4LDOA

Structure of beta2 adrenoceptor bound to adrenaline and an engineered nanobody
Total Genus 164
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
164
sequence length
457
structure length
454
Chain Sequence
DAENLYFQGNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYAADEVWVVGMGIVMSLIVLAIVFGNVLVITAIAKFERLQTVTNYFITSLACADLVMGLAVVPFGAAHILTKTWTFGNFWCEFWTSIDVLCVTASIETLCVIAVDRYFAITSPFKYQSLLTKNKARVIILMVWIVSGLTSFLPIQMHWYRATHQEAINCYAEETCCDFFTNQAYAIASSIVSFYVPLVIMVFVYSRVFQEAKRQLQKFALKEHKALKTLGIIMGTFTLCWLPFFIVNIVHVIQDNLIRKEVYILLNWIGYVNSGFNPLIYCRSPDFRIAFQELLCL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Adrenaline-activated structure of beta 2-adrenoceptor stabilized by an engineered nanobody.
pubmed doi rcsb
molecule tags Membrane protein/hydrolase
source organism Enterobacteria phage t4
molecule keywords Lysozyme, Beta-2 adrenergic receptor
total genus 164
structure length 454
sequence length 457
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2013-06-24

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
A PF00001 7tm_1 7 transmembrane receptor (rhodopsin family)
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 4ldoA01
1.20.1070.10 Mainly Alpha Up-down Bundle Rhopdopsin 7-helix transmembrane proteins Rhopdopsin 7-helix transmembrane proteins 4ldoA02
3V2YA 3HU8A 1L01A 4W59A 3C81A 1IXFA 188LA 5G53A 215LA 1CTWA 206LA 119LA 4PJZA 1CV0A 4EKQA 3V2WA 1L12A 3GUKA 2WJKA 1KS3A 5H2JA 2B6TA 2OU8A 4LDEA 3VVKA 5DHHA 1KY0A 1C6CA 205LA 1L98A 1C63A 2NTWA 5B2NA 192LA 1L24A 191LA 257LA 1P2RA 3DN8A 3CODA 1D3NA 142LA 1OVJA 3C8SA 219LA 1L07A 148LE 1SWYA 2ANXA 2F95A 1B6IA 3VGAA 1OV7A 2RBOA 147LA 1LYHA 118LA 125LA 3HAOA 5FJGA 2YCXA 1C6LA 1P56A 3NSBA 3UONA 2VT4A 1L79A 1LW9A 211LA 3UTXA 1FBKA 1CU5A 2RB2X 103LA 4W55A 5G28A 5C1MA 3UZCA 1L02A 3SB9A 1MGYA 126LA 247LA 3KJ6A 1L25A 1LPYA 5AX1A 1L49A 4NC3A 3HU9A 216LA 1L13A 195LA 1G0LA 3WQJA 4G70B 1DYBA 4EA3A 185LA 2Z55A 4ARQB 230LA 3PBLA 1TLAA 4EKRA 3NY9A 4L6RA 1LI6A 4W56A 171LA 178LA 1C8SA 1G06A 244LA 2M3GA 1KGBA 1L53A 1KY1A 231LA 3D4SA 1IW6A 1L60A 3CDTA 3HUQA 3RFMA 1XJTA 5JJNA 1P6YA 238LA 3DN6A 2Z6BA 1OYUA 3SB5A 2Y02A 1QS9A 1OV5A 227LA 3G3XA 5G2CA 1VJMA 1L9HA 1L87A 3QAPA 3OE9A 4WAVA 1DYEA 5KKHA 1CWQA 3FI5A 246LA 4BV0A 1QTDA 1L21A 1C65A 144LA 1Q5IA 5B6ZA 152LA 182LA 3CDVA 4PK0A 1LYEA 2Q9DA 3HT7A 4X31A 1F88A 1JTMA 260LA 4BVNA 3DDLA 180LA 174LA 4BUOA 210LA 2X72A 240LA 160LA 1LWKA 2RH1A 4G72B 3DQBA 4JR8A 5B6VA 3ZEVA 149LA 4I7LA 3VI0A 3QBKA 4UHRA 2JAGA 1C6FA 3HDFA 151LA 1HZXA 3QJUB 4GYCA 1C60A 1VGOA 3CAPA 3HANA 2NTGA 1QKOA 1C6DA 1D2WA 1D3MA 1P5CA 2LC9A 1C64A 128LA 4X1HA 1S8LA 127LA 1L43A 1L54A 1P37A 4MBSA 169LA 1C6AA 262LA 1L99A 5J7AA 1L20A 3QJVB 2RB1X 1SX2A 3PQRA 2RB0X 1G0GA 1CU2A 1L47A 1L80A 3ZPQA 2B6YA 1L94A 1L08A 1C8RA 2I20A 2YDVA 2B7XA 3QBGA 248LA 1P8HA 1E0PA 1L40A 146LA 4FAAB 1U19A 220LA 165LA 2O7AA 177LA 2HUKA 4HYJA 1L66A 3GULA 109LA 1L55A 4I7KA 1DYFA 4GPOA 1L16A 1G1VA 1QT8A 4IAPA 2I35A 3HASA 4ARLA 1PXSA 3DN4A 5H2PA 2Y03A 145LA 1LYJA 1L35A 1BRDA 2Q9EA 1LWGA 235LA 3HH4A 3QBIA 4UG2A 1D9WA 5A45A 3S3BB 4FPDA 1L52A 5H2IA 1LYFA 4MD1A 1CU0A 3RUNA 4OO9A 3UTVA 184LA 4I7JA 2F93A 4MQTA 131LA 4I7RA 4XT3A 3MBVA 1CU3A 1C61A 5AZDA 1M0KA 172LA 200LA 1C6GA 4WW3A 2OE7X 4K5YA 1NHBA 2B74A 2B72A 2PEDA 123LA 1C6PA 3RZEA 4BEZA 1SWZA 1L74A 242LA 2LCBA 1S8JA 3T45A 234LA 1K28A 3HTFA 1QUDA 1L22A 3DN0A 258LA 2NTHA 2I1XA 3A7KA 4X32A 167LA 107LA 1L37A 1QTBA 1QS5A 3GUJA 1LI2A 4EPIA 156LA 1L51A 2F2QA 2F32A 1M0MA 5B6XA 2HUMA 1L05A 3OE6A 4BWBA 164LA 1L85A 2ZIYA 1C6JA 2QPDB 5B0WA 224LA 1P2LA 189LA 183LA 2RBNA 1P8UA 3NY8A 3COCA 5AWZA 1L50A 5BR2A 2BRDA 2I21A 1F50A 226LA 1L97A 1L69A 1L93A 3HTDA 1H2SA 162LA 4QIDA 251LA 1DYDA 1LYGA 3G3VA 1P7SA 3HWLA 4YXCA 1JGJA 1L67A 1F4ZA 4FA7B 3VW7A 1CU6A 1CUPA 1LN6A 4L35A 158LA 4QI1A 4HWLA 1JQUA 4W57A 228LA 4MQSA 3UTWA 3L64A 4EXMA 1L38A 3P0GA 1LYDA 4ARJA 5H2NA 1UCQA 1SX7A 3EH5B 3HTGA 1PQKA 4TL3A 1LGXA 3S8GB 1C67A 1L76A 1TN5A 1P3NA 1L03A 3UZAA 1BRRA 4I7QA 3QJRB 2OTYX 1ZURA 1C66A 122LA 2JAFA 4LZMA 1L29A 4GRVA 4G7QB 2YCYA 3DMVA 1LYIA 214LA 3EMLA 3OAXA 5ETZA 3VG9A 168LA 1L90A 5JJJA 155LA 1SSWA 2RBPA 1OVHA 1G1WA 4G7SB 1L73A 212LA 1I6SA 1L77A 3HT9A 3HUAA 5H2OA 2RAYX 4IARA 5ITEA 1P46A 3DMZA 4I7PA 253LA 1L30A 1QTZA 4XTLA 3HH3A 1L34A 3HH5A 1L91A 1CX6A 175LA 1QTCA 2RBQA 2KS9A 3GUPA 4G71B 1C6EA 1AT9A 4XT1A 3HUKA 157LA 1T97A 1GUEA 5H2HA 5LZMA 1H68A 4ZPUA 1IW9A 1S54A 2YCWA 1L57A 209LA 2Z73A 115LA 4J4QA 237LA 1E12A 190LA 4XTOA 1GU8A 1L86A 1KW7A 1L56A 2RAZX 3HH6A 3BVDB 3GUNA 4W58A 1QT5A 1AP9A 4DJHA 181LA 3HAPA 1L88A 201LA 2KSBA 1L11A 1PQDA 112LA 1EPYA 4DAJA 3HT8A 3QBLA 1L96A 2Y01A 3HAQA 4EPFA 5F8UA 4W53A 1KW5A 2OU0X 108LA 138LA 4ARPA 1C6QA 1JFPA 5H2KA 130LA 1P64A 1T8FA 1L36A 4W52A 2LZMA 159LA 2B6ZA 4KLYA 1L75A 3X3CA 1LGUA 4QRYA 4XTNA 1L0JA 1G0QA 4G7RB 261LA 5AHYA 3G3WA 4LDLA 4AMJA 3FA0A 1O0AA 3C7WA 4EKPA 198LA 1QTVA 3CDOA 2QB0B 1GZMA 1X0I1 1QT7A 1PQOA 2OE9X 4W51A 2ZZLA 3PXOA 3C8QA 2QARC 2F47A 4EKSA 104LA 1L15A 1XIOA 1T6HA 3K2RA 7LZMA 3QJTB 1L46A 1PQIA 120LA 1QM8A 3HARA 1L61A 3DKEX 5EN0A 2QPEB 4GP4B 3VHZA 221LA 2R4SA 139LA 1ZYTA 1X0SA 3ZPRA 3DMXA 5B6YA 1L04A 1L92A 1DZEA 1D3FA 1OWZA 1EHKB 3F9LA 1L70A 3OE0A 3PDSA 1C3WA 1SSYA 1JTNA 3C83A 1ZWNA 1QT3A 3GUOA 236LA 170LA 1L44A 111LA 1X0K1 4GBRA 1C6TA 229LA 3HT6A 1LI3A 3EH4B 4ARMA 4A4MA 5A8EA 243LA 1PQMA 4MD2A 1L14A 1L83A 1L33A 217LA 2A4TA 1OVKA 1XJUA 1L09A 2HULA 2WJLA 1L0MA 1Q5JA 3C7YA 255LA 1S51A 4N4YB 1M0LA 5G2DA 1L82A 4AMIA 3DNAA 3GUIA 4AQNA 4IAQA 1L19A 3UG9A 3QJQB 2IGCA 4EIYA 1L72A 4XXJA 4I7OA 3FADA 1L48A 1G0PA 3NS0A 163LA 1JV7A 4PXFA 1L41A 2R4RA 1DYAA 1QUOA 2KSYA 5AHZA 197LA 3NYAA 3F8VA 1L84A 1QUHA 1T8AA 213LA 1XMEB 4JKVA 1D2YA 4I7NA 3SN6R 1L71A 3REYA 3S8FB 4FBZA 2J4YA 1CV6A 1L63A 3DN2A 3SB7A 1L42A 1L81A 3ODUA 2B75A 1KG9A 1L06A 1S53A 1L68A 1QUGA 3L2XA 232LA 113LA 1L95A 141LA 3C80A 4OV0A 1L65A 1TN0A 2NTUA 150LA 1C6BA 3S3CB 1JV6A 3OE8A 2B73A 110LA 176LA 2OTZX 4IB4A 5G54A 3SB6A 3CDQA 2B6XA 173LA 2G87A 4GP5B 1BM1A 3SBBC 1R84A 1D3JA 1C68A 1LGWA 256LA 1PY6A 1L58A 1L64A 3CDRA 1CVKA 1CUQA 1L10A 1L23A 1KG8A 1QT4A 4I7SA 223LA 2L6XA 5G36A 2B6WA 2RBRA 5I14A 4EJ4A 2HPYA 4N6HA 1G0MA 4JQ6A 254LA 1QTHA 1QHJA 1C6MA 6LZMA 4N4WA 1L32A 1L62A 1KMEA 1LLHA 3QAKA 4W54A 3AYMA 3HDEA 245LA 1QSQA 1L27A 1C69A 3AM6A 3HTBA 3C8RA 5G2AA 3GUMA 2ZFEA 3AYNA 5B35A 1BRXA 3EH3B 5JJEA 196LA 4HYXA 1QKPA 1L00A 1C6HA 2AT9A 114LA 249LA 5BR5A 1T8GA 2RBSA 5A44A 1OWYA 3PWHA 5AX0A 1L17A 2OU9A 3SBAA 4ARQA 1PXRA 1L59A 4LDOA 5B6WA 1L26A 5H2LA 1C6IA 1QT6A 1C62A 1C6KA 222LA 252LA 1L39A 4I7MA 102LA 241LA 2L78A 4Y9HA 5ITCA 4YX7C 1P8IA 1P36A 4DKLA 4KNFA 2OEAX 1FBBA 3ABWA 250LA 3UTYA 2O4WA 1L18A 4GBRB 1CV5A 129LA 5B34A 1C6NA 4ARMB 137LA 1KNIA 2OE4X 1XJIA 2Y00A 1S52A 1WTHA 3JR6A 3QDCA 1QSBA 4YXAC 1G0KA 239LA 2YDOA 1G0JA 2YCZA 1DYCA 3QJSB 1UAZA 3C9LA 3DN3A 4S0WA 4I7TA 1CV1A 5LWEA 259LA 2O79A 3LZMA 1CV4A 1R2NA 5H2MA 1XEPA 187LA 4GP8B 218LA 2LNLA 5DYSA 1L31A 3SB8A 1L89A 2B70A 225LA 140LA 3DN1A 186LA 1CV3A 5TGZA 161LA 4BEYA 3C82A 2EI4A 199LA 1DYGA 4E97A 2Y04A 1L45A 4PXKA 1CX7A 5DHGA 3C7ZA 2CUUA 2ANVA 143LA 3C9MA 1L0KA 233LA 2KSAA 166LA 1PQJA 1G07A 3S3DB 3X3BA 1L28A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3C81A 3EO5A 1IXFA 3TXBA 1MLCE 1LJJA 3V2WA 5H2JA 1JKCA 3VVKA 1KY0A 1C6CA 208LA 192LA 1P2RA 3J4GA 3CT5A 1GFVA 1LZEA 2DQGY 1HEWA 1SWYA 147LA 1JJ3A 4GCBA 1C6LA 2D4IA 3UONA 1L79A 2EIZC 5FEKA 4NGVA 5C1MA 1MGYA 126LA 2LZ2A 1L49A 1IOQA 1G0LA 4ARQB 1YANA 230LA 1TLAA 4EKRA 5APDA 4W56A 244LA 1KY1A 1IW6A 4H9CA 3CDTA 4WM6A 3TMVA 2ZWBA 4XYYA 5D5CA 227LA 1GFTA 4LYTA 3QAPA 4WAVA 4WG7A 5LAFA 1YL0X 1HENA 1LMPA 3D9AC 3HFMY 152LA 1LJ4A 1B7LA 4C3WA 3HT7A 4X31A 4IATA 180LA 174LA 210LA 3N9CA 2X72A 240LA 160LA 2RH1A 4N0JA 4JR8A 4I7LA 4W94A 4UHRA 2EPEA 3HDFA 151LA 3TMXA 5II3A 1QKOA 2LC9A 4X1HA 1S8LA 127LA 1L54A 3TXEA 2YVBA 4DDBA 3QJVB 2D4KA 1SX2A 1L94A 4TUNA 5I5QA 1P8HA 3A3QA 146LA 4FAAB 165LA 1AT5A 5IELA 2HUKA 4HYJA 1L66A 3GULA 1L55A 1DYFA 1HELA 5B07A 5DLAA 2I35A 1LSDA 1B0DA 5H2PA 1CJ9A 4UG2A 2Q9EA 1LWGA 3QBIA 3T36A 4G4HA 4FPDA 5H2IA 5LIOA 1LYFA 4HPEA 2RSCA 184LA 4I7JA 4MQTA 3B72A 4XADA 1C61A 1LHMA 1M0KA 172LA 1NWGA 200LA 4DDAA 3GXKA 2C8OA 1VDSA 1C6PA 4B0DA 2LCBA 2NTHA 2I1XA 4X32A 1LJGA 1QS5A 1IWTA 1LI2A 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 4GP8 B;  218L A;  2LNL A;  5DYS A;  1L31 A;  3SB8 A;  1L89 A;  2B70 A;  225L A;  140L A;  3DN1 A;  186L A;  1CV3 A;  5TGZ A;  161L A;  4BEY A;  3C82 A;  2EI4 A;  199L A;  1DYG A;  4E97 A;  2Y04 A;  1L45 A;  4PXK A;  1CX7 A;  5DHG A;  3C7Z A;  2CUU A;  2ANV A;  143L A;  3C9M A;  1L0K A;  233L A;  2KSA A;  166L A;  1PQJ A;  1G07 A;  3S3D B;  3X3B A;  1L28 A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
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