The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
51
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sequence length |
257
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structure length |
252
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Chain Sequence |
SNVPDHAFSFEGIFGKYDQAQLRRGFQVYNEVCSACHGMKFVPIRTLADDGGPQLDPTFVREYAAGLDTIIDKDSGEERDRKETDMFPTRVGDGMGPDLSVMAKARAGFSGPAGSGMNQLFKGMGGPEYIYNYVIGFEENPECAPEGIDGYYYNKTFQIGPDTCKGVKITHGSWARMPPPLVDDQVTYEDGTPATVDQMAQDVSAFLMWAAEPKLVARKQMGLVAMVMLGLLSVMLYLTNKRLWAPYKGHKA
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
X-Ray Structure of Rhodobacter Capsulatus Cytochrome bc (1): Comparison with its Mitochondrial and Chloroplast Counterparts.
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
Cytochrome b
|
| molecule tags |
Oxidoreductase/metal transport
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| source organism |
Rhodobacter capsulatus
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| total genus |
51
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| structure length |
252
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| sequence length |
257
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| chains with identical sequence |
Q
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2005-05-22 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| D | PF02167 | Cytochrom_C1 | Cytochrome C1 family |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | Cytochrome Bc1 Complex; Chain D, domain 2 | Cytochrome c-like domain | ||
| Mainly Alpha | Up-down Bundle | Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces | Cytochrome c1, transmembrane anchor, C-terminal |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 3RN1 A; 1W2L A; 3PHL A; 1CRI A; 1ZZH A; 3PXW A; 4J20 A; 1CTJ A; 1NTM D; 2I8F A; 5KLV D; 1H31 A; 2OZ1 A; 4H0J A; 1CSX A; 1YCC A; 1S6V B; 1HJ4 A; 3SLE A; 2EXV A; 4FA4 A; 1DW2 A; 3OCD A; 3JBT B; 1B7V A; 3VMA A; 1BE3 D; 5TJH A; 1FCD C; 1W5C T; 1CYC A; 1CIE A; 1ETP A; 1FJ0 A; 2BLF B; 1H32 B; 5B66 V; 1YFC A; 4PW9 B; 2GIW A; 1LS9 A; 2L91 A; 2AXT V; 1NIR A; 1KB0 A; 2HV4 A; 4WQ7 A; 1L0N D; 1HZV A; 2N18 C; 4U3F D; 2V07 A; 4FAN A; 4PWA A; 1AOQ A; 1N90 A; 1OCD A; 3TYI A; 4WQD A; 3ORV A; 3WU2 V; 3VNW A; 4N0K A; 1VYD A; 1C6O A; 2YIU B; 2Y0E A; 4FB1 A; 2B12 B; 2AI5 A; 1DW1 A; 4DY9 A; 3HQ8 A; 2Q3E A; 4FA9 A; 2FYU D; 2VHD A; 3O20 A; 3H1L D; 3ZOX A; 1IZL 0; 1RZ6 A; 1BCC D; 5IY5 1; 1QL4 A; 3L73 D; 3PRJ A; 4D6T D; 3SJL A; 5KKZ B; 4EID A; 3H1K D; 1HRO A; 1S5L V; 1DW3 A; 2BCN B; 2RMZ A; 1KYO W; 1CYJ A; 3CXH W; 4L1Q A; 2KNC B; 1FHB A; 1H33 A; 4L3G A; 5CIH B; 2C9X B; 2JTI B; 1H31 B; 2MHM A; 3VRD A; 2OZ1 B; 3X39 A; 2DVH A; 4NFG B; 3PH2 B; 1H32 A; 4EIE A; 5CIB B; 1FOC A; 3OCD B; 1C75 A; 1CNO A; 3ZCF A; 1PPJ D; 5DF5 A; 1CC5 A; 1HRC A; 2YK3 A; 3KZI V; 3C2C A; 1L9B C; 1N50 A; 2YCC A; 2CE0 A; 3RMZ A; 2CE1 A; 2PAC A; 4AX3 A; 1KYO D; 4AAL A; 3O5C A; 3CXH D; 2N3Y A; 4Q5P A; 3L71 D; 2Y0D A; 3TGU D; 4UB6 V; 1NTZ D; 2C8S A; 5EXQ A; 4UB8 V; 1U75 B; 1E29 A; 3HQ9 A; 2RN0 A; 1IQC A; 4WQC A; 5AUR A; 3L72 D; 1C6S A; 2PCB B; 4WQB A; 1DT1 A; 1A56 A; 1AKK A; 2XTS B; 1HJ5 A; 3L75 D; 2A06 D; 1DVV A; 1CSV A; 2B4Z A; 5CIF B; 3WUI A; 4K3I A; 1NML A; 1E8E A; 2ZZS 1; 1H33 B; 2QG4 A; 4RJT A; 1HCM A; 351C A; 1MG3 D; 1CHJ A; 1IRW A; 4GYD A; 3NBS A; 3RN0 A; 1L0L D; 1I5T A; 1YTC A; 1CRH A; 1L9J C; 2B10 B; 2BCC D; 2ZBO A; 4V2K A; 2BH4 X; 1GIW A; 1AOF A; 3CX5 W; 1WVE C; 4AAN A; 451C A; 1NTK D; 2N9J A; 1LMS A; 1BL9 A; 3BCC D; 1GQ1 A; 3VYM A; 3NWV A; 1KIB A; 1C2N A; 2C1V A; 1QN2 A; 2FWL A; 3O0R C; 1DVH A; 3OA8 A; 155C A; 3A0B V; 2N9Y B; 3CP5 A; 2B11 B; 1I8P A; 4FA1 A; 2DGE A; 1PP9 D; 3ITK A; 4EIC A; 1A8C A; 1CIH A; 4IL6 V; 5GTI V; 2N9I A; 2GC7 D; 1YEA A; 1CYI A; 3PTZ A; 5KLI B; 3WFB C; 3CX5 D; 3H1H D; 5CID B; 1CHI A; 1FI7 A; 1SQQ D; 4PD4 D; 1GKS A; 4PJ0 V; 1SQB D; 3ZOW A; 2ORL A; 3L4M A; 3H1J D; 3SWS A; 1FI3 A; 1H9X A; 3TF5 A; 3GG2 A; 1MG2 D; 3ZOY A; 1SQX D; 2BGV X; 1M70 A; 2B0Z B; 2FYN B; 4P4Q B; 1LFM A; 5CIG B; 1LC2 A; 1EB7 A; 5E79 V; 2CXB A; 4AAM A; 1CHH A; 1GU2 A; 4WQE A; 3WFE C; 2C1D A; 1CXA A; 3SVW A; 1DW0 A; 3SXT A; 3KHU A; 1I55 A; 1OAE A; 2QJK B; 1COR A; 4O1Q A; 1KX7 A; 3HQ6 A; 1NMI A; 3GW6 A; 2JWA A; 5KAI V; 1DIQ C; 5CYT R; 4WQA A; 3WC8 A; 1K3H A; 3L74 D; 5C0Z A; 3OA8 B; 2YQB A; 2IBZ D; 2PCC B; 4YE1 A; 2LIR A; 2ZOO A; 2GC4 D; 1CXC A; 2JQR A; 2C1U A; 5C9M A; 4Y5R A; 1K3G A; 5CIE B; 3L70 D; 5B6Q A; 1AYG A; 1F1F A; 4H0K A; 4EIF A; 1HZU A; 2CA3 B; 2D0W A; 5H2F V; 1CSU A; 3M97 X; 1COT A; 1C6R A; 1YEB A; 2LIT A; 4FA5 A; 1C2R A; 3H1I D; 1CCH A; 4QAO A; 3ZOO A; 2Y0C A; 2AIU A; 1E2R A; 1GJQ A; 3L4O A; 1H9Y A; 4RSZ A; 1F1C A; 1RAQ A; 1CO6 A; 3A9F A; 4L3H A; 3CYT I; 2L4D A; 5CIC B; 2K9J B; 4O1W A; 1CIF A; 2C1D B; 3PLN A; 1I6E A; 2KS1 A; 1SQP D; 3O1Y A; 1QKS A; 2GB8 B; 5GTH V; 3FWL A; 3CWB D; 5DFS A; 1N9C A; 4A7P A; 1YIQ A; 1P84 D; 2D0S A; 3TDK A; 1EZV D; 1YIC A; 5KAF V; 1NNO A; 2QJP B; 3DMI A; 2CA4 B; 1CTY A; 3HQ7 A; 5DJQ B; 1J3S A; 3PXS A; 3PXT A; 4XXL A; 5TIS V; 1ZRT D; 3CU4 A; 4WQ8 A; 1IRV A; 1CRJ A; 1CSW A; 1I6D A; 2QJY B; 1A2S A; 2BH5 X; 2MTA C; 2O3J A; 3MK7 B; 1MZ4 A; 1JDL A; 1CRG A; 1U74 B; 1CCR A; 1HH7 A; 1QL3 A; 1CRC A; 3WFC C; 2ZXY A; 3DR0 A; 4JCG A; 3ZBM A; 2N3B A; 3DP5 A; 1N15 A; 4EDF A; 1HJ3 A; 1C7M A; 1C52 A; 4AAO A; 5DJQ C; 1QYZ A; 1LC1 A; 1CRY A; 3WFD C; 1R0Q A; 1GDV A; 2FRC A; 1CTZ A; 1WEJ F; 2V08 A; 4WQ9 A; 1IO3 A; 1KV9 A; 5B5E V; 1SQV D; 1RAP A; 4KMG A; 1BGY D; 1M6Z A; 3ZIY A; 1H1O A; 1CIG A; 1YNR A; 1KB9 D; 1DII C; 3NBT A; 3MK7 C; 4XYD B; 1I54 A; 2C2C A; 1CED A; 4LJI A; 3RLM A; 1M60 A; 1KX2 A; 2BPB B; 4GED B; 1NU1 D; 4FAV A; 2ZON G; 1I8O A; 1RZ5 A; 4MU8 A; 2N18 B; 3A0H V; 1FI9 A; #chains in the Genus database with same CATH topology 1FDO A; 5BU5 A; 4PD4 H; 3L71 G; 2O1K A; 2C0W A; 4DOJ A; 1NTZ J; 1BCC E; 1VF5 D; 2ZT9 D; 4D6T E; 2A45 H; 1DW2 A; 2I1J A; 3HRN A; 1X22 A; 1L0L K; 4L76 A; 3OCD A; 1BSN A; 3JBT B; 3VMA A; 1H8A A; 3G6E P; 4LC1 A; 1FJ0 A; 2A06 G; 2PAJ A; 5AW1 B; 1H32 B; 3L75 J; 1DIP A; 1KFN A; 2SPZ A; 2L91 A; 4IFM A; 2HV4 A; 1NIR A; 1L0N D; 2C9N Y; 2N18 C; 1QL1 A; 3MHV A; 2HPC B; 2V07 A; 1AOQ A; 2CK3 H; 2WSE H; 1FDM A; 3TYI A; 5B5E H; 4WQD A; 1KQF B; 1JY3 O; 3SWY A; 3ORV A; 3VNW A; 1VQ6 P; 2O1J A; 1C6O A; 2O01 H; 2YIU B; 2Y0E A; 4FB1 A; 2AI5 A; 3KQG A; 1VQL P; 2FYU D; 3ZOX A; 3AE1 C; 1BCC D; 3RBX A; 3C8V A; 4D6T D; 1GU5 A; 1RQU A; 4EID A; 2E76 C; 1DW3 A; 2QM7 A; 2RMZ A; 1N86 A; 1X9V A; 4L74 A; 2IBZ E; 5K5G B; 4ZMD A; 2C9X B; 1IK9 A; 2GA1 A; 2JTI B; 2PRR A; 3Q2Y A; 1URQ C; 1JUN A; 1JO5 A; 3C9I A; 3L70 E; 5CIB B; 5AW0 B; 3OCD B; 1M57 D; 5AVR B; 3HE4 A; 3S4R A; 1SQQ J; 2YK3 A; 5CMZ A; 1SQB J; 3H1J G; 2NPS A; 1L9B C; 3V2P A; 1SQX G; 3AEA C; 5AVV B; 3RMZ A; 3AEE C; 2Y9Y A; 1J1D C; 3G3Z A; 5KKZ C; 5AW4 B; 4AAL A; 4XE5 B; 3O5C A; 3CXH D; 2N3Y A; 3V6I A; 3L71 D; 3GHG C; 5CCH D; 1SQV K; 4Y99 B; 2WVR A; 4UB6 V; 2OYI B; 1KB9 I; 2IPP A; 2C8S A; 1NVO A; 4PV1 B; 3VMY A; 1OXZ A; 4CPG A; 1FZC C; 4WQB A; 1KMI Z; 3BRV B; 1AKK A; 2WSE J; 1HJ5 A; 1HGZ A; 2A06 D; 2PGD A; 1YJ9 P; 3IAO A; 3WUI A; 1PL5 A; 1ZXG A; 2O01 J; 1JTH B; 2ZZS 1; 1HJB A; 3H1H E; 4RJT A; 5KJ7 C; 1MG3 D; 1RE3 A; 3NBS A; 1GW3 A; 4N78 D; 1CRH A; 1L9J C; 2B10 B; 4XA4 A; 2BH4 X; 1SQX E; 2C9L Y; 3CX5 W; 1WVE C; 3HE4 B; 1IFD A; 1ZR4 A; 2N9B A; 2NPS B; 4BRY A; 4C46 A; 3H1I J; 1LTS C; 1L0N K; 1VQO P; 1WRG A; 1ZOY C; 1DVH A; 3F5H A; 2KLU A; 3OA8 A; 2OGU A; 1N7S B; 4L75 A; 2DGE A; 1IFJ A; 2N1T C; 3ITK A; 4EIC A; 4OH8 B; 4N6J A; 2WSC J; 4UB8 H; 1YEA A; 1A02 F; 3WFB C; 1K73 Q; 4PV1 D; 3H1H D; 2FYU K; 3M0D C; 2WWW A; 3MIW A; 1GD2 E; 1LWU C; 3H1J D; 3SWS A; 2J58 A; 1FI3 A; 1H9X A; 3TF5 A; 3FXD A; 1PP9 J; 3ZOY A; 2M5A A; 1SQX D; 3GF3 A; 1PGJ A; 1LT9 A; 1M70 A; 2IYP A; 1T3J A; 2XKM A; 1FOS E; 4HJG H; 4WB4 A; 2E42 A; 2C1D A; 2AEJ A; 1DW0 A; 3SXT A; 1I55 A; 3RK3 B; 2QJK B; 1KFM A; 3TYY A; 5KLV E; 1YHQ P; 2HOD A; 3AEC C; 1RH5 B; 1JY2 O; 2KUB A; 4H44 D; 1BE3 E; 1FU1 A; 2HLO A; 2FFD A; 3A2A A; 4DT0 A; 2NPS D; 1USE A; 1JB0 J; 1VF5 C; 3OA8 B; 3D71 A; 2PCC B; 2LIR A; 2HR3 A; 2R44 A; 5C39 A; 1P84 E; 4IL6 X; 2JQR A; 1IO4 A; 3V5B A; 2D2C D; 3AEG C; 4IL6 H; 1FE6 A; 1SQV J; 2CA3 B; 2D0W A; 1BGY J; 4B86 A; 1Z56 A; 1CSU A; 3VN0 A; 1LTI C; 1YEB A; 3RK2 C; 2WPQ A; 1C2R A; 2KSE A; 1DH3 A; 2M5A B; 4U7J A; 1NU1 G; 4HYT B; 5GTI E; 1GJQ A; 1LNQ A; 4RSZ A; 1LTT C; 1RAQ A; 3Q5P A; 2L4D A; 4W7Y A; 2C1D B; 3PLN A; 4LGD E; 1QKS A; 4GT1 A; 2HOD B; 5GTH V; 3CC7 P; 1FZA A; 3RK3 D; 1LTJ C; 5DFS A; 1N9C A; 4Y28 J; 2XNX A; 2D0S A; 1P84 D; 1YIC A; 1URQ B; 1NNO A; 2FFD B; 2CA4 B; 4M3L A; 3CXH H; 4RO0 A; 1IFM A; 5DJQ B; 1J3S A; 2E5Y A; 4XXL A; 1OMI A; 3HE5 A; 4H0L B; 1W2B O; 1L0N J; 3RL0 g; 1CSW A; 4U3F G; 5KAI E; 1A2S A; 1LT1 A; 3TGU E; 1S1C X; 2W27 A; 1J1D B; 1YJW P; 1NU1 E; 3WUV A; 5AW7 B; 1MZ4 A; 2WQY C; 2Q1K A; 5H2F H; 1QL3 A; 1CRC A; 2FYU J; 3H1L G; 4NPF X; 5APQ A; 2ZVO B; 3ZBM A; 2QJP C; 1N15 A; 3V2N A; 2YKP A; 3L73 G; 4K3A A; 3Q1M A; 1KIL C; 4AAO A; 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2XZR A; 4H13 B; 1PPJ D; 1T2K D; 1CC5 A; 1HRC A; 1RF1 C; 1FZG A; 2FXM A; 4GOF A; 1SFC B; 1CZQ A; 3C2C A; 4ZKP A; 3H1J J; 5CCG C; 2QJY C; 2DW3 A; 2JEE A; 3CCU P; 1OW6 A; 1U57 A; 1GU4 A; 4Q5P A; 2Y0D A; 4EI2 A; 2JO1 A; 3S1K A; 3L37 A; 1MUU A; 4UB8 V; 1U75 B; 1E29 A; 3HQ9 A; 3E7K A; 1IQC A; 1AA0 A; 3BRT B; 1FZF A; 3L72 D; 3CWB E; 1L2P A; 1DT1 A; 5APT A; 1EZV E; 1OVR A; 1S9K E; 2XTS B; 3LID A; 1S5L X; 1DVV A; 4YPC A; 5AVU B; 1L4A D; 5CIF B; 1CW5 A; 1E8E A; 1OZH A; 1N2D C; 1S5L H; 2IBZ G; 1H33 B; 2QG4 A; 3HTK A; 3CX5 E; 1NAY A; 1HCM A; 351C A; 2W6B A; 4YXD C; 2ZFC A; 1E5W A; 5APW A; 3W68 A; 2YNY A; 1T3U A; 1RY3 A; 3L70 G; 1AV1 A; 2BCC D; 2ZBO A; 1AOF A; 3HUS C; 3U1C A; 4AAN A; 3ZDM A; 3AE3 C; 1FDI A; 4O9B A; 1LMS A; 1BL9 A; 4H13 D; 3BCC D; 4I7Z C; 1QGK B; 2KZJ A; 3KZI H; 2OYI A; 1SFC D; 3NWV A; 1C2N A; 1DD4 A; 1FS0 E; 2H89 C; 5APS A; 2C1V A; 2FXP A; 1QN2 A; 1EDJ A; 1NTK J; 1G1J A; 2N9Y B; 3VMZ A; 5DJU B; 1K04 A; 1NYH A; 3A7O A; 1D7M A; 1I8P A; 2QVA A; 4JYB A; 1KIL B; 3CCE P; 5KAI H; 1SQP G; 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