3FI7A

Crystal structure of the autolysin auto (lmo1076) from listeria monocytogenes, catalytic domain
Total Genus 60
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
60
sequence length
177
structure length
177
Chain Sequence
EPVFSLEQNRDDAMAALASTPTFQQTFINSISTQAMDLCKKYNLYPSVMIAQAALESNWGRSELGKAPNYNLFGIKGSYNGKSVTMKTWEYSDSKGWYQINANFAKYPSHKESLEDNAKKLRNGPSWDSSYYKGAWRENAKTYKDATAWLQGRYATDNTYASKLNTLISSYNLTQYD
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Structural basis for autoinhibition and activation of Auto, a virulence-associated peptidoglycan hydrolase of Listeria monocytogenes.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Lmo1076 protein
molecule tags Hydrolase
source organism Listeria monocytogenes serovar 1/2a (strain atcc baa-679 / egd-e)
total genus 60
structure length 177
sequence length 177
ec nomenclature ec 3.2.1.96: Mannosyl-glycoprotein endo-beta-N-acetylglucosaminidase.
pdb deposition date 2008-12-11

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01832 Glucosaminidase Mannosyl-glycoprotein endo-beta-N-acetylglucosaminidase
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 3fi7A01
4.10.80.30 Few Secondary Structures Irregular Rhinovirus 14, subunit 4 DNA polymerase; domain 6 3fi7A02
5F16A 4IATA 3LZ2A 4NGJA 1LJKA 4M6DA 3TXJA 3BKVA 1D6PA 3HBEX 3LYTA 3T36A 5KKIA 1A4VA 5FHWA 1LJHA 1GF7A 2XBSA 1CJ7A 1PS5A 1AT6A 4OOTA 3A3RX 4XJIA 4D9ZA 4B49A 1GB8A 4WM4A 1LYSA 2BAAA 1JPOA 1LZTA 1XEKA 2FBBA 4HP0A 3OK0A 1NKHA 1QTKA 1IP5A 2DQCY 1GWDA 5KXMA 5HMVA 1LYYA 1IC4Y 1LSBA 1LSMA 1B7PA 1OUJA 3EMSA 4LYMA 2BQDA 1F0WA 1VEDA 4CGEA 1HSWA 4H94A 3ZVQB 1C08C 3AW6A 1LZGA 4NEBA 4OWCA 4A7DA 4WG7A 4KT3A 1GB3A 2FBDA 1DKJA 1DQJC 1GE2A 2VB1A 1OUHA 1NQIA 4NFVA 3ZEKA 1REYA 4Z98A 1LPIA 2ZYPA 1JKDA 4IJ4A 2G4NA 4QGZA 1LJGA 1NBYC 3P65A 4WM2A 5KXRA 1LZNA 4H93A 4J1AA 1VDPA 1LCNA 1REZA 2BQFA 1LSNA 2DQGY 4HJZA 1RE2A 4YEOA 1D0LA 1AZFA 2W1YA 1IWWA 1YIKA 4G49A 4KXIA 4MR1A 1FDLY 1FLQA 1LZDA 1WTMA 3AZ5A 3M3UA 1IWXA 1GEVA 4HTQA 1KIPC 1FLWA 1LZSA 1LZ1A 1OUGA 1WTNA 2LZTA 4OWEA 5KXKA 4B4IA 1GFUA 5HNCA 4H9FA 4LYBA 194LA 5LYTA 1LZCA 4OWAA 2DQAA 3GXKA 1JISA 3WVXA 1JJ3A 4AXTA 2ZQ4A 2HECA 2YBJA 1LJFA 1C45A 1UC0A 2HEBA 1NF5A 1CJ6A 4U3XB 5ILFA 3EBAB 1OUFA 5FSTA 1IR7A 4DD1A 2YBMA 5HMJA 1LSDA 1KIRC 1OUCA 3A92A 2ZIJA 4HTNA 4ML7A 4I8SA 1DPWA 1SLYA 2A7DA 2ZNXY 1KIQC 3G3BB 1BB5A 2XTHA 3WMKA 1GHLA 4DWXA 4NGVA 1GDWA 1IO5A 3WPJA 4H91A 4WM1A 1LJNA 5A3EA 3CB7A 1GFGA 5I54A 1LSFA 1B0DA 1YL0X 4DD3A 3AYQA 4QDNA 2NWDX 3B72A 4H8XA 4LYCA 4CJ2A 2ZWBA 1LYZA 1V7SA 2MEDA 2WARA 1QUSA 1GFRA 3EXDA 2MEFA 5LYZA 1GE0A 1REMA 3TXGA 4ETBA 4W94A 3TXDA 4WG1A 2DKVA 1WQRA 5LVKA 1HFZA 4LT2A 1YL1X 1YKYX 2I6ZA 1LSCA 1IP6A 1GFHA 4YOPA 5E4PA 3TMWA 1IEEA 1UIGA 3AGIA 3ULRA 5KXTA 1YROA 1LMQA 4CHXA 4H9BA 4XJDA 1OUDA 1B5XA 3A8ZA 3A3QA 4R6CA 5B1GA 1GEZA 4XN6A 1GB9A 5KXYA 2PY5A 4OOOA 1CKFA 5KXZA 5L3IA 1HFXA 2YBLA 1OUAA 1LJIA 1G7MC 5LVGA 1D6QA 5ILCA 3B0OA 2Z12A 4OW1A 1FLYA 2BQAA 133LA 3IJVA 1SQ2L 5E9RA 135LA 2CGIA 1W6ZA 207LA 4XYYA 1IVMA 1EQ4A 1EQ5A 1LZ5A 2EPEA 1GB0A 1T3PA 4LYTA 3WXTA 5M1YA 5LIOA 1JTOL 1IOCA 3A96A 2AUBA 4YEMA 1B5WA 1LZBA 1UUZC 1HENA 5B1FA 4N0JA 2BQGA 1WQNA 3J4GA 4RW2A 1HERA 1GE3A 1UIBA 5APEA 4N1EI 1JTTL 1C7PA 2BQNA 3J6KA 4NWEA 5KY1A 5LINA 4XJFA 4DD9A 1HEMA 132LA 3GXRA 6LYZA 1XI1A 3QY4A 3RT5X 3WW5A 1E8LA 2YBHA 3FE0A 1I20A 1NHEA 3TXEA 5II3A 1DKKA 5FCPA 1TBYA 4H9CA 1D9UA 1B5VA 1CKHA 1JIYA 1GB7A 3W6DA 1IP4A 1JEFA 1JKBA 3A6CY 4DDAA 4NGKA 3CSQA 1UCOA 4WLYA 1BWIA 1LMAA 2BPUA 3AZ6A 3M18B 1GBWA 3QE8A 1HMKA 5I4YA 1LSZA 1LSEA 1ZMYL 4HPEA 1HEPA 2YBIA 4J0LA 4ET9A 2CWIA 2CJLA 1JKAA 3D9AC 2IHLA 1H6MA 1CNSA 1GE4A 3W6AA 4RLNA 3WYHA 4BAFA 1QDTA 3TMVA 1GAYA 1WVUA 4II8A 1NDGC 2D6BA 5C6IA 1ZVHL 1GXXA 4ZEEA 1B7SA 4R0FA 4WOAA 4TSBA 1KXXA 1LSGA 4EOFA 1B7MA 1NDMC 193LA 1QTEA 1WQOA 1LJ3A 2FYDA 3W6CA 4NHQA 4NHIA 1UIFA 1N4FA 1FKQA 1ZV5L 1JHLA 4NSIA 4HTKA 1LMNA 1OUBA 1B5UA 1XGRC 1IY3A 4DDCA 1NMMA 1GF9A 1HHLA 2EKSC 3B0IA 4G4HA 1IX0A 4XJHA 5B06A 4PGJB 1OUIA 2HTXA 5LVHA 5I4WA 1GBYA 4C5FA 4WM5A 1BB7A 1JJ0A 1LMTA 4YM8A 1YKXX 2F30A 4WLXA 3MGWA 1CKGA 1VDTA 1LHMA 1J1OY 4NGIA 3WULA 3WPKA 2W1MA 2BQBA 4H9HA 1PZYA 1KXWA 4WLTA 2MEGA 3T6UA 1GB6A 3HFMY 5I5QA 3WU9A 1G7HC 4ZFPA 1GF3A 1QIOA 3AGGG 4LT1A 5LYMA 1XHZA 2IFFY 1BVXA 1UA6Y 1LHKA 208LA 4X3BA 4XJBA 3WH1A 1UIAA 2BLYA 4LYZA 3CT1A 3WPLA 5L9JA 1UACY 5APFA 2HU3A 2Z38A 1IWVA 2Z39A 3VWOA 3ATNA 1LMCA 3G3AB 5IDDA 2BLXA 1DI4A 1AM7A 1QDRA 1VAUA 1IWTA 1AT5A 1LAAA 1JSFA 3ATOA 3CT0A 4W96A 5F9XA 5FEKA 5LVJA 1HELA 1QQYA 4IASA 3TXKA 1C43A 5K7OA 4WMGA 2PZSA 1F10A 2B5ZA 3TXIA 2LYMA 2HEAA 4C3WA 2Z18A 4NGOA 4WL6A 1DI3A 1GF0A 1JITA 3E3DA 1BVKC 4ETCA 5KXWA 1HEQA 1IP1A 1GD6A 1REXA 2BQEA 2C8PA 2CDSA 2F2NA 3CSZA 1LZ9A 4H9IA 1NWGA 5DM9A 3TXHA 9LYZA 2W1LA 3A91A 1T6VL 5KJ9A 2Z2EA 4L41A 1LHLA 1IP3A 1XSFA 1IR9A 3LZTA 3N9AA 4WL7A 5C6LA 8LYZA 3EO5A 4HJVA 2GV0A 1UIDA 5LA8A 5F14A 2H9JA 6LYTA 1IR8A 4RDSA 1JUGA 1VATA 4B1AA 4DYGA 1JKCA 2EIZC 2MEIA 2BQMA 4YENA 5B05A 2PW9A 3W6EA 2DQEY 1Z55A 1LZ4A 4UWNA 4HJYA 153LA 3AJNA 3RZ4A 4TUNA 4MSTA 2LYOA 5AMYA 4LT3A 4NHPA 5DL9A 3AZ4A 4NG1A 4GN4A 4LYOA 2XJWA 3WW6A 4KL7A 4NGYA 3AGHA 5LXWA 1B7OA 1J1XY 1IWYA 2MECA 4PRQA 1BWHA 1LJJA 1IWUA 4NHTA 4P2EA 1DPXA 3TXFA 1YILA 1ZVYB 2I26L 4NGZA 1WQMA 3A93A 4PJ2C 4UWUA 4N8ZA 3TXBA 3K3TA 1IIZA 1JSEA 2LZ2A 134LA 3WU8A 4NGLA 5B59A 2D4IA 4NHSA 4OWHA 2DQDY 3P4ZA 1GFAA 3RNXA 2G4QA 1LSYA 1W08A 4FJRA 4ANRA 1GB2A 2F4AA 1DI5A 4G9SA 3W6FA 1B9OA 1EL1A 4NSGA 2Z37A 4QEQA 5EBHA 5KXPA 2R7FA 2YVBA 1LHJA 4N5RA 1LKSA 1GF4A 1GFJA 3AB6A 1IOQA 3F6ZA 1BB4A 4TX7A 1YAPA 3WXUA 5KXLA 1GFTA 1YAQA 1B7NA 1HFYA 1JWRA 1LYOA 1KXYA 1GBOA 4GCFA 4G4BA 4AGAA 1I1ZA 3B6LA 1JTPL 1TEWA 3N9CA 1CJ8A 4Z41A 4HSFA 1AKIA 2A7FA 1A2YC 3OJPA 3KAMA 4BS7A 4NG8A 1O23A 5JENB 1YAMA 2HEFA 1G7IC 4XJGA 1YQVY 2PC2A 4GN5C 5A3ZA 1LZ8A 4GN3A 4Z46A 1DZBX 1I56A 1LZAA 5DN4A 5LVIA 3CT5A 1LSPA 5IELA 2Z19A 2LYZA 2Z2FA 3BKHA 4DD0A 3CSRA 1LJ4A 3QNGA 5J7CA 4DT3A 1GBZA 2ZNWY 7LYZA 4HV1A 1ALCA 2DQFC 4GCBA 1GDXA 4XENA 4I0CA 1IP2A 1WQQA 2G4PA 2H5ZA 4WM3A 2MEEA 3LYMA 1IOSA 2X0AA 4H90A 5APDA 1OP9B 1XGUC 1CJ9A 1XGPC 3CQLA 3P64A 4LT0A 3WVYA 3WUNA 1B5YA 2ZIKA 1GF6A 3SP3A 3P66A 2LHMA 1GXV2 1V7TA 3WUMA 4H9AA 4TSCA 2HEEA 1BB6A 2F4GA 2PYLA 1XGTC 1RI8B 4DDBA 2D4KA 5APCA 5LAGA 1LZYA 2C8OA 4N9RA 1QSWA 4H92A 1BHZA 5F9UA 5KXXA 2HU1A 1BB3A 4XADA 3HBDA 1GB5A 2YDGA 1LZEA 1HEWA 1BWJA 1XHXA 1LKRA 1GAZA 1LMPA 2ZYCA 2W1XA 3TMXA 1LHHA 1IORA 5HQ1A 1LTMA 4M4OA 2MEHA 4LZTA 5LA5A 1B5ZA 4H1PA 4FDYA 4BADA 3TMUA 2FYCA 4WLDA 1UICA 1XEIA 1HEOA 2ZQ3A 4YF2A 5DN5A 4H8ZA 4LGKA 2ZILA 1CKDA 4NY5A 5DLAA 5B07A 2YSSC 1WQPA 2BQOA 3LYOA 4E3UA 5D5CA 4ZIXA 1IOTA 1WVVA 1UBZA 1F6RA 1CKCA 1GPQC 1HMLA 2MEAA 4O34A 4RLMA 4NGWA 5L3HA 3A95A 4B4JA 1D0MA 1HF4A 3LN2A 4PRUA 1GBXA 5I53A 1B7RA 1MELL 2Y8PA 1YKZX 2MEBA 1QUTA 4CFOA 4CFPA 1C10A 1GBSA 2BQKA 3W3EA 1OQMA 1BQLY 3AW7A 4ETDA 2YBNA 1VFBC 2BQHA 4WM6A 4UWVA 2HEDA 3ZVQA 3HBHA 3IWRA 4GCEA 4B0DA 5KKJA 4TTDA 1UIEA 5LAFA 1DXJA 1HSXA 1RJCB 1XFPL 2D91A 2DQJY 1LSAA 1LZRA 1GF8A 3W6BA 4QY9A 1FLUA 1LJEA 3LYZA 1VDSA 2BQJA 1TCYA 2I25L 1EQEA 2Q0MX 1GFVA 4BAPA 2D4JA 2DQIY 1IWZA 1UIHA 2XBRA 3A94A 1QSAA 3WUAA 1C46A 1TDYA 1YANA 1B7QA 3A6BY 3IJUA 4HPIA 1D0KA 1F6SA 1GFKA 2DQHY 4J1BA 4KPMA 1IC5Y 5FELA 4DD2A 4LFPA 1OUEA 4HV2A 4OWBA 5FDJA 3P68A 2RSCA 3RW8A 1H87A 3WL2A 5KXNA 1HC0A 5KXSA 1GFEA 1XGQC 1XEJA 1LOZA 1IC7Y 1NBZC 4MCKA 3LHMA 5D5FA 1B7LA 4N1CC 4NIJA 3D3DA 5IHGA 4GCDA 4NSHA 5F81A 1JJ1A 4G4CA 4EMNA 3FI7A 1GF5A 1J1PY 1G7JC 4GCCA 3N9EA 4RW1A 3WU7A 4DD7A 3RU5A 154LA 2N5ZA 1B2KA 1VDQA 3AZ7A 4WO9A 4GLVA 4J7VA 2HUBA 1HNLA 2BQLA 3A67Y 4ETAA 1GE1A 2H9KA 5HNLA 3A90A 1FKVA 4NSJA 5T3FA 1FN5A 4H8YA 1IY4A 1G7LC 4H9EA 4B4EA 1IP7A 1P2CC 1LHIA 4ETEA 2BQIA 1FBIX 5C6JA 1LMOA 1BGIA 2EQLA 4DC4A 4TWSA 1YAOA 4NWHA 5I4XA 2BQCA 2PYJA 1TAYA 1LZ6A 2DBTA 4LFXA 5KXOA 4PPOA 4WO6A 5HLLA 1RCMA 4Z3MA 1MLCE 4PHIA 4ET8A 4GLAA 3B0KA 1RFPA 3A34A 2EX3A 1INUA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1OVKA 155LA 5F16A 1LJKA 2B72A 1D6PA 3HBEX 210LA 1A4VA 1PS5A 1AT6A 1NA1D 2IGCA 4WM4A 1LYSA 1JPOA 3JBG4 1KW5A 1IP5A 1GWDA 4DQ7A 3EMSA 143LA 1F0WA 1HSWA 4OWCA 4A7DA 3GUOA 2FBDA 1DKJA 3ZEKA 1OUHA 1NQIA 4Z98A 1L89A 4I7KA 3C81A 2G4NA 2RS34 2HWC4 3GUPA 4J1AA 3AE6A 1LSNA 1D3NA 1WTMA 1AL24 5KXKA 4B4IA 5HNCA 5LYTA 3GXKA 1L29A 4AXTA 2ZQ4A 1C45A 5ILFA 4IAPA 1OUFA 5FSTA 211LA 2YBMA 3A92A 4HTNA 4I8SA 3V2YA 1DPWA 1ZOYA 1KIQC 3WPJA 3CB7A 1GFGA 2RBQA 1RMU4 1EPYA 4QDNA 3B72A 1HRI4 4CJ2A 2WARA 3EXDA 2MEFA 4ETBA 1WQRA 1YL1X 1LSCA 3TMWA 229LA 1LMQA 4H9BA 1RUE4 2PY5A 4XN6A 1G0LA 5KXYA 3AEEA 1CKFA 5KXZA 1EAH4 2YBLA 1G7MC 1D6QA 5ILCA 3B0OA 1JQUA 1L30A 212LA 2BQAA 133LA 1SQ2L 2QB0B 1ASJ4 1L60A 1W6ZA 1IVMA 1EQ4A 1QUHA 196LA 119LA 1KW7A 2RBOA 3A96A 1UUZC 1HERA 5APEA 1L97A 3F8VA 4NWEA 5LZMA 1LYHA 4DD9A 1HEMA 132LA 3GXRA 6LYZA 1EV14 3QY4A 3RT5X 1E8LA 3TXEA 140LA 4H9CA 1B5VA 1CKHA 3W6DA 3A6CY 1C6QA 1L50A 1QT5A 3AZ6A 3M18B 1GBWA 2WDQA 1LSZA 1ZMYL 4HPEA 4J0LA 2CWIA 2IHLA 3AEDA 2O4WA 2FBWA 4BAFA 4EKSA 1NDGC 2D6BA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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