The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
123
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sequence length |
582
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structure length |
495
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Chain Sequence |
GMTYSFDVRDNTLVVRRSTATSGIKISYREDRGLLQKAVYVDKKIRKFLEEEKAVAAAIERSVEFDNFSKEAAANIEMAGVSNMAYNLSLFIGMVFPALTTFFSAILSEGEMSIWQNGQAIMRILALADETKLNVVTANGKVKQVEVNLNDLKAAFRQSRPKRSDYRKGQGSKATESSISNQCMALIMKSVLSADQLFAPGVKMMRTNGFNASYTTLAEGANIPSKYLRHMRNCGGVALDLMGMKRIKNSKSKIFSIIQKKVRGRCRTEEQRLLTSALKISDGENKFQRIMDTLCTSFLIDPPRTTKCFIPPISSLMMYIQEGNSVLAMDFMKNGEDACKICREAKLKVGVNSTFTMSVARTCVAVSMVATAFCSADIIENAVPGSERYRSNIKANTTKPKKDSTYTIQGLRLSNVRYEARPEDRSWQVNVTDSFGGLAVFNQGAIREMLVRALVKRILKSASERSARAVKTFMVGEQGKSAIVISGVGLFSIDF
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
The crystal structure and RNA-binding of an orthomyxovirus nucleoprotein.
pubmed doi rcsb |
| molecule tags |
Rna binding protein
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| source organism |
Infectious salmon anemia virus
|
| molecule keywords |
Putative nucleoprotein
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| total genus |
123
|
| structure length |
495
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| sequence length |
582
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2012-04-26 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Up-down Bundle | Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) | Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) | ||
| Mainly Beta | Single Sheet | N-terminal domain of TfIIb | N-terminal domain of TfIIb |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 4EWC A; #chains in the Genus database with same CATH topology 4DRJ B; 4NFR A; 2YKZ A; 2R7W A; 2VCB A; 5C44 I; 4KI2 A; 4DGL A; 5D1O B; 1TWG A; 3EFO A; 3NKE A; 4GYT A; 1VQP Z; 3L1M A; 3NH8 A; 4OIO F; 2QA4 1; 4DOZ A; 4AL0 A; 1Y1V I; 3FHD A; 1EKY A; 1NG1 A; 4JVS A; 2P1A A; 3CPW Z; 2R7V A; 4NBG A; 4MW8 A; 2W03 A; 3CCS Z; 4IAO A; 4J7T A; 2L81 A; 2OZK A; 3UGO A; 1YHQ Z; 4XPW A; 1Y8C A; 1K9M 2; 2P7V A; 3LS1 A; 4M63 A; 1NJI 1; 3MX3 A; 5A6J A; 3H2U A; 5A6A A; 1Q16 A; 1Q0D A; 2CCY A; 3U5S A; 4EBJ A; 2W04 A; 2IBF A; 1RKE B; 4JKV A; 4ZLC A; 5COF A; 2G2K A; 3UMK A; 2HMZ A; 1NUI A; 1QF8 A; 2PP4 A; 2GFH A; 1QVF Y; 1OCO C; 5T3T A; 1KQS Y; 3DAG A; 4Q5S F; 4A3F I; 1G5Z A; 1GQA A; 1TQG A; 4JIO A; 4EIY A; 1X3W A; 1S7M A; 3DJN B; 1TWH I; 3KPH A; 4NTA A; 3EED A; 2JD3 A; 5LL6 f; 3L8J A; 5L3V A; 3U50 C; 2ETS A; 1RJ9 A; 3NKD A; 4N4W A; 3PCV A; 1S05 A; 4X0R A; 4CX9 A; 4NBD A; 3CCQ 1; 1HW1 A; 1VQ8 Z; 4MH4 A; 3AG2 C; 5KYU A; 3QMK A; 2R7S A; 3S17 I; 2QR1 B; 3HOW I; 3MZL B; 1QVF Z; 1E84 A; 1OW6 A; 1KQS Z; 3LLK A; 5JT4 A; 2BE5 F; 3MZK B; 1FMW A; 2HSB A; 4JCZ A; 4BBR I; 2XRH A; 3US6 A; 3SXK A; 3BRJ A; 3EHM A; 4QTT A; 2R7Q A; 4LLC A; 3J81 b; 3CD6 Z; 1T6Q A; 3CEX A; 4G7O F; 3ZVR A; 5JUA A; 4CIH A; 4FX5 A; 2P0N A; 3JRM O; 2QRC B; 2NPU A; 5DQT A; 5DS5 A; 3W8H A; 4NBA A; 4ULV A; 1B68 A; 1QQ3 A; 2WZL A; 1RLY A; 3PMR A; 2M6N A; 3DAF A; 1RJ9 B; 3SXY A; 3G4S 1; 5COM A; 2GDC A; 3O6X A; 3NDI A; 1YJN Z; 1WGW A; 1Q7Y 2; 2DE7 A; 2OTJ Z; 3NG1 A; 3CCE 1; 2NVX I; 1Z7Q c; 3NH5 A; 2A6H F; 4C3D A; 1OQC A; 2YRF A; 3OW2 Z; 4E31 A; 4CS8 C; 1FAP B; 4A3C I; 4O79 A; 4LER A; 2KC3 A; 4A3G I; 3I4N I; 1ZHW A; 5CI8 A; 3X2Q C; 3CXC Y; 2XS8 A; 2H7B A; 2PF4 E; 4E17 A; 1Q82 2; 1YIT Z; 3S14 I; 3D2L A; 2C03 A; 1NU7 D; 1YA7 O; 2F4O A; 1CPQ A; 4XWJ A; 4CDA A; 1T9K A; 2R9R B; 1APC A; 4P6I C; 4BG0 A; 2J9V A; 3RZD I; 5KYW A; 3S29 A; 3PO3 S; 4MD8 A; 2QA4 Z; 2PMZ A; 3SEO A; 1KTM A; 4Y52 I; 4LDK A; 5AC4 A; 2ZXP A; 3CXC Z; 2HZ8 A; 3RF3 A; 1LM3 B; 3RQG A; 4D4N A; 5AN9 F; 2O53 A; 2PM9 A; 3BG1 B; 1I3Q I; 5BQH A; 3GTG I; 2J45 A; 5F28 E; 2HV6 A; 1L1O C; 4E2W A; 4RBN A; 4ANJ A; 3AJM A; 2KI7 B; 2IXP A; 3GM2 A; 2R7Z I; 1V54 C; 4CDY A; 2DYS C; 4MVZ A; 4MW3 A; 4NQF A; 3DWW A; 2PFD A; 3B0V C; 5HV9 A; 3V5Z A; 4GEH A; 4I1M A; 4YN0 B; 1Q86 1; 2YL3 A; 4CSA C; 2CYD A; 1NJI 2; 4AYB A; 2IOQ A; 3I5Q A; 3S90 A; 4K0D A; 3L34 A; 2IV2 X; 1JJ2 Z; 3RZO I; 5L0C A; 1PD0 A; 5KYW B; 2JR6 A; 1UG7 A; 3C7J A; 4DXW A; 3FQQ A; 2NG1 A; 1RCP A; 1QYP A; 3AG4 C; 4I1O B; 3GTM I; 5TJ5 E; 2BL2 A; 2R7X A; 5FZT A; 3GTK I; 1Y1V S; 3SXZ A; 3R7C A; 2IZ4 A; 4E0H A; 4A3I I; 3CCQ Z; 2RT9 A; 1H9G A; 2J7P D; 1RO0 A; 1TWG I; 3AG3 C; 3B71 A; 1ORS C; 2YQY A; 1M2O A; 2PX0 A; 3EG9 A; 4NB9 A; 3SNH A; 3NH4 A; 5A2Q f; 2CNW D; 3FVY A; 3S1R I; 2EIK C; 1HE9 A; 3A9C A; 1N8R 1; 1RXQ A; 2PX3 A; 5FLX b; 5FLM I; 3S1Q I; 3OA1 A; 1ZZP A; 3V5Y A; 4KNV A; 2XL4 A; 3T6G B; 2V3V A; 3C8G A; 3TJ5 A; 1VLT A; 2JIM A; 2JNY A; 2AKL A; 4JTA B; 3NMJ A; 5A69 A; 3CQZ I; 4JUR I; 2KJG A; 3TJ6 A; 1OCC C; 3W2V A; 3I07 A; 3IQ6 A; 3G4S Z; 1JR8 A; 3LNR A; 3KIH A; 1VQ7 1; 1T6I A; 4NTF A; 1D0Z A; 4A3E I; 1U0B B; 2XXA B; 2LD6 A; 1U89 A; 4EBB A; 3KH2 A; 2KQ9 A; 3RVZ A; 5JLI A; 3WHN A; 3MYI A; 3AQB A; 3DM9 B; 3EG9 B; 4U5D E; 3CCL 1; 3E9V A; 2Y69 C; 1SMY F; 2KYH A; 4GQH A; 2UUI A; 3VM6 A; 1OW7 A; 1U6H A; 2NSG A; 2V45 A; 2JA8 I; 1K04 A; 3ZQY A; 2CDQ A; 4YL1 A; 1LE2 A; 2XLD A; 3LS0 A; 1YI2 1; 3JRT A; 4JJF A; 1SYQ A; 3C8G B; 3QW0 A; 1RO2 A; 4PAC A; 5CIV A; 4RV9 A; 2RPR A; 2NAP A; 3ABL C; 1OR3 A; 4L6R A; 4JE9 A; 1M1K 1; 4MND A; 2RIQ A; 5L0G A; 1ML8 A; 2OTL 1; 1YAU O; 2W9Y A; 1LKX A; 2J6A A; 2Y3H A; 2RHB A; 2XLE A; 3M15 A; 4YK5 A; 2R7R A; 1VQL 1; 4PJL A; 2F22 A; 1CGO A; 1Y4C A; 4NY3 A; 1I5N A; 2OEV A; 4YWQ A; 1OXB A; 1YUK A; 3QZC A; 2JIO A; 2I8B A; 2P61 A; 3LUT B; 1H6G A; 1QKR A; 2QUP A; 2ASR A; 3CC4 1; 4BJ5 C; 4LLE A; 4IJJ A; 1L3P A; 3NMK A; 5C4X I; 3TD7 A; 1OW8 A; 5T64 A; 1OXK A; 2R25 A; 3K33 A; 4JJG A; 5KYX A; 4NBC A; 1NBB A; 4ZLD A; 1DL6 A; 3ZTZ A; 3PDM P; 3J06 A; 4AK9 A; 1C03 A; 1Q86 2; 2E87 A; 1FDO A; 4U5E E; 1X0T A; 5COG A; 3ZIB A; 4R32 A; 2GAQ A; 1JPJ A; 1T5O A; 2WZF A; 1K8A 2; 2PNO A; 3RFY A; 4D4X A; 2NUT A; 3G4X A; 1FR0 A; 2OOC A; 3EH2 A; 4NBB A; 4BJ1 A; 2ZXO A; 1DOV A; 3NYJ A; 5GPG B; 3GAN A; 1ZB9 A; 4I3M A; 4NBE A; 1BR1 A; 1OCZ C; 4BBS I; 2OEX A; 4O7G A; 2XL6 A; 1K73 1; 4PJM A; 3M4O I; 4XLN F; 4NH1 C; 3H3V J; 3RQE A; 1FTS A; 1A0B A; 1XZP A; 2Q3T A; 4U5G A; 4OIP F; 5KYX B; 1NSG B; 3V7O A; 2QRD B; 2GTH A; 1VQ5 1; 3FQM A; 1Z23 A; 2FGY A; 1MMA A; 2XLH A; 4E30 A; 1W2B Y; 1O3U A; 2B0H A; 2VCA A; 1YAR O; 4O6M A; 1VQ7 Z; 1ORY A; 2R7O A; 2R92 I; 3I55 1; 4IAQ A; 2LFU A; 3LNM B; 3I4U A; 2V8I A; 4J7Y A; 3CCL Z; 1SFO I; 2PBE A; 5T3W A; 4E18 A; 3F3F C; 3S2H I; 4A3L I; 4O6N A; 1LI7 A; 5DS4 A; 3B0P A; 3IQ5 A; 2L6F A; 1MQV A; 1VQ4 Z; 3W4Y A; 1YI2 Z; 1VTM P; 4H4K C; 2JIR A; 2IXO A; 3GEE A; 1VK5 A; 4N6H A; 2KGO A; 4E2Y A; 2LK4 A; 2MYS A; 2HJM A; 5IP9 I; 3EFO B; 3HNJ A; 3ZDL A; 2HUJ A; 3QTH A; 4JRZ A; 4IWB A; 1TWF I; 3UMH A; 1LS1 A; 3HNL A; 4HGY A; 3GEH A; 2VUG A; 2OU6 A; 3AG1 C; 1UFB A; 3ASO C; 4NC3 A; 3FMS A; 4AE4 A; 5DQZ A; 2WL8 A; 1TWC I; 5HSW A; 5EK0 A; 4A3K I; 1M1K 2; 4RS4 A; 2JMO A; 4YT5 A; 4N6C A; 1VQL Z; 2JX0 A; 4MVM A; 4G7H F; 4JC7 A; 5BQI A; 1Q0F A; 1BR4 A; 1OKK A; 1NU9 C; 2Q4Z A; 2LIG A; 3ABK C; 3UNG C; 4P9F A; 2H7O A; 5L3Q A; 4U5H A; 2ZPA A; 2E2H I; 2Q9A A; 3Q7G A; 1VQN 1; 3GTQ I; 1NP6 A; 1VB5 A; 2XM4 A; 3CCM 1; 3CCR Z; 4MVQ A; 3CC4 Z; 2YVK A; 2EPM X; 1YJ9 1; 1AEP A; 1YYX A; 5L0I A; 3VMI A; 4O6Y A; 2HMQ A; 1OR2 A; 3IQT A; 3NMI A; 3UGP A; 4U5B E; 2LFD A; 3CCJ 1; 4EBK A; 2QEX 1; 2ZXR A; 1HMO A; 2MWQ A; 2WAQ A; 1KC8 1; 3M1C B; 2JA6 I; 1MND A; 3NYL A; 2HSQ A; 2L6H A; 1KNY A; 4A4A A; 4MON A; 2OQM A; 1TWA A; 2XL8 A; 1KD1 1; 4PFO A; 3MLG A; 5E2Q A; 2XSE A; 5KYU B; 3GWN A; 3VAY A; 2VC9 A; 4AE4 B; 5C3E I; 4WGY A; 1JMW A; 3N0T A; 4RD9 A; 2HF1 A; 1G4W R; 3Q6M A; 3QVY A; 3GTJ I; 1PFT A; 1Q0G A; 1XZQ A; 1LPE A; 2A0U A; 3HOU I; 1FMV A; 2YAD A; 3WAQ A; 2QNL A; 5DS6 A; 5IT9 b; 2GTI A; 2WZG A; 1A7D A; 1Q81 1; 2NVQ I; 1VYI A; 3AGU A; 2JA5 I; 3IEE A; 3IPM O; 1ZB8 A; 3AGT A; 3EPV A; 2L7A A; 1O87 A; 4J32 B; 1K73 2; 3EH1 A; 2LP4 A; 3FDQ A; 3S15 I; 4WJ0 A; 1Y6D A; 2Q51 A; 2V8K A; 4DBR A; 3VMH A; 1ZU5 A; 4HE8 D; 5KYN A; 3K1I C; 2FFH A; 1M90 1; 3I55 Z; 4A93 I; 3LUS A; 2AP3 A; 1MMD A; 2NSF A; 4NBF A; 3JCU Q; 5A2Q b; 4Z9J A; 1OCR C; 3VRC A; 2X0C A; 3U2M A; 3VMG A; 1Z03 A; 2EIM C; 3S0X A; 1ZH1 A; 1ZHZ A; 1VYK A; 4W8P A; 4NTB A; 1C02 A; 5JS5 A; 2XLV A; 1G8X A; 3X1O A; 3ZWI A; 3ZG1 A; 5F5F A; 1O5H A; 3KL4 A; 4CS8 A; 2A69 F; 2Q9B A; 3J80 f; 4K7B A; 4RVD A; 1RNI A; 2Z15 A; 2Y3B A; 3RVY A; 1Y1W I; 3KYJ A; 5E3C A; 2AVK A; 5BUO A; 1Z02 A; 4NOZ A; 1BR2 A; 1XWJ A; 1J8M F; 3Q6N A; 3CMA 1; 2AWC A; 2AU5 A; 4RDA A; 3CC2 1; 2H85 A; 1WTY A; 3DMD A; 1E2X A; 1YIJ 1; 4DRH B; 3I56 1; 3QVZ A; 1KU2 A; 1VQ6 1; 1GGQ A; 2VB6 A; 4Y7N I; 4QDL A; 5B3I A; 1VQK 1; 4RVH A; 5DVW A; 2XLW A; 3OEO A; 3EGD A; 4LAC B; 4YL3 A; 5JP7 A; 3F3P C; 4DVZ A; 3T4R A; 3SYN A; 1YVI A; 1Z63 A; 1H7I A; 5FCL A; 4CS7 A; 1ST6 A; 3FKI I; 3GM3 A; 1J8Y F; 4PK4 A; 2PK7 A; 2WVO A; 1VQN Z; 1QVG Y; 3NDB B; 4OIR F; 3CCM Z; 5L0H A; 3IX0 A; 1FFH A; 2IXN A; 1YJ9 Z; 1PV3 A; 4E7Z A; 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