4DJHA

Structure of the human kappa opioid receptor in complex with jdtic
Total Genus 161
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
161
sequence length
452
structure length
447
Chain Sequence
SPAIPVIITAVYSVVFVVGLVGNSLVMFVIIRYTKMKTATNIYIFNLALADALVTTTMPFQSTVYLMNSWPFGDVLCKIVLSIDYYNMFTSIFTLTMMSVDRYIAVCHPVKALDFRTPLKAKIINICIWLLSSSVGISAIVLGGTKVREDVDVIECSLQFPDDDYSWWDLFMKICVFIFAFVIPVLIIIVCYTLMILRLKSVRLLSGNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYREKDRNLRRITRLVLVVVAVFVVCWTPIHIFILVEALGSAALSSYYFCIALGYTNSSLNPILYAFLDENFKRCFRDFCFP
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title tructure of the human kappa-opioid receptor in complex with JDTic
pubmed doi rcsb
molecule keywords Kappa-type opioid receptor, Lysozyme
molecule tags Hormone receptor/antagonist
source organism Homo sapiens
total genus 161
structure length 447
sequence length 452
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2012-02-01

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
A PF00001 7tm_1 7 transmembrane receptor (rhodopsin family)
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 4djhA02
1.20.1070.10 Mainly Alpha Up-down Bundle Rhopdopsin 7-helix transmembrane proteins Rhopdopsin 7-helix transmembrane proteins 4djhA01
3ABWA 3CDOA 1DYEA 3HDFA 151LA 4JKVA 1P46A 3C7ZA 1F4ZA 5B2NA 191LA 1L50A 4EKPA 1QUHA 3UZCA 1C6QA 1Q5JA 1BM1A 2RB2X 1L87A 4MD1A 1L92A 3HASA 3MBVA 4WAVA 1OV5A 118LA 3ZPRA 1LN6A 2PEDA 5B6WA 1L64A 1L31A 4UG2A 1QS9A 3G3WA 1L48A 4W55A 5G28A 4I7RA 3HU9A 3OAXA 1E0PA 2RBSA 3DN2A 3HAPA 4I7NA 1C60A 2EI4A 1L40A 1D3MA 250LA 1C6DA 5LZMA 1PXRA 2HUMA 182LA 2Q9DA 3HT7A 1S51A 1UCQA 3GUMA 1L35A 1CU3A 1L00A 4G71B 5I14A 1LYDA 1QTVA 3GUPA 3HAOA 137LA 2O4WA 1CWQA 1C6IA 1G1VA 1C6EA 1LGUA 4EXMA 3DN1A 1D3FA 1BRXA 211LA 4A4MA 5AZDA 1L66A 3V2WA 217LA 3D4SA 127LA 1L01A 215LA 3HTBA 1L11A 169LA 1XEPA 4N4YB 1L0MA 3DN6A 2KSBA 3C82A 2Z6BA 1L32A 3NS0A 1D3NA 3VG9A 1LWGA 239LA 2B6ZA 2RAZX 2RBOA 3C7WA 168LA 1L59A 1L0KA 1QT4A 3VVKA 1C61A 1CU6A 1L16A 1CV3A 3S3CB 140LA 3UTYA 1CX7A 230LA 186LA 5ETZA 2Y03A 1L82A 1ZYTA 1L58A 3QJRB 4IARA 224LA 4MQSA 1L62A 1PXSA 1GUEA 1S8JA 245LA 1SSWA 2KS9A 227LA 1S54A 1L98A 1C3WA 3HARA 2NTWA 1DYGA 1G0LA 1L15A 2OE7X 1L55A 3FI5A 3DN0A 4I7QA 2OU9A 1LYFA 2I1XA 1L63A 247LA 4GP8B 216LA 3RFMA 233LA 1OVHA 3CDQA 2AT9A 2VT4A 3DDLA 5B6XA 112LA 1L23A 4XTLA 1L70A 1L38A 2KSYA 128LA 1QUDA 2B6XA 3C8QA 5AX1A 4W59A 2QPDB 2O7AA 1QTBA 3CDVA 1ZWNA 198LA 1L42A 1QT7A 246LA 5H2IA 238LA 3SBBC 3QJQB 4X32A 1OWYA 3HDEA 5BR5A 5B35A 3EH4B 122LA 2B6TA 4LDOA 1PQKA 1CV5A 4IB4A 4QI1A 1SX7A 1GU8A 2CUUA 3VW7A 1L74A 1L84A 5DHGA 1C6HA 1L47A 1L67A 1P56A 4K5YA 3HAQA 1L14A 4BEZA 2LC9A 176LA 4IAPA 177LA 131LA 1C69A 3HH5A 2F93A 1XMEB 2I35A 1H68A 3QBLA 155LA 1LYIA 252LA 1K28A 4AQNA 2B74A 4BWBA 1L10A 3AYNA 1SX2A 1QHJA 141LA 1LI2A 5G54A 1TN5A 2WJLA 4YX7C 1L08A 3K2RA 1L09A 226LA 1LI3A 3CDTA 1GZMA 3AYMA 1CU2A 3NY9A 4GP5B 1T97A 143LA 2A4TA 4EA3A 144LA 1P8IA 5JJEA 3BVDB 242LA 138LA 214LA 1R2NA 1L18A 1S8LA 1QKOA 3UG9A 3UTVA 1TN0A 1G0PA 1P5CA 4GRVA 2RAYX 1L06A 2I20A 185LA 2OTYX 4KNFA 126LA 5AHYA 1P37A 1DYAA 1JFPA 3DN8A 1EPYA 4LZMA 1L07A 2B75A 4FBZA 129LA 3RUNA 2B72A 4OV0A 1DYCA 1KG9A 240LA 1C64A 4LDEA 3NYAA 3S8GB 4G7QB 1G0GA 1P6YA 3REYA 3GUOA 1Q5IA 1L72A 4KLYA 1D2YA 5BR2A 1L21A 139LA 1JTNA 5JJNA 1L73A 1I6SA 3SB6A 3F8VA 4X31A 1OVJA 2G87A 1L52A 1C6BA 1QS5A 232LA 1M0KA 3EMLA 3PXOA 4EIYA 1EHKB 1DYDA 5EN0A 4DJHA 4XTOA 5B34A 1M0MA 3HU8A 1PY6A 2Y01A 4MBSA 115LA 104LA 210LA 4EKRA 1C6FA 2RBRA 1OVKA 1C8SA 1KY1A 1QTZA 2ANXA 159LA 3EH3B 1L26A 5B6YA 2Q9EA 2ZIYA 1P64A 1L36A 4G70B 196LA 2QPEB 5AX0A 1OWZA 1WTHA 1NHBA 1P7SA 5H2LA 4EPIA 1L28A 1L88A 1LYJA 4QIDA 1KNIA 1KW5A 1L93A 1QSBA 262LA 1H2SA 165LA 102LA 4BUOA 229LA 1D3JA 1L30A 108LA 4X1HA 1VGOA 1G07A 4XTNA 2OTZX 1KW7A 236LA 244LA 1L33A 1PQDA 2KSAA 1L25A 2NTHA 3T45A 3A7KA 172LA 3COCA 2B70A 1L17A 2ANVA 2Y02A 109LA 1L02A 1LW9A 3C9MA 5TGZA 1BRDA 3CDRA 3QDCA 1X0K1 142LA 1G0MA 161LA 173LA 2HUKA 201LA 4I7LA 1L19A 1C6PA 1CUQA 2QARC 114LA 1FBKA 1O0AA 1G0QA 1SSYA 2J4YA 4G7SB 205LA 4QRYA 4I7SA 3HT6A 1LGXA 4I7TA 1L49A 1F50A 1CTWA 1T6HA 3C8SA 1QUGA 3EH5B 1XIOA 3SB5A 149LA 1JTMA 3QJUB 152LA 1C65A 4ARQA 183LA 1L53A 1L95A 2R4SA 2ZFEA 1JQUA 1XJTA 7LZMA 1C6MA 130LA 1CUPA 1L0JA 1IW6A 103LA 3HUAA 3UONA 4MD2A 1CV4A 4ARJA 3DQBA 4PXFA 1JV7A 2BRDA 1ZURA 1L45A 2Y04A 4N6HA 2OU8A 4EPFA 2F47A 1QT6A 5B0WA 4FA7B 1L22A 2B6YA 2LZMA 223LA 1M0LA 1C6AA 225LA 2RBPA 163LA 3ODUA 2RBNA 3L64A 2JAGA 4PXKA 4XT1A 1C6KA 2L78A 4ARMA 3DMXA 4GBRA 1L56A 5H2OA 1C66A 2F95A 1C62A 1L44A 1IW9A 1MGYA 5AHZA 234LA 3QBKA 1KG8A 3LZMA 2Z73A 1P8UA 3ZPQA 1P8HA 2O79A 167LA 3HUKA 3P0GA 3C8RA 1CX6A 1L71A 2ZZLA 3NSBA 1CV6A 1S53A 2YCZA 1L60A 3G3XA 6LZMA 260LA 2LNLA 206LA 1CVKA 1QSQA 5A8EA 5A44A 187LA 158LA 254LA 4W56A 2B73A 1DZEA 4EJ4A 4FPDA 1C6LA 2HULA 3C83A 5J7AA 4ARPA 3HTFA 4AMJA 3DKEX 4L6RA 3UTWA 3OE6A 4EKQA 2YDOA 4W58A 2RH1A 2IGCA 5H2MA 4E97A 1LYHA 3G3VA 212LA 4XT3A 110LA 1B6IA 5G2AA 1L91A 1QT8A 1QUOA 2JAFA 3DMVA 219LA 5H2KA 3HT8A 1AT9A 1PQOA 1L12A 3QJTB 4NC3A 5FJGA 5H2PA 2OEAX 1KY0A 4DKLA 5H2NA 1L76A 1L65A 1L9HA 148LE 156LA 2YDVA 2RB1X 3SB9A 4G72B 2Y00A 2YCYA 1QM8A 3WQJA 3C80A 4AMIA 1L57A 4I7JA 237LA 1L83A 190LA 1DYBA 1P2LA 3SBAA 5F8UA 3ZEVA 1CV0A 3DMZA 4TL3A 195LA 1C8RA 5DYSA 3VI0A 243LA 164LA 5JJJA 2NTGA 5C1MA 5G36A 3OE0A 3GULA 1L90A 3HH4A 3RZEA 1D9WA 4G7RB 1L29A 123LA 2X72A 4I7KA 251LA 2L6XA 1L13A 1G06A 1XJUA 1L04A 170LA 188LA 3PDSA 2HPYA 145LA 4DAJA 1L37A 3L2XA 1XJIA 3X3CA 184LA 1S52A 4I7PA 1L39A 3S3DB 1G1WA 3SB8A 1E12A 174LA 4MQTA 5G53A 4WW3A 3X3BA 2OU0X 222LA 1F88A 248LA 3OE9A 241LA 5G2DA 2WJKA 4I7MA 1KMEA 3UTXA 4W54A 2YCXA 1L03A 3DNAA 3F9LA 3GUNA 258LA 3HH3A 2YCWA 3GUJA 3FADA 1C63A 125LA 2I21A 1FBBA 3QJVB 1OV7A 1PQIA 1L20A 257LA 4HYJA 3VGAA 1G0JA 4W57A 1L85A 1L97A 4W52A 1LPYA 5G2CA 113LA 4HYXA 189LA 2QB0B 5AWZA 1L05A 166LA 150LA 192LA 1QT3A 1LGWA 4ARQB 197LA 4GYCA 1T8GA 200LA 1C68A 4OO9A 2M3GA 1TLAA 157LA 4L35A 1L69A 1L80A 1LYGA 162LA 221LA 1C6TA 4Y9HA 220LA 5B6ZA 231LA 1X0I1 4ZPUA 4FAAB 1G0KA 1L68A 5B6VA 1L77A 1IXFA 1DYFA 1LWKA 1L61A 3HANA 4YXCA 4PJZA 107LA 1PQJA 4JR8A 4S0WA 1CU5A 1KS3A 1JV6A 4J4QA 218LA 1L86A 2OE4X 1CV1A 3HTDA 4W51A 1L54A 119LA 178LA 1L96A 1SWYA 5A45A 3VHZA 2Z55A 1P2RA 1T8FA 3QBGA 4ARMB 4GBRB 146LA 3CODA 1UAZA 3CAPA 3AM6A 1D2WA 4N4WA 255LA 4BV0A 1C67A 3FA0A 259LA 181LA 4PK0A 1HZXA 1QTHA 3GUKA 3HUQA 1L51A 1L43A 3GUIA 1X0SA 261LA 4XXJA 1C6JA 4BVNA 2B6WA 147LA 1T8AA 3OE8A 1L81A 235LA 2F32A 3QAPA 4UHRA 3JR6A 4GP4B 1LI6A 1U19A 1C6CA 3QAKA 1PQMA 1L75A 5H2HA 3S3BB 3HH6A 1R84A 1JGJA 1L89A 1KGBA 4ARLA 2B7XA 1BRRA 1QKPA 175LA 1L34A 3PBLA 3SN6R 1OYUA 2RBQA 3QJSB 2NTUA 180LA 1VJMA 3PWHA 3V2YA 5H2JA 4I7OA 3C9LA 249LA 1LYEA 2R4RA 4IAQA 1P3NA 1QT5A 3C81A 1AP9A 3QBIA 1QTCA 5LWEA 1SWZA 2LCBA 3S8FB 4W53A 3DN4A 3PQRA 256LA 2F2QA 2RB0X 1L24A 3HTGA 1CU0A 1L99A 1P36A 253LA 4YXAC 3NY8A 4GPOA 3SB7A 3DN3A 4BEYA 171LA 4JQ6A 1QTDA 213LA 4LDLA 3KJ6A 1L46A 1LLHA 209LA 3HWLA 1C6GA 3HT9A 3UZAA 4EKSA 5KKHA 1C6NA 4HWLA 2OE9X 1L79A 1L27A 3C7YA 1L94A 160LA 1L41A 199LA 5ITCA 120LA 5DHHA 228LA 111LA 5ITEA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1I20A 2Z2FA 3CDOA 4UWVA 1REZA 1GFUA 1DYEA 5DN5A 3C7ZA 1F4ZA 5B2NA 4H94A 4EKPA 5L9JA 3UZCA 2DQEY 1BM1A 1L87A 1QDRA 3P65A 3MBVA 4WAVA 118LA 2PEDA 1L64A 1IX0A 4NGZA 4W55A 5G28A 4I7RA 1GAYA 3HU9A 1YAPA 1C60A 1L40A 1PXRA 2HUMA 1CU3A 5I14A 1LYDA 3GUPA 4EXMA 4CFPA 3W6FA 1IC4Y 211LA 1EL1A 2ZYPA 217LA 3V2WA 5KXWA 3HTBA 3J6KA 3LN2A 2Z6BA 1L32A 1D3NA 1B7QA 2DQIY 3RW8A 1F0WA 2RBOA 2BQHA 5C6JA 1D9UA 3VVKA 1C61A 1CX7A 1LMAA 230LA 3OK0A 1NMMA 2YBJA 1JHLA 1E8LA 3A94A 3WULA 4MQSA 1AM7A 1L62A 2FBDA 1GXV2 2KS9A 3WW6A 1LZNA 1L98A 1C3WA 3HARA 1CJ7A 2NTWA 1DKJA 4H8ZA 1GE3A 2WARA 1G0LA 4CFOA 3DN0A 4HPEA 1AKIA 5LINA 4WM5A 2VT4A 5B6XA 4XTLA 1RI8B 3C8QA 2PC2A 1RFPA 2QPDB 3CDVA 1HC0A 1L42A 1C10A 1HEQA 3A8ZA 3D3DA 4X32A 1B5VA 5DL9A 1RCMA 4WOAA 3EH4B 1QTEA 1GU8A 1AZFA 1B2KA 1SX7A 2CUUA 4CHXA 4LT0A 1OUAA 4BEZA 176LA 1BB6A 5I4WA 131LA 1JEFA 155LA 252LA 4AQNA 1JUGA 4BWBA 1L10A 3AYNA 2A7FA 141LA 4NHTA 1LZEA 1GZMA 1L09A 226LA 3CDTA 1IWUA 2DQHY 1XGTC 2XBSA 1LZ8A 4DD0A 1B7PA 1GB6A 1P5CA 2I20A 4YF2A 4OWBA 2OTYX 1EPYA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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