA 181LA 1L47A 257LA 3RUNA 1L84A 1C6JA 175LA 2NTUA 1D2WA 1QTVA 4EPIA 4OO9A 1C6AA 3GUOA 3UTVA 1C6CA 3DN1A 1P5CA 107LA 165LA 3C81A 1LYEA 4ZPUA 3QDCA 2Z73A 227LA 2OTZX 5H2MA 183LA 5H2NA 5H2OA 4I7PA 3X3BA 1D9WA 111LA 1L53A 4MBSA 2QPEB 167LA 3HT7A 108LA 1L80A 4BVNA 1C6KA 1KY1A 3GUNA 2F93A 205LA 1XJTA 3DN2A 2I35A 1DYBA 1T97A 1L0KA 1L12A 2YCZA 3DQBA 1KNIA 1L34A 1QTHA 138LA 1M0MA 251LA 3QBIA 4G71B 1CU2A 1L82A 4J4QA 3REYA 1FBKA 1T8FA 1L60A 1L28A 2OU9A 4S0WA 1D3FA 4I7RA 1C6FA 3HH5A 5AWZA 1L14A 3NSBA 186LA 112LA 229LA 1G0KA 217LA 2HUMA 3OE9A 4G7SB 1L71A 128LA 1CV5A 3DN0A 4IAPA 1F88A 1KG9A 5B35A 144LA 2Y04A 242LA 1X0SA 3C8QA 1L72A 1QT5A 1JV6A 3A7KA 1Q5IA 1L09A 1EHKB 3UTYA 1C6PA 1L07A 5B0WA 1AP9A 1L17A 2Y01A 3CDTA 1LW9A 2Q9DA 3HAPA 1XEPA 1PXSA 4IB4A 4BEZA 4FA7B 102LA 212LA 3PBLA 3QBLA 2YCXA 4G72B 1L77A 1SWYA 1QUGA 125LA 3G3VA 4E97A 1AT9A 3C9MA 4BEYA 1MGYA 2RBSA 1UAZA 1C6BA 1L67A 4EKSA 231LA 1PQOA 235LA 1L26A 261LA 1JGJA 1L03A 5B6YA 5B6ZA 3FI5A 5EN0A 1T8AA 3HTBA 3C7ZA 3PWHA 5H2HA 1OVHA 253LA 199LA 143LA 3CDQA 3SB5A 2A4TA 4EKQA 4JQ6A 3ZPQA 5A44A 140LA 1LWGA 1R2NA 3HTFA 4NC3A 4PK0A 4HWLA 218LA 3C83A 2AT9A 1L33A 1D3MA 5AX1A 5H2IA 4I7SA 1QS9A 2ANXA 168LA 4EPFA 1P2LA 2ZFEA 3VW7A 2B6TA 2VT4A 1C6HA 3HH3A 3HDFA 1L43A 2OTYX 3QAKA 4EXMA 4W51A 4WW3A 4HYXA 3QJUB 211LA 4QIDA 1CU6A 3UTXA 3VGAA 1IW9A 1PQMA 1M0KA 5C1MA 1B6IA 1T8GA 230LA 4N4YB 3KJ6A 1L16A 4BV0A 2F47A 152LA 2LC9A 1TN0A 1DYAA 2B6ZA 4LZMA 3DN6A 1OVJA 262LA 3HT6A 3OAXA 250LA 3C8SA 173LA 3DMZA 2JAGA 1C6QA 4MD1A 3QJSB 4YX7C 4FAAB 4W58A 5B6VA 122LA 1JQUA 1L11A 1C6LA 3DMXA 4ARQB 3ZPRA 1GU8A 4GYCA 1K28A 4ARMB 1HZXA 1OWYA 3DMVA 3VVKA 1L81A 1OYUA 4I7JA 3HANA 3HU9A 1L52A 1LPYA 130LA 1OWZA 1L0MA 4UG2A 1LYDA 3C80A 184LA 4MQTA 3AYNA 1P46A 190LA 4JKVA 1C62A 5H2PA 5TGZA 260LA 1DYDA 1QSBA 2RH1A 1I6SA 1QTCA 1Q5JA 1L86A 3VHZA 1LI2A 1L94A 3P0GA 3EH3B 1G1WA 206LA 3K2RA 4MD2A 3FA0A 163LA 228LA 1DYEA 189LA 1L95A 119LA 3VI0A 149LA 1L97A 2RAZX 1LYIA 2OU8A 148LE 3SB7A 1BRRA 1L49A 2B70A 2X72A 198LA 4W56A 1L64A 169LA 1L89A 2O4WA 1F4ZA 3PQRA 170LA 5H2JA 222LA 1KW7A 1CVKA 1L96A 2B6XA 1CV4A 3DKEX 3HUQA 4DKLA 5DYSA 1L02A 1L08A 4HYJA 1S51A 4LDLA 3X3CA 1L88A 2Q9EA 220LA 4TL3A 3DDLA 1C6IA 4IAQA 1O0AA 1P8UA 2B6WA 1QHJA 1X0K1 2J4YA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
5KXRA 4H91A 1QT3A 1L42A 5B6WA 1QKOA 161LA 2Z39A 4YXCA 1L35A 1OUCA 4ZEEA 1GE3A 1C6GA 4XJFA 1LYFA 3CODA 4NGVA 1CV6A 166LA 3AYQA 4DQ5A 1XGUC 234LA 2B6YA 4CFPA 1HEQA 192LA 1DZEA 1L23A 3LYOA 1CV1A 5IDDA 5FDJA 1GXXA 3MBVA 4PRQA 1XMEB 3A34A 4XTNA 5BR2A 1LZEA 240LA 1B7QA 5G28A 1L93A 2YBHA 2HEBA 5FJGA 1D6PA 5H2KA 252LA 1C66A 4LYOA 1QQYA 1C8RA 1F50A 2Y00A 4NHTA 1I20A 3PDSA 4PRUA 1L24A 4WM3A 2RAYX 135LA 4PJZA 226LA 1GFVA 4W52A 4RW2A 2W1MA 1CWQA 1S52A 1CU5A 4XJDA 139LA 2BQHA 1TEWA 2B75A 4ARMA 1PQJA 1L74A 2YVBA 1LJHA 4NSHA 209LA 2RB1X 162LA 2EPEA 2KSBA 1QKPA 1DZBX 4EJ4A 4UWNA 1QT4A 1DI4A 1J1OY 3J4GA 6LZMA 2I25L 1GPQC 1L65A 3G3XA 216LA 4X32A 233LA 4ARLA 1L55A 1L91A 2BQGA 3PXOA 2MEFA 1L62A 1W6ZA 1E12A 4CFOA 1G0GA 1SQ2L 1YL1X 4GLVA 4QI1A 1TN5A 4CJ2A 4LT3A 4G9SA 3E3DA 3A3QA 5LAFA 2ZNXY 3DN4A 5K7OA 1PY6A 1L98A 2KSYA 4PPOA 3CDVA 2YBJA 1D2YA 2EIZC 1B0DA 1L40A 3OE0A 4B1AA 2KSAA 3TXFA 2QB0B 2VB1A 1E8LA 3RZ4A 176LA 2Q0MX 1L18A 3C8RA 1C64A 1C7PA 4I7KA 3TXKA 4LYTA 1GF0A 2DQJY 1IWVA 1LJNA 1G0PA 1HERA 1QUTA 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 211L A;  4QID A;  1CU6 A;  3UTX A;  3VGA A;  1IW9 A;  1PQM A;  1M0K A;  5C1M A;  1B6I A;  1T8G A;  230L A;  4N4Y B;  3KJ6 A;  1L16 A;  4BV0 A;  2F47 A;  152L A;  2LC9 A;  1TN0 A;  1DYA A;  2B6Z A;  4LZM A;  3DN6 A;  1OVJ A;  262L A;  3HT6 A;  3OAX A;  250L A;  3C8S A;  173L A;  3DMZ A;  2JAG A;  1C6Q A;  4MD1 A;  3QJS B;  4YX7 C;  4FAA B;  4W58 A;  5B6V A;  122L A;  1JQU A;  1L11 A;  1C6L A;  3DMX A;  4ARQ B;  3ZPR A;  1GU8 A;  4GYC A;  1K28 A;  4ARM B;  1HZX A;  1OWY A;  3DMV A;  3VVK A;  1L81 A;  1OYU A;  4I7J A;  3HAN A;  3HU9 A;  1L52 A;  1LPY A;  130L A;  1OWZ A;  1L0M A;  4UG2 A;  1LYD A;  3C80 A;  184L A;  4MQT A;  3AYN A;  1P46 A;  190L A;  4JKV A;  1C62 A;  5H2P A;  5TGZ A;  260L A;  1DYD A;  1QSB A;  2RH1 A;  1I6S A;  1QTC A;  1Q5J A;  1L86 A;  3VHZ A;  1LI2 A;  1L94 A;  3P0G A;  3EH3 B;  1G1W A;  206L A;  3K2R A;  4MD2 A;  3FA0 A;  163L A;  228L A;  1DYE A;  189L A;  1L95 A;  119L A;  3VI0 A;  149L A;  1L97 A;  2RAZ X;  1LYI A;  2OU8 A;  148L E;  3SB7 A;  1BRR A;  1L49 A;  2B70 A;  2X72 A;  198L A;  4W56 A;  1L64 A;  169L A;  1L89 A;  2O4W A;  1F4Z A;  3PQR A;  170L A;  5H2J A;  222L A;  1KW7 A;  1CVK A;  1L96 A;  2B6X A;  1CV4 A;  3DKE X;  3HUQ A;  4DKL A;  5DYS A;  1L02 A;  1L08 A;  4HYJ A;  1S51 A;  4LDL A;  3X3C A;  1L88 A;  2Q9E A;  220L A;  4TL3 A;  3DDL A;  1C6I A;  4IAQ A;  1O0A A;  1P8U A;  2B6W A;  1QHJ A;  1X0K 1;  2J4Y A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
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 2MEF A;  1L62 A;  1W6Z A;  1E12 A;  4CFO A;  1G0G A;  1SQ2 L;  1YL1 X;  4GLV A;  4QI1 A;  1TN5 A;  4CJ2 A;  4LT3 A;  4G9S A;  3E3D A;  3A3Q A;  5LAF A;  2ZNX Y;  3DN4 A;  5K7O A;  1PY6 A;  1L98 A;  2KSY A;  4PPO A;  3CDV A;  2YBJ A;  1D2Y A;  2EIZ C;  1B0D A;  1L40 A;  3OE0 A;  4B1A A;  2KSA A;  3TXF A;  2QB0 B;  2VB1 A;  1E8L A;  3RZ4 A;  176L A;  2Q0M X;  1L18 A;  3C8R A;  1C64 A;  1C7P A;  4I7K A;  3TXK A;  4LYT A;  1GF0 A;  2DQJ Y;  1IWV A;  1LJN A;  1G0P A;  1HER A;  1QUT A;  3SN6 R;  1B7S A;  1H87 A;  3IJV A;  5DN5 A;  4N0J A;  164L A;  3TXJ A;  5I53 A;  3UON A;  171L A;  3HBH A;  2L78 A;  2BQK A;  4DDA A;  5M1Y A;  5FEL A;  2L6X A;  2M3G A;  1L27 A;  2I21 A;  2C8O A;  4R6C A;  3HH6 A;  2Z6B A;  4X31 A;  3S8G B;  1IR9 A;  3CT1 A;  4WG7 A;  2ZIL A;  1L46 A;  1C6N A;  4HJZ A;  1QT6 A;  1PXR A;  4NIJ A;  2OE9 X;  4OW1 A;  2BRD A;  1BWH A;  238L A;  1QIO A;  2ZYP A;  4H94 A;  232L A;  2G4P A;  1LGW A;  1HEP A;  2Y8P A;  2MEG A;  1JTT L;  4ARP A;  1E0P A;  3S8F B;  174L A;  1L38 A;  1J1P Y; 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