4EJ4A

Structure of the delta opioid receptor bound to naltrindole
Total Genus 156
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
156
sequence length
442
structure length
442
Chain Sequence
RSASSLALAIAITALYSAVCAVGLLGNVLVMFGIVRYTKLKTATNIYIFNLALADALATSTLPFQSAKYLMETWPFGELLCKAVLSIDYYNMFTSIFTLTMMSVDRYIAVCHPVKALDFRTPAKAKLINICIWVLASGVGVPIMVMAVTQPRDGAVVCMLQFPSPSWYWDTVTKICVFLFAFVVPILIITVCYGLMLLRLRSVRNIFEMLRIDEGLRLKIYKNTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYEKDRSLRRITRMVLVVVGAFVVCWAPIHIFVIVWTLVDINRRDPLVVAALHLCIALGYANSSLNPVLYAFLDENFKRC
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Structure of the delta opioid receptor bound to naltrindole
pubmed doi rcsb
molecule tags Signaling protein, hydrolase/antagonist
source organism Mus musculus
molecule keywords Delta-type opioid receptor, Lysozyme chimera
total genus 156
structure length 442
sequence length 442
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2012-04-06

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
A PF00001 7tm_1 7 transmembrane receptor (rhodopsin family)
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 4ej4A02
1.20.1070.10 Mainly Alpha Up-down Bundle Rhopdopsin 7-helix transmembrane proteins Rhopdopsin 7-helix transmembrane proteins 4ej4A01
2F32A 4EA3A 232LA 3C81A 1C6FA 1QUDA 1L28A 2Q9EA 3HTGA 4BV0A 3UG9A 1T8FA 178LA 1L25A 239LA 1L93A 1G0JA 5G2CA 214LA 4I7NA 4J4QA 1LYEA 4FPDA 4XTNA 1CV5A 1L90A 2CUUA 1L01A 4I7JA 103LA 2ZFEA 2RB0X 1KNIA 2EI4A 1L86A 1L47A 258LA 1CTWA 1L89A 1M0LA 3REYA 3X3CA 3SB9A 1O0AA 1C6TA 1L64A 1QT7A 1QKOA 4BEYA 4EKRA 4FAAB 1L91A 3CODA 3S8GB 1F50A 5B35A 3DDLA 3NYAA 3HUKA 3K2RA 5B6YA 2Q9DA 165LA 1L40A 1P7SA 140LA 1QTCA 4JR8A 198LA 4ARLA 1XJIA 3HASA 1QUOA 2OE9X 1OWYA 2M3GA 1CV1A 254LA 118LA 4LZMA 3NSBA 148LE 215LA 3GUOA 3C9LA 2B6ZA 1P8UA 2KSBA 1L73A 1SSYA 1PQDA 166LA 167LA 2ANVA 1JFPA 1L74A 1P8IA 1DYBA 187LA 1C6DA 1D2WA 156LA 196LA 5A45A 1KG8A 1DYFA 3RZEA 1LW9A 3HAOA 4OO9A 227LA 1KY1A 3T45A 1L35A 1SWZA 114LA 109LA 1EPYA 3HT9A 1E0PA 1S54A 219LA 2AT9A 3SBAA 4G72B 5B34A 5B2NA 1L41A 201LA 3QJRB 2YCZA 2RBSA 1L63A 1QS9A 2WJLA 139LA 4Y9HA 3CDTA 2JAGA 110LA 3HH6A 3ZPQA 5DYSA 2LCBA 3QJSB 1CU0A 4ARJA 1X0K1 104LA 3FI5A 1P3NA 174LA 1QT5A 3L2XA 1C69A 4W57A 2B6TA 149LA 3C8SA 2LNLA 4BEZA 3HT7A 2QPEB 213LA 2J4YA 2QPDB 1L16A 152LA 146LA 1L75A 1L0JA 1T8AA 1L06A 3UTVA 1CU3A 1CU2A 1G0QA 4I7LA 2O7AA 2OU8A 2I20A 5AHYA 197LA 2RBPA 1L60A 1L29A 161LA 1QTBA 3SB8A 4JQ6A 1DYAA 237LA 1G0PA 120LA 1T97A 4GBRA 4MQTA 3UONA 3AYNA 4IAPA 2YDVA 180LA 3DQBA 1XMEB 1JV7A 1P5CA 1L19A 1TLAA 2NTHA 3GUJA 1PQKA 155LA 1C61A 2HUKA 1SSWA 4X31A 164LA 3COCA 243LA 5J7AA 1GUEA 5C1MA 1C6CA 4BUOA 1L81A 4YX7C 1PQMA 4XT1A 4GP4B 206LA 4WAVA 4I7RA 1SX2A 2Z55A 1XJUA 217LA 4G7RB 183LA 1M0MA 1LYGA 1C67A 1L04A 252LA 3RUNA 1TN5A 4OV0A 5AX1A 4FBZA 5G28A 168LA 2RBOA 1X0I1 3SB6A 3WQJA 1GU8A 1L96A 1C6PA 5H2MA 1BRDA 3S8FB 1L80A 1JV6A 3HTBA 1LGWA 3HUQA 5FJGA 1L14A 1DYGA 1AP9A 4K5YA 4MD2A 247LA 4EPFA 3X3BA 4EKPA 1C6HA 3G3VA 3GUMA 4GRVA 172LA 4G70B 2I1XA 4PXFA 1C63A 251LA 1KS3A 3HT6A 1C64A 1PQJA 4I7KA 200LA 4I7TA 1CV0A 1OV5A 2B75A 3C83A 111LA 1L61A 1PQIA 1D3JA 1L77A 1D3MA 1OVKA 4GYCA 3DN4A 5H2IA 1L24A 1ZYTA 1G0GA 1QSQA 3KJ6A 3SN6R 1L65A 2O79A 4QRYA 5B6WA 5B6XA 1P37A 1XIOA 3NS0A 4L6RA 1LYJA 4DKLA 3V2WA 1L58A 4ARPA 5B6ZA 1CV4A 3HH4A 3UTYA 3UTWA 102LA 195LA 1D3NA 5LWEA 5JJEA 1EHKB 3QAPA 157LA 245LA 1L0KA 2ZZLA 1L55A 1L62A 1H2SA 1CWQA 151LA 3EH3B 3QJQB 1C68A 5H2NA 241LA 4LDLA 1L99A 3F9LA 1KMEA 2F2QA 1T8GA 4ARQA 4S0WA 1L54A 1C62A 1P2LA 5H2LA 3G3XA 2NTUA 190LA 184LA 2RBNA 5BR5A 5TGZA 2I35A 188LA 224LA 1LN6A 1S52A 3DN0A 3NY9A 1L32A 1X0SA 2R4SA 2HUMA 3EH5B 108LA 1LI3A 128LA 234LA 1L13A 4EJ4A 1S53A 2X72A 3OE6A 119LA 1BRXA 3SB7A 1PXSA 255LA 1LI2A 218LA 220LA 2B74A 4IARA 2YDOA 2RB1X 210LA 4PK0A 1UAZA 257LA 4N4YB 127LA 1CV3A 1L68A 2RAYX 1G0KA 4PJZA 5DHHA 1S51A 1T6HA 1HZXA 142LA 2WJKA 2ZIYA 3PXOA 5H2KA 4TL3A 2ANXA 2RB2X 1OYUA 1C66A 1QT8A 233LA 1QT3A 5G36A 3DMXA 1C6AA 1QTZA 5JJJA 199LA 1L97A 222LA 2NTWA 3RFMA 1LYHA 1LWGA 1OVHA 4XTLA 5B0WA 4QI1A 1LLHA 4W51A 1L70A 1L50A 2B70A 3D4SA 3VG9A 5JJNA 3PQRA 192LA 130LA 1C3WA 1G1WA 3C7WA 2HULA 5LZMA 3C80A 1C6NA 185LA 1LYFA 4EKQA 1L20A 1L84A 2Y02A 1C6QA 4XTOA 112LA 1L05A 5ETZA 3HH5A 2VT4A 2F47A 5BR2A 1L0MA 235LA 1CX7A 3ABWA 169LA 1QUHA 3HH3A 4I7PA 4E97A 2Y01A 3BVDB 1OVJA 181LA 1L10A 4ARMA 1C60A 2KSAA 1L56A 2KSYA 2B6YA 2RH1A 2Z6BA 3HTDA 4A4MA 3DN2A 3HU9A 1C6IA 4I7QA 2O4WA 1L92A 4QIDA 1L22A 1L36A 1CV6A 262LA 2B6XA 4W59A 4W53A 1L09A 3L64A 5AWZA 1L33A 3VHZA 246LA 3QAKA 1L44A 1SWYA 2L78A 1IW9A 4N6HA 3UZCA 5H2PA 1CUPA 4EPIA 107LA 191LA 1L85A 2L6XA 4IAQA 1I6SA 1CVKA 2KS9A 1LGXA 126LA 189LA 1DYDA 2RBQA 1F88A 158LA 256LA 1M0KA 4W58A 2YCWA 3GUKA 2Y04A 1KW5A 3CDVA 5G53A 5A8EA 1L94A 1QTHA 3A7KA 182LA 1B6IA 226LA 1QUGA 4I7MA 3OE9A 1BRRA 3ZPRA 1QHJA 1L79A 176LA 4WW3A 170LA 141LA 4EIYA 138LA 2B7XA 5G2AA 2LZMA 1L67A 1F4ZA 3G3WA 159LA 3V2YA 5H2HA 2IGCA 1KW7A 6LZMA 205LA 1CX6A 2B6WA 145LA 1LPYA 1XJTA 3AM6A 1LGUA 3QBGA 5H2JA 2A4TA 3DN3A 1QTVA 1G1VA 1QM8A 1CU6A 1CU5A 240LA 3C9MA 3P0GA 5ITEA 2YCXA 4LDEA 1H68A 1L42A 3HANA 1D2YA 2OTYX 160LA 3QJVB 225LA 4GBRB 1P64A 150LA 3QBIA 1E12A 1P6YA 1KY0A 250LA 1PY6A 4X32A 4ZPUA 3HWLA 209LA 4YXAC 2QB0B 1QT6A 5AZDA 4BWBA 248LA 4G7QB 3QBKA 5AHZA 1JGJA 4HYJA 1L11A 249LA 1L9HA 1D9WA 4W56A 1MGYA 1L83A 3HAQA 3C8RA 4NC3A 115LA 4MBSA 2F93A 3HAPA 1L95A 5ITCA 2NTGA 2HPYA 3ODUA 163LA 3AYMA 4XT3A 2Y00A 1L52A 1D3FA 2YCYA 2BRDA 1DZEA 3DNAA 1KGBA 1S8JA 3EH4B 3PWHA 1G0MA 3QJTB 3S3BB 2QARC 238LA 3HDEA 3C8QA 1IW6A 4UG2A 4L35A 1K28A 216LA 4KNFA 1L48A 3DKEX 4XXJA 1P8HA 4X1HA 2B72A 244LA 1L82A 1L27A 1L51A 1QS5A 1ZWNA 113LA 223LA 4DJHA 242LA 3HUAA 2OE7X 1FBKA 1VGOA 2G87A 1L59A 229LA 4W55A 4MQSA 1U19A 1L45A 5H2OA 2I21A 1JTMA 1R2NA 3DMVA 1L98A 123LA 1AT9A 259LA 1L69A 2RAZX 1L53A 221LA 3PBLA 4PXKA 2OEAX 1OWZA 253LA 1C8SA 1PQOA 2OU9A 3PDSA 1UCQA 1L87A 4I7OA 1L71A 1SX7A 1QT4A 1LI6A 1LYDA 3HU8A 1DYEA 1C6JA 3QJUB 1WTHA 173LA 231LA 4W54A 1L31A 1G07A 1C65A 5KKHA 1L57A 1C6MA 2OE4X 4IB4A 3DN1A 1L23A 3LZMA 3VW7A 137LA 3QDCA 2F95A 162LA 3C7ZA 3VGAA 1R84A 4GPOA 1P46A 3GULA 5I14A 3MBVA 1L34A 4ARQB 1L66A 3DN8A 1L43A 3FADA 1NHBA 3S3DB 1L00A 4EKSA 4JKVA 230LA 3GUIA 177LA 3QBLA 5AX0A 2R4RA 3CDOA 4DAJA 1Q5JA 4KLYA 4AMJA 4W52A 1L26A 211LA 236LA 5G54A 2LC9A 1GZMA 1PXRA 1ZURA 3OAXA 4MD1A 1L08A 1LYIA 3CDQA 1L72A 4HYXA 129LA 4G71B 1L17A 1C6GA 1QTDA 3S3CB 1JTNA 1L88A 4G7SB 1FBBA 1CUQA 1BM1A 4HWLA 1L18A 3JR6A 1VJMA 175LA 1QSBA 212LA 4LDOA 4AQNA 147LA 1LWKA 1L07A 4I7SA 3DMZA 1XEPA 2Y03A 3UTXA 4UHRA 1P36A 5F8UA 1L76A 5G2DA 1L15A 1L03A 1S8LA 1TN0A 1L49A 1L39A 143LA 1IXFA 1KG9A 3GUPA 7LZMA 4EXMA 1C8RA 3HARA 3C7YA 1L38A 3FA0A 3UZAA 3HTFA 228LA 4YXCA 1JQUA 1C6BA 1L21A 261LA 1C6EA 5A44A 2PEDA 1L46A 4AMIA 2Z73A 1L12A 2OU0X 1DYCA 3VVKA 4BVNA 3F8VA 1L30A 260LA 5B6VA 3OE8A 3NY8A 2OTZX 4GP5B 1C6KA 171LA 122LA 5DHGA 1OV7A 3GUNA 144LA 1P2RA 4FA7B 5EN0A 3SBBC 3SB5A 2RBRA 1L37A 1G0LA 3C82A 1P56A 1Q5IA 3VI0A 125LA 3DN6A 3HT8A 4ARMB 131LA 2JAFA 1G06A 1C6LA 3CAPA 3CDRA 4GP8B 3HDFA 4N4WA 2B73A 1QKPA 186LA 1L02A 3EMLA 3OE0A 3ZEVA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
5KXPA 4EA3A 3C81A 2Q9EA 1QUSA 1UBZA 4GN3A 1ALCA 1JKDA 1LSZA 1OUHA 1IP4A 4J4QA 2CUUA 1L01A 1GBYA 4PRUA 3X3CA 5KXRA 3SB9A 1O0AA 2XBRA 1L64A 1QT7A 1V7SA 3NYAA 3HUKA 5B6YA 4LYMA 165LA 1L40A 1VAUA 1XJIA 1JUGA 3WUAA 2M3GA 4BAFA 5APCA 254LA 1IP7A 2Z12A 4LZMA 2XTHA 148LE 3C9LA 1P8UA 3LZ2A 1B7OA 2YDGA 1JFPA 1OUGA 1RJCB 5A45A 1LOZA 1DYFA 1FLWA 1GB5A 3ATOA 2ZWBA 3WPKA 227LA 3TXJA 1L35A 1LZAA 5A3EA 3KAMA 4Z98A 1B5VA 1CKCA 2ZQ3A 139LA 1GFKA 4Y9HA 2JAGA 4W96A 3QJSB 3P66A 1CU0A 3CT0A 1FKQA 4N1CC 1X0K1 104LA 3FI5A 1P3NA 1WTMA 2C8PA 1C69A 5D5CA 2B6TA 4BEZA 3AZ5A 4ZEEA 2QPEB 1OUIA 152LA 1JKCA 1T8AA 1CU3A 1VFBC 1F6SA 208LA 2BLXA 2BQJA 5APEA 3CB7A 1QTBA 133LA 4TUNA 120LA 1T97A 3IJUA 4PJ2C 2NTHA 1L19A 155LA 3T6UA 164LA 1LZNA 3COCA 4YX7C 1PQMA 1C08C 4XT1A 4GP4B 4QGZA 4B1AA 1WQNA 217LA 4ET9A 1L04A 3RUNA 1LZSA 1DKKA 1LJIA 1G7JC 4NG1A 1L96A 1C6PA 2H9JA 1XGUC 1L80A 3HTBA 1UIGA 2ZQ4A 1BVKC 3EO5A 4HP0A 1QSAA 1HFZA 4H9EA 3X3BA 3M18B 4GRVA 3BKHA 4G70B 5EBHA 251LA 3HT6A 4I7TA 1D3JA 2HEDA 1NHEA 3DN4A 3WH1A 1UACY 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 1LZC A;  5KXL A;  1L32 A;  1QUT A;  4EJ4 A;  1LKS A;  5LAG A;  1YL1 X;  2BQM A;  4IAR A;  5LVH A;  4RLM A;  210L A;  1CKG A;  1KXY A;  2YBN A;  3J4G A;  2A7F A;  4DD7 A;  5DHH A;  3TMU A;  142L A;  4RW1 A;  1C66 A;  5G36 A;  1DPX A;  2BQN A;  2NTW A;  3RFM A;  5B0W A;  1OVH A;  1GE0 A;  4QI1 A;  1LLH A;  3D4S A;  192L A;  5LZM A;  3ZVQ A;  4EKQ A;  1L05 A;  3WW6 A;  2VT4 A;  4NGV A;  235L A;  3HH3 A;  4I7P A;  1FKV A;  5M1Y A;  1L10 A;  1LHJ A;  1L56 A;  4Z46 A;  2KSY A;  3HBD A;  1KIR C;  1LJJ A;  1WVU A;  4A4M A;  3HU9 A;  5IDD A;  1C6I A;  4GN5 C;  4W59 A;  3WPJ A;  1LTM A;  1IW9 A;  5H2P A;  2L6X A;  1L85 A;  1NDM C;  126L A;  189L A;  2BQL A;  1F88 A;  153L A;  1M0K A;  4ETB A;  5G53 A;  2W1Y A;  1LHI A;  1QTH A;  2DQE Y;  1B6I A;  226L A;  3J6K A;  4GCC A;  1IX0 A;  4H9C A;  1BQL Y;  2BQF A;  2LZM A;  2DQF C;  3G3W A;  3V2Y A;  2FYD A;  2IGC A;  1LSE A;  2H5Z A;  3B0K A;  3AM6 A;  3TMW A;  4RLN A;  1IOT A;  1G1V A;  1CU6 A;  3C9M A;  5ITE A;  5LVG A;  1JSF A;  3P0G A;  4J1A A;  1H68 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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