4LDOA

Structure of beta2 adrenoceptor bound to adrenaline and an engineered nanobody
Total Genus 164
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
164
sequence length
457
structure length
454
Chain Sequence
DAENLYFQGNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYAADEVWVVGMGIVMSLIVLAIVFGNVLVITAIAKFERLQTVTNYFITSLACADLVMGLAVVPFGAAHILTKTWTFGNFWCEFWTSIDVLCVTASIETLCVIAVDRYFAITSPFKYQSLLTKNKARVIILMVWIVSGLTSFLPIQMHWYRATHQEAINCYAEETCCDFFTNQAYAIASSIVSFYVPLVIMVFVYSRVFQEAKRQLQKFALKEHKALKTLGIIMGTFTLCWLPFFIVNIVHVIQDNLIRKEVYILLNWIGYVNSGFNPLIYCRSPDFRIAFQELLCL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Adrenaline-activated structure of beta 2-adrenoceptor stabilized by an engineered nanobody.
pubmed doi rcsb
molecule tags Membrane protein/hydrolase
source organism Enterobacteria phage t4
molecule keywords Lysozyme, Beta-2 adrenergic receptor
total genus 164
structure length 454
sequence length 457
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2013-06-24

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
A PF00001 7tm_1 7 transmembrane receptor (rhodopsin family)
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 4ldoA01
1.20.1070.10 Mainly Alpha Up-down Bundle Rhopdopsin 7-helix transmembrane proteins Rhopdopsin 7-helix transmembrane proteins 4ldoA02
210LA 1KW5A 140LA 3QJRB 219LA 2F2QA 1L13A 213LA 2RH1A 1L12A 104LA 4MQSA 201LA 1L92A 1C6MA 1QUHA 1L34A 4J4QA 1ZYTA 1QTZA 1L27A 254LA 1P8UA 3HANA 4MBSA 4TL3A 1CX7A 1L33A 158LA 125LA 3K2RA 1L20A 3HT9A 190LA 1L47A 3FADA 249LA 2RBQA 1CU0A 4JQ6A 168LA 4G72B 1U19A 2HPYA 4IAQA 5AHZA 3NS0A 1L61A 1L24A 1C6AA 212LA 1QT4A 1CWQA 1S53A 1TN5A 3QBKA 1SSWA 5BR5A 4PK0A 3GUOA 2R4RA 2AT9A 1D2YA 4W54A 2QARC 5B6ZA 259LA 1DYBA 5G53A 4L6RA 4XT1A 1CV3A 167LA 3QBGA 3GUMA 3AYMA 1VJMA 112LA 4GBRA 1CU6A 1FBBA 2F95A 4GRVA 215LA 1LWKA 4I7QA 4YXAC 5G2AA 3S3DB 1CV0A 188LA 5TGZA 1L09A 4W52A 4W57A 5DHHA 3SB7A 5AHYA 1KY1A 1L36A 4EKSA 1L67A 4I7PA 3EH3B 3QBIA 1SX2A 4BEYA 1C6CA 1C6FA 2KSYA 182LA 3MBVA 231LA 1C6BA 2ANVA 3QJQB 147LA 1T8GA 3HTFA 1C6HA 2RBNA 4LDEA 4W51A 4ARMB 4YXCA 1L46A 4G70B 1L76A 3SB6A 1AT9A 3C7WA 3PBLA 4BEZA 1L60A 4GP8B 4EIYA 1OV5A 1QTDA 1DZEA 2Y01A 4N4YB 1XEPA 5B6XA 1LI2A 1L25A 1L69A 1QT8A 4I7NA 3SBBC 1HZXA 4FA7B 180LA 3DMVA 165LA 5H2PA 3HASA 1GU8A 1CVKA 1S8JA 1L74A 1DYEA 4ARQA 1L37A 160LA 1KY0A 3REYA 1L31A 1SSYA 1L9HA 1BM1A 1BRXA 242LA 252LA 149LA 257LA 2OE4X 4UHRA 1L30A 1IW9A 245LA 4X1HA 4YX7C 1L98A 1L87A 1XJTA 209LA 4BV0A 4I7TA 1QT5A 2J4YA 4I7KA 3HDFA 4IAPA 1P36A 3CDOA 1GZMA 159LA 3GULA 1L0MA 3C8RA 1L72A 169LA 2RBPA 3GUJA 1L68A 157LA 2YDVA 4UG2A 1B6IA 5G54A 1OWZA 1DYAA 1X0K1 4G7QB 3AM6A 4W53A 2ZIYA 3ABWA 3UTWA 3GUKA 1L40A 1R84A 1L0KA 4MQTA 248LA 3UG9A 2Y04A 4GP4B 3CDQA 251LA 196LA 141LA 1L80A 2OEAX 4BUOA 228LA 3F8VA 1L05A 5A45A 3HUKA 3PQRA 1L19A 2L6XA 2YCZA 1PQOA 186LA 3DN3A 1C6IA 1AP9A 1QSBA 2M3GA 3P0GA 4G7SB 1QHJA 3NSBA 4HYXA 184LA 1C62A 192LA 1ZWNA 2F47A 1O0AA 2L78A 4EPFA 1LLHA 2F93A 4EKQA 1JFPA 4HYJA 1L54A 3OE0A 2B72A 2RAZX 139LA 4XTLA 1S52A 4FBZA 1L03A 1KGBA 3QJUB 1XJIA 1H2SA 4X31A 1L41A 1XJUA 1QKPA 1F4ZA 1LYIA 244LA 4GPOA 1L73A 1L11A 3V2WA 5H2JA 129LA 1QTBA 1L38A 5B6YA 1LI6A 4EKRA 2RBRA 1C6NA 3C82A 1QUDA 1L29A 4QRYA 1LGWA 5G28A 3HU9A 3HH4A 1G0GA 3DN6A 3PWHA 2OE9X 1M0MA 218LA 2X72A 240LA 2R4SA 1C6EA 1CX6A 1JQUA 1LYGA 1L56A 3OAXA 137LA 1KG8A 4GBRB 170LA 1P46A 3C8SA 1SX7A 3L2XA 4FPDA 5AWZA 4EJ4A 2B75A 5EN0A 7LZMA 143LA 2IGCA 2RBOA 3X3BA 3BVDB 4N4WA 2WJLA 3C9LA 211LA 5F8UA 1P3NA 3G3XA 1G07A 1KG9A 3DQBA 3UTYA 261LA 1S51A 1C6PA 3C80A 187LA 1TN0A 1LYEA 1TLAA 4DKLA 1D3NA 1L77A 3DNAA 2RBSA 4AMJA 3QAKA 1L48A 4EPIA 1OVHA 1R2NA 1L84A 3SN6R 1P5CA 1IW6A 2I35A 1IXFA 5A44A 3SB9A 3C83A 4ARJA 3VHZA 2EI4A 1L93A 1C69A 3ODUA 1G0LA 1L55A 2I21A 2LZMA 3HTBA 3DKEX 1H68A 3DMZA 1L95A 5JJEA 4ARQB 1EHKB 4WW3A 1LWGA 1L16A 1BRDA 3NY9A 1CV4A 3UTVA 5KKHA 3VVKA 1C66A 1QTVA 1C8RA 4QI1A 2QPEB 2Y02A 119LA 1P56A 1L53A 2B6TA 5DYSA 221LA 1T97A 232LA 2LCBA 1L94A 4BWBA 200LA 243LA 3L64A 3ZPQA 123LA 4W59A 1PQDA 1G1VA 1OV7A 1D9WA 1X0SA 3EMLA 3HDEA 5I14A 1QS5A 4WAVA 126LA 2A4TA 4A4MA 1JTNA 5H2IA 2Y03A 3HTGA 3GUPA 1LYFA 2KSBA 162LA 1L71A 1P8HA 3CAPA 3VW7A 1L58A 1L32A 122LA 4GP5B 131LA 1L07A 1L42A 1LPYA 4LDLA 1L59A 2NTWA 4FAAB 1L06A 3SBAA 3HAOA 3AYNA 260LA 2RB1X 1C3WA 1XIOA 5B6VA 5LZMA 1L70A 222LA 4LZMA 2Q9DA 3HAPA 3CODA 4BVNA 1P37A 3FI5A 1L88A 3CDRA 1SWYA 1PQIA 1PXSA 5JJJA 3HU8A 3PDSA 1P7SA 1C6GA 1C8SA 3DMXA 2HUKA 4EKPA 174LA 217LA 3V2YA 1C64A 1L26A 1QUGA 2ZZLA 214LA 3A7KA 4KLYA 5H2OA 5ETZA 238LA 3HT7A 2I20A 2QPDB 4JKVA 227LA 3GUIA 1CV1A 5J7AA 2NTGA 3JR6A 3SB5A 2B7XA 3UZCA 4XXJA 197LA 1L21A 2B6ZA 1UCQA 3QAPA 3C8QA 1L08A 3C9MA 2OTYX 1L23A 225LA 3QDCA 3D4SA 1CU3A 224LA 1C6QA 239LA 3LZMA 229LA 3EH5B 4MD1A 3T45A 2O79A 1G1WA 1T6HA 1L90A 1PQMA 107LA 5B2NA 1L14A 3GUNA 1L43A 1F88A 3RFMA 1DYFA 3DN1A 2HUMA 1MGYA 4AMIA 1L86A 247LA 2ANXA 2I1XA 150LA 146LA 1WTHA 120LA 164LA 235LA 1L39A 2YCWA 4NC3A 4Y9HA 4HWLA 4EXMA 256LA 3HH3A 173LA 1L15A 1QM8A 1M0LA 1D3JA 1L66A 3DN2A 3UTXA 4I7MA 3SB8A 1T8FA 2F32A 4OO9A 183LA 1L96A 2QB0B 1BRRA 4XTOA 3G3VA 1KW7A 2LC9A 1L83A 2OU8A 138LA 2B70A 241LA 1P8IA 1D2WA 1QKOA 1S8LA 1G0QA 1C6LA 128LA 1E0PA 1XMEB 199LA 5G2CA 198LA 3CDVA 1C65A 3UZAA 4W58A 1L62A 4I7OA 3RUNA 3ZPRA 1QT7A 250LA 216LA 1Q5JA 3COCA 234LA 4G7RB 5C1MA 2OU0X 3ZEVA 1P2RA 175LA 1PXRA 163LA 4ZPUA 2ZFEA 2BRDA 3QJTB 1LGXA 142LA 113LA 3OE9A 3C7ZA 144LA 2WJKA 1CTWA 110LA 3UONA 166LA 1F50A 4LDOA 1I6SA 4QIDA 6LZMA 189LA 5A8EA 114LA 1L18A 1CUPA 3QJSB 178LA 3OE6A 1KNIA 2B6XA 1S54A 2LNLA 2CUUA 1L0JA 262LA 1OYUA 1L04A 220LA 1L45A 2O7AA 2OE7X 1C68A 3HAQA 4N6HA 2Y00A 5B34A 1PQJA 1T8AA 1JV7A 5JJNA 3F9LA 3HT8A 1K28A 1LYHA 102LA 3VI0A 226LA 4K5YA 3CDTA 1QSQA 4G71B 1JGJA 2YCXA 185LA 3QBLA 233LA 1KS3A 1G0MA 1L91A 5H2HA 4OV0A 1OVJA 1P2LA 255LA 4DAJA 4KNFA 1M0KA 3QJVB 151LA 2NTUA 1QS9A 5B0WA 156LA 111LA 1L79A 1LI3A 1QT3A 1KMEA 4X32A 176LA 1L97A 1P64A 161LA 1FBKA 1JV6A 1G0PA 2NTHA 4ARPA 1L99A 1QTCA 5B35A 223LA 4I7JA 1L51A 4S0WA 1LYDA 1DYCA 1CUQA 1EPYA 1L57A 2B6WA 253LA 1L82A 2HULA 1L75A 2RAYX 1GUEA 2PEDA 1L00A 1L10A 1L17A 3DN8A 195LA 3OE8A 2Z55A 1L22A 3S3BB 5ITCA 3DDLA 1L44A 2Z73A 148LE 3HARA 1L85A 1L02A 1Q5IA 5LWEA 1QT6A 1QUOA 2B6YA 2G87A 5FJGA 3S8GB 3FA0A 5G36A 5H2MA 1L01A 1OWYA 1C67A 1CV6A 4ARMA 3HT6A 5BR2A 1L28A 4GYCA 1DYGA 3EH4B 4W56A 4JR8A 118LA 237LA 4I7LA 1LGUA 3KJ6A 1CU2A 3HUAA 2YCYA 1D3FA 3X3CA 5AZDA 3NY8A 5AX1A 1C6JA 2RB0X 2YDOA 1X0I1 171LA 4PXFA 1L52A 3NYAA 5H2NA 1C60A 3HUQA 172LA 115LA 191LA 1VGOA 155LA 1L63A 4PXKA 2JAGA 4W55A 5AX0A 3S3CB 3VGAA 205LA 1L65A 2B74A 5ITEA 4IARA 236LA 2KS9A 3HWLA 4AQNA 3RZEA 3VG9A 177LA 1PY6A 3G3WA 1DYDA 2OTZX 5G2DA 1LN6A 2Z6BA 4XT3A 127LA 1L35A 3PXOA 2RB2X 3HTDA 1P6YA 4PJZA 1L50A 1PQKA 1CV5A 152LA 3DN4A 108LA 1C6KA 4E97A 1NHBA 1C63A 1OVKA 4I7SA 2KSAA 1L64A 5H2LA 4ARLA 2VT4A 3HH5A 1C61A 3C81A 1JTMA 2B73A 1G06A 4XTNA 1C6TA 206LA 3C7YA 1SWZA 4IB4A 1ZURA 230LA 2Q9EA 4L35A 1L89A 4EA3A 3HH6A 5B6WA 145LA 103LA 5H2KA 1L49A 3S8FB 1G0JA 2O4WA 130LA 1CU5A 1G0KA 1L81A 5DHGA 4I7RA 2JAFA 1D3MA 1UAZA 3WQJA 4DJHA 181LA 1QTHA 1E12A 1C6DA 258LA 1LYJA 4MD2A 2OU9A 109LA 3DN0A 246LA 1LW9A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
5KY1A 1JUGA 4OOOA 219LA 1FLQA 1BWJA 104LA 4ETDA 4TL3A 1L33A 3TXKA 1LZ1A 3WPJA 3FADA 4CGEA 5C6JA 4IAQA 212LA 1QT4A 5IHGA 1CKFA 4LYOA 5LYZA 1UIDA 1CV3A 4GBRA 4GRVA 4I7QA 1JTOL 4A7DA 1QSWA 2YDGA 5LYMA 1VFBC 188LA 1REZA 2DQAA 3SB7A 3CSRA 4LT1A 1L67A 3EH3B 1HELA 5APEA 3MBVA 1GDWA 1LJIA 5DN4A 1LHIA 4LT2A 3HTFA 4ARMB 1LMCA 4G70B 1L76A 3PBLA 1YIKA 4GP8B 1QTDA 2Y01A 5B6XA 1L69A 5DLAA 1TAYA 5B1GA 4FA7B 165LA 9LYZA 2F30A 1JSFA 3HASA 3TXEA 1JITA 4RW1A 2GV0A 5HLLA 4ARQA 1L37A 1W08A 2BQDA 4OOTA 3AW7A 1BRXA 1GFJA 1B7PA 5KXXA 2EIZC 5HNCA 2OE4X 1L30A 1GF6A 3A90A 3HDFA 4IAPA 1L72A 2RBPA 2Q0MX 1IP2A 5HNLA 3LZTA 3AM6A 3UTWA 1GAZA 1R84A 2Z19A 4MQTA 3UG9A 2Y04A 3CDQA 4TX7A 4L41A 4H8ZA 4BUOA 5A45A 3PQRA 186LA 4YENA 1V7TA 1QSBA 184LA 1NMMA 1C62A 1ZVHL 1LZ8A 1L54A 4HPIA 4XTLA 1L03A 3QJUB 1H2SA 4LFPA 4N0JA 1L41A 1LYIA 3V2WA 1IVMA 1IWYA 2RBRA 2RSCA 1IWVA 1J1PY 1LGWA 3HH4A 3DN6A 1HSXA 3PWHA 1IY4A 2AUBA 1YANA 1JQUA 3E3DA 4ET8A 3OAXA 1KG8A 1P46A 3CQLA 4FPDA 3D9AC 1GFKA 2CJLA 1LSNA 4WLTA 2IGCA 5KXZA 2RBOA 4N8ZA 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 1SWZ A;  4IB4 A;  1ZUR A;  230L A;  2Q9E A;  4L35 A;  1L89 A;  4EA3 A;  3HH6 A;  5B6W A;  145L A;  103L A;  5H2K A;  1L49 A;  3S8F B;  1G0J A;  2O4W A;  130L A;  1CU5 A;  1G0K A;  1L81 A;  5DHG A;  4I7R A;  2JAF A;  1D3M A;  1UAZ A;  3WQJ A;  4DJH A;  181L A;  1QTH A;  1E12 A;  1C6D A;  258L A;  1LYJ A;  4MD2 A;  2OU9 A;  109L A;  3DN0 A;  246L A;  1LW9 A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
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