3FI7A

Crystal structure of the autolysin auto (lmo1076) from listeria monocytogenes, catalytic domain
Total Genus 60
204060801001201401600102030405060
Genus TraceResidueGenus

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
60
sequence length
177
structure length
177
Chain Sequence
EPVFSLEQNRDDAMAALASTPTFQQTFINSISTQAMDLCKKYNLYPSVMIAQAALESNWGRSELGKAPNYNLFGIKGSYNGKSVTMKTWEYSDSKGWYQINANFAKYPSHKESLEDNAKKLRNGPSWDSSYYKGAWRENAKTYKDATAWLQGRYATDNTYASKLNTLISSYNLTQYD

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
AH2 (89-108)AH3 (112-123)3H1 (124-126)TIV1 (133-136)TI3 (137-140)TI1 (128-131)TVIa1 (132-135)S1 (149-158)TI2 (129-132)AH4 (176-189)TIV2 (144-147)TI'1 (145-148)S2 (162-171)EMPTYTIV3 (158-161)AH1 (60-70)Updating...
connected with : NaN
molecule tags Hydrolase
source organism Listeria monocytogenes serovar 1/2a (strain atcc baa-679 / egd-e)
publication title Structural basis for autoinhibition and activation of Auto, a virulence-associated peptidoglycan hydrolase of Listeria monocytogenes.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Lmo1076 protein
total genus 60
structure length 177
sequence length 177
ec nomenclature ec 3.2.1.96: Mannosyl-glycoprotein endo-beta-N-acetylglucosaminidase.
pdb deposition date 2008-12-11

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01832 Glucosaminidase Mannosyl-glycoprotein endo-beta-N-acetylglucosaminidase
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 3fi7A01
4.10.80.30 Few Secondary Structures Irregular Rhinovirus 14, subunit 4 DNA polymerase; domain 6 3fi7A02
5LVKA 1JKCA 4L41A 4OW1A 3LYMA 3N9AA 135LA 4TTDA 3AGGG 4H9IA 1FLUA 3IWRA 4G49A 4H8XA 1KXYA 5KXTA 1HC0A 2PZSA 1GB5A 4NSGA 1B5UA 3WU7A 3CSZA 2ZQ3A 3AZ6A 1T6VL 1LMTA 1MLCE 1TEWA 2DQAA 3M18B 1LZ1A 5I54A 4NGWA 5B1GA 2DQEY 2XBSA 3AGIA 3LN2A 2W1XA 2YBIA 1XGQC 1NWGA 1LZ5A 4LYOA 3WMKA 4LYCA 3LYZA 1LJHA 1SQ2L 2WARA 1WQNA 1JSEA 2F30A 1B7PA 2PW9A 2HEAA 1GE3A 3ZVQB 1BGIA 1XHZA 4NG1A 1LKRA 2BQMA 2W1YA 1GAZA 1WVVA 2ZNWY 4CHXA 1GF8A 3IJVA 1W08A 4GLAA 4N1EI 1I1ZA 4D9ZA 1BB4A 4LYTA 3T6UA 1DI4A 1DQJC 1IR8A 3CT1A 2ZIKA 1W6ZA 2ZNXY 5KXYA 2Z18A 4DD9A 4ZIXA 5F9UA 2X0AA 5B1FA 5A3EA 1GBSA 2Y8PA 1G7JC 1LHJA 4RW1A 4NGKA 4DC4A 1UIFA 3W6DA 1JJ0A 1JISA 5AMYA 1J1PY 5HMVA 1JJ1A 5KXOA 1LYYA 1WTMA 2BQGA 2BPUA 1UICA 2C8PA 4R0FA 1LZRA 1BB7A 1V7SA 1GFGA 4G4CA 5KY1A 3A93A 1WQMA 1GHLA 5KXRA 1ZMYL 1JKAA 1B5WA 3WPKA 1A2YC 1KXXA 1LSPA 3LHMA 3W6BA 1DI5A 2G4QA 4H90A 4NSIA 1GE0A 1LTMA 2FYCA 1IIZA 3N9CA 5F14A 2D4JA 1GDWA 1G7IC 1KIPC 3TMXA 1IP3A 1FDLY 4QGZA 2CJLA 1IWXA 4WG1A 1ALCA 4AGAA 4R6CA 1LMPA 1LSFA 1B7NA 2F4AA 1GFRA 1LHHA 4WLXA 5DM9A 4IASA 1YAMA 1IR7A 3BKVA 1OUBA 3D9AC 4YEOA 194LA 4NWEA 4Z98A 3VWOA 3WL2A 3WU8A 1LYOA 3EMSA 3TXHA 3FI7A 1OUIA 1HSWA 1LYZA 1HHLA 1YROA 4N8ZA 1OUCA 4WG7A 3WVYA 4NGIA 3AZ4A 4NGJA 4EMNA 4OWAA 1HEMA 1LZSA 5LAGA 2DQCY 1C08C 1DKJA 1JUGA 1UIHA 4H9BA 4W94A 1AM7A 1FKVA 1GE4A 4DD7A 2PY5A 3LZ2A 1CKHA 3WUNA 3TXFA 2D4KA 1YKYX 4J7VA 4TSBA 1GF9A 1YANA 2EPEA 1JEFA 4H9AA 4W96A 5I53A 4XJBA 3T36A 4C3WA 1LZAA 5LINA 4DDCA 1BHZA 1GFUA 2YDGA 1OUEA 2MEBA 1LMNA 3BKHA 4GCCA 4NIJA 5KXMA 1JTOL 2BQIA 3D3DA 2LYOA 1I20A 4GCEA 5HNCA 4WLYA 3ZEKA 3LYOA 4NHTA 1LZDA 4RW2A 1LYSA 1IP2A 3QY4A 3P4ZA 4WLDA 3P65A 1IC7Y 1GPQC 1PS5A 2A7FA 2FBDA 5IELA 1MELL 207LA 4XJFA 1C45A 1LSCA 2HEBA 3CT0A 3AW7A 1HFZA 5D5CA 5FELA 3QE8A 3RT5X 1A4VA 1TDYA 3A6CY 1GFVA 1FLQA 2H9KA 4U3XB 1GBOA 4WO6A 4NGZA 1IWTA 5LYZA 1Z55A 7LYZA 1LZCA 4TX7A 4ANRA 4CFOA 2LZ2A 4FJRA 1GE1A 1LJ3A 208LA 1CJ9A 1XEJA 1GBXA 1LSMA 2CDSA 4ZEEA 4H1PA 1GB3A 1GB9A 4WM5A 4UWVA 1BWIA 4H9FA 4GN4A 1IWWA 4HSFA 1IEEA 5M1YA 2MEIA 1B7RA 3EBAB 1E8LA 1NBZC 3WPLA 5HMJA 4AXTA 4LFXA 1XGTC 1ZVHL 4UWUA 4NGVA 5KXPA 4PJ2C 5DN4A 1CKFA 1B5VA 4HPIA 4YEMA 2VB1A 3W6CA 4B4EA 1LSGA 5D5FA 3TXBA 1UUZC 3W6FA 1FLWA 1HF4A 1YIKA 4M6DA 3ZVQA 2I6ZA 3WH1A 1DPXA 132LA 1WQOA 2BLYA 3CSQA 3OJPA 4II8A 1AT5A 2MEFA 4NG8A 5E9RA 5T3FA 2HEFA 2F2NA 4H8ZA 5KXSA 3TXKA 1XSFA 1OQMA 1VDTA 3ATNA 1XGPC 1LZGA 4J0LA 1HEOA 3HBEX 3TMVA 1LJEA 1HEPA 4NSHA 4WM2A 5I4WA 1CKCA 1KIRC 5C6LA 4H9CA 1GF6A 4DD0A 2ZQ4A 4XN6A 5JENB 5F9XA 4A7DA 1B7MA 1GBYA 5LXWA 1IOTA 4DDBA 1SLYA 3P66A 1V7TA 1IWUA 1VFBC 1B7OA 1EQEA 1LZEA 1IP4A 4GN3A 4J1BA 1YQVY 5F16A 4DWXA 8LYZA 5IHGA 1QDTA 2R7FA 3W6EA 6LYTA 4N0JA 2ZIJA 4YENA 4XJGA 5B05A 5B07A 4MCKA 4XADA 1QDRA 2ZWBA 5KXXA 1IOQA 3A91A 1LHLA 5ILCA 1DXJA 4DDAA 1P2CC 2D6BA 3AB6A 4MSTA 4RLMA 3A95A 2DBTA 5A3ZA 1B5YA 1GFHA 1AKIA 4C5FA 2XJWA 2ZYCA 3SP3A 1QSWA 2BQJA 4BADA 5B59A 3A67Y 2D4IA 1D6QA 3B72A 1LMOA 1LMCA 1OUDA 1WTNA 4TWSA 1RFPA 1YAPA 2CGIA 3HBDA 1LHKA 1CKGA 3P68A 1JTPL 2BQKA 4ET9A 4N1CC 4LT2A 4NEBA 2XBRA 3A3QA 1HSXA 1IORA 5F81A 4DD3A 3LZTA 2B5ZA 1CKDA 1LZYA 4WMGA 4DYGA 1XEKA 4GN5C 3TXIA 5EBHA 1QTEA 4GCDA 3TXJA 1GWDA 1IVMA 5LYTA 1UIEA 1LZ6A 2I25L 1UIAA 3M3UA 1EL1A 1LPIA 4WM3A 5KKIA 3AJNA 2EX3A 2G4PA 1NQIA 5C6IA 1AT6A 1ZVYB 1IOSA 3B6LA 3RW8A 1BB3A 1B0DA 1FN5A 2DKVA 1PZYA 4H92A 1JIYA 2BQEA 4CJ2A 1GB7A 1BB5A 1VDSA 2DQDY 1TBYA 3TXGA 4WM6A 1UCOA 1TAYA 2NWDX 3FE0A 4HTNA 2HUBA 3ULRA 3WULA 3WXUA 1IP1A 1HEQA 3WUAA 4H9HA 2H9JA 3WPJA 4NGLA 1GF4A 1IY4A 1DKKA 4KL7A 4G4BA 5LVGA 1GXV2 3AW6A 3WVXA 4ZFPA 3OK0A 3LYTA 3AYQA 1WVUA 2PYJA 4GCFA 3QNGA 5DL9A 4GCBA 4LGKA 4NHSA 2EQLA 1OUGA 3A96A 4NFVA 5LA8A 2N5ZA 4J1AA 1INUA 1J1OY 5KXLA 1UBZA 1JHLA 1LOZA 4HJYA 2ZILA 4ETAA 2RSCA 4ETDA 1DZBX 1T3PA 1RJCB 1IWYA 5DLAA 4EOFA 5FCPA 5K7OA 3AGHA 1XFPL 1XEIA 2YSSC 1HERA 2BAAA 4XJIA 2DQIY 5E4PA 4B0DA 4Z46A 3F6ZA 3KAMA 4ETBA 3WXTA 3B0OA 1BVXA 2YBNA 4H91A 1BWHA 3A8ZA 1GB6A 4OOTA 4N9RA 4HJVA 1CNSA 1GB8A 1IR9A 1LSNA 3N9EA 1EQ4A 3RU5A 3A92A 1LSZA 1AZFA 5LVIA 3TXEA 3W3EA 3WYHA 1LSAA 2YBHA 2MEEA 1B5ZA 1EQ5A 1HMLA 4Z41A 1LSBA 4NSJA 5J7CA 1FBIX 1LJGA 4IATA 1GE2A 1LKSA 1O23A 1QSAA 2FYDA 4XENA 1D6PA 1OUFA 2Z2EA 3A90A 4BAFA 1QTKA 1TCYA 1N4FA 2YVBA 1OP9B 4QEQA 2Z19A 1C43A 3HFMY 1BWJA 1D9UA 3B0KA 4DD2A 1LJIA 3CSRA 2ZYPA 1NHEA 4H94A 5KXZA 1JKDA 1GEVA 1IC5Y 3MGWA 4NHPA 4WLTA 4NGOA 1LHIA 1JPOA 1UACY 2BQOA 4HV2A 4WOAA 1JSFA 3TMWA 5LYMA 1D0KA 1UA6Y 1JWRA 3K3TA 5KXKA 1GFTA 2DQGY 2Z2FA 1QUSA 1CJ6A 1LJKA 1QUTA 2Z37A 1LZBA 3IJUA 4LT0A 4I0CA 1NBYC 3WUMA 4BAPA 4NWHA 2Z39A 1JITA 3J4GA 3EXDA 4P2EA 2Z38A 4OWCA 2AUBA 1GB2A 2MEAA 4DD1A 4LZTA 2HECA 1FLYA 4IJ4A 1GBWA 2LZTA 2BQNA 1LSEA 1WQRA 1GEZA 3G3AB 1GB0A 1HFXA 2HU3A 4KPMA 4LT1A 4NGYA 4TSCA 2CWIA 3TXDA 1LJJA 3RZ4A 4CGEA 2BQCA 2XTHA 3E3DA 5KXWA 1GFKA 1H87A 1YL1X 1VDPA 1GXXA 4NHQA 3A6BY 4RDSA 5IDDA 4KT3A 1OUHA 5KJ9A 3A3RX 4KXIA 1IC4Y 2W1MA 5APFA 1B2KA 2H5ZA 4BS7A 9LYZA 1H6MA 2BQFA 1C10A 1HFYA 2BQAA 1NDGC 5FEKA 2MECA 1YL0X 3AZ5A 1LJNA 3A94A 1C7PA 1QIOA 2BQLA 1GDXA 4LYZA 2LYZA 1LHMA 4B4JA 1F6SA 1YKZX 4XJDA 2MEHA 3AZ7A 4E3UA 4WL7A 5ILFA 2G4NA 4G9SA 2YBMA 3TMUA 1C46A 2DQFC 4RLNA 4X3BA 1GF0A 153LA 1B5XA 1G7HC 6LYZA 1LJFA 4LFPA 5LVHA 1ZV5L 1IWZA 4OWHA 1VATA 1GF7A 1B7LA 1LCNA 3WW5A 1JKBA 4NHIA 4OWEA 3GXKA 1IP5A 1FKQA 2DQHY 1QQYA 3W6AA 5LVJA 1IY3A 2IFFY 2PYLA 5APCA 2MEDA 1VDQA 4LT3A 1NF5A 4YF2A 4DT3A 1XI1A 1JTTL 1OUAA 1REXA 1YAQA 4WM1A 5I5QA 3RNXA 154LA 2EIZC 1LZ8A 1DI3A 4H93A 4HV1A 5L3IA 4ML7A 1LSDA 1GFJA 1NDMC 2DQJY 3ATOA 1LZTA 4WO9A 5L3HA 5APDA 1IP7A 1BB6A 3B0IA 4N5RA 5HLLA 1LMQA 1LZ4A 1LJ4A 3J6KA 4PHIA 4Z3MA 1JJ3A 5DN5A 1IX0A 2YBLA 4OOOA 4QDNA 1HELA 1YAOA 5C6JA 4B4IA 1UIGA 1IP6A 3P64A 5I4XA 5FSTA 1BVKC 3CB7A 4LYBA 4HP0A 5APEA 2GV0A 1HNLA 1RE2A 5HNLA 1REMA 4TUNA 1XGUC 5HQ1A 4HTQA 1VAUA 5LA5A 4WM4A 1D0MA 4FDYA 1HMKA 4B49A 5LAFA 4XJHA 1B9OA 133LA 1UIDA 4G4HA 1RCMA 193LA 1B7SA 4MR1A 2F4GA 134LA 5L9JA 2PC2A 2FBBA 1GD6A 4H9EA 2W1LA 3EO5A 2BLXA 1BQLY 4UWNA 1J1XY 1RI8B 1NMMA 1GFEA 1IOCA 2I26L 4YOPA 3CQLA 1REZA 1KIQC 4I8SA 4NY5A 5FHWA 2HU1A 1LAAA 4YM8A 1D0LA 4OWBA 2LYMA 4PGJB 1HENA 5KXNA 2HEDA 1LSYA 2Q0MX 4HJZA 1GF3A 4PPOA 1KXWA 2A7DA 4WL6A 1IO5A 1VEDA 4XYYA 3GXRA 5LIOA 1G7MC 1F10A 5II3A 4PRUA 4B1AA 3A34A 4H8YA 4HTKA 2D91A 2BQDA 1GAYA 1LZ9A 4LYMA 5B06A 1IWVA 3G3BB 1DPWA 4QY9A 2C8OA 2MEGA 1F0WA 4CFPA 1CJ7A 1WQPA 1F6RA 1NKHA 4ETCA 4O34A 5KKJA 4PRQA 1WQQA 1CJ8A 1GF5A 2Z12A 4ET8A 1XGRC 4ETEA 1YKXX 1GFAA 1LZNA 1GBZA 2BQBA 2YBJA 1REYA 4M4OA 1B7QA 3WU9A 1UIBA 1LMAA 2IHLA 2HTXA 1G7LC 1UC0A 5FDJA 3WW6A 2BQHA 1I56A 1HEWA 4HPEA 1XHXA 2LHMA 5I4YA 4GLVA 2EKSC 2HEEA 1YILA 1OUJA 3HBHA 3CT5A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
5LVKA 1JKCA 4OW1A 5LZMA 3N9AA 4H9IA 1HC0A 4W59A 1GB5A 1L83A 1T6VL 1LZ1A 1L0KA 4NGWA 5B1GA 1T97A 1G1VA 2W1XA 2YBIA 1LJHA 1SQ2L 1B7PA 1GE3A 3ZVQB 1LYIA 1LKRA 2BQMA 2ZNWY 1WVVA 180LA 4N1EI 1I1ZA 1G0QA 1BB4A 1PQJA 4LYTA 2ZIKA 5KXYA 2Z18A 1G7JC 1L77A 3C8QA 4DC4A 1JISA 3HU9A 1J1PY 215LA 1WTMA 2BPUA 1LZRA 5KXRA 1R084 1B5WA 3LHMA 1CU6A 1DI5A 1YQ3A 254LA 4NSIA 1LTMA 2D4JA 1KIPC 4QGZA 4WG1A 4AGAA 1LSFA 4PJZA 2F4AA 4GB34 195LA 247LA 3GQKA 4EPFA 3BKVA 1L88A 3D9AC 2WQYA 1PQOA 1HHLA 4NGIA 4EMNA 2DQCY 1AM7A 3LZ2A 1L80A 2D4KA 1YANA 3FA0A 2B72A 2EPEA 4YSZA 4H9AA 3T36A 5LINA 4C3WA 1KNIA 147LA 191LA 209LA 2OTZX 3SBBC 1AL24 3D3DA 4GCEA 1L55A 1PQMA 1P2RA 2LCBA 4WLDA 1GPQC 170LA 1PS5A 207LA 249LA 1C45A 2HEBA 3CT0A 1VBA4 3AW7A 3A6CY 1GFVA 1FLQA 1L23A 1GBOA 4WO6A 1LZCA 261LA 4ANRA 1RUC4 4CFOA 1L0JA 1CJ9A 1GBXA 1LSMA 1L49A 4UWVA 1IWWA 1B7RA 1NBZC 1ZVHL 244LA 4NGVA 3VRAA 118LA 2VB1A 1RUJ4 4B4EA 3GUOA 3TXBA 1YIKA 132LA 1C6GA 1WQOA 3CSQA 4II8A 5LVHA 3F8VA 2F2NA 3JBG4 3SBAA 1XSFA 1OQMA 1LZGA 1RUI4 4WM2A 2B7XA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 5LVK A;  1JKC A;  4OW1 A;  5LZM A;  3N9A A;  4H9I A;  1HC0 A;  4W59 A;  1GB5 A;  1L83 A;  1T6V L;  1LZ1 A;  1L0K A;  4NGW A;  5B1G A;  1T97 A;  1G1V A;  2W1X A;  2YBI A;  1LJH A;  1SQ2 L;  1B7P A;  1GE3 A;  3ZVQ B;  1LYI A;  1LKR A;  2BQM A;  2ZNW Y;  1WVV A;  180L A;  4N1E I;  1I1Z A;  1G0Q A;  1BB4 A;  1PQJ A;  4LYT A;  2ZIK A;  5KXY A;  2Z18 A;  1G7J C;  1L77 A;  3C8Q A;  4DC4 A;  1JIS A;  3HU9 A;  1J1P Y;  215L A;  1WTM A;  2BPU A;  1LZR A;  5KXR A;  1R08 4;  1B5W A;  3LHM A;  1CU6 A;  1DI5 A;  1YQ3 A;  254L A;  4NSI A;  1LTM A;  2D4J A;  1KIP C;  4QGZ A;  4WG1 A;  4AGA A;  1LSF A;  4PJZ A;  2F4A A;  4GB3 4;  195L A;  247L A;  3GQK A;  4EPF A;  3BKV A;  1L88 A;  3D9A C;  2WQY A;  1PQO A;  1HHL A;  4NGI A;  4EMN A;  2DQC Y;  1AM7 A;  3LZ2 A;  1L80 A;  2D4K A;  1YAN A;  3FA0 A;  2B72 A;  2EPE A;  4YSZ A;  4H9A A;  3T36 A;  5LIN A;  4C3W A;  1KNI A;  147L A;  191L A;  209L A;  2OTZ X;  3SBB C;  1AL2 4;  3D3D A;  4GCE A;  1L55 A;  1PQM A;  1P2R A;  2LCB A;  4WLD A;  1GPQ C;  170L A;  1PS5 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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