4DKL | Genus

Total Genus 160

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	160
sequence length	442
structure length	442
Chain Sequence	MVTAITIMALYSIVCVVGLFGNFLVMYVIVRYTKMKTATNIYIFNLALADALATSTLPFQSVNYLMGTWPFGNILCKIVISIDYYNMFTSIFTLCTMSVDRYIAVCHPVKALDFRTPRNAKIVNVCNWILSSAIGLPVMFMATTKYRQGSIDCTLTFSHPTWYWENLLKICVFIFAFIMPVLIITVCYGLMILRLKSVRNIFEMLRIDEGLRLKIYKNTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYEKDRNLRRITRMVLVVVAVFIVCWTPIHIYVIIKALITIPETTFQTVSWHFCIALGYTNSCLNPVLYAFLDENFKRCFREFCI

Loading diagram...

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__002327622215103__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__002327622215103__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/4DKL/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__002327622215103__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"002327622215103","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/4DKL/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__002327622215103__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

Viewer cachePut cache://localLOAD_/file/5d03ae4554a80bf26d36aeea/pdb.gz

Viewer cachePut https://genus.fuw.edu.pl/file/5d03ae4554a80bf26d36aeea/pdb.gz

FileManager.getAtomSetCollectionFromFile(/file/5d03ae4554a80bf26d36aeea/pdb.gz)

loadScript /static/js/j2s/core/corezip.z.js

The Resolver thinks Pdb

loadScript /static/js/j2s/core/corebio.z.js

Time for openFile(/file/5d03ae4554a80bf26d36aeea/pdb.gz): 100 ms

reading 442 atoms

ModelSet: haveSymmetry:false haveUnitcells:false haveFractionalCoord:false

1 model in this collection. Use getProperty "modelInfo" or getProperty "auxiliaryInfo" to inspect them.

Default Van der Waals type for model set to Jmol

442 atoms created

ModelSet: autobonding; use autobond=false to not generate bonds automatically

Time for creating model: 32 ms

Adding embedded #jmolscript: select ({0:441});backbone only;select *;

platformSpeed = 8

cartoonsFancy = true

sheetSmoothing = 1.0

traceAlpha = true

loadScript /static/js/j2s/core/corescriptcmd.z.js

specularPower = 9

ambientPercent = 20

antialiasDisplay = true

Script completed

Jmol script terminated

loadScript /static/js/j2s/J/g3d/HermiteRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/renderbio/BioMeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/render/MeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/shape/Mesh.js

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Signaling protein/antagonist
source organism	Mus musculus
publication title	Crystal structure of the {mu}-opioid receptor bound to a morphinan antagonist. pubmed doi rcsb
molecule keywords	Mu-type opioid receptor, lysozyme chimera
total genus	160
structure length	442
sequence length	442
ec nomenclature	ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date	2012-02-03

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00959	Phage_lysozyme	Phage lysozyme
A	PF00001	7tm_1	7 transmembrane receptor (rhodopsin family)

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
1.10.530.40	Mainly Alpha	Orthogonal Bundle	Lysozyme	Lysozyme	4dklA02
1.20.1070.10	Mainly Alpha	Up-down Bundle	Rhopdopsin 7-helix transmembrane proteins	Rhopdopsin 7-helix transmembrane proteins	4dklA01

3RZEA 3SB8A 2KSAA 4QI1A 235LA 1C69A 1L69A 247LA 4ARMB 1KG9A 5A45A 4PJZA 1L10A 1L08A 1OV5A 256LA 3UTYA 238LA 184LA 1L74A 211LA 3HDEA 234LA 1P8UA 220LA 2NTGA 254LA 1L46A 1C63A 3HWLA 169LA 3UTVA 1XEPA 3ZPRA 242LA 4I7LA 1R84A 5B6XA 1L61A 3ODUA 2B7XA 1XJTA 1L0JA 4JR8A 1C6FA 1L93A 1P8HA 3HANA 1QT3A 3C81A 3QBKA 3QJRB 4N4WA 1L63A 261LA 1L33A 2M3GA 5A8EA 3SB6A 1L64A 1L37A 212LA 2NTUA 2B6XA 4PK0A 258LA 5B35A 1LYFA 2YCXA 1L09A 3QJVB 210LA 4ARJA 1G0JA 3VVKA 1S51A 162LA 5AZDA 3QJQB 2HULA 182LA 1P46A 1KW5A 3CDRA 2I21A 1P2LA 1L0MA 5KKHA 4BVNA 1UAZA 5H2LA 2B6WA 1D9WA 1L98A 1QKPA 2OTYX 3HDFA 1P2RA 3DN1A 1JV7A 1TN5A 5B0WA 1C61A 1DYGA 3KJ6A 3DN2A 4Y9HA 5AX0A 120LA 1L02A 225LA 1C60A 3C9MA 1CU3A 1C64A 1C6MA 3OE6A 1S8JA 5BR5A 3DN0A 1L11A 3FI5A 3HT9A 3NY9A 1IXFA 3UTXA 1L00A 5B6YA 1L55A 239LA 1L85A 5J7AA 1G1WA 1L97A 2EI4A 4X31A 1G06A 1XJUA 3DDLA 4I7OA 171LA 4GPOA 1L51A 1C6CA 2VT4A 1C6HA 1X0SA 2Y00A 3ABWA 3HU8A 3NY8A 2YDVA 1D3FA 1DYEA 251LA 4L6RA 1QSQA 3HH3A 3G3VA 5H2OA 2QPEB 1G07A 5I14A 1G0PA 1JGJA 157LA 3HUKA 1L29A 1LYDA 4EPFA 3EH4B 125LA 3C8RA 152LA 252LA 145LA 4EKRA 3G3XA 3HAPA 3SBAA 4G7SB 1I6SA 3L2XA 1L77A 4BUOA 186LA 151LA 1L48A 1H68A 1LPYA 1CVKA 3OE0A 1P3NA 3QAPA 4GRVA 5H2JA 3EH5B 5JJJA 1D2YA 1Q5IA 167LA 4QRYA 174LA 240LA 3NYAA 2ANXA 2Y01A 3HH5A 2HUKA 3S3CB 3HT7A 1QS9A 138LA 3CDVA 2B74A 4N4YB 216LA 139LA 5ETZA 1G1VA 3NS0A 215LA 1L06A 5B6ZA 2I35A 3DN3A 5ITEA 1M0LA 1T97A 1L42A 4ARLA 1L32A 3HAQA 118LA 166LA 1C67A 3C8SA 1L35A 246LA 4X1HA 1S53A 144LA 2G87A 2NTWA 3RFMA 4I7TA 4EKQA 1OVHA 4E97A 1L44A 232LA 2Z6BA 1L36A 141LA 1C6EA 1G0KA 1CV0A 1LWKA 3CDOA 1QTBA 3C82A 1C8SA 3UTWA 1JTNA 1QTDA 224LA 4AQNA 104LA 1L99A 4BEZA 2L78A 4GYCA 4QIDA 2I1XA 127LA 1OYUA 1E0PA 1VGOA 178LA 1XMEB 1VJMA 248LA 5B34A 4XXJA 1L81A 4LDOA 1IW6A 2KSYA 3QJTB 1PQKA 1C6LA 150LA 1D3NA 206LA 2OU0X 4J4QA 1CV6A 2YCWA 1XIOA 4GBRA 3CDTA 1HZXA 1BRRA 3X3CA 175LA 1F88A 3SB5A 1S52A 1L9HA 3DMZA 5H2NA 3REYA 1ZURA 156LA 4XTLA 4XT3A 3SBBC 3T45A 1L58A 230LA 1KMEA 3LZMA 2OE9X 1KS3A 1L76A 1L43A 4LDLA 1L15A 3AM6A 3F8VA 1D3JA 1L25A 187LA 4KLYA 3V2WA 3P0GA 2RAZX 1T8FA 2HUMA 1X0K1 1DZEA 1PQDA 2YCZA 3VHZA 2F95A 2J4YA 181LA 1L87A 3HT6A 228LA 2Y04A 1CV3A 3HUAA 5EN0A 1CX7A 109LA 3HTBA 243LA 1CU2A 3DKEX 1L54A 4FPDA 2B72A 1OVKA 3UG9A 5AHYA 1QSBA 4FAAB 1C6AA 4I7QA 3GUJA 2B6ZA 4DKLA 176LA 3L64A 111LA 3K2RA 4I7PA 2RB0X 1JV6A 146LA 170LA 1L79A 2RBOA 3HASA 4GP4B 4EKSA 119LA 4AMJA 1L52A 3QDCA 3X3BA 1L84A 1T8GA 1JQUA 214LA 1AP9A 1L22A 3F9LA 1H2SA 130LA 4MD2A 3GULA 217LA 115LA 3VGAA 1L14A 259LA 3NSBA 2I20A 1L31A 262LA 1C66A 2B6YA 3HTDA 1T8AA 2F93A 1D3MA 3PDSA 1BRDA 158LA 1L89A 5FJGA 2B6TA 1L27A 1OWYA 180LA 3DNAA 3UONA 1QT7A 1E12A 1LI3A 2CUUA 2RBNA 1L80A 1TN0A 4PXKA 102LA 1CV1A 4XTNA 1DYDA 189LA 1L0KA 1CU6A 128LA 1L53A 241LA 1L13A 218LA 1OWZA 3C7YA 2Y02A 3WQJA 1SWYA 1FBKA 1L68A 7LZMA 5ITCA 1LGUA 3DQBA 213LA 2OEAX 3OE8A 3EH3B 4DJHA 4L35A 1QUDA 4G7RB 4XTOA 4KNFA 4FA7B 1QT5A 3QAKA 1LYHA 1DYBA 1L50A 3V2YA 4EJ4A 1L92A 2X72A 2KS9A 3QBGA 1CV4A 148LE 4YXCA 3GUPA 2Z73A 1F50A 4ZPUA 1BRXA 147LA 4K5YA 3DN6A 3G3WA 1LYEA 4I7MA 3PQRA 1C62A 2R4RA 173LA 1K28A 4NC3A 1KNIA 2RBSA 1SX2A 1L67A 1QTCA 4GBRB 122LA 5AHZA 1DYFA 255LA 1KGBA 5B6WA 2O79A 3S8FB 4WAVA 4FBZA 5H2IA 2WJLA 1L91A 1P7SA 1MGYA 4JKVA 4IARA 1L70A 1L17A 3PWHA 2JAGA 1L65A 244LA 1LI2A 2QARC 3RUNA 1CUPA 4BWBA 2Y03A 4W57A 4GP8B 4LDEA 3HAOA 1OV7A 205LA 1QUHA 3BVDB 1L20A 197LA 2B75A 4W55A 1SSWA 3CDQA 4OO9A 201LA 2RBQA 1PQMA 4I7NA 1L40A 1PXRA 4WW3A 4EIYA 188LA 1C68A 3COCA 1KY0A 3CAPA 4BV0A 1L75A 4YX7C 3DN8A 1C6NA 110LA 1L47A 2O7AA 1PQJA 4N6HA 5G54A 4ARQB 3S8GB 103LA 3GUKA 1L18A 2YCYA 4HYJA 4W54A 4JQ6A 1GU8A 209LA 1L66A 1C6DA 3S3DB 5LZMA 2ANVA 1UCQA 1C6JA 2B70A 2OE7X 2F2QA 1C6IA 177LA 1P64A 1L24A 1L12A 1L49A 1OVJA 1PQOA 257LA 5G2DA 2JAFA 1C6KA 3VI0A 1T6HA 5LWEA 2BRDA 3PXOA 1L16A 1CX6A 4W52A 1L60A 159LA 1L71A 1CV5A 1C6PA 1LGXA 143LA 1BM1A 4AMIA 1LYGA 1C6BA 1L21A 3C83A 1S8LA 4A4MA 1CWQA 1C6GA 2RB1X 192LA 3HUQA 123LA 1QTZA 4EKPA 1PXSA 1D2WA 165LA 1CUQA 2B73A 5G2CA 1CU0A 1L28A 4I7KA 1L82A 1L04A 1P56A 3FADA 3OE9A 190LA 4BEYA 2Q9EA 185LA 3QBLA 253LA 2PEDA 3HARA 4ARQA 3QJSB 1M0MA 3HTFA 108LA 1QTVA 3AYNA 4UHRA 237LA 3PBLA 168LA 1L05A 1F4ZA 2WJKA 1L45A 1L59A 1QT6A 1P5CA 1QS5A 1LI6A 200LA 3D4SA 3FA0A 3GUIA 5G53A 1L07A 1QKOA 1L73A 1P37A 1C3WA 245LA 3UZAA 1QT8A 2F47A 4HYXA 140LA 4ARPA 236LA 4W53A 3SB7A 2KSBA 3HH4A 5DYSA 1LLHA 250LA 4ARMA 1G0QA 1G0GA 4LZMA 2AT9A 3C80A 229LA 1L86A 2OU8A 3HT8A 1G0MA 1LWGA 221LA 2ZFEA 114LA 5H2HA 3UZCA 1L90A 1LW9A 4EPIA 1QM8A 3C9LA 3S3BB 2YDOA 223LA 1G0LA 1L19A 2OTZX 3QBIA 4X32A 1X0I1 164LA 1L41A 4MQSA 4S0WA 5H2KA 219LA 5DHGA 3EMLA 126LA 1L56A 2R4SA 1LGWA 161LA 5TGZA 4TL3A 2RAYX 227LA 1L23A 5H2PA 2O4WA 3HU9A 1QHJA 1L94A 2L6XA 5H2MA 1SSYA 226LA 1L01A 2A4TA 3HH6A 196LA 4EXMA 4I7RA 4IAPA 5AWZA 1WTHA 2RB2X 2QB0B 5G2AA 3SN6R 233LA 4UG2A 3JR6A 1C6QA 222LA 3CODA 4G70B 1KW7A 4I7SA 1EHKB 1GUEA 2RH1A 3DMXA 1SWZA 4MQTA 1R2NA 155LA 4XT1A 2Z55A 195LA 1LYJA 4G71B 1C6TA 2OE4X 3GUMA 1S54A 3ZEVA 131LA 191LA 1P36A 2ZIYA 129LA 1L03A 2LCBA 2OU9A 3AYMA 1EPYA 1QT4A 5JJEA 1QTHA 3VW7A 4W59A 172LA 3C8QA 3HTGA 3A7KA 5F8UA 142LA 149LA 249LA 1P8IA 4IAQA 4MBSA 1CTWA 4MD1A 3VG9A 4W58A 4PXFA 1JFPA 2F32A 3QJUB 1KY1A 3ZPQA 1XJIA 1L26A 1O0AA 5DHHA 3GUNA 5G28A 3C7ZA 199LA 1L62A 1LYIA 3SB9A 1L72A 1SX7A 5JJNA 3C7WA 1L30A 4W51A 1L88A 2QPDB 1PQIA 3DN4A 5AX1A 4DAJA 1L38A 2Q9DA 1U19A 4GP5B 4IB4A 1KG8A 2LC9A 4W56A 4HWLA 160LA 4EA3A 1DYCA 1L95A 260LA 1QUGA 1IW9A 1Q5JA 112LA 1L34A 1L57A 1ZWNA 2IGCA 1DYAA 1C65A 1FBBA 2LZMA 2NTHA 1LN6A 5G36A 1L96A 4YXAC 1L83A 1M0KA 3MBVA 3OAXA 183LA 3DMVA 1PY6A 2ZZLA 1JTMA 3GUOA 2RBRA 2LNLA 1L39A 198LA 1P6YA 1TLAA 4OV0A 5C1MA 231LA 6LZMA 163LA 2RBPA 1NHBA 5A44A 1B6IA 1AT9A 5BR2A 113LA 107LA 5B2NA 137LA 1CU5A 1QUOA 1C8RA 1ZYTA 2HPYA 4G7QB 4I7JA 4G72B 5B6VA 1GZMA
chains in the Genus database with same CATH superfamily

3RZEA 5KXRA 4QI1A 2VB1A 1L10A 1OV5A 4ET8A 238LA 1QIOA 3HDEA 1P8UA 1QTEA 4MSTA 2YBMA 2G4QA 3ZPRA 3ODUA 5FELA 1L0JA 4JR8A 3HANA 5K7OA 1L33A 3SB6A 258LA 1LSGA 1LYFA 1L09A 1Z55A 1LMOA 162LA 2W1XA 1GF5A 3OK0A 6LYTA 3QJQB 4OWCA 3OJPA 4WLXA 3CDRA 4H9FA 3B6LA 3CT1A 3RZ4A 5KKHA 3EXDA 3WPLA 3F6ZA 1RJCB 1P2RA 1JV7A 1TN5A 4PRQA 1L02A 1CU3A 5DN5A 1C6MA 1GXV2 5KXZA 1LZ9A 3FI5A 5B6YA 4YEOA 5J7AA 1BB6A 1G1WA 1L97A 4WLYA 4XJIA 3WPKA 4NGZA 2GV0A 1LZYA 1AT5A 4GPOA 4CFOA 1X0SA 3M3UA 1JIYA 3NY8A 1D3FA 1QSQA 3HH3A 2QPEB 1G07A 2ZYCA 1F0WA 152LA 1NMMA 4EKRA 3WW5A 3P65A 3HAPA 1YKZX 4G7SB 1L77A 186LA 1L48A 3K3TA 4AXTA 1B5UA 2CGIA 5JJJA 3EH5B 1D2YA 2LHMA 1TCYA 4LYZA 1LPIA 5LXWA 1BB4A 4DT3A 174LA 1YQVY 3NYAA 2Y01A 3S3CB 7LYZA 1GBSA 4FJRA 2D4JA 139LA 3J6KA 1BGIA 5LVKA 2DQGY 5HMVA 4ARLA 1L32A 3HAQA 118LA 166LA 1C67A 4X1HA 1S53A 4EKQA 1IY4A 1OVHA 2DQEY 3HBDA 141LA 1G0KA 4ETBA 1GB8A 1C8SA 1HSXA 1GFGA 1QTDA 4AQNA 104LA 2L78A 1LZ8A 2I1XA 1LMPA 2CDSA 1LJIA 4PPOA 4XXJA 1GXXA 2IFFY 4LDOA 3TXJA 133LA 3WH1A 5F9XA 1D3NA 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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