4LDLA

Structure of beta2 adrenoceptor bound to hydroxybenzylisoproterenol and an engineered nanobody
Total Genus 166
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
166
sequence length
457
structure length
454
Chain Sequence
DAENLYFQGNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYAADEVWVVGMGIVMSLIVLAIVFGNVLVITAIAKFERLQTVTNYFITSLACADLVMGLAVVPFGAAHILTKTWTFGNFWCEFWTSIDVLCVTASIETLCVIAVDRYFAITSPFKYQSLLTKNKARVIILMVWIVSGLTSFLPIQMHWYRATHQEAINCYAEETCCDFFTNQAYAIASSIVSFYVPLVIMVFVYSRVFQEAKRQLQKFALKEHKALKTLGIIMGTFTLCWLPFFIVNIVHVIQDNLIRKEVYILLNWIGYVNSGFNPLIYCRSPDFRIAFQELLCL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Adrenaline-activated structure of beta 2-adrenoceptor stabilized by an engineered nanobody.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Lysozyme, Beta-2 adrenergic receptor
molecule tags Membrane protein/hydrolase
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 166
structure length 454
sequence length 457
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2013-06-24

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
A PF00001 7tm_1 7 transmembrane receptor (rhodopsin family)
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 4ldlA01
1.20.1070.10 Mainly Alpha Up-down Bundle Rhopdopsin 7-helix transmembrane proteins Rhopdopsin 7-helix transmembrane proteins 4ldlA02
2Y03A 2WJLA 2ANVA 2HUKA 1P8UA 1QT7A 210LA 228LA 254LA 2Q9DA 3ABWA 206LA 2B72A 3UTXA 3F9LA 4UG2A 1L28A 5DHHA 1OWZA 1CUPA 1L67A 1XJUA 102LA 2RBNA 232LA 167LA 1LYGA 1P6YA 3SBBC 3PDSA 1PXSA 4BUOA 4GPOA 1C66A 1L99A 3QBKA 1L43A 1L0KA 1L73A 1SSWA 2O4WA 236LA 1QM8A 4L6RA 3QAPA 1L90A 1LW9A 1LGXA 3DQBA 4EPIA 3HU9A 3ZPRA 190LA 1AP9A 258LA 1CU6A 155LA 1L36A 5LZMA 230LA 5JJEA 1L20A 4LDLA 239LA 1BRDA 4EIYA 1XJTA 1DYBA 1P46A 1L59A 1CU3A 1XJIA 4BEZA 146LA 1QKOA 216LA 4DAJA 1G0PA 1GZMA 3UTYA 1L53A 4I7TA 3UTVA 4W51A 4AMJA 3DKEX 171LA 1L07A 4YXCA 1L18A 131LA 1P3NA 164LA 1L77A 234LA 233LA 1I6SA 3QBIA 1L15A 5G36A 186LA 4YXAC 3C81A 1L39A 4GYCA 3ZEVA 1CUQA 1L26A 2J4YA 257LA 1CWQA 5DHGA 4E97A 4I7OA 177LA 1P7SA 1H2SA 130LA 5A45A 1CV1A 162LA 3PQRA 3MBVA 222LA 1L98A 3VGAA 1P64A 1L79A 1S52A 163LA 1LYFA 2NTGA 1L06A 5J7AA 3REYA 3JR6A 180LA 1L05A 5F8UA 3DN2A 157LA 2B6TA 112LA 1L32A 1QUGA 4A4MA 3KJ6A 3SB9A 1G0LA 1TN5A 1EPYA 1L94A 3UG9A 3VG9A 5AZDA 181LA 1LWKA 1ZWNA 1G06A 125LA 1C6NA 211LA 3L64A 1QUHA 3QJSB 5G53A 1L09A 1BM1A 4W53A 249LA 3C7YA 3C8RA 2JAGA 3GULA 3HAPA 2B6ZA 140LA 3HH6A 1L30A 3GUIA 1L70A 1C6DA 1CU5A 128LA 1L92A 2F47A 1L68A 1L84A 2OE9X 3PWHA 2VT4A 3BVDB 1L29A 185LA 3RUNA 1C61A 1L95A 1OVKA 2R4SA 3HT9A 2ANXA 247LA 4EKRA 1L03A 3HAQA 1L88A 1C6JA 3FA0A 3HUAA 4EJ4A 4J4QA 1Q5IA 3HDFA 3HTGA 4JQ6A 4W52A 139LA 245LA 4BEYA 1CV4A 1L11A 2OTYX 2KSBA 3ODUA 1CTWA 3HTFA 4AQNA 4KLYA 2I20A 165LA 3DN6A 1L04A 4I7NA 149LA 4W58A 3DDLA 1P56A 1KY1A 5G54A 2I21A 5G28A 3AYMA 2RBOA 1L82A 2KSYA 1K28A 2ZZLA 4I7QA 4G70B 3COCA 1L51A 120LA 2Q9EA 4LZMA 3DMXA 4GP5B 1CX6A 2RBSA 127LA 1L96A 1L21A 1M0KA 182LA 1S51A 1C63A 4TL3A 260LA 2LNLA 5KKHA 2RBRA 4IAQA 259LA 2OU8A 1L01A 196LA 4I7RA 2OE7X 3G3VA 1L56A 4W59A 142LA 1L24A 3SB7A 3GUKA 1IXFA 1L0JA 1LI2A 2L78A 1F4ZA 4N4YB 1L46A 3EH3B 3C9LA 143LA 2RB0X 3QJRB 1JGJA 195LA 3L2XA 5B6ZA 160LA 1D2YA 4ARMB 1KG9A 2YCXA 3QDCA 1G1VA 1PY6A 1IW9A 1T8AA 1L50A 5JJNA 1QT3A 1C6EA 1L19A 172LA 3CDRA 5FJGA 3SB5A 3QJTB 1L60A 3S3CB 4XTLA 2F2QA 5B35A 2HULA 1C3WA 1QT5A 3OE9A 4W56A 199LA 1G07A 1PQKA 2OU0X 4GP4B 1L34A 1GU8A 1DYGA 191LA 2RB1X 5H2LA 1L71A 1QS5A 3HT8A 256LA 3CDTA 1G0JA 1SWYA 1C6BA 1C8SA 1C6IA 1SSYA 1L16A 1SX2A 1LYEA 4G72B 1T97A 2OU9A 1S8JA 2QPEB 3NY8A 2M3GA 3HDEA 1C69A 2RAYX 189LA 3HUQA 158LA 6LZMA 1S8LA 2G87A 1L81A 5B6VA 2ZFEA 4MBSA 3S8GB 4ZPUA 5H2KA 4MD1A 205LA 5AHZA 5AHYA 3DMZA 4MD2A 2RBQA 3C7ZA 1S54A 4ARMA 107LA 5H2JA 1L61A 3AYNA 1L35A 3HAOA 151LA 220LA 261LA 3D4SA 5B34A 1L83A 1L37A 3QAKA 1L72A 1T6HA 3AM6A 4PXFA 1QTZA 1M0MA 1LYJA 2LC9A 3QBGA 2Z55A 4I7SA 2ZIYA 3NSBA 1C60A 3GUOA 3EMLA 1QKPA 4I7LA 1P8IA 5AX1A 1TN0A 4BWBA 3A7KA 113LA 1B6IA 241LA 4Y9HA 1U19A 4XTNA 5LWEA 4WAVA 144LA 159LA 238LA 2YCWA 4IB4A 1L31A 1QTBA 2RAZX 1C6QA 161LA 1CV3A 3GUNA 1L23A 3QBLA 5ITCA 4G71B 2F93A 1L87A 3RFMA 1C6AA 224LA 3UZAA 4ARQB 1L58A 2O7AA 1L76A 3HTDA 1L41A 5A8EA 1R2NA 1WTHA 3CDQA 4OV0A 103LA 2F32A 138LA 1L80A 4MQSA 1HZXA 198LA 1KG8A 5B2NA 1QT4A 2B74A 1PQDA 246LA 3QJUB 1CU2A 1LWGA 4ARLA 2B6WA 2CUUA 1GUEA 3NS0A 1QTCA 5AWZA 217LA 2HUMA 3FADA 1JTMA 3GUJA 4JKVA 4N4WA 2WJKA 2HPYA 4EPFA 5G2CA 5DYSA 141LA 1C6HA 1L08A 1L89A 3OE6A 4I7KA 1VGOA 3UZCA 3VI0A 176LA 2OE4X 1F88A 3K2RA 1QSQA 229LA 253LA 244LA 1L48A 3PBLA 1X0SA 5H2IA 129LA 3RZEA 2NTUA 4HYJA 1OV7A 3HU8A 1KS3A 1L0MA 1O0AA 3HANA 4GBRB 1F50A 1KW7A 1IW6A 1M0LA 1L63A 2QPDB 5TGZA 1C6TA 3DN1A 3S8FB 1SWZA 1L97A 178LA 1L00A 1L25A 1OVJA 1OYUA 1PQIA 1BRXA 3SN6R 1BRRA 1QUDA 4LDEA 104LA 237LA 2IGCA 1JTNA 4XT1A 2LZMA 2R4RA 137LA 4K5YA 3C9MA 187LA 1P36A 183LA 1L69A 1QT8A 5C1MA 1LYDA 4X31A 2Y00A 5A44A 2LCBA 1QTDA 3OAXA 4I7MA 1QT6A 1LI3A 4X1HA 3DN4A 262LA 3CDVA 1C6MA 4EKSA 5G2AA 1C68A 3C80A 5B0WA 4I7JA 3DNAA 1G0GA 2OTZX 252LA 240LA 5B6WA 1KW5A 1L40A 3CODA 2QARC 1L57A 118LA 2RH1A 1FBKA 170LA 188LA 4W57A 147LA 1L65A 1DYEA 1QUOA 214LA 3T45A 4NC3A 4L35A 4BV0A 1L66A 1H68A 1CV5A 3V2WA 175LA 4OO9A 4IAPA 1L10A 1QHJA 3C8QA 1KGBA 150LA 1JV7A 123LA 3HTBA 5G2DA 2I35A 2EI4A 1P2LA 4G7RB 1L12A 4X32A 1OV5A 1L42A 111LA 1LI6A 1LPYA 3DN0A 4EKPA 3UTWA 3S3DB 251LA 192LA 3CAPA 4HWLA 2AT9A 1L85A 4W54A 5H2HA 3V2YA 1NHBA 4N6HA 2YDOA 1AT9A 184LA 3C8SA 169LA 4DJHA 3PXOA 1UCQA 2F95A 7LZMA 1QTHA 1DYAA 2B75A 174LA 3G3WA 3G3XA 1JV6A 2NTWA 3ZPQA 1G0MA 1L75A 1L44A 1PQOA 2A4TA 3GUMA 1JQUA 3HT6A 1L47A 1L38A 1C6CA 1L14A 1LYIA 2RB2X 1C8RA 119LA 2NTHA 2KS9A 152LA 3HH5A 1E0PA 4PK0A 1C6FA 1L64A 1G0KA 1QSBA 1L22A 1DZEA 4QI1A 1P2RA 3CDOA 1E12A 1XIOA 3SBAA 4YX7C 3DN3A 1KMEA 4GRVA 4S0WA 1L91A 1L49A 1JFPA 1DYDA 4EXMA 3QJVB 3WQJA 1L45A 1R84A 108LA 3P0GA 1P37A 3HWLA 5ETZA 3X3BA 1PQJA 1L74A 1PXRA 212LA 242LA 3NYAA 1EHKB 2YCYA 213LA 4IARA 3HH3A 126LA 5H2NA 223LA 1L17A 2L6XA 3UONA 1SX7A 3EH5B 5H2PA 3VHZA 3C82A 4DKLA 1X0K1 1T8FA 4LDOA 1L52A 1D2WA 4GP8B 1D3MA 5H2MA 5B6XA 3GUPA 4FPDA 1L13A 2I1XA 2JAFA 1T8GA 5AX0A 2B6YA 1D3JA 145LA 219LA 231LA 1FBBA 1VJMA 1KNIA 4FA7B 3HUKA 1C62A 1P8HA 1CVKA 3DMVA 5EN0A 4MQTA 1L33A 4PJZA 2RBPA 4PXKA 1L62A 3LZMA 1C6PA 248LA 2Z6BA 2B73A 1UAZA 250LA 4EA3A 1PQMA 2YCZA 235LA 225LA 1L27A 4ARJA 4KNFA 2Y01A 1XMEB 4XXJA 4WW3A 1D3NA 1OVHA 1QS9A 5BR5A 3SB6A 168LA 5ITEA 3X3CA 1XEPA 4UHRA 1CV6A 1ZURA 173LA 4EKQA 1L9HA 2KSAA 1P5CA 114LA 1C6GA 3VW7A 3HT7A 1MGYA 3HARA 1LN6A 4FBZA 2PEDA 110LA 1ZYTA 3S3BB 4W55A 1S53A 1L86A 3QJQB 2X72A 166LA 2Y02A 4XT3A 2B6XA 1DYFA 1G0QA 4ARQA 1C67A 200LA 3SB8A 1C6KA 2QB0B 1D3FA 1LGUA 3OE8A 2Z73A 4JR8A 4ARPA 3F8VA 3C7WA 3HASA 221LA 4FAAB 4G7SB 4AMIA 1D9WA 156LA 218LA 109LA 3OE0A 3EH4B 1OWYA 227LA 2Y04A 1CU0A 1LGWA 122LA 197LA 4G7QB 4QIDA 115LA 2O79A 5I14A 4HYXA 1L55A 4I7PA 5B6YA 3NY9A 1X0I1 226LA 1C65A 1L54A 1LYHA 148LE 1LLHA 5H2OA 2B70A 2B7XA 5BR2A 1C64A 4QRYA 1L93A 1G1WA 1L02A 1Q5JA 1CX7A 243LA 1CV0A 2YDVA 1C6LA 2BRDA 215LA 1TLAA 3DN8A 3C83A 255LA 2OEAX 4XTOA 4GBRA 4BVNA 1QTVA 1DYCA 209LA 201LA 3FI5A 5JJJA 3HH4A 3VVKA 1KY0A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2G4PA 1QT7A 2Q9DA 3ABWA 1YAPA 1L28A 3QY4A 1OWZA 3CQLA 1XJUA 2RBNA 4XJHA 4W94A 3HBDA 5KXPA 1HEPA 4NFVA 1L99A 3QBKA 1L43A 4TSCA 1D0MA 1QDRA 4G4CA 1L90A 1LW9A 2ZWBA 3HU9A 3ZPRA 2HU1A 190LA 4G9SA 1HNLA 1KXXA 1P46A 1MELL 4ETCA 2XQOA 4I7TA 4W51A 1L07A 4YXCA 1BHZA 131LA 164LA 4B49A 5APEA 233LA 1I6SA 5G36A 1CKFA 186LA 4YXAC 4GCCA 1DZBX 1LJIA 4LT2A 1CUQA 1L26A 2J4YA 4WM5A 1OQMA 4E97A 162LA 1BB6A 1P64A 1B7NA 1L06A 5J7AA 180LA 5F8UA 3DN2A 2B6TA 112LA 3KJ6A 1BB4A 1NBYC 2CGIA 3B6LA 3IJUA 3UG9A 1LMPA 3CSZA 1ZWNA 3HFMY 4XJGA 125LA 4GN3A 1XGQC 1L09A 4W53A 4NEBA 2B6ZA 3AYQA 1L70A 1L92A 1FLWA 1L68A 1L84A 3PWHA 1GFEA 2R4SA 3HT9A 247LA 1NQIA 3FA0A 4JQ6A 4WLXA 4BEYA 4H9IA 2KSBA 1CTWA 3HTFA 4AQNA 3DN6A 4WL7A 1KY1A 3WW6A 5I54A 3AGIA 3COCA 2H9KA 3N9EA 1IVMA 2Q9EA 1CX6A 2RBSA 1NDMC 4NHPA 1L96A 4HTKA 182LA 4TL3A 5LVGA 2LNLA 3AZ5A 4AGAA 259LA 1L01A 2OE7X 3G3VA 4WM6A 1BWJA 4WOAA 1C43A 3GUKA 1IXFA 1LI2A 2L78A 1LHLA 1F4ZA 4XJIA 1OP9B 3KAMA 1JGJA 4OWHA 1KG9A 4N9RA 3QDCA 1PY6A 4G4BA 6LYTA 1T8AA 1L50A 4D9ZA 1GDXA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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 1P8H A;  1CVK A;  3DMV A;  5EN0 A;  4MQT A;  1L33 A;  4PJZ A;  2RBP A;  4PXK A;  1L62 A;  3LZM A;  1C6P A;  248L A;  2Z6B A;  2B73 A;  1UAZ A;  250L A;  4EA3 A;  1PQM A;  2YCZ A;  235L A;  225L A;  1L27 A;  4ARJ A;  4KNF A;  2Y01 A;  1XME B;  4XXJ A;  4WW3 A;  1D3N A;  1OVH A;  1QS9 A;  5BR5 A;  3SB6 A;  168L A;  5ITE A;  3X3C A;  1XEP A;  4UHR A;  1CV6 A;  1ZUR A;  173L A;  4EKQ A;  1L9H A;  2KSA A;  1P5C A;  114L A;  1C6G A;  3VW7 A;  3HT7 A;  1MGY A;  3HAR A;  1LN6 A;  4FBZ A;  2PED A;  110L A;  1ZYT A;  3S3B B;  4W55 A;  1S53 A;  1L86 A;  3QJQ B;  2X72 A;  166L A;  2Y02 A;  4XT3 A;  2B6X A;  1DYF A;  1G0Q A;  4ARQ A;  1C67 A;  200L A;  3SB8 A;  1C6K A;  2QB0 B;  1D3F A;  1LGU A;  3OE8 A;  2Z73 A;  4JR8 A;  4ARP A;  3F8V A;  3C7W A;  3HAS A;  221L A;  4FAA B;  4G7S B;  4AMI A;  1D9W A;  156L A;  218L A;  109L A;  3OE0 A;  3EH4 B;  1OWY A;  227L A;  2Y04 A;  1CU0 A;  1LGW A;  122L A;  197L A;  4G7Q B;  4QID A;  115L A;  2O79 A;  5I14 A;  4HYX A;  1L55 A;  4I7P A;  5B6Y A;  3NY9 A;  1X0I 1;  226L A;  1C65 A;  1L54 A;  1LYH A;  148L E;  1LLH A;  5H2O A;  2B70 A;  2B7X A;  5BR2 A;  1C64 A;  4QRY A;  1L93 A;  1G1W A;  1L02 A;  1Q5J A;  1CX7 A;  243L A;  1CV0 A;  2YDV A;  1C6L A;  2BRD A;  215L A;  1TLA A;  3DN8 A;  3C83 A;  255L A;  2OEA X;  4XTO A;  4GBR A;  4BVN A;  1QTV A;  1DYC A;  209L A;  201L A;  3FI5 A;  5JJJ A;  3HH4 A;  3VVK A;  1KY0 A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
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 5II3 A;  2ZNX Y;  2C8P A;  4Z46 A;  104L A;  1A4V A;  237L A;  2DQF C;  1GF0 A;  2R4R A;  137L A;  187L A;  4ZEE A;  1P36 A;  183L A;  2I26 L;  2LCB A;  3OAX A;  4I7M A;  4WLD A;  2BQF A;  1QT6 A;  1LI3 A;  4W96 A;  1Z55 A;  1WQN A;  1C68 A;  5KXX A;  5B0W A;  1OUF A;  4H93 A;  1KW5 A;  1JEF A;  2RH1 A;  118L A;  1IWZ A;  147L A;  2Z2E A;  1H68 A;  1HEN A;  3A6B Y;  1GFK A;  1B7Q A;  1GF5 A;  4H9F A;  4IAP A;  3C8Q A;  1YIL A;  1UIH A;  150L A;  123L A;  2BQO A;  3HTB A;  3TMX A;  4X32 A;  3LHM A;  1LI6 A;  2LHM A;  4C3W A;  4HWL A;  1CJ8 A;  3M18 B;  5LIN A;  1J1X Y;  5KXN A;  3A67 Y;  1UCQ A;  3AZ4 A;  1G0M A;  3GUM A;  2A4T A;  4B0D A;  3HT6 A;  1L14 A;  2NTH A;  4M6D A;  152L A;  3HH5 A;  4PK0 A;  1L64 A;  1G0K A;  2Q0M X;  1P2R A;  1BWH A;  1GAZ A;  5F16 A;  4NGI A;  4GRV A;  4S0W A;  1L91 A;  5KXT A;  1HEL A;  2MED A;  1DYD A;  1IP2 A;  4EXM A;  5ILC A;  1R84 A;  1EQ4 A;  4RLN A;  1GDW A;  4QY9 A;  3A96 A;  1GB6 A;  1P37 A;  3HWL A;  1PXR A;  5LAG A;  1GFV A;  4U3X B;  2YCY A;  3HH3 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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