4DJHA

Structure of the human kappa opioid receptor in complex with jdtic
Total Genus 161
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
161
sequence length
452
structure length
447
Chain Sequence
SPAIPVIITAVYSVVFVVGLVGNSLVMFVIIRYTKMKTATNIYIFNLALADALVTTTMPFQSTVYLMNSWPFGDVLCKIVLSIDYYNMFTSIFTLTMMSVDRYIAVCHPVKALDFRTPLKAKIINICIWLLSSSVGISAIVLGGTKVREDVDVIECSLQFPDDDYSWWDLFMKICVFIFAFVIPVLIIIVCYTLMILRLKSVRLLSGNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYREKDRNLRRITRLVLVVVAVFVVCWTPIHIFILVEALGSAALSSYYFCIALGYTNSSLNPILYAFLDENFKRCFRDFCFP
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title tructure of the human kappa-opioid receptor in complex with JDTic
pubmed doi rcsb
molecule keywords Kappa-type opioid receptor, Lysozyme
molecule tags Hormone receptor/antagonist
source organism Homo sapiens
total genus 161
structure length 447
sequence length 452
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2012-02-01

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
A PF00001 7tm_1 7 transmembrane receptor (rhodopsin family)
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 4djhA02
1.20.1070.10 Mainly Alpha Up-down Bundle Rhopdopsin 7-helix transmembrane proteins Rhopdopsin 7-helix transmembrane proteins 4djhA01
221LA 4XTOA 195LA 241LA 5G53A 159LA 4LDLA 1G0LA 5B6WA 4IARA 248LA 5G2CA 5AHZA 127LA 1G0PA 5B6ZA 1LW9A 3C81A 4GBRB 3AM6A 1L0JA 4I7SA 2WJLA 3FADA 230LA 244LA 191LA 4QRYA 3UZAA 125LA 253LA 4DKLA 5B34A 1BM1A 4JKVA 6LZMA 3LZMA 223LA 2KSAA 1C3WA 142LA 1T8GA 1OV7A 3SBAA 4LZMA 3VG9A 5H2IA 3DN6A 3EH4B 1UCQA 2QARC 4I7NA 137LA 3UONA 1C6QA 160LA 5H2KA 3JR6A 1MGYA 2Z6BA 3QBLA 3HUAA 3HT9A 4I7JA 3HAOA 5H2LA 4GP4B 1DYFA 1L43A 229LA 4EPFA 3C9MA 1L92A 2B74A 3DMVA 3FI5A 198LA 2AT9A 4EKQA 1L01A 3QBIA 146LA 5FJGA 1OV5A 4I7PA 3HDEA 2NTGA 3ABWA 1E12A 4X32A 1L61A 4G7RB 5ITEA 5B2NA 4XT1A 1LI2A 3PQRA 4AMJA 5ETZA 149LA 2L78A 2RH1A 4ARJA 3C80A 3AYMA 1KW7A 1LYHA 1PXSA 236LA 1CU3A 148LE 261LA 232LA 1L57A 4ARQA 4UHRA 1L39A 4AQNA 3GUPA 252LA 1D3MA 1CV5A 262LA 2LZMA 4G71B 139LA 5LWEA 259LA 138LA 184LA 1WTHA 110LA 228LA 5B6VA 1L65A 5AX1A 225LA 3GUIA 5ITCA 118LA 1L62A 249LA 178LA 167LA 1ZYTA 212LA 4ZPUA 1C6HA 1LI3A 2RAYX 2NTWA 1L05A 1L60A 4EKPA 2JAGA 3SBBC 2O7AA 5A8EA 1G0JA 3GUMA 3HARA 181LA 4HYXA 1L38A 3DN8A 2HUKA 2KSBA 197LA 162LA 1D2YA 3DN4A 3QJSB 3CODA 3HAPA 2R4SA 2RB2X 2YCXA 1CUQA 1JQUA 2B6TA 3K2RA 2YCWA 129LA 107LA 2OU0X 1L20A 1QSBA 1L69A 4ARMA 3NS0A 2X72A 3D4SA 1L90A 1LYGA 1OYUA 1OVJA 1QUDA 1C6EA 1CV3A 1L11A 1L17A 3DDLA 1LGWA 141LA 1L21A 1PQMA 233LA 4PJZA 1QHJA 1GUEA 2YCYA 4S0WA 3T45A 1C61A 165LA 4BVNA 1JGJA 1L14A 5EN0A 3OAXA 1LYJA 5B6XA 1CX6A 1P8UA 5F8UA 7LZMA 131LA 4FPDA 2OE7X 1TN5A 2B6XA 2RB0X 1L71A 3OE9A 1DYDA 1C6TA 2HULA 3C8RA 3C7YA 3RUNA 5H2HA 3OE0A 2OEAX 1L76A 1QTHA 3VW7A 1KG9A 1L77A 5BR2A 1DYEA 3C83A 1LLHA 1QT8A 4W56A 1C6BA 2B75A 4NC3A 2Q9DA 1U19A 2HPYA 1D3FA 3QJUB 1P46A 239LA 3UZCA 3COCA 5TGZA 5B35A 4EIYA 4LDOA 4I7MA 1P5CA 1Q5IA 2B6ZA 3CDVA 1L37A 5H2PA 5H2JA 4DAJA 4W54A 4ARMB 2A4TA 4G7SB 1NHBA 5AX0A 4PXKA 147LA 4X1HA 1L50A 1L16A 1S52A 1QS9A 1F4ZA 5G54A 2L6XA 3UTXA 1KW5A 3DNAA 3KJ6A 4JR8A 1C6KA 1QT3A 4W59A 2ZIYA 120LA 1D9WA 1PY6A 1S54A 1L66A 1QKOA 255LA 227LA 4L35A 3SB7A 175LA 3S8GB 3S3DB 143LA 1R2NA 5AZDA 1BRRA 3QJQB 103LA 1L83A 1BRDA 186LA 1QUOA 2QB0B 2VT4A 1S53A 1L84A 1L56A 102LA 226LA 1OVKA 2LC9A 1LYIA 3DMZA 3SB6A 1SX2A 1CV0A 3HUQA 2OU9A 1KNIA 4W53A 1IXFA 3OE6A 1L95A 1S51A 1P2RA 2B7XA 1L18A 1JTMA 3GULA 237LA 1L29A 104LA 3HTBA 3EH3B 3SN6R 1L24A 200LA 1LYDA 158LA 2Y04A 1C60A 3HH4A 1C6GA 155LA 1C6CA 4BEZA 3SB9A 1C6MA 4KNFA 1L03A 1XIOA 1DYAA 1L19A 1IW6A 1BRXA 176LA 1L0MA 3QJTB 2IGCA 1L52A 2F2QA 1L22A 1L68A 1C68A 2HUMA 4BUOA 5B6YA 3ODUA 2J4YA 2B72A 1L13A 1F88A 1TN0A 3C9LA 5DYSA 5G36A 1XJTA 1L75A 1XMEB 254LA 3SB5A 1L85A 1G1VA 3L2XA 4G70B 4PXFA 216LA 2ZZLA 3S3BB 3FA0A 1LWKA 4DJHA 5G2DA 182LA 1C64A 215LA 2OTZX 2ZFEA 1CWQA 1VGOA 1C6AA 1P8HA 1QT7A 209LA 3QJVB 1H2SA 4HYJA 1C69A 1L36A 2I1XA 2Y02A 1L15A 185LA 174LA 1CV1A 4N4WA 3HTDA 3NY8A 1L94A 190LA 1OVHA 3F9LA 2F32A 2O4WA 3DQBA 4I7TA 4X31A 5H2OA 260LA 2Q9EA 3ZPQA 2B6YA 163LA 1C63A 1PQDA 217LA 3GUKA 5DHHA 4J4QA 5H2MA 1IW9A 3PWHA 4N4YB 4PK0A 1L10A 1L63A 3C7WA 4JQ6A 1P37A 1JV6A 2KSYA 156LA 1G0GA 4XXJA 157LA 5H2NA 242LA 4KLYA 1L81A 4GRVA 3PDSA 4I7OA 4I7RA 1KMEA 4I7QA 1PQOA 3VHZA 4WAVA 4GYCA 1L67A 1E0PA 1L28A 1M0MA 1KGBA 1CVKA 240LA 183LA 1SX7A 4YX7C 1EHKB 1DYCA 1KG8A 214LA 4ARPA 1P56A 1VJMA 2F93A 3PXOA 1QS5A 1SSYA 1QM8A 4ARQB 2YCZA 2RBNA 1S8JA 1FBKA 4MQTA 3G3VA 161LA 1D2WA 4W51A 5JJNA 1KS3A 1QUHA 166LA 1QT4A 4K5YA 2Z73A 2CUUA 3CAPA 4EKRA 1C6FA 169LA 1SWYA 2PEDA 1L53A 2G87A 1L0KA 1P6YA 1M0LA 3UG9A 1DYBA 2ANVA 1L73A 1L02A 1CV4A 1L72A 4ARLA 4YXCA 3P0GA 3VVKA 1X0SA 5BR5A 1L93A 3DN0A 1L99A 1O0AA 4GBRA 1T6HA 1C65A 180LA 1LGUA 4L6RA 2RBRA 144LA 1L40A 1H68A 3HH6A 5J7AA 3G3WA 1P2LA 3NY9A 3PBLA 3ZEVA 3GUJA 3REYA 1L42A 199LA 218LA 1GZMA 5G28A 1ZWNA 1L82A 109LA 2RBSA 189LA 1R84A 3X3CA 3QAKA 4GP5B 1UAZA 3SB8A 1C6NA 211LA 5LZMA 2LNLA 3MBVA 2NTHA 1L47A 1L35A 1G1WA 1T8FA 4Y9HA 171LA 5AHYA 4BV0A 1LYEA 243LA 4W57A 1L04A 2RB1X 2RAZX 3DMXA 258LA 1QTVA 3DN3A 1L51A 1QTBA 3QBKA 5B0WA 1I6SA 3HT6A 1L86A 3C8QA 5C1MA 2F95A 1XJIA 4W52A 1ZURA 1HZXA 1L33A 1DZEA 3S8FB 192LA 1B6IA 2YDVA 1P36A 1JTNA 3HAQA 3NSBA 1LI6A 150LA 1L79A 1G07A 3V2YA 3S3CB 1L12A 2OE4X 2B6WA 4G7QB 3VGAA 1L89A 1L59A 4OO9A 1L08A 2Z55A 3UTVA 1GU8A 4N6HA 3F8VA 4MD1A 177LA 1PQKA 2RBPA 3HDFA 1C62A 3CDTA 4A4MA 1QSQA 1PQJA 4FBZA 5JJJA 1L32A 1L00A 3QAPA 4XTNA 126LA 2I35A 2BRDA 224LA 1XEPA 1C6PA 1L54A 2QPDB 1CU5A 256LA 2RBQA 1XJUA 4EKSA 2KS9A 4YXAC 4GP8B 210LA 3CDRA 1L64A 4UG2A 122LA 1L87A 1PXRA 1D3JA 1L31A 4I7LA 1K28A 4EXMA 5I14A 4EA3A 1TLAA 3UTWA 4IAPA 3HANA 1S8LA 1L9HA 257LA 1L80A 1QKPA 113LA 3C8SA 1CU0A 4EJ4A 220LA 3HTFA 2Y01A 2I20A 1C8SA 3A7KA 145LA 213LA 4E97A 1QT5A 4XT3A 2JAFA 1LYFA 1L46A 1C66A 3VI0A 1L98A 4TL3A 1L34A 188LA 1QTZA 5A44A 128LA 3EMLA 3HT7A 3DN2A 2I21A 140LA 3HWLA 2QPEB 1CU6A 1G0QA 1L58A 4EPIA 4G72B 3GUOA 1AT9A 1P64A 3C7ZA 4IB4A 1JV7A 5A45A 1D3NA 1AP9A 4XTLA 1KY0A 114LA 4BWBA 1L06A 1QTDA 1QUGA 3DN1A 5AWZA 1L27A 1L48A 3G3XA 1G0KA 1L49A 1P7SA 173LA 4MQSA 1LWGA 2OU8A 3X3BA 1P3NA 4FAAB 1C6JA 4AMIA 2B73A 1X0K1 168LA 2Y00A 3WQJA 1T97A 3C82A 5JJEA 196LA 1C67A 1L91A 1L30A 1CX7A 2M3GA 3RFMA 1C6DA 2B70A 1JFPA 3HTGA 1OWYA 3HU8A 3AYNA 123LA 3RZEA 2NTUA 4BEYA 1SWZA 3HH3A 4IAQA 4I7KA 3HUKA 2F47A 3QJRB 4MD2A 1L55A 3QDCA 4QIDA 234LA 2YDOA 3QBGA 4WW3A 1T8AA 3UTYA 1LN6A 1G0MA 170LA 1EPYA 187LA 1C6IA 3HU9A 2OE9X 3HT8A 247LA 1P8IA 3L64A 1CTWA 1L44A 4MBSA 1SSWA 1L26A 4QI1A 235LA 1L96A 3EH5B 1F50A 1QTCA 1C8RA 108LA 111LA 1LPYA 2O79A 2RBOA 2EI4A 119LA 3ZPRA 3HH5A 219LA 3BVDB 151LA 1OWZA 1CV6A 1PQIA 201LA 3GUNA 3V2WA 251LA 4W55A 115LA 1CUPA 3CDQA 4OV0A 1KY1A 152LA 130LA 1L07A 1L88A 1L25A 112LA 5KKHA 1L09A 4HWLA 1G06A 246LA 1M0KA 1FBBA 2Y03A 222LA 238LA 3CDOA 1Q5JA 3OE8A 2R4RA 5DHGA 1L97A 1L74A 1L45A 250LA 2WJKA 231LA 4FA7B 172LA 1CU2A 1L70A 2OTYX 245LA 4W58A 1QT6A 3DKEX 4GPOA 1LGXA 1DYGA 5G2AA 3HASA 1X0I1 1L23A 3NYAA 1L41A 2LCBA 206LA 2ANXA 164LA 205LA 4LDEA 1C6LA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4PRUA 195LA 4LDLA 1G0LA 5AHZA 1IOQA 3AM6A 1UIGA 2D4JA 3FADA 4GN5C 1VFBC 5LAFA 3WH1A 2BPUA 125LA 2MECA 1GB0A 4GLVA 4R6CA 5DLAA 4DWXA 1B5ZA 2Z12A 1OV7A 3SBAA 4W94A 4LZMA 3EH4B 1D0LA 5KJ9A 2F4GA 1C6QA 4DDBA 2CWIA 2CJLA 4G49A 3HBHA 1LZ8A 1LYZA 2C8OA 3C9MA 4DD0A 3DMVA 4EKQA 1L01A 5FJGA 1VEDA 3HDEA 4I7PA 1OUDA 1E12A 4X32A 4G7RB 5ITEA 1B7LA 4XT1A 1BGIA 1LMTA 3C80A 2HTXA 1BVXA 1KW7A 1PXSA 3F6ZA 2BQKA 1CU3A 1GB9A 3WYHA 3AZ6A 3TXEA 1RE2A 4XJHA 1LMAA 2Z37A 1B5WA 228LA 5AX1A 3GUIA 2BAAA 1LYYA 167LA 1ZYTA 2RAYX 2MEHA 4O34A 2PC2A 4EKPA 5A8EA 1LJ4A 3HARA 181LA 4FJRA 4NWEA 1JQUA 1G7MC 1QSBA 2X72A 3D4SA 1LYGA 1B5VA 1DQJC 1GWDA 3DDLA 233LA 1QHJA 4KPMA 4S0WA 1C61A 165LA 1L14A 2EIZC 1FLUA 1LYJA 4OWAA 1GFAA 1IWVA 1GBSA 2LZTA 1DXJA 3QY4A 1NMMA 3VW7A 2H5ZA 1GFKA 1QT8A 4UWUA 5KXWA 4MR1A 2HPYA 3COCA 2Z2EA 5B35A 4I7MA 2HU1A 3CDVA 4LYCA 3RT5X 4ARMB 2A4TA 5HMJA 147LA 1GAYA 4X1HA 1L16A 1LZNA 2BQDA 1C6KA 1QT3A 8LYZA 1BB5A 1LZ9A 1UIEA 4L35A 3SB7A 1LHKA 1TCYA 3S8GB 1GAZA 3S3DB 1A4VA 3QJQB 4WMGA 2VT4A 1S53A 226LA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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 1FBB A;  2Y03 A;  222L A;  238L A;  3CDO A;  1Q5J A;  3OE8 A;  2R4R A;  5DHG A;  1L97 A;  1L74 A;  1L45 A;  250L A;  2WJK A;  231L A;  4FA7 B;  172L A;  1CU2 A;  1L70 A;  2OTY X;  245L A;  4W58 A;  1QT6 A;  3DKE X;  4GPO A;  1LGX A;  1DYG A;  5G2A A;  3HAS A;  1X0I 1;  1L23 A;  3NYA A;  1L41 A;  2LCB A;  206L A;  2ANX A;  164L A;  205L A;  4LDE A;  1C6L A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
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 1FLU A;  1LYJ A;  4OWA A;  1GFA A;  1IWV A;  1GBS A;  2LZT A;  1DXJ A;  3QY4 A;  1NMM A;  3VW7 A;  2H5Z A;  1GFK A;  1QT8 A;  4UWU A;  5KXW A;  4MR1 A;  2HPY A;  3COC A;  2Z2E A;  5B35 A;  4I7M A;  2HU1 A;  3CDV A;  4LYC A;  3RT5 X;  4ARM B;  2A4T A;  5HMJ A;  147L A;  1GAY A;  4X1H A;  1L16 A;  1LZN A;  2BQD A;  1C6K A;  1QT3 A;  8LYZ A;  1BB5 A;  1LZ9 A;  1UIE A;  4L35 A;  3SB7 A;  1LHK A;  1TCY A;  3S8G B;  1GAZ A;  3S3D B;  1A4V A;  3QJQ B;  4WMG A;  2VT4 A;  1S53 A;  226L A;  5D5C A;  1SX2 A;  1CV0 A;  3HUQ A;  1CNS A;  2X0A A;  5ILC A;  1L29 A;  4NGK A;  3EH3 B;  1WVV A;  1LYD A;  2ZNW Y;  1C6G A;  2BQI A;  1GFT A;  1C6M A;  1XIO A;  1QIO A;  1LZE A;  5LAG A;  3QJT B;  1KXY A;  2IGC A;  1B5Y A;  2F2Q A;  4IJ4 A;  4H9I A;  5G36 A;  2B72 A;  5DYS A;  4LFP A;  5F9U A;  3L2X A;  3CT5 A;  4HTQ A;  1LWK A;  1AT5 A;  1C64 A;  5DN4 A;  2OTZ X;  1B0D A;  1C6A A;  1P8H A;  209L A;  1XGT C;  1C69 A;  4XJG A;  2Y02 A;  185L A;  1OUB A;  4N4W A;  1D6P A;  1LSB A;  3F9L A;  3EXD A;  1YKX X;  2F32 A; 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 1T6H A;  4L6R A;  1GBY A;  1ZMY L;  3G3W A;  5J7C A;  1JIS A;  1A2Y C;  3NY9 A;  5KXN A;  4OOT A;  1GZM A;  1ZVH L;  4NY5 A;  4H9E A;  3N9C A;  4B4I A;  1UAZ A;  4J1A A;  3MBV A;  1LSY A;  3TMW A;  4Z41 A;  4NHS A;  1T8F A;  2Y8P A;  4Y9H A;  1LYO A;  2RB1 X;  5B07 A;  3DN3 A;  1QTB A;  1I6S A;  4E3U A;  4G4C A;  2F95 A;  4W52 A;  4LGK A;  1HZX A;  4YEO A;  5F9X A;  192L A;  1B6I A;  1EL1 A;  3S3C B;  2YBM A;  1JPO A;  4G7Q B;  2Z55 A;  3UTV A;  3IJV A;  1LYS A;  1IOT A;  1D0M A;  3TMX A;  4FBZ A;  1L32 A;  3QAP A;  126L A;  1IWT A;  2BRD A;  224L A;  5LYT A;  3K3T A;  4GP8 B;  4YXA C;  2YSS C;  1NHE A;  1VAU A;  4TUN A;  3E3D A;  4IAP A;  5LVJ A;  4HJV A;  3A7K A;  2I20 A;  1T3P A;  4XT3 A;  1HFY A;  3AZ7 A;  3N9E A;  1L46 A;  1C66 A;  2BQA A;  1L34 A;  1QTZ A;  1UA6 Y;  128L A;  1UC0 A;  5A44 A;  3LHM A;  4I0C A;  2I21 A;  3A95 A;  2LYM A;  3HWL A;  3GXK A;  1CU6 A;  4DDC A;  3A90 A;  1AT9 A;  1NWG A;  1IX0 A;  5A45 A;  2D91 A;  1AZF A;  1D3N A;  4PGJ B;  1QUG A;  2YDG A;  4N5R A;  3SP3 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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