The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
123
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sequence length |
403
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structure length |
385
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Chain Sequence |
LLRRQFPIFHWSAANKVVYAVPPIVQEIKVTPIDQIIKPNDMLKSFPGPLGSAKLKKKDLTKWMETTIKSISENESSTDMTIWQLLEMKLNDKVNWKNISKLLYNSDELLMYLSQPFPNGDMIPNAYRLDINCQMRVLAFLQTGNHDEALRLALSKRDYAIALLVGSLMGKDRWSEVIQKYLYEGDQKELAHFLLLIFQVFVGNSKMAIKSFYTNNETSQWASENWKSIVAAVLINIPENNEDPLLIPPVVLEFLIEFGIFLTKKGLTAAASTLFIIGNVPLSNEPVMADSDVIFESIGNMNTFESILWDEIYEYIFSYDPKFKGFSSILPQKIYHASLLQEQGLNSLGTKYTDYLSSSVRKLPKKDILTINLTRELSEVASRLS
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Structure of the Sec13-Sec16 edge element, a template for assembly of the COPII vesicle coat.
pubmed doi rcsb |
| molecule tags |
Protein transport
|
| source organism |
Saccharomyces cerevisiae
|
| molecule keywords |
Protein transport protein SEC13
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| total genus |
123
|
| structure length |
385
|
| sequence length |
403
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| chains with identical sequence |
C
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2010-05-12 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| B | PF12931 | Sec16_C | Sec23-binding domain of Sec16 |
| B | PF12932 | Sec16 | Vesicle coat trafficking protein Sec16 mid-region |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Up-down Bundle | Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 | Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 | ||
| Mainly Beta | Single Sheet | N-terminal domain of TfIIb | N-terminal domain of TfIIb |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 3MZK B; #chains in the Genus database with same CATH topology 4ZEY A; 3KVB A; 1WFD A; 4U7I A; 1KF6 A; 2A2F X; 2M6B A; 4I43 B; 5AQM B; 2OTL 1; 4TX5 A; 4HTE A; 1XMQ T; 3CPW Z; 2V26 A; 4TNU A; 4LF5 T; 2PG8 A; 3N2O A; 5JRE A; 1Q86 1; 4IE5 A; 2WWV A; 5CJ5 A; 2Y8D A; 2LJL A; 1WII A; 3HOU I; 3UTK A; 2QRC B; 4EXT A; 5C8Y E; 1VQ7 1; 2X68 A; 4BA9 A; 5FL1 A; 1ZB8 A; 4DR3 T; 2L9Q A; 4PFP A; 5AQT B; 2A72 A; 3EI0 A; 3LBX A; 3VR8 A; 2E2J I; 2ODU A; 2KI7 B; 3PU3 A; 2I3C A; 4AXP A; 2BDE A; 2IZ3 A; 1QF8 A; 5C4X I; 2E2I I; 3GTM I; 5J2U E; 1WR0 A; 5LHI B; 3WAJ A; 4IDP A; 3EHZ A; 2JQQ A; 4ZHQ E; 5LB7 B; 4ZI2 C; 4QKN A; 5A2Q f; 3GMI A; 2JA6 I; 4MD7 A; 5F3J A; 5KXJ A; 1VLA A; 3K1S A; 3CME 1; 2ZM8 A; 3CK6 A; 4HEA A; 5HEO A; 3S17 I; 2KT9 A; 4I55 E; 2DE5 A; 3F57 A; 3RX6 A; 3S15 I; 1W09 A; 1YXR A; 4WW0 A; 1NJI 2; 5FXX A; 2LSG A; 1QSD A; 2CBJ A; 4JEH B; 5AQJ B; 3S1R I; 4LFC T; 1XNR T; 2NVQ I; 3E0Z A; 5FLX f; 3A5X A; 1DU2 A; 5JDF A; 4ZI3 C; 3WAK A; 4U3C A; 2E9X C; 3D0T A; 2QRE B; 5HXC A; 2HH7 A; 3RQU A; 4NUU A; 1VQL Z; 3K3Q C; 4GKK T; 4CI1 B; 2XZE A; 5HEG A; 1T72 A; 5AFU L; 2DWK A; 4M1P A; 1QUU A; 1TWG I; 4HFB A; 2XQ9 A; 1KC8 2; 1WJ2 A; 2JIW A; 2QYW A; 3HOY I; 5LA6 E; 3T8O A; 2LRK A; 5JDN A; 5HWY A; 3MA9 A; 5JRC A; 5JQG E; 4P0B A; 3Q5X A; 2A9U A; 2XAJ B; 2H88 A; 4IST A; 1L0V A; 4DV1 T; 3CCV 1; 3CXC Z; 3SFE A; 4YSX A; 2JJ9 A; 2JIR A; 4J2C A; 4MLK A; 1I94 T; 4DBQ A; 3AE7 A; 4NH1 C; 3CCM Z; 1VQK 1; 4RVF A; 2GTH A; 2VVN A; 5CA1 E; 4PJM A; 4JV5 T; 5AQK B; 3CMA Z; 3UU8 A; 4O2B E; 2JRK A; 2XAH B; 4UV9 B; 2N9D A; 1UUS A; 3ESL A; 2M48 A; 3SS1 A; 3P5J B; 2K48 A; 4EYU A; 4H9Q C; 4CXX A; 2CMR A; 4JI2 T; 3G4S Z; 2VKD A; 4OFZ A; 2WB5 A; 2Q51 A; 2D9D A; 4E2Y A; 4XAX B; 1P9N A; 4PFO A; 1E2A A; 2MOZ A; 2KIN B; 3CIR A; 3RKG A; 3M65 A; 2LE8 A; 2XAQ B; 4TNW A; 1IJ6 A; 4A93 I; 2M6I A; 2JA8 I; 5JR9 A; 4O4L E; 1MND A; 1K83 I; 4DUY T; 3NH5 A; 3N9L A; 3RRW A; 4KUM B; 3CCJ 1; 3LJC A; 5ADX L; 3HOW I; 1QVG Z; 5LXT E; 5HEH A; 5T64 A; 2HU9 A; 4O4J E; 1Y1V I; 2RIQ A; 4P1N A; 1FMV A; 1S94 A; 1SHZ C; 2V45 A; 1LQL A; 2VPX A; 2ZM0 A; 3OYX A; 3PUV F; 2QVA A; 3FBZ A; 2JPF A; 2DHR A; 2Q9Q D; 3AE5 A; 3KV5 A; 4KX6 A; 1E7P A; 2Q9Q B; 1VQ4 1; 5IT9 b; 2RP4 A; 3FZF B; 3AXJ A; 4DV5 T; 3U3I A; 1J5W A; 4IE0 A; 1VQ5 Z; 3CCQ 1; 4JEU B; 5F8P A; 3IHR A; 2D5U A; 5IYZ E; 1WLX A; 2WM9 A; 4ZXL A; 1YIT 1; 1FMW A; 1YQ4 A; 4H63 H; 1D0Y A; 2G0U A; 4C90 A; 5AQG B; 4E2X A; 2V6Y A; 2Y0S A; 3ANW A; 2IDO B; 2EHO B; 3NDI A; 4JI1 T; 1YHQ Z; 1N8R 1; 1I50 I; 1ZH1 A; 1LKX A; 1JJ2 Z; 4NUV A; 1OED C; 2NR4 A; 4WBO A; 1S72 1; 3ESW A; 3FHN A; 3CC4 Z; 2R6G F; 1K73 2; 4HWH A; 4U31 A; 3ONX A; 2VVS A; 3L8R A; 1VQN 1; 5J1G A; 3J80 f; 2VQF T; 2IW5 B; 3PUW F; 3RYH E; 5C3J A; 3NKZ A; 2YDQ A; 5IWA T; 4OHF A; 2WDR A; 2J4G A; 4QTT A; 4X65 T; 3SFD A; 4RV9 A; 3P4Q A; 1W0B A; 2IML A; 4PJN A; 1XWM A; 1USP A; 2X66 A; 3SRZ A; 1J1J A; 4JI5 T; 3CX6 B; 5L3F B; 1L1O C; 4ZS2 A; 5FVK A; 3L3P A; 2ACX A; 4L0R A; 4O2A E; 3K3N A; 3C4W A; 3IFU A; 1LVF A; 3PO3 I; 1N33 T; 2XAG B; 1VCS A; 4OX9 T; 3GTM S; 5ABF A; 3FXD B; 2FJE A; 2E7Z A; 1OED E; 2YU2 A; 3RZO I; 5CM2 M; 4AIS A; 2BS2 A; 4Z8X A; 4ZOL E; 3RH3 A; 3ONJ A; 5DJQ C; 4O8S A; 4U7Y A; 4BXX I; 2XQ8 A; 1UGO A; 4IGU A; 2NOX A; 2PFV A; 4OYJ A; 4LF8 T; 3P4S A; 4WBN E; 3D6W A; 1ZKE A; 3QB5 A; 3CML A; 1AA6 A; 1D1B A; 2CWO A; 4DV6 T; 1VQO 1; 1NAF A; 4Y52 I; 1RO0 A; 3HOX I; 1Z02 A; 3RC3 A; 4MD9 A; 2WWU A; 2XHE B; 2BJO A; 1MMA A; 4DR4 T; 2PM9 A; 4PW8 A; 4AKL A; 4QH1 A; 4A3B I; 5GON E; 3GKQ A; 4NXN T; 2H3R A; 1HCI A; 3IEE A; 3IA3 A; 2LEX A; 1XNQ T; 4CL1 A; 5T67 A; 3R84 B; 3RLF F; 2YK0 A; 4JI8 T; 1M1K 1; 5EK3 A; 2AKL A; 3EVY A; 4JI4 T; 3PJA J; 3I4M I; 5L3G B; 4L5G A; 3N9O A; 3MZL B; 3HKD E; 1ZB9 A; 4YJ3 E; 2JIO A; 3VR9 A; 3SWH A; 2CXF A; 2YDS A; 3KIF A; 5LHH B; 2V1D B; 3UT5 E; 4AI6 A; 4NBE A; 3M3Z B; 1PFT A; 4E2Z A; 4QXH B; 1X9B A; 2JMK A; 1M62 A; 4U33 A; 4NBF A; 3AA6 B; 2OOX B; 4IDQ A; 1HNW T; 1VQL 1; 2I6H A; 3FB2 A; 3ZT5 A; 1YIJ Z; 1Q7Y 2; 2N1G A; 2YOE A; 3AE6 A; 1XMO T; 4YSZ A; 3P4R A; 1KD1 1; 4NB8 A; 3CC7 Z; 2QRD B; 2VKJ A; 3CCE Z; 2RHB A; 2C5I T; 4LMJ A; 1OED A; 3EAB A; 3S16 I; 2LSI A; 3AEE A; 3BG0 B; 3EER A; 3ZKR A; 1TWF I; 2CPT A; 4F8H A; 4Y7N I; 2FJB A; 2X0L B; 3TDH B; 3LFM A; 2KLQ A; 2NWB A; 2IZ4 A; 3AA0 B; 3PUR A; 4U2Z A; 1I6H I; 2PMZ A; 3EDU A; 3G6E Z; 1Q82 2; 5FXW A; 5LGU B; 3CCM 1; 1QLB A; 4LF6 T; 1Y1V S; 2CE7 A; 2DI4 A; 3AEA A; 1XDO A; 5DQW A; 4HGY A; 3B5M A; 3FZK B; 2FJA A; 3K7A I; 3ZMU B; 3PV0 F; 3G4S 1; 3AE9 A; 4DV2 T; 2JQ9 A; 4A3J I; 2ZM2 A; 5FYM A; 2K5R A; 1YJN Z; 2LM9 A; 2WS3 A; 3CC2 Z; 2QA4 Z; 3I9W A; 3J81 f; 4DK1 A; 4AKI A; 3CCS 1; 3RIA A; 4LF7 T; 3CWZ B; 4H9R C; 1HNX T; 2O53 A; 2UXC T; 1R9T I; 3OBV E; 3NH8 A; 5CGM A; 2AYD A; 4TWH A; 3VKH A; 2O4H A; 1VQM Z; 5IP9 I; 4Z91 A; 3AA7 B; 3P7I A; 2CA5 A; 3ZN1 B; 2NTX A; 5FKY A; 4RS4 A; 1Q16 A; 1Z0P A; 2CHO A; 2XUE A; 3CCR Z; 4X64 T; 3C50 A; 3ZEF B; 2V7K A; 3LUS A; 3QWU A; 3AE1 A; 1K9M 2; 3AVR A; 2F4M A; 2JIQ A; 1YJ9 Z; 2YN6 A; 3VMH A; 1SIW A; 2UXX B; 4CN6 A; 5J0Z A; 4IT4 A; 3VKG A; 4MH4 A; 2VUR A; 4FI5 A; 1W2B Y; 1ZP0 A; 4DND A; 1VQ5 1; 3MXZ A; 4E33 A; 4CI2 B; 4B3S T; 3O9X A; 3HKZ A; 3Q9D A; 2KSR A; 1MIV A; 2CWY A; 2IC9 A; 1VRB A; 4P09 A; 4WZX A; 4X66 T; 1I6Z A; 1E1H B; 4BJM A; 3HOZ I; 2QRX A; 3RPU A; 4B3T T; 3NFZ A; 5JR9 C; 3ONL C; 4TV9 E; 4UF0 B; 3ZLI A; 5HXR A; 3MAC A; 2V7I A; 1KEY A; 5BR8 T; 3AA1 B; 2CXD A; 4UEL A; 2X0Y A; 4EAH A; 2RT9 A; 4ZS3 A; 5H6R B; 3TKL B; 4MFR A; 2XQA A; 2W2U A; 1XDP A; 3LK4 2; 4IIJ E; 2CLY C; 3FZH B; 2W62 A; 1BR1 A; 1UUR A; 3Q5D A; 1VQ9 Z; 2DE7 A; 5CB4 E; 4CXW A; 1OWA A; 3Q2M A; 1X79 A; 4GIW A; 4YTN A; 3NRX A; 1JNR A; 2OV9 A; 3CD6 1; 4F6R C; 2BG9 B; 3QUJ A; 4ASK A; 5ABG A; 4FJO A; 2ZMA A; 4GK0 E; 2I59 A; 4A56 A; 3ZJ1 A; 3HA4 A; 2WU2 A; 3AED A; 5EK4 A; 3CCU Z; 2VB6 A; 4MON A; 4B3R T; 4PK4 A; 5T6B A; 3UUX B; 4X1K E; 1VQP 1; 3ZJ2 A; 4QX8 B; 1VCT A; 3LG7 A; 3P8C D; 1IAP A; 2W4X A; 4LF4 T; 5LP6 E; 4CN1 A; 1ZV4 X; 2A3D A; 3H3M A; 2BBH A; 2VL8 A; 3SOL A; 4NIQ A; 1D0X A; 1MIY A; 2VPY A; 4C91 A; 2J47 A; 3RIU A; 2VPW A; 1Q81 2; 5JDL A; 2JR6 A; 1U4Q A; 3DP7 A; 3JAD A; 1S7M A; 2WB1 A; 1K8A 2; 4HFH A; 1FEW A; 3AEB A; 2AXD S; 2X51 A; 4HWC A; 2W03 A; 4X6A I; 1UCU A; 5AQR B; 1U5P A; 3EDV A; 1XZY A; 1N32 T; 4PAG A; 2DLR A; 5FXV A; 2H89 A; 4KP3 C; 2UUB T; 5FLM I; 4P0A A; 1WZN A; 4QTU A; 4HH4 A; 5C3E I; 1IJ5 A; 2JS4 A; 1X3W A; 2WP9 A; 1O3X A; 4NPP A; 1T98 A; 3ETU A; 4QH4 A; 1EZ3 A; 5L3D B; 3J7A 4; 1HTJ F; 3PUX F; 3TLS A; 3IF8 A; 3Q87 A; 4JI0 T; 1UX5 A; 2E8I A; 1HNZ T; 2J6A A; 4RVD A; 3UU6 A; 2P9B A; 2NAP A; 3AE3 A; 3GCF A; 3ZMT B; 3C98 B; 4DV7 T; 3FZL B; 2LEH A; 4IE6 A; 3RHW A; 4EYY R; 1YIJ 1; 4AKH A; 2YEV C; 4NBA A; 3B13 A; 2BG9 E; 3KDS E; 5A1L A; 4DQY B; 3C4X A; 2MTQ A; 3I1A A; 4EV6 A; 1ZEE A; 3CC7 1; 3IR7 A; 2X9H A; 3AB3 B; 3F3P C; 1KK7 A; 3CCE 1; 1YI2 Z; 4BBR I; 3N2K E; 1YW0 A; 2W66 A; 4OYK A; 1Y01 A; 1CHU A; 3NWI A; 2LFU A; 4QWN B; 5IT9 f; 1NEN A; 2H7V C; 1W9R A; 3A7M A; 2UU9 T; 4G2A A; 2JIP A; 2LOS A; 3M3Y I; 4MD8 A; 3OW2 Y; 4E31 A; 3G6E 1; 3ZSS A; 3KV6 A; 2XQ7 A; 4LFB T; 2WY2 A; 3RI5 A; 4ANJ A; 3RGL A; 1TWA I; 5LHG B; 3O4X E; 3U50 C; 3MKD A; 3BQI A; 5HEJ A; 2LHN A; 4JBW F; 5HAX A; 2W63 A; 2AE9 A; 3NDJ A; 2OOY B; 3HI2 A; 1Z01 A; 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