The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
82
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sequence length |
265
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structure length |
264
|
Chain Sequence |
DLTKLLIAEVKSRPGNSQCCDCGAADPTWLSTNLGVLTCIQCSGVHRELGVRFSRMQSLTLDLLGPSELLLALNMGNTSFNEVMEAQLPSHGGPKPSAESDMGTRRDYIMAKYVEHRFARRCTEPQRLWTAICNRDLLSVLEAFANGQDFGQPLPGPDAQAPEELVLHLAVKVANQASLPLVDFIIQNGGHLDAKAADGNTALHYAALYNQPDCLKLLLKGRALVGTVNEAGETALDIARKKHHKECEELLEQAQAGTFAFPLH
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Structural analysis of GAP and ankyrin domains of UPLC1
rcsb |
| molecule keywords |
UPLC1
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| molecule tags |
Metal binding protein
|
| source organism |
Homo sapiens
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| total genus |
82
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| structure length |
264
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| sequence length |
265
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| chains with identical sequence |
F, G, H
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2005-09-14 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| E | PF01412 | ArfGap | Putative GTPase activating protein for Arf |
| E | PF12796 | Ank_2 | Ankyrin repeats (3 copies) |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Alpha Horseshoe | Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat | Ankyrin repeat-containing domain | ||
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Herpes Virus-1 | Herpes Virus-1 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 3Q9N C; 2XEN A; 5EYL A; 3HRA A; 5AQA A; 3LJU X; 3NBN B; 2V5Q C; 5ENT D; 3JUE A; 4QQI A; 3O47 A; 4U96 D; 5FIN A; 4NIK A; 2ETC A; 3LVR E; 3EHR A; 5EYP F; 2ZGD A; 4J8Y A; 3IXE A; 1BU9 A; 2JAB A; 4CZ2 D; 1BD8 A; 5EIB E; 4U95 D; 1SW6 A; 1IHB A; 3TWV A; 4DX1 A; 5KWD A; 1YCS B; 4DX7 D; 4G8K A; 3T9K A; 4ATZ D; 3Q9U C; 4HBD A; 4HRN A; 5AQ9 A; 5FIO A; 1G3N B; 3UXG A; 4LG6 A; 5HS0 A; 3V30 A; 4DRX E; 1MX2 A; 3ZNG A; 5HKP A; 1BI8 B; 4O1P A; 4HNA D; 4U8Y D; 3T8K A; 3V31 A; 4B93 B; 4GPM A; 1DCQ A; 4ZFH A; 2RFM A; 2OWA A; 4C48 B; 5EIL A; 1QYM A; 3AAA C; 3V79 K; 4A63 B; 4OAV B; 2DVW A; 3NOC D; 5AAR A; 1OY3 D; 4O1O A; 5KNH D; 4DX6 D; 2DZN A; 3W9G A; 4HLL A; 3ZUV B; 5CED B; 3UI2 A; 1K1B A; 2ZGG A; 3LJN A; 3TWR A; 4J7W A; 2AJA A; 2F37 A; 1K3Z D; 3LVQ E; 4BEP A; 2HE0 A; 2DZO A; 4HI9 A; 5JMN D; 4OAU C; 3DWD A; 4HQD A; 3TWW A; 4BSZ B; 5ENP D; 5EID A; 3JXJ A; 2V4H C; 3J5Q B; 5ITZ F; 4F6R D; 1IXV A; 3HG0 D; 1NFI E; 4G8L A; 2XEE A; 3ZKJ A; 5BXU A; 1A5E A; 2Y0B G; 4K5B A; 4UUC A; 2FO1 E; 1N0Q A; 5BXO A; 1MX6 A; 2QYJ A; 2VGE A; 1MYO A; 4YDY A; 4K5A B; 3SUB A; 1WDY A; 1YMP A; 4K5C A; 1IKN D; 1N11 A; 1OT8 A; 2A5E A; 4LSZ E; 4YDW A; 5HRY A; 4ZHB A; 4F1P A; 2NYJ A; 4LNU D; 3ZU7 B; 3TWQ A; 5AQB A; 2CRW A; 5ENQ D; 5CER B; 1MJ0 A; 5ENO D; 5AN8 A; 5AQ7 A; 3JXI A; 5D66 A; 4QFV A; 3FEH A; 1SVX A; 4CYM D; 3MDB C; 1MX4 A; 3V2O A; 4Z68 A; 5AAO A; 1WG0 A; 3DEO A; 5CBO A; 1D9S A; 2KBX A; 4BET A; 2KXP C; 5ENS D; 3UTM A; 3V2X A; 3DEP A; 4O60 A; 4N5Q A; 2F8X K; 1N0R A; 4RLY A; 2XZD G; 4U8V D; 1BI7 B; 1AP7 A; 3FM8 C; 1TR4 A; 2ETA A; 3C5R A; 4HB5 A; 3TWS A; 3W9F A; 4BES A; 2XZT G; 3TWX A; 5JA4 D; 5KBA A; 5CBN A; 1DC2 A; 4HRL A; 2ETB A; 3D9H A; 3NOG D; 3TWT A; 3B7B A; 4DX2 A; 1AWC B; 2IQJ A; 2Y1L E; 5CEA A; 2XEH A; 4JB8 P; 3SO8 A; 3KEA A; 5ENR D; 3EU9 A; 2CRR A; 2MYO A; 2BKK B; 4DUI A; 3EHQ A; 1S70 B; 2BKG A; 2PNN A; 2B0O E; 3F6Q A; 3TWU A; 2P57 A; 2J8S D; 2F8Y A; 2P2C P; 4HRM B; 1YYH A; 1K1A A; 2DWZ A; 2L6B A; 2QC9 A; 4GMR A; 4TUM A; 5EN5 D; 5KNG A; 4HI8 A; 1BLX B; 3B95 A; 3J5P A; 4BER A; 4DX5 D; 1UOH A; 2RFA A; 5CEC B; 3AJI A; #chains in the Genus database with same CATH topology 2WPV A; 1Z2Q A; 2XEN A; 2DYS E; 2IFU A; 4KT6 B; 3O47 A; 5DKA A; 4L2L A; 1Y8M A; 4PS8 A; 4AY6 A; 2G6Q A; 1HE8 A; 1SA5 A; 5AQ9 A; 5FIO A; 3G2S A; 3LQJ A; 3DSU A; 4AP4 A; 1E8X A; 2K17 A; 1QBQ A; 2YQL A; 1X4J A; 3LXU X; 3FHE A; 5CHE E; 4FA6 A; 4BWR A; 3MGB A; 2YQ8 A; 2VQ2 A; 3MYV A; 5T3R A; 4A4C A; 1RZ4 A; 1EYH A; 3PS6 A; 3HXF A; 4G11 A; 1TNZ A; 1KZP A; 2GRN B; 5CED B; 5KH7 A; 1OXJ A; 2E61 A; 3ZPV 1; 2DCP A; 3RSE G; 4BEP A; 5EDS A; 2HE0 A; 3FTZ A; 4ILG A; 4F1S A; 1U6G B; 4PH4 B; 3AG4 E; 2LXL A; 5EKQ D; 2YVR A; 1Q2Z A; 5ANL A; 4WZ0 A; 1JWG A; 3AS5 A; 4JD2 G; 2P58 C; 4LKA A; 4LNU D; 3ZU7 B; 4A1S A; 2YNQ A; 4R2Y A; 4GMJ A; 4MKT A; 4GZC A; 3KV6 A; 3VLD A; 3UIP C; 2D8S A; 4U0S A; 4EZL A; 3IKO B; 3FL2 A; 4NAC A; 4QF3 A; 1IHG A; 2XGS A; 3PDN A; 2Q7F A; 1TR4 A; 2FF4 A; 1Z3X A; 3G2U A; 4PS3 A; 4B8C B; 2OCC E; 4DX2 A; 2VSY A; 3LDY A; 4XI0 A; 2WMO A; 3NZU A; 1H6P A; 2Y1N A; 2MA6 A; 4CT0 A; 2XCC A; 5JJ7 A; 3F6Q A; 2FSA A; 2DWZ A; 4RSY A; 2NXP A; 2KWO A; 3U66 A; 2IJG X; 1JCS A; 3P2B A; 3JYS A; 3CVV A; 5EYA F; 3ASG A; 3EIJ A; 2MIQ A; 3N9O A; 3RKV A; 4J8Y A; 2JAB A; 2YRE A; 3L13 A; 4O62 A; 4DX7 D; 3EJN A; 1V87 A; 3ZPV E; 1ZBD B; 1NL4 A; 5D0Q D; 2QIZ A; 3Q47 B; 1SQM A; 3WG7 E; 4AJW A; 3LY9 A; 3ASO E; 2M3H A; 5SVX A; 4FHK A; 3FU6 A; 2DVW A; 3CHP A; 1LD7 A; 5SVY A; 2D8U A; 3N9P A; 2KFT A; 2PZI A; 2E6R A; 4OAU C; 2HYZ A; 3TWW A; 4I6E A; 2ILR A; 1NFI E; 2R59 A; 3ZKJ A; 2XCB A; 3PZ1 A; 2FUL A; 3O37 A; 3BG0 B; 2HM8 A; 4GA1 A; 1JCR A; 3CHR A; 1O1S A; 3QJZ A; 1WE9 A; 2IQC A; 3L54 A; 1WEQ A; 4BET A; 3VTY A; 2LSU A; 3D9P A; 4BFR A; 3C5K A; 4GND A; 1UJJ A; 3DSS A; 4L7X A; 2VSN A; 3DPY A; 1TN7 A; 5EX3 A; 4I7D A; 2XGM A; 2YSJ A; 2KIZ A; 3EU9 A; 3GZ2 A; 5G2N A; 4YBT A; 5H7P A; 3QWW A; 3P1U A; 3EHM A; 3RO2 A; 4M7C A; 3EDT B; 4AXH A; 2LRI C; 3EU5 A; 2P9S G; 3QB2 A; 2CON A; 2LGV A; 2OEV A; 2ION A; 5CMW A; 5CMY A; 3NBN B; 3EB6 A; 3LVR E; 3ENE A; 2F0Y A; 3DWL G; 4OGC A; 1TEZ A; 1X4U A; 3T9K A; 2XEU A; 3ZXP A; 1MX2 A; 2VSO E; 4HNA D; 1DNP A; 3V31 A; 2J08 A; 3T5V A; 1NP7 A; 4EPZ A; 5AIT A; 4J8D A; 2BTD A; 3E37 A; 4O6F A; 3PRZ A; 3ZN3 A; 4K03 A; 4N2S A; 3KDE C; 5T8I A; 3M62 A; 1K3Z D; 5J90 A; 2FUU A; 3SY2 A; 3FH8 A; 2DZO A; 2VPG A; 4F53 A; 5E75 A; 5ITZ F; 1K2F A; 3QNK A; 2WXF A; 3JQ1 A; 2J07 A; 2KWK A; 1Z5S C; 2A4Z A; 3HIZ A; 4S3O B; 2VGE A; 4GTS A; 4YDY A; 2LXP C; 1H2V C; 2P9U G; 4BSX A; 2KZT B; 3UKU G; 5TDW A; 3KSQ A; 1HYJ A; 3FWV A; 3KSL A; 4GU5 A; 4APO A; 4IN3 B; 1E8W A; 2Y4T A; 5AEN A; 3MX3 A; 4FC8 A; 3PE3 A; 4AV7 A; 5LP0 A; 4ANV A; 3QAR A; 2P9N G; 2CKL A; 2Y1L E; 3C72 A; 4WA6 A; 2YU4 A; 2CKL B; 1FPP A; 3KV5 A; 1S70 B; 2PNN A; 3M99 A; 2P2C P; 3TWS A; 4DLO A; 3CVU A; 1HFA A; 4JHR A; 3Q79 A; 3OAW A; 4UWK A; 4N2Q A; 5TAB A; 3EUV A; 3SFZ A; 4U96 D; 3FFL A; 4B89 A; 3GYZ A; 4UQY A; 2VTB A; 3UT4 A; 2LXM A; 3O48 A; 2X38 A; 4B86 C; 4MSX A; 3PLW A; 1WIL A; 2EQX A; 2MA5 A; 3QWV A; 5KH9 A; 4YBS A; 4KXK B; 2R17 C; 4U0Z A; 4YDE A; 4C9B B; 3G2W A; 1ELR A; 4JPS A; 4B93 B; 1N95 A; 4HS2 A; 4DI4 A; 1H6O A; 1ELW A; 1UG3 A; 1IYM A; 4ABN A; 1L5J A; 2LAH A; 3FUJ A; 4L1B A; 2OV8 A; 4J7W A; 5FQ7 A; 3H7H A; 1N4Q A; 3DRA A; 3RIB A; 3E32 A; 3B7U X; 3TL5 A; 4UUC A; 2YHN A; 4PS7 A; 2M13 A; 4E85 A; 4K5C A; 4KYO B; 2RI7 A; 5BUZ A; 2IOS A; 2VGY A; 2CRW A; 4XI1 A; 1HXI A; 4HXI A; 2E0I A; 4UI9 J; 3QOU A; 3QWP A; 4YBM A; 2M85 A; 1MJ0 A; 2L6J A; 3TAX A; 1Y6I A; 2FO7 A; 2MNZ A; 3FEH A; 1MX4 A; 2ZU6 B; 3CK8 A; 1WG0 A; 4AOF A; 2XS8 A; 2KBX A; 1KLX A; 1OCR E; 1B89 A; 2XZD G; 3ZFW A; 3QZV A; 3RAU A; 1HH8 A; 3ML9 A; 3B7T A; 3CQG B; 1RMD A; 1MBM A; 1LD8 A; 4ILI A; 3LRQ A; 3RTR B; 4R7L A; 4Q69 A; 2MYO A; 2VJ8 A; 5KJN A; 3B13 A; 4ZUX U; 4FLB A; 1BPO A; 4RQI A; 5LOZ A; 3U64 A; 3ASL A; 4U07 A; 3ULQ A; 2L6B A; 4MRU A; 4XI9 A; 4GMR A; 2AN6 A; 4BX9 A; 2CG2 A; 1IQR A; 3B95 A; 1WAO 1; 5BW8 C; 3D3M A; 3SHF A; 1TNU A; 4Q6F A; 3U4T A; 3TXN A; 2AXV A; 3BU8 A; 2ZGD A; 5CRV A; 3RO3 A; 3O4Z A; 1X5B A; 2EIM E; 3LEW A; 4U8Y D; 1GW6 A; 3K9I A; 4WNE A; 3SD5 A; 3N9L A; 2I2O A; 1FT2 A; 2CHX A; 5DIN A; 1WY6 A; 3SFY A; 2OND A; 5AAR A; 4DX6 D; 2P9P G; 2EGP A; 3O36 A; 1N54 A; 4LK9 A; 5JMN D; 5KJM A; 3NF1 A; 3JXJ A; 4OVU A; 2YHC A; 2XOC A; 4A49 A; 1A5E A; 4TRQ A; 3FUH A; 1CHC A; 1YMP A; 3FTV A; 2A5E A; 4R7E A; 3TWQ A; 3ONL A; 1KZO A; 2AW6 A; 2PUY A; 2J4B A; 3T6R A; 1SVX A; 2UWJ G; 4GYW A; 5ARF A; 3QAQ A; 4XKB A; 3HCT A; 4WZ3 B; 3TXM A; 1VD4 A; 2YYR A; 4N5Q A; 4YVO A; 3LDZ A; 4Z0R A; 1F62 A; 5G55 A; 4BES A; 3CVN A; 3ZYQ A; 3IV0 A; 3OXF A; 1HX8 A; 2DX8 A; 3MJW A; 4JB8 P; 4HOS A; 4CCG X; 2Y4U A; 3TGO A; 3APC A; 2J8S D; 3M7K A; 2EIK E; 3ZYK A; 1HU3 A; 4J8F A; 2LDR A; 4YAD A; 5H1U A; 5C11 A; 4FAD A; 3FDH A; 3Q15 A; 3DBS A; 1E96 B; 1BD8 A; 3SI5 A; 4DX1 A; 5FQ4 A; 2X6J A; 3JUI A; 1X81 A; 2CSV A; 5A7D B; 1OWM A; 4A4B A; 3C6W A; 1ZU2 A; 4L58 A; 3MKR A; 4B94 A; 2RFM A; 3VLF A; 2LO6 A; 2X6H A; 3PEU B; 4ANW A; 4CGV A; 5DIZ A; 3CST A; 1YA0 A; 5LCW J; 1FCH A; 2WXQ A; 4NRH B; 4UI9 K; 3UIO C; 1JM7 A; 2BAY A; 2V4H C; 1PC2 A; 3HG0 D; 3UM1 A; 3PHD A; 4H7X A; 3AG1 E; 2FO1 E; 3EB5 A; 1KPS B; 2HO1 A; 2XPY A; 3EHN A; 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