4DAJA

Structure of the m3 muscarinic acetylcholine receptor
Total Genus 159
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
159
sequence length
432
structure length
429
Chain Sequence
IWQVVFIAFLTGFLALVTIIGNILVIVAFKVNKQLKTVNNYFLLSLACADLIIGVISMNLFTTYIIMNRWALGNLACDLWLSIDYVASNASVMNLLVISFDRYFSITRPLTYRAKRTTKRAGVMIGLAWVISFVLWAPAILFWQYFVGKRTVPPGECFIQFLSEPTITFGTAIAAFYMPVTIMTILYWRIYKETEKMNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYLIKEAQTLSAILLAFIITWTPYNIMVLVNTFCDSCIPKTYWNLGYWLCYINSTVNPVCYALCNKTFRTTFKT
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Structure and dynamics of the M3 muscarinic acetylcholine receptor.
pubmed doi rcsb
molecule tags Signaling protein, hydrolase
source organism Rattus norvegicus
molecule keywords Muscarinic acetylcholine receptor M3, Lysozyme
total genus 159
structure length 429
sequence length 432
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2012-01-12

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
A PF00001 7tm_1 7 transmembrane receptor (rhodopsin family)
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 4dajA02
1.20.1070.10 Mainly Alpha Up-down Bundle Rhopdopsin 7-helix transmembrane proteins Rhopdopsin 7-helix transmembrane proteins 4dajA01
1L9HA 173LA 1L50A 2YCWA 2B73A 3NS0A 2Z55A 3EMLA 1L71A 3QJVB 5BR5A 4TL3A 1BRRA 1TN0A 2ZFEA 158LA 210LA 1XIOA 3L64A 5ITEA 2HUMA 1L62A 3DN6A 5EN0A 120LA 178LA 257LA 1JGJA 2M3GA 113LA 1U19A 1S8JA 1C6MA 1X0SA 2KSBA 1G06A 2OE4X 4IB4A 3HUKA 1CWQA 1H2SA 5FJGA 5B0WA 1S8LA 5G2AA 187LA 4X1HA 3QJTB 1QSQA 1OYUA 3HDEA 2B6ZA 232LA 4EA3A 1L52A 4GP5B 242LA 250LA 5B6ZA 1X0K1 156LA 4IAQA 1L22A 2NTGA 4ARLA 184LA 1QT7A 4FAAB 1PQKA 4ARQB 2RBOA 1L60A 3DN2A 1ZURA 228LA 4QI1A 3CDRA 1X0I1 1CUQA 1JTNA 1DYEA 2RH1A 2B75A 1L68A 3DMVA 4W52A 1GU8A 253LA 1PQDA 1L59A 4XXJA 1CV5A 4UHRA 4LDEA 5H2JA 4EKRA 4HYJA 1C64A 1QTZA 2B6TA 1P8IA 244LA 1IW9A 1CV1A 1L08A 4QRYA 1L13A 146LA 1L23A 4S0WA 5G36A 1E0PA 240LA 1L94A 3MBVA 4L6RA 2F93A 1QUOA 4KLYA 4GBRA 2RBNA 1L92A 1L58A 1KW5A 3RUNA 1F88A 3PQRA 4X32A 3CDOA 122LA 1G1WA 4JQ6A 1L10A 4DJHA 199LA 4W57A 3UTVA 1GUEA 1D9WA 262LA 4EIYA 235LA 1C6BA 3HT6A 1R84A 1L43A 2OE7X 3QJQB 1MGYA 1L19A 1Q5IA 1L31A 4W56A 167LA 1E12A 4HYXA 169LA 1L0JA 190LA 4WW3A 2Y02A 3A7KA 3NSBA 1T97A 1C6IA 4DAJA 1BRDA 1OV5A 139LA 1C6NA 1NHBA 127LA 1C6FA 1LW9A 230LA 1D3NA 4I7NA 3DN8A 3HH6A 4FBZA 1C6PA 1DYDA 195LA 4Y9HA 255LA 2O4WA 1KMEA 4N4WA 123LA 4EXMA 3C81A 3HAPA 3COCA 1LLHA 118LA 3VHZA 1L42A 1L39A 180LA 1L37A 1XEPA 4PK0A 5A8EA 1SWZA 1G0JA 2RB2X 4AMIA 1CV3A 1L06A 1L61A 1P3NA 2KSAA 143LA 4GBRB 3PBLA 3QDCA 3SB6A 2YCYA 5H2NA 5LZMA 3HH5A 229LA 3S8FB 4I7RA 1M0LA 1L03A 1QUGA 2HUKA 211LA 1SWYA 248LA 219LA 1C6TA 1C6LA 1S54A 1S51A 1L27A 1CU6A 3HARA 7LZMA 213LA 2HULA 1QS9A 2F95A 1L64A 3EH5B 2J4YA 1QKOA 102LA 2ANVA 1P7SA 221LA 2B7XA 1XMEB 2B6YA 2AT9A 5H2LA 2PEDA 1IW6A 236LA 3AM6A 1F50A 3DN4A 4I7PA 174LA 1L54A 3HH4A 4EKQA 1M0MA 1L95A 3S8GB 3C7WA 2Y00A 1QS5A 4JR8A 5A44A 150LA 1G1VA 2EI4A 3PDSA 3CDQA 4HWLA 1L36A 1OWZA 3HU9A 151LA 4EKSA 4BWBA 1L65A 1L55A 1L41A 1C61A 1UCQA 1QTDA 159LA 1G0PA 4W58A 1LN6A 1L84A 2F32A 183LA 1L33A 1T8AA 2JAGA 2YDOA 2ZIYA 3ABWA 175LA 3UTYA 186LA 1LYHA 3X3CA 2BRDA 3OE8A 1S52A 1KG8A 3C9MA 4N6HA 5H2MA 3C7YA 3QJSB 2B6XA 149LA 241LA 3G3WA 3RZEA 3V2WA 3X3BA 1L88A 1JV7A 4EKPA 1CX6A 4J4QA 1EHKB 3CDTA 1C3WA 104LA 110LA 1H68A 4MD2A 5G2CA 2L6XA 3SN6R 3GUPA 1LYJA 1C8SA 1L53A 1L14A 205LA 2B6WA 163LA 2RAYX 4IARA 1LWGA 145LA 1P6YA 231LA 2A4TA 3OE9A 181LA 3CAPA 4BEZA 4BUOA 4YXAC 3DN3A 1L09A 1KY1A 3ZPRA 1C60A 4YXCA 5B6WA 4G7RB 1L77A 4I7QA 3UTWA 2WJKA 3HU8A 5TGZA 168LA 3QJRB 4MQTA 3HANA 1KG9A 114LA 1OVJA 3OE0A 1S53A 216LA 2Y03A 3EH3B 4BV0A 5ETZA 1PQOA 1L35A 1P2LA 1CV0A 222LA 4KNFA 103LA 129LA 1L73A 1D2WA 1L49A 2Y04A 201LA 3GUNA 2RBRA 166LA 5AZDA 1L29A 5J7AA 3ZEVA 5AWZA 5G2DA 1L44A 1L56A 2LC9A 3OE6A 1C65A 1C62A 5I14A 3F9LA 5DHGA 1C63A 3HUQA 5A45A 1L40A 1C6HA 1L24A 3V2YA 1C6DA 1L0KA 3QAPA 1C8RA 171LA 1ZWNA 1CV4A 234LA 1M0KA 2NTWA 1L47A 1L66A 5H2IA 1T6HA 223LA 3HTFA 4FA7B 1G0GA 3GUKA 1CU0A 4I7JA 4LDLA 1P64A 3VVKA 1OVKA 4W55A 196LA 3PXOA 2JAFA 191LA 198LA 1CX7A 1L67A 2Z73A 4W54A 1L46A 3CODA 1DYBA 1L38A 3QBGA 2YCZA 4AMJA 3DDLA 2F2QA 188LA 5G53A 3BVDB 2RBPA 1CUPA 4G71B 3VGAA 2LCBA 4NC3A 2R4RA 1QUHA 3SB9A 4PXFA 4ARMA 1L74A 1VJMA 5H2OA 1AP9A 3C8SA 4OO9A 5AHZA 1L26A 243LA 4XT1A 1FBKA 1L87A 1PQJA 1LWKA 1QTHA 237LA 3G3VA 247LA 2YCXA 137LA 3UTXA 1L28A 2O79A 5LWEA 1L00A 1KNIA 1L01A 4W51A 155LA 1D3MA 259LA 3DMXA 5G54A 1TLAA 1L93A 252LA 176LA 1CU3A 3AYNA 251LA 3FADA 1QTVA 3KJ6A 111LA 1L63A 1P8UA 245LA 3FI5A 1C66A 1QT3A 1T8FA 3HWLA 5ITCA 226LA 3K2RA 249LA 126LA 3SBBC 2OTYX 4AQNA 142LA 2OE9X 1C6GA 2ANXA 2NTUA 1TN5A 3SB8A 5JJEA 4LDOA 1CV6A 1L45A 1G07A 2OU8A 6LZMA 161LA 3UZCA 185LA 1HZXA 1L12A 218LA 3QAKA 4I7TA 1L16A 4FPDA 1L15A 4MQSA 1G0QA 1CVKA 1QUDA 3DN1A 2KS9A 3DMZA 147LA 5JJJA 3D4SA 4ARMB 1L89A 1L21A 2RB0X 1SSWA 140LA 2OU0X 1C6QA 2LNLA 4EJ4A 258LA 1KS3A 3GUOA 1L99A 1L86A 3JR6A 1L17A 217LA 3HT9A 148LE 1LGXA 3C80A 1L18A 2R4SA 4GRVA 3HAQA 4XT3A 3HTDA 1OWYA 1L51A 4GYCA 2NTHA 3C83A 2G87A 1LYFA 2B74A 2I21A 3HUAA 119LA 1LYDA 3GULA 3S3CB 152LA 2OU9A 3HAOA 233LA 3NY8A 3T45A 1L85A 4GP8B 197LA 4LZMA 4DKLA 2QPDB 3ZPQA 1L96A 1L20A 3NYAA 4GPOA 4ARJA 5AX0A 3VI0A 170LA 1JV6A 1L69A 3HT7A 200LA 4IAPA 1QHJA 2RB1X 4YX7C 3RFMA 1KGBA 2OTZX 162LA 5B6VA 1L32A 2L78A 1ZYTA 1AT9A 4UG2A 3UG9A 1BM1A 1G0MA 4I7OA 108LA 215LA 3LZMA 5KKHA 3C8RA 1L72A 1LI2A 1SX7A 3HDFA 1QSBA 1C68A 2IGCA 1KW7A 2KSYA 1L91A 1L30A 3HTGA 2Q9DA 1L81A 1SSYA 4W53A 3HH3A 1VGOA 2WJLA 1OV7A 212LA 224LA 2F47A 1JTMA 1JQUA 1UAZA 3SB5A 4I7KA 1LI6A 4W59A 4EPIA 1P8HA 3F8VA 260LA 4A4MA 220LA 1LPYA 1L90A 5AX1A 3QJUB 4G7QB 1L11A 1DYGA 1DZEA 1O0AA 1LI3A 209LA 1C6EA 2QPEB 5B35A 206LA 2RBQA 1C67A 2B72A 112LA 192LA 2YDVA 1PXSA 3UZAA 3G3XA 4PJZA 2RBSA 5H2KA 1LYGA 1QTBA 1L76A 254LA 1EPYA 1L75A 2O7AA 3L2XA 4JKVA 1QT4A 1D3JA 1L04A 1P36A 4MBSA 1PQMA 189LA 4XTLA 4QIDA 1C6JA 5F8UA 4ZPUA 1L80A 1GZMA 1P5CA 3DNAA 141LA 5B34A 3C9LA 109LA 1LYEA 1C6KA 1D2YA 1P56A 1L97A 3SBAA 3HASA 1L02A 3S3BB 1FBBA 2VT4A 1JFPA 1DYCA 4I7MA 1L83A 2Z6BA 1CU2A 3C7ZA 2Y01A 1DYFA 2HPYA 144LA 172LA 1CU5A 4N4YB 1LGUA 1QT5A 1C69A 3AYMA 1G0KA 1K28A 2CUUA 3QBLA 1OVHA 4GP4B 1LYIA 4WAVA 5DHHA 3QBIA 3DN0A 1IXFA 1L82A 157LA 5DYSA 1T8GA 1G0LA 1QT6A 2QARC 1F4ZA 2OEAX 2ZZLA 3P0GA 5AHYA 3GUJA 1L07A 3CDVA 4BVNA 1QKPA 4PXKA 225LA 246LA 2RAZX 1LGWA 1B6IA 1PQIA 5B2NA 3GUMA 1L48A 1DYAA 4I7LA 238LA 160LA 4K5YA 1Q5JA 3PWHA 3C82A 3C8QA 1XJUA 2B70A 177LA 4I7SA 3ODUA 3OAXA 5JJNA 5B6YA 1P37A 1C6CA 5C1MA 227LA 3REYA 4L35A 3HTBA 5H2PA 3HT8A 1XJTA 256LA 1PY6A 1PXRA 1CTWA 115LA 4OV0A 165LA 3DKEX 4BEYA 1QT8A 4XTNA 131LA 1L05A 3S3DB 2LZMA 1XJIA 1L98A 4ARPA 1L57A 4MD1A 214LA 1L0MA 1QM8A 130LA 3VG9A 2X72A 3WQJA 1L70A 4G7SB 4G72B 1I6SA 3GUIA 4G70B 4E97A 239LA 3DQBA 1P46A 128LA 4X31A 1R2NA 1BRXA 4XTOA 3EH4B 2I20A 1L25A 5BR2A 5G28A 1P2RA 138LA 125LA 1SX2A 1QTCA 164LA 1KY0A 3VW7A 4ARQA 2I35A 1L79A 3SB7A 261LA 4EPFA 2Q9EA 1D3FA 107LA 5H2HA 3UONA 3QBKA 5B6XA 2I1XA 1L34A 1WTHA 3FA0A 2QB0B 182LA 3NY9A 1C6AA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1YANA 2D4IA 2YCWA 2B73A 4OWCA 4Z46A 3ATNA 1L71A 1LSFA 1BRRA 1IOTA 2BQCA 1GB2A 1XIOA 1D6QA 3DN6A 178LA 257LA 113LA 2XTHA 1C6MA 1CWQA 1LSGA 1H6MA 1S8LA 3WMKA 3QJTB 1QSQA 3RU5A 5KY1A 232LA 1L52A 4WLDA 2BQOA 3QY4A 2LHMA 4ARLA 4LT3A 2MEFA 1PQKA 1UACY 2Z37A 2YBHA 2B75A 5KXPA 1JITA 3OK0A 2I25L 4XXJA 1CV5A 5H2JA 2W1LA 1O23A 2MECA 1LHJA 1L13A 146LA 1L23A 1E0PA 4R0FA 3MBVA 4I0CA 2F93A 4NHTA 5D5CA 1F88A 4X32A 5E4PA 122LA 4JQ6A 4LYMA 4DJHA 199LA 4W57A 1GB7A 1D9WA 3AB6A 4J7VA 1CNSA 4KL7A 4DD7A 1LZ8A 2DQFC 3IJUA 167LA 3WUMA 1CJ7A 169LA 3NSBA 1T97A 1UA6Y 1LW9A 1B9OA 230LA 4I7NA 1QUTA 1BWJA 5II3A 3DN8A 1RJCB 3LHMA 3AZ5A 1KMEA 3HAPA 3C81A 1LLHA 118LA 1LJGA 208LA 1L06A 2ZQ4A 3PBLA 3QDCA 5LVJA 2YCYA 5H2NA 1QUGA 2ZILA 248LA 219LA 1S51A 4NGZA 4RLNA 213LA 5KXLA 1ALCA 4B1AA 3W6FA 4LFXA 1XGUC 5IELA 1BHZA 1XEKA 4I7PA 1GE2A 4ETEA 3HH4A 2Y00A 5A44A 4W96A 1IY4A 1G1VA 4G4BA 2B5ZA 3PDSA 4NSGA 1L65A 1L41A 1LYOA 159LA 4W58A 5LVKA 1IOCA 4L41A 1L33A 2JAGA 3EO5A 2ZIYA 3ABWA 175LA 3X3CA 4W94A 3OE8A 1S52A 4N6HA 3QJSB 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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