3V2Y | Genus

Total Genus 150

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	150
sequence length	462
structure length	455
Chain Sequence	VSDYVNYDIIVRHYNYTGKLNISADKENSIKLTSVVFILICCFIILENIFVLLTIWKTKKFHRPMYYFIGNLALSDLLAGVAYTANLLLSGATTYKLTPAQWFLREGSMFVALSASVFSLLAIAIERYITMLKNNFRLFLLISACWVISLILGGLPIMGWNCISALSSCSTVLPLYHKHYILFCTTVFTLLLLSIVILYCRIYSLVRTRNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYASRSSENVALLKTVIIVLSVFIACWAPLFILLLLDVGCKVKTCDILFRAEYFLVLAVLNSGTNPIIYTLTNKEMRRAFIRIMGRPL

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__839802286237562__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__839802286237562__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/3v2y/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__839802286237562__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"839802286237562","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/3v2y/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__839802286237562__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

Viewer cachePut cache://localLOAD_/file/5d03400b2dac8366b9bf76d9/pdb.gz

Viewer cachePut https://genus.fuw.edu.pl/file/5d03400b2dac8366b9bf76d9/pdb.gz

FileManager.getAtomSetCollectionFromFile(/file/5d03400b2dac8366b9bf76d9/pdb.gz)

loadScript /static/js/j2s/core/corezip.z.js

The Resolver thinks Pdb

loadScript /static/js/j2s/core/corebio.z.js

Time for openFile(/file/5d03400b2dac8366b9bf76d9/pdb.gz): 513 ms

reading 455 atoms

ModelSet: haveSymmetry:false haveUnitcells:false haveFractionalCoord:false

1 model in this collection. Use getProperty "modelInfo" or getProperty "auxiliaryInfo" to inspect them.

Default Van der Waals type for model set to Jmol

455 atoms created

ModelSet: autobonding; use autobond=false to not generate bonds automatically

Time for creating model: 31 ms

Adding embedded #jmolscript: select ({0:454});backbone only;select *;

platformSpeed = 8

cartoonsFancy = true

sheetSmoothing = 1.0

traceAlpha = true

loadScript /static/js/j2s/core/corescriptcmd.z.js

specularPower = 9

ambientPercent = 20

antialiasDisplay = true

Script completed

Jmol script terminated

loadScript /static/js/j2s/J/g3d/HermiteRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/renderbio/BioMeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/render/MeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/shape/Mesh.js

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Hydrolase
source organism	Homo sapiens
publication title	Crystal structure of a lipid G protein-coupled receptor. pubmed doi rcsb
molecule keywords	Sphingosine 1-phosphate receptor 1, Lysozyme chimera (E.C.3.
total genus	150
structure length	455
sequence length	462
ec nomenclature	ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date	2011-12-12

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00959	Phage_lysozyme	Phage lysozyme
A	PF00001	7tm_1	7 transmembrane receptor (rhodopsin family)

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
1.10.530.40	Mainly Alpha	Orthogonal Bundle	Lysozyme	Lysozyme	3v2yA02
1.20.1070.10	Mainly Alpha	Up-down Bundle	Rhopdopsin 7-helix transmembrane proteins	Rhopdopsin 7-helix transmembrane proteins	3v2yA01

189LA 4I7TA 2Z73A 3QJQB 4NC3A 2RAZX 1EPYA 3G3VA 3QJTB 183LA 1C6QA 4HYXA 1L26A 1LYJA 209LA 223LA 1CX7A 4W59A 1C6AA 1L25A 163LA 191LA 2HUKA 1L21A 160LA 1K28A 3GULA 1S52A 5H2PA 1T8AA 1WTHA 1CU0A 1G1WA 1QUGA 3AYMA 5B6XA 1L34A 1L98A 5G53A 5JJNA 1L65A 3HT6A 1XJUA 4JKVA 1LI3A 3GUKA 1L17A 1CU2A 1L09A 3CDRA 4N4YB 109LA 157LA 3DN3A 3GUMA 3SB9A 5G2CA 1QT7A 5H2LA 2RAYX 4EKSA 3VG9A 3VHZA 1VGOA 4YXAC 3QAPA 4GYCA 1QT4A 5H2MA 3G3WA 2B7XA 4ZPUA 103LA 1QS9A 1XMEB 4ARMB 1C68A 1L20A 1L67A 1L77A 3DN0A 166LA 4G71B 2NTGA 174LA 5AX1A 3NYAA 5ITEA 1KG8A 3HH4A 3GUIA 2OU9A 3A7KA 3DMZA 3HU8A 1L29A 2F2QA 4PJZA 1L03A 5BR2A 232LA 1L06A 4BVNA 1L30A 242LA 1C6MA 186LA 3VGAA 1L93A 1L41A 250LA 2I20A 137LA 1PQMA 1SWZA 3CDVA 2Y04A 147LA 1L33A 3FA0A 1G0LA 2B70A 1L0JA 4DKLA 1X0I1 228LA 3HUQA 4QRYA 1L85A 222LA 2NTHA 1KW7A 5H2KA 4ARQB 1L00A 4I7QA 111LA 3ODUA 141LA 1L72A 1QTDA 3PBLA 4PK0A 4KNFA 1L23A 3RUNA 1JV7A 259LA 4LZMA 149LA 1L57A 1QUHA 167LA 142LA 237LA 2KSYA 1QT5A 1L0KA 1OV7A 3VI0A 1L52A 2F32A 3DN4A 1C6LA 3C83A 2LNLA 1QHJA 1GUEA 1LYGA 1P5CA 1UCQA 1L04A 4G7QB 3PDSA 3C82A 1L73A 245LA 3QAKA 1P56A 4EPIA 1LGUA 1QUDA 3L2XA 1L63A 139LA 3K2RA 1AT9A 2OEAX 5F8UA 5LWEA 2M3GA 238LA 4KLYA 1C65A 3HH3A 3UTVA 5H2HA 230LA 221LA 1Q5JA 1LYEA 1P64A 4LDLA 4DJHA 4YX7C 3DDLA 195LA 5DHHA 1L74A 4BV0A 1DYGA 4GP5B 2RH1A 4EA3A 2A4TA 2KSAA 1CV5A 5B34A 1KY1A 1OYUA 4YXCA 1L27A 4K5YA 2PEDA 4MBSA 256LA 4ARJA 1EHKB 3S8FB 4EJ4A 1PQKA 1QKOA 4G72B 1L83A 1QSQA 3PQRA 1OVHA 1G0MA 3DN1A 3OE6A 175LA 1L66A 1D9WA 1PXSA 5B6ZA 5B6WA 1X0K1 5FJGA 2I35A 2RBSA 1QT8A 1L62A 1L9HA 4WW3A 1L31A 1E12A 1QM8A 2WJKA 1L56A 5AHZA 4EPFA 4PXKA 3DN2A 1S8JA 3QJUB 3SN6R 168LA 182LA 1C60A 1P46A 1OWZA 5KKHA 1C6BA 2KSBA 2OTZX 2Y03A 3CDQA 1L96A 2B6YA 1OVKA 3D4SA 3HH6A 2IGCA 4S0WA 3C7YA 4DAJA 3UONA 2I1XA 1QTVA 144LA 1L28A 187LA 1L84A 1QT3A 1P37A 3X3CA 4X31A 3LZMA 3HDFA 102LA 1L76A 5A44A 3DQBA 5B6VA 1L48A 3CDTA 1DZEA 2JAGA 1C6NA 3RFMA 1F88A 1QTCA 1H68A 1LYHA 2B75A 3PXOA 1L39A 1C6HA 3VW7A 5A45A 1JTNA 2RBOA 165LA 1X0SA 1L13A 2HPYA 3HTFA 1L15A 261LA 1L61A 4ARPA 3F9LA 1AP9A 114LA 1DYAA 1F4ZA 3C9LA 3EH3B 4BEZA 2OE4X 3GUJA 104LA 1L87A 4I7NA 2YCXA 190LA 1L44A 1L11A 2ZIYA 4W56A 2ANVA 3KJ6A 1G0GA 5B0WA 1L69A 3HU9A 4L35A 4W57A 4XTOA 156LA 4L6RA 181LA 1SX2A 5AHYA 3ZEVA 4GBRB 2B72A 1CV3A 4IAQA 3S3CB 2Y02A 224LA 4I7LA 2G87A 1QUOA 3CODA 2B74A 1C6KA 4GPOA 1LYFA 2CUUA 1L49A 1L16A 2YDOA 2OE9X 1BRDA 110LA 1L12A 5BR5A 3UZAA 5AWZA 3UZCA 1CU6A 4FA7B 235LA 2QARC 2KS9A 2RBNA 3EMLA 4G7RB 2B6XA 1PQDA 4UHRA 4MD1A 1C66A 1F50A 2NTWA 178LA 2F47A 3DMVA 211LA 3SB7A 3AYNA 1M0MA 4FPDA 180LA 3FI5A 254LA 260LA 4MD2A 3RZEA 2RB1X 1L94A 1LWKA 1IW6A 3HWLA 3HT7A 3CDOA 1XJTA 1S53A 227LA 5ITCA 3EH4B 1C61A 1DYDA 3V2WA 3NSBA 1L32A 1L59A 1QT6A 1L10A 171LA 1L35A 4IARA 120LA 4OV0A 130LA 2YCWA 4EIYA 3G3XA 1LI2A 5TGZA 127LA 1L58A 220LA 3UTWA 257LA 1LLHA 196LA 2LC9A 4EKRA 1DYEA 1FBKA 2F95A 1CX6A 112LA 247LA 2Y01A 1LYIA 1C67A 1ZURA 1KG9A 4FBZA 4XTLA 131LA 5H2OA 3QJVB 3V2YA 1LN6A 1L05A 1CV4A 1D3JA 4XTNA 3HTBA 5ETZA 1L24A 5DYSA 4PXFA 233LA 4UG2A 4EKPA 113LA 3GUPA 3MBVA 1L08A 3S8GB 5H2JA 4BWBA 1L75A 151LA 169LA 1LW9A 1T8GA 2Q9DA 3C8RA 1IW9A 1L82A 205LA 1CU5A 3HTDA 2R4RA 1LYDA 262LA 4EKQA 148LE 1L80A 3ABWA 2EI4A 3SB6A 4GP8B 1S8LA 5H2NA 138LA 4GRVA 4I7SA 1CVKA 5B2NA 4QIDA 1TN0A 4I7JA 1L71A 197LA 3SBBC 2OTYX 4GP4B 3NY8A 251LA 152LA 2OE7X 4ARMA 2R4SA 3T45A 3JR6A 1KGBA 3C80A 4I7PA 1P8UA 3WQJA 253LA 3GUNA 4N4WA 1D3FA 1SWYA 164LA 1DYCA 2QPEB 3HH5A 185LA 5G2DA 255LA 3QBKA 1CV0A 2ANXA 1QKPA 126LA 3QBGA 240LA 4JR8A 2LZMA 3OE9A 129LA 1CV6A 1CUPA 1P36A 1I6SA 1QTBA 1JV6A 3DKEX 1JGJA 1G0KA 1D3NA 3SBAA 1L07A 1C8SA 161LA 1L42A 1L45A 3ZPQA 118LA 5LZMA 3HAQA 145LA 206LA 1L51A 1L43A 1KNIA 4ARQA 1E0PA 226LA 1C6IA 1P3NA 4E97A 2Q9EA 252LA 3C8SA 4W54A 239LA 3COCA 1L0MA 3UG9A 1OV5A 5A8EA 2Z55A 1C6GA 5J7AA 234LA 115LA 1G1VA 2OU0X 2OU8A 3DN6A 2F93A 4TL3A 1JQUA 184LA 2O79A 1SSWA 3C8QA 170LA 4AMIA 4XT1A 3NY9A 4LDOA 1C6JA 3NS0A 176LA 1S54A 244LA 3AM6A 1L68A 225LA 1KMEA 3HUAA 4W53A 246LA 3REYA 198LA 7LZMA 2L6XA 6LZMA 1FBBA 1S51A 1KS3A 1QS5A 214LA 1P7SA 3GUOA 3HAPA 1TLAA 2YCZA 3HT8A 2RBQA 1SX7A 1P2LA 229LA 5G54A 4I7MA 172LA 3BVDB 2VT4A 1L02A 1OVJA 5DHGA 1VJMA 201LA 1LPYA 1C69A 4N6HA 1L99A 3EH5B 1C6DA 3F8VA 1L95A 218LA 1T6HA 4AQNA 1XIOA 3HDEA 2J4YA 5G36A 3PWHA 1L01A 2B6TA 1U19A 2JAFA 5B6YA 1UAZA 4MQSA 1L46A 173LA 143LA 1L47A 1L90A 3HTGA 3OAXA 1LGWA 1C62A 4BUOA 4QI1A 1D2WA 1LWGA 3SB8A 1L81A 3CAPA 2B6WA 243LA 3OE0A 128LA 4WAVA 5G2AA 4W51A 5G28A 3UTXA 2Y00A 4OO9A 1L54A 1CU3A 215LA 1QTZA 1C6PA 1B6IA 213LA 1L91A 1C64A 1CUQA 1OWYA 1L19A 2X72A 1PQJA 4W52A 4JQ6A 1BM1A 210LA 3HUKA 1M0KA 5JJEA 3C81A 1C6CA 248LA 4I7RA 3S3BB 1L38A 1LI6A 162LA 1ZWNA 1L18A 1P6YA 216LA 1P2RA 1PY6A 1ZYTA 3L64A 5AZDA 4LDEA 5H2IA 5AX0A 2Z6BA 200LA 2O4WA 2L78A 158LA 241LA 2B73A 2QPDB 2QB0B 1BRXA 3HARA 1L40A 2AT9A 3QJSB 231LA 3QDCA 258LA 199LA 140LA 4FAAB 1L88A 1XEPA 1HZXA 3C9MA 4EXMA 1GU8A 4J4QA 236LA 2I21A 1DYBA 159LA 1L50A 4G70B 1G0QA 1NHBA 119LA 1L36A 3QBLA 219LA 4BEYA 1PQOA 1C8RA 1C3WA 1L89A 2HUMA 125LA 3DNAA 4IAPA 177LA 1M0LA 3HANA 2RB0X 5EN0A 4MQTA 1L37A 1PQIA 1L79A 1QTHA 3QJRB 2RBRA 1G06A 1SSYA 4AMJA 155LA 1CV1A 1R84A 1L53A 1XJIA 4Y9HA 1DYFA 3C7WA 1O0AA 3S3DB 1G0PA 1T97A 3SB5A 3HASA 4I7KA 4GBRA 1L97A 123LA 1C6FA 150LA 3UTYA 1KY0A 1C6EA 2ZZLA 5JJJA 108LA 192LA 1P8IA 1C63A 4HYJA 249LA 4I7OA 1IXFA 1GZMA 1JFPA 3P0GA 4XXJA 1G07A 2YDVA 1R2NA 3DMXA 2YCYA 1L14A 1C6TA 1L22A 2RBPA 5I14A 1P8HA 2ZFEA 1MGYA 5B35A 4IB4A 1CTWA 2O7AA 4X32A 217LA 1KW5A 212LA 1L86A 3HAOA 3VVKA 3ZPRA 1PXRA 2HULA 188LA 1LGXA 146LA 4HWLA 1Q5IA 4A4MA 1BRRA 3QBIA 3C7ZA 4W58A 4W55A 107LA 1D3MA 1H2SA 1L70A 4G7SB 3X3BA 2LCBA 3FADA 2NTUA 1TN5A 3OE8A 122LA 1QSBA 4XT3A 1JTMA 2B6ZA 1CWQA 1T8FA 1L60A 3DN8A 2BRDA 1L64A 2WJLA 5C1MA 4X1HA 3HT9A 1G0JA 4ARLA 1D2YA 2RB2X 1L92A 1L55A
chains in the Genus database with same CATH superfamily

1IP1A 2ZIKA 2RAZX 3G3VA 4B4EA 1C6QA 4HYXA 1QIOA 1CX7A 1WVVA 4W59A 1C6AA 1L25A 163LA 1LYOA 160LA 1WTHA 4II8A 1G7MC 5G53A 1L65A 5C6LA 3HT6A 1XJUA 4B0DA 4JKVA 1LI3A 1L09A 4XYYA 3DN3A 3SB9A 1QT7A 1F6RA 4EKSA 1GBWA 3QAPA 3WUMA 5FDJA 1LMQA 4ZPUA 5H2MA 103LA 1QS9A 4NGVA 1XMEB 3AYQA 2BQFA 1L67A 4H9BA 3DN0A 4G71B 5AX1A 5ITEA 1KG8A 1OUGA 4YF2A 1NWGA 3HH4A 4HTKA 3A7KA 1HEPA 1L29A 232LA 1L06A 1LJEA 2CJLA 4BADA 3CDVA 147LA 1G0LA 5A3ZA 1L0JA 4DKLA 1X0I1 4QRYA 1GBSA 222LA 4G4BA 4ARQB 2DKVA 1L72A 3LYTA 4NGZA 1ZVHL 3WU8A 5FELA 1OV7A 3AZ4A 4W94A 4PHIA 4G7QB 3PDSA 245LA 1GB6A 1FN5A 3L2XA 139LA 1AT9A 238LA 4H93A 4NHQA 4ETDA 1P64A 5C6IA 3TMWA 1IWZA 193LA 1CNSA 2YBNA 1L74A 1HENA 5DHHA 1IX0A 2RH1A 4EA3A 2A4TA 4ETBA 4IASA 2KSAA 1GFGA 3CSZA 2IFFY 4N1CC 1KY1A 4K5YA 3AGHA 4MBSA 256LA 1B7SA 4LFXA 1D0KA 3KAMA 1EHKB 3S8FB 1YAMA 2MEEA 1L83A 4G72B 1HERA 1LZGA 5A3EA 5B6ZA 4P2EA 1L31A 1E12A 2WJKA 4TSBA 1JUGA 1L56A 2EIZC 5AHZA 4EPFA 4DD7A 1AZFA 2OTZX 4N5RA 3CDQA 1L96A 3HH6A 1HSXA 1QTVA 4B49A 2YBIA 4DD1A 4X31A 3HDFA 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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3V2YA

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