4LDOA

Structure of beta2 adrenoceptor bound to adrenaline and an engineered nanobody
Total Genus 164
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
164
sequence length
457
structure length
454
Chain Sequence
DAENLYFQGNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYAADEVWVVGMGIVMSLIVLAIVFGNVLVITAIAKFERLQTVTNYFITSLACADLVMGLAVVPFGAAHILTKTWTFGNFWCEFWTSIDVLCVTASIETLCVIAVDRYFAITSPFKYQSLLTKNKARVIILMVWIVSGLTSFLPIQMHWYRATHQEAINCYAEETCCDFFTNQAYAIASSIVSFYVPLVIMVFVYSRVFQEAKRQLQKFALKEHKALKTLGIIMGTFTLCWLPFFIVNIVHVIQDNLIRKEVYILLNWIGYVNSGFNPLIYCRSPDFRIAFQELLCL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Adrenaline-activated structure of beta 2-adrenoceptor stabilized by an engineered nanobody.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Lysozyme, Beta-2 adrenergic receptor
molecule tags Membrane protein/hydrolase
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 164
structure length 454
sequence length 457
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2013-06-24

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
A PF00001 7tm_1 7 transmembrane receptor (rhodopsin family)
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 4ldoA01
1.20.1070.10 Mainly Alpha Up-down Bundle Rhopdopsin 7-helix transmembrane proteins Rhopdopsin 7-helix transmembrane proteins 4ldoA02
1SSWA 200LA 182LA 3VI0A 252LA 1QTBA 1EPYA 1QTVA 4ARQB 3G3XA 4XT3A 2HUMA 2X72A 2QARC 1G1VA 5G2AA 1OV5A 137LA 2F32A 1QM8A 173LA 257LA 1D2WA 1DYEA 246LA 4K5YA 3DNAA 221LA 1TLAA 3PBLA 7LZMA 2Y01A 3S3DB 1L31A 1L23A 1L60A 2HUKA 112LA 1G0MA 1OWZA 4ARPA 3HAPA 1C6PA 2RH1A 3QDCA 1DYFA 1QTDA 2B6ZA 4LDLA 1P8HA 4G7SB 170LA 1KY0A 1L34A 232LA 4ARLA 1CTWA 162LA 2QPEB 4EIYA 1JV7A 1KGBA 181LA 4AMIA 2HPYA 109LA 1C6DA 2LNLA 231LA 4G7RB 1CVKA 3L64A 1D3JA 3HAQA 2RBNA 3C7WA 4PK0A 3NS0A 4W57A 5ETZA 4S0WA 165LA 4FA7B 251LA 4W56A 1L06A 3QBGA 1VJMA 3LZMA 138LA 1C8RA 1HZXA 3V2YA 1L91A 2RBQA 5H2HA 205LA 3X3CA 1L85A 3C7ZA 3SBBC 2Q9EA 148LE 224LA 3UTXA 235LA 172LA 1LYDA 1QT8A 1L87A 1CU5A 1CU0A 5H2LA 4XTLA 4IAQA 4GBRB 5A8EA 3DN0A 1LWGA 4OO9A 4FBZA 3HTDA 1L86A 1L75A 160LA 192LA 1L98A 3CDRA 1XJTA 4G71B 195LA 3DN4A 1C66A 4FAAB 4KLYA 242LA 107LA 1XMEB 3ZPRA 3CAPA 244LA 1L22A 3DN8A 1L63A 4I7NA 2VT4A 3ZEVA 5ITEA 220LA 3CODA 2I35A 145LA 5G53A 1L76A 191LA 2YCYA 1F50A 146LA 4IB4A 1CV5A 163LA 120LA 2B6TA 1M0LA 4MD2A 5DYSA 2ZIYA 5JJNA 4ZPUA 230LA 186LA 3HUAA 2WJKA 3JR6A 4HYJA 3X3BA 4W55A 1LLHA 1LYFA 3SB8A 2OTYX 190LA 1LYHA 1M0MA 2J4YA 1BRRA 3GULA 159LA 1P6YA 1S52A 1L69A 1QUOA 3NY9A 2O7AA 3DN3A 3DN1A 4PXKA 1SX7A 1L42A 258LA 3HH5A 1L64A 3DN6A 1QS9A 1L07A 185LA 238LA 1M0KA 227LA 248LA 4W52A 189LA 1T8AA 2A4TA 1CUPA 5B34A 1OWYA 3QJQB 4DJHA 1L28A 1PQDA 226LA 4W58A 178LA 1CV3A 2F2QA 4L35A 4EA3A 1G07A 3UTVA 1L57A 184LA 2LZMA 1L18A 1D3NA 3UTWA 3WQJA 1C6JA 4XT1A 1L67A 175LA 2O79A 4A4MA 2I20A 3QJRB 5B35A 2JAFA 4J4QA 215LA 161LA 2ZFEA 3BVDB 3HH4A 1DYGA 1L56A 1L84A 1C61A 1CX7A 212LA 4EKSA 1L73A 2B70A 1VGOA 219LA 1QUDA 2B6XA 3RFMA 1MGYA 1LYJA 1L70A 2B7XA 1QKOA 1BRXA 1CX6A 4I7MA 3UTYA 1L14A 2Z55A 4N6HA 2I21A 1P8UA 1WTHA 5G28A 1D2YA 1KW7A 142LA 1QT7A 209LA 3CDQA 4N4YB 2Y00A 4BEZA 1PY6A 4I7RA 1JTMA 4X32A 1X0SA 1P2RA 1L15A 3HASA 6LZMA 3DN2A 1R2NA 2F47A 1ZWNA 1L45A 1TN0A 1LW9A 1C8SA 1UAZA 171LA 4PJZA 1PQKA 3C8QA 1S51A 2KSAA 3S3CB 1L27A 4HWLA 1L21A 1GZMA 1KMEA 1CUQA 4AQNA 2YCZA 5JJEA 206LA 2L6XA 4EKRA 1R84A 3HUQA 4AMJA 254LA 1UCQA 5TGZA 3EH3B 150LA 1QTHA 225LA 3QJSB 1KNIA 3SBAA 1L88A 4GP4B 4EPFA 2CUUA 1G1WA 4MQSA 1L80A 2HULA 4MQTA 1DYBA 3A7KA 4GP5B 4YXCA 1G0PA 3HH3A 4XXJA 3HU8A 4BVNA 1L32A 1L66A 2EI4A 3HT6A 4OV0A 260LA 5LZMA 253LA 5H2NA 4PXFA 1P5CA 1C6EA 3HU9A 3CDTA 3PWHA 1DYAA 1CV1A 2RB2X 3RZEA 5F8UA 1L55A 3GUKA 5H2KA 2Y03A 4MBSA 3QAKA 228LA 5DHGA 1L03A 243LA 3RUNA 1PQOA 237LA 1FBBA 1CV0A 166LA 1P56A 1P3NA 2AT9A 1L39A 1C6AA 3GUPA 3QBLA 1XEPA 1L35A 3HTBA 3SB5A 3GUOA 5G2DA 3C9LA 5B6YA 3HT8A 1T8GA 3NY8A 1BRDA 1C3WA 1XIOA 4ARQA 5A44A 139LA 2B6YA 1JTNA 3DMVA 1KS3A 1LPYA 1L01A 1L58A 1CV6A 3C7YA 1LGWA 1PXSA 103LA 222LA 1L25A 1P36A 3DKEX 259LA 4I7SA 131LA 1NHBA 4I7TA 5I14A 3SB9A 1DZEA 4XTOA 1GU8A 1C6BA 1L61A 1LGXA 3OE9A 4BWBA 1D3FA 3UONA 4IAPA 1P37A 167LA 155LA 1L93A 2RAYX 3C80A 1JGJA 4KNFA 5AX1A 3SB7A 1L0MA 4QIDA 1L54A 3VGAA 147LA 118LA 241LA 1JFPA 1Q5JA 1QUHA 5H2JA 141LA 2RBOA 4GRVA 4JKVA 4GPOA 1L53A 1S53A 4QI1A 140LA 1SWZA 2NTHA 1C63A 1L41A 1E12A 1L99A 2RBPA 1LI3A 4YXAC 2LCBA 1CWQA 2R4RA 110LA 2YDVA 5EN0A 4EKPA 2Q9DA 1G06A 2QPDB 3NSBA 1FBKA 1L36A 4W51A 1L81A 1LGUA 1L44A 3UZCA 108LA 1L11A 176LA 119LA 3OE0A 1G0QA 4W54A 199LA 2L78A 1L00A 3AM6A 1C6FA 1JV6A 1LYEA 249LA 1X0K1 3VVKA 3DMXA 3VG9A 1L65A 1S8JA 1X0I1 1QSQA 1P2LA 5H2MA 4I7OA 3HDFA 4EPIA 1K28A 4X1HA 3P0GA 1L95A 113LA 5H2PA 4IARA 255LA 4GBRA 5H2OA 3HANA 1L12A 1QUGA 1L97A 1L19A 3PDSA 174LA 3C83A 2R4SA 1C6MA 4WAVA 198LA 262LA 3S8FB 4W53A 1LYIA 1P7SA 1XJUA 3HWLA 2I1XA 1T97A 3UZAA 1G0LA 1SX2A 1L08A 3PQRA 1P8IA 1H68A 1D3MA 151LA 2ZZLA 5ITCA 223LA 1E0PA 3OAXA 2KSYA 1C62A 3QBKA 1L16A 3QJUB 4HYXA 1CU3A 5FJGA 3HH6A 3SN6R 1QSBA 3V2WA 2M3GA 1F88A 187LA 1L49A 4W59A 111LA 5JJJA 4LDEA 168LA 183LA 1QT4A 3S3BB 3C81A 2NTGA 3HAOA 5AX0A 3EH4B 5C1MA 4BUOA 1L72A 4BEYA 3FADA 240LA 144LA 1L71A 3VW7A 5AZDA 129LA 2B6WA 2OTZX 4I7KA 1L51A 1LI2A 3G3VA 4DKLA 1C64A 1LWKA 1QTZA 214LA 123LA 3F9LA 4I7PA 5B6VA 4DAJA 4UHRA 3F8VA 4ARMB 1AT9A 5J7AA 1G0KA 2B73A 4WW3A 1T8FA 1D9WA 1C69A 3GUJA 1I6SA 2QB0B 2YCWA 1L9HA 1PQJA 104LA 1L74A 1T6HA 169LA 2OEAX 3K2RA 1L17A 1KY1A 3C9MA 201LA 3SB6A 3GUMA 4I7LA 188LA 1L04A 1C6LA 216LA 1L0KA 1PXRA 5AHZA 3VHZA 1C6QA 1G0JA 2Z73A 2Z6BA 4FPDA 4QRYA 2RBSA 3QJVB 1L59A 229LA 1L02A 156LA 1L68A 5B6XA 1L62A 1C6GA 3REYA 115LA 1G0GA 1LN6A 261LA 1L82A 5G36A 234LA 3C82A 2YCXA 1QTCA 1L89A 2KSBA 3UG9A 126LA 1OV7A 3CDVA 1C65A 4EJ4A 3OE8A 2ANXA 2Y04A 2RBRA 3ABWA 3OE6A 5AWZA 1C6CA 2NTWA 1L24A 1DYDA 2RB1X 1XJIA 3ZPQA 157LA 1C68A 4EKQA 1L20A 1C6NA 1L0JA 1H2SA 1KG8A 3PXOA 3HTGA 1SSYA 2OU9A 3CDOA 245LA 197LA 1AP9A 2OE7X 233LA 1Q5IA 1OVHA 1L05A 4L6RA 2F95A 5A45A 1L46A 114LA 4I7JA 4I7QA 4GYCA 3GUIA 1LI6A 3COCA 180LA 102LA 1GUEA 1P46A 1QT5A 1QS5A 164LA 3C8SA 1L47A 3HTFA 2PEDA 2RAZX 128LA 1L37A 4YX7C 5BR5A 5DHHA 2B74A 4UG2A 2OU8A 3FA0A 3AYNA 4GP8B 3AYMA 1LYGA 3KJ6A 1C6IA 210LA 3EMLA 158LA 130LA 1L38A 1IXFA 1ZYTA 1L77A 2G87A 3DQBA 1P64A 1IW6A 1EHKB 1O0AA 2BRDA 4NC3A 122LA 2OE9X 4ARMA 3GUNA 1OVKA 1ZURA 1C6TA 217LA 1L79A 1L40A 3L2XA 1OVJA 2B75A 1KG9A 4LZMA 2KS9A 1PQIA 4N4WA 5B2NA 1QKPA 247LA 2OU0X 236LA 5G2CA 143LA 1KW5A 1QHJA 3DDLA 1L29A 1C67A 1C60A 4E97A 1TN5A 3QJTB 1CU6A 4G72B 177LA 2O4WA 1L26A 2WJLA 3EH5B 1QT3A 1PQMA 4ARJA 256LA 4MD1A 1C6KA 1B6IA 1QT6A 1BM1A 1L50A 4JR8A 4EXMA 2RB0X 4G7QB 1U19A 3MBVA 1L43A 4JQ6A 127LA 1L10A 152LA 3G3WA 1SWYA 2JAGA 1CV4A 1F4ZA 2IGCA 3HDEA 4Y9HA 1L94A 1S8LA 2B72A 4XTNA 125LA 3S8GB 1IW9A 1L48A 5B6WA 3D4SA 3HT9A 196LA 4LDOA 2F93A 1C6HA 250LA 2LC9A 1OYUA 218LA 1CU2A 1JQUA 4BV0A 5LWEA 3HARA 149LA 1L52A 2YDOA 1L90A 3HT7A 2NTUA 3QAPA 1L13A 3HUKA 239LA 3QBIA 5BR2A 1S54A 5B6ZA 5KKHA 1L33A 213LA 211LA 4G70B 4X31A 1DYCA 5G54A 3ODUA 3FI5A 2OE4X 5H2IA 5AHYA 2ANVA 1L30A 1L92A 5B0WA 3DMZA 2Y02A 3C8RA 1L09A 1L96A 1L83A 3T45A 4TL3A 3NYAA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
182LA 5IDDA 2DQGY 1FLQA 3WVXA 4WMGA 2H5ZA 2HUMA 4ETBA 1EL1A 1G1VA 4HTKA 257LA 246LA 1XGQC 5C6IA 4Z46A 1BHZA 4H9CA 5LAGA 2Y01A 1L60A 4LZTA 112LA 4ARPA 1GFRA 1C6PA 5T3FA 9LYZA 2RH1A 1CJ9A 1UBZA 1P8HA 4G7SB 170LA 1BVXA 162LA 1JTOL 1A2YC 1JV7A 4G7RB 1CVKA 3L64A 1WTMA 4PK0A 5DM9A 2YVBA 4FA7B 1VDPA 3EMSA 2ZQ3A 4W56A 1GB5A 138LA 3FI7A 5H2HA 2LHMA 3X3CA 1IC4Y 1LZGA 224LA 2Q9EA 1LYYA 3LZ2A 235LA 1QT8A 5H2LA 4XTLA 1GE0A 5A8EA 4DDBA 4FBZA 1LZBA 4NHIA 1L86A 160LA 1B5YA 1JIYA 1XJTA 1WQMA 4G71B 3DN4A 1C66A 1J1OY 4PJ2C 1XMEB 244LA 1L22A 4I7NA 3VWOA 3ZEVA 145LA 1UIBA 3BKHA 1UIFA 1QDRA 4OOOA 1F50A 1CV5A 2G4NA 1IOTA 1M0LA 4N1EI 1KIPC 1LMAA 4WM3A 3LYMA 4L41A 4PPOA 5D5CA 2WARA 3SB8A 3P4ZA 190LA 2BAAA 2J4YA 5B07A 1LZNA 4XADA 3CSRA 3WYHA 5F9UA 1LJ3A 1UC0A 4DS7E 1L42A 258LA 1UICA 3B0IA 3DN6A 1IP4A 5F16A 185LA 1M0KA 133LA 2A4TA 4B0DA 1L28A 226LA 4G4BA 178LA 1CV3A 2F2QA 3UTVA 1L57A 184LA 1NWGA 1L18A 3AZ5A 1D3NA 1GAZA 3WW5A 2BQAA 3A91A 5B35A 1NQIA 215LA 2ZFEA 1JKAA 1IC5Y 1GB2A 3SP3A 1L73A 1RE2A 2B6XA 1QUDA 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 3KJ6 A;  1C6I A;  210L A;  3EML A;  158L A;  130L A;  1L38 A;  1IXF A;  1ZYT A;  1L77 A;  2G87 A;  3DQB A;  1P64 A;  1IW6 A;  1EHK B;  1O0A A;  2BRD A;  4NC3 A;  122L A;  2OE9 X;  4ARM A;  3GUN A;  1OVK A;  1ZUR A;  1C6T A;  217L A;  1L79 A;  1L40 A;  3L2X A;  1OVJ A;  2B75 A;  1KG9 A;  4LZM A;  2KS9 A;  1PQI A;  4N4W A;  5B2N A;  1QKP A;  247L A;  2OU0 X;  236L A;  5G2C A;  143L A;  1KW5 A;  1QHJ A;  3DDL A;  1L29 A;  1C67 A;  1C60 A;  4E97 A;  1TN5 A;  3QJT B;  1CU6 A;  4G72 B;  177L A;  2O4W A;  1L26 A;  2WJL A;  3EH5 B;  1QT3 A;  1PQM A;  4ARJ A;  256L A;  4MD1 A;  1C6K A;  1B6I A;  1QT6 A;  1BM1 A;  1L50 A;  4JR8 A;  4EXM A;  2RB0 X;  4G7Q B;  1U19 A;  3MBV A;  1L43 A;  4JQ6 A;  127L A;  1L10 A;  152L A;  3G3W A;  1SWY A;  2JAG A;  1CV4 A;  1F4Z A;  2IGC A;  3HDE A;  4Y9H A;  1L94 A;  1S8L A;  2B72 A;  4XTN A;  125L A;  3S8G B;  1IW9 A;  1L48 A;  5B6W A;  3D4S A;  3HT9 A;  196L A;  4LDO A;  2F93 A;  1C6H A;  250L A;  2LC9 A;  1OYU A;  218L A;  1CU2 A;  1JQU A;  4BV0 A;  5LWE A;  3HAR A;  149L A;  1L52 A;  2YDO A;  1L90 A;  3HT7 A;  2NTU A;  3QAP A;  1L13 A;  3HUK A;  239L A;  3QBI A;  5BR2 A;  1S54 A;  5B6Z A;  5KKH A;  1L33 A;  213L A;  211L A;  4G70 B;  4X31 A;  1DYC A;  5G54 A;  3ODU A;  3FI5 A;  2OE4 X;  5H2I A;  5AHY A;  2ANV A;  1L30 A;  1L92 A;  5B0W A;  3DMZ A;  2Y02 A;  3C8R A;  1L09 A;  1L96 A;  1L83 A;  3T45 A;  4TL3 A;  3NYA A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
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