4DKLA

Crystal structure of the mu-opioid receptor bound to a morphinan antagonist
Total Genus 160
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
160
sequence length
442
structure length
442
Chain Sequence
MVTAITIMALYSIVCVVGLFGNFLVMYVIVRYTKMKTATNIYIFNLALADALATSTLPFQSVNYLMGTWPFGNILCKIVISIDYYNMFTSIFTLCTMSVDRYIAVCHPVKALDFRTPRNAKIVNVCNWILSSAIGLPVMFMATTKYRQGSIDCTLTFSHPTWYWENLLKICVFIFAFIMPVLIITVCYGLMILRLKSVRNIFEMLRIDEGLRLKIYKNTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYEKDRNLRRITRMVLVVVAVFIVCWTPIHIYVIIKALITIPETTFQTVSWHFCIALGYTNSCLNPVLYAFLDENFKRCFREFCI
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Crystal structure of the {mu}-opioid receptor bound to a morphinan antagonist.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Mu-type opioid receptor, lysozyme chimera
molecule tags Signaling protein/antagonist
source organism Mus musculus
total genus 160
structure length 442
sequence length 442
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2012-02-03

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
A PF00001 7tm_1 7 transmembrane receptor (rhodopsin family)
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 4dklA02
1.20.1070.10 Mainly Alpha Up-down Bundle Rhopdopsin 7-helix transmembrane proteins Rhopdopsin 7-helix transmembrane proteins 4dklA01
228LA 1C63A 3HUKA 3SN6R 151LA 125LA 5B6WA 1L26A 3GUPA 4ARPA 2KSYA 2R4SA 4ARMB 1L87A 1S54A 1L25A 4A4MA 4DAJA 3HU8A 2KSAA 5ITCA 2HULA 2NTHA 1VJMA 2B70A 171LA 3UG9A 4HYJA 1R84A 1SWZA 258LA 3A7KA 4ARLA 167LA 1S51A 2Y00A 3C7WA 1CV5A 1LPYA 4I7JA 2HUMA 1GUEA 2I1XA 1C6LA 2YCXA 247LA 4I7QA 261LA 234LA 1PQIA 1DYEA 3G3WA 3CDTA 3LZMA 2F95A 1MGYA 4EPFA 1C6IA 2OEAX 1KGBA 1HZXA 4WW3A 4GP5B 1QSQA 2B6TA 4EIYA 1K28A 1C6QA 144LA 1CX6A 1LWKA 3G3VA 4NC3A 5H2IA 1JGJA 4X1HA 3BVDB 2I21A 229LA 4W51A 142LA 2ANXA 1P7SA 240LA 1L91A 2IGCA 1LLHA 3C8QA 4QI1A 1F88A 3UZCA 1L27A 1ZYTA 215LA 4I7LA 3QBGA 3HTBA 1LYJA 4UG2A 4L6RA 4L35A 1UCQA 2KS9A 237LA 4W55A 1C6DA 4GYCA 1G0QA 3HU9A 1L35A 3NS0A 2RH1A 155LA 1L38A 1L75A 1KNIA 1OV7A 1CWQA 5G2DA 1VGOA 1G0JA 4WAVA 1QTZA 2JAFA 4FAAB 1L46A 120LA 2I20A 1QT3A 217LA 5B34A 3RZEA 104LA 235LA 3HAQA 4PXFA 1C6AA 213LA 1KG8A 2RB0X 4I7NA 1XJUA 4PXKA 216LA 3VG9A 152LA 1L68A 1QTBA 243LA 2HUKA 4EKSA 1C8RA 5FJGA 3VHZA 2NTGA 3NY9A 1G1WA 2OTZX 1UAZA 4BVNA 1P2RA 4N6HA 1E12A 3UTYA 1PQMA 7LZMA 3C83A 5AX0A 1GU8A 4EKQA 3MBVA 1L58A 114LA 4I7PA 224LA 1LN6A 4GPOA 2B73A 1G1VA 4IAPA 1QTDA 3HAOA 2L78A 1CV3A 1GZMA 3COCA 1D9WA 2Y04A 130LA 4I7SA 4W56A 1P8HA 2RBQA 4EKPA 3C9MA 2LC9A 1P37A 1DYBA 1T8AA 185LA 3HTGA 1L34A 4X31A 1L31A 170LA 2Z6BA 4JQ6A 4KLYA 5AX1A 1L09A 1XJTA 1L61A 1ZURA 248LA 4XTNA 1DYCA 3C81A 1NHBA 246LA 3QJRB 1L81A 1L64A 128LA 2OU0X 2YDOA 138LA 146LA 2OE9X 3OE9A 187LA 3HUAA 3ZEVA 1L07A 3HT9A 1C66A 126LA 4IB4A 3DN3A 1WTHA 113LA 1L90A 166LA 1AT9A 1PQKA 4W58A 5JJEA 4MQTA 1L66A 5B2NA 4EA3A 2OU8A 2RBOA 3F9LA 1L74A 1EPYA 1DZEA 157LA 1L89A 3SBBC 3L64A 220LA 1L49A 2RBSA 4EKRA 4S0WA 1L99A 210LA 1C6FA 1CU3A 1F50A 214LA 191LA 2LZMA 3L2XA 192LA 1BRXA 4BUOA 1QSBA 1L39A 1JTNA 211LA 1XIOA 4I7TA 1BRRA 1JV6A 3S8GB 1DYDA 2QB0B 4PK0A 2R4RA 2OE4X 1L05A 4ARMA 2Y01A 1C3WA 4UHRA 3HH4A 250LA 231LA 1QUDA 2J4YA 3AYMA 1CUPA 3GUOA 1P36A 2Q9DA 1C61A 1L63A 5LZMA 2I35A 184LA 2JAGA 3NYAA 2M3GA 3UONA 2Y03A 3EH3B 1L02A 1QT4A 1ZWNA 5H2NA 3AM6A 1C62A 3HT6A 3REYA 181LA 1L21A 4W54A 5G54A 109LA 1PQDA 1L29A 160LA 3V2WA 4IAQA 3C8SA 226LA 177LA 4MBSA 1DYGA 3C7YA 1M0MA 150LA 251LA 1L69A 4YX7C 4N4YB 102LA 1C6PA 1G0MA 1D2WA 4G7RB 1QKOA 3FI5A 5AZDA 3CDRA 3DN0A 1L9HA 3VI0A 239LA 149LA 4EPIA 3DN6A 4XTLA 2O4WA 3QBLA 180LA 3DMXA 3GUNA 1C6MA 3GUMA 3PDSA 1QS5A 3SB6A 5EN0A 4BV0A 2L6XA 3HT8A 1L37A 222LA 3HUQA 1CTWA 230LA 175LA 1B6IA 1L13A 1G0LA 206LA 5C1MA 2Z73A 2B6YA 3PQRA 3VVKA 2F47A 1C64A 1D3MA 1L08A 1L0MA 1TLAA 2B7XA 2F32A 2QPDB 3HTFA 5G53A 183LA 2ZFEA 1TN0A 3DDLA 3PWHA 5DHGA 1L06A 1T6HA 163LA 1G06A 2O7AA 1CUQA 2F2QA 4ARJA 1L0KA 2B6WA 3CDQA 1L85A 173LA 5G28A 1M0LA 3ODUA 4GBRA 3HDEA 3SBAA 4XT3A 1L00A 1L76A 3QDCA 5H2MA 1L62A 4G70B 4ARQA 4Y9HA 4YXAC 4KNFA 1L20A 1L71A 2RBRA 3DN4A 1F4ZA 4G7QB 4IARA 5H2PA 3SB8A 5LWEA 219LA 4GBRB 197LA 4OV0A 1L22A 1L30A 4AQNA 5B6YA 176LA 4W59A 1OVKA 1CV1A 2O79A 4ARQB 4E97A 2Q9EA 1P3NA 1QUHA 2HPYA 4FPDA 5J7AA 1L96A 218LA 4QIDA 3HASA 2Z55A 4N4WA 1L04A 2RBNA 1X0SA 1CU0A 3GUKA 5AHYA 1L10A 3OE0A 4DKLA 4LDLA 257LA 3G3XA 2RB1X 182LA 1C69A 1L80A 188LA 1L98A 3C82A 238LA 2A4TA 227LA 1SWYA 200LA 1L56A 1QM8A 1IXFA 1L42A 1LGWA 4TL3A 1M0KA 1TN5A 3NSBA 2RAZX 2OE7X 3QJQB 1G0GA 3EMLA 5A8EA 131LA 249LA 1IW6A 3NY8A 1C6CA 1QTCA 1L19A 3C9LA 1JFPA 5B6VA 1QT7A 196LA 2NTWA 1LWGA 161LA 1C60A 1PQOA 1I6SA 253LA 3QAKA 5I14A 1E0PA 2RAYX 2OU9A 1L18A 3DN2A 1P56A 5G2CA 1P46A 201LA 1QKPA 1L52A 4LZMA 1L70A 1XMEB 1BRDA 5TGZA 1LYHA 2LNLA 1CVKA 3QBIA 3QJUB 3RFMA 3QBKA 1D3JA 5F8UA 2CUUA 1L12A 141LA 1LGXA 3S3BB 140LA 1L43A 1L44A 1L93A 1S8JA 2ANVA 2QPEB 4MQSA 3CODA 1OYUA 3GULA 3GUJA 1L28A 244LA 3K2RA 233LA 199LA 1L48A 232LA 4XXJA 3UTXA 3WQJA 1QT6A 5H2OA 4G71B 4GRVA 1PY6A 158LA 1L55A 5AWZA 190LA 1LYEA 3C8RA 3PBLA 4JR8A 1L72A 5AHZA 1L94A 212LA 198LA 1L0JA 4I7MA 172LA 1L83A 1QTVA 4I7KA 127LA 1SSYA 5ETZA 1D3NA 2ZIYA 1C6BA 2RB2X 3HH6A 1L59A 2B6ZA 1T97A 3HTDA 4FA7B 1L45A 4HYXA 4J4QA 1L60A 1L01A 111LA 3UTVA 4ZPUA 1D3FA 3OE6A 1AP9A 1X0K1 1L53A 3FADA 3DQBA 1EHKB 2KSBA 5H2LA 1C6EA 1L32A 1KW5A 1P2LA 5B6XA 5BR2A 3V2YA 1JV7A 3QJTB 4LDOA 143LA 164LA 1P5CA 255LA 4X32A 4BEYA 1L65A 1L57A 1L88A 3DKEX 1O0AA 1FBKA 148LE 1C6TA 1L17A 3HT7A 1X0I1 1XJIA 3HARA 256LA 3HAPA 1L67A 5B35A 1DYAA 2B74A 137LA 3QAPA 3QJVB 5B6ZA 159LA 2YCWA 3ZPQA 4BEZA 1L03A 3DMZA 3VGAA 1BM1A 112LA 1L84A 4I7OA 2YDVA 2F93A 4MD1A 4GP4B 3DN1A 3AYNA 123LA 3EH4B 2YCYA 189LA 174LA 139LA 1QS9A 162LA 1SSWA 1C6HA 1IW9A 4JKVA 4QRYA 1L86A 1L50A 5H2HA 1G0PA 129LA 252LA 3HANA 1CU5A 241LA 1C65A 1QUOA 221LA 2G87A 3S3CB 103LA 4W52A 3HH5A 1DYFA 3CDVA 4EJ4A 3ABWA 1L33A 1C6GA 1P8IA 2WJKA 4AMJA 2VT4A 1CV4A 4GP8B 1LW9A 209LA 1PXRA 1KY1A 119LA 1L79A 205LA 1G0KA 1P8UA 2ZZLA 1P6YA 1U19A 1QTHA 3DMVA 1CU2A 1CV6A 1L77A 1L92A 1LYIA 4EXMA 5A44A 2RBPA 3FA0A 3CDOA 4HWLA 1KMEA 2AT9A 147LA 3S3DB 1S8LA 2B72A 1D2YA 1L24A 5DHHA 2LCBA 1L14A 1L15A 1L47A 1QUGA 2B75A 5KKHA 1JQUA 1LYGA 3SB9A 3T45A 1CV0A 4K5YA 4OO9A 5BR5A 3HWLA 5JJJA 122LA 3P0GA 4MD2A 5H2JA 3JR6A 2X72A 5DYSA 108LA 3DN8A 3S8FB 1KS3A 1JTMA 1L11A 1LI6A 4BWBA 1OWYA 1OVHA 2BRDA 4YXCA 107LA 1P64A 3X3BA 3F8VA 1L51A 1Q5IA 3GUIA 1LYDA 225LA 3RUNA 6LZMA 1KG9A 3X3CA 259LA 4W57A 1L54A 1SX7A 1C6NA 3UTWA 3PXOA 4XT1A 3CAPA 5B0WA 3VW7A 1CX7A 115LA 3C80A 1G07A 3OAXA 245LA 1L36A 1L16A 1QHJA 3OE8A 3C7ZA 4PJZA 1PQJA 236LA 2QARC 1QT8A 3QJSB 1LGUA 1R2NA 5JJNA 195LA 169LA 1S53A 1L97A 4AMIA 260LA 2YCZA 1L40A 2PEDA 1LI2A 242LA 262LA 1C68A 4I7RA 1C67A 186LA 110LA 3ZPRA 165LA 3SB7A 1C6JA 1SX2A 3SB5A 1S52A 5A45A 3D4SA 168LA 254LA 1QT5A 1OVJA 3HDFA 3DNAA 145LA 1L73A 3HH3A 4W53A 4G72B 5G2AA 1L23A 118LA 1H2SA 1LYFA 2EI4A 156LA 1KW7A 2B6XA 3KJ6A 3UZAA 2WJLA 4DJHA 1FBBA 3EH5B 1CU6A 5ITEA 4XTOA 2Y02A 1T8GA 1Q5JA 1C8SA 2OTYX 1L41A 1L95A 1OWZA 223LA 1LI3A 1T8FA 4LDEA 1PXSA 4G7SB 2NTUA 1H68A 178LA 1KY0A 1C6KA 4FBZA 5G36A 1XEPA 5H2KA 1L82A 1OV5A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
125LA 1HMLA 4G4BA 4UWVA 2KSYA 2R4SA 1L87A 3WU8A 4A4MA 3WPJA 4DAJA 4XJFA 5I53A 171LA 5F14A 4GCEA 3A7KA 3WPLA 2Y00A 3C7WA 1JWRA 4H9HA 2HUMA 234LA 1NHEA 3G3WA 3LZMA 3TMXA 2F95A 3TMVA 2H9KA 1IOSA 1UC0A 4EMNA 1QSQA 4EIYA 2I21A 229LA 2ANXA 4WO6A 1GBWA 2IGCA 3C8QA 4QI1A 4OOTA 3UZCA 4B4EA 215LA 1B7SA 1CJ6A 2BQMA 1LYJA 1OUDA 4B4JA 1GXXA 3A93A 1G0QA 4G9SA 1OUAA 132LA 1L75A 1IWUA 1KNIA 1GE3A 1VGOA 1G0JA 1ZMYL 2JAFA 1HEOA 1MELL 5KXYA 104LA 1C6AA 213LA 1KG8A 2RB0X 1XJUA 1QTBA 243LA 5FJGA 3VHZA 1B5VA 1P2RA 4N6HA 4BVNA 1LYOA 3WH1A 4AGAA 1IP2A 5KXNA 4H92A 2BQGA 5D5FA 4H9AA 4HP0A 1QTDA 6LYTA 2L78A 1CV3A 1GZMA 4I7SA 4W56A 1LSBA 3A3RX 1P37A 4DD0A 1UICA 1REZA 3HTGA 1L34A 4X31A 1L31A 2Z6BA 4KLYA 5AX1A 1XJTA 5F9UA 248LA 3WYHA 3TXKA 4H8YA 2W1MA 1L07A 126LA 1YAPA 4RLMA 3ZVQB 1WTHA 166LA 5JJEA 5IDDA 5B2NA 1L74A 3L64A 3HFMY 9LYZA 1IP5A 4TUNA 4WLYA 4S0WA 4A7DA 210LA 4DDBA 192LA 4DD7A 1QSBA 2Y8PA 1YKYX 2Z19A 1BRRA 1LJEA 4H93A 1KXYA 2QB0B 4YEOA 4BADA 1D0KA 4UHRA 4XJHA 1LJIA 2J4YA 2XTHA 3AYMA 1WTMA 1CKHA 2ZYCA 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 1LYG A;  3SB9 A;  3T45 A;  1CV0 A;  4K5Y A;  4OO9 A;  5BR5 A;  3HWL A;  5JJJ A;  122L A;  3P0G A;  4MD2 A;  5H2J A;  3JR6 A;  2X72 A;  5DYS A;  108L A;  3DN8 A;  3S8F B;  1KS3 A;  1JTM A;  1L11 A;  1LI6 A;  4BWB A;  1OWY A;  1OVH A;  2BRD A;  4YXC A;  107L A;  1P64 A;  3X3B A;  3F8V A;  1L51 A;  1Q5I A;  3GUI A;  1LYD A;  225L A;  3RUN A;  6LZM A;  1KG9 A;  3X3C A;  259L A;  4W57 A;  1L54 A;  1SX7 A;  1C6N A;  3UTW A;  3PXO A;  4XT1 A;  3CAP A;  5B0W A;  3VW7 A;  1CX7 A;  115L A;  3C80 A;  1G07 A;  3OAX A;  245L A;  1L36 A;  1L16 A;  1QHJ A;  3OE8 A;  3C7Z A;  4PJZ A;  1PQJ A;  236L A;  2QAR C;  1QT8 A;  3QJS B;  1LGU A;  1R2N A;  5JJN A;  195L A;  169L A;  1S53 A;  1L97 A;  4AMI A;  260L A;  2YCZ A;  1L40 A;  2PED A;  1LI2 A;  242L A;  262L A;  1C68 A;  4I7R A;  1C67 A;  186L A;  110L A;  3ZPR A;  165L A;  3SB7 A;  1C6J A;  1SX2 A;  3SB5 A;  1S52 A;  5A45 A;  3D4S A;  168L A;  254L A;  1QT5 A;  1OVJ A;  3HDF A;  3DNA A;  145L A;  1L73 A;  3HH3 A;  4W53 A;  4G72 B;  5G2A A;  1L23 A;  118L A;  1H2S A;  1LYF A;  2EI4 A;  156L A;  1KW7 A;  2B6X A;  3KJ6 A;  3UZA A;  2WJL A;  4DJH A;  1FBB A;  3EH5 B;  1CU6 A;  5ITE A;  4XTO A;  2Y02 A;  1T8G A;  1Q5J A;  1C8S A;  2OTY X;  1L41 A;  1L95 A;  1OWZ A;  223L A;  1LI3 A;  1T8F A;  4LDE A;  1PXS A;  4G7S B;  2NTU A;  1H68 A;  178L A;  1KY0 A;  1C6K A;  4FBZ A;  5G36 A;  1XEP A;  5H2K A;  1L82 A;  1OV5 A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
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