4DKLA

Crystal structure of the mu-opioid receptor bound to a morphinan antagonist
Total Genus 160
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
160
sequence length
442
structure length
442
Chain Sequence
MVTAITIMALYSIVCVVGLFGNFLVMYVIVRYTKMKTATNIYIFNLALADALATSTLPFQSVNYLMGTWPFGNILCKIVISIDYYNMFTSIFTLCTMSVDRYIAVCHPVKALDFRTPRNAKIVNVCNWILSSAIGLPVMFMATTKYRQGSIDCTLTFSHPTWYWENLLKICVFIFAFIMPVLIITVCYGLMILRLKSVRNIFEMLRIDEGLRLKIYKNTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYEKDRNLRRITRMVLVVVAVFIVCWTPIHIYVIIKALITIPETTFQTVSWHFCIALGYTNSCLNPVLYAFLDENFKRCFREFCI
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Crystal structure of the {mu}-opioid receptor bound to a morphinan antagonist.
pubmed doi rcsb
molecule tags Signaling protein/antagonist
source organism Mus musculus
molecule keywords Mu-type opioid receptor, lysozyme chimera
total genus 160
structure length 442
sequence length 442
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2012-02-03

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
A PF00001 7tm_1 7 transmembrane receptor (rhodopsin family)
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 4dklA02
1.20.1070.10 Mainly Alpha Up-down Bundle Rhopdopsin 7-helix transmembrane proteins Rhopdopsin 7-helix transmembrane proteins 4dklA01
109LA 260LA 4DAJA 173LA 175LA 255LA 1KS3A 185LA 1L60A 261LA 2O7AA 3G3VA 1E12A 3AYNA 5H2IA 3SB8A 3UTVA 3DMZA 1JTMA 4N4YB 1OYUA 1L35A 218LA 1DYFA 4X31A 1DYGA 3RFMA 3KJ6A 169LA 1L79A 1L15A 3F8VA 168LA 148LE 1CU0A 1CV3A 3VHZA 1CU6A 1L28A 1L47A 1U19A 1LI3A 4X32A 5DHGA 201LA 1S51A 1L06A 1KW7A 1P6YA 5A44A 1D3NA 1LYHA 3EH5B 1XJIA 1QSQA 4PJZA 3S3CB 119LA 1FBBA 1QSBA 1EPYA 4I7TA 2WJLA 4WW3A 257LA 3S8GB 4YX7C 4KLYA 1OWYA 1S53A 4IB4A 3ZPRA 3GULA 2BRDA 4G7SB 5H2MA 4FBZA 180LA 1D2WA 1FBKA 1L91A 3HT8A 1PXSA 3CDVA 2CUUA 1H68A 4LZMA 111LA 1P8HA 3GUPA 1L70A 4L35A 5B2NA 151LA 1C6PA 3HASA 3PXOA 4QI1A 3T45A 3VW7A 2G87A 115LA 1SX2A 1BM1A 4I7OA 2Y02A 249LA 2ZZLA 3DN2A 1VGOA 1S54A 3REYA 205LA 4XTOA 158LA 130LA 3HANA 4GP8B 1L66A 1L58A 1BRRA 1ZURA 5B6ZA 2I35A 4GPOA 199LA 1UCQA 4IAPA 1G06A 1L73A 4G7QB 2OTZX 2KSBA 1L36A 4GBRB 5H2OA 3EH4B 1L53A 1P36A 4FA7B 5A45A 4W55A 3JR6A 5EN0A 243LA 3C8QA 3SN6R 1L72A 4E97A 226LA 3NY9A 3AYMA 3X3BA 1L55A 1C67A 4ARPA 1DYDA 1C8RA 2NTUA 1L57A 3UTWA 160LA 1C6NA 1LYEA 2RB1X 5H2NA 1D2YA 1L40A 4YXAC 4N4WA 3AM6A 1L29A 2LZMA 1L75A 4YXCA 1G1WA 5J7AA 1L39A 4I7LA 195LA 1QUGA 3C8RA 1L86A 3CDRA 1D3JA 4GBRA 114LA 3V2WA 3CDQA 1QTDA 3SB9A 2M3GA 170LA 2Y04A 2OU9A 1KG8A 5AX1A 4HYXA 2IGCA 3HT6A 3QJTB 2RBNA 1LYJA 2F95A 2LC9A 1G0GA 4PXKA 1G0JA 1QT6A 1C64A 1L27A 245LA 1PQDA 1L98A 1C6EA 211LA 1QUHA 1L07A 3DQBA 1QTCA 2PEDA 240LA 3NS0A 1L13A 3G3WA 2O4WA 1JQUA 1SWZA 3EMLA 2OEAX 2B74A 5AX0A 5G53A 1QUOA 2B6WA 1ZYTA 129LA 1LGWA 238LA 1L81A 3CDTA 3HH5A 198LA 4NC3A 139LA 1LI2A 174LA 1QTVA 1SX7A 251LA 3C81A 1S8JA 3CAPA 2JAFA 3QJSB 5G36A 1L67A 225LA 5JJEA 1L62A 122LA 3SB7A 2KS9A 126LA 4MD1A 1OVHA 5B35A 3HARA 2O79A 3HAPA 104LA 2Y01A 1QT7A 5I14A 5DHHA 3GUMA 142LA 1C6IA 2HUKA 2RAZX 1G0MA 1L85A 1OV5A 4XT1A 3C7WA 1L56A 3WQJA 1PQKA 3C9LA 1L04A 1LLHA 5G54A 1QTBA 1C6JA 4AMJA 152LA 1C60A 2B70A 1DYBA 186LA 1C61A 4MD2A 1L10A 1C6CA 1L25A 1O0AA 3X3CA 3ABWA 3L64A 3HT7A 1IW9A 1G1VA 5B6XA 1L51A 183LA 2RBSA 1QTZA 1G07A 4S0WA 4G70B 1EHKB 4MQTA 1PQJA 1L23A 4AQNA 1L0MA 3C9MA 3QBLA 234LA 4N6HA 4J4QA 1QT3A 1L33A 2OE7X 1CU3A 259LA 224LA 5ITCA 1L16A 4K5YA 1IW6A 192LA 1CV4A 1T8FA 1L74A 1P37A 3OE0A 167LA 1NHBA 244LA 1T8GA 219LA 3HH6A 3NSBA 3A7KA 5H2JA 4GRVA 3QJRB 3HT9A 165LA 232LA 3SB5A 4MBSA 4TL3A 3HTGA 1XIOA 1L92A 4I7PA 1F88A 3P0GA 1TN5A 4BEZA 1L17A 258LA 143LA 1LYGA 4QRYA 4W57A 1LGUA 231LA 3PWHA 3UTYA 1LYDA 1KGBA 3DN3A 141LA 1C6QA 5FJGA 4LDLA 2X72A 3QAKA 1PQIA 1QS5A 1L65A 2F93A 1L18A 2OU8A 4GP5B 5AHYA 4W54A 4EPIA 3HAOA 3CDOA 3EH3B 2QB0B 3DN0A 2KSAA 1DYAA 242LA 2B6TA 1TN0A 227LA 4W53A 1L34A 182LA 2ZFEA 1L89A 172LA 4I7QA 1L26A 187LA 1C3WA 1D9WA 3OE6A 2RBRA 1E0PA 210LA 4EKRA 3S3BB 3GUIA 1JV7A 2OE9X 1PY6A 2AT9A 1L68A 131LA 1L05A 2NTGA 2RB2X 1DYEA 3RUNA 1SSWA 2B73A 4XT3A 118LA 4G72B 1R84A 1L14A 4BVNA 4ZPUA 1CUPA 1F4ZA 1QT8A 5G28A 3HUAA 2B6ZA 2NTHA 4W58A 4MQSA 2I21A 1L09A 177LA 3SBBC 3L2XA 200LA 2HPYA 5H2KA 1P2LA 3PBLA 237LA 144LA 3DKEX 4ARMA 3UZAA 3GUOA 2KSYA 3DN4A 4Y9HA 1I6SA 4OV0A 1PQMA 1B6IA 4EKPA 1C69A 1JFPA 3K2RA 217LA 3LZMA 4ARQB 1QM8A 2Q9EA 2OU0X 1F50A 1C6KA 1L30A 3QJUB 4EKQA 1L88A 2RH1A 4XXJA 1VJMA 4IAQA 5AHZA 4BUOA 1DYCA 1P46A 1L94A 1C63A 3VVKA 127LA 3DN8A 140LA 166LA 2OE4X 1L32A 4DKLA 3QBGA 4JKVA 1C6AA 2Z6BA 5B34A 3VGAA 1C6GA 1L01A 2R4RA 150LA 5F8UA 1L82A 4EJ4A 2F32A 3S8FB 138LA 1CWQA 1QHJA 221LA 5H2LA 1KY0A 1QTHA 4A4MA 1P64A 4DJHA 1L54A 1L11A 3S3DB 1L80A 4ARQA 1M0MA 5BR5A 2B7XA 3OE8A 107LA 2ANVA 1X0SA 5TGZA 2WJKA 1QS9A 3HTFA 3G3XA 3GUNA 1L77A 4I7KA 4I7JA 125LA 1L44A 1L97A 2EI4A 1XMEB 3QDCA 1L63A 4BWBA 1L87A 1JV6A 4W59A 1PQOA 2JAGA 2HUMA 1L43A 3HH3A 159LA 1L95A 1T8AA 2RB0X 1L12A 191LA 1LYIA 3DNAA 1C6BA 4LDOA 229LA 1C68A 4EXMA 5ITEA 1GU8A 1OWZA 3SB6A 108LA 1C6DA 2YDOA 1XEPA 4EIYA 4HYJA 4FAAB 161LA 213LA 1L76A 1KY1A 4LDEA 1LPYA 250LA 3HUKA 2YCYA 1QT5A 214LA 3RZEA 241LA 4IARA 1L31A 1L45A 112LA 1L22A 239LA 3DMXA 1KMEA 1CV5A 4GP4B 5AZDA 1Q5JA 5B0WA 3UZCA 4HWLA 1JGJA 3ODUA 1L69A 1CVKA 3C7YA 181LA 1CTWA 1C62A 1L90A 2HULA 233LA 2LNLA 3MBVA 3COCA 1HZXA 1XJTA 1M0LA 1P8UA 2RBOA 1WTHA 2F47A 1GUEA 4L6RA 184LA 1OVJA 2A4TA 1OVKA 1LN6A 1CU5A 5B6YA 1M0KA 4ARJA 3QBKA 2L78A 1L46A 4I7RA 4UHRA 1KNIA 1L71A 1X0I1 3HAQA 171LA 1OV7A 5H2PA 1QKPA 3VG9A 4JR8A 2RAYX 3PDSA 1P8IA 3UTXA 149LA 5LWEA 147LA 3C7ZA 3HTDA 5LZMA 4G7RB 3ZEVA 1T6HA 1S52A 3DDLA 2QPEB 2Y00A 6LZMA 230LA 1X0K1 5B6WA 5G2AA 3C80A 1LI6A 3QJQB 3OE9A 5KKHA 1L48A 1K28A 1KW5A 1L64A 2B75A 3HU9A 7LZMA 220LA 4W52A 256LA 1C6TA 1S8LA 157LA 4ARMB 1BRDA 2NTWA 248LA 188LA 1LW9A 4UG2A 253LA 1CV0A 3HDEA 2QARC 1R2NA 1AP9A 178LA 3DN1A 4ARLA 103LA 1XJUA 2RBQA 1Q5IA 3FADA 4I7SA 1L59A 1UAZA 4OO9A 212LA 3DN6A 113LA 4JQ6A 1SWYA 3FA0A 4X1HA 5G2DA 3DMVA 2ZIYA 2Z73A 5DYSA 2Q9DA 4G71B 5G2CA 206LA 1P3NA 1P56A 1ZWNA 1C6LA 1AT9A 137LA 3D4SA 2J4YA 2VT4A 2YCXA 4EA3A 2L6XA 1C8SA 5H2HA 2LCBA 1G0QA 3HU8A 110LA 1LWKA 3C8SA 196LA 223LA 1L49A 1C66A 1QUDA 3C83A 3HTBA 1L93A 2OTYX 3QBIA 3BVDB 2I20A 3UG9A 163LA 3C82A 1L37A 4W56A 1L19A 4I7MA 4GYCA 156LA 2ANXA 1CU2A 3HWLA 1CUQA 1CX6A 1C6FA 222LA 145LA 4BV0A 247LA 1LGXA 1P2RA 4QIDA 1L03A 3UONA 1C6MA 1L61A 1L99A 252LA 162LA 3QJVB 2QPDB 1BRXA 1L83A 1MGYA 2YCZA 197LA 2Y03A 4BEYA 235LA 216LA 3GUJA 4EKSA 176LA 3GUKA 2B6XA 1QT4A 1C6HA 3HDFA 3OAXA 3QAPA 4XTNA 1L96A 2B72A 2R4SA 1G0PA 4EPFA 5JJNA 1L08A 2YCWA 1L20A 1CV1A 1L38A 1L24A 1LWGA 3PQRA 128LA 1TLAA 3SBAA 5BR2A 1IXFA 2I1XA 1L0JA 3ZPQA 209LA 3F9LA 146LA 1JTNA 5A8EA 102LA 123LA 1CV6A 236LA 1L9HA 1PXRA 2Z55A 164LA 1G0KA 2B6YA 2RBPA 1C65A 120LA 3FI5A 4FPDA 4WAVA 5C1MA 155LA 1CX7A 1GZMA 3CODA 1H2SA 2YDVA 5B6VA 1D3FA 1G0LA 1QKOA 1T97A 5AWZA 215LA 3HUQA 1L21A 3NY8A 4AMIA 190LA 4XTLA 1L84A 246LA 3V2YA 1DZEA 1L0KA 1L52A 228LA 3HH4A 4KNFA 5ETZA 4I7NA 1L50A 2F2QA 5JJJA 262LA 1L02A 3VI0A 254LA 1L00A 4PXFA 1P5CA 4PK0A 1KG9A 1L42A 1L41A 1P7SA 1D3MA 4W51A 3NYAA 1SSYA 1LYFA 189LA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1T6VL 1ZVYB 4DAJA 1NBZC 4GP4B 4XJHA 1B7NA 5H2IA 4DYGA 1CJ6A 1OYUA 1L35A 4ANRA 1DYGA 1AZFA 1L79A 2I6ZA 168LA 4CGEA 4L41A 1CV3A 1U19A 1P6YA 5A44A 4XENA 1HHLA 4PJZA 1IWVA 119LA 1EPYA 4I7TA 4YX7C 4KLYA 1OWYA 3ZPRA 2BRDA 2G4NA 5H2MA 1PXSA 1GBSA 4WLXA 2BPUA 5LYTA 1P8HA 1L70A 4L35A 151LA 3VW7A 4NWHA 115LA 1SX2A 5LYZA 4I7OA 2Y02A 1YIKA 130LA 3HANA 2NWDX 4OWEA 1L66A 1BRRA 1ZURA 1LZRA 1QQYA 5B6ZA 2EPEA 4GPOA 1HEPA 4WM6A 1L73A 1OUFA 4G7QB 5JENB 1L53A 1P36A 1LSEA 2LZTA 6LYZA 5A45A 4FA7B 243LA 4J1AA 4E97A 5D5FA 4WL7A 2NTUA 4ARPA 1DYDA 160LA 1C6NA 2RB1X 1D2YA 5AMYA 3HBDA 1LSBA 4YXCA 1G1WA 2BQOA 5LAGA 5B05A 4DQJA 3CDRA 1D3JA 4GBRA 3SB9A 2Y04A 3QJTB 1GFUA 2RBNA 1G0JA 1QT6A 1C64A 1PQDA 1L98A 1ZV5L 4FJRA 1QUHA 1L07A 4LT3A 4BADA 1LZ9A 3J4GA 1QTCA 1GFTA 3G3WA 1GB2A 1QUOA 129LA 3HH5A 1IOTA 3CT1A 4XJGA 139LA 225LA 5LINA 1L62A 2XTHA 2AUBA 3SB7A 4O34A 2KS9A 5B35A 2YBJA 1FLQA 2Y01A 5DHHA 3TXIA 1LSYA 142LA 1UIHA 4XT1A 1P2CC 1KIRC 1L04A 1LZSA 1L10A 1REMA 2HEEA 1LHLA 3G3AB 1IW9A 1QTZA 1OUIA 1UIDA 4RLMA 3C9MA 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 4I7K A;  4I7J A;  125L A;  1L44 A;  1L97 A;  2EI4 A;  1XME B;  3QDC A;  1L63 A;  4BWB A;  1L87 A;  1JV6 A;  4W59 A;  1PQO A;  2JAG A;  2HUM A;  1L43 A;  3HH3 A;  159L A;  1L95 A;  1T8A A;  2RB0 X;  1L12 A;  191L A;  1LYI A;  3DNA A;  1C6B A;  4LDO A;  229L A;  1C68 A;  4EXM A;  5ITE A;  1GU8 A;  1OWZ A;  3SB6 A;  108L A;  1C6D A;  2YDO A;  1XEP A;  4EIY A;  4HYJ A;  4FAA B;  161L A;  213L A;  1L76 A;  1KY1 A;  4LDE A;  1LPY A;  250L A;  3HUK A;  2YCY A;  1QT5 A;  214L A;  3RZE A;  241L A;  4IAR A;  1L31 A;  1L45 A;  112L A;  1L22 A;  239L A;  3DMX A;  1KME A;  1CV5 A;  4GP4 B;  5AZD A;  1Q5J A;  5B0W A;  3UZC A;  4HWL A;  1JGJ A;  3ODU A;  1L69 A;  1CVK A;  3C7Y A;  181L A;  1CTW A;  1C62 A;  1L90 A;  2HUL A;  233L A;  2LNL A;  3MBV A;  3COC A;  1HZX A;  1XJT A;  1M0L A;  1P8U A;  2RBO A;  1WTH A;  2F47 A;  1GUE A;  4L6R A;  184L A;  1OVJ A;  2A4T A;  1OVK A;  1LN6 A;  1CU5 A;  5B6Y A;  1M0K A;  4ARJ A;  3QBK A;  2L78 A;  1L46 A;  4I7R A;  4UHR A;  1KNI A;  1L71 A;  1X0I 1;  3HAQ A;  171L A; 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 3HTB A;  1L93 A;  2OTY X;  3QBI A;  3BVD B;  2I20 A;  3UG9 A;  163L A;  3C82 A;  1L37 A;  4W56 A;  1L19 A;  4I7M A;  4GYC A;  156L A;  2ANX A;  1CU2 A;  3HWL A;  1CUQ A;  1CX6 A;  1C6F A;  222L A;  145L A;  4BV0 A;  247L A;  1LGX A;  1P2R A;  4QID A;  1L03 A;  3UON A;  1C6M A;  1L61 A;  1L99 A;  252L A;  162L A;  3QJV B;  2QPD B;  1BRX A;  1L83 A;  1MGY A;  2YCZ A;  197L A;  2Y03 A;  4BEY A;  235L A;  216L A;  3GUJ A;  4EKS A;  176L A;  3GUK A;  2B6X A;  1QT4 A;  1C6H A;  3HDF A;  3OAX A;  3QAP A;  4XTN A;  1L96 A;  2B72 A;  2R4S A;  1G0P A;  4EPF A;  5JJN A;  1L08 A;  2YCW A;  1L20 A;  1CV1 A;  1L38 A;  1L24 A;  1LWG A;  3PQR A;  128L A;  1TLA A;  3SBA A;  5BR2 A;  1IXF A;  2I1X A;  1L0J A;  3ZPQ A;  209L A;  3F9L A;  146L A;  1JTN A;  5A8E A;  102L A;  123L A;  1CV6 A;  236L A;  1L9H A;  1PXR A;  2Z55 A;  164L A;  1G0K A;  2B6Y A;  2RBP A;  1C65 A;  120L A;  3FI5 A;  4FPD A;  4WAV A;  5C1M A;  155L A;  1CX7 A;  1GZM A;  3COD A;  1H2S A;  2YDV A;  5B6V A;  1D3F A;  1G0L A;  1QKO A;  1T97 A;  5AWZ A;  215L A;  3HUQ A;  1L21 A;  3NY8 A;  4AMI A;  190L A;  4XTL A;  1L84 A;  246L A;  3V2Y A;  1DZE A;  1L0K A;  1L52 A;  228L A;  3HH4 A;  4KNF A;  5ETZ A;  4I7N A;  1L50 A;  2F2Q A;  5JJJ A;  262L A;  1L02 A;  3VI0 A;  254L A;  1L00 A;  4PXF A;  1P5C A;  4PK0 A;  1KG9 A;  1L42 A;  1L41 A;  1P7S A;  1D3M A;  4W51 A;  3NYA A;  1SSY A;  1LYF A;  189L A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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