4DKLA

Crystal structure of the mu-opioid receptor bound to a morphinan antagonist
Total Genus 160
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
160
sequence length
442
structure length
442
Chain Sequence
MVTAITIMALYSIVCVVGLFGNFLVMYVIVRYTKMKTATNIYIFNLALADALATSTLPFQSVNYLMGTWPFGNILCKIVISIDYYNMFTSIFTLCTMSVDRYIAVCHPVKALDFRTPRNAKIVNVCNWILSSAIGLPVMFMATTKYRQGSIDCTLTFSHPTWYWENLLKICVFIFAFIMPVLIITVCYGLMILRLKSVRNIFEMLRIDEGLRLKIYKNTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYEKDRNLRRITRMVLVVVAVFIVCWTPIHIYVIIKALITIPETTFQTVSWHFCIALGYTNSCLNPVLYAFLDENFKRCFREFCI
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Crystal structure of the {mu}-opioid receptor bound to a morphinan antagonist.
pubmed doi rcsb
molecule tags Signaling protein/antagonist
source organism Mus musculus
molecule keywords Mu-type opioid receptor, lysozyme chimera
total genus 160
structure length 442
sequence length 442
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2012-02-03

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
A PF00001 7tm_1 7 transmembrane receptor (rhodopsin family)
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 4dklA02
1.20.1070.10 Mainly Alpha Up-down Bundle Rhopdopsin 7-helix transmembrane proteins Rhopdopsin 7-helix transmembrane proteins 4dklA01
147LA 4W51A 255LA 3OE8A 2R4SA 4HWLA 173LA 190LA 4EKPA 1L12A 2I1XA 214LA 1L95A 1AP9A 1OVKA 2B70A 1P5CA 1L15A 4MQSA 1T8FA 1S54A 249LA 3C81A 1L08A 1L39A 1DYEA 3NY9A 1L89A 1XJUA 3C7ZA 1XJIA 4W59A 1KY1A 3JR6A 1CV0A 1CTWA 223LA 1IW9A 1H68A 1L34A 1QKOA 4W56A 3HASA 2ZZLA 4I7JA 1LYEA 1QT7A 1L37A 4Y9HA 250LA 1X0I1 4ARMB 4GBRA 1FBBA 1L59A 5TGZA 1SX2A 198LA 4W55A 1C67A 4EJ4A 5B6VA 1DYGA 2IGCA 1P2LA 3AYMA 5AHYA 3VVKA 4GPOA 1C65A 1CV1A 4PXFA 5A8EA 3UTVA 1DYAA 3DN3A 2Z6BA 1SWYA 1QTDA 1OVHA 2OE9X 3PBLA 2AT9A 3HARA 1LI2A 5LZMA 1QM8A 3UG9A 125LA 3FI5A 251LA 1K28A 5JJNA 1KMEA 3GUJA 4XT1A 1DZEA 1FBKA 103LA 1EHKB 176LA 1G0QA 1LYDA 185LA 4UHRA 4I7KA 3HH6A 3ZPRA 3S3DB 257LA 1L07A 1S53A 3HWLA 2YDOA 3PXOA 3HANA 1LGWA 1G0KA 4G7SB 1QS9A 1L72A 1SWZA 1QS5A 1L75A 1LI6A 164LA 4I7QA 2RBNA 228LA 3SB7A 4IAPA 4PJZA 1L82A 5H2HA 4I7NA 130LA 178LA 1L70A 4I7OA 1KGBA 3HU9A 1JV6A 165LA 1LWKA 1SSYA 1X0SA 1SX7A 1C6GA 1C6AA 2B74A 4HYXA 3CDQA 1LN6A 1D3MA 1L74A 167LA 1L56A 4EKSA 1QKPA 3CDRA 1L38A 4G72B 1L43A 1L71A 2B6YA 3DN8A 170LA 4X31A 4GP4B 1C6BA 1C6PA 254LA 1L79A 180LA 219LA 1OV5A 1L54A 2OU9A 4ARQA 3CAPA 4GP5B 3L64A 216LA 3CDTA 1CV4A 1G0JA 233LA 1UAZA 3RZEA 4GYCA 1C6MA 4N4YB 2QPDB 191LA 1QT3A 4EA3A 163LA 3AYNA 3DQBA 4LDLA 4GP8B 5I14A 1C6IA 3HAQA 1L76A 166LA 2HUKA 3C9MA 1C66A 3ZPQA 1XMEB 243LA 212LA 3G3VA 1PY6A 1UCQA 3S3BB 157LA 148LE 4J4QA 1L58A 1C6DA 5H2NA 1XIOA 4G71B 118LA 4QIDA 3T45A 1P2RA 213LA 1XJTA 2ZIYA 102LA 2WJKA 5B6YA 186LA 1CU6A 1O0AA 237LA 1CV5A 225LA 4W57A 4EPIA 119LA 5H2LA 1L01A 1L26A 1L63A 3QJUB 5BR5A 3ODUA 189LA 104LA 1D3JA 2L78A 3DMZA 1C61A 1P8IA 1BM1A 1ZYTA 196LA 4W54A 1L36A 1U19A 3HDEA 142LA 4LDOA 3UTYA 1L14A 1L17A 211LA 1G06A 4JKVA 4AMIA 1T8GA 1PQKA 1L03A 1L13A 227LA 4GBRB 155LA 1L44A 1LGUA 2B6XA 4ARLA 4DAJA 4IAQA 5B34A 2KSYA 2VT4A 138LA 5H2MA 1L66A 1QTHA 4PXKA 3C7WA 2KSAA 4KLYA 5B6ZA 1M0KA 159LA 4WAVA 1P37A 5H2JA 1OWZA 1CUPA 1Q5JA 240LA 3NSBA 1MGYA 1L04A 1L52A 215LA 4EKRA 5B6XA 2NTGA 1CU5A 156LA 1L80A 123LA 1TLAA 2O7AA 3GUIA 1C6CA 3HU8A 2PEDA 5AX1A 1OVJA 4L35A 1L45A 1LW9A 1P56A 5AHZA 1L9HA 1L21A 1L19A 1L86A 2YCZA 2Z55A 3PQRA 1JFPA 4ARJA 1OYUA 1PXRA 1L00A 1C8SA 1L05A 3VI0A 2WJLA 2B6TA 238LA 4I7SA 5A44A 4K5YA 126LA 1KG9A 3S3CB 168LA 3HAPA 3C83A 3SB5A 3QJVB 1L55A 4AMJA 1G0LA 3QAKA 4L6RA 5B0WA 3HT7A 1KY0A 4I7LA 4BEYA 3BVDB 1OV7A 2B72A 1LYJA 109LA 1G0PA 5C1MA 1VJMA 7LZMA 4EPFA 5DHHA 1D3NA 3ZEVA 1L50A 230LA 3GUKA 3F9LA 4X1HA 1PQOA 2RBSA 3SN6R 143LA 3CODA 4MD2A 4I7TA 256LA 183LA 260LA 1S8JA 2YCXA 1L49A 1L64A 1G1VA 3HTBA 218LA 1JV7A 1C64A 1C6HA 4FPDA 5G2AA 2RBRA 1L23A 1PQMA 3SBBC 4YXCA 1LLHA 1QTCA 1JTMA 2RAZX 1XEPA 4ARQB 1QTBA 1L42A 1F50A 1BRDA 1TN0A 181LA 231LA 2LCBA 2LZMA 1L84A 1L40A 234LA 4JR8A 140LA 1C6QA 229LA 1R84A 2B7XA 5G36A 1L22A 1QUOA 195LA 3PDSA 3G3WA 137LA 1PXSA 247LA 3G3XA 253LA 1L09A 1I6SA 4UG2A 4IARA 152LA 1L29A 1T97A 1P8HA 5AX0A 2B73A 2NTUA 146LA 2HUMA 3HH4A 3QJTB 3FA0A 1QUHA 1L0KA 4JQ6A 1L48A 5G28A 1L81A 2KSBA 1L68A 1L28A 220LA 245LA 2J4YA 3EH4B 5JJJA 5ITEA 4I7RA 1L11A 3KJ6A 171LA 4XTLA 2JAGA 258LA 1B6IA 4XTOA 172LA 1S51A 1P46A 3QDCA 5G54A 1ZURA 2RBOA 3S8FB 2ANXA 108LA 1L51A 221LA 1L88A 5AZDA 107LA 1P6YA 1C69A 3DN0A 3HUAA 5ETZA 113LA 2F47A 235LA 2QB0B 1CU3A 1CWQA 1X0K1 3QAPA 1L99A 3DMVA 1DYFA 3C7YA 1L90A 1M0MA 1QHJA 3P0GA 4N6HA 3SB6A 2YCWA 3DDLA 1T6HA 2OE7X 2B6WA 1GUEA 3C80A 1VGOA 2Y04A 3DN4A 4MD1A 248LA 1BRXA 1CV6A 3QJQB 141LA 2KS9A 1L87A 3ABWA 2Z73A 1L73A 2OE4X 3EH5B 2OTZX 2ZFEA 3C9LA 1S8LA 1L31A 1ZWNA 4OO9A 210LA 3UONA 1GZMA 209LA 2ANVA 5G2DA 2RH1A 3HTGA 5AWZA 1C6FA 144LA 3L2XA 222LA 4N4WA 1L67A 4QRYA 4A4MA 161LA 2YDVA 4FBZA 4ZPUA 2F93A 1QSQA 206LA 1L30A 1DYDA 151LA 128LA 1L94A 1KG8A 1CU2A 1M0LA 3REYA 1L62A 4EIYA 4EKQA 1KW5A 4G7QB 1KS3A 2F2QA 1G0MA 3C82A 3QBLA 1KNIA 259LA 177LA 3CDVA 2RB0X 112LA 115LA 3NYAA 1IXFA 3VW7A 2OU8A 1TN5A 236LA 2CUUA 4YXAC 4TL3A 1G0GA 1L92A 3V2YA 2Y01A 1L35A 2BRDA 1C6LA 2RBPA 3GUOA 4BVNA 5BR2A 1QT8A 3DKEX 3HAOA 3DN2A 1C60A 110LA 2LNLA 4EXMA 1C62A 262LA 1H2SA 3HTDA 5B6WA 3HUKA 4DJHA 2A4TA 1L96A 131LA 3OE6A 145LA 2QPEB 1L27A 1P7SA 1L47A 1T8AA 4LDEA 1CUQA 4AQNA 1LYFA 5B35A 139LA 5F8UA 5EN0A 5LWEA 2NTHA 3OE9A 5H2PA 4BV0A 1L46A 4XTNA 4W58A 5J7AA 3DNAA 1DYCA 1R2NA 1LPYA 1C68A 1D3FA 1PQDA 1CU0A 244LA 4X32A 1JTNA 1L69A 1WTHA 1QUDA 4BWBA 1HZXA 1PQIA 1L20A 1L16A 1LYHA 1QT4A 4I7MA 2JAFA 2LC9A 1L77A 3DN1A 2Q9DA 4S0WA 3VHZA 3D4SA 3C8QA 4BEZA 188LA 2Y03A 187LA 4DKLA 1CV3A 5H2IA 1L32A 3UZCA 1QT6A 2M3GA 2B75A 3HH5A 3C8SA 3HT6A 1NHBA 1QUGA 1L91A 1E12A 4IB4A 4FA7B 1L18A 1QTVA 2OEAX 1GU8A 1C6JA 3DN6A 1Q5IA 4E97A 2NTWA 1P3NA 200LA 4ARPA 3HDFA 175LA 3SB9A 2YCYA 2QARC 3VGAA 2Y02A 3S8GB 158LA 3QJSB 5JJEA 2I20A 197LA 1QSBA 3OAXA 3QBKA 129LA 1P8UA 1DYBA 1L97A 3NY8A 5H2KA 2F32A 3COCA 192LA 2RB1X 252LA 5G53A 1C63A 2L6XA 5B2NA 5DYSA 2OTYX 5ITCA 4PK0A 4MQTA 149LA 1P36A 1L65A 3HH3A 1L02A 4QI1A 1EPYA 4ARMA 217LA 224LA 3SB8A 127LA 1SSWA 3AM6A 5KKHA 2OU0X 2EI4A 174LA 205LA 3HUQA 1L25A 2RB2X 2O79A 242LA 246LA 1CX7A 4W52A 3UTXA 1P64A 1JGJA 3X3CA 1L0MA 4NC3A 3EMLA 1L61A 3WQJA 4OV0A 2B6ZA 201LA 1L53A 5DHGA 1LYIA 1L85A 184LA 1IW6A 1LGXA 4WW3A 4BUOA 4MBSA 120LA 3V2WA 3QJRB 2X72A 3DMXA 1L60A 3NS0A 2R4RA 162LA 150LA 1D2YA 1L24A 1OWYA 1D9WA 261LA 1C6EA 2HPYA 239LA 6LZMA 1F88A 1L06A 5G2CA 1QT5A 4GRVA 1C6NA 241LA 2Q9EA 232LA 3K2RA 1CVKA 4LZMA 1L0JA 1LWGA 1C3WA 3MBVA 3RFMA 1G1WA 1D2WA 3SBAA 4XXJA 182LA 1L57A 1KW7A 3FADA 122LA 1L83A 1G07A 5H2OA 2G87A 3F8VA 1C6TA 3GUPA 4G7RB 160LA 2F95A 2RAYX 114LA 3GULA 3OE0A 4I7PA 4XT3A 3GUNA 1C6KA 2RBQA 1QTZA 1LI3A 1L33A 3HTFA 4W53A 3HT8A 3VG9A 1LYGA 3A7KA 1L93A 3X3BA 2Y00A 4KNFA 1F4ZA 226LA 1BRRA 3QBGA 2HULA 3QBIA 1PQJA 1L41A 4HYJA 5A45A 3GUMA 4FAAB 3LZMA 4G70B 3EH3B 3CDOA 1S52A 2I35A 2O4WA 1L10A 1C8RA 5FJGA 3HT9A 3RUNA 1JQUA 199LA 1E0PA 1CX6A 4YX7C 2I21A 1L98A 169LA 1AT9A 3C8RA 3PWHA 111LA 3UTWA 3UZAA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1NBZC 1L12A 214LA 1XEIA 4MQSA 249LA 1GB8A 2MEIA 4HJZA 4BADA 3W6DA 1XJIA 4DD2A 4W59A 4FDYA 1CV0A 5C6IA 2G4PA 1L34A 1G7LC 4I7JA 5IHGA 2F4AA 1GEZA 4ARMB 1L59A 1B7OA 3VVKA 3WPLA 5A8EA 3UTVA 1C43A 1QTDA 3PBLA 2AT9A 3UG9A 1LI2A 2XQOA 1LJEA 1JIYA 4NY5A 4N5RA 1DZEA 1EHKB 4UHRA 3P68A 4H8ZA 3S3DB 257LA 1L07A 3HWLA 1OUIA 2Z2FA 2AUBA 2YBMA 1LGWA 5KXWA 1WVVA 164LA 4H9CA 4PJZA 2Z37A 4OWBA 4NWHA 1YL0X 3HU9A 1LWKA 1SSYA 1X0SA 2ZQ4A 1QUTA 1C6GA 1C6AA 1EQEA 2B74A 4CHXA 2BQNA 1JHLA 5B07A 4ETAA 167LA 1L56A 2YBNA 4EKSA 4H93A 1L43A 4WM3A 1C6PA 4D9ZA 180LA 2OU9A 2XBRA 1BVXA 4R0FA 216LA 3CDTA 4NGIA 233LA 3A6BY 1IWYA 1UBZA 1BQLY 4LDLA 1LJHA 1LJGA 1UUZC 1LZNA 5LIOA 3ZPQA 243LA 1YKZX 1PY6A 3S3BB 2H9JA 1GFKA 2LHMA 133LA 1RJCB 118LA 1HNLA 3LZTA 5KKIA 1HMKA 186LA 3WU8A 1AT5A 1CU6A 5JENB 1HELA 4W57A 1GWDA 2MEAA 1YQVY 4OW1A 4NGKA 1F0WA 196LA 2W1LA 4PJ2C 211LA 1L03A 227LA 4GBRB 155LA 4WLTA 5B34A 3CSRA 5H2MA 1QTHA 1B5YA 1WQPA 4G4BA 4PXKA 4G9SA 1HMLA 4WAVA 215LA 3AW6A 4DDBA 1PS5A 1BHZA 2PEDA 1F10A 5AX1A 1OVJA 4H92A 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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