The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
85
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sequence length |
292
|
structure length |
292
|
Chain Sequence |
GMERAAFGKLVQALRREHRDEKGRVWTQEVLAERTQLPKRTIERIENGSLAHLDADILLRLADALELTIGERREFFFAATGIIEQKSATYKRSPEESLQYLIDMIRNMNVPAFVTDQYVNIIAANMITIRFFNIPMELIETAPLLPHGYNLMRVVFGTEYDFRRVVGTMWDEVARHNMQLFRAISLRVRADGYFVELLDNLMQYREFKRFWERAHLETEDTSAENFWYQYTHPVYGLLSYVSSRSQIPTSMGLLSMHTYIPLSPATTDLFAKLSTVANQDVIRLAPWPRSNG
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Structure of an MmyB-Like Regulator from C. aurantiacus, Member of a New Transcription Factor Family Linked to Antibiotic Metabolism in Actinomycetes.
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
Helix-turn-helix domain protein
|
| molecule tags |
Transcription regulator
|
| source organism |
Chloroflexus aurantiacus
|
| total genus |
85
|
| structure length |
292
|
| sequence length |
292
|
| chains with identical sequence |
B, C
|
| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2010-12-10 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF13560 | HTH_31 | Helix-turn-helix domain |
| A | PF17765 | MLTR_LBD | MmyB-like transcription regulator ligand binding domain |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | 434 Repressor (Amino-terminal Domain) | lambda repressor-like DNA-binding domains | ||
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Beta-Lactamase | Beta-Lactamase |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2LYL A; 1S7E A; 3OMT A; 2PIJ A; 3QQ6 A; 2LYS A; 3MLF A; 3F51 A; 4Y42 A; 1R69 A; 2LYJ A; 4I6R A; 4IWR A; 2IUO A; 3OQO A; 2D5V A; 2PUC A; 1JH9 A; 1PRA A; 4X4C A; 1PRV A; 1L1M A; 1CQT A; 1ZS4 A; 1UXC A; 4I6U A; 4YG4 A; 4GQM A; 1NEQ A; 2KPJ A; 2AXV A; 1ZZC A; 2EWT A; 3BD1 A; 1DWK A; 1XWR A; 1Y7Y A; 1E3O C; 2KZ8 A; 2O38 A; 3CRO L; 1ZZ8 A; 3LIS A; 2AXU A; 2L49 A; 4PU8 A; 2HIN A; 2AW6 A; 3G7D A; 1POU A; 1QP4 A; 1OSL A; 2BNO A; 3GN5 B; 1ZZB A; 1SQ8 A; 1QP7 A; 3B7H A; 1WET A; 4IA8 A; 2LYR A; 1ZVV A; 1RZR A; 2XIU A; 2AWI A; 2L8N A; 3TRB A; 4PU7 A; 3BDN A; 1JFT A; 1X2L A; 2CRO A; 5A7L A; 4Z5C A; 3GBF A; 1WIZ A; 4JCY A; 4Z58 A; 1WH8 A; 2A6C A; 2XCJ A; 3IVP A; 1RPE L; 2FJR A; 3H5T A; 4I8T A; 3O9X A; 1DW9 A; 1QPZ A; 1JFS A; 4O8B A; 2R1J L; 2PUD A; 3FYA A; 3KZ3 A; 4FN3 A; 3S8Q A; 1RIO A; 1RZR D; 1X57 A; 3F6W A; 2PUB A; 1ZZ6 A; 3R1F A; 4J1W A; 4Z5H A; 2O49 A; 4OB4 A; 3KXA A; 4X4H A; 3HZI B; 3BS3 A; 3GN5 A; 3OQN A; 1BDI A; 1QP0 A; 2KEJ A; 1O4X A; 4J1X A; 4FBI A; 2JCG A; 4JCX A; 4X4G A; 2KEI A; 3QF3 A; 4F8D A; 3OP9 A; 3FMY A; 3JXC L; 2O4A A; 1BDH A; 3PXP A; 1GT0 C; 2GRL A; 1EFA A; 3G5G A; 3JXD L; 1ADR A; 2PPX A; 2PUF A; 4Z59 A; 2JVL A; 2XSD C; 1VPW A; 4X4F A; 2OFY A; 2LYQ A; 2AUW A; 4Z5D A; 4X4I A; 1PNR A; 2OR1 L; 2BNN A; 2BJC A; 3QWG A; 3ZHI A; 1ZUG A; 4PU4 C; 2H8R A; 4MCX A; 4YG1 A; 3ZKC A; 1PRU A; 1LLI A; 1HF0 A; 1ZPQ A; 2R63 A; 2EBY A; 2ICP A; 3SCF A; 3VK0 A; 4JQD A; 3JXB C; 2LCV A; 3SCH A; 4YAR A; 3OQM A; 1QQB A; 3LFP A; 2XI8 A; 1IC8 A; 3FYM A; 2KEK A; 2MQK A; 1CJG A; 2PUA A; 3L1P A; 4MCT A; 1YSE A; 1NER A; 3EUS A; 3CLC A; 4YG7 B; 1JWL A; 3ZHM A; 4PU3 C; 1LMB 3; 2GRM A; 1ZAY A; 4IVZ A; 1LCC A; 2LYK A; 3DNV B; 3U3W A; 2PE5 A; 3QYX A; 3RZZ A; 1B0N A; 2XJ3 A; 2IV1 A; 4GHJ A; 5K98 B; 2PUE A; 3KJX A; 3D1N I; 4X4D A; 3SCG A; 4X4B A; 1ZZ7 A; 2IU7 A; 2IVG A; 2PUG A; 1LQC A; 2EF8 A; 2CSF A; 2WIU B; 2WUS R; 1RZS A; 1ZZ9 A; 2AXZ A; 2ICT A; 2MEZ A; 3F52 A; 4I6T A; 2IVQ A; 1Y9Q A; 1PER L; 1QQA A; 1WH6 A; 3UFD A; 1OCT C; 1R63 A; 2B5A A; 1UXD A; 2LYP A; 4NDW A; 3CEC A; 1AU7 A; 1UTX A; 2BNM A; 4YBA A; 1LCD A; 4X4E A; 2IVB A; 2HSG A; 2GZU A; #chains in the Genus database with same CATH topology 3HJK A; 1S7E A; 3O5Y A; 1ACF A; 4DN0 A; 4HJ4 A; 3Q7V B; 3BYD A; 2XK1 A; 1PRA A; 1JTG A; 4X4C A; 3NOP C; 4EQI A; 1AWI A; 4WYY A; 4PKY G; 2AXV A; 4P6Z S; 1LL9 A; 4HH2 A; 2KZ8 A; 1JVJ A; 4XUZ A; 2ZQA A; 4IHQ A; 1H5X A; 1XJ4 A; 3G0T A; 1QMF A; 3UB5 P; 3PR6 A; 1YLP A; 5A7L A; 4Y17 A; 5TR7 A; 4JCY A; 1LI9 A; 3SH8 A; 3NCK A; 2NUP C; 3HZI B; 2R78 A; 2JBF A; 2HZ5 A; 3L9K A; 4S2N C; 3Q07 A; 1GT0 C; 3BQA A; 3UB6 A; 5FQ9 A; 1D7E A; 3HBR A; 2O99 A; 4Z59 A; 3IS2 B; 1P9R A; 4N1H A; 3UWP A; 4QWO A; 1L0E A; 4B93 A; 1CQA A; 3A3F A; 4QB8 A; 2BJC A; 2OLV A; 3CG5 A; 2PU4 A; 1OTE A; 2J7V A; 4MCX A; 1HF0 A; 3JYI A; 2VV7 A; 2VGJ A; 2Y2G A; 5AVE A; 1DJA A; 4YOF A; 3LFP A; 4H8R A; 4MCT A; 5FDS A; 4LRY C; 4R4R A; 3N8R A; 5IU1 A; 3AGE A; 2HPB A; 3SZT A; 4JXV A; 2LYK A; 2WKR A; 1YT4 A; 2A2L A; 1G28 A; 4H6J B; 1DJB A; 3H9W A; 1L2S A; 1MPL A; 5E43 A; 2XF3 A; 3NEC A; 3D4F A; 3LY4 A; 3D1N I; 4X4D A; 2WIU B; 2P9V A; 1OTA A; 4KQQ A; 3CEC A; 1KOU A; 4S2K A; 2XGN A; 3ZG7 B; 4Y42 A; 3HLE A; 4EBN A; 1IOU A; 2ZLY A; 1L0G A; 3UB8 A; 5J8X A; 1JH9 A; 4IUK A; 4EQZ A; 3C5A A; 3HL9 A; 1BYW A; 3M6H A; 3M2K A; 2ZC4 B; 1DWK A; 1IKI A; 5CHU A; 4FCF A; 5FDH A; 2HIN A; 3HLC A; 4IBR A; 1ESU A; 1S67 L; 3BFD A; 3UMD A; 3QP6 A; 2L8N A; 4ARZ A; 4JF4 A; 2PXF A; 4BLM A; 2BAS A; 1E4D A; 3OCL A; 4EK9 A; 3TJZ C; 3ZCZ A; 5K5B A; 1NZO A; 3GEC A; 4ID4 A; 3F6W A; 1BLH A; 1QP0 A; 4C75 A; 2JE5 A; 5HAP A; 4JCX A; 1PWG A; 4MEZ A; 4ER0 A; 2O9B A; 4MNR A; 5M18 A; 2RL3 A; 1ALQ A; 1UWP X; 2ZBB A; 3TSG A; 2BNN A; 3LGO A; 5CHM A; 4QY6 A; 3UPO A; 5AQ7 A; 2V2F F; 3IX3 A; 2OLU A; 1ZTU A; 3IF6 C; 5FEG A; 2LCV A; 1NZU A; 4X53 A; 1K54 C; 1P0Z A; 3VOL A; 5DT2 A; 3P09 A; 2Z2L B; 2V20 A; 1K55 C; 3OCN A; 4ETZ A; 4F3L B; 5F1G A; 2PRF A; 1HLU P; 2O9C A; 2PXQ A; 4CJN A; 3IWI A; 3WS5 A; 4NK3 A; 5GLD A; 3LUQ A; 3N7W A; 1FIK A; 2IU7 A; 2ZMV A; 2VLG A; 2VV8 A; 2W1T A; 4LCL A; 1VET A; 4ZDX A; 3WS0 A; 5AQB A; 2ODR D; 4JGO A; 4BMW A; 3T4T A; 2EA9 A; 3C30 A; 1T1C A; 4DKI A; 3LY3 A; 2K7S A; 1LI0 A; 2HDR A; 4KG5 A; 5LBR A; 3B7H A; 2WKP A; 5HDS A; 3T1X A; 2C6W B; 2XD1 A; 2XIU A; 4DXC A; 3VP2 A; 4Y15 A; 1VEU B; 3SH7 A; 3QP4 A; 5HSQ A; 1FCN A; 1K4F A; 1OT9 A; 4DJ3 A; 2ZMF A; 4I38 A; 1DJC A; 1NY0 A; 3N8L A; 4E6W A; 3BFC A; 4XT2 A; 1W8Q A; 2BG1 A; 4MDZ A; 3JXC L; 3NDE A; 3NXH A; 4XUX A; 1J9M A; 5HZH A; 1EFA A; 4G3K A; 4GHI B; 1TVF A; 1ONG A; 4R0Q A; 3G4P A; 5F6A A; 4GW9 A; 5DKK A; 4FTX A; 3B42 A; 4Z5D A; 3UE0 A; 3C8C A; 5HWW A; 4Q0I A; 3BEB A; 3M9L A; 2GNX A; 1H8Z A; 2M1C A; 4OOL A; 1NLY A; 3BWL A; 4EKI A; 4DF6 A; 5GAG i; 1XJ3 A; 3T4K A; 1N9B A; 2HGV A; 3LR5 A; 5L8M A; 3OPL A; 2QJ5 A; 3OQM A; 4Y3I A; 2XRN A; 3CAX A; 1YM1 A; 3NC8 A; 1LLB A; 4HP9 A; 2QPN A; 2Y79 A; 5G18 A; 3U2A A; 3CZD A; 3U3W A; 1ZHH B; 2Q9N A; 4WVL A; 1TDL A; 4UQI M; 3O3V A; 4R3A A; 3AGD A; 4NKP A; 1CI8 A; 3F52 A; 5CGS A; 2MEZ A; 1YQS A; 1Y9Q A; 4BQM A; 4X6T A; 2I72 A; 3G6O A; 3P98 A; 4FUW A; 1L3L A; 4N92 A; 5EUA A; 3KL4 A; 2LYL A; 1O7E A; 1ES4 A; 1DP6 A; 5HPI A; 3UO9 A; 5EVI A; 1UXC A; 1JWZ A; 2Y2P A; 3T4S A; 5DRY A; 4B4Z A; 4LCM A; 1ZZC A; 5FQQ A; 3S22 A; 3T12 B; 1TS7 A; 2EX2 A; 4XXR A; 2Y55 A; 5DF7 A; 1K55 A; 1HQ1 A; 1PW8 A; 5AQA A; 3F1O A; 5I94 A; 4OVD A; 3Q7V A; 3IXH A; 3SW1 A; 2OOL A; 3R7W B; 4MBK A; 3OZH A; 1RPE L; 3BJN A; 2LLW A; 5DF8 A; 2WGI A; 5HWT A; 3GMW A; 4O8B A; 3FYA A; 3S8Q A; 2XEP A; 1I2W A; 2W0N A; 5G4Y A; 3ZG5 A; 2DNS A; 3W8K A; 4F8D A; 3T4Q A; 4GZB A; 4KZ5 A; 4NXB A; 5KSC A; 2CC1 A; 2BTF P; 2PUF A; 4K0X A; 5EVL A; 4OON A; 1FIL A; 4EQ1 A; 2YBD A; 1SKO A; 4E3J A; 3UB7 A; 1KGE A; 1LL5 A; 4I3I A; 2WKI A; 1LL8 A; 2Y2K A; 1LSX A; 4PM7 A; 1Y28 A; 3UN7 A; 2Y2O A; 4HEF A; 5HFO A; 3ZHH A; 4GCZ A; 2R63 A; 4EUV A; 4PMA A; 2IWD A; 3TG9 A; 4OOY A; 4YAR A; 2VJW A; 4RVA A; 2XI8 A; 3LIB A; 3LFV A; 2KLI A; 4CQH A; 5IHV A; 3K2N A; 1MZU A; 1IYQ A; 3Q82 A; 2WKH A; 3D72 A; 3HLF A; 2J7U A; 1S4S A; 3DNV B; 2XFT A; 3EQV A; 5A92 A; 3NRO A; 4U3T A; 3QP1 A; 4GHJ A; 4UA6 A; 3IHB A; 1ES3 A; 2HJE A; 1MWU A; 4L0L A; 2IWB A; 2PUG A; 1LQC A; 3K3D A; 4GKU A; 3CLC A; 3BY9 A; 3NOT C; 3GRJ A; 1ES5 A; 3UPN A; 1IEM A; 2LYP A; 2IVB A; 4FSF A; 4EEP A; 4H6J A; 1IYS A; 3IQA A; 3WS4 A; 5E2G A; 1C3B A; 3OQO A; 2D5V A; 3MJQ A; 2UV0 E; 1IFQ A; 4GLQ A; 3VP1 A; 3FZC A; 2J7W A; 3PTE A; 4NXE A; 5L07 A; 1E3U D; 1NRJ A; 3F1N B; 1KE3 A; 3DWZ A; 4K91 A; 4WMC A; 4CPK A; 2LYR A; 3BDN A; 1JFT A; 1WE4 A; 1P9W A; 2ZC5 B; 3TEP A; 5TBM B; 4WMC D; 2P74 A; 2WZZ A; 2NUT C; 3VMA A; 3V3R A; 3H82 B; 2QZ6 A; 2O49 A; 4Y0U A; 2Y2H A; 3KXA A; 2QMI A; 4PPR A; 4MMN A; 3OWQ A; 3ZPX A; 1O4X A; 5FA7 A; 4FBI A; 4OPQ A; 5JUW A; 1BLC A; 3E4Q A; 1DP8 A; 3IWQ A; 1TF1 A; 1OJ5 A; 3W2Z A; 1ADR A; 4GDN A; 4CLC B; 4E3N A; 4JXS A; 3LCE A; 3CUE C; 3EGX C; 2ZQ9 A; 2ZC6 B; 4ZRR A; 1G6A A; 1ZG4 A; 2JKR I; 1ZPQ A; 1XA7 A; 2P7J A; 1UWN X; 3SS3 A; 1QQB A; 3V67 A; 1D06 A; 4RQ9 A; 1DP9 A; 5F69 A; 1IC8 A; 4JLF A; 3A3D A; 3DM5 A; 3EUS A; 2PXT A; 1PNE A; 4DE2 A; 3ZFZ A; 3VP0 A; 3HRE A; 5D3O A; 1T1A A; 1YLZ A; 1LSW A; 2VX8 A; 1PWD A; 1NW3 A; 1V9Z A; 3GZC A; 5A93 A; 5HPF A; 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5FI2 A; 5CTM A; 2EF8 A; 1JNU A; 3BLM A; 3E4O A; 5CER A; 3CUE A; 4JXW A; 1F5M A; 2HSG A; 3CIT A; 4N9L A; 1YPR A; 1L0F A; 1ZKJ A; 5DVA A; 4BBV A; 4ESP A; 5HL1 A; 4IWR A; 3MR0 A; 1CQT A; 4ETX A; 4YG4 A; 1S6R A; 4PHT A; 3IX8 A; 3UME A; 4Z1W A; 4A5R A; 4Y2F A; 3BD1 A; 4LEN A; 3IBR A; 5FSR A; 3W4P A; 3KSG A; 2AXU A; 3QP5 A; 3Q1F A; 1S4R A; 4IVK A; 2OWJ A; 2WGW B; 2HF6 A; 2VGL S; 3BW6 A; 4CLC C; 2V8C A; 4Y13 A; 3H5T A; 2RCX A; 2ZQD A; 3MZD A; 5EPH A; 4HY8 A; 5A90 A; 1W79 A; 3IXG A; 3HVF A; 3FWL A; 4OB4 A; 1MWS A; 2OAQ 1; 1FSY A; 1KE4 A; 1NJ4 A; 5J3W A; 2HJ9 C; 3R7W A; 3NJA A; 3JXD L; 1XKZ A; 1DY6 A; 1XGI A; 4N1X A; 1Y4O A; 2XSD C; 3PBQ A; 3WRT A; 5EEC A; 4WN5 A; 4L9E A; 3FPW A; 4WBG A; 3CLO A; 5FL3 A; 2ZOI A; 2HDS A; 2XA7 S; 3MQQ A; 3ME5 A; 4S2I A; 3LIA A; 2H8R A; 1XX2 A; 3A3E A; 1PRU A; 5HAR A; 4L9F A; 4QJG A; 5DJT A; 3N4I A; 2ZC7 A; 3MXR A; 1OPX A; 3A0V A; 3PBR A; 2PUA A; 4FD8 A; 3RH8 B; 2G7U A; 1NER A; 4PU3 C; 3UNW A; 2PXP A; 3B33 A; 4GB7 A; 1YKD A; 1CJF A; 2ZD8 A; 1H0M A; 1RGY A; 2Y2Q A; 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