4DJHA

Structure of the human kappa opioid receptor in complex with jdtic
Total Genus 161
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
161
sequence length
452
structure length
447
Chain Sequence
SPAIPVIITAVYSVVFVVGLVGNSLVMFVIIRYTKMKTATNIYIFNLALADALVTTTMPFQSTVYLMNSWPFGDVLCKIVLSIDYYNMFTSIFTLTMMSVDRYIAVCHPVKALDFRTPLKAKIINICIWLLSSSVGISAIVLGGTKVREDVDVIECSLQFPDDDYSWWDLFMKICVFIFAFVIPVLIIIVCYTLMILRLKSVRLLSGNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYREKDRNLRRITRLVLVVVAVFVVCWTPIHIFILVEALGSAALSSYYFCIALGYTNSSLNPILYAFLDENFKRCFRDFCFP
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hormone receptor/antagonist
source organism Homo sapiens
publication title tructure of the human kappa-opioid receptor in complex with JDTic
pubmed doi rcsb
molecule keywords Kappa-type opioid receptor, Lysozyme
total genus 161
structure length 447
sequence length 452
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2012-02-01

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
A PF00001 7tm_1 7 transmembrane receptor (rhodopsin family)
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 4djhA02
1.20.1070.10 Mainly Alpha Up-down Bundle Rhopdopsin 7-helix transmembrane proteins Rhopdopsin 7-helix transmembrane proteins 4djhA01
2OTZX 229LA 3DMXA 1LN6A 2Z73A 3HAOA 5G2AA 1L0JA 165LA 1L54A 3AYMA 5B6XA 3CDVA 119LA 3HTBA 1PY6A 5ETZA 5B34A 3PWHA 2Y01A 137LA 3FADA 3C82A 3VHZA 5BR2A 115LA 3GUNA 1C6MA 1L86A 113LA 2HUMA 1L11A 1QT7A 2B7XA 3C83A 1C6PA 220LA 1L37A 1DYBA 2Q9EA 2RB0X 4G72B 225LA 3EMLA 2Z6BA 3NSBA 1IW9A 155LA 1OWYA 3OAXA 2JAGA 186LA 4L35A 161LA 1X0I1 143LA 1S8JA 114LA 5B6ZA 3HDEA 1PQOA 2ZIYA 4W56A 3V2WA 1CX7A 1D3NA 1VGOA 1SWYA 3JR6A 4QI1A 1OVKA 5BR5A 2YCYA 1BRDA 1L50A 3C8SA 5H2KA 3FA0A 201LA 4PK0A 3QJQB 1CUPA 4ARMB 3DKEX 4W52A 1L65A 2NTHA 1L22A 163LA 4MBSA 2RBQA 1CV3A 3C7ZA 4XXJA 1C6NA 1LW9A 2RB2X 1P8UA 1C65A 4EKRA 1L29A 3AM6A 3EH5B 5G54A 3UTVA 4E97A 253LA 4I7RA 3DN2A 1C6BA 2F47A 4LDLA 1C6QA 1L71A 1QUHA 1C6CA 1QT5A 230LA 5KKHA 1IXFA 1L36A 1G1VA 1LGXA 239LA 1LI6A 1L05A 1QTCA 3GUOA 184LA 1L61A 151LA 2Y00A 3S3CB 176LA 2B70A 1E0PA 2Q9DA 1L31A 1P5CA 1R2NA 3QJUB 1L41A 3HU9A 4W51A 4GBRB 173LA 1XMEB 1KY0A 3CDOA 1P3NA 1L69A 1P7SA 231LA 1XJIA 145LA 1PQKA 2RAZX 4ZPUA 1D9WA 5DYSA 3HUAA 2I35A 4G70B 1SX2A 1OVHA 3GULA 4K5YA 3HTFA 2AT9A 1L51A 5H2HA 1CU6A 213LA 5AX0A 1LGWA 3X3CA 1L84A 4AMIA 5G28A 4A4MA 5F8UA 3SB9A 189LA 3ZEVA 2R4RA 3S3DB 110LA 192LA 4GRVA 2RAYX 1L38A 1KG9A 1MGYA 5B0WA 1WTHA 3V2YA 244LA 258LA 1FBKA 210LA 1AT9A 4MD2A 1L87A 1L00A 1XJTA 3HUQA 1JV7A 3T45A 1C8SA 1CV0A 2HPYA 3FI5A 3C8RA 4GP8B 1L30A 3C7WA 1L03A 1L89A 191LA 4I7KA 156LA 1L17A 2LNLA 2YCWA 209LA 3DN6A 3SBBC 216LA 4G71B 2NTWA 4IARA 3VVKA 4FAAB 185LA 4ARQA 3ZPQA 1L40A 3A7KA 1X0SA 1OV5A 1LYHA 261LA 5FJGA 1JTNA 1L16A 139LA 2RBPA 198LA 1P36A 3QJSB 4I7SA 2QPDB 1C64A 1P46A 4W57A 2LCBA 4G7QB 199LA 190LA 215LA 3CDRA 4FPDA 3SB8A 2ZZLA 103LA 3REYA 102LA 1CUQA 1G0QA 3D4SA 5G53A 140LA 2B73A 1L57A 120LA 3DN3A 4I7OA 4HWLA 108LA 2CUUA 5C1MA 4WAVA 1L32A 3QJTB 214LA 104LA 170LA 4YXCA 1L23A 3QBKA 3C8QA 5H2IA 3F9LA 2LZMA 125LA 1XEPA 123LA 1L14A 4JQ6A 3G3WA 1C61A 2EI4A 3EH4B 1P2RA 4KNFA 1L64A 4PJZA 152LA 3HWLA 3L64A 4N6HA 197LA 3HH5A 127LA 227LA 2B6XA 252LA 142LA 1JGJA 3QAKA 4I7NA 4EIYA 1I6SA 4ARJA 3QAPA 1L60A 3VGAA 3KJ6A 2QB0B 4PXKA 1QT8A 1XIOA 1L34A 4I7LA 144LA 3UTYA 5AX1A 3HU8A 1QM8A 2RH1A 2VT4A 5TGZA 3VW7A 1D3MA 1LGUA 1L82A 131LA 122LA 1G07A 2HUKA 4BEYA 2QPEB 1P8IA 1BM1A 1L24A 1P64A 1QS9A 1IW6A 126LA 2NTUA 1B6IA 128LA 221LA 3CODA 3SBAA 1L68A 1L20A 1JV6A 4HYXA 1L74A 1F88A 1C67A 1L02A 3LZMA 1L12A 1KGBA 149LA 3C80A 3PXOA 2KS9A 3RUNA 4IAQA 4WW3A 3UONA 3SB5A 246LA 1C6EA 1QKPA 4BV0A 1T6HA 4AMJA 175LA 1X0K1 1L72A 3S3BB 4XTOA 1P6YA 1L44A 158LA 2LC9A 2B6YA 4MQSA 188LA 262LA 1T8GA 4I7JA 1C66A 3SN6R 5I14A 1L0MA 164LA 1L63A 2ANVA 236LA 5A45A 1PQJA 1DYGA 5B6YA 171LA 1L48A 162LA 1QUOA 4XTLA 3G3VA 3G3XA 1CV6A 1CVKA 3S8FB 1L90A 1OYUA 1KY1A 3HAPA 1S8LA 1C68A 1DYDA 1LYIA 234LA 3PDSA 4LDEA 5LZMA 1H68A 248LA 4JR8A 5H2MA 129LA 1L93A 1LI2A 2F93A 2B72A 3QBLA 1QSBA 5AWZA 3GUKA 4W55A 1L46A 1XJUA 3PBLA 3NY8A 3RFMA 4W59A 2O4WA 130LA 4DAJA 4ARQB 1S54A 3CDQA 3QJRB 1L77A 1F50A 3HH3A 2BRDA 3C9MA 3GUIA 3BVDB 5G2CA 1L73A 1L94A 4LDOA 1KMEA 1EHKB 4GP5B 5B2NA 1Q5JA 1KG8A 3QJVB 245LA 2I1XA 1CX6A 159LA 3F8VA 2B6WA 1L99A 1JTMA 223LA 4DJHA 1C3WA 226LA 5LWEA 4I7MA 4TL3A 4I7PA 1GZMA 3K2RA 5G2DA 5B35A 1FBBA 3HT9A 2X72A 1VJMA 1GU8A 5JJNA 3HARA 4FBZA 4X1HA 166LA 1D3JA 1K28A 147LA 3GUPA 3VG9A 1L19A 1P37A 1L07A 241LA 4BEZA 1L80A 1C62A 1L98A 1DYEA 2ANXA 4GP4B 1L88A 1L33A 141LA 2B6ZA 2M3GA 2Y03A 2L6XA 2ZFEA 4LZMA 1L01A 1LYEA 3OE6A 4OV0A 1M0LA 6LZMA 3NY9A 3UG9A 4I7QA 3DN0A 157LA 3COCA 2WJKA 2O7AA 3DQBA 3DDLA 2RBRA 4DKLA 1OWZA 1L91A 1ZYTA 1SWZA 107LA 3WQJA 2OEAX 118LA 3OE0A 1G0LA 250LA 4BWBA 1C6AA 2RBSA 1C60A 2F2QA 3DNAA 2HULA 1L55A 1L08A 1LYJA 4L6RA 3HDFA 2OTYX 109LA 1ZWNA 242LA 2WJLA 1L04A 1L56A 5ITEA 1CV4A 178LA 1L96A 2IGCA 5H2PA 3HT7A 4I7TA 256LA 4Y9HA 111LA 1L92A 5AHYA 1CV1A 5G36A 7LZMA 1C6IA 1CU2A 1G06A 2OE4X 3OE9A 3NYAA 168LA 1L83A 2O79A 160LA 1G0MA 1SSWA 2I20A 1QUDA 1CU3A 1KS3A 1PXSA 3S8GB 1C6LA 1KW5A 4MD1A 1C6KA 5JJJA 5A8EA 1CU5A 1L27A 5DHGA 1L15A 1QTDA 3DMZA 2J4YA 2B74A 3HH6A 180LA 3ABWA 4EJ4A 195LA 1L09A 1L06A 174LA 1LWGA 1TLAA 1LWKA 1L42A 218LA 1L35A 1M0KA 4EXMA 1L53A 1R84A 1LYFA 1L28A 1DYCA 1L43A 3HANA 243LA 3HASA 1LI3A 1L58A 1OVJA 1C6FA 3HUKA 1C6TA 1LYGA 3UZAA 2RBOA 255LA 259LA 182LA 1L85A 3GUMA 3SB7A 1L9HA 146LA 4W58A 3SB6A 1L75A 1G1WA 240LA 3CDTA 3EH3B 2OE9X 3C81A 3C9LA 4NC3A 2B75A 4ARPA 4AQNA 1GUEA 4FA7B 4QRYA 4N4WA 1LLHA 4GPOA 1L95A 2OE7X 1C8RA 1OV7A 2Y04A 217LA 1L70A 1L49A 3HTGA 4UHRA 4EPIA 2RB1X 3HT6A 2YCZA 206LA 4J4QA 233LA 1L45A 4XTNA 1M0MA 1LPYA 5AZDA 237LA 3QBIA 5B6VA 1S51A 200LA 2OU8A 1C69A 1L67A 5AHZA 3VI0A 138LA 1C6DA 2YDVA 3RZEA 183LA 1KNIA 260LA 4IAPA 1QTBA 1QS5A 2R4SA 3UTWA 187LA 3ZPRA 5H2NA 1L62A 4MQTA 2OU0X 257LA 2L78A 3GUJA 1QT4A 3OE8A 232LA 1KW7A 1QTHA 4G7RB 254LA 2F32A 4IB4A 2YDOA 5H2LA 3DN4A 205LA 5H2JA 1G0GA 1T8AA 2QARC 4OO9A 1BRXA 1L47A 3QDCA 1JQUA 1L21A 1QTZA 3DN8A 1PQMA 4EA3A 1C6HA 112LA 1P2LA 1P56A 4YXAC 4ARMA 196LA 1CWQA 1PXRA 3QBGA 1DYFA 1G0KA 1T8FA 2G87A 1L59A 4YX7C 1SX7A 4ARLA 1UCQA 2F95A 1C6JA 211LA 1CTWA 1SSYA 3C7YA 238LA 212LA 1O0AA 2KSYA 2YCXA 2I21A 167LA 1L25A 1QSQA 1L81A 2PEDA 1PQIA 1C6GA 1T97A 1G0PA 219LA 4W53A 1P8HA 1C63A 3UZCA 4XT1A 181LA 1NHBA 1L13A 1L10A 2KSAA 1QT3A 4JKVA 2B6TA 3P0GA 4EPFA 148LE 1EPYA 2OU9A 2KSBA 3MBVA 1G0JA 5H2OA 4EKPA 3HH4A 3HTDA 3NS0A 4XT3A 2NTGA 1L79A 3DMVA 1CV5A 3PQRA 4PXFA 3UTXA 1L52A 1D2WA 1S53A 1AP9A 4HYJA 1L26A 1L39A 169LA 1DYAA 3ODUA 1H2SA 177LA 4GBRA 3HAQA 235LA 4S0WA 3L2XA 1QKOA 5A44A 1L66A 1CU0A 1ZURA 3X3BA 1D3FA 2Y02A 3AYNA 1PQDA 5JJEA 1L0KA 4BVNA 4QIDA 172LA 1QHJA 4KLYA 4EKQA 5DHHA 2A4TA 2RBNA 4G7SB 1L97A 1E12A 4UG2A 4X31A 5J7AA 1BRRA 1HZXA 4X32A 247LA 1L76A 3CAPA 150LA 4GYCA 1L18A 1UAZA 222LA 1TN5A 249LA 1QT6A 1F4ZA 1Q5IA 5B6WA 1D2YA 1TN0A 5EN0A 4N4YB 1JFPA 1U19A 3DN1A 1S52A 1QTVA 251LA 4W54A 5ITCA 3HT8A 1QUGA 2JAFA 2Z55A 1DZEA 228LA 1LYDA 224LA 4EKSA 4BUOA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4N1EI 1BB4A 1LZSA 4N5RA 1AT5A 1L0JA 3WU9A 4QGZA 4MSTA 4LYMA 1LSBA 4X3BA 3C82A 5KXTA 1GBXA 1L11A 1QT7A 2B7XA 1HFYA 1XSFA 4NHSA 2RB0X 4G72B 225LA 3NSBA 1IW9A 1C43A 4DC4A 1B0DA 2JAGA 1IWYA 5B6ZA 1REZA 1IX0A 3JR6A 5KXOA 3EBAB 4UWNA 1BRDA 3C8SA 3QJQB 4ARMB 3DKEX 1L65A 2MEBA 1FLWA 4MBSA 4H1PA 4DD7A 4H9CA 5LYTA 1C65A 3AM6A 1IP4A 5F9XA 253LA 1GE1A 5I54A 4LDLA 1C6QA 1L71A 1QUHA 1LJJA 1ZVHL 1IP6A 3W6DA 1HMKA 5KKHA 4RDSA 1IWZA 1XEIA 3S3CB 176LA 1L31A 1UICA 5B1FA 4ANRA 1MLCE 1L41A 4W51A 5LA8A 1BWHA 173LA 3CDOA 1C08C 1P3NA 4Z98A 2Z19A 1XJIA 2RAZX 1D9WA 2I35A 1LHKA 3AJNA 1AKIA 2AT9A 4ETCA 1CU6A 3X3CA 4AGAA 5KXYA 4A4MA 4C3WA 1GFHA 2Z2EA 2PC2A 189LA 3CT0A 5T3FA 3S3DB 1GF3A 244LA 2ZIKA 1GHLA 1XFPL 1BWJA 4R0FA 1L87A 1XJTA 1CV0A 1INUA 2YBIA 1L30A 1IVMA 1QUTA 3IJVA 3WU8A 1L89A 1LJEA 1IWWA 2BLYA 4WO6A 3SBBC 4DT3A 4IARA 2H5ZA 4ARQA 1JKCA 1XGRC 3A7KA 4HV1A 1JTNA 2RBPA 1FLQA 1LHHA 1P36A 3QJSB 4I7SA 2QPDB 5E4PA 4TX7A 1UIHA 2YBNA 4N9RA 4NGLA 1LYZA 3D4SA 4RW1A 3TMWA 1YKZX 5LXWA 2F4GA 5I5QA 5KXSA 2Z39A 4YXCA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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