4DKLA

Crystal structure of the mu-opioid receptor bound to a morphinan antagonist
Total Genus 160
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
160
sequence length
442
structure length
442
Chain Sequence
MVTAITIMALYSIVCVVGLFGNFLVMYVIVRYTKMKTATNIYIFNLALADALATSTLPFQSVNYLMGTWPFGNILCKIVISIDYYNMFTSIFTLCTMSVDRYIAVCHPVKALDFRTPRNAKIVNVCNWILSSAIGLPVMFMATTKYRQGSIDCTLTFSHPTWYWENLLKICVFIFAFIMPVLIITVCYGLMILRLKSVRNIFEMLRIDEGLRLKIYKNTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYEKDRNLRRITRMVLVVVAVFIVCWTPIHIYVIIKALITIPETTFQTVSWHFCIALGYTNSCLNPVLYAFLDENFKRCFREFCI
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Crystal structure of the {mu}-opioid receptor bound to a morphinan antagonist.
pubmed doi rcsb
molecule tags Signaling protein/antagonist
source organism Mus musculus
molecule keywords Mu-type opioid receptor, lysozyme chimera
total genus 160
structure length 442
sequence length 442
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2012-02-03

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
A PF00001 7tm_1 7 transmembrane receptor (rhodopsin family)
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 4dklA02
1.20.1070.10 Mainly Alpha Up-down Bundle Rhopdopsin 7-helix transmembrane proteins Rhopdopsin 7-helix transmembrane proteins 4dklA01
3FADA 3DDLA 4BV0A 192LA 4G72B 5B2NA 1LPYA 3QBKA 5JJJA 1G0JA 4EIYA 1UAZA 2B73A 1LGWA 2YDVA 1L58A 130LA 1G0LA 2B74A 4X31A 3L64A 1QTCA 5H2JA 4YXCA 174LA 1CUQA 3QJTB 1M0LA 1AT9A 3CDVA 139LA 4MBSA 2VT4A 1CU0A 2OTZX 2BRDA 2Z55A 1C6CA 104LA 3VI0A 1QTHA 3EMLA 1QUDA 1L33A 3HH5A 1JTMA 1LWGA 1QT6A 1L81A 3PQRA 1L82A 129LA 4WW3A 2O4WA 1X0K1 2PEDA 198LA 1DYCA 1L38A 184LA 1TN5A 1L69A 3HUQA 2OE9X 5A44A 1L24A 1L66A 1TLAA 4X1HA 189LA 1P2RA 3V2YA 3QJQB 3C8QA 5G54A 4W53A 1CVKA 2I35A 3S8FB 1LGXA 255LA 3HDEA 247LA 4ARJA 3SBBC 1G0QA 1L52A 215LA 3DN6A 4GP8B 197LA 1LI2A 3K2RA 3C8SA 155LA 1L76A 4GYCA 1QS9A 148LE 3S3BB 1L29A 126LA 1L77A 4HYJA 4ARPA 4N4WA 5ITCA 1C6PA 187LA 218LA 2OE4X 225LA 1EHKB 4GP4B 1BRDA 3DMVA 175LA 1L46A 4W54A 1I6SA 1LYIA 1D3FA 1G07A 1FBKA 2KSYA 253LA 3EH4B 1LI3A 1L91A 2RBQA 4QRYA 1IW9A 140LA 2F93A 1QT3A 2KSBA 5AHZA 1C6EA 3SB6A 1LLHA 2NTHA 5AHYA 1L18A 4TL3A 2I1XA 4EKSA 166LA 4WAVA 1L0JA 1SSWA 1C6HA 3S8GB 1L15A 2KS9A 4W57A 4I7QA 258LA 4FPDA 195LA 1D2YA 1KG8A 243LA 4ARQB 3FA0A 232LA 238LA 3QJSB 1L51A 1ZYTA 1QT8A 1L49A 2B6ZA 1LN6A 3AYMA 1L19A 157LA 1L65A 1H68A 4N4YB 5B6ZA 1P3NA 4I7OA 4JR8A 1C62A 146LA 1PQKA 2OEAX 4BEYA 5H2MA 1GUEA 1S53A 1L89A 3AM6A 1PQDA 3RUNA 3C9LA 1SWYA 1L30A 5DHHA 1C6IA 2QARC 3QBGA 1L97A 3UONA 2RB0X 3G3XA 143LA 169LA 118LA 172LA 1KW5A 3C82A 3RZEA 3ZPQA 2YCWA 239LA 1DYBA 3CDTA 1P8HA 5G2CA 1L47A 4BEZA 3LZMA 103LA 5JJEA 3C7YA 1D2WA 1L67A 3NY9A 109LA 1M0KA 1PXSA 4AMJA 2HPYA 1JQUA 3DN4A 4E97A 1LYGA 1M0MA 1L73A 2IGCA 1U19A 3QJRB 5H2KA 4W59A 248LA 163LA 2KSAA 186LA 210LA 4GBRB 1L86A 1SX2A 3SB7A 3SB8A 1D3NA 3HAOA 4XTOA 1PXRA 1P5CA 4W55A 128LA 217LA 240LA 2OE7X 1TN0A 4FAAB 3UZCA 214LA 1L98A 4BUOA 1KS3A 3GUNA 4A4MA 229LA 181LA 5H2HA 4HYXA 1L62A 4IARA 1D9WA 1XJUA 1L09A 2I21A 3C80A 4BWBA 1LW9A 141LA 2HUMA 1LYDA 1CU5A 2O7AA 4G70B 1L42A 1XJIA 3UTYA 1L56A 1LYHA 2QPDB 2G87A 219LA 1PQJA 1G06A 3OE0A 4DJHA 1L61A 3BVDB 4FBZA 4OV0A 4Y9HA 1L13A 1G0KA 1L12A 1L92A 168LA 2JAGA 2I20A 1L06A 4JKVA 2ANXA 1L74A 205LA 1L14A 3D4SA 4LZMA 2RBOA 4LDOA 3QBIA 108LA 1L11A 2L6XA 1JFPA 4LDEA 1L08A 4I7JA 3UTVA 4OO9A 2Z73A 122LA 216LA 161LA 1WTHA 5LZMA 4EKRA 3QDCA 1D3MA 3NS0A 1BM1A 2NTGA 185LA 1E0PA 3HUAA 171LA 1OV5A 254LA 111LA 1C6DA 3G3WA 2J4YA 3REYA 2O79A 2LCBA 1L27A 4I7MA 6LZMA 178LA 3JR6A 1XEPA 2ANVA 4ARMA 1XMEB 1F50A 1C6AA 3GUPA 1L60A 3GUMA 1VJMA 3CAPA 4IAQA 4G7QB 4XTLA 2HUKA 170LA 1C64A 4MD2A 5EN0A 1G0MA 1L23A 5G36A 1DYGA 142LA 167LA 158LA 1L68A 1L87A 3SB9A 1E12A 1R84A 3FI5A 102LA 1C6LA 1L63A 4I7PA 5JJNA 144LA 1KY0A 3GULA 1C6QA 226LA 4I7KA 138LA 3PWHA 2B72A 3GUKA 2Z6BA 3HTGA 2NTUA 1C6MA 1QT4A 1QTZA 2Q9EA 3ABWA 1QS5A 2B75A 4ARLA 5G2AA 5LWEA 190LA 1L31A 2R4SA 3HARA 2OTYX 5AZDA 3HT9A 1VGOA 1S54A 2ZZLA 1CU3A 246LA 206LA 1SWZA 234LA 3DN0A 1CV1A 1X0I1 199LA 4PJZA 2ZIYA 1L55A 5B6YA 2RB1X 4I7LA 2RBPA 3HASA 1L39A 2Q9DA 3HWLA 4UHRA 3X3BA 3C8RA 3COCA 7LZMA 2B6XA 149LA 1KW7A 147LA 3OAXA 1T8FA 5AWZA 125LA 4W56A 213LA 1OWZA 1DZEA 1L0MA 223LA 251LA 1L10A 1HZXA 1QTDA 3QBLA 5B35A 1L59A 1P2LA 259LA 1KMEA 127LA 160LA 1C6FA 4W52A 1S8JA 3V2WA 4AMIA 4GP5B 3HT8A 236LA 2OU0X 1L28A 4EXMA 1L72A 252LA 2M3GA 5H2NA 2CUUA 4W51A 4KLYA 1L57A 5AX1A 4EJ4A 245LA 2WJKA 1MGYA 165LA 1QUOA 4N6HA 131LA 1QKPA 4MQSA 1L0KA 241LA 182LA 1L85A 3DN8A 1IW6A 1L04A 2B6TA 2RH1A 1FBBA 3DN2A 4J4QA 4G71B 5H2PA 4AQNA 3C9MA 1P64A 1JV7A 4HWLA 5DYSA 5B0WA 177LA 2F95A 3C7ZA 2B6WA 3PBLA 227LA 1P8UA 2WJLA 4L6RA 5H2LA 1L35A 261LA 1PQOA 2QPEB 1C67A 1L41A 1QTBA 5A8EA 1CWQA 180LA 1H2SA 4XT3A 237LA 1CX6A 2RB2X 3A7KA 3DMXA 3F9LA 3HH3A 3QJUB 1QSQA 1L94A 231LA 3QAPA 2AT9A 1XJTA 1QM8A 1C69A 3CDRA 1CUPA 3HTDA 119LA 1L25A 1CU2A 3DNAA 1O0AA 4ARQA 3DQBA 196LA 1L45A 211LA 3GUJA 3HU8A 3EH5B 1JGJA 1PY6A 3GUOA 1L26A 4YX7C 2F2QA 3HDFA 1T6HA 1BRXA 3HANA 4IAPA 2RBNA 1C8SA 3HTFA 249LA 1GZMA 5ETZA 3VGAA 1L37A 1L93A 5G2DA 3HH4A 2R4RA 1SX7A 120LA 4XT1A 3ZPRA 1L32A 3WQJA 5B6WA 1GU8A 2OU9A 1L53A 1L64A 1P37A 2JAFA 156LA 4I7SA 3CODA 176LA 4I7RA 1CU6A 137LA 1QT5A 1S8LA 4X32A 3SB5A 3HAPA 3G3VA 2B70A 4ARMB 3T45A 200LA 1CV0A 1K28A 1NHBA 3HTBA 2Y03A 1C8RA 3EH3B 2YCZA 1S52A 222LA 2RBRA 3HU9A 3NSBA 2F32A 1P56A 4G7SB 3UZAA 1PQIA 1OWYA 3DN1A 3VHZA 2A4TA 1P7SA 209LA 1XIOA 3QAKA 4GBRA 3DKEX 1X0SA 1C6JA 1L70A 1B6IA 1C65A 183LA 1C6BA 1CTWA 3HT7A 2RAZX 1L83A 4ZPUA 3DN3A 2F47A 1L48A 2L78A 3ODUA 1LGUA 3VW7A 1JV6A 1L43A 1L95A 3OE9A 1P8IA 1P36A 3HAQA 2YDOA 113LA 2HULA 1LI6A 1F4ZA 4PK0A 1OYUA 3NY8A 3S3DB 1T97A 1DYAA 1G1WA 1L44A 4GRVA 3SN6R 1KGBA 4G7RB 1L71A 5BR5A 4DAJA 112LA 1QKOA 2ZFEA 3SBAA 3C81A 1C61A 188LA 2EI4A 4LDLA 4I7TA 1C6KA 3QJVB 4QI1A 1L17A 1ZWNA 1CV5A 224LA 1L21A 1G1VA 4L35A 3F8VA 230LA 164LA 1OVKA 2B6YA 4PXKA 3GUIA 3AYNA 4IB4A 1BRRA 1L90A 191LA 1QUHA 3RFMA 3OE8A 3VG9A 4I7NA 3UTXA 1L07A 235LA 1L50A 3PDSA 1LWKA 4EKPA 1LYEA 3DMZA 1L88A 212LA 1OV7A 1KG9A 162LA 3CDOA 4EPFA 1C68A 1L9HA 1L02A 1L01A 1OVHA 1L36A 2Y01A 5G28A 5G53A 1OVJA 1L84A 3NYAA 159LA 1L00A 4K5YA 1L99A 2YCYA 257LA 3KJ6A 1G0GA 262LA 1P46A 3P0GA 4MD1A 2LNLA 1D3JA 1QSBA 5BR2A 1L80A 4BVNA 220LA 5H2IA 107LA 1C6GA 1C3WA 1R2NA 3UG9A 3L2XA 3X3CA 1KNIA 1L20A 244LA 145LA 1QUGA 3ZEVA 1L16A 1C63A 1C60A 5I14A 3HH6A 2Y00A 1L75A 228LA 4XTNA 2OU8A 3HUKA 1G0PA 1L96A 1C6TA 2X72A 1AP9A 4NC3A 1L05A 1LYJA 1Q5JA 5F8UA 1QHJA 151LA 4MQTA 1LYFA 1DYFA 1PQMA 221LA 4YXAC 4QIDA 250LA 5ITEA 1QTVA 5TGZA 2Y02A 2Y04A 3CDQA 2QB0B 1Q5IA 5DHGA 242LA 2LC9A 4UG2A 3S3CB 1KY1A 1EPYA 1T8GA 256LA 4EA3A 1JTNA 1CX7A 1S51A 233LA 4PXFA 3HT6A 2B7XA 3C83A 3C7WA 3MBVA 150LA 5J7AA 1L22A 1L34A 5KKHA 1C6NA 2RAYX 1L79A 4DKLA 3VVKA 2LZMA 4KNFA 4W58A 5B6VA 1L03A 2YCXA 1ZURA 1F88A 1L40A 5FJGA 123LA 1UCQA 4FA7B 110LA 2RBSA 4GPOA 2NTWA 260LA 3PXOA 1CV6A 5B6XA 1CV3A 5B34A 1IXFA 1DYEA 1CV4A 5C1MA 4JQ6A 4EKQA 4EPIA 5AX0A 3OE6A 3UTWA 5A45A 1L54A 1C66A 1T8AA 115LA 4XXJA 1P6YA 201LA 114LA 152LA 1DYDA 1SSYA 5H2OA 4S0WA 1QT7A 173LA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1GB3A 3FADA 2Z39A 4FDYA 4H9AA 1LPYA 4HSFA 5JJJA 4NGJA 3HBEX 5HQ1A 130LA 4X31A 4YXCA 174LA 3WU8A 1AT9A 3A96A 1CU0A 1LSDA 2Z55A 2F4GA 1UIDA 1QTHA 3HH5A 1JTMA 3A6BY 2BQIA 4KXIA 1TN5A 1L69A 3HUQA 4XN6A 5LVJA 1TLAA 3CT5A 3W6AA 4TX7A 1RJCB 5C6LA 5LYTA 247LA 1XGRC 4ARJA 3SBBC 1F10A 3A95A 1EQEA 1L52A 4HP0A 215LA 1EL1A 4NHIA 1G7IC 155LA 1GF9A 3S3BB 1L77A 4HYJA 5F9UA 1NF5A 218LA 4PHIA 4OOOA 2OE4X 4GP4B 1L46A 1I6SA 1FBKA 1G07A 2KSYA 4QRYA 1GFVA 1LMNA 1C6EA 2BQGA 1L18A 1ZV5L 2C8PA 5II3A 1O23A 1UACY 1C6HA 1I1ZA 5LVGA 5JENB 3TXKA 5J7CA 4NSJA 4HPEA 1HSXA 1LSEA 4ARQB 1L51A 157LA 1L65A 4N4YB 4YOPA 1LHJA 1INUA 4KT3A 1PQKA 2OEAX 1GUEA 1S53A 1VDSA 3AM6A 2BPUA 1L30A 1C6IA 2QARC 1LJGA 2EPEA 1UIFA 3TXEA 3GXRA 1VDTA 172LA 4BEZA 1IWWA 4NGZA 5JJEA 3C7YA 4WLDA 3A34A 3RT5X 3TMUA 1M0KA 4N1CC 1FLUA 4E97A 1LYGA 3RU5A 4NHTA 186LA 1JTTL 3FE0A 1LYOA 3HAOA 1UCOA 1PXRA 1P5CA 4DQJA 4R0FA 1G7JC 4XJGA 5KKJA 2MEHA 4DWXA 4BUOA 4A4MA 1L62A 1D9WA 5KXSA 4BWBA 2QPDB 2BQAA 1G06A 3OE0A 3A91A 1DZBX 4DJHA 4FBZA 1L12A 3FI7A 2JAGA 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 5FJG A;  123L A;  1UCQ A;  4FA7 B;  110L A;  2RBS A;  4GPO A;  2NTW A;  260L A;  3PXO A;  1CV6 A;  5B6X A;  1CV3 A;  5B34 A;  1IXF A;  1DYE A;  1CV4 A;  5C1M A;  4JQ6 A;  4EKQ A;  4EPI A;  5AX0 A;  3OE6 A;  3UTW A;  5A45 A;  1L54 A;  1C66 A;  1T8A A;  115L A;  4XXJ A;  1P6Y A;  201L A;  114L A;  152L A;  1DYD A;  1SSY A;  5H2O A;  4S0W A;  1QT7 A;  173L A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
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 2EPE A;  1UIF A;  3TXE A;  3GXR A;  1VDT A;  172L A;  4BEZ A;  1IWW A;  4NGZ A;  5JJE A;  3C7Y A;  4WLD A;  3A34 A;  3RT5 X;  3TMU A;  1M0K A;  4N1C C;  1FLU A;  4E97 A;  1LYG A;  3RU5 A;  4NHT A;  186L A;  1JTT L;  3FE0 A;  1LYO A;  3HAO A;  1UCO A;  1PXR A;  1P5C A;  4DQJ A;  4R0F A;  1G7J C;  4XJG A;  5KKJ A;  2MEH A;  4DWX A;  4BUO A;  4A4M A;  1L62 A;  1D9W A;  5KXS A;  4BWB A;  2QPD B;  2BQA A;  1G06 A;  3OE0 A;  3A91 A;  1DZB X;  4DJH A;  4FBZ A;  1L12 A;  3FI7 A;  2JAG A;  4RW2 A;  205L A;  2RBO A;  1WTN A;  4WM3 A;  3QBI A;  108L A;  2L6X A;  4G4B A;  4LDE A;  3P68 A;  216L A;  4EKR A;  1GDX A;  3NS0 A;  185L A;  2FBD A;  1E0P A;  1FDL Y;  1OV5 A;  1WQR A;  4XEN A;  3REY A;  6LZM A;  3JR6 A;  1XEP A;  2ANV A;  4ARM A;  4YEO A;  1L60 A;  3GUM A;  4IAQ A;  2D6B A;  2HUK A;  4WO6 A;  1LHI A;  1CJ8 A;  2ZIJ A;  1GXV 2;  1L23 A;  2XJW A;  1E12 A;  3FI5 A;  1C6L A;  1GAZ A;  4H9H A;  3WUA A;  4G9S A;  4HJV A;  3GUL A;  2DQA A;  1C6Q A;  226L A;  4DQ7 A;  3PWH A;  1UIA A;  4YM8 A;  2Z6B A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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