3V2YA

Crystal structure of a lipid g protein-coupled receptor at 2.80a
Total Genus 150
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
150
sequence length
462
structure length
455
Chain Sequence
VSDYVNYDIIVRHYNYTGKLNISADKENSIKLTSVVFILICCFIILENIFVLLTIWKTKKFHRPMYYFIGNLALSDLLAGVAYTANLLLSGATTYKLTPAQWFLREGSMFVALSASVFSLLAIAIERYITMLKNNFRLFLLISACWVISLILGGLPIMGWNCISALSSCSTVLPLYHKHYILFCTTVFTLLLLSIVILYCRIYSLVRTRNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYASRSSENVALLKTVIIVLSVFIACWAPLFILLLLDVGCKVKTCDILFRAEYFLVLAVLNSGTNPIIYTLTNKEMRRAFIRIMGRPL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Crystal structure of a lipid G protein-coupled receptor.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Sphingosine 1-phosphate receptor 1, Lysozyme chimera (E.C.3.
molecule tags Hydrolase
source organism Homo sapiens
total genus 150
structure length 455
sequence length 462
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2011-12-12

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
A PF00001 7tm_1 7 transmembrane receptor (rhodopsin family)
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 3v2yA02
1.20.1070.10 Mainly Alpha Up-down Bundle Rhopdopsin 7-helix transmembrane proteins Rhopdopsin 7-helix transmembrane proteins 3v2yA01
1L08A 1L34A 3GUOA 1C6TA 1QUOA 2Z6BA 2YCWA 3KJ6A 1ZWNA 232LA 1R2NA 3S3BB 3VGAA 1D3MA 4X32A 1QUDA 3HDFA 4IARA 4BUOA 1JV6A 6LZMA 3BVDB 180LA 3HANA 2BRDA 4JKVA 1LYJA 2NTHA 1X0I1 1XJUA 1P64A 1SX7A 2ZZLA 2RB1X 4I7SA 2NTUA 174LA 4QI1A 1L0JA 1QTVA 1L41A 4EJ4A 2RBNA 4DKLA 148LE 3C83A 3CDRA 5AHZA 103LA 1D3NA 1KY0A 5G2CA 3X3CA 3L64A 119LA 3C8SA 1C60A 2WJKA 1L00A 2NTWA 2Y04A 1L46A 1L14A 5DHGA 5ITCA 2HPYA 107LA 1GUEA 1PXRA 1Q5JA 1G06A 1L50A 2KSBA 3DN8A 4GP4B 1P3NA 3ODUA 3DNAA 1IXFA 1QSBA 3NS0A 4HYXA 3CDVA 3DMZA 4IAQA 1L54A 137LA 1L70A 3HUAA 1VGOA 1XMEB 1L79A 219LA 249LA 1P2RA 1QTHA 3PQRA 1QT7A 235LA 5JJEA 1L84A 1KNIA 2B6XA 3DN4A 4EKSA 1L67A 1UAZA 1CUQA 1P2LA 3EH3B 4NC3A 3UTYA 4PXFA 3G3XA 138LA 3RZEA 4FBZA 1L02A 3HU9A 1HZXA 4EXMA 1KW5A 3EMLA 3HH5A 2RAYX 2F2QA 2RBPA 3F8VA 3C80A 4K5YA 184LA 3GUKA 192LA 4I7MA 4PK0A 1L25A 1FBBA 1I6SA 1L87A 1S52A 143LA 1P56A 3HASA 2F32A 1L10A 1L30A 2O7AA 1L0KA 3NYAA 4S0WA 2L6XA 1L82A 1E12A 3HT9A 1LPYA 4I7RA 4EKPA 183LA 1IW6A 1L39A 4QRYA 1L20A 3FADA 1EHKB 1L97A 1G0QA 4TL3A 1OWZA 1SSWA 3DN2A 2KSYA 173LA 3DKEX 3REYA 147LA 1KW7A 1L26A 1L90A 1M0LA 1PQMA 3RUNA 4WAVA 1LWKA 188LA 4Y9HA 5C1MA 1GU8A 4W53A 3NY9A 4I7PA 3DN6A 5AZDA 168LA 237LA 1C8RA 1U19A 1OV5A 3EH5B 2QARC 4PXKA 152LA 5TGZA 234LA 3A7KA 1C6GA 2YDOA 1NHBA 2F93A 3PDSA 1L59A 229LA 3GUMA 5G36A 5A8EA 1BM1A 4GBRB 169LA 189LA 4G7RB 1P46A 3UZCA 170LA 4ARPA 1L64A 2B70A 5B6XA 218LA 4XTNA 3VHZA 3C7WA 5H2KA 5EN0A 5H2JA 5J7AA 1P5CA 3HAOA 155LA 1C68A 5H2MA 7LZMA 1G1WA 4PJZA 1KG8A 1L0MA 1C6NA 236LA 2I21A 4W56A 3GULA 1T6HA 2HULA 1S53A 3EH4B 2OU9A 3S8GB 1PQOA 2B73A 1PY6A 217LA 5A45A 1L72A 1L38A 1QT3A 176LA 164LA 1QM8A 3D4SA 1C6IA 262LA 1AP9A 3UTWA 1CX6A 1G0MA 2LZMA 4OO9A 1G0JA 1SSYA 4ARQA 4UG2A 3X3BA 3HWLA 1QS9A 1AT9A 110LA 3AYNA 260LA 1L92A 1C6KA 2KS9A 1L21A 1IW9A 3QBGA 248LA 1L01A 1G07A 230LA 3HT6A 1C3WA 4ARJA 167LA 3G3WA 4GP5B 1L24A 1ZYTA 1C6JA 1L83A 1P37A 1SX2A 2Z55A 206LA 144LA 1CU6A 3DDLA 1G1VA 196LA 1P6YA 5G28A 2YCYA 3QAKA 1H68A 221LA 1DYCA 5DYSA 214LA 4UHRA 1L43A 3T45A 5KKHA 2X72A 215LA 1LI3A 1ZURA 1C69A 1TN5A 228LA 3VW7A 1KGBA 1D2YA 4MBSA 4KNFA 1L23A 3HUKA 3VVKA 1KG9A 1L81A 178LA 1CU0A 1LGWA 1QTZA 253LA 239LA 4JR8A 4X31A 5B0WA 4AMJA 4I7KA 2Y00A 1LN6A 1L04A 3HH4A 1LYEA 4DJHA 251LA 5B6VA 1DYEA 3ZPRA 1LGXA 2B75A 2OTZX 2YDVA 3NY8A 1L85A 5H2HA 5B6WA 1L45A 1F50A 1CV6A 2RBQA 1LI2A 1PQKA 3LZMA 3SBAA 1L52A 112LA 2YCXA 2RAZX 1CTWA 2Y02A 4FA7B 3HTFA 3QBLA 4I7OA 3HT7A 3HARA 3UZAA 4HWLA 1L40A 3JR6A 3QJSB 2LC9A 4AMIA 1LW9A 199LA 2RBSA 3HTGA 1OVJA 3PBLA 198LA 3SB6A 4XTOA 1M0MA 254LA 4DAJA 1K28A 2Y03A 3COCA 1O0AA 3UTVA 4BWBA 246LA 2O4WA 201LA 160LA 1C66A 2I20A 1L03A 4HYJA 3WQJA 1G0KA 1L74A 5BR5A 1PQJA 1P8UA 2PEDA 3OE9A 1JFPA 5F8UA 1P8IA 128LA 1L18A 4LDOA 2G87A 4N6HA 256LA 1CV4A 141LA 1L75A 252LA 115LA 5B35A 3CAPA 4ARMA 1L27A 227LA 1L37A 4G7QB 1CV0A 2IGCA 2QPEB 4EA3A 1P36A 1T97A 163LA 181LA 195LA 255LA 247LA 1X0K1 4EKRA 1C8SA 157LA 2I1XA 1EPYA 3CDQA 2CUUA 3C8RA 5G2DA 185LA 3DN3A 4I7QA 1G0GA 126LA 122LA 5H2PA 1JTNA 3SB7A 159LA 1CX7A 1C62A 1C6CA 2OU0X 1L94A 2KSAA 1L44A 3UG9A 1S8JA 182LA 1L60A 3HUQA 1C65A 1H2SA 2VT4A 1OVHA 222LA 1L22A 3F9LA 1QT5A 118LA 3OE6A 1L57A 1L62A 261LA 2WJLA 4WW3A 2EI4A 1L95A 1L29A 3QJVB 4BEZA 1CWQA 1C61A 1WTHA 3SN6R 4EIYA 139LA 2ANVA 1XJIA 3CODA 111LA 177LA 4MQSA 4MQTA 1L19A 197LA 1LI6A 1CU5A 190LA 1OV7A 1L13A 129LA 1C6BA 1T8AA 216LA 1OVKA 186LA 1QTCA 4GYCA 1TLAA 1L77A 259LA 209LA 3P0GA 2NTGA 1PXSA 4G71B 4I7TA 1DYGA 1XIOA 3MBVA 1C64A 4LDEA 2B6WA 1JTMA 258LA 3DN0A 210LA 3UONA 5G54A 1L09A 2RBOA 1G0PA 120LA 250LA 3K2RA 4XT3A 200LA 4W58A 3OAXA 1UCQA 1LWGA 114LA 4GP8B 171LA 213LA 1PQDA 1LYIA 3NSBA 1GZMA 3HAPA 5B34A 140LA 4ZPUA 130LA 1L56A 3UTXA 4XXJA 4FAAB 2QPDB 1XJTA 4N4WA 1C6AA 1QS5A 1L07A 1L31A 5ITEA 1CU3A 4YXCA 1VJMA 1L28A 3VG9A 5LWEA 3S8FB 1L91A 2JAGA 4MD1A 1L35A 1CUPA 242LA 3AM6A 4A4MA 4BEYA 4KLYA 165LA 1QT8A 4MD2A 1KMEA 4XTLA 1P7SA 1G0LA 1SWYA 2ZIYA 1KY1A 191LA 1LGUA 4FPDA 2B6YA 1L06A 172LA 1DYBA 3FA0A 2Z73A 3QBKA 1C6HA 142LA 241LA 1JGJA 1L05A 1KS3A 2HUMA 1CV3A 244LA 1L69A 3S3DB 4W54A 1L48A 1L86A 1L98A 1F4ZA 3PXOA 151LA 4IB4A 1QUGA 5H2NA 1BRRA 4I7JA 125LA 3AYMA 108LA 145LA 240LA 3SBBC 4BVNA 5DHHA 2AT9A 2RBRA 4W52A 4G70B 149LA 1QT6A 3C8QA 123LA 1JV7A 1C6MA 1CVKA 3RFMA 4G7SB 3L2XA 4L6RA 4QIDA 233LA 1LYHA 3QAPA 4XT1A 1C6FA 3GUJA 2OE9X 2ZFEA 4GBRA 5B6YA 5BR2A 5AWZA 224LA 2M3GA 2B74A 131LA 2Y01A 4W55A 3HT8A 1D2WA 113LA 1L68A 2OEAX 1L36A 158LA 1L17A 1L42A 1C63A 2B6ZA 1L9HA 2R4SA 1CV1A 2O79A 1L63A 231LA 3ABWA 1XEPA 3C9MA 4L35A 1QTDA 1CU2A 3SB9A 1JQUA 3C7ZA 3OE0A 3QJUB 5G2AA 1C67A 2OTYX 1BRDA 1L12A 3SB5A 4AQNA 1C6DA 4ARQB 1QT4A 5AX1A 1L73A 1L96A 4X1HA 127LA 1CV5A 5B6ZA 1QSQA 1TN0A 3DMVA 1D3FA 2ANXA 3DN1A 3CDTA 2F95A 162LA 102LA 1L93A 4I7LA 161LA 1L53A 1L16A 257LA 2J4YA 3C9LA 3QJRB 3QBIA 2LNLA 1L66A 1QUHA 4W51A 3HDEA 3HU8A 4E97A 4OV0A 1L11A 3C7YA 2L78A 104LA 1SWZA 3GUIA 3CDOA 1MGYA 225LA 243LA 2LCBA 4W57A 1DYDA 2YCZA 1LYGA 1DYAA 1L15A 2B72A 1PQIA 245LA 5H2OA 1B6IA 1L55A 4J4QA 1P8HA 1L61A 5A44A 1L47A 1Q5IA 1L76A 4I7NA 1L99A 5B2NA 5I14A 2R4RA 1L71A 2QB0B 4EPFA 3QDCA 3HH6A 1C6QA 1LYDA 3OE8A 1S54A 3ZPQA 5G53A 1S51A 4BV0A 5JJNA 187LA 223LA 166LA 1D3JA 5H2LA 1LYFA 205LA 226LA 1BRXA 5LZMA 2A4TA 3C81A 3V2WA 2I35A 1L88A 1C6EA 5AX0A 1DYFA 2HUKA 156LA 2Q9EA 109LA 3HTBA 1L51A 4IAPA 1OYUA 2RB2X 146LA 1T8FA 1L80A 2RH1A 3SB8A 1E0PA 3ZEVA 2OU8A 4LZMA 4JQ6A 4ARLA 1X0SA 2OE4X 5JJJA 1S8LA 5AHYA 3PWHA 2RB0X 1F88A 2JAFA 3DQBA 1LLHA 5ETZA 1L49A 212LA 1L89A 1L32A 4W59A 3V2YA 3C82A 211LA 3HTDA 1C6LA 4GRVA 3FI5A 238LA 1QTBA 150LA 1DZEA 1QKPA 2B6TA 3QJTB 5FJGA 175LA 4LDLA 4EKQA 3HAQA 2Q9DA 1QKOA 1C6PA 1T8GA 3GUPA 1L65A 4N4YB 3DMXA 1OWYA 3QJQB 1FBKA 4G72B 1D9WA 4YXAC 3HH3A 4GPOA 4ARMB 2B7XA 1M0KA 2OE7X 3GUNA 1QHJA 1R84A 3G3VA 4EPIA 4YX7C 3VI0A 2F47A 1L33A 5H2IA 3S3CB 220LA 1L58A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1L08A 4WOAA 3KJ6A 1GF8A 1IR9A 1QUDA 3HDFA 1JV6A 4O34A 1RI8B 3HANA 2DQDY 1X0I1 4RDSA 9LYZA 1XEJA 4DD1A 4DKLA 5AHZA 3X3CA 4WM3A 3W3EA 1G7HC 1B7LA 3HBHA 2WJKA 1L00A 2Y04A 1L14A 4M4OA 5ITCA 1AT6A 2I6ZA 4PPOA 2HPYA 107LA 1GUEA 1PXRA 1GFAA 1UUZC 1G06A 3OJPA 1LSMA 3DNAA 2BQDA 4HYXA 4IAQA 2ZQ4A 2LHMA 1QT7A 235LA 3K3TA 5JJEA 4YENA 1KNIA 4EKSA 1H87A 1L67A 1UAZA 1P2LA 5KXSA 4ETBA 138LA 5LVHA 4EXMA 4DDAA 4PJ2C 2F2QA 2RBPA 4K5YA 1LSAA 1FBBA 1Q5JA 4I7MA 1IP1A 1I6SA 143LA 4Z98A 4H8XA 1XGQC 5B05A 1GFGA 3HT9A 2IFFY 4WM6A 4XJHA 1L20A 4TL3A 1G0QA 1SSWA 3DN2A 147LA 1M0LA 2G4QA 2BQCA 3NY9A 168LA 1C8RA 1HFXA 1NDGC 3EH5B 3TXHA 5E4PA 4RW2A 5I4WA 5TGZA 2ZILA 2YDOA 2DQEY 3HBDA 1L59A 3PDSA 1GFVA 4EMNA 1HELA 1JITA 3CSQA 189LA 1OUDA 5IHGA 3N9AA 2B70A 4LT0A 1HHLA 1IR8A 5EN0A 2MEAA 3HAOA 4PJZA 4W56A 1T6HA 1DPXA 3S8GB 2B73A 1KXWA 4YM8A 176LA 3D4SA 4OOTA 4OW1A 4B4IA 1LKSA 1G0MA 4OO9A 1QS9A 3AYNA 1L92A 1C6KA 5APCA 248LA 3HT6A 1AM7A 2BQFA 5DM9A 167LA 2BQIA 1L83A 1SX2A 2DKVA 144LA 1LJJA 1WTNA 5L3IA 4RW1A 221LA 4TSCA 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 1SWZ A;  3GUI A;  3CDO A;  1MGY A;  225L A;  243L A;  2LCB A;  4W57 A;  1DYD A;  2YCZ A;  1LYG A;  1DYA A;  1L15 A;  2B72 A;  1PQI A;  245L A;  5H2O A;  1B6I A;  1L55 A;  4J4Q A;  1P8H A;  1L61 A;  5A44 A;  1L47 A;  1Q5I A;  1L76 A;  4I7N A;  1L99 A;  5B2N A;  5I14 A;  2R4R A;  1L71 A;  2QB0 B;  4EPF A;  3QDC A;  3HH6 A;  1C6Q A;  1LYD A;  3OE8 A;  1S54 A;  3ZPQ A;  5G53 A;  1S51 A;  4BV0 A;  5JJN A;  187L A;  223L A;  166L A;  1D3J A;  5H2L A;  1LYF A;  205L A;  226L A;  1BRX A;  5LZM A;  2A4T A;  3C81 A;  3V2W A;  2I35 A;  1L88 A;  1C6E A;  5AX0 A;  1DYF A;  2HUK A;  156L A;  2Q9E A;  109L A;  3HTB A;  1L51 A;  4IAP A;  1OYU A;  2RB2 X;  146L A;  1T8F A;  1L80 A;  2RH1 A;  3SB8 A;  1E0P A;  3ZEV A;  2OU8 A;  4LZM A;  4JQ6 A;  4ARL A;  1X0S A;  2OE4 X;  5JJJ A;  1S8L A;  5AHY A;  3PWH A;  2RB0 X;  1F88 A;  2JAF A;  3DQB A;  1LLH A;  5ETZ A;  1L49 A;  212L A;  1L89 A;  1L32 A;  4W59 A;  3V2Y A;  3C82 A;  211L A;  3HTD A;  1C6L A;  4GRV A;  3FI5 A;  238L A;  1QTB A;  150L A;  1DZE A;  1QKP A;  2B6T A;  3QJT B;  5FJG A;  175L A;  4LDL A;  4EKQ A;  3HAQ A;  2Q9D A;  1QKO A;  1C6P A;  1T8G A;  3GUP A;  1L65 A;  4N4Y B;  3DMX A;  1OWY A;  3QJQ B;  1FBK A;  4G72 B;  1D9W A;  4YXA C;  3HH3 A;  4GPO A;  4ARM B;  2B7X A;  1M0K A;  2OE7 X;  3GUN A;  1QHJ A;  1R84 A;  3G3V A;  4EPI A;  4YX7 C;  3VI0 A;  2F47 A;  1L33 A;  5H2I A;  3S3C B;  220L A;  1L58 A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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