4EJ4A

Structure of the delta opioid receptor bound to naltrindole
Total Genus 156
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
156
sequence length
442
structure length
442
Chain Sequence
RSASSLALAIAITALYSAVCAVGLLGNVLVMFGIVRYTKLKTATNIYIFNLALADALATSTLPFQSAKYLMETWPFGELLCKAVLSIDYYNMFTSIFTLTMMSVDRYIAVCHPVKALDFRTPAKAKLINICIWVLASGVGVPIMVMAVTQPRDGAVVCMLQFPSPSWYWDTVTKICVFLFAFVVPILIITVCYGLMLLRLRSVRNIFEMLRIDEGLRLKIYKNTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYEKDRSLRRITRMVLVVVGAFVVCWAPIHIFVIVWTLVDINRRDPLVVAALHLCIALGYANSSLNPVLYAFLDENFKRC
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Structure of the delta opioid receptor bound to naltrindole
pubmed doi rcsb
molecule tags Signaling protein, hydrolase/antagonist
source organism Mus musculus
molecule keywords Delta-type opioid receptor, Lysozyme chimera
total genus 156
structure length 442
sequence length 442
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2012-04-06

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
A PF00001 7tm_1 7 transmembrane receptor (rhodopsin family)
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 4ej4A02
1.20.1070.10 Mainly Alpha Up-down Bundle Rhopdopsin 7-helix transmembrane proteins Rhopdopsin 7-helix transmembrane proteins 4ej4A01
240LA 1IXFA 1L02A 4I7SA 2X72A 4MD2A 146LA 1L62A 3DN6A 2Z55A 4BEYA 143LA 254LA 2B72A 1LYIA 173LA 1LWGA 1LYGA 1T8AA 1BRDA 1XIOA 5AWZA 1IW6A 5LWEA 2RAYX 169LA 3ODUA 1L86A 1L99A 1PQOA 4QRYA 1S53A 220LA 5AX0A 256LA 3F9LA 1D3FA 4IARA 161LA 2YCZA 4G7QB 3HUQA 1BRXA 3LZMA 5B6WA 113LA 142LA 185LA 1L72A 5ITEA 1CWQA 1C65A 1DZEA 1L50A 2RBPA 3DN8A 2AT9A 5H2OA 4BWBA 2B7XA 107LA 3AM6A 228LA 1DYBA 1L11A 2Y02A 4EPFA 1KY0A 3DNAA 1L68A 184LA 3GUMA 3HWLA 1JV6A 5BR2A 3L64A 237LA 1L76A 120LA 1L66A 1FBKA 1L30A 3C9MA 111LA 1L79A 4EJ4A 4XT1A 195LA 4JR8A 5B35A 3CODA 4W55A 1C6GA 3A7KA 1TLAA 4S0WA 3QAPA 4N6HA 3CDOA 2KSAA 1E0PA 1C6IA 2O4WA 4BUOA 260LA 1CU2A 4Y9HA 1L28A 4FAAB 4N4YB 1LLHA 1CUQA 5KKHA 1R84A 2B6YA 1L44A 241LA 1D3JA 1L0JA 2CUUA 1XEPA 1L29A 1C6AA 1L26A 192LA 3VHZA 1GU8A 157LA 3HH3A 3WQJA 1L35A 125LA 1P7SA 3AYMA 1DYDA 2B74A 2KSYA 1SWYA 3D4SA 115LA 2PEDA 119LA 152LA 250LA 252LA 1QT6A 4ARLA 4EPIA 3HTBA 1O0AA 160LA 1L01A 3CDVA 3RZEA 4EKQA 1DYEA 103LA 1L65A 209LA 239LA 243LA 1LPYA 1G0JA 1L75A 4OO9A 1L55A 1QS9A 3FA0A 3QBKA 3SB7A 3HU8A 2ANVA 2IGCA 4LDEA 2ZFEA 165LA 1L53A 1L39A 1L69A 4I7JA 1QTBA 1C8SA 2ZZLA 5FJGA 5B34A 144LA 1L59A 217LA 4DKLA 3QJQB 1L74A 4DAJA 253LA 3HUAA 2OE7X 4QI1A 1L80A 4NC3A 176LA 199LA 4YXCA 3QBLA 4X32A 1QUDA 257LA 4QIDA 1L82A 219LA 4AMIA 167LA 163LA 1CU5A 2RBQA 1LYFA 174LA 1L95A 4W57A 1S51A 1DYAA 2B6WA 1XJTA 3DMZA 1VGOA 1CV3A 2B6XA 2OTYX 3UTWA 5DHHA 3ABWA 1L20A 1G0LA 1C6CA 3QJRB 5TGZA 1L05A 3OAXA 1L84A 1C6PA 1KW5A 1OV7A 1L14A 4I7KA 1QHJA 3PWHA 5AHZA 3PQRA 2F95A 4BEZA 4I7MA 4I7PA 2O7AA 1L38A 3DDLA 1P36A 1L0MA 1M0LA 129LA 4IB4A 1QT3A 1T97A 102LA 1L81A 1C67A 2ZIYA 231LA 3L2XA 3G3WA 4KNFA 177LA 224LA 1C6NA 1QTDA 3S3BB 1M0MA 1L73A 1C63A 2F93A 4ARJA 1P8HA 2RBNA 218LA 1LWKA 3GUKA 5DYSA 1OVHA 2NTWA 191LA 1D3MA 1L83A 1KW7A 1PXRA 123LA 5BR5A 2A4TA 1K28A 3DKEX 4ARPA 4GBRA 251LA 3FI5A 214LA 2I21A 2F47A 3G3VA 2WJKA 1QUHA 1C6TA 3DQBA 2M3GA 5ETZA 233LA 4XXJA 1PQMA 1UAZA 2BRDA 1C6EA 1X0K1 244LA 1LYJA 1GUEA 1TN5A 2L6XA 3VVKA 1C6HA 1Q5JA 1OVJA 3X3BA 1BM1A 245LA 1D2WA 128LA 1PQDA 3QJUB 3DN0A 3NYAA 4G70B 3QJTB 147LA 1QTVA 3CDRA 2ANXA 1CUPA 4W58A 3SB6A 1L23A 2R4SA 2RB2X 4GYCA 4EKPA 1CV0A 2OU8A 1C8RA 3X3CA 148LE 5H2JA 226LA 1L42A 2QARC 1Q5IA 1S8JA 1F4ZA 1I6SA 5G28A 2NTHA 4PXKA 1QUGA 3GUPA 2RBSA 4J4QA 1C68A 1TN0A 1PQJA 4AMJA 6LZMA 4GPOA 4TL3A 1L12A 3S8FB 5AX1A 1QTZA 1L49A 2HUMA 4W56A 4YXAC 2Y01A 3RFMA 3ZPRA 3C8SA 1CU0A 3QDCA 2KS9A 1SWZA 1L91A 1SX2A 4GP5B 4MQTA 155LA 1P2LA 166LA 1CV4A 5J7AA 1QUOA 2B75A 1L13A 4I7TA 1M0KA 2HUKA 3VG9A 3NY9A 3DN4A 4W53A 1H68A 1JV7A 2I20A 5B6YA 234LA 2YCYA 168LA 3EH5B 213LA 4KLYA 131LA 4I7OA 3GUJA 3VI0A 4HYXA 2QPEB 4FBZA 1CV5A 2OU0X 4N4WA 5A44A 1VJMA 122LA 201LA 1P46A 1C6LA 221LA 3C82A 3EH3B 4AQNA 4XTOA 5H2LA 1LYHA 3SB9A 1L46A 3SBBC 3S3DB 232LA 187LA 1L56A 188LA 211LA 3NS0A 2Z6BA 1QM8A 1G0KA 3EMLA 3CDTA 1JTMA 1PXSA 1L60A 2RB1X 1F88A 3NY8A 1D3NA 156LA 1C6MA 1L45A 4ARQA 4X1HA 3HT6A 2KSBA 3SB8A 1G1VA 5DHGA 1C6QA 2I35A 4UG2A 2YCWA 1XJUA 1QTCA 1LI2A 1QS5A 230LA 4I7RA 1C62A 2EI4A 139LA 1L41A 1L19A 4W52A 1C61A 200LA 3DN1A 4ARMA 3S8GB 1LI6A 1OVKA 3JR6A 151LA 1L03A 4L35A 3S3CB 3UG9A 2QPDB 175LA 1L18A 255LA 4I7QA 5G53A 1L43A 1JTNA 4G71B 2OE9X 1ZYTA 1QT4A 2RH1A 3GUOA 3P0GA 2Q9DA 2B73A 1L16A 1NHBA 4UHRA 3HH5A 1UCQA 2OEAX 1L87A 1L10A 1C3WA 1QKOA 5G2DA 5B2NA 130LA 182LA 3GUIA 150LA 2RAZX 4OV0A 3PBLA 137LA 1KY1A 2NTGA 1C64A 3UTYA 1L88A 1L94A 1C66A 1L97A 235LA 2HPYA 4A4MA 2OE4X 1LYEA 1P6YA 4W59A 2L78A 1G0GA 1L07A 1QT8A 1XJIA 4XT3A 5JJEA 158LA 1LGXA 1QTHA 2RBRA 4GBRB 1B6IA 1L31A 5B6VA 138LA 110LA 1C60A 1L57A 3HH6A 3REYA 1KG9A 5H2IA 1L90A 2YDVA 4EA3A 1L32A 248LA 3V2WA 3QBIA 1L70A 5ITCA 4FA7B 1X0SA 149LA 1P37A 1P3NA 2G87A 1EPYA 3UTXA 1G0QA 1L92A 1LGUA 247LA 2LZMA 3HASA 3DMXA 4X31A 3PDSA 2JAGA 1CU6A 3AYNA 2OU9A 4LZMA 227LA 1L47A 3C7YA 1P64A 1T8FA 2F32A 3F8VA 1IW9A 114LA 3RUNA 1X0I1 3COCA 1C6JA 3C9LA 4E97A 2RB0X 1G1WA 4XTNA 3EH4B 1CX7A 2HULA 4MBSA 1C6KA 1C6BA 1L0KA 206LA 3DN2A 3GULA 3HTGA 1LN6A 1QKPA 4G7SB 4JQ6A 4XTLA 1L25A 1OWYA 1MGYA 5G36A 3HAOA 249LA 242LA 1P56A 262LA 1SSYA 3C80A 5G54A 3C7ZA 1L37A 3VW7A 1C69A 2Y03A 1L17A 1JGJA 1XMEB 145LA 1S52A 3ZEVA 1HZXA 3OE9A 3C81A 216LA 5JJNA 3HU9A 190LA 2VT4A 3CAPA 1AP9A 1OWZA 1L51A 1PQIA 4HYJA 4PK0A 2LC9A 225LA 127LA 2YCXA 2Z73A 5H2NA 118LA 1L22A 3GUNA 1S54A 3T45A 1L33A 223LA 180LA 3HUKA 109LA 170LA 4LDLA 141LA 3HARA 5A8EA 1DYCA 258LA 2LCBA 1AT9A 3HDEA 159LA 3V2YA 2R4RA 2O79A 4GP4B 178LA 1CV1A 1LI3A 261LA 3OE0A 4I7NA 3QBGA 1L9HA 3KJ6A 4MD1A 3PXOA 5JJJA 1L63A 1L08A 4FPDA 5EN0A 3QAKA 4GRVA 5H2KA 2B6ZA 5AHYA 236LA 112LA 4ARQB 3CDQA 186LA 3DN3A 5C1MA 3ZPQA 1DYFA 1L54A 1WTHA 3G3XA 5B6XA 3UONA 4IAPA 2QB0B 5H2HA 4BVNA 1LW9A 4LDOA 1ZURA 3MBVA 164LA 4YX7C 3SBAA 1L71A 4ARMB 2Y04A 3QJSB 2YDOA 205LA 5H2MA 1L15A 5I14A 189LA 3HANA 210LA 1CU3A 3QJVB 3UZAA 4G7RB 1L77A 3DMVA 1CVKA 3HTDA 4JKVA 2JAFA 3HAPA 2B70A 3NSBA 183LA 171LA 1L09A 2NTUA 1LGWA 3C8RA 1KG8A 1SX7A 3UZCA 126LA 3OE8A 1CTWA 238LA 1QT5A 1L00A 4EKRA 2J4YA 5A45A 1E12A 5G2AA 1L61A 3UTVA 4EKSA 4W51A 3C83A 1D9WA 1KNIA 4K5YA 5B6ZA 1DYGA 5AZDA 4I7LA 1F50A 2LNLA 1BRRA 1KS3A 1D2YA 1C6DA 1L93A 2RBOA 1L96A 1JFPA 1L06A 1L89A 2Q9EA 104LA 1KMEA 222LA 181LA 1L64A 2OTZX 3BVDB 3HT8A 1S8LA 4WW3A 4WAVA 5G2CA 1CV6A 1L04A 1L58A 246LA 2I1XA 5H2PA 1P8IA 172LA 1G06A 4HWLA 1L21A 3C8QA 3SB5A 1P2RA 4W54A 1G0MA 1OYUA 4PXFA 5B0WA 3HDFA 4EIYA 196LA 1L24A 1L40A 1ZWNA 3HT9A 198LA 3HT7A 1G0PA 1PY6A 3HH4A 4EXMA 1T8GA 3K2RA 108LA 1SSWA 197LA 1FBBA 4MQSA 2B6TA 259LA 4DJHA 2WJLA 3VGAA 215LA 1QSQA 3OE6A 1U19A 4GP8B 1L34A 1L52A 212LA 2F2QA 1P5CA 1L85A 1L27A 1P8UA 4G72B 5F8UA 140LA 2Y00A 1R2NA 229LA 3FADA 7LZMA 4L6RA 1GZMA 1C6FA 1QT7A 3HAQA 1PQKA 1EHKB 162LA 1OV5A 1G07A 3C7WA 4IAQA 1H2SA 3SN6R 1T6HA 1KGBA 1L36A 1CX6A 1JQUA 4BV0A 1LYDA 1QSBA 4ZPUA 3HTFA 5LZMA 4PJZA 1L48A 1L98A 1L67A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1IXFA 1L02A 2X72A 5FCPA 4MD2A 1HERA 143LA 254LA 1LTMA 3M3UA 5APFA 1XIOA 173LA 1LYGA 1T8AA 4H90A 5HLLA 1C10A 1GB8A 1D0LA 1L86A 1L99A 1KXXA 3W6BA 220LA 4NSJA 1IP4A 4ZFPA 1FKQA 4G7QB 1BRXA 3LZMA 113LA 142LA 1DZEA 1BQLY 2B7XA 3AM6A 4J7VA 5D5CA 4Z98A 1DYBA 1L11A 2MEBA 5A3ZA 184LA 2YBNA 4NY5A 3WL2A 237LA 120LA 4WG1A 1QTEA 4NEBA 4EJ4A 1GF5A 4JR8A 1VATA 4W55A 1C6GA 3J6KA 2CGIA 4HP0A 1E0PA 1C6IA 4R0FA 4H1PA 1FKVA 1BWHA 1L28A 2ZILA 4H9FA 3LYMA 5IDDA 1IWVA 2FYCA 1HNLA 1JTOL 1HEMA 5KXSA 3W6FA 4AXTA 1WQOA 1L29A 3KAMA 4TSCA 3HBHA 3HH3A 1P7SA 1JTTL 3AYMA 4NG8A 1SWYA 3D4SA 4WL7A 119LA 5KXTA 1IP1A 152LA 3WYHA 2CJLA 1JWRA 3E3DA 5LYZA 4B4JA 243LA 2IHLA 1LPYA 4OO9A 3SP3A 3HU8A 2IGCA 4LDEA 165LA 1L69A 4I7JA 1C8SA 144LA 1LZ5A 4NGWA 3HUAA 1LSZA 4WM1A 4X32A 4KL7A 4AMIA 4QIDA 219LA 1CU5A 5LYMA 1LYFA 2W1XA 2G4NA 3N9AA 4DQJA 2YVBA 4H9AA 4W57A 3WXUA 4LT2A 1UACY 1XJTA 1CV3A 4N0JA 3WU7A 4B49A 1V7TA 3ABWA 1L20A 4II8A 3WPJA 3RZ4A 2F95A 3M18B 5E9RA 1IWWA 1XEKA 1L0MA 1M0LA 129LA 4IB4A 102LA 1L81A 2ZIYA 3L2XA 3G3WA 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 3NSB A;  183L A;  171L A;  1L09 A;  2NTU A;  1LGW A;  3C8R A;  1KG8 A;  1SX7 A;  3UZC A;  126L A;  3OE8 A;  1CTW A;  238L A;  1QT5 A;  1L00 A;  4EKR A;  2J4Y A;  5A45 A;  1E12 A;  5G2A A;  1L61 A;  3UTV A;  4EKS A;  4W51 A;  3C83 A;  1D9W A;  1KNI A;  4K5Y A;  5B6Z A;  1DYG A;  5AZD A;  4I7L A;  1F50 A;  2LNL A;  1BRR A;  1KS3 A;  1D2Y A;  1C6D A;  1L93 A;  2RBO A;  1L96 A;  1JFP A;  1L06 A;  1L89 A;  2Q9E A;  104L A;  1KME A;  222L A;  181L A;  1L64 A;  2OTZ X;  3BVD B;  3HT8 A;  1S8L A;  4WW3 A;  4WAV A;  5G2C A;  1CV6 A;  1L04 A;  1L58 A;  246L A;  2I1X A;  5H2P A;  1P8I A;  172L A;  1G06 A;  4HWL A;  1L21 A;  3C8Q A;  3SB5 A;  1P2R A;  4W54 A;  1G0M A;  1OYU A;  4PXF A;  5B0W A;  3HDF A;  4EIY A;  196L A;  1L24 A;  1L40 A;  1ZWN A;  3HT9 A;  198L A;  3HT7 A;  1G0P A;  1PY6 A;  3HH4 A;  4EXM A;  1T8G A;  3K2R A;  108L A;  1SSW A;  197L A;  1FBB A;  4MQS A;  2B6T A;  259L A;  4DJH A;  2WJL A;  3VGA A;  215L A;  1QSQ A;  3OE6 A;  1U19 A;  4GP8 B;  1L34 A;  1L52 A;  212L A;  2F2Q A;  1P5C A;  1L85 A;  1L27 A;  1P8U A;  4G72 B;  5F8U A;  140L A;  2Y00 A;  1R2N A;  229L A;  3FAD A;  7LZM A;  4L6R A;  1GZM A;  1C6F A;  1QT7 A;  3HAQ A;  1PQK A;  1EHK B;  162L A;  1OV5 A;  1G07 A;  3C7W A;  4IAQ A;  1H2S A;  3SN6 R;  1T6H A;  1KGB A;  1L36 A;  1CX6 A;  1JQU A;  4BV0 A;  1LYD A;  1QSB A;  4ZPU A;  3HTF A;  5LZM A;  4PJZ A;  1L48 A;  1L98 A;  1L67 A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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