4LDOA

Structure of beta2 adrenoceptor bound to adrenaline and an engineered nanobody
Total Genus 164
50100150200250300350400450020406080100120140160
Genus TraceResidueGenus

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
164
sequence length
457
structure length
454
Chain Sequence
DAENLYFQGNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYAADEVWVVGMGIVMSLIVLAIVFGNVLVITAIAKFERLQTVTNYFITSLACADLVMGLAVVPFGAAHILTKTWTFGNFWCEFWTSIDVLCVTASIETLCVIAVDRYFAITSPFKYQSLLTKNKARVIILMVWIVSGLTSFLPIQMHWYRATHQEAINCYAEETCCDFFTNQAYAIASSIVSFYVPLVIMVFVYSRVFQEAKRQLQKFALKEHKALKTLGIIMGTFTLCWLPFFIVNIVHVIQDNLIRKEVYILLNWIGYVNSGFNPLIYCRSPDFRIAFQELLCL
50100150200250300350400450400300200100
050100150Genus Matrix

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
EMPTYO4 (22-95)Updating...
connected with : NaN
molecule tags Membrane protein/hydrolase
source organism Enterobacteria phage t4
publication title Adrenaline-activated structure of beta 2-adrenoceptor stabilized by an engineered nanobody.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Lysozyme, Beta-2 adrenergic receptor
total genus 164
structure length 454
sequence length 457
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2013-06-24

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
A PF00001 7tm_1 7 transmembrane receptor (rhodopsin family)
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 4ldoA01
1.20.1070.10 Mainly Alpha Up-down Bundle Rhopdopsin 7-helix transmembrane proteins Rhopdopsin 7-helix transmembrane proteins 4ldoA02
4XT3A 1L55A 1DYEA 1L22A 2IGCA 4I7OA 1OWZA 4BUOA 1XJIA 3S8FB 1L48A 157LA 1CTWA 3UONA 201LA 3HH3A 1G0GA 1L44A 4ARMA 1L11A 1P36A 3AYNA 2B6YA 2RAYX 199LA 1LWGA 2RBQA 3GUOA 107LA 181LA 1LW9A 1T8AA 3HDFA 1JGJA 1FBBA 2JAGA 173LA 1KMEA 1L65A 1CV3A 2F93A 1KW7A 3CDOA 4GP5B 4ARMB 3VGAA 221LA 2QARC 4G7SB 3PBLA 5B34A 1EPYA 2QPEB 5H2KA 3OAXA 3QJUB 1CVKA 3DN6A 1GZMA 4XXJA 2O4WA 1C6HA 1L59A 1L02A 3VHZA 1T8GA 5ETZA 1P56A 2I35A 4W52A 2LCBA 3ZEVA 1X0SA 2WJLA 1S8JA 141LA 2OU9A 1L60A 1L05A 3JR6A 1C6MA 114LA 2RBNA 4AQNA 1L51A 1L87A 3DN0A 1L67A 146LA 229LA 3GULA 1F50A 4FBZA 4G7RB 1QSQA 250LA 4AMJA 4YXAC 1QT3A 3NY8A 1JV6A 3NY9A 4EKPA 3PWHA 1L0KA 1QHJA 1L14A 5TGZA 1C6BA 1L84A 1P5CA 1L08A 3HDEA 1IW6A 174LA 3G3VA 3SB6A 7LZMA 1F88A 1AT9A 1L98A 262LA 2B6WA 4QRYA 5DYSA 3RUNA 227LA 4X32A 261LA 3HUAA 3V2YA 1L85A 3X3CA 5LZMA 3UZAA 3NS0A 1L9HA 242LA 3P0GA 1L66A 3SB7A 4G7QB 5ITCA 1G0MA 1TLAA 2OE9X 5BR2A 2M3GA 1AP9A 1OVJA 160LA 3QJRB 196LA 1D3FA 2KSYA 5H2MA 1X0K1 163LA 4PJZA 177LA 129LA 3DMVA 4K5YA 4DJHA 1P2LA 198LA 3QBIA 4EKRA 1BRRA 3HTDA 3HUQA 1PQMA 4GPOA 5AHYA 1C6FA 2RB2X 1OVKA 1G06A 2HULA 1L33A 3QJQB 4PXKA 4PXFA 2RBOA 5H2LA 252LA 1KGBA 3UTXA 4EXMA 166LA 191LA 1C6AA 1LYIA 1I6SA 3HAQA 1L57A 3G3WA 2Y00A 4FPDA 144LA 249LA 1L64A 5G36A 1DZEA 1L43A 3HT8A 4ARLA 5B35A 187LA 3CDQA 4W51A 6LZMA 176LA 4YXCA 1L50A 1G1WA 241LA 4XTOA 4HWLA 5AWZA 255LA 3GUMA 3SB9A 127LA 1ZYTA 3RZEA 210LA 5EN0A 5B6ZA 1L88A 2L6XA 3VG9A 1QTHA 217LA 115LA 4BV0A 2ZFEA 4EJ4A 2R4SA 5H2JA 3REYA 2OE7X 244LA 1CV6A 2BRDA 3QJSB 5G2CA 3ABWA 2OTYX 5J7AA 3HU8A 162LA 3PQRA 3GUJA 5B6WA 178LA 1C62A 3LZMA 1KG9A 3HUKA 3S3CB 5B6VA 259LA 5AZDA 4FAAB 3MBVA 1L07A 239LA 5H2HA 5G2AA 1X0I1 1CUPA 119LA 2RBSA 3HH6A 1L40A 4I7SA 151LA 5AHZA 1L68A 232LA 4ARPA 1ZWNA 3DMXA 1PQKA 3HT9A 4I7LA 3KJ6A 4I7MA 184LA 5C1MA 4GP8B 2I21A 155LA 1DYCA 3UTYA 1DYDA 3GUKA 4MQTA 1L61A 1XEPA 3S3DB 5JJNA 4G70B 185LA 1QUHA 1L92A 170LA 1QUDA 4LDOA 172LA 190LA 3FADA 3QJVB 1L56A 243LA 3C83A 137LA 1L95A 1L93A 1C68A 1L52A 3AYMA 5H2PA 1L89A 4G71B 1BRXA 3HARA 152LA 4GP4B 5DHGA 3V2WA 2LC9A 1IW9A 4N4YB 1L45A 1G0QA 1VGOA 3QAPA 240LA 1M0MA 4N6HA 1L06A 143LA 1QS5A 5A44A 223LA 1CX6A 1L73A 1LGWA 3SBAA 5LWEA 4IAPA 3DQBA 1L0MA 4NC3A 1JQUA 1PQOA 4YX7C 3HANA 5H2OA 2KSAA 1XMEB 3GUPA 2Q9EA 3C9LA 3F9LA 1QT8A 3S3BB 2YCYA 145LA 1UAZA 3QBLA 4UG2A 2YCWA 1G0PA 1CX7A 216LA 1C65A 1L34A 1XIOA 1S52A 2Q9DA 1D2YA 1C66A 1SX2A 1L38A 2EI4A 1C6KA 4WAVA 1P64A 1SWYA 1LN6A 1BRDA 1MGYA 110LA 2RB0X 3HTFA 1QTVA 2OU8A 1T6HA 5JJJA 3DKEX 3DNAA 1KY1A 3CAPA 5ITEA 109LA 236LA 128LA 3GUIA 2Y03A 4UHRA 188LA 1K28A 5G28A 1IXFA 2WJKA 2B72A 5B6YA 139LA 4X1HA 2HUMA 171LA 1P6YA 234LA 3CDRA 1CWQA 1PY6A 1QTDA 3ODUA 3NYAA 2Z55A 209LA 2G87A 1C61A 4TL3A 1KNIA 2KS9A 4XTLA 2ANXA 2I20A 113LA 182LA 167LA 189LA 1WTHA 1L26A 1QM8A 4X31A 1L29A 1O0AA 1D3MA 3HH4A 3VW7A 1EHKB 1C67A 148LE 1C64A 1L80A 197LA 3HAOA 3EH5B 165LA 1SSYA 2QPDB 1L69A 3QAKA 1B6IA 3QDCA 1LYJA 1G0KA 169LA 1D9WA 1QSBA 2LNLA 1C6EA 2A4TA 3DDLA 1C6LA 1D3NA 158LA 1OV7A 1KY0A 2RH1A 231LA 3C8QA 1L39A 3HWLA 1QT7A 5A8EA 1L49A 1L19A 1LI2A 1CV0A 3QJTB 3GUNA 1LYGA 1JTMA 4I7TA 260LA 4W57A 1D3JA 1CU6A 164LA 1P8HA 1P46A 1XJUA 5H2NA 3A7KA 214LA 1L97A 1QUOA 4LDEA 1KG8A 140LA 1D2WA 1PXRA 2Y04A 5AX0A 2RBPA 3BVDB 2F32A 1JFPA 1L74A 2RAZX 4FA7B 122LA 4I7JA 1L35A 1S51A 2OEAX 1E12A 2YCZA 1F4ZA 226LA 1L32A 200LA 1P8UA 156LA 1LGXA 1LYFA 3C7YA 1C60A 1L86A 1M0KA 1C8RA 1L96A 2B7XA 1L04A 3F8VA 1L24A 4W53A 1E0PA 1NHBA 258LA 4LZMA 150LA 2L78A 125LA 4DAJA 248LA 3ZPQA 3CDVA 2O7AA 3VI0A 1L76A 2NTUA 2B75A 4MD1A 4BEYA 253LA 4W58A 224LA 168LA 1L81A 4ZPUA 213LA 5G53A 2I1XA 4XTNA 257LA 1C6CA 2HUKA 3PDSA 3EMLA 1C6GA 1C63A 1S53A 2RB1X 1L58A 1XJTA 1L12A 4JR8A 1L00A 220LA 1CUQA 1BM1A 4L6RA 4BWBA 5I14A 238LA 1PXSA 1GUEA 1L31A 2B73A 2B6TA 3AM6A 3VVKA 2KSBA 3SBBC 3C9MA 212LA 1DYBA 251LA 3HT7A 3UTVA 2Z6BA 1LYHA 4AMIA 120LA 126LA 180LA 1OWYA 1ZURA 247LA 1FBKA 206LA 2Y01A 1LYDA 186LA 211LA 4W56A 3C8RA 1LGUA 102LA 130LA 192LA 233LA 1C6PA 1LI6A 3OE0A 4OO9A 1DYFA 3G3XA 1S8LA 3X3BA 4BVNA 112LA 3C80A 1L30A 1LPYA 147LA 4DKLA 1H68A 1L27A 2B74A 4A4MA 2ZIYA 246LA 3DMZA 4GBRA 1L0JA 237LA 4QIDA 159LA 3HH5A 4I7NA 2X72A 1R84A 4JKVA 2R4RA 4MBSA 1L36A 2OU0X 1L83A 1L94A 1L37A 4GBRB 1L63A 2ZZLA 3EH3B 1P37A 3COCA 1LYEA 1L01A 1L09A 1L42A 1LWKA 3DN1A 1CU5A 1VJMA 5BR5A 2ANVA 3S8GB 4KNFA 225LA 1QT4A 1L28A 3UG9A 4J4QA 4I7PA 5F8UA 1L10A 3L2XA 3D4SA 5DHHA 1L16A 1L41A 2LZMA 1C6TA 254LA 1L90A 4HYJA 1Q5JA 3HU9A 108LA 142LA 3EH4B 111LA 1SX7A 3OE9A 4HYXA 1C6QA 3C7ZA 1P2RA 4I7QA 1H2SA 3C81A 4MQSA 1QTZA 3DN2A 2VT4A 2J4YA 1CU2A 138LA 1T8FA 1CU0A 1L75A 1M0LA 4PK0A 2B6XA 3UTWA 1CV1A 256LA 1C8SA 1DYGA 1C6IA 3CODA 5G2DA 3L64A 1G0JA 3DN4A 5AX1A 3WQJA 1GU8A 2RBRA 1PQJA 1QS9A 1PQIA 1L70A 5B6XA 215LA 1L25A 3HTGA 195LA 1L77A 4KLYA 1OV5A 1L72A 4WW3A 2YDVA 1C6NA 1L99A 1L13A 5G54A 2B70A 1L03A 5JJEA 1C69A 2F47A 1U19A 4EPFA 1QUGA 1LLHA 1QTCA 1T97A 118LA 1L15A 4EIYA 1P8IA 4QI1A 1L17A 4L35A 3RFMA 2O79A 4I7RA 2NTHA 4W55A 3SN6R 4IB4A 2NTWA 2F2QA 3K2RA 3HTBA 3OE6A 4GRVA 123LA 1HZXA 1QKOA 228LA 2JAFA 1TN5A 222LA 1L53A 5A45A 1P3NA 2QB0B 4W54A 1C6JA 4OV0A 3CDTA 1KW5A 3FA0A 3FI5A 4EPIA 3NSBA 4JQ6A 1P7SA 1L21A 2YCXA 1SWZA 4W59A 1UCQA 2PEDA 1JTNA 4EA3A 218LA 1L79A 4LDLA 2F95A 2Y02A 5KKHA 1QT6A 4MD2A 1QTBA 4E97A 205LA 3PXOA 4G72B 3HASA 3QBKA 1L91A 2YDOA 4BEZA 5FJGA 104LA 1G1VA 1L47A 175LA 230LA 3DN3A 4EKSA 1KS3A 4IAQA 3UZCA 4GYCA 5B2NA 2CUUA 1L54A 1L46A 1DYAA 2NTGA 3C82A 1QKPA 1SSWA 1L23A 4S0WA 2HPYA 1L18A 5B0WA 3ZPRA 3HT6A 1OYUA 2OTZX 183LA 1QT5A 3SB8A 1PQDA 2Z73A 4ARJA 1C3WA 3DN8A 1CU3A 1CV4A 1S54A 4I7KA 1L20A 161LA 1L71A 149LA 1OVHA 3SB5A 1JV7A 235LA 3HAPA 4EKQA 1C6DA 2OE4X 4XT1A 1TN0A 219LA 2B6ZA 1G07A 4Y9HA 1Q5IA 4IARA 4ARQA 3C7WA 3QBGA 1R2NA 103LA 3OE8A 1LI3A 1L62A 245LA 2AT9A 1G0LA 3C8SA 5H2IA 4ARQB 131LA 1L82A 4N4WA 3T45A 1CV5A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4XT3A 1L55A 1UUZC 4R6CA 1V7SA 4UWVA 4I7OA 4BUOA 1GDXA 3CSQA 1G0GA 1JTTL 3AZ6A 3RU5A 4NSIA 1LWGA 2RBQA 1FBBA 181LA 1T8AA 5LVKA 2NWDX 3VGAA 1KW7A 3CDOA 4GP5B 2XQOA 3A6CY 2QPEB 1QTKA 4XXJA 2O4WA 1B7QA 3AGIA 1C6HA 4MR1A 2G4QA 2B5ZA 1P56A 1X0SA 2WJLA 1EQEA 1L05A 3JR6A 1IP2A 1KIQC 114LA 2RBNA 2ZIKA 4AQNA 1GWDA 1L87A 1L67A 1QSQA 250LA 4YXAC 1JV6A 5TGZA 3NY9A 3PWHA 1C6BA 4HV2A 1IW6A 7LZMA 4RDSA 2B6WA 1C08C 2YBJA 4J1AA 5FCPA 261LA 4X32A 3HUAA 4ETCA 4NHSA 1JUGA 1OP9B 1IWUA 3SB7A 4G7QB 1QDTA 4DD3A 3QJRB 196LA 163LA 2EKSC 129LA 1WTNA 4LYBA 4N5RA 1P2LA 198LA 3QBIA 4EKRA 3ULRA 3EMSA 3HTDA 5APDA 3QJQB 4PXKA 3WXUA 1UIEA 1KGBA 4HTKA 191LA 1C6AA 1LSPA 1LYIA 1IWYA 144LA 1L64A 1DZEA 1L43A 4ARLA 1BWHA 2MEBA 3CDQA 4YXCA 1B5UA 5LVJA 3SB9A 3TMXA 3BKVA 1ZYTA 5EN0A 5B6ZA 1L88A 2HTXA 2L6XA 217LA 1B7LA 4D9ZA 3ABWA 2OTYX 5J7AA 4ANRA 1LYOA 1VDQA 1LSGA 2A7FA 3HUKA 3S3CB 259LA 2HEDA 4FAAB 1L07A 4NFVA 3T6UA 5KXPA 4RW1A 1CUPA 119LA 151LA 3CT0A 232LA 5AHZA 4ARPA 2BQCA 3HT9A 2BQAA 184LA 1REYA 5LAFA 3A8ZA 2HEFA 4GP8B 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 1LLH A;  1QTC A;  1T97 A;  118L A;  1L15 A;  4EIY A;  1P8I A;  4QI1 A;  1L17 A;  4L35 A;  3RFM A;  2O79 A;  4I7R A;  2NTH A;  4W55 A;  3SN6 R;  4IB4 A;  2NTW A;  2F2Q A;  3K2R A;  3HTB A;  3OE6 A;  4GRV A;  123L A;  1HZX A;  1QKO A;  228L A;  2JAF A;  1TN5 A;  222L A;  1L53 A;  5A45 A;  1P3N A;  2QB0 B;  4W54 A;  1C6J A;  4OV0 A;  3CDT A;  1KW5 A;  3FA0 A;  3FI5 A;  4EPI A;  3NSB A;  4JQ6 A;  1P7S A;  1L21 A;  2YCX A;  1SWZ A;  4W59 A;  1UCQ A;  2PED A;  1JTN A;  4EA3 A;  218L A;  1L79 A;  4LDL A;  2F95 A;  2Y02 A;  5KKH A;  1QT6 A;  4MD2 A;  1QTB A;  4E97 A;  205L A;  3PXO A;  4G72 B;  3HAS A;  3QBK A;  1L91 A;  2YDO A;  4BEZ A;  5FJG A;  104L A;  1G1V A;  1L47 A;  175L A;  230L A;  3DN3 A;  4EKS A;  1KS3 A;  4IAQ A;  3UZC A;  4GYC A;  5B2N A;  2CUU A;  1L54 A;  1L46 A;  1DYA A;  2NTG A;  3C82 A;  1QKP A;  1SSW A;  1L23 A;  4S0W A;  2HPY A;  1L18 A;  5B0W A;  3ZPR A;  3HT6 A;  1OYU A;  2OTZ X;  183L A;  1QT5 A;  3SB8 A;  1PQD A;  2Z73 A;  4ARJ A;  1C3W A;  3DN8 A;  1CU3 A;  1CV4 A;  1S54 A;  4I7K A;  1L20 A;  161L A;  1L71 A;  149L A;  1OVH A;  3SB5 A;  1JV7 A;  235L A;  3HAP A;  4EKQ A;  1C6D A;  2OE4 X;  4XT1 A;  1TN0 A;  219L A;  2B6Z A;  1G07 A;  4Y9H A;  1Q5I A;  4IAR A;  4ARQ A;  3C7W A;  3QBG A;  1R2N A;  103L A;  3OE8 A;  1LI3 A;  1L62 A;  245L A;  2AT9 A;  1G0L A;  3C8S A;  5H2I A;  4ARQ B;  131L A;  1L82 A;  4N4W A;  3T45 A;  1CV5 A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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