4DAJA

Structure of the m3 muscarinic acetylcholine receptor
Total Genus 159
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
159
sequence length
432
structure length
429
Chain Sequence
IWQVVFIAFLTGFLALVTIIGNILVIVAFKVNKQLKTVNNYFLLSLACADLIIGVISMNLFTTYIIMNRWALGNLACDLWLSIDYVASNASVMNLLVISFDRYFSITRPLTYRAKRTTKRAGVMIGLAWVISFVLWAPAILFWQYFVGKRTVPPGECFIQFLSEPTITFGTAIAAFYMPVTIMTILYWRIYKETEKMNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYLIKEAQTLSAILLAFIITWTPYNIMVLVNTFCDSCIPKTYWNLGYWLCYINSTVNPVCYALCNKTFRTTFKT
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Signaling protein, hydrolase
molecule keywords Muscarinic acetylcholine receptor M3, Lysozyme
publication title Structure and dynamics of the M3 muscarinic acetylcholine receptor.
pubmed doi rcsb
source organism Rattus norvegicus
total genus 159
structure length 429
sequence length 432
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2012-01-12

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
A PF00001 7tm_1 7 transmembrane receptor (rhodopsin family)
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 4dajA02
1.20.1070.10 Mainly Alpha Up-down Bundle Rhopdopsin 7-helix transmembrane proteins Rhopdopsin 7-helix transmembrane proteins 4dajA01
1P5CA 3DMZA 4E97A 214LA 1IW6A 1C69A 2YCYA 1OWYA 1U19A 3ZPRA 1D3MA 1S52A 4XTNA 1L36A 1L91A 3D4SA 2ZZLA 4K5YA 1L65A 3VI0A 231LA 4MD2A 1LGXA 233LA 1M0LA 4FAAB 1DYAA 258LA 2Y04A 235LA 1QS9A 3CDRA 2B72A 3QBKA 144LA 2KSYA 4JQ6A 1C6NA 4YXAC 1R84A 1QTBA 141LA 4DJHA 3VVKA 165LA 3DMVA 2Z55A 1L62A 4BEZA 3S8GB 1L71A 1C8SA 4Y9HA 1L29A 1C6DA 163LA 1C63A 1L67A 3COCA 122LA 1LI3A 2OE4X 215LA 3G3XA 5A44A 3HH6A 123LA 1C6AA 184LA 3HTBA 4OO9A 1P8HA 1L06A 1OVHA 3HAOA 3VHZA 1D2YA 4MQTA 1EPYA 2YCWA 4BVNA 1G1VA 1D3NA 1C62A 4EJ4A 3QJTB 1C67A 2ANVA 195LA 1SX7A 183LA 251LA 3HUKA 5G36A 1C61A 187LA 5B6VA 1LI6A 1L84A 3PBLA 2M3GA 4GP4B 4LDLA 1C6FA 4I7JA 3CODA 4GYCA 1P7SA 1L50A 1CUQA 150LA 1L75A 1T97A 1C6BA 118LA 244LA 4ARQA 169LA 1L79A 1KY0A 3SB6A 1KS3A 3EH5B 3FA0A 1OV7A 228LA 175LA 5H2KA 3UTYA 2NTWA 149LA 197LA 3AYNA 4W52A 2OEAX 2B7XA 4W59A 2HPYA 3DN3A 3HDEA 1KGBA 1L74A 1VGOA 1L03A 126LA 1L72A 3G3WA 1S54A 1CU2A 1LYHA 2QB0B 1CWQA 2QPEB 3NSBA 1L55A 3VW7A 1QSBA 1CV4A 1QTDA 1P56A 103LA 1CX6A 250LA 1LYEA 2Y00A 3HTGA 1L53A 2B6ZA 138LA 1L09A 3KJ6A 3WQJA 1KY1A 1C6HA 4S0WA 2JAGA 140LA 3C9LA 3S3CB 259LA 4YX7C 104LA 2PEDA 3QBGA 1T8AA 3PQRA 1LPYA 4N4WA 1L95A 108LA 1C6IA 1D3JA 2OU9A 2B6TA 249LA 1L25A 3EMLA 148LE 1PXSA 3MBVA 1LYFA 3SB7A 1G0LA 3CDTA 1VJMA 3GUNA 4EKQA 217LA 4HYJA 1UCQA 4PK0A 1IW9A 4KNFA 4W56A 167LA 1L02A 1CV1A 3C8SA 1L07A 3L2XA 3NY9A 3OE0A 4W54A 102LA 4AMJA 4ARMA 4FA7B 4G7SB 155LA 120LA 3DQBA 3PWHA 3DNAA 3HH3A 160LA 1L56A 1F50A 1H2SA 1C6JA 1P8IA 1L42A 109LA 1QSQA 3CDQA 227LA 216LA 1S8JA 3DN8A 1X0I1 1XIOA 2I21A 2YDOA 4XTOA 2RAZX 1JTMA 1QT3A 4IAPA 158LA 2IGCA 5H2NA 3V2WA 4ARJA 5AX0A 1L68A 192LA 4EXMA 1L0JA 3JR6A 3A7KA 4BV0A 1CX7A 1HZXA 4IB4A 3DN6A 2R4SA 1L11A 4I7SA 4HYXA 4NC3A 1JQUA 1L46A 2B75A 2KSBA 130LA 1L87A 4GP8B 232LA 1E12A 2YCXA 205LA 1G0PA 1CU6A 1I6SA 3HUAA 3ABWA 2RBRA 125LA 4FPDA 3S8FB 1L24A 3GUIA 1L58A 5H2JA 1D2WA 3HASA 1G0KA 3PDSA 3HH5A 4BEYA 4TL3A 1QKPA 2AT9A 1PQIA 2Q9DA 3GUKA 4IAQA 1L60A 1P46A 3FI5A 1L15A 1L27A 3X3BA 1Q5IA 1CUPA 1LN6A 2B6XA 1L18A 252LA 260LA 4XXJA 4EA3A 4I7PA 1EHKB 3DN0A 1L98A 1CV5A 1QTHA 1KG9A 1L22A 3ZPQA 2Z6BA 5ETZA 1TN5A 3S3BB 3PXOA 3UZAA 1GZMA 238LA 1K28A 1L89A 2Z73A 3K2RA 1LYJA 1OWZA 2OE9X 4I7MA 2I1XA 248LA 2RB0X 243LA 1DZEA 3HU9A 2LNLA 3G3VA 147LA 1C6LA 5B34A 5DHGA 5AHZA 4KLYA 5F8UA 185LA 1G07A 2B74A 3HTFA 3C80A 1PXRA 3QAPA 1CVKA 5H2OA 3HT6A 1LGWA 162LA 1PQDA 3C8RA 3C82A 3HTDA 4I7OA 1ZWNA 1L49A 7LZMA 5B2NA 1C6CA 206LA 5DYSA 247LA 1QTVA 1L17A 4QI1A 3GUPA 3GUOA 198LA 1LGUA 1L97A 5JJNA 3X3CA 137LA 1L32A 1PY6A 1C64A 4EKSA 3REYA 2LC9A 1FBBA 2BRDA 226LA 5J7AA 1XEPA 1CV6A 178LA 2ZFEA 2RBQA 1CV0A 209LA 4BWBA 5H2LA 1BRXA 111LA 3QDCA 5B0WA 3VG9A 5G2CA 1L57A 1KW5A 1CU0A 2RBSA 1C8RA 2LZMA 1QT4A 4XTLA 5A8EA 1L00A 2R4RA 1P3NA 5AX1A 2J4YA 2I20A 4W53A 1L94A 1PQKA 3RZEA 2NTHA 5KKHA 4WW3A 4G70B 3NY8A 5LZMA 2X72A 1P36A 3LZMA 1L48A 143LA 2B6WA 4L6RA 4MBSA 4N6HA 2WJLA 4EKRA 234LA 2F93A 3HT9A 4L35A 1LW9A 1L92A 196LA 1LYDA 3L64A 2OU8A 5G54A 5I14A 1BM1A 4DKLA 254LA 3SB5A 1L13A 4ARQB 3HT8A 221LA 1SWZA 1P6YA 1L40A 3C83A 3UZCA 2OTZX 1L33A 1LYIA 5BR5A 3DDLA 1M0KA 2HUKA 2NTGA 2KSAA 2O4WA 2QPDB 5B35A 1XJIA 1DYCA 224LA 2KS9A 1C6TA 1L05A 171LA 3UONA 2YCZA 1CV3A 3EH3B 2QARC 4AMIA 1GU8A 2L6XA 2Y01A 152LA 139LA 1C6QA 115LA 1L45A 1QT5A 4JKVA 4MD1A 1ZYTA 1L34A 4WAVA 1DYEA 128LA 3HDFA 1QS5A 2RBNA 6LZMA 1UAZA 2Y02A 3UTXA 1LI2A 4GBRB 223LA 5AZDA 1BRRA 1C68A 3C7WA 1C6KA 2EI4A 2Y03A 1L70A 4X32A 2OU0X 4EPIA 4W55A 3C9MA 4ZPUA 3HAPA 3HU8A 1B6IA 170LA 2F95A 1C6GA 5ITCA 182LA 188LA 1O0AA 3RFMA 1P64A 5A45A 3OAXA 107LA 1L20A 1PQOA 1QT6A 2O7AA 1L80A 4BUOA 4EKPA 1DYDA 1Q5JA 1L08A 113LA 1G0GA 1JTNA 174LA 1CU3A 2F2QA 4LZMA 1L31A 1T6HA 2RAYX 5G2DA 1QTZA 1TLAA 1KMEA 2NTUA 1QUGA 229LA 1L30A 4AQNA 1QUOA 4I7RA 3AM6A 157LA 5BR2A 1GUEA 1JV6A 1LWGA 4G7RB 1MGYA 219LA 2RH1A 5H2PA 1D3FA 3NS0A 246LA 4PXKA 1T8FA 2LCBA 5H2MA 4EIYA 3QJQB 168LA 2WJKA 2B70A 151LA 1P2LA 4ARPA 230LA 3F9LA 5G2AA 5TGZA 131LA 1OV5A 180LA 1JV7A 1QHJA 1SSYA 1L85A 199LA 1R2NA 1L61A 1DYFA 3S3DB 1P8UA 1L66A 4LDOA 1S8LA 142LA 4I7QA 1L0KA 1OVJA 5AHYA 253LA 1XJUA 4QIDA 5LWEA 1L69A 4HWLA 4DAJA 190LA 211LA 1BRDA 4X31A 5G53A 3QJVB 161LA 1L26A 1L04A 1L59A 1L28A 2OTYX 3C8QA 4UG2A 5DHHA 5B6YA 239LA 1C65A 1KNIA 3FADA 4FBZA 159LA 4JR8A 2RB1X 1JGJA 181LA 3SB9A 1DYBA 1L39A 3DN4A 4I7TA 4GP5B 129LA 4G71B 3QBLA 127LA 1L41A 1L19A 242LA 3OE6A 4W57A 1KW7A 1AT9A 4N4YB 2Q9EA 3C81A 1L10A 1KG8A 2G87A 2VT4A 3QJRB 1TN0A 1P37A 1F88A 1SX2A 3V2YA 1M0MA 3CDOA 1L12A 1QTCA 1L14A 256LA 2A4TA 3HUQA 3OE9A 1S51A 5B6WA 1ZURA 255LA 4LDEA 3T45A 1L16A 2CUUA 1L44A 3DMXA 1C3WA 2OE7X 3QJUB 1L37A 191LA 3SBBC 241LA 225LA 2B73A 1DYGA 177LA 1L83A 1L86A 1G0QA 1L21A 1CTWA 1CU5A 1S53A 4GRVA 2YDVA 3P0GA 1L64A 1C60A 3ODUA 2HULA 5G28A 3QBIA 1OVKA 4J4QA 1QT8A 172LA 3SBAA 110LA 164LA 261LA 4X1HA 5H2IA 4IARA 1PQMA 4YXCA 146LA 1L73A 213LA 3RUNA 5FJGA 4QRYA 1G1WA 176LA 5H2HA 1P2RA 4W58A 1X0SA 2B6YA 145LA 2L78A 4PJZA 2HUMA 262LA 1IXFA 1L93A 4OV0A 237LA 3QJSB 3C7ZA 2RBOA 1FBKA 4GBRA 5B6XA 4GPOA 1L35A 3GULA 3AYMA 1L43A 3HARA 3VGAA 1C6PA 4I7NA 3SB8A 1F4ZA 1QUDA 3ZEVA 1G0MA 3F8VA 3HWLA 1L38A 173LA 4G7QB 1X0K1 257LA 1L52A 1SWYA 1L47A 112LA 1SSWA 245LA 1JFPA 4MQSA 3UG9A 4A4MA 186LA 1C6EA 119LA 3SN6R 3CAPA 1L63A 1T8GA 3DN2A 1L81A 3HANA 4G72B 1E0PA 1NHBA 3DKEX 1XMEB 1L90A 1L0MA 1QM8A 1L23A 3HAQA 5B6ZA 1LYGA 2RB2X 218LA 3GUJA 2RBPA 1OYUA 3C7YA 240LA 1L54A 4EPFA 2I35A 200LA 5JJEA 1XJTA 1H68A 2F32A 3BVDB 5EN0A 3UTWA 1L88A 201LA 1AP9A 1QKOA 1LLHA 1QT7A 4ARLA 4XT3A 3GUMA 1L99A 1QUHA 3OE8A 212LA 1C66A 1L96A 3NYAA 4W51A 3EH4B 114LA 3UTVA 2JAFA 5JJJA 3CDVA 2ANXA 1L82A 4PXFA 1L76A 2F47A 1G0JA 1WTHA 1L77A 189LA 210LA 1L51A 3DN1A 1L9HA 5C1MA 4ARMB 220LA 236LA 156LA 4I7LA 3HT7A 3HH4A 3QAKA 5AWZA 5ITEA 4UHRA 1G06A 1PQJA 222LA 2O79A 1D9WA 4I7KA 4XT1A 2ZIYA 1C6MA 166LA 1L01A 1LWKA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1GE2A 2HU3A 1RE2A 3W6EA 3DMZA 4LYTA 4E97A 2LZ2A 1OWYA 1U19A 1S52A 1UA6Y 4HSFA 4MD2A 4XJBA 1JSFA 5B1FA 4JQ6A 2DQAA 4LGKA 4WM3A 3D3DA 4N9RA 2Z55A 3VVKA 2CWIA 1UIBA 3CSQA 1IVMA 1HEQA 163LA 3COCA 215LA 4HJZA 1C6AA 1DKKA 3HAOA 1D2YA 4KPMA 4MQTA 1B5ZA 2BQHA 4EJ4A 1SX7A 1LSCA 4H94A 1GB6A 3G3BB 5C6JA 1LSEA 2D4KA 4GYCA 1LZ4A 2LYMA 3AZ7A 1LZSA 1CUQA 1T97A 1PZYA 1KXYA 4B4EA 5FSTA 1QTKA 4QEQA 4NGKA 1HEOA 1GDWA 2NTWA 5EBHA 1L74A 1L03A 1CWQA 3NSBA 2CDSA 1CV4A 1P56A 103LA 1CX6A 2Y00A 4WL7A 3WQJA 2D4JA 1EL1A 2Z38A 1C6HA 4G49A 5L3IA 5F9XA 4YX7C 104LA 1VATA 4YF2A 1L95A 1JKCA 3J6KA 1REYA 1D3JA 4N8ZA 2OU9A 1HC0A 1LYFA 3CDTA 1QDTA 1IW9A 4KNFA 3CT0A 167LA 3L2XA 1C46A 4W54A 1L07A 4H90A 3NY9A 1YAMA 3WVXA 4FA7B 4W96A 3PWHA 3DNAA 3HH3A 160LA 1L56A 1ZVYB 1H2SA 2Z12A 4LYOA 227LA 216LA 1LJEA 4C3WA 1A2YC 4ARJA 208LA 4DD1A 1XEIA 4EXMA 1AZFA 1HZXA 2HEDA 3DN6A 2EPEA 1L46A 2B75A 2KSBA 4NGVA 3A96A 4YEOA 5JENB 2D6BA 1QTEA 1BQLY 1G0PA 3LYOA 125LA 1JITA 5LVKA 1L24A 1LSBA 1G0KA 1PQIA 1C45A 3GUKA 3G3AB 2HU1A 4N0JA 1L27A 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 176L A;  5H2H A;  1P2R A;  4W58 A;  1X0S A;  2B6Y A;  145L A;  2L78 A;  4PJZ A;  2HUM A;  262L A;  1IXF A;  1L93 A;  4OV0 A;  237L A;  3QJS B;  3C7Z A;  2RBO A;  1FBK A;  4GBR A;  5B6X A;  4GPO A;  1L35 A;  3GUL A;  3AYM A;  1L43 A;  3HAR A;  3VGA A;  1C6P A;  4I7N A;  3SB8 A;  1F4Z A;  1QUD A;  3ZEV A;  1G0M A;  3F8V A;  3HWL A;  1L38 A;  173L A;  4G7Q B;  1X0K 1;  257L A;  1L52 A;  1SWY A;  1L47 A;  112L A;  1SSW A;  245L A;  1JFP A;  4MQS A;  3UG9 A;  4A4M A;  186L A;  1C6E A;  119L A;  3SN6 R;  3CAP A;  1L63 A;  1T8G A;  3DN2 A;  1L81 A;  3HAN A;  4G72 B;  1E0P A;  1NHB A;  3DKE X;  1XME B;  1L90 A;  1L0M A;  1QM8 A;  1L23 A;  3HAQ A;  5B6Z A;  1LYG A;  2RB2 X;  218L A;  3GUJ A;  2RBP A;  1OYU A;  3C7Y A;  240L A;  1L54 A;  4EPF A;  2I35 A;  200L A;  5JJE A;  1XJT A;  1H68 A;  2F32 A;  3BVD B;  5EN0 A;  3UTW A;  1L88 A;  201L A;  1AP9 A;  1QKO A;  1LLH A;  1QT7 A;  4ARL A;  4XT3 A;  3GUM A;  1L99 A;  1QUH A;  3OE8 A;  212L A;  1C66 A;  1L96 A;  3NYA A;  4W51 A;  3EH4 B;  114L A;  3UTV A;  2JAF A;  5JJJ A;  3CDV A;  2ANX A;  1L82 A;  4PXF A;  1L76 A;  2F47 A;  1G0J A;  1WTH A;  1L77 A;  189L A;  210L A;  1L51 A;  3DN1 A;  1L9H A;  5C1M A;  4ARM B;  220L A;  236L A;  156L A;  4I7L A;  3HT7 A;  3HH4 A;  3QAK A;  5AWZ A;  5ITE A;  4UHR A;  1G06 A;  1PQJ A;  222L A;  2O79 A;  1D9W A;  4I7K A;  4XT1 A;  2ZIY A;  1C6M A;  166L A;  1L01 A;  1LWK A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
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