4LDEA

Structure of beta2 adrenoceptor bound to bi167107 and an engineered nanobody
Total Genus 175
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
175
sequence length
457
structure length
454
Chain Sequence
DAENLYFQGNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYAADEVWVVGMGIVMSLIVLAIVFGNVLVITAIAKFERLQTVTNYFITSLACADLVMGLAVVPFGAAHILTKTWTFGNFWCEFWTSIDVLCVTASIETLCVIAVDRYFAITSPFKYQSLLTKNKARVIILMVWIVSGLTSFLPIQMHWYRATHQEAINCYAEETCCDFFTNQAYAIASSIVSFYVPLVIMVFVYSRVFQEAKRQLQKFALKEHKALKTLGIIMGTFTLCWLPFFIVNIVHVIQDNLIRKEVYILLNWIGYVNSGFNPLIYCRSPDFRIAFQELLCL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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publication title Adrenaline-activated structure of beta 2-adrenoceptor stabilized by an engineered nanobody.
pubmed doi rcsb
molecule tags Membrane protein/hydrolase
source organism Enterobacteria phage t4
molecule keywords Lysozyme, Beta-2 adrenergic receptor
total genus 175
structure length 454
sequence length 457
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2013-06-24

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
A PF00001 7tm_1 7 transmembrane receptor (rhodopsin family)
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 4ldeA01
1.20.1070.10 Mainly Alpha Up-down Bundle Rhopdopsin 7-helix transmembrane proteins Rhopdopsin 7-helix transmembrane proteins 4ldeA02
5AHYA 1L83A 2M3GA 4ARQB 4FPDA 5AHZA 4BEYA 3NS0A 2KSBA 1QT5A 249LA 1QTDA 2KSYA 3S8GB 2YCXA 2B75A 3C82A 175LA 168LA 1G0GA 1L32A 3C7WA 1BM1A 1KGBA 3FI5A 5A45A 4ARPA 2B6ZA 1LYFA 224LA 5H2LA 4I7TA 131LA 2F2QA 2Y01A 1P37A 3OE9A 4EKPA 4W58A 5B6XA 1P56A 1QT7A 5B6VA 1QUGA 1L33A 4XXJA 123LA 3HAPA 2RB0X 1R84A 1WTHA 2Z73A 1P2LA 218LA 3GUMA 217LA 1L66A 2B6YA 3UONA 4AQNA 1L31A 4QI1A 140LA 3LZMA 1L28A 1L10A 2B6XA 2HPYA 1SWYA 3PQRA 5JJNA 1LI3A 4EA3A 1KNIA 1CX6A 2EI4A 3QJRB 5H2IA 111LA 1ZWNA 1OYUA 3ZPQA 2NTWA 1P8IA 4MD2A 1L19A 1DZEA 122LA 1D2YA 3QDCA 3S3DB 3DN0A 3DQBA 4AMIA 3C9MA 3FA0A 3RZEA 3AYNA 1JTMA 2KSAA 3V2WA 4EKQA 5B34A 5LWEA 4NC3A 1LYGA 1MGYA 3VGAA 184LA 3SB6A 1L11A 1P3NA 3G3WA 3HTDA 3DN4A 3QBKA 3P0GA 235LA 1L24A 1C61A 1K28A 254LA 3PXOA 3DN2A 1QTZA 255LA 1PXRA 4GRVA 1ZYTA 239LA 3DMVA 1L98A 4ARMA 4GYCA 3C7YA 1L90A 1C6NA 4YX7C 163LA 1QSBA 1C6QA 4HYXA 3S3CB 3WQJA 3OAXA 1E0PA 1C6CA 3REYA 1CU0A 3UG9A 1CV1A 3RUNA 5B6ZA 2LCBA 2LC9A 1L29A 1L65A 3MBVA 2YCZA 4MQTA 5C1MA 234LA 222LA 252LA 2F95A 4L6RA 1L13A 1LWKA 4K5YA 1C6LA 5H2NA 4PK0A 209LA 210LA 2Q9DA 4W52A 1GUEA 1FBKA 2R4SA 1OVKA 4XT1A 3L2XA 1T8GA 3HAOA 5F8UA 180LA 1AT9A 3C81A 166LA 1QUHA 1XJTA 1L92A 2LZMA 2I21A 2YCWA 103LA 220LA 1O0AA 1L17A 1QS9A 1JV7A 4FBZA 3VHZA 1D3MA 1Q5IA 200LA 4XTOA 4OV0A 2F47A 1EPYA 2OU9A 1QT3A 1L97A 1CU6A 1C6IA 1P64A 1L23A 262LA 223LA 225LA 4LZMA 1GZMA 3HARA 5BR5A 4W59A 1XIOA 4HYJA 244LA 4OO9A 5B0WA 3QJQB 178LA 3EH3B 4FA7B 3HDEA 1F88A 4IAPA 227LA 5AX1A 2Q9EA 4BV0A 1C68A 4MBSA 3CDOA 1G1VA 1LWGA 4IAQA 1LGWA 3DMXA 189LA 229LA 1G0QA 3HH5A 4ARMB 181LA 169LA 1SSWA 4G72B 3T45A 5EN0A 1L76A 4BVNA 1LLHA 4ZPUA 4EXMA 4I7MA 4E97A 3RFMA 3SB7A 1CUQA 4GP4B 2NTGA 4HWLA 1CV4A 1P46A 4XT3A 5AZDA 2OU8A 3SB5A 251LA 1QT6A 2OTZX 3S3BB 1L77A 4I7PA 2Z6BA 3L64A 1GU8A 5G53A 3FADA 143LA 1L62A 1XEPA 114LA 3A7KA 145LA 3HTFA 1L63A 125LA 198LA 4W54A 1X0SA 1L40A 1LYIA 1M0LA 1C6EA 2R4RA 1C6HA 1QTHA 230LA 3CDTA 3HTBA 149LA 1KW7A 2WJKA 1LN6A 1UAZA 1C6PA 3HH3A 237LA 1C62A 1EHKB 1PQDA 214LA 1G1WA 1QUDA 164LA 4EPIA 4J4QA 1L95A 150LA 1L35A 1QT4A 240LA 1XJIA 4W55A 3ABWA 2F32A 1L61A 238LA 1QT8A 158LA 250LA 1QTVA 2QARC 1L30A 2RAZX 3PDSA 4EIYA 3COCA 2OTYX 1DYDA 4Y9HA 1L71A 1L50A 3CAPA 3GULA 5G54A 3D4SA 2Y03A 1L46A 4UG2A 1XMEB 1G0JA 2QPEB 1CV5A 4G7RB 1B6IA 1L44A 2Y04A 2YDVA 3NSBA 4BWBA 1L53A 1L25A 3NYAA 1L05A 4W56A 1P36A 247LA 4PXFA 1G06A 4BEZA 4X1HA 1CV3A 1XJUA 2ZFEA 4G7SB 1L67A 3DNAA 3HH6A 4WW3A 1L80A 4I7SA 2IGCA 213LA 1L12A 3SB8A 3UTXA 138LA 2F93A 3DMZA 1QM8A 1TN5A 2JAGA 2O79A 3PWHA 3X3CA 1KY1A 1L0JA 1LYJA 3F8VA 3ODUA 1L96A 7LZMA 1SX7A 1Q5JA 102LA 3HUAA 1M0KA 2B73A 3PBLA 1L08A 4EKRA 3KJ6A 5G28A 1LYDA 4AMJA 3V2YA 1L48A 1L42A 1H68A 5G2DA 3UTYA 3G3XA 2LNLA 1C6JA 1L36A 1L79A 4S0WA 1L87A 1T6HA 1L94A 5H2PA 119LA 1L21A 1F50A 3C83A 1LW9A 4A4MA 5TGZA 2O7AA 4I7LA 5ITEA 2B6TA 1R2NA 3QJSB 5H2KA 144LA 139LA 5J7AA 231LA 1T97A 4PJZA 1L55A 3QJVB 1PY6A 1QTCA 2RH1A 1L45A 1QKOA 3X3BA 1L18A 4I7QA 5DHHA 1CUPA 160LA 1NHBA 188LA 4I7JA 152LA 1PQOA 1I6SA 3HU8A 3G3VA 3GUKA 1PQMA 128LA 4W51A 3JR6A 3QJUB 104LA 151LA 1L27A 1QTBA 1L0MA 1C6MA 1L91A 1L9HA 4EJ4A 1L06A 1L09A 1L04A 3HT6A 1L88A 4BUOA 5JJJA 130LA 3UZAA 1C60A 2RBQA 2ANXA 3EMLA 1D3NA 3CDRA 5KKHA 1D2WA 1S51A 4G7QB 3HT8A 1LYEA 1L69A 3GUNA 233LA 3EH5B 257LA 1BRRA 1C6FA 5H2JA 1QUOA 3CDQA 5H2OA 3S8FB 126LA 226LA 2B7XA 1U19A 3HANA 1L84A 4MQSA 4EKSA 1CU3A 3DN1A 3C9LA 1P8HA 1FBBA 5B2NA 1HZXA 173LA 3HUQA 2HULA 3GUIA 1C64A 1CU5A 1L52A 5B6WA 1F4ZA 1C63A 1CX7A 5G36A 258LA 4N4YB 4GP8B 1L15A 4FAAB 5A44A 115LA 5AX0A 1C6KA 1C6TA 1L59A 2I1XA 1VJMA 1L26A 4GBRA 4N6HA 2VT4A 1UCQA 3HAQA 4DJHA 1CU2A 1DYBA 259LA 2B70A 4KNFA 4GPOA 243LA 3C80A 4W53A 1OWZA 137LA 3DDLA 183LA 1S53A 4MD1A 1C6DA 176LA 2Z55A 1L74A 3QJTB 196LA 1C67A 3F9LA 241LA 2CUUA 3HUKA 6LZMA 3HASA 1QS5A 1KS3A 1S52A 2X72A 1L0KA 2ANVA 3HDFA 197LA 1P7SA 5B35A 1CV0A 2I35A 1DYFA 1IXFA 1T8FA 3SBBC 3ZEVA 1L34A 1SX2A 1D3JA 216LA 3VG9A 1L99A 246LA 2RBRA 4UHRA 5G2CA 1L37A 2RB1X 1OWYA 5B6YA 171LA 3DN6A 1KY0A 3QAKA 4LDEA 5H2HA 3UTWA 191LA 4ARJA 3C8RA 4YXCA 212LA 261LA 3GUPA 3VVKA 5JJEA 120LA 1CV6A 1G0MA 165LA 1PQJA 1VGOA 1LGXA 4YXAC 2Y00A 3BVDB 5LZMA 1L72A 2OE4X 1IW6A 1QHJA 3HTGA 129LA 5BR2A 3DN8A 1KMEA 3DN3A 1L60A 2RBSA 110LA 4QIDA 4JR8A 1AP9A 118LA 1KG8A 161LA 1L38A 1L85A 1C6AA 242LA 1G0LA 3OE6A 2AT9A 4DAJA 147LA 4GBRB 146LA 1SWZA 2L78A 2WJLA 3SBAA 2A4TA 4G71B 1L49A 1S8LA 108LA 4GP5B 1JQUA 4IARA 1QSQA 112LA 1L82A 2RBNA 5DHGA 260LA 1C6BA 5ETZA 4KLYA 1QKPA 1G0PA 4XTLA 2HUMA 2BRDA 1L02A 206LA 3SN6R 2B72A 3OE0A 1DYAA 4EPFA 1L01A 1OV7A 2J4YA 3QBLA 3SB9A 3DKEX 1C69A 2YCYA 4JQ6A 248LA 1CWQA 4I7OA 3UTVA 1KG9A 1L00A 1L03A 4IB4A 1L70A 162LA 1CTWA 1L20A 3GUOA 4X31A 1SSYA 3AM6A 1L73A 205LA 1C3WA 195LA 127LA 1DYGA 3HT7A 4LDLA 1L58A 1JGJA 4N4WA 211LA 1L75A 1C66A 1LYHA 177LA 1L47A 5ITCA 1KW5A 1TN0A 3VW7A 2OE9X 1DYCA 2YDOA 1L56A 253LA 221LA 2JAFA 2I20A 4I7KA 236LA 1L68A 5DYSA 2OE7X 2NTUA 3HWLA 1H2SA 1L64A 219LA 1L57A 170LA 1G07A 1JTNA 3HT9A 148LE 1L14A 155LA 2G87A 1M0MA 3C7ZA 1X0K1 228LA 4I7RA 1LI6A 4W57A 5I14A 4JKVA 4DKLA 4LDOA 1ZURA 3GUJA 1E12A 3QBGA 113LA 4XTNA 2RAYX 157LA 4ARQA 187LA 1IW9A 3CDVA 2PEDA 1BRDA 4QRYA 186LA 1P5CA 256LA 1JFPA 1L51A 1L89A 1BRXA 1OV5A 2HUKA 1C6GA 4G70B 2QPDB 167LA 2ZZLA 4TL3A 245LA 142LA 109LA 3HU9A 1L81A 1L86A 156LA 1PQKA 4WAVA 1L22A 2QB0B 1OVJA 1P6YA 1D3FA 1OVHA 3HH4A 3EH4B 2OEAX 1L16A 3OE8A 2ZIYA 5H2MA 5A8EA 1L07A 1G0KA 174LA 1L39A 1LPYA 2OU0X 1C65A 232LA 1C8RA 2NTHA 1S54A 107LA 1S8JA 2RBOA 3C8SA 3NY9A 2O4WA 1CVKA 1L93A 1P2RA 1DYEA 5FJGA 172LA 215LA 3NY8A 3QAPA 3VI0A 1LGUA 1PQIA 2KS9A 3QBIA 2RB2X 182LA 1C8SA 5AWZA 1L54A 3C8QA 1P8UA 192LA 199LA 1PXSA 185LA 1X0I1 2Y02A 4L35A 3ZPRA 1L43A 3K2RA 159LA 3UZCA 4X32A 1T8AA 3AYMA 201LA 2RBPA 4I7NA 1LI2A 1D9WA 2B6WA 4PXKA 190LA 2B74A 3CODA 141LA 1TLAA 1L41A 5G2AA 4ARLA 1JV6A 2L6XA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1L83A 2M3GA 4EOFA 5AHZA 3NS0A 2KSYA 3RZ4A 3S8GB 1LKRA 1G0GA 1LMAA 4G4HA 5DM9A 1QTEA 1FKQA 2DBTA 1KGBA 3FI5A 5A45A 5B1FA 4DDCA 2BQKA 4LYCA 4RW2A 3T6UA 1IC7Y 224LA 5K7OA 2F2QA 4ET8A 1LYYA 5B6XA 1QT7A 1DI4A 1NMMA 2BQIA 3GUMA 1B7RA 217LA 1IWXA 4AQNA 4HJYA 2EPEA 1L10A 1SWYA 5EBHA 4ETBA 4EA3A 1GBSA 2EI4A 3QJRB 2NTWA 4HV1A 122LA 3DQBA 4AMIA 1JITA 2XBRA 4J1AA 1TAYA 3V2WA 4B4JA 1D6QA 2Z12A 1LYGA 2F4GA 4ET9A 1MGYA 3SB6A 3HTDA 3DN4A 1GEVA 1GFEA 3QBKA 235LA 5IHGA 1DPWA 5HQ1A 4NIJA 1K28A 4HV2A 4WOAA 5E4PA 4CFOA 3PXOA 1WQQA 255LA 1PXRA 1UIBA 3WQJA 3OAXA 1E0PA 5B07A 1VAUA 2ZNXY 1CV1A 1JHLA 1B7PA 2LC9A 4TTDA 3P65A 234LA 4L41A 4OOTA 2D4KA 2W1XA 252LA 4YEMA 2F95A 3AJNA 4K5YA 4PK0A 1MELL 210LA 2D4JA 4WG1A 1IC4Y 1OVKA 1T8GA 5F8UA 1GB5A 1HF4A 1JIYA 1XSFA 1XJTA 1BB7A 5LVGA 4FBZA 5LVIA 1Q5IA 4QY9A 4OV0A 4W94A 4QGZA 1L97A 1L23A 1GBOA 1C6IA 1P64A 4LZMA 223LA 5LVKA 4W59A 1XIOA 244LA 4WG7A 4IAQA 2Z2EA 1LHIA 3DMXA 189LA 4QDNA 3RT5X 4DT3A 4ARMB 3A91A 4G72B 5HLLA 5EN0A 5AMYA 4I7MA 2OU8A 4I7PA 2Z6BA 4DC4A 2CGIA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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 3QBI A;  2RB2 X;  182L A;  1C8S A;  5AWZ A;  1L54 A;  3C8Q A;  1P8U A;  192L A;  199L A;  1PXS A;  185L A;  1X0I 1;  2Y02 A;  4L35 A;  3ZPR A;  1L43 A;  3K2R A;  159L A;  3UZC A;  4X32 A;  1T8A A;  3AYM A;  201L A;  2RBP A;  4I7N A;  1LI2 A;  1D9W A;  2B6W A;  4PXK A;  190L A;  2B74 A;  3COD A;  141L A;  1TLA A;  1L41 A;  5G2A A;  4ARL A;  1JV6 A;  2L6X A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
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 3LYO A;  1CNS A;  5B6Y A;  3QAK A;  1KY0 A;  4N8Z A;  1DI3 A;  4NHT A;  191L A;  2MEC A;  3GUP A;  2Y00 A;  3BVD B;  1IW6 A;  1QHJ A;  3TMW A;  2XQO A;  3LZ2 A;  1KME A;  1V7T A;  2H5Z A;  161L A;  1LKS A;  147L A;  146L A;  3B0K A;  2WJL A;  3SBA A;  1S8L A;  108L A;  1JQU A;  1ZVY B;  5C6J A;  4IAR A;  3ZVQ A;  2HTX A;  4YF2 A;  112L A;  1L82 A;  1TCY A;  1GF0 A;  4DDB A;  5ETZ A;  4KLY A;  1GE2 A;  3GXR A;  1G0P A;  4H9I A;  4NEB A;  1L02 A;  206L A;  1DYA A;  4EPF A;  1LZ5 A;  4NFV A;  5J7C A;  2J4Y A;  3SB9 A;  4JQ6 A;  1YRO A;  1L03 A;  133L A;  4IB4 A;  2EKS C;  1YKZ X;  1CTW A;  1L20 A;  1SSY A;  1UCO A;  1BVK C;  2YDO A;  5IEL A;  5DYS A;  1IOT A;  1L64 A;  1G07 A;  2W1Y A;  3W6B A;  1L14 A;  2G87 A;  1LI6 A;  1LZR A;  4J1B A;  1LSP A;  4DKL A;  3WYH A;  3D9A C;  4B1A A;  3TXE A;  1OQM A;  1GAZ A;  2VB1 A;  3CDV A;  4NHS A;  1BGI A;  1JFP A;  1LJE A;  256L A;  1L89 A;  4TWS A;  1BRX A;  4G70 B;  4N9R A;  2QPD B;  2ZZL A;  245L A;  4LGK A;  109L A;  4WAV A;  4HTN A;  1OVJ A;  2XTH A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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