4DKLA

Crystal structure of the mu-opioid receptor bound to a morphinan antagonist
Total Genus 160
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
160
sequence length
442
structure length
442
Chain Sequence
MVTAITIMALYSIVCVVGLFGNFLVMYVIVRYTKMKTATNIYIFNLALADALATSTLPFQSVNYLMGTWPFGNILCKIVISIDYYNMFTSIFTLCTMSVDRYIAVCHPVKALDFRTPRNAKIVNVCNWILSSAIGLPVMFMATTKYRQGSIDCTLTFSHPTWYWENLLKICVFIFAFIMPVLIITVCYGLMILRLKSVRNIFEMLRIDEGLRLKIYKNTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYEKDRNLRRITRMVLVVVAVFIVCWTPIHIYVIIKALITIPETTFQTVSWHFCIALGYTNSCLNPVLYAFLDENFKRCFREFCI
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Signaling protein/antagonist
source organism Mus musculus
publication title Crystal structure of the {mu}-opioid receptor bound to a morphinan antagonist.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Mu-type opioid receptor, lysozyme chimera
total genus 160
structure length 442
sequence length 442
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2012-02-03

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
A PF00001 7tm_1 7 transmembrane receptor (rhodopsin family)
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 4dklA02
1.20.1070.10 Mainly Alpha Up-down Bundle Rhopdopsin 7-helix transmembrane proteins Rhopdopsin 7-helix transmembrane proteins 4dklA01
4BEZA 3DKEX 1XEPA 3FADA 158LA 3UZCA 199LA 1C6PA 1L23A 3HH6A 1L09A 248LA 1LI3A 2CUUA 4XT3A 174LA 1L79A 3AYNA 1L65A 119LA 1XJTA 3HDEA 2YCXA 4UHRA 4MD1A 4BWBA 1L50A 3BVDB 163LA 4I7SA 3VI0A 4L35A 2F32A 2F93A 1QT3A 1LN6A 1OVKA 4G7SB 1C65A 1L85A 1KW5A 2YDVA 259LA 1CWQA 162LA 2Y03A 3KJ6A 3PQRA 1LYJA 1T6HA 3SB5A 1QT8A 1L01A 4GRVA 4G7QB 1QM8A 2RB2X 1D3FA 2Z6BA 200LA 5B6VA 4KNFA 137LA 3RUNA 1C6QA 3F9LA 1GUEA 1TN5A 1TLAA 1JQUA 1ZYTA 3DN8A 4EKRA 4I7PA 1C63A 4LDOA 2WJLA 2ZFEA 3D4SA 2RH1A 2QPEB 1G0LA 1L06A 4EKQA 4I7LA 4EXMA 3C9MA 1OYUA 4TL3A 1IXFA 2I20A 5BR2A 1L89A 4X31A 1DYDA 4EKSA 253LA 3X3BA 1D3JA 2R4RA 1K28A 1L02A 3HAPA 5AX1A 4UG2A 171LA 1L30A 2WJKA 1C66A 4G7RB 206LA 3G3XA 1CX6A 3QJTB 1GU8A 1P56A 235LA 4IAQA 5JJJA 1L74A 2OE7X 1C8SA 1M0KA 1CU5A 1CU3A 155LA 5H2PA 1LYHA 5EN0A 3RFMA 3QAPA 2RB0X 1KMEA 4AMIA 3S3DB 242LA 1L9HA 1L98A 4NC3A 1G0QA 1AT9A 2B6TA 2RB1X 4FAAB 4DJHA 1L81A 111LA 1L25A 1LLHA 1L28A 226LA 1L40A 3L2XA 3C83A 1PQOA 215LA 4XTNA 1P2RA 2Y04A 2O79A 3OAXA 1L61A 1LYIA 249LA 2OE4X 3HDFA 2RBSA 1G0PA 1XJIA 5G54A 3UONA 3QBGA 1L47A 3DN3A 3CDRA 3SB8A 1L63A 1LGWA 3F8VA 3RZEA 1CV1A 4I7QA 250LA 2OTYX 1QHJA 1L72A 183LA 217LA 214LA 185LA 4G72B 1BRDA 1C3WA 1F50A 1CV6A 1XJUA 5KKHA 5B35A 2B6ZA 3SN6R 1L32A 1LGXA 254LA 261LA 1C6IA 2EI4A 2Y00A 1L71A 1L22A 3UTWA 1L52A 2IGCA 109LA 3QJRB 1L44A 5F8UA 1LYFA 2NTGA 1TN0A 1X0I1 3MBVA 1L17A 1P46A 1L64A 1P6YA 1JFPA 4HYXA 238LA 4I7MA 1OVJA 188LA 3SB7A 1HZXA 1L0KA 1FBKA 1IW6A 4LDLA 2HUKA 5C1MA 201LA 1VJMA 3HUQA 1S53A 5B6WA 5J7AA 1DZEA 1L16A 5JJEA 1P7SA 3CDQA 3DN1A 1CVKA 4DAJA 3OE8A 2B75A 1L92A 182LA 1L56A 1LYDA 1L55A 1L35A 2B74A 3C7YA 4FA7B 3HT8A 1L48A 2HUMA 3FA0A 3QJUB 1T97A 3SB9A 3VW7A 1L59A 1SWZA 5A45A 3ZEVA 1UCQA 1DYCA 3QDCA 1CU0A 3AM6A 4LZMA 5ITEA 140LA 3C8RA 130LA 3DMVA 1SSYA 1C6AA 3C8QA 4GBRA 3PDSA 3VGAA 1L0JA 5B6YA 1LWGA 4W54A 3QBLA 1QKOA 1CUQA 1KGBA 3UTYA 1C6BA 1L69A 4GPOA 1DYFA 4KLYA 2A4TA 1QTBA 180LA 241LA 2F2QA 1R84A 216LA 4AQNA 1PY6A 3HH4A 5G28A 118LA 1G0KA 1L0MA 5H2MA 5A8EA 1D3NA 3C7WA 1C6NA 1QTHA 3PWHA 4GP4B 1L13A 4QRYA 4ARMA 1L36A 3QAKA 2F95A 1QTCA 113LA 4N4WA 2ZZLA 3NY8A 252LA 3A7KA 1L11A 1ZWNA 3HTFA 5ITCA 1P5CA 3GUOA 2OU9A 1PQIA 1L57A 2R4SA 5AZDA 1P3NA 4PJZA 4S0WA 251LA 191LA 2B70A 4HWLA 4BEYA 245LA 5JJNA 1M0MA 1QT4A 2OTZX 4ARLA 4X32A 4QIDA 1KY1A 2KS9A 4XTOA 3CODA 1QSQA 4J4QA 166LA 1C6GA 181LA 1CTWA 1L68A 126LA 1CV5A 228LA 3NS0A 1L31A 3T45A 4BVNA 1E12A 4G70B 3NY9A 4W58A 1L91A 102LA 150LA 1P8IA 4EKPA 1KG9A 3UTVA 3DMXA 5I14A 2B73A 1P8UA 246LA 104LA 2O4WA 2JAGA 156LA 1KW7A 1L33A 146LA 1VGOA 1C64A 1G0MA 3CAPA 1F88A 3COCA 4W57A 1LYGA 2L78A 3DNAA 4N6HA 175LA 4YXCA 1D3MA 1QS5A 5B6ZA 1L12A 4I7KA 2HULA 128LA 4XTLA 5AHYA 4MQTA 1D2YA 5LZMA 237LA 4N4YB 1L82A 4PXFA 4BUOA 1L42A 1L18A 3LZMA 1L24A 1L77A 1L51A 1D9WA 1PQKA 2O7AA 3UG9A 2NTHA 1OV7A 5BR5A 2X72A 4AMJA 1L75A 3C80A 1EPYA 1L03A 3HH3A 3AYMA 258LA 1DYGA 4WAVA 5DHHA 3V2YA 1C8RA 2VT4A 1L76A 123LA 1L97A 120LA 1G1WA 148LE 221LA 5DHGA 3HAOA 1C6HA 1QT5A 3OE0A 4G71B 5AHZA 3GUIA 1C62A 143LA 1KG8A 3V2WA 1C6FA 197LA 2B6XA 178LA 2NTWA 4DKLA 3REYA 165LA 1L39A 1L49A 1CV4A 2OU8A 3EH3B 170LA 1G1VA 1L15A 4YX7C 2RBOA 3SB6A 1LI2A 2NTUA 1CV3A 2Z55A 3HUKA 3S3CB 1S8LA 1WTHA 3CDOA 1L58A 1L93A 1L07A 1JTNA 2OE9X 1S51A 1S54A 1C6DA 115LA 1L08A 3JR6A 172LA 1G0JA 4Y9HA 3WQJA 1O0AA 4PXKA 4X1HA 152LA 3CDVA 2LNLA 4W56A 5G2CA 3K2RA 1CV0A 3DDLA 218LA 4GP8B 2PEDA 1LWKA 1L84A 1G06A 1X0K1 1H68A 4E97A 1PXRA 4W59A 4ARQB 1L14A 4MQSA 3S3BB 1P2LA 4QI1A 110LA 4I7JA 4WW3A 236LA 167LA 3ABWA 3OE6A 2YCZA 1PQDA 1QKPA 4L6RA 2B6YA 3HUAA 1BRXA 1L66A 1L88A 103LA 1S8JA 2L6XA 147LA 2RBNA 1P64A 2JAFA 2RBRA 145LA 1L27A 3QJVB 225LA 2F47A 2J4YA 1BRRA 3VHZA 1LYEA 1OWYA 220LA 3C81A 234LA 1XIOA 3GUNA 3EH5B 5A44A 3S8FB 1D2WA 262LA 3ODUA 5G53A 173LA 1OWZA 1U19A 3SBBC 1IW9A 1L38A 2B7XA 1M0LA 151LA 1C6EA 4IB4A 4EPFA 3CDTA 5G2AA 192LA 3FI5A 1L60A 5B34A 4BV0A 1L43A 3QBKA 3GUJA 1C6KA 1I6SA 4MBSA 1PQJA 4K5YA 1F4ZA 4XXJA 2KSBA 157LA 260LA 1L45A 3QBIA 2LZMA 4EA3A 3DN0A 4I7NA 4W51A 5H2JA 141LA 1NHBA 3EH4B 205LA 3HTBA 5H2LA 255LA 1L19A 3X3CA 1L67A 1L99A 1T8AA 1EHKB 1ZURA 4EPIA 1LPYA 213LA 2KSYA 7LZMA 219LA 2OEAX 3ZPQA 3NSBA 1C6LA 187LA 3L64A 1CUPA 3ZPRA 5H2IA 129LA 5AX0A 1C6TA 1L00A 3QJSB 244LA 3HANA 5FJGA 1B6IA 138LA 2M3GA 3G3VA 3OE9A 5H2HA 231LA 4EJ4A 2RBPA 5G2DA 1KS3A 5ETZA 1QT6A 2LCBA 2RAZX 186LA 229LA 114LA 195LA 4ZPUA 177LA 3DQBA 2OU0X 3NYAA 3HASA 243LA 198LA 164LA 3UZAA 1L94A 1C6CA 1LW9A 169LA 1BM1A 2Q9EA 1UAZA 1C6JA 139LA 112LA 1L53A 1XMEB 1QTDA 4EIYA 230LA 1SWYA 1L05A 1KY0A 3DN4A 1SSWA 3DMZA 1C6MA 2RAYX 1LI6A 210LA 1L37A 4W55A 1GZMA 227LA 2KSAA 1KNIA 3VG9A 161LA 5H2NA 2I35A 1FBBA 1L34A 159LA 1QUOA 4OV0A 3C8SA 5G36A 4A4MA 4ARPA 1C68A 1Q5IA 1JV7A 4I7RA 196LA 247LA 144LA 1QS9A 1CU6A 1C69A 1SX2A 209LA 1S52A 3HT6A 232LA 2Z73A 5LWEA 3HTGA 1L29A 127LA 4I7OA 5DYSA 5AWZA 2RBQA 4IARA 2YDOA 2ZIYA 3PBLA 2Q9DA 4ARJA 1AP9A 1P8HA 3HARA 3HT9A 4OO9A 1JV6A 5B0WA 1R2NA 4JKVA 1L62A 1P36A 1T8FA 1L73A 4MD2A 1P37A 2I21A 122LA 233LA 3GULA 223LA 212LA 4LDEA 224LA 4XT1A 6LZMA 3HU9A 4PK0A 2YCYA 3QJQB 2ANVA 3GUMA 3S8GB 125LA 5B2NA 1Q5JA 108LA 3GUKA 240LA 149LA 3P0GA 1QUGA 107LA 1L86A 1SX7A 3C9LA 5B6XA 1X0SA 4FBZA 5TGZA 1JTMA 5H2OA 131LA 2Y02A 1QTVA 3C82A 1C61A 2BRDA 3GUPA 1C60A 1L10A 1L41A 1L90A 1JGJA 176LA 1PXSA 1OV5A 3SBAA 4GYCA 1G07A 3DN2A 1L96A 1L04A 1OVHA 257LA 4I7TA 2Y01A 190LA 4JR8A 3C7ZA 2YCWA 1DYAA 1L54A 4FPDA 211LA 1L26A 1L21A 1L95A 239LA 3PXOA 4HYJA 5H2KA 1QUHA 3HAQA 1MGYA 2HPYA 1LGUA 222LA 2ANXA 3EMLA 3VVKA 2LC9A 142LA 1DYBA 1QT7A 3HT7A 3G3WA 1C67A 1L70A 3HTDA 2QARC 4ARQA 3HU8A 1CU2A 4GBRB 4YXAC 4W53A 168LA 1L20A 4GP5B 160LA 1E0PA 2I1XA 1QUDA 2QPDB 3DN6A 1G0GA 3UTXA 1L87A 3HH5A 4JQ6A 1CX7A 4IAPA 1QSBA 256LA 1QTZA 2B72A 2QB0B 1L80A 1L46A 1DYEA 4W52A 2G87A 1H2SA 1T8GA 189LA 1PQMA 184LA 2B6WA 4ARMB 3HWLA 1L83A 2AT9A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2FBBA 199LA 5HNCA 2CUUA 4XT3A 1L79A 3AYNA 5KXTA 1L65A 1LSPA 4NGOA 2YCXA 1XGPC 2PC2A 4L35A 1XEJA 1OVKA 1C65A 1ZV5L 3TXBA 2D6BA 1CJ8A 1G7IC 1CWQA 4B4JA 5AMYA 1LYJA 1QT8A 1LZ9A 1L01A 4GRVA 1LSAA 4G4BA 1D3FA 5LIOA 200LA 3LYOA 1LMQA 3RUNA 5KXNA 1C6QA 3F9LA 5LINA 1TLAA 4EKRA 3LZ2A 1C63A 5F9UA 1C10A 4H92A 1OYUA 2DQDY 1LZDA 1IXFA 5BR2A 1L89A 4OWCA 4X31A 1DYDA 4EKSA 1FKVA 253LA 3X3BA 3WL2A 2R4RA 1L30A 1LOZA 4H9AA 1B7PA 193LA 235LA 3A3RX 1C8SA 1M0KA 1INUA 2DKVA 2DQEY 2B6TA 1L40A 5DN5A 1T3PA 1P2RA 5J7CA 3OAXA 1FBIX 1G0PA 1AM7A 1LJJA 3AB6A 3UONA 3CDRA 1HEWA 2F2NA 2OTYX 4RLMA 1L72A 183LA 217LA 4XJGA 1C46A 1C3WA 4P2EA 5B35A 3SN6R 2MEFA 4PRUA 2N5ZA 3D3DA 1LGXA 1HEPA 254LA 5D5FA 3TXDA 1L22A 4HJYA 1L52A 5F81A 1P46A 1VDPA 1HZXA 6LYTA 133LA 1T6VL 5HNLA 1CKDA 3LYTA 1VJMA 3HUQA 5LVJA 1DZEA 1P7SA 3DN1A 1D6QA 3OE8A 1L35A 3HT8A 5I4YA 1L48A 3SB9A 1UCQA 3WXUA 3BKVA 1V7SA 5ITEA 1SSYA 5L9JA 3VGAA 5B6YA 4W54A 1QKOA 1L69A 4GPOA 1DYFA 1LHKA 208LA 2F2QA 5F14A 1R84A 1J1OY 1D0KA 1GF8A 4QRYA 1JSFA 2LHMA 3QAKA 4ARMA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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 4WW3 A;  236L A;  167L A;  3ABW A;  3OE6 A;  2YCZ A;  1PQD A;  1QKP A;  4L6R A;  2B6Y A;  3HUA A;  1BRX A;  1L66 A;  1L88 A;  103L A;  1S8J A;  2L6X A;  147L A;  2RBN A;  1P64 A;  2JAF A;  2RBR A;  145L A;  1L27 A;  3QJV B;  225L A;  2F47 A;  2J4Y A;  1BRR A;  3VHZ A;  1LYE A;  1OWY A;  220L A;  3C81 A;  234L A;  1XIO A;  3GUN A;  3EH5 B;  5A44 A;  3S8F B;  1D2W A;  262L A;  3ODU A;  5G53 A;  173L A;  1OWZ A;  1U19 A;  3SBB C;  1IW9 A;  1L38 A;  2B7X A;  1M0L A;  151L A;  1C6E A;  4IB4 A;  4EPF A;  3CDT A;  5G2A A;  192L A;  3FI5 A;  1L60 A;  5B34 A;  4BV0 A;  1L43 A;  3QBK A;  3GUJ A;  1C6K A;  1I6S A;  4MBS A;  1PQJ A;  4K5Y A;  1F4Z A;  4XXJ A;  2KSB A;  157L A;  260L A;  1L45 A;  3QBI A;  2LZM A;  4EA3 A;  3DN0 A;  4I7N A;  4W51 A;  5H2J A;  141L A;  1NHB A;  3EH4 B;  205L A;  3HTB A;  5H2L A;  255L A;  1L19 A;  3X3C A;  1L67 A;  1L99 A;  1T8A A;  1EHK B;  1ZUR A;  4EPI A;  1LPY A;  213L A;  2KSY A;  7LZM A;  219L A;  2OEA X;  3ZPQ A;  3NSB A;  1C6L A;  187L A;  3L64 A;  1CUP A;  3ZPR A; 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 1AP9 A;  1P8H A;  3HAR A;  3HT9 A;  4OO9 A;  1JV6 A;  5B0W A;  1R2N A;  4JKV A;  1L62 A;  1P36 A;  1T8F A;  1L73 A;  4MD2 A;  1P37 A;  2I21 A;  122L A;  233L A;  3GUL A;  223L A;  212L A;  4LDE A;  224L A;  4XT1 A;  6LZM A;  3HU9 A;  4PK0 A;  2YCY A;  3QJQ B;  2ANV A;  3GUM A;  3S8G B;  125L A;  5B2N A;  1Q5J A;  108L A;  3GUK A;  240L A;  149L A;  3P0G A;  1QUG A;  107L A;  1L86 A;  1SX7 A;  3C9L A;  5B6X A;  1X0S A;  4FBZ A;  5TGZ A;  1JTM A;  5H2O A;  131L A;  2Y02 A;  1QTV A;  3C82 A;  1C61 A;  2BRD A;  3GUP A;  1C60 A;  1L10 A;  1L41 A;  1L90 A;  1JGJ A;  176L A;  1PXS A;  1OV5 A;  3SBA A;  4GYC A;  1G07 A;  3DN2 A;  1L96 A;  1L04 A;  1OVH A;  257L A;  4I7T A;  2Y01 A;  190L A;  4JR8 A;  3C7Z A;  2YCW A;  1DYA A;  1L54 A;  4FPD A;  211L A;  1L26 A;  1L21 A;  1L95 A;  239L A;  3PXO A;  4HYJ A;  5H2K A;  1QUH A;  3HAQ A;  1MGY A;  2HPY A;  1LGU A;  222L A;  2ANX A;  3EML A;  3VVK A;  2LC9 A;  142L A;  1DYB A;  1QT7 A;  3HT7 A;  3G3W A;  1C67 A;  1L70 A;  3HTD A;  2QAR C;  4ARQ A;  3HU8 A;  1CU2 A;  4GBR B;  4YXA C;  4W53 A;  168L A;  1L20 A;  4GP5 B;  160L A;  1E0P A;  2I1X A;  1QUD A;  2QPD B;  3DN6 A;  1G0G A;  3UTX A;  1L87 A;  3HH5 A;  4JQ6 A;  1CX7 A;  4IAP A;  1QSB A;  256L A;  1QTZ A;  2B72 A;  2QB0 B;  1L80 A;  1L46 A;  1DYE A;  4W52 A;  2G87 A;  1H2S A;  1T8G A;  189L A;  1PQM A;  184L A;  2B6W A;  4ARM B;  3HWL A;  1L83 A;  2AT9 A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
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