4LDEA

Structure of beta2 adrenoceptor bound to bi167107 and an engineered nanobody
Total Genus 175
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
175
sequence length
457
structure length
454
Chain Sequence
DAENLYFQGNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYAADEVWVVGMGIVMSLIVLAIVFGNVLVITAIAKFERLQTVTNYFITSLACADLVMGLAVVPFGAAHILTKTWTFGNFWCEFWTSIDVLCVTASIETLCVIAVDRYFAITSPFKYQSLLTKNKARVIILMVWIVSGLTSFLPIQMHWYRATHQEAINCYAEETCCDFFTNQAYAIASSIVSFYVPLVIMVFVYSRVFQEAKRQLQKFALKEHKALKTLGIIMGTFTLCWLPFFIVNIVHVIQDNLIRKEVYILLNWIGYVNSGFNPLIYCRSPDFRIAFQELLCL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Adrenaline-activated structure of beta 2-adrenoceptor stabilized by an engineered nanobody.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Lysozyme, Beta-2 adrenergic receptor
molecule tags Membrane protein/hydrolase
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 175
structure length 454
sequence length 457
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2013-06-24

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
A PF00001 7tm_1 7 transmembrane receptor (rhodopsin family)
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 4ldeA01
1.20.1070.10 Mainly Alpha Up-down Bundle Rhopdopsin 7-helix transmembrane proteins Rhopdopsin 7-helix transmembrane proteins 4ldeA02
3SB9A 1IXFA 107LA 2OE9X 3QJTB 1P6YA 1L26A 3HH3A 1AP9A 3AYNA 1C6EA 201LA 3HTBA 219LA 1QKOA 4GP5B 1XJTA 3SB7A 1C62A 164LA 5LWEA 4E97A 2YCWA 1C6AA 177LA 1L71A 4KLYA 2B6YA 1E0PA 3C7WA 3C8RA 1P2LA 1C60A 1L98A 1QT5A 4XTOA 157LA 3HH6A 1M0MA 1SX7A 1M0KA 197LA 4TL3A 119LA 2RBQA 3C83A 1M0LA 1L43A 2Y01A 148LE 1L93A 4W51A 1P7SA 1P8IA 1L08A 4GP8B 1S51A 4G7QB 1R2NA 4PXKA 228LA 1DZEA 4EKQA 3VI0A 3HU9A 4XTLA 1I6SA 109LA 3ZPQA 213LA 1L52A 146LA 2OU8A 3CDRA 128LA 1P8UA 234LA 4ARMA 1FBKA 3DN0A 1TLAA 218LA 1CU3A 3HH5A 5H2PA 129LA 4X1HA 4QI1A 3QDCA 1DYGA 4BVNA 3SB6A 5G53A 4FA7B 3V2YA 1L20A 3VW7A 1L00A 4EXMA 1QT6A 4MBSA 3OE9A 3HTFA 4EJ4A 2KS9A 221LA 1SSYA 1P2RA 1P36A 3DN3A 3HANA 2Q9DA 4I7NA 251LA 1C6DA 217LA 1EPYA 4DJHA 1PQMA 131LA 3GUPA 4IB4A 2YCXA 3OE0A 4X32A 3EH4B 1UAZA 1L90A 1L23A 1U19A 3D4SA 3VVKA 1G0QA 1G0KA 1L16A 2ZFEA 3DQBA 5A45A 4BV0A 1C66A 1KMEA 3HUQA 1XEPA 3JR6A 3AM6A 2ANVA 2I21A 247LA 4PK0A 3UTXA 1LPYA 3C8SA 195LA 190LA 2JAGA 1L39A 122LA 7LZMA 2RAYX 1L94A 5AWZA 115LA 1X0K1 1L79A 1C6GA 242LA 125LA 261LA 4EPFA 1L89A 2Y03A 147LA 5G28A 2X72A 3UG9A 1L24A 4W54A 2I1XA 1L91A 4X31A 231LA 2F47A 1G1WA 1KS3A 4YX7C 1L07A 212LA 2ZIYA 1LYIA 239LA 4LDEA 2B7XA 1LYFA 1D9WA 2HPYA 223LA 4WAVA 1T8GA 5G2CA 4MQSA 1L70A 137LA 1L12A 2Z6BA 5B2NA 3L64A 4QRYA 1ZWNA 3NYAA 1BRXA 206LA 1JV6A 1L76A 4EA3A 4J4QA 184LA 256LA 188LA 3SB5A 3FADA 2QB0B 2R4SA 1C6MA 2B75A 4GPOA 4L35A 172LA 3HAQA 1LGXA 1SX2A 1LI3A 1QT3A 5DYSA 241LA 1L87A 1CX7A 1LYDA 2LZMA 3FA0A 4I7SA 3DN4A 3RUNA 1L05A 6LZMA 2J4YA 169LA 252LA 3UONA 215LA 1BRRA 4QIDA 5ITEA 1L21A 1L46A 2JAFA 3QJSB 1C63A 3CAPA 1L77A 1L9HA 1P3NA 4I7LA 1PQIA 4K5YA 174LA 3X3CA 1P8HA 1L85A 4MQTA 4W52A 1L17A 1S54A 142LA 4UG2A 118LA 205LA 3DN6A 3S3BB 5BR2A 1G1VA 1L0KA 1WTHA 1QUHA 3NY9A 1T6HA 1C67A 1L48A 4L6RA 1L33A 1L09A 4EPIA 1C8RA 4ZPUA 1JGJA 4PJZA 1L37A 1QTZA 2YCZA 2RBPA 161LA 4G7RB 2LC9A 4I7OA 2QARC 178LA 1L96A 166LA 3ZPRA 3K2RA 4FBZA 1GUEA 4ARLA 1L60A 2KSBA 4JQ6A 4BUOA 1PXSA 1L73A 1CU5A 4BWBA 2LCBA 1L55A 1LYEA 2OU0X 1BM1A 1KW7A 2B6ZA 1QT7A 4GYCA 199LA 5G2AA 1DYBA 2RBRA 3DN1A 3NS0A 216LA 3BVDB 2ZZLA 3P0GA 163LA 2CUUA 1C64A 3X3BA 230LA 3GUOA 4ARQA 1L69A 1L30A 1L75A 258LA 1CTWA 3RZEA 1L57A 3COCA 126LA 2O4WA 5AHZA 5FJGA 226LA 4XT1A 3V2WA 1P5CA 3HWLA 3L2XA 2RBNA 155LA 5F8UA 1O0AA 3GUMA 2PEDA 1L14A 3HT6A 255LA 3CODA 2OE7X 4HWLA 1L45A 4AQNA 3PWHA 1Q5IA 3EH3B 3HU8A 1OVJA 1QTCA 1TN0A 3HTDA 159LA 4ARPA 1L66A 1C68A 1D3JA 249LA 1S52A 1XIOA 1QTDA 2B74A 3SB8A 2F2QA 2Y02A 1L88A 1D3NA 5H2LA 1KY1A 2B6WA 3QAKA 4I7QA 4LZMA 1L0MA 181LA 1SWYA 2O79A 4W55A 173LA 1L40A 3UZAA 4G72B 1EHKB 1DYDA 3HASA 2EI4A 1LN6A 243LA 1L32A 3HAPA 1L34A 2O7AA 2L78A 4Y9HA 2L6XA 3UTVA 3S3DB 3HH4A 138LA 1CUQA 1T97A 4N4YB 102LA 233LA 210LA 1C6TA 1KW5A 4PXFA 3QBKA 1QHJA 1ZYTA 1C6CA 1D3MA 4I7JA 165LA 1L63A 5EN0A 5JJEA 236LA 3CDTA 2F95A 3DN8A 4GBRB 1L01A 1L67A 1LYGA 123LA 4W58A 4I7TA 1L22A 1L47A 3QJRB 1LLHA 4XXJA 2AT9A 3DKEX 4IARA 2WJKA 1PQJA 127LA 143LA 237LA 5B6YA 3HUAA 2BRDA 1L59A 2YCYA 200LA 4XTNA 5B0WA 4DKLA 1QS5A 3PQRA 145LA 1P37A 1L81A 171LA 5A44A 160LA 1L72A 5A8EA 1S8JA 4W57A 3QJUB 1CV1A 4I7KA 2YDVA 1JFPA 176LA 1L58A 5DHHA 3PXOA 4I7MA 1L31A 1L86A 1C6HA 2QPEB 1F4ZA 4I7RA 1QM8A 4KNFA 2KSAA 1KG9A 4MD2A 1CV0A 3C9MA 1ZURA 5BR5A 5G54A 3KJ6A 1L27A 1L28A 1CVKA 3DDLA 1MGYA 1S53A 3S3CB 3RFMA 5B35A 3UTWA 1IW6A 1C6KA 5H2MA 4G71B 4JR8A 108LA 3HT7A 4LDOA 1C8SA 1QKPA 1C6JA 214LA 5B6XA 113LA 3S8FB 1XJUA 3QBGA 1L06A 2RB0X 225LA 3G3WA 3GUKA 1L53A 1LI2A 1DYCA 2B6TA 3CDVA 1LWKA 3DNAA 1OV5A 250LA 1D3FA 1QT8A 185LA 110LA 1G06A 1L18A 3PBLA 2YDOA 248LA 2QPDB 139LA 232LA 1E12A 5AX0A 3S8GB 229LA 2RH1A 1LWGA 3F8VA 170LA 3UTYA 3VGAA 1C6LA 1L13A 1BRDA 1KGBA 3DMVA 5ITCA 259LA 2RBSA 1CU6A 4N6HA 4XT3A 220LA 4BEZA 3AYMA 1L56A 4ARMB 3FI5A 4WW3A 1L64A 1L44A 1L38A 3ZEVA 1SWZA 1L0JA 3T45A 1QT4A 1T8FA 2R4RA 4G7SB 1CV4A 1L03A 1QUGA 1PQOA 3GULA 1X0SA 4MD1A 3OAXA 1L42A 4IAQA 2Z73A 1L74A 2NTUA 192LA 3SBAA 5KKHA 1L65A 1PXRA 2OTZX 1TN5A 3VG9A 4FAAB 1C6FA 3MBVA 1L68A 3C7ZA 3UZCA 149LA 1LYHA 4GRVA 4A4MA 245LA 1S8LA 4FPDA 4YXCA 257LA 5B6ZA 3HDFA 2OE4X 1DYEA 2OEAX 1D2YA 1L61A 1L10A 168LA 103LA 2LNLA 1SSWA 3F9LA 1L11A 4S0WA 5AZDA 253LA 1QUDA 1IW9A 191LA 2NTHA 3QBLA 5B34A 2ANXA 1L49A 130LA 196LA 1L99A 3QJVB 2Y04A 156LA 4G70B 4HYXA 1QSQA 4AMJA 222LA 3ODUA 2Y00A 189LA 1D2WA 1L15A 5B6WA 1L51A 4EKRA 1OV7A 3C9LA 4W56A 3HDEA 3C81A 3HT9A 209LA 3ABWA 1CV3A 1CX6A 1L62A 5AX1A 5G2DA 3C8QA 2M3GA 1L41A 1XJIA 2VT4A 5H2HA 1C65A 1CU0A 1FBBA 1VJMA 175LA 1L50A 3GUJA 4EKSA 150LA 1C6BA 3EMLA 1CWQA 5H2KA 3SN6R 3REYA 3OE6A 4EIYA 1QS9A 1P64A 3C82A 2F93A 1QTBA 3CDOA 5TGZA 1L97A 1OVKA 1K28A 1QUOA 227LA 1XMEB 4GP4B 1DYAA 1C6NA 1L29A 2WJLA 4W59A 140LA 1G0JA 3SBBC 5H2IA 1T8AA 1L80A 1R84A 162LA 2I35A 2RB2X 262LA 5ETZA 187LA 198LA 1G0PA 1GZMA 167LA 3HUKA 5C1MA 1H2SA 1NHBA 1QTHA 1JQUA 2B73A 1C6QA 2F32A 1L54A 4BEYA 3OE8A 5JJNA 2NTGA 3NSBA 2RB1X 1C6PA 4I7PA 2NTWA 1OVHA 1HZXA 5LZMA 3G3XA 5G36A 4IAPA 4YXAC 1VGOA 1G0GA 2B70A 120LA 4EKPA 3CDQA 141LA 1PY6A 3GUIA 1C3WA 4ARJA 1G0LA 1X0I1 104LA 3HTGA 3A7KA 1G0MA 1JTNA 4DAJA 1KG8A 1L84A 1H68A 224LA 1LI6A 211LA 2A4TA 5I14A 1JV7A 246LA 111LA 2HUMA 1CU2A 2RBOA 3HT8A 2HUKA 1L95A 1OWYA 244LA 1UCQA 3EH5B 4UHRA 3VHZA 5H2OA 1LGUA 1CUPA 260LA 1DYFA 4OO9A 4ARQB 1CV6A 1OYUA 2IGCA 5H2JA 3DN2A 182LA 1LW9A 2HULA 4AMIA 114LA 4OV0A 4NC3A 1QTVA 1AT9A 1L83A 152LA 144LA 3DMXA 1L02A 3GUNA 3PDSA 1P46A 1PQKA 3G3VA 1F50A 238LA 1L04A 1L92A 4JKVA 2KSYA 112LA 3HARA 1KNIA 5JJJA 1C69A 1F88A 254LA 3WQJA 1L82A 1L19A 235LA 2B6XA 1C61A 4GBRA 3HAOA 4W53A 3QAPA 3DMZA 151LA 5DHGA 3LZMA 2G87A 1B6IA 1L35A 2Z55A 240LA 1LYJA 158LA 1GU8A 2OU9A 5AHYA 1L25A 3C7YA 1JTMA 186LA 4LDLA 4N4WA 1G07A 1QSBA 180LA 1P56A 5J7AA 3QJQB 4HYJA 2OTYX 1KY0A 1OWZA 1LGWA 3QBIA 2I20A 1CV5A 3C80A 5B6VA 1Q5JA 5H2NA 1C6IA 1PQDA 3NY8A 2Q9EA 2RAZX 1L36A 183LA 2B72A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3QJTB 2OE9X 1L26A 3HH3A 135LA 201LA 3HTBA 219LA 4GP5B 5LXWA 2YDGA 177LA 3C8RA 1G7HC 1GFUA 157LA 3HH6A 1M0KA 1XGRC 3P66A 197LA 4ETCA 1GEZA 1P7SA 4NHPA 1R2NA 2BQKA 5C6LA 2YBMA 4MCKA 146LA 3CDRA 4GLVA 1TLAA 1CU3A 1IIZA 3A90A 4FA7B 3SB6A 1WQNA 1LYOA 1L00A 4LYMA 3OE9A 2WARA 2KS9A 2XJWA 1LJGA 3DN3A 1B7SA 1IEEA 4II8A 4IB4A 1GBOA 3M18B 3ULRA 2YBLA 3EH4B 3WH1A 1G0KA 5DN4A 1GF6A 3AM6A 1FKVA 3HUQA 1LJNA 5I4WA 3K3TA 3W6EA 4NG1A 1L79A 4CFPA 3LYTA 1LPIA 5G28A 1L24A 1LZTA 231LA 2F47A 4H8ZA 1GD6A 1G1WA 1IWYA 1CNSA 5AMYA 4XADA 1LYFA 2HPYA 223LA 5G2CA 1T8GA 137LA 2Z6BA 5C6IA 3NYAA 1QQYA 1BRXA 4EA3A 1JKAA 1QSAA 1GHLA 1LSAA 1IWVA 2YSSC 4AGAA 3QY4A 1LI3A 3LN2A 2VB1A 5KXWA 2F30A 2LZMA 4I7SA 1L05A 2J4YA 3QJSB 1LZEA 1C63A 3CAPA 1WVUA 1L9HA 1IVMA 1IOCA 1L85A 142LA 4UG2A 2A7FA 4HTKA 3DN6A 5F16A 4XJHA 1WTHA 1QUHA 3AZ7A 1IO5A 1YL1X 1L33A 5EBHA 1GBWA 1F6SA 4WLDA 3A94A 1UCOA 2YCZA 1AZFA 2HEBA 1WTNA 1L60A 4JQ6A 1EQ5A 207LA 4NSGA 1BM1A 1KW7A 1JJ1A 199LA 1PZYA 3DN1A 3NS0A 3AZ6A 5B1FA 2LYZA 3X3BA 3GUOA 2HEEA 4ARQA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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 3CDV A;  1LWK A;  3DNA A;  1OV5 A;  250L A;  1D3F A;  1QT8 A;  185L A;  110L A;  1G06 A;  1L18 A;  3PBL A;  2YDO A;  248L A;  2QPD B;  139L A;  232L A;  1E12 A;  5AX0 A;  3S8G B;  229L A;  2RH1 A;  1LWG A;  3F8V A;  170L A;  3UTY A;  3VGA A;  1C6L A;  1L13 A;  1BRD A;  1KGB A;  3DMV A;  5ITC A;  259L A;  2RBS A;  1CU6 A;  4N6H A;  4XT3 A;  220L A;  4BEZ A;  3AYM A;  1L56 A;  4ARM B;  3FI5 A;  4WW3 A;  1L64 A;  1L44 A;  1L38 A;  3ZEV A;  1SWZ A;  1L0J A;  3T45 A;  1QT4 A;  1T8F A;  2R4R A;  4G7S B;  1CV4 A;  1L03 A;  1QUG A;  1PQO A;  3GUL A;  1X0S A;  4MD1 A;  3OAX A;  1L42 A;  4IAQ A;  2Z73 A;  1L74 A;  2NTU A;  192L A;  3SBA A;  5KKH A;  1L65 A;  1PXR A;  2OTZ X;  1TN5 A;  3VG9 A;  4FAA B;  1C6F A;  3MBV A;  1L68 A;  3C7Z A;  3UZC A;  149L A;  1LYH A;  4GRV A;  4A4M A;  245L A;  1S8L A;  4FPD A;  4YXC A;  257L A;  5B6Z A;  3HDF A;  2OE4 X;  1DYE A;  2OEA X;  1D2Y A;  1L61 A;  1L10 A;  168L A;  103L A;  2LNL A;  1SSW A;  3F9L A;  1L11 A;  4S0W A;  5AZD A;  253L A;  1QUD A;  1IW9 A;  191L A;  2NTH A;  3QBL A;  5B34 A;  2ANX A;  1L49 A;  130L A;  196L A;  1L99 A;  3QJV B;  2Y04 A;  156L A;  4G70 B;  4HYX A;  1QSQ A;  4AMJ A;  222L A;  3ODU A;  2Y00 A;  189L A;  1D2W A;  1L15 A;  5B6W A;  1L51 A;  4EKR A;  1OV7 A;  3C9L A;  4W56 A;  3HDE A;  3C81 A;  3HT9 A;  209L A;  3ABW A;  1CV3 A;  1CX6 A;  1L62 A;  5AX1 A;  5G2D A;  3C8Q A;  2M3G A;  1L41 A;  1XJI A;  2VT4 A;  5H2H A;  1C65 A;  1CU0 A;  1FBB A;  1VJM A;  175L A;  1L50 A;  3GUJ A;  4EKS A;  150L A;  1C6B A;  3EML A;  1CWQ A;  5H2K A;  3SN6 R;  3REY A;  3OE6 A;  4EIY A;  1QS9 A;  1P64 A;  3C82 A;  2F93 A;  1QTB A;  3CDO A;  5TGZ A;  1L97 A;  1OVK A;  1K28 A;  1QUO A;  227L A;  1XME B;  4GP4 B;  1DYA A;  1C6N A;  1L29 A;  2WJL A;  4W59 A;  140L A;  1G0J A;  3SBB C;  5H2I A;  1T8A A;  1L80 A;  1R84 A;  162L A;  2I35 A;  2RB2 X;  262L A;  5ETZ A;  187L A;  198L A;  1G0P A;  1GZM A;  167L A;  3HUK A;  5C1M A;  1H2S A;  1NHB A;  1QTH A;  1JQU A;  2B73 A;  1C6Q A;  2F32 A;  1L54 A;  4BEY A;  3OE8 A;  5JJN A;  2NTG A;  3NSB A;  2RB1 X;  1C6P A;  4I7P A;  2NTW A;  1OVH A;  1HZX A;  5LZM A;  3G3X A;  5G36 A;  4IAP A;  4YXA C;  1VGO A;  1G0G A;  2B70 A;  120L A;  4EKP A;  3CDQ A;  141L A;  1PY6 A;  3GUI A;  1C3W A;  4ARJ A;  1G0L A;  1X0I 1;  104L A;  3HTG A;  3A7K A;  1G0M A;  1JTN A;  4DAJ A;  1KG8 A;  1L84 A;  1H68 A;  224L A;  1LI6 A;  211L A;  2A4T A;  5I14 A;  1JV7 A;  246L A;  111L A;  2HUM A;  1CU2 A;  2RBO A;  3HT8 A;  2HUK A;  1L95 A;  1OWY A;  244L A;  1UCQ A;  3EH5 B;  4UHR A;  3VHZ A;  5H2O A;  1LGU A;  1CUP A;  260L A;  1DYF A;  4OO9 A;  4ARQ B;  1CV6 A;  1OYU A;  2IGC A;  5H2J A;  3DN2 A;  182L A;  1LW9 A;  2HUL A;  4AMI A;  114L A;  4OV0 A;  4NC3 A;  1QTV A;  1AT9 A;  1L83 A;  152L A;  144L A;  3DMX A;  1L02 A;  3GUN A;  3PDS A;  1P46 A;  1PQK A;  3G3V A;  1F50 A;  238L A;  1L04 A;  1L92 A;  4JKV A;  2KSY A;  112L A;  3HAR A;  1KNI A;  5JJJ A;  1C69 A;  1F88 A;  254L A;  3WQJ A;  1L82 A;  1L19 A;  235L A;  2B6X A;  1C61 A;  4GBR A;  3HAO A;  4W53 A;  3QAP A;  3DMZ A;  151L A;  5DHG A;  3LZM A;  2G87 A;  1B6I A;  1L35 A;  2Z55 A;  240L A;  1LYJ A;  158L A;  1GU8 A;  2OU9 A;  5AHY A;  1L25 A;  3C7Y A;  1JTM A;  186L A;  4LDL A;  4N4W A;  1G07 A;  1QSB A;  180L A;  1P56 A;  5J7A A;  3QJQ B;  4HYJ A;  2OTY X;  1KY0 A;  1OWZ A;  1LGW A;  3QBI A;  2I20 A;  1CV5 A;  3C80 A;  5B6V A;  1Q5J A;  5H2N A;  1C6I A;  1PQD A;  3NY8 A;  2Q9E A;  2RAZ X;  1L36 A;  183L A;  2B72 A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
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