The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
58
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sequence length |
177
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structure length |
165
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Chain Sequence |
MKFFLKDGETSRALSRSESLLRRVKELGTNSQQSEISECVDEFNELASFNHLLVTVEHREWMEQRIGEMLKEIRAFLKVRVVTPMHKETASDTLNAFLEEYCRITGLAREDALREKMRKVKSVVLFHHSELLKFEVTENMFSYTELLKLNLSLRVISSQILGMAI
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
RNA Silencing Suppressor p21 of Beet Yellows Virus Forms an RNA Binding Octameric Ring Structure
pubmed doi rcsb |
| molecule tags |
Rna binding protein
|
| source organism |
Beet yellows virus
|
| molecule keywords |
RNA silencing suppressor
|
| total genus |
58
|
| structure length |
165
|
| sequence length |
177
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| chains with identical sequence |
B, C, D
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2005-06-22 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF11479 | Suppressor_P21 | RNA silencing suppressor P21 C-terminal domain |
| A | PF11757 | RSS_P20 | Suppressor of RNA silencing P21-like N-terminal domain |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | Non-ribosomal Peptide Synthetase Peptidyl Carrier Protein; Chain A | Non-ribosomal Peptide Synthetase Peptidyl Carrier Protein; Chain A | ||
| Mainly Alpha | Up-down Bundle | Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 | Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2CWO A; #chains in the Genus database with same CATH topology 2QRX A; 5JVD E; 2ONT A; 1HFA A; 5FY7 A; 5GON E; 3UUX B; 2JB0 A; 2KIN B; 4XBF B; 2EHO B; 3K3O A; 4GR6 A; 4PK5 A; 3N9O A; 3SS1 A; 4H9Q C; 3SOL A; 4H2W C; 1J1J A; 4ZOL E; 3AEF A; 3KV9 A; 2YK0 A; 2PJQ A; 3C4Z A; 1XMO T; 4JI4 T; 4IT4 A; 2FQ0 A; 3NKZ A; 2BS3 A; 2A3D A; 4UXN B; 4YJ2 E; 4EYU A; 3O1H A; 2HN1 A; 3DS3 A; 3AA7 B; 2W00 A; 1HTJ F; 1VQO P; 2NTY A; 4QX7 B; 3OBV E; 2K94 A; 2EHS A; 2PNG A; 4U3C A; 3B13 A; 3NRX A; 5L3B B; 2BS4 A; 1WRD A; 1S94 A; 3FZM B; 2K24 A; 4L5G A; 2FJD A; 3M1M A; 3Q5X A; 5LGT B; 2X0H A; 4TX5 A; 3PJA A; 4CXY A; 3EDV A; 5HXE A; 3KFW X; 2XQ8 A; 1VKU A; 4IPY A; 5KDM C; 3UFG A; 1BR1 A; 4UF0 B; 4DV3 T; 4L9I A; 1NJI Q; 3B5I A; 2KG9 A; 1X9B A; 1E1H B; 3ZJ2 A; 1WR6 A; 2EFJ A; 2GYK A; 3HI2 A; 4QHO A; 2M6B A; 5LGU B; 2JQ4 A; 2AF8 A; 7CEI A; 2B1E A; 1OED B; 2J4G A; 2K5B B; 1I94 T; 4MAL A; 5EJD A; 4DBQ A; 5FNV E; 1Q81 Q; 4AKR B; 2IUB A; 3EJB A; 4QH1 A; 2X9H A; 4O4I E; 4N78 D; 3N2K E; 2W61 A; 2ZM0 A; 4QH4 A; 1SHZ C; 2OAR A; 2V7K A; 4A98 A; 4NUV A; 3L3P A; 1K8A Q; 2N2N A; 5KP7 B; 2FVE A; 3EDU A; 3NZP A; 3GN5 A; 2KW2 A; 2DI4 A; 1JNZ A; 5AQK B; 2CMR A; 5FXW A; 3AXJ B; 3RQW A; 4KX6 A; 5H6R B; 2A9U A; 1VCT A; 4DBR A; 4CI1 B; 1IJ5 A; 4UV9 B; 4ILU A; 3NBX X; 5DQV A; 2WZI A; 1G73 A; 4B3M T; 2NO8 A; 2FVA A; 1CUN A; 3AA0 B; 1S35 A; 4O2A E; 1W0A A; 1JNR A; 4IDQ A; 2D2S A; 2CPT A; 5AQP B; 1K73 Q; 4YXD A; 2NW9 A; 3PUV F; 5CGM A; 3AEC A; 2FHS C; 2BKN A; 2X51 A; 3PJA J; 5EK4 A; 3MA9 A; 2CGQ A; 1XNQ T; 5BMV E; 2ODU A; 4ZHQ E; 5JDQ A; 2JQH A; 3RRC A; 3CCJ P; 1HY8 A; 5IWA T; 3BQL A; 1D1C A; 2EG5 A; 4EAH A; 2N6Y A; 1XMQ T; 2LIU A; 3SFD A; 2IDO B; 1EMV A; 2XHE B; 3EHZ A; 4B6X A; 3CCL P; 3LSV A; 1SA0 E; 2DCF A; 2CXF A; 3CCV P; 3V5U A; 4O4L E; 1OR5 A; 5FY1 A; 3GKL C; 2ES0 A; 1UK5 A; 1ZMB A; 3KV5 A; 2PTF A; 4EZ4 A; 4QH5 A; 4F37 A; 3CK6 A; 2XM1 A; 5FL0 A; 1WLX A; 4I4T E; 2X2B A; 3MKD A; 5KMG P; 2P9B A; 4WBN E; 2AXD S; 1D1B A; 3CCQ P; 2CLY B; 4GKK T; 1Z0P A; 3P50 A; 2VVS A; 4O4J E; 3PUA A; 4HFH A; 2K92 A; 3HKE E; 3P4P A; 4B3T T; 3DS1 A; 3ZPO A; 2LTE A; 2ERH A; 1KFY A; 5ABG A; 4TWH A; 3J7Y q; 2ZMA A; 4H63 H; 1J5E T; 4X1I E; 4CI3 B; 5L3D B; 2XAS B; 2E9X A; 3AE9 A; 4ILA A; 4YT0 A; 2HHH T; 3I56 P; 3IEE A; 4UR9 A; 2KSR A; 3CC7 P; 3ETV A; 3U3I A; 2UXN B; 2LSY A; 4GYR A; 2BVM A; 3OPC A; 4L0R A; 3AAA B; 5FKY A; 2L22 A; 2E8I A; 5LHG B; 3GZL A; 1ZHC A; 3I0Q A; 3CQX C; 3KIN B; 2IC9 A; 5AQH B; 2AFE A; 4E7S A; 3L39 A; 1QLB A; 2XAF B; 5AQM B; 2X0Y A; 4ZI2 D; 4I0U A; 3QC9 A; 2Q9Q B; 1QRJ A; 3G4S P; 3FB2 A; 2WPT A; 2FQ2 A; 2CXL A; 4H9P C; 2VQE T; 1WCR A; 4IL4 A; 1VQ9 P; 1N34 T; 3F31 A; 1LRZ A; 5JDL A; 5HGO A; 3CC4 P; 1HG5 A; 1YHQ P; 2FAD A; 5CZD B; 1FIO A; 3LBX B; 4M1P A; 1YW0 A; 4LFA T; 1AF8 A; 2IAK A; 2VQF T; 1M62 A; 3K3N A; 3UU4 A; 4X20 E; 3VRL C; 3C64 A; 1Z8U A; 2XSB A; 2PEN A; 2BG9 C; 2WU2 A; 4JI3 T; 3JAD A; 2D0U A; 1HR0 T; 3RYF E; 2CE7 A; 1VQ5 P; 4TV9 E; 3K8P C; 4UIG A; 2WS3 A; 5HGM A; 4COF A; 2Z44 A; 5JR9 C; 3CX6 B; 4HWH A; 4FJO A; 1KF6 A; 1BXI A; 3PUY F; 2C5J A; 4IDP A; 3I9Y A; 4U2Y A; 3UU3 A; 3UFE A; 5JRC B; 2VB6 A; 5DAB A; 3NWI A; 4PH0 A; 4ZS2 A; 4X66 T; 2J47 A; 2BKO A; 4LF7 T; 1W0B A; 2VK9 A; 1KNR A; 3UTK A; 4DV4 T; 1IMQ A; 3H4E A; 3RRW A; 4XZC A; 4Q25 A; 2YU2 A; 2LML A; 3OYZ A; 2N1G A; 2V1D B; 3H37 A; 3PE0 A; 3T1H T; 3GWH A; 5HXH A; 2DHR A; 3N9P A; 3PUG A; 4IDO A; 4H9R C; 1HNX T; 3K1S A; 3ZC0 A; 1MMG A; 1BAJ A; 4PJN A; 3GJN A; 2XM2 A; 3H47 A; 5KP8 B; 4PJJ A; 2UXC T; 2LRL A; 4O8S A; 4Z90 A; 1D0Z A; 3KVB A; 3RYI E; 3NRY A; 2FUP A; 3B57 A; 5LOV E; 4ZI3 D; 4HKA A; 1EZ3 A; 4LF9 T; 5FVL A; 3UUB A; 5L3C B; 4HEA A; 3I0O A; 2N9D A; 5C8Y E; 4E7Z A; 3AAI A; 4AIU A; 4PFO A; 1LVF A; 4IDZ A; 3HYB A; 1IAP A; 5F2N A; 2L6E A; 5FP3 A; 1VCS A; 4EGW A; 1Y64 B; 2LOL A; 3PUX F; 4GK0 E; 2K0X A; 4IE5 A; 2GDY A; 3VR8 A; 3C51 A; 5KX5 E; 3HA4 A; 2V6Y B; 2GK9 A; 1N8R Q; 4PK4 A; 5HXC A; 3RPU A; 5HCJ A; 5JDM A; 3CPZ A; 4XFZ A; 4XFY A; 3LG7 A; 4ZI2 C; 3HL6 A; 4H2X C; 5AQS B; 1RNI A; 4Z91 A; 2QYW A; 4CN6 A; 1N33 T; 3IF8 B; 4O4H E; 2K3W A; 1V9D A; 4DV7 T; 4YFS A; 2I6H A; 2QEX P; 3T8O A; 1IZN B; 1KEY A; 3GA8 A; 1MIW A; 4IE7 A; 3PDY A; 3ZCI A; 3DP7 A; 3ABV A; 4HGA A; 5AQF B; 2PEI A; 3PUZ F; 2KR5 A; 1HX8 A; 4LF8 T; 3RG2 A; 5FXX A; 3I9W A; 4DR5 T; 3LK4 2; 1VQ8 P; 2K0Y A; 2CG5 B; 1UNK A; 4IST A; 4MLK A; 1D1A A; 3G0V A; 1M6E X; 2GZJ A; 4JI0 T; 1SUM B; 2NTX A; 4EXT A; 2VLO A; 3AA6 B; 1M90 Q; 5LMN T; 1XDP A; 3LMO A; 1UUS A; 3OYX A; 4HE8 A; 2YU1 A; 2WP9 A; 2ACX A; 2WQY A; 2YDQ A; 3CXC O; 3ZMU B; 4DVD A; 2WWV A; 1M7K A; 3RI5 A; 5FY0 A; 2OLT A; 2MPK A; 2XQ3 A; 2LSK A; 5F2O A; 4U7I A; 4AKH A; 3Q2M A; 3AB3 B; 3AEG A; 3T1Y T; 3RH3 A; 5F3J A; 4TWD A; 1AYI A; 2JGP A; 3OKQ A; 3PUR A; 3RIU A; 3ZJ1 A; 1XNR T; 4UF0 A; 2LT3 A; 2LRK A; 5HWY A; 4DG9 A; 3E2D A; 2ODV A; 3N9N A; 1JJ2 O; 1FEW A; 4LFC T; 4IGU A; 3QK6 A; 3M3Z B; 2RP4 A; 5J2U E; 1HS7 A; 4UVB B; 5HEJ A; 1E7P A; 2JMH A; 3AEB A; 3KDS E; 1OED A; 3MZK B; 3RIU C; 4JEU B; 4ZI3 C; 4KP3 C; 3O1J A; 1VQ4 P; 1VOM A; 2DL1 A; 2HPJ A; 3C98 B; 3L8R A; 5IHY A; 5AFU L; 2KGE A; 5IYZ E; 1W2B O; 3AA1 B; 4YHH T; 2Y48 B; 2X9Y A; 1GPJ A; 4TWF A; 2V7M A; 4TN7 B; 2C5I T; 1BR2 A; 4JYA T; 2VSQ A; 5ABF B; 3PUS A; 3H3M A; 3UQ4 A; 5AQL B; 1E2A A; 4OYK A; 2XXM A; 3NTE A; 2ZM2 A; 1D0Y A; 2L3L A; 4NPP A; 3AXJ A; 2ROQ A; 3AE7 A; 5C3J A; 1WFD A; 2JMK A; 3N5L A; 4BA9 A; 3WAJ A; 4U0C A; 2BHV A; 1RO2 A; 3LFM A; 4UVA B; 2WBL A; 4KHP T; 1UX4 A; 2BUO A; 1LVK A; 2ZM6 T; 1WYB A; 4FI5 A; 2I0M A; 1YI2 P; 1D0X A; 5FMN A; 4I55 E; 2LHN A; 1HF8 A; 4I43 B; 4COP A; 1NAF A; 2MD9 A; 2W0G A; 1MMN A; 4TUY E; 1H7C A; 4QXC B; 4ANJ A; 5L4H A; 5CJ5 A; 5LCY A; 4EYY R; 2FJA A; 4WNK A; 2RA1 A; 4DV1 T; 4P1N A; 4ERR A; 3AED A; 2PEQ A; 5ABE A; 5CFB A; 3VKH A; 2KGC A; 4U0B A; 3ZMZ B; 3AE5 A; 3CWZ B; 5LB7 B; 3W15 B; 5J0Z A; 3FHN A; 2XQ6 A; 5AQO B; 2LSJ A; 3VR9 A; 4U0F A; 1KLP A; 2XZE A; 1MMD A; 3FBL A; 3CMA P; 3Q5E A; 4DR7 T; 3E22 E; 2ZM8 A; 3SRZ A; 4U74 A; 5LP6 E; 1Z6M A; 5HEU A; 2NP9 A; 2FBW A; 1SE7 A; 3G06 A; 2WWU A; 4GKJ T; 1ZNV A; 2UXB T; 2E9X D; 2OA5 A; 4XFX A; 4Z8X A; 2IC6 A; 2YN6 A; 5JPA A; 5LG4 A; 2R6G F; 2OTJ P; 3G6E P; 2DLR A; 4U33 A; 1ZEE A; 1YIT P; 2WM9 A; 3DS2 A; 1B7T A; 1YQ4 A; 2BBJ A; 2XTL A; 2W66 A; 3A7M A; 3AE1 A; 4GOU A; 2LKH A; 1WYC A; 5LGN B; 2XJ7 A; 2M5R A; 4PFP A; 2NWB A; 1QVG O; 5CA1 E; 2JQK A; 3ONJ A; 2LL8 A; 2JQ9 A; 3MXZ A; 3ZLI A; 3Q9D A; 2K2Q A; 2K5X A; 2UU9 T; 3P4Q A; 4OYJ A; 4U31 A; 3UUN A; 3ONL C; 3MK7 C; 1AJ3 A; 1GQE A; 2RPA A; 1RO0 A; 1F80 D; 2LM2 A; 5HVC A; 1FMW A; 2X68 A; 2MY5 A; 3DPH A; 1QSD A; 4U2Z A; 4HWF A; 5DCK A; 4ZEY A; 2D9D A; 2WU5 A; 4QNB A; 3HR0 A; 4EZH A; 3P4R A; 5JDH A; 2LIW A; 2W67 A; 5HXR A; 2WZH A; 1FR2 A; 4X64 T; 3PTR B; 3P05 A; 2WB5 A; 4F6R C; 3Q5W A; 2XQ7 A; 4B3R T; 4JI1 T; 2FAC A; 4GR2 A; 3UU6 A; 2XQ9 A; 3GZM A; 3C50 A; 4CI2 B; 2MBG A; 3AEA A; 1M1K Q; 1E6J P; 2CHN A; 4H9N C; 4H9S E; 1BR0 A; 4KMC A; 2Y8D A; 2V7I A; 1Q82 Q; 2QA7 A; 5ADX L; 4CXX A; 2HPL A; 2VUR A; 1IUQ A; 3R6N A; 2DWK A; 4OHF A; 1J5W A; 4AKG A; 2BG9 E; 2CM0 A; 1YD8 G; 1L0H A; 2M8N A; 2I59 A; 2VKJ A; 4U0E A; 4G63 A; 3LRY A; 1XDO A; 2BKP A; 4LML A; 2MOZ A; 5I4T G; 2W62 A; 4MFR A; 3UQ7 A; 3EVY A; 2LKI A; 3AE8 A; 2E9X C; 4DV5 T; 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