3VW7A

Crystal structure of human protease-activated receptor 1 (par1) bound with antagonist vorapaxar at 2.2 angstrom
Total Genus 165
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
165
sequence length
447
structure length
442
Chain Sequence
DASGYLTSSWLTLFVPSVYTGVFVVSLPLNIMAIVVFILKMKVKKPAVVYMLHLATADVLFVSVLPFKISYYFSGSDWQFGSELCRFVTAAFYCNMYASILLMTVISIDRFLAVVYPMRTLGRASFTCLAIWALAIAGVVPLLLKEQTIQVPGLGITTCHDVLSETLLEGYYAYYFSAFSAVFFFVPLIISTVCYVSIIRCLSSSANIFEMLRIDEGLRLKIYKNTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYANRSKKSRALFLSAAVFCIFIICFGPTNVLLIAHYSFLSHTSTTEAAYFAYLLCVCVSSISCCIDPLIYYYASSEC
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title High-resolution crystal structure of human protease-activated receptor 1
pubmed doi rcsb
molecule keywords Proteinase-activated receptor 1, Lysozyme
molecule tags Signaling protein/antagonist
source organism Homo sapiens
total genus 165
structure length 442
sequence length 447
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2012-08-07

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
A PF00001 7tm_1 7 transmembrane receptor (rhodopsin family)
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 3vw7A02
1.20.1070.10 Mainly Alpha Up-down Bundle Rhopdopsin 7-helix transmembrane proteins Rhopdopsin 7-helix transmembrane proteins 3vw7A01
175LA 4W55A 2Q9EA 1QT6A 2O79A 4GP5B 5A44A 2J4YA 3DMZA 4ARLA 3GUIA 4W53A 141LA 1E0PA 4HYXA 4E97A 1KGBA 1C6TA 172LA 4DKLA 1LYGA 4G7QB 2ANXA 1L56A 148LE 1LI3A 4JQ6A 1L43A 1L74A 1ZWNA 3FI5A 4I7RA 3HASA 5JJEA 3CDTA 249LA 3OAXA 1CU3A 3GUJA 1FBBA 214LA 2ZIYA 227LA 3PQRA 170LA 1C60A 1T97A 3OE6A 3SB6A 173LA 1L52A 2IGCA 1QT8A 1S8LA 4BUOA 1OYUA 1SX2A 5AX0A 1AT9A 2L78A 1QT5A 161LA 4XT3A 1L34A 1XJUA 228LA 5H2KA 2B75A 2RAZX 3HT9A 2OU9A 2WJKA 1L0MA 230LA 2RBSA 1JTMA 1C6EA 4W51A 2X72A 187LA 1L00A 4I7JA 5J7AA 1JTNA 1S51A 1L44A 1L41A 1L54A 3SB5A 139LA 4DAJA 162LA 1C69A 224LA 151LA 1CX6A 4A4MA 240LA 4I7LA 5B0WA 1C6GA 1SSWA 4OO9A 1L06A 205LA 1TN5A 110LA 1LGXA 1CU5A 1L91A 118LA 1L90A 1QSQA 1SWZA 2HUKA 3DN0A 4MQSA 1KG9A 3AM6A 5G2AA 1L85A 1Q5IA 1X0K1 3MBVA 3RFMA 1L35A 174LA 1QTVA 2QPEB 4QIDA 3HH3A 1C6PA 3UTWA 1C3WA 1G1VA 5JJJA 3HDEA 1D2YA 3S3DB 1QUGA 2O7AA 3QAKA 109LA 4XTOA 1L61A 3HUKA 2Z73A 3HANA 4L6RA 4G70B 1L07A 1QT3A 1L66A 3CDVA 1C6AA 3QJTB 3ZPRA 1CX7A 5JJNA 4ZPUA 1U19A 3SB7A 4PJZA 4BVNA 5F8UA 4N6HA 192LA 4XT1A 1IXFA 1C63A 3GUOA 1C6IA 1L0KA 3X3BA 4JKVA 1D3MA 1L04A 4I7QA 4X31A 1CV4A 1XEPA 2OE9X 4W54A 219LA 1L23A 2I20A 2L6XA 259LA 1G0QA 4EKRA 1L94A 201LA 3ODUA 3V2YA 184LA 1L36A 215LA 3AYNA 1L05A 3GUNA 3VVKA 5G2CA 5A8EA 1L26A 1L9HA 1PXRA 131LA 210LA 3HARA 4TL3A 1L13A 2LC9A 130LA 1CTWA 1P3NA 2YCZA 4GP8B 1CUQA 1L03A 6LZMA 129LA 1P2LA 1CU2A 222LA 1S53A 149LA 3K2RA 1L24A 3KJ6A 1L25A 1TLAA 1S52A 3HU9A 1LLHA 159LA 3V2WA 1L71A 213LA 1QTZA 234LA 3HUAA 3X3CA 4YXCA 1UAZA 4EPIA 4EKQA 3DDLA 108LA 2Y00A 3EH3B 2B6WA 107LA 142LA 157LA 4G7RB 1L33A 5H2JA 1KS3A 3HT6A 1CV3A 1JGJA 2ZZLA 4I7TA 3C83A 3DQBA 1KG8A 2AT9A 4K5YA 1SX7A 3QBKA 1L99A 1C61A 4EXMA 4YX7C 3ZPQA 2JAGA 3UTVA 3A7KA 2OTZX 1L53A 1KY0A 122LA 1L86A 188LA 4XTLA 1LI2A 2RAYX 2RBPA 5AZDA 3EH5B 237LA 4GBRA 1R84A 1KNIA 239LA 2JAFA 1LYFA 3OE0A 1QUDA 2RB2X 5DYSA 1L84A 4ARJA 1OV5A 3C8RA 2BRDA 1L49A 1S54A 1C6DA 2RBOA 4GBRB 1B6IA 2G87A 3DN1A 1R2NA 3SN6R 3HU8A 1GU8A 4YXAC 185LA 3ABWA 3DN4A 198LA 1DYGA 1L08A 2Y01A 1SWYA 2F47A 4ARQA 3L64A 4XTNA 2QARC 3HWLA 1I6SA 3FADA 3CDQA 5AX1A 1O0AA 3C9LA 4MD1A 191LA 1PY6A 4EA3A 1C6HA 3PDSA 119LA 1QTCA 5B35A 182LA 1L0JA 1L69A 241LA 1L19A 1H2SA 1C6KA 1L68A 1P37A 3UTXA 5G54A 3C7WA 1C65A 1C6FA 5ITEA 147LA 1C68A 1KY1A 5H2PA 1L39A 3VHZA 1XJTA 1OV7A 1C8SA 4LDEA 3NY9A 1JV6A 156LA 1CV5A 5ITCA 1P8IA 114LA 5LZMA 3VW7A 1PXSA 1C6QA 3GUKA 2PEDA 3HAQA 1OWYA 180LA 2B70A 1TN0A 3HTDA 1P56A 1C6BA 123LA 1L89A 2B73A 226LA 2Z55A 3CDRA 4BEZA 1GUEA 4N4YB 3S3BB 1C6JA 1L31A 3C80A 152LA 5B6VA 3GUPA 1L57A 4QRYA 103LA 4W59A 1T8AA 1L11A 1OVHA 1BRXA 218LA 2HULA 3COCA 5FJGA 1ZYTA 155LA 255LA 3EMLA 3QDCA 1G07A 2F93A 1L75A 3G3WA 3C81A 2Y02A 2M3GA 4X32A 1C6LA 242LA 1LGUA 3UZAA 5B6WA 1PQIA 4MD2A 3OE8A 216LA 1BM1A 168LA 1L51A 2I35A 5EN0A 1C6MA 1C6NA 3UTYA 169LA 231LA 1L98A 2ZFEA 3C7YA 1P2RA 3C7ZA 2YCYA 1L21A 1P64A 5BR2A 144LA 4I7OA 4I7MA 4FA7B 1L27A 1PQDA 217LA 1LWGA 4LZMA 1L32A 2YCXA 183LA 1EHKB 4GYCA 158LA 3GUMA 4S0WA 1L28A 1HZXA 1XMEB 1EPYA 1XIOA 4BWBA 1G06A 253LA 1VJMA 2NTUA 3QJUB 1L20A 251LA 3ZEVA 5H2LA 1FBKA 3C8QA 3HAPA 1C66A 4FBZA 3HTGA 1L77A 3NYAA 4MBSA 1L55A 238LA 1L17A 1QTHA 235LA 3G3XA 4UG2A 3T45A 1KW5A 256LA 3HT7A 1LYEA 2OE4X 5DHGA 1DYDA 1F50A 2Y04A 2B6TA 3D4SA 1CVKA 5H2MA 1P8HA 137LA 115LA 1PQOA 3DN6A 1L12A 128LA 1L47A 2B6YA 3FA0A 3F9LA 1L72A 3HAOA 4IB4A 1L82A 3SB9A 3S8FB 3C9MA 3REYA 3QJQB 1P8UA 3HDFA 3DMXA 4BV0A 1KW7A 223LA 2B7XA 262LA 4BEYA 1DZEA 236LA 5ETZA 3C8SA 5TGZA 3DNAA 3NS0A 143LA 3QJVB 1LI6A 1D3JA 1L09A 2B6ZA 163LA 1CV6A 5AWZA 2OEAX 3CODA 3GULA 4IAPA 1L76A 2OTYX 245LA 3HH6A 1F88A 3LZMA 1LYHA 2KSYA 209LA 1L59A 2LNLA 181LA 1X0SA 1G0MA 1L62A 4PXKA 1D3FA 1L87A 258LA 2B72A 1BRDA 171LA 166LA 5AHZA 4EPFA 1T8GA 1LYIA 4PK0A 1DYFA 4G71B 1AP9A 4WW3A 1QS5A 3HH5A 4I7NA 1OVKA 2NTGA 1S8JA 1L42A 1QT7A 4W57A 1L15A 1L70A 2RBNA 1L37A 4AMJA 195LA 160LA 3CAPA 3PXOA 1L50A 4X1HA 1QSBA 5B6ZA 5B2NA 3PBLA 1L46A 146LA 4GPOA 1C64A 1L96A 113LA 1T6HA 1JV7A 1K28A 3CDOA 1C62A 125LA 2WJLA 1L14A 2EI4A 138LA 1T8FA 1CV0A 1SSYA 1MGYA 3NSBA 1G0LA 3SB8A 178LA 4J4QA 4ARQB 4XXJA 3QJRB 229LA 1L67A 1QT4A 3QBGA 4IARA 2ANVA 4JR8A 1NHBA 4MQTA 5H2IA 3DN3A 2F95A 1PQJA 4FAAB 4W58A 1L81A 1LPYA 1QTDA 3F8VA 1LYDA 260LA 1OWZA 1XJIA 4AMIA 3G3VA 1G0GA 1QUHA 3UG9A 1L16A 1P46A 1L18A 1QM8A 5H2NA 1L92A 4UHRA 1JQUA 4EJ4A 1D3NA 1QUOA 1DYBA 4KNFA 5DHHA 3UONA 4OV0A 1L97A 1VGOA 243LA 2HUMA 1H68A 4QI1A 1L01A 1L93A 3DMVA 3HH4A 5BR5A 2RBRA 4EKPA 5LWEA 3QJSB 2CUUA 220LA 3QAPA 2I1XA 4PXFA 1ZURA 189LA 1X0I1 1PQKA 3QBLA 3HUQA 2B74A 5B6YA 4AQNA 167LA 247LA 4HYJA 2R4RA 3HTBA 254LA 5G53A 3QBIA 5I14A 1CWQA 3RUNA 2RB0X 111LA 2R4SA 1G0JA 197LA 4NC3A 2RBQA 1LGWA 1CUPA 1L65A 3HTFA 1IW6A 5B6XA 1QHJA 1M0MA 1P6YA 1OVJA 5H2OA 1L63A 3PWHA 1QKOA 4KLYA 1L80A 2YDVA 5H2HA 1L10A 3AYMA 3WQJA 1KMEA 3EH4B 196LA 1G1WA 3DKEX 233LA 5AHYA 2NTHA 1L60A 2Z6BA 4G72B 1DYAA 3DN8A 4GP4B 2B6XA 200LA 3NY8A 2A4TA 1L02A 2VT4A 2F32A 1M0KA 4HWLA 5B34A 4EKSA 206LA 1BRRA 1DYCA 1L64A 176LA 1L83A 5C1MA 3SBBC 2KSAA 4FPDA 120LA 1D2WA 4ARPA 3HT8A 4L35A 2Q9DA 4LDOA 1QKPA 4W52A 1G0PA 1L22A 3VG9A 4I7SA 1PQMA 4I7KA 2Y03A 3BVDB 5G28A 3S8GB 2O4WA 3JR6A 1CU6A 1DYEA 186LA 2F2QA 1L95A 248LA 3S3CB 1L38A 232LA 4ARMA 4EIYA 150LA 1L30A 145LA 1L73A 2RB1X 2QPDB 261LA 4DJHA 3OE9A 4Y9HA 2KSBA 221LA 2QB0B 140LA 4ARMB 212LA 104LA 1LWKA 3VGAA 2OU0X 2HPYA 199LA 1CV1A 2YCWA 1L58A 165LA 164LA 3UZCA 1GZMA 1F4ZA 4I7PA 252LA 3RZEA 177LA 2YDOA 1G0KA 5KKHA 1M0LA 1IW9A 1CU0A 1P36A 190LA 225LA 3C82A 4W56A 7LZMA 1JFPA 1L79A 2NTWA 1L48A 1P5CA 257LA 2LZMA 1E12A 1L45A 1P7SA 4IAQA 246LA 2I21A 127LA 3P0GA 112LA 126LA 3L2XA 1WTHA 102LA 1L29A 1L88A 2LCBA 3DN2A 3SBAA 4G7SB 5A45A 4WAVA 2OE7X 4N4WA 250LA 1D9WA 2OU8A 5G36A 1LW9A 244LA 4GRVA 4LDLA 2RH1A 1QS9A 1LN6A 2KS9A 1C6CA 1L40A 1C67A 1UCQA 1Q5JA 1C8RA 5G2DA 211LA 1QTBA 3VI0A 1LYJA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2DQHY 4W55A 1GXXA 2Q9EA 1GB8A 1QT6A 2Z18A 3RZ4A 1TBYA 4HYXA 4H92A 2D4KA 4NGLA 172LA 2LZTA 3AZ6A 1VEDA 4TUNA 3FI5A 1LHJA 1T3PA 3OAXA 3WPJA 4NWEA 3GUJA 1NDGC 1FBBA 1INUA 3TXIA 2ZIYA 1UIHA 1T97A 5F9XA 3K3TA 2X0AA 3SB6A 1L52A 1W6ZA 4C3WA 1PS5A 1OYUA 3A94A 1SX2A 5AX0A 2A7FA 1G7IC 1BWIA 4NGVA 1VDPA 3HT9A 1L0MA 3WVXA 230LA 2RBSA 1LSYA 5J7AA 1S51A 1L41A 1L54A 3SB5A 5I5QA 1GHLA 5APCA 2Q0MX 4NG8A 240LA 2BAAA 2ZQ3A 1SSWA 4GN3A 4OO9A 1L06A 1LGXA 1QSQA 1LZ1A 3AM6A 1X0K1 3AJNA 3HH3A 3UTWA 5LYTA 4B4EA 1G1VA 1GFAA 1GB0A 1QUGA 1EQ4A 109LA 1IOQA 1GF9A 4YEOA 1GBYA 3HUKA 4HJVA 2Z73A 4NY5A 3HANA 2PC2A 1LZEA 1LSMA 4ZPUA 3SB7A 4PJZA 4N6HA 192LA 3TXKA 1IXFA 1L0KA 5HNCA 1L04A 4I7QA 1C08C 2I20A 3ODUA 1GF8A 184LA 1L05A 4TSBA 3VVKA 3HARA 1L13A 1P3NA 2HEEA 4GP8B 1CUQA 1S53A 6LZMA 1NMMA 1C7PA 5I53A 4BAFA 3AZ5A 1QTZA 5B1GA 4KXIA 3DDLA 3EH3B 1GF7A 5H2JA 2HEAA 2DBTA 1JGJA 1NKHA 5DM9A 3C83A 4WM6A 1JIYA 1L99A 3ZPQA 2JAGA 1GB2A 2OTZX 4DD2A 1GEVA 1FBIX 2BQMA 5APFA 2RAYX 2RBPA 4GBRA 5HLLA 1KNIA 1FKQA 3WULA 1L84A 1OUCA 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 3NS0 A;  143L A;  3QJV B;  1LI6 A;  1D3J A;  1L09 A;  2B6Z A;  163L A;  1CV6 A;  5AWZ A;  2OEA X;  3COD A;  3GUL A;  4IAP A;  1L76 A;  2OTY X;  245L A;  3HH6 A;  1F88 A;  3LZM A;  1LYH A;  2KSY A;  209L A;  1L59 A;  2LNL A;  181L A;  1X0S A;  1G0M A;  1L62 A;  4PXK A;  1D3F A;  1L87 A;  258L A;  2B72 A;  1BRD A;  171L A;  166L A;  5AHZ A;  4EPF A;  1T8G A;  1LYI A;  4PK0 A;  1DYF A;  4G71 B;  1AP9 A;  4WW3 A;  1QS5 A;  3HH5 A;  4I7N A;  1OVK A;  2NTG A;  1S8J A;  1L42 A;  1QT7 A;  4W57 A;  1L15 A;  1L70 A;  2RBN A;  1L37 A;  4AMJ A;  195L A;  160L A;  3CAP A;  3PXO A;  1L50 A;  4X1H A;  1QSB A;  5B6Z A;  5B2N A;  3PBL A;  1L46 A;  146L A;  4GPO A;  1C64 A;  1L96 A;  113L A;  1T6H A;  1JV7 A;  1K28 A;  3CDO A;  1C62 A;  125L A;  2WJL A;  1L14 A;  2EI4 A;  138L A;  1T8F A;  1CV0 A;  1SSY A;  1MGY A;  3NSB A;  1G0L A;  3SB8 A;  178L A;  4J4Q A;  4ARQ B;  4XXJ A;  3QJR B;  229L A;  1L67 A;  1QT4 A;  3QBG A;  4IAR A;  2ANV A;  4JR8 A;  1NHB A;  4MQT A;  5H2I A;  3DN3 A;  2F95 A;  1PQJ A;  4FAA B; 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 2B6X A;  200L A;  3NY8 A;  2A4T A;  1L02 A;  2VT4 A;  2F32 A;  1M0K A;  4HWL A;  5B34 A;  4EKS A;  206L A;  1BRR A;  1DYC A;  1L64 A;  176L A;  1L83 A;  5C1M A;  3SBB C;  2KSA A;  4FPD A;  120L A;  1D2W A;  4ARP A;  3HT8 A;  4L35 A;  2Q9D A;  4LDO A;  1QKP A;  4W52 A;  1G0P A;  1L22 A;  3VG9 A;  4I7S A;  1PQM A;  4I7K A;  2Y03 A;  3BVD B;  5G28 A;  3S8G B;  2O4W A;  3JR6 A;  1CU6 A;  1DYE A;  186L A;  2F2Q A;  1L95 A;  248L A;  3S3C B;  1L38 A;  232L A;  4ARM A;  4EIY A;  150L A;  1L30 A;  145L A;  1L73 A;  2RB1 X;  2QPD B;  261L A;  4DJH A;  3OE9 A;  4Y9H A;  2KSB A;  221L A;  2QB0 B;  140L A;  4ARM B;  212L A;  104L A;  1LWK A;  3VGA A;  2OU0 X;  2HPY A;  199L A;  1CV1 A;  2YCW A;  1L58 A;  165L A;  164L A;  3UZC A;  1GZM A;  1F4Z A;  4I7P A;  252L A;  3RZE A;  177L A;  2YDO A;  1G0K A;  5KKH A;  1M0L A;  1IW9 A;  1CU0 A;  1P36 A;  190L A;  225L A;  3C82 A;  4W56 A;  7LZM A;  1JFP A;  1L79 A;  2NTW A;  1L48 A;  1P5C A;  257L A;  2LZM A;  1E12 A;  1L45 A;  1P7S A;  4IAQ A;  246L A;  2I21 A;  127L A;  3P0G A;  112L A;  126L A;  3L2X A;  1WTH A;  102L A;  1L29 A;  1L88 A;  2LCB A;  3DN2 A;  3SBA A;  4G7S B;  5A45 A;  4WAV A;  2OE7 X;  4N4W A;  250L A;  1D9W A;  2OU8 A;  5G36 A;  1LW9 A;  244L A;  4GRV A;  4LDL A;  2RH1 A;  1QS9 A;  1LN6 A;  2KS9 A;  1C6C A;  1L40 A;  1C67 A;  1UCQ A;  1Q5J A;  1C8R A;  5G2D A;  211L A;  1QTB A;  3VI0 A;  1LYJ A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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