4DJHA

Structure of the human kappa opioid receptor in complex with jdtic
Total Genus 161
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
161
sequence length
452
structure length
447
Chain Sequence
SPAIPVIITAVYSVVFVVGLVGNSLVMFVIIRYTKMKTATNIYIFNLALADALVTTTMPFQSTVYLMNSWPFGDVLCKIVLSIDYYNMFTSIFTLTMMSVDRYIAVCHPVKALDFRTPLKAKIINICIWLLSSSVGISAIVLGGTKVREDVDVIECSLQFPDDDYSWWDLFMKICVFIFAFVIPVLIIIVCYTLMILRLKSVRLLSGNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYREKDRNLRRITRLVLVVVAVFVVCWTPIHIFILVEALGSAALSSYYFCIALGYTNSSLNPILYAFLDENFKRCFRDFCFP
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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publication title tructure of the human kappa-opioid receptor in complex with JDTic
pubmed doi rcsb
molecule tags Hormone receptor/antagonist
source organism Homo sapiens
molecule keywords Kappa-type opioid receptor, Lysozyme
total genus 161
structure length 447
sequence length 452
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2012-02-01

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
A PF00001 7tm_1 7 transmembrane receptor (rhodopsin family)
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 4djhA02
1.20.1070.10 Mainly Alpha Up-down Bundle Rhopdopsin 7-helix transmembrane proteins Rhopdopsin 7-helix transmembrane proteins 4djhA01
1CX7A 4LDOA 1Q5IA 3AYNA 4JQ6A 4PXKA 3ZPQA 1S8LA 4ARLA 247LA 4EA3A 1L29A 236LA 177LA 2BRDA 1QSQA 1C6KA 4YX7C 4A4MA 1C6MA 3C83A 2JAFA 1DYDA 145LA 1L19A 4I7TA 5DHGA 1H2SA 3UTXA 4LDLA 1XEPA 3C80A 226LA 249LA 1L99A 3C8RA 3QDCA 1L74A 1L97A 255LA 3DDLA 3DMVA 4GP8B 209LA 1C6GA 4OV0A 1L0MA 7LZMA 3PXOA 2RH1A 1L88A 3L2XA 3HARA 1TN5A 232LA 201LA 1BRXA 4I7PA 3BVDB 158LA 178LA 4I7QA 4W56A 2I35A 4G72B 3HT6A 4X32A 169LA 5AHZA 197LA 211LA 1K28A 3OE0A 2OE4X 1L64A 1O0AA 3REYA 3WQJA 2B75A 113LA 3DN1A 2LZMA 195LA 110LA 1C63A 1L68A 144LA 1KY0A 3ODUA 1JV6A 2HUMA 3HH5A 3C82A 161LA 3KJ6A 4GP4B 4MQSA 5AHYA 5H2OA 1QT6A 1PQOA 1QSBA 1KG8A 1CUPA 233LA 3LZMA 1QTCA 3EH3B 1C6CA 4G71B 4W54A 2F95A 1LYFA 4I7LA 3HH4A 229LA 228LA 1L65A 1UAZA 4EIYA 1L08A 3L64A 1ZURA 3A7KA 5DHHA 1E0PA 3S8FB 150LA 1S52A 4IAPA 1P5CA 4I7NA 196LA 3HDEA 4BVNA 1PXRA 260LA 1F88A 1T8AA 2RB0X 1CU3A 2L78A 4ARQA 2R4SA 1T8GA 3HUQA 1L03A 114LA 1L96A 5LWEA 3HTDA 1R84A 1L32A 1L18A 1L91A 1QT7A 2KSAA 223LA 252LA 3VI0A 175LA 168LA 1LYJA 1XJTA 1JTNA 5J7AA 3V2WA 1L04A 1L42A 129LA 258LA 2B73A 4L6RA 3UZAA 1QTHA 1I6SA 1CU5A 2PEDA 191LA 174LA 1L24A 1L81A 250LA 4XXJA 3HUAA 5EN0A 4N4WA 181LA 103LA 4IARA 1CTWA 4PK0A 1CX6A 3DNAA 3CDVA 1QM8A 1L06A 1QS9A 3HAOA 1C6EA 3GUJA 3MBVA 4EPFA 1U19A 5G54A 140LA 4WW3A 1L77A 222LA 3RZEA 4K5YA 251LA 108LA 5FJGA 3VHZA 2HUKA 1LYGA 219LA 1C8SA 1L63A 230LA 259LA 3CDRA 4LDEA 3EH4B 2RBOA 4BUOA 2ZIYA 3T45A 1L11A 3HWLA 3QAPA 109LA 5H2IA 1LI2A 3C7YA 1MGYA 3NSBA 1TN0A 3QBKA 1G06A 1NHBA 3C81A 2LNLA 1QUOA 118LA 1HZXA 1L20A 2WJLA 1OVJA 1L23A 1S54A 4G70B 1B6IA 1L33A 1L86A 3F9LA 1L07A 2B72A 3GULA 5ETZA 5H2PA 1L58A 1G1WA 1L10A 3SBBC 4L35A 2Y03A 1L80A 3QJQB 1L01A 1L9HA 1L92A 5C1MA 4I7SA 4ARMA 1QT3A 151LA 2HULA 1L17A 4UHRA 1X0SA 3PWHA 1QUHA 1T6HA 184LA 2RB2X 2Z6BA 102LA 3OE8A 2NTWA 2QPEB 4EKRA 4HYJA 4S0WA 3DKEX 2VT4A 3UG9A 4G7QB 242LA 2R4RA 4XT3A 4AQNA 120LA 2F2QA 1JQUA 2ZZLA 1D2WA 225LA 1LGWA 3QJTB 1CV1A 3VVKA 1CU2A 4KLYA 1CV0A 2L6XA 4DAJA 1L05A 1L44A 3HH6A 146LA 176LA 1ZWNA 2RBPA 3GUMA 1L43A 1L00A 4BEZA 4I7MA 192LA 1L94A 4LZMA 4MBSA 2I21A 1L73A 4HYXA 5AZDA 4JR8A 241LA 1G07A 4GBRB 5G53A 190LA 4W53A 2OEAX 122LA 1L62A 1IXFA 4QIDA 149LA 6LZMA 1L66A 1P2LA 4NC3A 1C8RA 1SSYA 1PY6A 1C3WA 5H2MA 1PQJA 3VW7A 3PDSA 5A8EA 3PQRA 2B6XA 261LA 1C67A 3AYMA 2A4TA 1PQKA 5B2NA 2WJKA 3GUIA 1L83A 2Q9DA 1QT4A 172LA 1VJMA 2F32A 1L34A 1QTVA 212LA 3COCA 3QJRB 2B74A 1L31A 1PQMA 1KW5A 3QAKA 1DYBA 3UTVA 4DKLA 4I7RA 3HT8A 4IAQA 2LCBA 1L47A 4GP5B 4PJZA 4GPOA 1BM1A 3K2RA 1L41A 1C69A 218LA 157LA 1L56A 1QT8A 4I7KA 2NTUA 3AM6A 1KNIA 1L40A 3G3WA 4W52A 3CODA 1P36A 1LI6A 2NTHA 2YDOA 2J4YA 3C7WA 5A44A 1P8UA 1LN6A 5B6YA 244LA 131LA 1QUDA 3FADA 3HH3A 4DJHA 3GUOA 1G0JA 1D2YA 1M0KA 1GZMA 1G0PA 3HASA 1L82A 5BR2A 5G2AA 1L39A 2NTGA 1OV7A 1L52A 4E97A 4G7SB 2HPYA 1L25A 1QHJA 111LA 2OE9X 1IW6A 215LA 187LA 1C68A 1L89A 1L90A 3RFMA 3QBIA 1L59A 138LA 1DYFA 1C6AA 1L27A 1LYIA 3QBGA 205LA 4AMJA 186LA 1PQDA 1S51A 1L50A 2B7XA 2Z55A 1L22A 4Y9HA 3HTBA 1L0KA 3V2YA 3HT7A 3G3XA 123LA 1L16A 1KY1A 1CU0A 1L09A 1SX2A 4GBRA 1L02A 5ITCA 1DYGA 200LA 2B6TA 1X0K1 4FBZA 1L21A 2RB1X 1L49A 1OVKA 1SWZA 5ITEA 1G0LA 163LA 2ANXA 246LA 5B6VA 2YDVA 2F47A 5G36A 3DMZA 1R2NA 142LA 183LA 188LA 1E12A 4MQTA 3ABWA 143LA 2Y04A 4PXFA 2RBSA 5H2JA 3HTGA 1L76A 1OWZA 1L28A 1CVKA 2B6WA 1C6HA 2G87A 1L26A 189LA 3HTFA 2Y02A 171LA 5B35A 4I7OA 2F93A 2OU9A 3HAPA 2OTYX 2RAZX 235LA 1P37A 2B6YA 1DZEA 4XTNA 1L46A 1L70A 3JR6A 1LLHA 3DN8A 4IB4A 1UCQA 1L12A 2O4WA 2Y00A 3F8VA 5DYSA 1D3MA 2LC9A 3DN2A 185LA 1G0GA 1C6IA 4FA7B 152LA 1CV6A 1G0QA 1KS3A 1LWGA 1P64A 220LA 3CAPA 1L36A 5G2DA 4W59A 3PBLA 3P0GA 155LA 4QI1A 170LA 1OYUA 1P7SA 2IGCA 3CDTA 4ARJA 5B34A 1L57A 156LA 4AMIA 5I14A 1P56A 5B6WA 1D9WA 3SB5A 1CU6A 4MD1A 3SB6A 1G1VA 198LA 182LA 2O7AA 4J4QA 3NY8A 2X72A 2YCWA 1L72A 5TGZA 4X1HA 1GUEA 1D3NA 4W57A 240LA 1L53A 1QUGA 1L71A 3GUKA 1QKOA 1L51A 4ARQB 4EKPA 1L75A 2QARC 1S8JA 1LGUA 1M0LA 4WAVA 4EJ4A 3DMXA 3HU9A 5G28A 5AX1A 1D3FA 216LA 128LA 3SB9A 1CUQA 5B6XA 1L35A 1AT9A 1XIOA 1IW9A 2ZFEA 1EPYA 1KW7A 3GUPA 3DN6A 3C9LA 5A45A 2I20A 173LA 162LA 1L60A 2RBNA 1PQIA 3DN0A 5LZMA 1SWYA 3HANA 2RBRA 4TL3A 3SBAA 3X3CA 248LA 3EH5B 2CUUA 4W58A 3HUKA 262LA 1BRRA 1C6PA 1GU8A 4GYCA 3C8QA 1WTHA 2M3GA 2RBQA 4BEYA 4ZPUA 2QPDB 3ZEVA 2Y01A 4QRYA 1C61A 1T8FA 1QTDA 112LA 2OU8A 1LYHA 1CV5A 206LA 4EXMA 1CWQA 3HAQA 1P46A 2Q9EA 3C7ZA 4YXAC 160LA 1L0JA 3NS0A 3S8GB 2YCYA 126LA 1C64A 2O79A 1C6LA 1C6DA 3EMLA 3OE9A 119LA 231LA 5H2KA 125LA 3HT9A 3DN3A 5B0WA 1PXSA 1L98A 3HU8A 5KKHA 3QJSB 3UTWA 1F50A 5H2LA 4JKVA 3ZPRA 1T97A 1QTBA 217LA 4MD2A 4ARMB 3S3BB 257LA 3SB8A 1BRDA 4KNFA 3FA0A 1G0KA 4XT1A 3QJVB 5JJEA 4EPIA 4N4YB 239LA 1L15A 1L69A 221LA 148LE 1LGXA 227LA 2YCXA 107LA 1P3NA 1JGJA 1L84A 3GUNA 2RAYX 1P8IA 127LA 1JTMA 1DYCA 2KSBA 3S3CB 4BWBA 1QKPA 3C8SA 1CV4A 3CDOA 3HDFA 1FBKA 3OAXA 1P8HA 1L45A 2OU0X 1DYEA 1L85A 3QBLA 1C6TA 167LA 1L37A 130LA 243LA 4XTLA 2I1XA 5G2CA 1XJUA 1L48A 180LA 166LA 3DN4A 2EI4A 5AX0A 1C66A 1C65A 1P2RA 224LA 253LA 3VGAA 1LWKA 5H2NA 237LA 1CV3A 1XMEB 137LA 3QJUB 2ANVA 1SX7A 4W51A 3SN6R 2KSYA 5BR5A 1QTZA 256LA 1FBBA 2KS9A 254LA 3D4SA 1L14A 1EHKB 4GRVA 1KMEA 4FPDA 4YXCA 4XTOA 115LA 1L55A 4FAAB 3NYAA 1L54A 1L95A 3S3DB 3G3VA 5F8UA 4X31A 1ZYTA 234LA 1SSWA 4EKSA 1F4ZA 2QB0B 4W55A 1L61A 1OWYA 1AP9A 1KG9A 1C60A 4N6HA 1C6JA 4I7JA 1KGBA 2YCZA 4UG2A 213LA 214LA 164LA 3VG9A 3UTYA 1OV5A 1X0I1 4G7RB 1S53A 1H68A 1C62A 3X3BA 3UZCA 1L30A 5JJNA 245LA 5B6ZA 1C6BA 147LA 1QT5A 2OE7X 3OE6A 1L13A 4HWLA 1JFPA 3NY9A 3RUNA 1L93A 5H2HA 199LA 4BV0A 1XJIA 1M0MA 141LA 2B70A 1C6FA 1L87A 238LA 4OO9A 1L67A 1C6NA 2Z73A 3CDQA 4EKQA 3C9MA 1Q5JA 1LPYA 3DQBA 1LI3A 1LW9A 5AWZA 104LA 1C6QA 165LA 1L79A 1QS5A 3UONA 2B6ZA 1OVHA 2AT9A 1D3JA 2OTZX 1LYEA 1JV7A 3SB7A 1L38A 5JJJA 1P6YA 1G0MA 2JAGA 4ARPA 1DYAA 159LA 3FI5A 1VGOA 139LA 1LYDA 210LA 1TLAA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1CX7A 4LDOA 4O34A 1IO5A 1UIFA 3ZPQA 4NGKA 1S8LA 247LA 1L29A 177LA 1C6KA 2RSCA 2JAFA 1DYDA 145LA 1WQNA 4I7TA 2YBMA 3EXDA 4LDLA 3CQLA 1LSNA 1IWTA 255LA 4OV0A 1C6GA 135LA 3PXOA 1KXXA 3L2XA 3HARA 1AKIA 4I8SA 178LA 4I7QA 4W56A 4X32A 3HT6A 169LA 3TXIA 3CSRA 1L64A 1O0AA 3WQJA 3TMWA 1BVXA 2LZMA 4NGLA 1C63A 144LA 1JV6A 3HH5A 3ZEKA 4GP4B 233LA 3LZMA 1QTCA 4NGIA 2MEAA 5C6LA 1LYFA 3OK0A 1L65A 4EIYA 2PC2A 1JISA 3TXJA 3S8FB 1P5CA 1PXRA 114LA 1L32A 1QT7A 1IOSA 252LA 2BQDA 175LA 3ATOA 5B05A 1IOCA 3UZAA 1IWYA 1G7JC 3T36A 5EN0A 1LSZA 4N4WA 1JKDA 4PK0A 4B49A 1YIKA 1CX6A 3DNAA 4DC4A 3HAOA 3GUJA 3MBVA 2DQJY 1U19A 5G54A 3W6BA 222LA 1OUEA 4YF2A 2CWIA 4MQSA 1IC4Y 3CDRA 1GFUA 3J4GA 2ZIYA 1IY3A 109LA 1FKVA 2WJLA 1L23A 5KXRA 1L33A 1LYOA 1L07A 1L58A 4C3WA 1J1XY 1G1WA 2Y03A 1L80A 3QJQB 2WARA 2BQMA 1L92A 4MR1A 4ARMA 5F9XA 184LA 3WVXA 102LA 3OE8A 3N9AA 1LZBA 1LSCA 3WU8A 4S0WA 2VT4A 1B5VA 2R4RA 4XADA 1B7QA 2XBRA 1D2WA 1LGWA 3QJTB 2D91A 1YKZX 1L44A 3HH6A 1KXYA 5KXMA 1ZWNA 2RBPA 2F30A 3WUAA 2I21A 4HYXA 241LA 1G07A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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 1L67 A;  1C6N A;  2Z73 A;  3CDQ A;  4EKQ A;  3C9M A;  1Q5J A;  1LPY A;  3DQB A;  1LI3 A;  1LW9 A;  5AWZ A;  104L A;  1C6Q A;  165L A;  1L79 A;  1QS5 A;  3UON A;  2B6Z A;  1OVH A;  2AT9 A;  1D3J A;  2OTZ X;  1LYE A;  1JV7 A;  3SB7 A;  1L38 A;  5JJJ A;  1P6Y A;  1G0M A;  2JAG A;  4ARP A;  1DYA A;  159L A;  3FI5 A;  1VGO A;  139L A;  1LYD A;  210L A;  1TLA A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
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