The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
75
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sequence length |
254
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structure length |
254
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Chain Sequence |
DNPIPKSVPLHPKSGKYFHNLHARDLSNIYQQCYKQIDETINQLVDSTSPSTIGIEEQVADITSTYKLLSTYESESNSFDEHIKDLKKNFKQSSDACPQIDLSTWDKYRTGELTAPKLSELYLNMPTPEPATMVNNTDTLKILKVLPYIWNDPTCVIPDLQNPADEDDLQIEGGKIELTCPITCKPYEAPLISRKCNHVFDRDGIQNYLQGYTTRDCPQAACSQVVSMRDFVRDPIMELRCKIAKMKESQEQDK
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Structural and functional insights into the roles of the Mms21 subunit of the Smc5/6 complex.
pubmed doi rcsb |
| molecule tags |
Recombination/replication/ligase
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| source organism |
Saccharomyces cerevisiae
|
| molecule keywords |
Structural maintenance of chromosomes protein 5
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| total genus |
75
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| structure length |
254
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| sequence length |
254
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| ec nomenclature |
ec
6.3.2.-: |
| pdb deposition date | 2009-06-11 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| C | PF11789 | zf-Nse | Zinc-finger of the MIZ type in Nse subunit |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Up-down Bundle | Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) | Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) | ||
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Herpes Virus-1 | Zinc/RING finger domain, C3HC4 (zinc finger) |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 4N3W A; 2YRE A; 1F62 A; 1LDK C; 2MD7 B; 4YAD A; 4S3O C; 1K2F A; 2VPD A; 2LDR A; 2CKL A; 3HCU A; 4GNF A; 5B77 A; 1E4U A; 4MSX A; 3ASL A; 2MUM A; 1Z6U A; 4WZ3 B; 2E6R A; 2JMI A; 2CSY A; 5TRB A; 3U5O A; 5LKZ A; 1JM7 B; 3LQJ A; 4FK5 A; 2YYR A; 5G0F A; 2K4D A; 2XB1 A; 4LLB A; 2MA5 A; 4ZUX U; 2YSJ A; 1WIL A; 4CA1 A; 4B86 C; 4WZ0 A; 4YBS A; 2MNY A; 3PHD A; 2ECV A; 3O7A A; 4UI9 B; 5FER A; 5KH9 A; 4I7B A; 5H1V A; 4LKA A; 3PUR A; 3ZYQ A; 2NAA A; 5EYA F; 2KIZ A; 1VFY A; 5I3L A; 4QF3 A; 2K1J A; 2KGG A; 1T1H A; 2JMD A; 1WES A; 3SOU A; 2YQM A; 2K17 A; 1JOC A; 4A4B A; 1X4U A; 2E6S A; 2Y1N A; 1WEO A; 3L1X A; 4Q6F A; 2KYU A; 3LQH A; 5D1M B; 3T7L A; 2KGI A; 3L11 A; 1WEM A; 2QIZ A; 2JRJ A; 1WGM A; 2FUU A; 5TBN A; 3KV5 A; 1Z60 A; 1X4J A; 2KWO A; 2ZET C; 1MM3 A; 1CHC A; 2VNF A; 2L43 A; 4MVT A; 3GL6 A; 2F6N A; 5JG6 A; 2PUY A; 3DQV R; 3PUQ A; 4PTB A; 3N9O A; 1XWH A; 4S3O B; 3ZPV 1; 3C6W A; 3O34 A; 2L0B A; 4N4F A; 5B76 A; 1WEV A; 1X4I A; 5DKA A; 2KR4 A; 4NN2 A; 2MD8 C; 2RSD A; 3ZVY A; 2VJE B; 2LRI C; 3ZPV E; 4R7E A; 3KV6 A; 4O64 A; 2VJF A; 3LRQ A; 2LGK A; 3O36 A; 3HCS A; 3I2D A; 5FEY A; 2I50 A; 2G43 A; 5G05 B; 2CKL B; 2LXH C; 5C13 A; 5D1L B; 3O70 A; 4YAX A; 1WEN A; 5D1K B; 2L5U A; 4WZ2 A; 3V43 A; 2LGV A; 3O33 A; 4W4U A; 4GNG A; 2KWK A; 2IDA A; 5B75 A; 3U5N A; 4A49 A; 2HYE D; 5LKU A; 4QF2 A; 3RPG B; 4V3L C; 4FO9 A; 4A4C A; 1WEQ A; 4GB0 A; 5KH7 A; 2F6J A; 3HTK C; 3FL2 A; 3M62 A; 4XI1 A; 5TAB A; 4AYC A; 3ZVZ B; 2VP7 A; 3U5M A; 2G6Q A; 3RPG C; 1WFK A; 3LQI A; 2XEU A; 4TKP B; 2KE1 A; 4UP0 A; 2LV9 A; 5AIU A; 2BAY A; 3GV4 A; 2M3H A; 3N9M A; 2D8S A; 4V3K C; 2CSZ A; 4YAB A; 4P5O B; 3T6R A; 3N9P A; 2LQ6 A; 5C11 A; 4FJC A; 4YAT A; 2MA6 A; 4C9Z A; 4LK9 A; 1DVP A; 5B78 A; 2YU4 A; 2LN0 A; 4F52 B; 2KU3 A; 3C5K A; 4FIP A; 1WE9 A; 2MT5 A; 4IC3 A; 2UZG A; 2PNX A; 4UP5 A; 1HYI A; 4AP4 A; 2L80 A; 5FB1 A; 2H0D A; 2RI7 A; 2JMJ A; 2ECN A; 1Z2Q A; 2C2L A; 5H1U A; 5H1T A; 5AIT A; 3RTR B; 5KH3 A; 4B7Y C; 2F42 A; 4PPE A; 4R8P K; 3EB5 A; 1LDJ B; 2FUI A; 2KFT A; 3M63 A; 5TDR A; 2VPB A; 4ZQL A; 3NG2 A; 2YT5 A; 3QZV A; 1JM7 A; 4WA6 A; 1V87 A; 3MHH A; 4YC9 A; 1WIM A; 4I7D A; 1IYM A; 4ZDT A; 2HDP A; 3O37 A; 3SOW A; 2YHO A; 2M85 A; 5DIN A; 2VJF B; 3HCT A; 2YUC A; 5TDW A; 2ECW A; 3N9N A; 3O35 A; 2YHN A; 4GNE A; 2QIC A; 2YUR A; 2CT2 A; 2YW8 A; 2Y1M A; 1N87 A; 4I7C A; 2LXP C; 3ZTG A; 3SOX A; 3DPL R; 3KQI A; 3MHS A; 2ECJ A; 3SHB A; 4AVX A; 4LJN A; 1VYX A; 1WEP A; 3VK6 A; 1RMD A; 2G45 A; 3N9L A; 4IC2 A; 2YSM A; 2OXQ C; 2DX8 A; 3IHP A; 2LGG A; 4BBQ A; 1MM2 A; 3EB6 A; 5G04 B; 5H9M A; 1FBV A; 2C2V S; 2KRE A; 2VPG A; 3N9Q A; 4YBT A; 2Y43 A; 4AUQ B; 2AN6 A; 2M6M A; 4AYC B; 2VPE A; 3ZNI A; 1G25 A; 4CCG X; 1WEU A; 2LGL A; 3L1Z B; 2KWJ A; 2EA6 A; 1FP0 A; 2FSA A; 1VD4 A; 4R2Y A; 2MIQ A; 4BHW A; 2K16 A; 4GND A; 2MNZ A; 5J3X A; 1WEE A; 4LAD B; 4X3G A; 4L58 A; 4L7X A; 3U5P A; 2EGP A; 2YQL A; 5FB0 A; 5B8D A; 4A0C D; 2QJ0 A; 2ECT A; 5B79 A; 5LKX A; 2KWN A; 5LCW B; 2EOD A; 2ECI A; 2VJE A; 2ECG A; 3KNV A; 1HYJ A; 2M1R A; 2L75 A; 1BOR A; 4YBM A; 2H0D B; 1WEW A; 3M99 A; 1U6G B; 1ZBD B; 5LKT A; #chains in the Genus database with same CATH topology 4N3W A; 3B29 A; 3GEH A; 3KDE C; 3EGD B; 3LEV A; 4ULW A; 1LDK C; 1QZX A; 2Q9A A; 3ZTZ A; 2YEV A; 1VTM P; 4XEV A; 3C63 A; 1EQ1 A; 4JKV A; 2A6E F; 1WGW A; 2JMI A; 5DQZ A; 1MMA A; 3U5O A; 3TK0 A; 4KNW A; 2L6H A; 4CS9 C; 2G3K A; 3ZQV A; 2K4D A; 1JPN A; 2XB1 A; 3U3F A; 5B1B C; 2A69 F; 1BR2 A; 4Z9H A; 3EGX A; 4OGC A; 2YSJ A; 2IXP A; 2ETS A; 1BR4 A; 4CA1 A; 2ECV A; 3O7A A; 5L3Q A; 3DJN B; 4NY3 A; 5FER A; 1CPQ A; 3FAP B; 4JJG A; 1QVX A; 4XWJ A; 4MTG A; 1QKR A; 5EYA F; 4A2N B; 4N6C A; 4OIN F; 4DJ9 A; 3F47 A; 4G7H F; 2HKV A; 4YWQ A; 2JMD A; 2WZF A; 4Z9I A; 3GWL A; 2YQM A; 2AP3 A; 5F5F A; 2B0H A; 3FXH A; 3L8I A; 3U2M A; 3I5P A; 1JOC A; 3LAY A; 4O79 A; 5BUO A; 4Q6F A; 1VK5 A; 2KYU A; 3GM2 A; 2GDC A; 4PFO A; 3TOL A; 5D1M B; 4I1O B; 1JR8 A; 3H65 A; 5T1D B; 3B0P A; 1W2W A; 1MMN A; 5AGF A; 3AG3 C; 4CX9 A; 5TBN A; 1LS4 A; 5B3I A; 1RXQ A; 1LE4 A; 2AWY A; 1MM3 A; 1CHC A; 4C7O A; 1FFT C; 4JC7 A; 2DYR C; 2F6N A; 3JUE A; 3V5X A; 4KI2 A; 3DQV R; 3PUQ A; 1GQA A; 1E85 A; 3DI5 A; 2JX0 A; 1ZHW A; 2RR4 A; 2L6G A; 3O34 A; 4MQ9 F; 4KC9 A; 2CSV A; 4NQF A; 2EPL X; 2H7O A; 3RYL A; 5DKA A; 1I5N A; 5CIV A; 4XEF A; 3Q1D A; 2W4M A; 2Y3H A; 2H7V C; 4G78 A; 4OIQ F; 3ZVY A; 2LRI C; 2QY9 A; 2XLH A; 3ZPV E; 1MNE A; 4OIP F; 3KV6 A; 5DS5 A; 2ZXW C; 1YLM A; 4I3M A; 4BJ1 A; 1D0Z A; 2CKL B; 2D8U A; 2LXH C; 1EKY A; 5C13 A; 4YAX A; 2LGV A; 4PJN A; 4CJO A; 3ABK C; 4GNG A; 1RCP A; 1OCC C; 4EUK B; 4N4W A; 3IHU A; 1K40 A; 3U5N A; 4J30 B; 5GPG B; 3IQ5 A; 1HMO A; 1H6G A; 5COM A; 4A4A A; 5A6B D; 1HMD A; 2IBF A; 5KYX A; 2VCB A; 3UMK A; 1DOW A; 4GB0 A; 2R9R B; 3FL2 A; 4XI1 A; 3B0V C; 3K6B A; 1ZHZ A; 5TAB A; 4RBN A; 4IWB A; 5FCL A; 4YK5 A; 3SXY A; 2OJE D; 4Q7C A; 3RVY A; 2XEU A; 3EG9 A; 3EFO B; 3H2U A; 2Q00 A; 3O39 A; 2BAY A; 3MBG A; 4M63 A; 1TFO B; 3N9M A; 4V3K C; 4JRZ A; 1U89 A; 4YAB A; 3KYI A; 4P5O B; 4JCH A; 2B0O E; 1WOL A; 3TD7 A; 1FAP B; 1QPU A; 2Q9C A; 3RQF A; 4F52 B; 1WN0 A; 2J7P D; 4ZLC A; 4OD5 A; 3UMH A; 2UZG A; 3A9C A; 1M2V A; 2PNX A; 4UP5 A; 1RKE B; 4CS7 A; 2WVN A; 2EPM X; 2A6H F; 2Y39 A; 1A7E A; 2GWW A; 2ECN A; 2YVR A; 4H54 A; 1LE2 A; 5KYW A; 3SXK A; 2PX0 A; 2KQ9 A; 1JAF A; 3W8H A; 3EB5 A; 1YDI A; 2KFT A; 3RQG A; 4XLN F; 2VPB A; 3LNR A; 5EHH A; 3QZV A; 3S0X A; 4W8K A; 4HFK B; 2XSE A; 4MVZ A; 4BJT A; 1JPJ A; 3UGP A; 4F1P A; 2HDP A; 2YL7 A; 2VJF B; 3ZG1 A; 4H9D A; 3DE8 A; 4RD9 A; 3SYN A; 2YUC A; 1VMA A; 5TDW A; 3N9N A; 3TQO A; 1EA8 A; 1FTS A; 3ITF A; 2MKE A; 1BDJ B; 3LLI A; 2CDQ A; 1MND A; 5EK0 A; 1IW7 F; 2B0J A; 4DOZ A; 3RIP A; 2L9J A; 3V7O A; 2J0X A; 4YJW A; 4Z0O A; 5CI8 A; 2DX8 A; 3E9V A; 3IHP A; 3CAX A; 5KYY A; 5E3C A; 1Q0K A; 1TR2 A; 5G04 B; 4LLE A; 3OEO A; 3N9Q A; 2VC9 A; 2Y43 A; 4YBT A; 2AN6 A; 5AC4 A; 3LS1 A; 1LM3 B; 3MYI A; 2ZD9 A; 1WEU A; 3E70 C; 2YLG A; 3H7H A; 4N06 A; 3F46 A; 2NPU A; 5L3V A; 4DRI B; 3CQZ A; 1ZYR F; 4E7Z A; 4XPY A; 2UUI A; 1PV3 A; 1A0B A; 2HV7 A; 5J3X A; 2R25 A; 3VAY A; 2R7T A; 1NZE A; 1ZZP A; 5SVI B; 4A0C D; 1ORJ A; 1FFH A; 2MWQ A; 3EJN A; 4CS9 A; 4WGZ A; 3S84 A; 4O6N A; 3S27 A; 4XPX A; 3K1I C; 2M13 A; 3DWD A; 2ICW G; 2DGJ A; 5KYN A; 3M99 A; 1U6G B; 1ZBD B; 3ABL C; 2PP4 A; 5LKT A; 4QI0 A; 3POV A; 1HW1 A; 4JUR I; 2YL0 A; 4YAD A; 4S3O C; 3DJU B; 3NMK A; 2W9Y A; 3CSK A; 2LDR A; 3DD7 A; 5HV9 A; 3HCU A; 4GNF A; 2VCC A; 2V26 A; 3ASL A; 1Z6U A; 4WZ3 B; 4MVO A; 3ZC4 A; 2CSY A; 3RFY A; 3T4R A; 2E61 A; 2M64 A; 1JM7 B; 1O87 A; 3MX3 A; 1E84 A; 3LQJ A; 1YA9 A; 2MHR A; 4KNV A; 5G0F A; 3N24 A; 3SEO A; 4LLB A; 2CNW A; 3GAN A; 3H2V A; 2MA5 A; 1D0X A; 4ZUX U; 1M57 C; 4ULV A; 2EPO A; 1WIL A; 1Z6A A; 5E3A A; 3PDM P; 3SXZ A; 1T6I A; 2JD3 A; 5KH9 A; 5H1V A; 4CBE A; 1PD0 A; 3FMS A; 2NUT B; 2PNO A; 1U6H A; 4KBL A; 2YWA A; 2XM0 A; 2WVQ A; 1VFY A; 5I3L A; 1MMD A; 1T1H A; 3SOU A; 4CIH A; 4MW3 A; 3ECS A; 1X4U A; 1S7Z A; 2OWA A; 1G4U S; 4O6M A; 3L1X A; 5JS5 A; 2FFW A; 3LQH A; 2KGI A; 2P57 A; 2H7B A; 1C02 A; 5SVX A; 1WGM A; 1Z60 A; 1Q0G A; 3QTH A; 2ZXR A; 1NU7 D; 1TFK B; 2NUP A; 1G4W R; 4NTB A; 3GL6 A; 1NFN A; 2W4B A; 2ZXO A; 1A41 A; 2P6V A; 4PTB A; 2R7V A; 4C3B A; 5A6A A; 4BJ6 A; 1IZM A; 2MYS A; 1AVO B; 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