3FI7A

Crystal structure of the autolysin auto (lmo1076) from listeria monocytogenes, catalytic domain
Total Genus 60
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
60
sequence length
177
structure length
177
Chain Sequence
EPVFSLEQNRDDAMAALASTPTFQQTFINSISTQAMDLCKKYNLYPSVMIAQAALESNWGRSELGKAPNYNLFGIKGSYNGKSVTMKTWEYSDSKGWYQINANFAKYPSHKESLEDNAKKLRNGPSWDSSYYKGAWRENAKTYKDATAWLQGRYATDNTYASKLNTLISSYNLTQYD
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Structural basis for autoinhibition and activation of Auto, a virulence-associated peptidoglycan hydrolase of Listeria monocytogenes.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
source organism Listeria monocytogenes serovar 1/2a (strain atcc baa-679 / egd-e)
molecule keywords Lmo1076 protein
total genus 60
structure length 177
sequence length 177
ec nomenclature ec 3.2.1.96: Mannosyl-glycoprotein endo-beta-N-acetylglucosaminidase.
pdb deposition date 2008-12-11

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01832 Glucosaminidase Mannosyl-glycoprotein endo-beta-N-acetylglucosaminidase
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 3fi7A01
4.10.80.30 Few Secondary Structures Irregular Rhinovirus 14, subunit 4 DNA polymerase; domain 6 3fi7A02
1ALCA 1C43A 1LMAA 1WQMA 2ZYCA 2Z39A 3CB7A 4GCBA 1XEJA 2MEAA 4HSFA 5LVIA 4ETDA 1IY4A 4LYTA 4B1AA 3LZ2A 1T3PA 1B7LA 1UIGA 3G3BB 1G7IC 1GE0A 5B07A 1FBIX 1BWHA 1OUIA 4H9AA 4GCFA 1LCNA 1IORA 1LYYA 2BQMA 3N9AA 2HEFA 5IDDA 4CHXA 1GB8A 1KIPC 1CKGA 3AZ6A 2NWDX 1HMKA 2EX3A 1XFPL 1B7SA 1B5XA 1NWGA 1VDSA 5I4XA 4WM6A 5DL9A 4ZEEA 5KXRA 3AZ5A 3HFMY 2HU3A 4NHIA 4X3BA 1HSWA 2YBIA 1IR9A 1XEKA 1DQJC 1QTKA 1UIEA 4DDBA 4OWBA 1BWJA 4MR1A 1JKDA 1KXXA 1CNSA 1JJ0A 1XHXA 2DQHY 1V7TA 5DLAA 2I26L 5KJ9A 2YBHA 3ZEKA 1G7MC 4E3UA 2LHMA 2DQAA 5LAGA 2HEDA 4PRUA 1LSGA 1YILA 4H9EA 4NSJA 1TDYA 5LAFA 4OOOA 1LHJA 2YSSC 1DPXA 1VDQA 1FLUA 1GXV2 1LZBA 3A3RX 5D5CA 2CDSA 3AGHA 3WU8A 4NGJA 5C6LA 1A4VA 1HFZA 4CGEA 4LYOA 4ETAA 1GWDA 2B5ZA 1BB6A 1RCMA 1DZBX 3A93A 4ET8A 1LZ1A 2BQLA 4C5FA 4FJRA 5L9JA 3A67Y 1AT5A 2LYOA 2Z18A 2I6ZA 4NGOA 2D91A 4CFPA 4G4BA 1VEDA 1O23A 2XTHA 207LA 4NEBA 2MEBA 1JJ1A 4HTNA 1BB7A 4KXIA 4NG8A 1XGPC 3W3EA 3AGIA 3WPKA 1WQQA 2C8PA 1REYA 4NGKA 4QDNA 5HNLA 1JKCA 4LFPA 4N0JA 1LYSA 4NGVA 1QDTA 4DD0A 1GAYA 1SQ2L 5DM9A 4PHIA 2N5ZA 1OUAA 4NHSA 5LVJA 4WL6A 5LVGA 1E8LA 5FELA 2ZQ4A 3SP3A 1NKHA 1LKSA 1LSMA 2BQKA 3CSRA 1QUTA 1JTTL 3B0IA 4ETEA 2YVBA 4P2EA 5HMJA 1D6QA 135LA 1JIYA 1LSAA 1GE4A 1TBYA 4H90A 1LHMA 3N9EA 4TX7A 4YENA 1UCOA 4FDYA 3A91A 4N1CC 4NGIA 1G7LC 1CJ8A 4L41A 4DD1A 3AW6A 4B4IA 1GB9A 1HNLA 2MECA 3RT5X 5LA8A 4DDCA 2Z37A 1CKHA 1NF5A 4YF2A 2LYMA 2G4NA 3WXTA 2ZIJA 1MLCE 1J1XY 1FLQA 3HBEX 3G3AB 1LZRA 1UA6Y 1JEFA 1W6ZA 4NG1A 2ZILA 1UUZC 2DQGY 2D4KA 5ILCA 1GB3A 1INUA 4WLYA 2LZTA 2W1XA 1XHZA 2BQBA 5F14A 5J7CA 1JTPL 2D4JA 4OWHA 1YAOA 4I8SA 1LZAA 1YL1X 3M18B 5APFA 1GFKA 1LJ3A 5IELA 1B5YA 1LKRA 3A3QA 4G4CA 1ZMYL 2F2NA 4GCCA 5F9XA 3TMVA 3CT5A 1UICA 1YAMA 5FCPA 1GD6A 4PPOA 1GB7A 5KKJA 1OUBA 1LMNA 4BAPA 5KXWA 1I1ZA 3BKVA 4M4OA 4H9IA 1B7NA 1LHHA 1LSEA 1IC7Y 1NHEA 3QE8A 1HENA 3A94A 1YANA 1LSNA 4HTQA 2Z12A 1JJ3A 5F9UA 2YDGA 2GV0A 1HF4A 3P66A 1IY3A 4NWHA 4Z3MA 2I25L 3AYQA 3AZ7A 3W6DA 5B1FA 4NSIA 2Z2EA 4W96A 1FKVA 1IP4A 1IWYA 1GBYA 2BQAA 1OUDA 2FBDA 4QY9A 4IASA 1WVUA 2YBNA 4B4EA 1YIKA 4TUNA 1IP3A 4Z46A 3CT1A 1LYOA 5LYTA 1IC4Y 1YROA 2DKVA 4NIJA 4WG7A 1GBWA 4XJDA 1B5UA 3LYZA 1JHLA 4H94A 1B7RA 4RW1A 4XJBA 5FSTA 2PW9A 194LA 1KIRC 208LA 2MEGA 2MEDA 1LSYA 1HC0A 1LZ6A 5KXNA 2BQIA 5KXZA 3J6KA 1IR8A 1GFVA 1GB5A 2HUBA 2MEIA 1WVVA 5B06A 4I0CA 5F16A 4HP0A 2H9KA 4QEQA 2FYDA 1BWIA 1GF8A 4NY5A 1B7OA 4IJ4A 5FHWA 4YEOA 1IP7A 4ML7A 1QSAA 3WVXA 2BQEA 3IWRA 3A34A 4J1BA 3ATNA 1NMMA 1LZGA 3WL2A 9LYZA 1WQPA 1LMQA 1RFPA 2W1YA 1XEIA 1GF4A 3FI7A 4NFVA 1GFAA 1ZVHL 1JISA 3EBAB 3MGWA 2CWIA 4H9FA 3TXFA 3GXKA 4RLMA 4DT3A 1GB0A 1LJJA 1VDTA 5DN4A 1FKQA 1B5VA 4CJ2A 5KXXA 1JSEA 4G9SA 3LN2A 2BQOA 4LT2A 3LZTA 2BQCA 1GDXA 3P68A 1OQMA 1IR7A 2PC2A 2CGIA 2W1MA 1C7PA 1N4FA 2LZ2A 1QIOA 4DD3A 4NHTA 5LIOA 5HMVA 2IHLA 1D0MA 1UIBA 3A90A 1HEPA 1LZYA 2BQJA 154LA 3ZVQA 3AB6A 4BAFA 1DXJA 1NBZC 2HEAA 1IP1A 2BQGA 4RDSA 3WUMA 5B59A 1YAQA 1GB2A 1JSFA 1DKKA 1KXWA 5LYZA 1NDMC 1LSFA 1EL1A 4HJZA 4NGYA 5E9RA 4DDAA 4XJFA 1LHIA 1BB5A 3A6BY 3FE0A 4LYBA 1H87A 1NDGC 4Z41A 4U3XB 1EQ4A 5I4YA 1AT6A 1FN5A 1LZ4A 1QUSA 4GCEA 4H91A 3B0KA 1QDRA 1WQRA 4WLTA 4RW2A 1C08C 3W6FA 134LA 3GXRA 1LPIA 3WUAA 4OWEA 3WUNA 5KXPA 1LMTA 1GEZA 3EMSA 4H8XA 2BLYA 4AGAA 1BVXA 1UACY 4NGZA 2A7DA 1OUHA 2ZWBA 1F10A 3TXDA 2RSCA 1GFGA 1F0WA 2MEFA 4UWUA 1GF9A 4DD2A 1IVMA 2PZSA 4WG1A 1LYZA 1YL0X 4ET9A 1B7QA 4YEMA 5LYMA 3WU9A 1RJCB 4TWSA 3LYOA 1REXA 3AW7A 1GBZA 4R0FA 4LT1A 3CSZA 4B4JA 4UWVA 1GFRA 1GHLA 4WM1A 4GN5C 5LXWA 1YAPA 1V7SA 5KXMA 1DI5A 5M1YA 1QSWA 1XGQC 3WULA 1RE2A 1LJHA 4CFOA 2X0AA 3WPLA 4XJGA 5APDA 2EIZC 1RI8B 4GLAA 1I56A 3TXIA 1LMOA 4M6DA 1LSCA 3AZ4A 4H92A 5APCA 1EQ5A 1LTMA 4OOTA 1LJIA 3W6CA 4A7DA 5L3IA 1HMLA 1IWXA 1OUCA 2ZQ3A 2ZYPA 3A8ZA 4LGKA 4NSHA 4WMGA 1IWWA 3N9CA 3ATOA 1LHKA 2EQLA 3CT0A 2G4QA 2WARA 1MELL 1IO5A 3K3TA 5LVKA 1DKJA 5B1GA 4LT0A 2VB1A 4WO9A 3QY4A 4GN4A 4N8ZA 4ETBA 4PGJB 4WM3A 5DN5A 5A3EA 1GF7A 3TXJA 2DQCY 1LZSA 2HEBA 1GF6A 3B72A 5LVHA 4NWEA 5II3A 3RU5A 5KXLA 4PRQA 1GFJA 3IJUA 3A95A 2LYZA 5LA5A 2BAAA 1B2KA 2DQJY 1YKYX 2ZNXY 1LSBA 8LYZA 1VFBC 1LZ5A 3TXEA 3IJVA 133LA 1YKZX 4H9HA 4NGWA 4LYZA 3HBHA 1IIZA 3P65A 1CKCA 1IWZA 4WLDA 3VWOA 1BGIA 3E3DA 5K7OA 1LJGA 1D9UA 1TCYA 2BQNA 1REMA 5HLLA 5I4WA 2F4GA 3AGGG 3B6LA 3WU7A 4LYCA 4NHPA 2MEHA 4HPEA 1QTEA 4H9CA 1AZFA 1AM7A 1CKDA 2EPEA 4NGLA 4UWNA 3EXDA 1B7PA 2ZIKA 4MCKA 2BQHA 2IFFY 1QQYA 4R6CA 1LSZA 1C46A 1JPOA 1WTNA 5APEA 3TXKA 1C10A 3ULRA 153LA 4XN6A 1W08A 1SLYA 5KXKA 4ANRA 3TMXA 1LJ4A 2BLXA 2XJWA 3A92A 7LYZA 3D3DA 1LAAA 1TAYA 2FYCA 1NBYC 4D9ZA 1T6VL 4ZFPA 1VDPA 2Z2FA 1LJKA 2A7FA 4OWCA 3BKHA 4J0LA 4LYMA 3OK0A 4OW1A 1LZ8A 1ZV5L 5JENB 4GN3A 2W1LA 1LSPA 2H5ZA 1P2CC 1CJ6A 1REZA 4HJVA 1G7JC 6LYTA 1LZ9A 1A2YC 4DWXA 2PY5A 1IOQA 5KKIA 1JITA 1DPWA 1BB3A 1B7MA 1GBXA 1HEQA 1LZEA 132LA 1OUJA 1UC0A 1OUFA 1XSFA 1FDLY 2YBJA 2Z38A 3QNGA 5I54A 1YKXX 4EOFA 4RLNA 5A3ZA 1BB4A 1HHLA 1HERA 1WQOA 4WM4A 1D0KA 4WOAA 1DI4A 4XYYA 1GE2A 4WM5A 1GFTA 1IOSA 1GF3A 5C6JA 3RZ4A 1GE3A 4KPMA 1B5ZA 2Q0MX 1VATA 1FLYA 3T6UA 3AJNA 1GE1A 1PS5A 4OWAA 4PJ2C 4HTKA 1B0DA 4Z98A 3WMKA 4AXTA 4TTDA 2DQIY 3WXUA 1LZDA 4DYGA 4ETCA 4XJHA 4ZIXA 1LZTA 1UBZA 5KXTA 1GPQC 4BADA 1B9OA 1LOZA 1VAUA 3TMWA 1OUGA 3EO5A 1G7HC 4HV2A 4YOPA 4HJYA 1GDWA 1IP5A 1LZCA 3W6EA 4BS7A 2YBLA 5HNCA 2XBRA 3WPJA 4IATA 4G4HA 1JTOL 1WQNA 3WVYA 4DC4A 3F6ZA 1H6MA 1HELA 1IOTA 1LMPA 4LT3A 4WO6A 2PYLA 4LZTA 3A6CY 1GF0A 1C45A 4QGZA 1UIDA 1GAZA 2F4AA 1GBOA 1LSDA 4LFXA 5L3HA 1LJNA 5AMYA 1KIQC 4O34A 3LYMA 4KL7A 1YQVY 2AUBA 1GF5A 4H9BA 1CKFA 3D9AC 5I5QA 3TXBA 1GXXA 1GFEA 1Z55A 5KXSA 1BQLY 2F30A 1JUGA 3ZVQB 1OUEA 1IOCA 5ILFA 1LJFA 2DQDY 1F6SA 1D0LA 2BPUA 3P64A 4J1AA 3A96A 3TXHA 4DD9A 1EQEA 5LINA 2EKSC 2ZNWY 5D5FA 4WM2A 4WL7A 5IHGA 2C8OA 1JKBA 1HFXA 4EMNA 1OP9B 1JKAA 1NQIA 4N1EI 3W6BA 2XBSA 4HV1A 3T36A 5HQ1A 2HU1A 1JWRA 1CJ9A 1LHLA 5F81A 3OJPA 3WW6A 1GEVA 1IP2A 1D6PA 1GFHA 2PYJA 1IC5Y 4B49A 5KXYA 193LA 4B0DA 4II8A 4MSTA 1IP6A 4HPIA 5FEKA 1ZVYB 4H8ZA 4TSBA 5FDJA 3CQLA 1WTMA 3WH1A 6LYZA 3LYTA 4N5RA 2DQFC 2R7FA 4YM8A 5B05A 2D4IA 1I20A 1PZYA 4GLVA 4NHQA 1HSXA 5I53A 4XJIA 1GB6A 1IEEA 2HTXA 3HBDA 1GBSA 1DI3A 3RNXA 1F6RA 1BHZA 4KT3A 1IWTA 1UIAA 1AKIA 1XGTC 2DQEY 3J4GA 3KAMA 5E4PA 4WLXA 2BQDA 1J1OY 2CJLA 3P4ZA 2YBMA 3TXGA 1HEMA 4H1PA 2MEEA 4XENA 1HFYA 3CSQA 1TEWA 1FLWA 1UIFA 2D6BA 3TMUA 3WYHA 1KXYA 2Y8PA 1LJEA 4GCDA 4H8YA 4C3WA 5KY1A 1IWUA 3RW8A 1IWVA 2BQFA 5C6IA 1HEWA 4N9RA 3W6AA 3WW5A 1BVKC 4NSGA 4DD7A 5EBHA 4J7VA 4G49A 1B5WA 5T3FA 1GFUA 2H9JA 4TSCA 1CJ7A 5KXOA 4H93A 1J1PY 3M3UA 1XGUC 3B0OA 1UIHA 2DBTA 2HEEA 1IX0A 2HECA 4W94A 1XI1A 2FBBA 2G4PA 1HEOA 1XGRC 3LHMA 4XADA 2Z19A 1LMCA 1LZNA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2ZYCA 2O4WA 1L93A 3LZ2A 1G7IC 4I7LA 5B07A 1OUIA 4GCFA 3HH4A 1LCNA 1IORA 1LYYA 4CHXA 4LDOA 3D4SA 1XFPL 1B7SA 1B5XA 5I4XA 1C6DA 5KXRA 4NHIA 1QTKA 233LA 1JJ0A 4ARQB 1L91A 3C80A 2HEDA 4NSJA 3VR9A 1LZBA 3A3RX 2CDSA 1L72A 4W55A 4LYOA 4ETAA 1GWDA 3RUNA 1PIV4 3A93A 4C5FA 4FJRA 5L9JA 3A67Y 1AT5A 3AEBA 2I6ZA 4NGOA 4G4BA 207LA 2MEBA 4NG8A 2NTGA 125LA 3WPKA 4NGKA 3HT6A 5HNLA 3SUCA 1QDTA 1GAYA 4DKLA 4WL6A 1E8LA 5FELA 3CSRA 1JTTL 135LA 1JIYA 1G1VA 1QUGA 2RBNA 1GE4A 1LHMA 4NGIA 1KF6A 1GB9A 5LA8A 4DDCA 1RUH4 1NF5A 1L75A 2LYMA 2WU5A 4IAPA 1C6NA 1KNIA 1AR74 3AE4A 1INUA 167LA 1LI6A 1P2LA 3HTBA 2D4JA 246LA 1LZAA 5APFA 3M18B 174LA 1KW5A 4PPOA 112LA 5KXWA 4I7KA 4H9IA 2B6TA 4HTQA 1T6HA 2GV0A 2I25L 3AZ7A 3W6DA 4NSIA 2Z2EA 104LA 1FKVA 1IP4A 141LA 2DKVA 4XJDA 3SFDA 1B5UA 1B7RA 5FSTA 208LA 1QUHA 1LSYA 1CU3A 5KXZA 3J6KA 1GFVA 2MEIA 1T97A 237LA 1L59A 4QEQA 1PQDA 4NY5A 1B7OA 4IJ4A 3HTDA 3IWRA 9LYZA 1LMQA 1L03A 3V2WA 1XEIA 3AE7A 1GF4A 4NFVA 4KX6A 4H9FA 4RLMA 4DT3A 1LGUA 1LJJA 3SB6A 1LYEA 4CJ2A 3LN2A 2BQOA 1QUOA 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