4DJHA

Structure of the human kappa opioid receptor in complex with jdtic
Total Genus 161
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
161
sequence length
452
structure length
447
Chain Sequence
SPAIPVIITAVYSVVFVVGLVGNSLVMFVIIRYTKMKTATNIYIFNLALADALVTTTMPFQSTVYLMNSWPFGDVLCKIVLSIDYYNMFTSIFTLTMMSVDRYIAVCHPVKALDFRTPLKAKIINICIWLLSSSVGISAIVLGGTKVREDVDVIECSLQFPDDDYSWWDLFMKICVFIFAFVIPVLIIIVCYTLMILRLKSVRLLSGNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYREKDRNLRRITRLVLVVVAVFVVCWTPIHIFILVEALGSAALSSYYFCIALGYTNSSLNPILYAFLDENFKRCFRDFCFP
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title tructure of the human kappa-opioid receptor in complex with JDTic
pubmed doi rcsb
molecule tags Hormone receptor/antagonist
source organism Homo sapiens
molecule keywords Kappa-type opioid receptor, Lysozyme
total genus 161
structure length 447
sequence length 452
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2012-02-01

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
A PF00001 7tm_1 7 transmembrane receptor (rhodopsin family)
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 4djhA02
1.20.1070.10 Mainly Alpha Up-down Bundle Rhopdopsin 7-helix transmembrane proteins Rhopdopsin 7-helix transmembrane proteins 4djhA01
4EJ4A 152LA 3SBBC 4MBSA 4AMIA 1G0GA 2F47A 4OO9A 146LA 142LA 157LA 2LNLA 3RZEA 2CUUA 1ZYTA 5LZMA 1Q5IA 4ARMA 1LGWA 5AHYA 1G0LA 1L42A 3PBLA 3HDFA 3DN0A 3K2RA 3L64A 1G0KA 2NTHA 2RBNA 3HUKA 3HU8A 2ZZLA 5DHHA 1Q5JA 1L24A 3HH3A 4I7LA 1L08A 1L37A 3PQRA 3CODA 113LA 1BRDA 223LA 5JJEA 5B6XA 1QKPA 1JTNA 3HAOA 5C1MA 5H2LA 1DYEA 1L61A 2F93A 1C8RA 1S8LA 3VHZA 2Z55A 4OV0A 3EMLA 3CDQA 2B6XA 3HARA 4HWLA 5G2DA 1PY6A 3QAPA 4FPDA 3REYA 1KY1A 3PXOA 4A4MA 244LA 181LA 196LA 212LA 5F8UA 2B74A 226LA 2B7XA 2IGCA 130LA 1DYFA 2VT4A 2RH1A 3HT9A 2Y03A 4XTOA 1D3JA 4BUOA 2YCXA 3UZCA 1JGJA 1PQKA 1L39A 1PXSA 3NY8A 1L27A 1P8UA 251LA 1L21A 1L59A 2HUMA 4MQTA 3D4SA 143LA 3DNAA 4EPFA 4BVNA 257LA 1P46A 1C62A 216LA 241LA 1QT3A 2Z6BA 221LA 1KGBA 103LA 1LI6A 260LA 4ARMB 3PWHA 1JV7A 2J4YA 177LA 1LWGA 1SX2A 1SSWA 4ARJA 4LDEA 1L38A 210LA 1L66A 1L43A 1OWZA 2OU8A 3NS0A 4GYCA 3F8VA 4TL3A 1L56A 147LA 1C6NA 4YXAC 3SBAA 2QPEB 1KNIA 2ANXA 4DAJA 4I7JA 1L90A 1C6KA 3HTBA 1M0MA 5G28A 1IXFA 192LA 1CU2A 1L63A 4GP8B 3T45A 1L35A 115LA 1L02A 3UTVA 109LA 1T6HA 1BRXA 3NYAA 2Y01A 3CDOA 1C6LA 2Z73A 1L86A 2YDVA 1F4ZA 139LA 5EN0A 2RB2X 3UTYA 205LA 206LA 2B73A 3ABWA 126LA 119LA 4UHRA 1OWYA 1G07A 1C6IA 1P2RA 3G3WA 4EKSA 4L6RA 2OTYX 4ARPA 1L13A 1L25A 4QRYA 1HZXA 222LA 1CU5A 1L75A 5J7AA 1DYBA 2I20A 3MBVA 1L19A 4JKVA 4W58A 234LA 4ZPUA 2QB0B 1DZEA 4EIYA 2RBOA 1PQDA 255LA 4I7PA 1LYGA 4MD1A 5LWEA 1L15A 1L73A 1XJIA 213LA 1R2NA 3G3XA 4GP4B 1L89A 3QJVB 1C69A 3DKEX 176LA 4YX7C 159LA 1T97A 1JFPA 3OAXA 1F88A 1C68A 236LA 1L69A 1KG8A 5AX0A 1CX6A 1L92A 108LA 1L01A 1L97A 2Y04A 3F9LA 1QTCA 1OVJA 1WTHA 1FBKA 2JAGA 4BEYA 1E12A 1R84A 3CDRA 262LA 248LA 1QHJA 1LLHA 3VW7A 1D2YA 3QBGA 1JV6A 5ITEA 5G36A 3NSBA 163LA 2L78A 4G7RB 3S3CB 1LPYA 6LZMA 5AWZA 1L11A 182LA 249LA 2OU9A 7LZMA 2NTUA 254LA 3AYNA 1C6DA 2RBPA 107LA 1L47A 1GZMA 3G3VA 1CV0A 1L98A 3C81A 5AX1A 252LA 1QS5A 3JR6A 1C6FA 1TN5A 4IAQA 1SSYA 140LA 1L94A 2A4TA 4Y9HA 4I7TA 1DYDA 1QUDA 3C8QA 2M3GA 1H2SA 4JQ6A 1P6YA 3SB9A 4AMJA 1C67A 1LGXA 125LA 3DMVA 3QBKA 4HYJA 1C6HA 5KKHA 3HUAA 4J4QA 3WQJA 231LA 4QIDA 180LA 1T8AA 3CDTA 1L85A 3C7ZA 1AT9A 2QPDB 2WJLA 3C82A 1CUQA 3PDSA 1L64A 1L96A 3SB7A 5H2JA 1L84A 1C6JA 170LA 3C80A 1L12A 1C6MA 1L76A 3LZMA 4EKRA 1OVKA 131LA 3GUKA 1C6PA 2B6TA 1M0KA 1QT7A 1KW5A 256LA 175LA 1SX7A 245LA 2KS9A 1L41A 2YCYA 237LA 2YCWA 3C8SA 1C66A 1S52A 1QT6A 3HWLA 1X0SA 4W52A 1L49A 2Q9EA 2JAFA 3C8RA 3QBLA 104LA 151LA 3ODUA 1G1WA 4W54A 1LYJA 3X3BA 1EPYA 3HAPA 1L45A 3GUJA 1L88A 1LYEA 1DYAA 4W53A 1D2WA 2B6YA 258LA 3SN6R 171LA 2KSYA 1LYIA 1QSQA 1C61A 5B0WA 1L74A 1L33A 1KS3A 4XTNA 1L99A 1C6BA 1L18A 4PXKA 1PQMA 1L81A 162LA 3DMZA 1S53A 1XJTA 3UTWA 214LA 1L16A 239LA 5B6ZA 1L03A 1TLAA 1CU3A 4XTLA 1X0I1 2RAYX 229LA 1QT5A 3FADA 243LA 1SWYA 1VJMA 233LA 1L9HA 3DMXA 5B35A 1L62A 1L67A 4LDLA 2AT9A 2O4WA 1S51A 199LA 3HU9A 5A44A 1L0MA 1JTMA 156LA 1CTWA 3HASA 3GUNA 2RBSA 4X31A 4GRVA 3HUQA 4FBZA 4I7RA 2Y00A 161LA 1D3FA 1L48A 3P0GA 4BEZA 232LA 3ZPQA 1L83A 1L07A 2B6WA 4LZMA 3FI5A 3HTFA 4GP5B 1K28A 5DYSA 4G70B 5ITCA 3V2YA 1L23A 1P56A 1L20A 1L30A 1P36A 102LA 1U19A 1GU8A 1CX7A 129LA 2Q9DA 185LA 4GBRA 1C6GA 2HUKA 3QDCA 1D9WA 149LA 4IAPA 4BV0A 224LA 4YXCA 3OE6A 1VGOA 138LA 2RAZX 4S0WA 167LA 1CVKA 1T8GA 1M0LA 4IB4A 5B34A 5H2KA 5BR5A 1C65A 1QTZA 2LC9A 186LA 1CU0A 3HTGA 1AP9A 3QBIA 1G06A 1PQIA 1L55A 2LCBA 3HT6A 4K5YA 4PJZA 1CWQA 201LA 1L0JA 3VG9A 1L17A 1L82A 1JQUA 1L31A 1PQOA 3HH5A 2ZFEA 1CU6A 165LA 145LA 1DYCA 3DN6A 1QT4A 1L32A 4I7OA 209LA 1L72A 242LA 3HTDA 5B6VA 4I7KA 3V2WA 191LA 2B70A 4G71B 3SB5A 4XT1A 128LA 184LA 1B6IA 3QJUB 1G0PA 3HDEA 3VGAA 5G53A 200LA 3GUIA 2RB1X 2B75A 3SB8A 4WW3A 4KLYA 1CV6A 1L00A 5H2NA 150LA 2LZMA 1OV5A 1NHBA 5H2HA 5A8EA 1P3NA 2KSAA 1XEPA 1KMEA 4GBRB 2ANVA 1KW7A 3CAPA 225LA 4EKPA 1C60A 217LA 1S54A 1L70A 1X0K1 5JJNA 2RB0X 3C7YA 228LA 5B6WA 158LA 4QI1A 3S8FB 155LA 111LA 4N4WA 5G54A 187LA 3EH5B 1L54A 1C6AA 1LYDA 4EPIA 3BVDB 3QAKA 198LA 110LA 1L06A 5H2IA 5TGZA 3KJ6A 1LYFA 1TN0A 1PXRA 4UG2A 4IARA 3L2XA 3C9MA 3DN4A 2I1XA 2KSBA 4ARQA 1L04A 238LA 195LA 4L35A 3HH6A 1C64A 4G7QB 1H68A 4MQSA 2QARC 3OE8A 2I35A 1T8FA 4G72B 1D3NA 3RUNA 3AYMA 1S8JA 5FJGA 1LWKA 1L29A 3S8GB 1L68A 188LA 1QTDA 4FAAB 1C6CA 1LN6A 1L10A 1F50A 1P8HA 2NTWA 3DDLA 4I7QA 220LA 1LI2A 3HH4A 2R4RA 1C3WA 1L91A 2RBQA 168LA 3GUOA 2BRDA 4JR8A 3COCA 3S3DB 169LA 1OVHA 218LA 1P7SA 4W55A 144LA 4I7SA 1QUGA 1L44A 4W51A 2F2QA 1ZWNA 247LA 1XJUA 1L0KA 3VVKA 1CUPA 1MGYA 4KNFA 3HAQA 123LA 172LA 5H2MA 178LA 4ARQB 1C63A 235LA 2PEDA 1P2LA 120LA 1L26A 211LA 5I14A 3DQBA 4W59A 141LA 3QJSB 3QJTB 2B6ZA 1QTBA 3DN3A 2I21A 1L09A 1L34A 240LA 4MD2A 1L52A 2RBRA 4XXJA 5DHGA 1CV1A 3GUMA 1L65A 1O0AA 2Y02A 4G7SB 1P5CA 4X32A 5ETZA 1L60A 4EKQA 114LA 3RFMA 4BWBA 2F32A 2ZIYA 2OEAX 4GPOA 1LI3A 1L58A 4EA3A 4FA7B 1SWZA 3HANA 1L71A 3OE0A 215LA 3EH3B 1C6TA 3OE9A 1C8SA 2O79A 1QS9A 4I7MA 4LDOA 261LA 2B72A 1QKOA 4ARLA 259LA 3DN8A 2YDOA 1OV7A 3AM6A 5BR2A 3UZAA 3QJRB 4I7NA 122LA 2G87A 174LA 1QTHA 1L51A 4HYXA 1UCQA 183LA 3HT8A 5B2NA 3C7WA 1E0PA 2F95A 118LA 197LA 1L50A 1XMEB 2NTGA 4DJHA 1P37A 2L6XA 4NC3A 1QSBA 1QTVA 1P8IA 5A45A 2OU0X 4X1HA 3DN2A 4PK0A 1KY0A 4AQNA 160LA 1DYGA 1L77A 1LGUA 230LA 112LA 3NY9A 164LA 1BRRA 1L22A 2X72A 5G2AA 1L05A 1BM1A 173LA 5AZDA 3X3CA 3ZEVA 2EI4A 3UG9A 1L87A 3A7KA 2OE4X 1L53A 4N4YB 1L93A 4W57A 1UAZA 1CV5A 2OE9X 3DN1A 250LA 1OYUA 1G1VA 1D3MA 1IW9A 2HPYA 1QUHA 1L40A 189LA 1L36A 127LA 3SB6A 5G2CA 1XIOA 3GUPA 5B6YA 3CDVA 4EXMA 4XT3A 1G0MA 1L79A 246LA 2WJKA 1GUEA 3C83A 2O7AA 1CV3A 2R4SA 4PXFA 1KG9A 3VI0A 166LA 1ZURA 1L46A 227LA 2HULA 1EHKB 1L28A 219LA 3FA0A 4W56A 4N6HA 1C6QA 4DKLA 5H2PA 1QM8A 1C6EA 1L95A 190LA 3UTXA 3HT7A 1PQJA 1QT8A 3GULA 3C9LA 1G0QA 1P64A 137LA 1L57A 2OTZX 4E97A 3EH4B 1G0JA 2YCZA 3UONA 148LE 1IW6A 1L14A 1LW9A 1LYHA 5AHZA 1QUOA 3S3BB 5JJJA 5H2OA 3ZPRA 1FBBA 1L80A 1CV4A 3QJQB 4WAVA 253LA 2OE7X 1I6SA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4MBSA 1D6PA 4HPIA 4OO9A 1IWWA 5E4PA 2LNLA 3RZEA 4YF2A 1ZYTA 4ARMA 1G0LA 1L42A 3PBLA 2MEAA 3DN0A 3HDFA 1IEEA 3MGWA 1IR9A 4LYOA 5APDA 3D3DA 1L08A 4DD3A 4BAPA 4RLNA 4ZFPA 4WM1A 1AM7A 1JTNA 3TMWA 3HAOA 2FYDA 1L61A 1C8RA 1GWDA 4OV0A 2B6XA 3HARA 3REYA 1OUIA 3PXOA 4A4MA 1REMA 2WARA 1HF4A 226LA 4HJZA 130LA 1LJFA 4XTOA 4BUOA 2YCXA 1NBYC 3WW6A 1L39A 1GBXA 3AGGG 251LA 1P46A 241LA 216LA 221LA 4NHTA 3AZ4A 4H9FA 1JV7A 2J4YA 1LZNA 1LWGA 2EQLA 1L38A 1GFRA 4TL3A 2G4QA 1LZ6A 147LA 1DI5A 4I7JA 1TDYA 2F2NA 2CWIA 1JKCA 1F6RA 4O34A 1B7LA 5L3IA 3T45A 3UTVA 4FDYA 4W96A 1BRXA 3NYAA 3CDOA 2Z73A 4R6CA 5KJ9A 2Z2EA 2YDVA 139LA 1LZTA 5EN0A 5LAFA 205LA 4XADA 1GBZA 3G3WA 1C6IA 4EKSA 3W6EA 1B7QA 1ALCA 1WVUA 1GBWA 1L75A 1LZ9A 5J7AA 3EMSA 1DYBA 2I20A 1T3PA 2QB0B 3A94A 2RBOA 1XEJA 5LWEA 1LYGA 1LYZA 4MD1A 1XJIA 4AXTA 3QJVB 1C69A 159LA 1JFPA 2G4NA 1F88A 1IP4A 3TMUA 2Y04A 1QTCA 1OVJA 1WTHA 4BAFA 1E12A 1R84A 248LA 2BQDA 1QHJA 4DS7E 1D2YA 1IC4Y 5L3HA 3QBGA 2LYOA 1G7MC 3A34A 3CSRA 1LPYA 1RFPA 1HFZA 1LSMA 3G3VA 1CV0A 1C6FA 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 3AM6 A;  5BR2 A;  3UZA A;  3QJR B;  4I7N A;  122L A;  2G87 A;  174L A;  1QTH A;  1L51 A;  4HYX A;  1UCQ A;  183L A;  3HT8 A;  5B2N A;  3C7W A;  1E0P A;  2F95 A;  118L A;  197L A;  1L50 A;  1XME B;  2NTG A;  4DJH A;  1P37 A;  2L6X A;  4NC3 A;  1QSB A;  1QTV A;  1P8I A;  5A45 A;  2OU0 X;  4X1H A;  3DN2 A;  4PK0 A;  1KY0 A;  4AQN A;  160L A;  1DYG A;  1L77 A;  1LGU A;  230L A;  112L A;  3NY9 A;  164L A;  1BRR A;  1L22 A;  2X72 A;  5G2A A;  1L05 A;  1BM1 A;  173L A;  5AZD A;  3X3C A;  3ZEV A;  2EI4 A;  3UG9 A;  1L87 A;  3A7K A;  2OE4 X;  1L53 A;  4N4Y B;  1L93 A;  4W57 A;  1UAZ A;  1CV5 A;  2OE9 X;  3DN1 A;  250L A;  1OYU A;  1G1V A;  1D3M A;  1IW9 A;  2HPY A;  1QUH A;  1L40 A;  189L A;  1L36 A;  127L A;  3SB6 A;  5G2C A;  1XIO A;  3GUP A;  5B6Y A;  3CDV A;  4EXM A;  4XT3 A;  1G0M A;  1L79 A;  246L A;  2WJK A;  1GUE A;  3C83 A;  2O7A A;  1CV3 A;  2R4S A;  4PXF A;  1KG9 A;  3VI0 A;  166L A;  1ZUR A;  1L46 A;  227L A;  2HUL A;  1EHK B;  1L28 A;  219L A;  3FA0 A;  4W56 A;  4N6H A;  1C6Q A;  4DKL A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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