The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
116
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sequence length |
390
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structure length |
390
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Chain Sequence |
QDVVIIGAGAAGMMCAIEAGKRGRRVLVIDHARAPGEKIRISGGGRCNFTNIHASPRNFLSGNPHFCKSALARYRPQDFVALVERHGIGWHEKTLGQLFCDHSAKDIIRMLMAEMKEAGVQLRLETSIGEVERTASGFRVTTSAGTVDAASLVVASGGKSIPKMGATGLAYRIAEQFGLPVVETRPALVPLTLDQAQLAKLGALAGVAADAEARFGKAAFREAVLITHRGLSGPAILQISSYWREGEEIVLRLMPDIDIASILKGMRRANGRQAVQTALADILPRRLAQFFADEAKLTGRMLADLSDKTIDALASSIQVWAVKPAGSEGYRTAEVTLGGVDTRALDSRTMQAKEVPGLYFVGECVDVTGWLGGYNFQWAWASGFVAGQDV
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
publication title |
The crystal structure of a flavoprotein from Sinorhizobium meliloti
rcsb |
molecule tags |
Flavoprotein
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source organism |
Sinorhizobium meliloti
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molecule keywords |
Flavoprotein
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total genus |
116
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structure length |
390
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sequence length |
390
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ec nomenclature | |
pdb deposition date | 2011-12-20 |
chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
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A | PF03486 | HI0933_like | HI0933-like protein |
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
---|---|---|---|---|---|
Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | Helicase, Ruva Protein; domain 3 | HI0933 insert domain-like | ||
Mainly Beta | Beta Barrel | Elongation Factor Tu (Ef-tu); domain 3 | Translation factors | ||
Alpha Beta | 3-Layer(bba) Sandwich | FAD/NAD(P)-binding domain | FAD/NAD(P)-binding domain |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2BCP A; 1LQU A; 4BV6 A; 2VRL A; 1PBE A; 2RAB A; 1XAN A; 5KWF A; 3AEC A; 2WOW A; 3CC4 B; 3BI2 A; 3GSI A; 4EQX A; 2XVE A; 4AF7 A; 4YKF A; 3UCL A; 3RP6 A; 3AXB A; 3VO1 A; 1NEN A; 4LII A; 3I1F A; 2AAQ A; 3VQR A; 1QLB A; 1KTV A; 2OAL A; 2VVM A; 5LV9 A; 1E1N A; 1TDF A; 3ZBU A; 3VRD B; 4TMV A; 4YAW A; 1D4C A; 3NK0 X; 2WET A; 3VRA A; 4Z43 A; 1JB9 A; 4NTC A; 1CNF A; 3F8P A; 2GR3 A; 1F8W A; 2DKI A; 3CW2 A; 3ITJ A; 2I0Z A; 2J7K A; 4WQM A; 2BYB A; 5TY0 A; 1FND A; 1GR1 A; 1VQK B; 2VNJ A; 5FMH A; 2XCG A; 3S5W A; 1VQO B; 3H4K A; 2IVD A; 4X4J A; 4PC3 A; 2YVF A; 3QSM A; 3NHO X; 4EQR A; 4BJZ A; 4CNK A; 4TLZ A; 4RD2 A; 4LBV A; 3DJD A; 2B7S A; 1TRB A; 2GMH A; 1GRG A; 3OW2 B; 1IUT A; 2XNJ A; 3NYF A; 1ZDL A; 1KFY A; 4EMJ A; 4CRT A; 1BF3 A; 2GQF A; 1E1L A; 4RD1 A; 2FJE A; 2YLX A; 5KSW B; 1H83 A; 5J60 A; 3P9U A; 3NTA A; 1CQX A; 3NYC A; 3QFB A; 3JQP A; 2XDO A; 1R5N A; 4ZN0 A; 3AEF A; 3AGQ A; 3GRT A; 4FK1 A; 4TLX A; 4YAL A; 3QFR A; 3CCQ B; 5EBK A; 2NPF A; 1QGA A; 2V60 A; 3FPK A; 4K8D A; 2ZIT A; 5HY5 A; 2YWL A; 3II4 A; 4ZV4 A; 4IA6 A; 1QH0 A; 4H9G A; 4PGO A; 1COY A; 4BK2 A; 2XLP A; 3NN0 X; 4TN1 A; 1W4X A; 2WP6 A; 5C2T A; 1MXT A; 4JNQ A; 1FEB A; 3M12 A; 2WDV A; 2NVK X; 3ADA B; 2BC0 A; 3VNV A; 1CF3 A; 4Z25 A; 2C3C A; 1DJQ A; 2OTL B; 1BGN A; 4G1B A; 2DEU A; 1VQ7 B; 1BZL A; 1VQP B; 2BK5 A; 3SFD A; 5HHF A; 4XXG A; 2TPR A; 3UTE A; 4PAA A; 2GR1 A; 5ER0 A; 4R71 A; 3LXD A; 1D5T A; 3CXC B; 1RP0 A; 1NDH A; 2H89 A; 1GXF A; 1Q81 D; 3K7T A; 1PXB A; 3DH9 A; 4Y4N A; 3NGC X; 2YLT A; 3AE2 A; 3AVV A; 1QUF A; 2A87 A; 5CQF A; 1H85 A; 2R6H A; 3CCS B; 4IA5 A; 1MO9 A; 2VVL A; 2YLZ A; 4J56 A; 2V3B A; 3ABV A; 4LA1 A; 1S3E A; 2JAE A; 3P4Q A; 2VYQ A; 4FX9 A; 5KOW A; 2XFO A; 1IJF A; 3WY9 A; 1W2B B; 4NTD A; 1DOC A; 1JRX A; 3CNP A; 3WBK A; 4H4R A; 2C66 A; 1CJ2 A; 4LU6 A; 3G5R A; 1TDK A; 3AE9 A; 3AGP A; 4N3G A; 1CC2 A; 1F3P A; 3V76 A; 5H59 A; 2OLN A; 1K4Q A; 4NBS A; 5J7X A; 5EMN A; 2WEU A; 2WU5 A; 3W5V A; 2FX3 A; 2C73 A; 3KU9 A; 4AF6 A; 4XWR A; 3WND A; 1VQW A; 4JNA A; 1MOK A; 1KSS A; 4B64 A; 4UP3 A; 3AED A; 3CCV B; 4U8M A; 3ISH A; 3CCM B; 4TM4 A; 1H42 A; 2WOI A; 3CB4 A; 2C78 A; 1PBC A; 2Q0K A; 4DQL A; 2NPX A; 1IB0 A; 5U1O A; 4LBW A; 1RSG A; 3EPT A; 4H4W A; 4IV9 A; 4AP1 A; 3UTG A; 1WDT A; 4DNA A; 4DSG A; 4YAF A; 1JA1 A; 1LTX R; 1TLL A; 4KX6 A; 1H81 A; 3AD7 B; 4G5G A; 3IHM A; 1IUW A; 4F7D A; 1Q1W A; 1VQL B; 2B7B A; 3ZBT A; 2XLT A; 1VQM B; 4UDP A; 4H4Z A; 2QAE A; 4K5R A; 2A89 A; 4ZCD A; 4U8N A; 2VQB A; 1GTE A; 1OJT A; 4GR1 A; 1VQ8 B; 1GAW A; 1OGJ A; 4TM3 A; 1F6M A; 1FNC A; 3JSK A; 1KK1 A; 4B1B A; 3MCA A; 2R45 A; 2ZZB A; 2OAM A; 1ELI A; 4YAO A; 1AMO A; 3P4P A; 4H4T A; 3LZW A; 1S3B A; 1JOA A; 2GF3 A; 1K8A D; 1U2R A; 4B48 A; 4YT0 A; 3NTD A; 2BN4 A; 1ZP0 A; 4H4S A; 3PEN A; 1W87 A; 1ZM4 A; 5DSZ A; 5FA6 A; 1Y0P A; 3AB1 A; 1Z6L A; 1BKW A; 5BVA A; 4ZCL A; 3D8X A; 1W35 A; 2B7C A; 1AIP A; 1EP2 B; 1KRH A; 4P6V F; 5JCM A; 3OZV A; 2VQ7 A; 3BHK A; 4RCY A; 1Q1R A; 2YAU A; 5IQ4 A; 4BK1 A; 5GV7 A; 3QFC A; 4YAU A; 2GR2 A; 1ZKQ A; 1PBF A; 2YWH A; 2WU2 A; 1SM4 A; 3V3O A; 2BCG G; 2YG5 A; 1VQ6 B; 3NKS A; 4BJY A; 3D1C A; 1CHU A; 3RNM A; 3UTH A; 2OLO A; 2TMD A; 1EP1 B; 1V59 A; 3DA1 A; 1H7W A; 4YTM A; 4U8P A; 3OZU A; 2GV8 A; 3Q6J A; 1QVF B; 3G4S B; 4AOX A; 3CN8 A; 3BI5 A; 5FS7 A; 1Q86 D; 1HYU A; 2WP9 A; 3OJW A; 3NG7 X; 1G7R A; 5KRQ A; 2WPE A; 1KC8 D; 2YLR A; 2Z5X A; 2QCU A; 1IUX A; 3IWA A; 2EQ6 A; 1D1N A; 1E1K A; 3AYI A; 2XVJ A; 3WNB A; 4ZCC A; 1JU2 A; 4U8O A; 4EMI A; 4DSH A; 4UAJ A; 3J81 k; 2AR8 A; 2IVE A; 5GRT A; 2OK8 A; 1GES A; 4OPL A; 4QHY A; 3M13 A; 2BF4 A; 2BS4 A; 1E62 A; 1YIJ B; 4NEV A; 3AEE A; 4JN9 A; 5EB4 A; 1YI2 B; 3U6B A; 3BNU A; 4Z2U A; 1N4W A; 2EQ9 A; 1DOD A; 1KJZ A; 3FPZ A; 3ALM A; 1H6V A; 4OPG A; 3P27 A; 1ZX9 A; 3CPW B; 3W2G A; 4OPC A; 3WBJ A; 2DY1 A; 4PC7 A; 1NHQ A; 1LV0 A; 4YSX A; 4M53 A; 3GYI A; 4U9U A; 1NG3 A; 2V5Z A; 1KK2 A; 4H4Y A; 4B43 A; 4FK1 C; 1REO A; 2A8X A; 4J0Q A; 4RG4 A; 1E1M A; 2GB0 A; 1BQE A; 4UDQ A; 2JBV A; 2EIX A; 1Q9I A; 2VNH A; 3CGE A; 1GV4 A; 4U8J A; 1M1K D; 3U2Q A; 2GAH B; 4GUV A; 1XDI A; 2C72 A; 2J3N A; 4M2L A; 3PVC A; 1QGZ A; 2PIA A; 4H4X A; 5EB5 A; 3R9U A; 4Z2R A; 1N4U A; 1BX0 A; 1DDI A; 3GWD A; 3S61 A; 2WPF A; 1XHC A; 2OTJ B; 2DCU A; 1EL7 A; 4ACB A; 1QVG B; 4C43 A; 3DJJ A; 4B47 A; 3W5U A; 1FRQ A; 3EAN A; 3LJP A; 4Y9R A; 1KNR A; 2Q6U A; 1J9Z A; 4H4U A; 4X9M A; 2O9Z A; 4J34 A; 3L1R A; 4I59 A; 3UOX A; 3CCJ B; 4J31 A; 1TDE A; 4CY8 A; 1L0V A; 1EWY A; 3UP4 A; 1GVH A; 1ZM9 A; 1OJC A; 3RHA A; 3P26 A; 2ZZC A; 4EQW A; 3NK1 X; 3CPJ G; 3AEA A; 2FJD A; 2VZ2 A; 1XPQ A; 1JRY A; 4B66 A; 2IID A; 2BA9 A; 2BK4 A; 3NYE A; 3AE4 A; 1BJK A; 1VG9 A; 3GMB A; 1GRT A; 1CJC A; 1KDG A; 2BVN A; 2PLF A; 1N1P A; 3AWI A; 4U2S A; 3VNU A; 2VZL A; 2EFG A; 2QA2 A; 1PJ5 A; 1UKV G; 2YLS A; 3NN6 X; 3SFE A; 2X8C A; 4JQ9 A; 5CKU A; 1QX4 A; 1IUV A; 3UKQ A; 3NRN A; 3UKK A; 2RGH A; 4CCR A; 1JNZ A; 1QGY A; 4Y4L A; 4ACA A; 1EXM A; 1B5Q A; 1PJ7 A; 2YVG A; 3P4R A; 3AE6 A; 5KXJ A; 1TYP A; 3K7M X; 4H2P A; 3EAO A; 3T37 A; 1LPF A; 1D7Y A; 1YJ9 B; 4RD6 A; 1XE1 A; 2Q7V A; 3DME A; 3CNT A; 4NTE A; 1KQS B; 1YJN B; 3KKJ A; 4EM4 A; 2VNK A; 1W34 A; 3AD8 B; 4OPD A; 2VVL G; 1G7S A; 2YQU A; 4GRT A; 1HA3 A; 1DXL A; 3LZX A; 5TV2 A; 3NT6 A; 2XVH A; 3AE8 A; 1ONF A; 3CNJ A; 1Q7Y D; 2XVI A; 1F8S A; 1NDA A; 4ICY A; 3AE7 A; 3O0H A; 2QTL A; 4GCM A; 4TM0 A; 2X50 A; 2Y6Q A; 1NAA A; 4H4Q A; 1CL0 A; 1YKJ A; 1PJ6 A; 4YTP A; 1O94 A; 2ZBW A; 1TDN A; 3Q9T A; 1D8T A; 1CJ4 A; 3V3N A; 2YVJ A; 1M6I A; 4H2Q A; 5U25 A; 3VR9 A; 2X99 A; 1PXC A; 1ZUN B; 3ES9 A; 3QJ4 A; 2B9W A; 5BRT A; 2OA1 A; 2DET A; 4I58 A; 3GDP A; 3RP7 A; 1G7C A; 2BMW A; 3E1T A; 4ZGQ B; 2E1M A; 2JK6 A; 4GDE A; 3ALL A; 2WDR A; 3FIM B; 3WNC A; 3QSS A; 4Y9U A; 2YWE A; 2BXR A; 3ICT A; 4A9W A; 3QE2 A; 1ZOY A; 3COX A; 3I6D A; 3C4N A; 4M4S A; 2H88 A; 2YM1 A; 1ZM3 A; 4LBY A; 4C74 A; 3LO8 A; 5KVI A; 1H82 A; 3CME B; 2XVF A; 2E5V A; 3UKA A; 3AVT A; 4TM1 A; 4USQ A; 1D2E A; 2VNI A; 4A65 A; 2B7R A; 3ALJ A; 4OPT A; 1O95 A; 3ATQ A; 1N4V A; 2FBW A; 4RG3 A; 1X31 B; 3E20 A; 3FJO A; 4HE5 A; 1IUU A; 2C77 A; 2JKC A; 1OJA A; 4H4V A; 4BK3 A; 3ZZT A; 3ZC3 A; 1OJD A; 3BHF A; 1GEU A; 3IF9 A; 1OB2 A; 5THX A; 3SGL A; 2APG A; 3DGH A; 2QMU A; 4B63 A; 4YSY A; 1QFZ A; 1KSU A; 4N9X A; 2R46 A; 4A5L A; 2FJB A; 1K0J A; 2BAB A; 4JY2 A; 1GAL A; 2R4J A; 3ZYX A; 4YWO A; 1CC6 A; 4OCG A; 2XYO A; 2C3D A; 3AE3 A; 5BUK A; 4H7U A; 1JEH A; 4CCQ A; 4U2L A; 2R9Z A; 3NK2 X; 4J33 A; 4BPR A; 3W5H A; 3DK8 A; 5FS9 A; 3KA7 A; 1IJE A; 1O5W A; 5KOX A; 4DGK A; 4HE6 A; 3AVX A; 4U8I A; 1FNM A; 2YG6 A; 2CND A; 1VQN B; 3ZZ0 A; 4UDR A; 2HCJ B; 3URH A; 2XNC A; 4A99 A; 3CGC A; 4YHB A; 2GVC A; 2V61 A; 1DDG A; 3C96 A; 3DJE A; 2QTZ A; 4M0L A; 1JJ2 B; 4N3N A; 1YQZ A; 1B37 A; 3GD4 A; 3K30 A; 3LVB A; 2VOU A; 1QJD A; 3W2H A; 2FJA A; 2VRM A; 3F8D A; 3B78 A; 2D74 A; 1Q82 D; 3QVR A; 4U8L A; 5HYM A; 1PS9 A; 1NPX A; 2WOV A; 2GQW A; 2CDU A; 2Y6R A; 4A6N A; 4REK A; 3B6D A; 2WP5 A; 3LOV A; 2QA4 B; 1PXA A; 1GOS A; 3BI4 A; 2XFN A; 3W2I A; 2BGI A; 3KD9 A; 4BUR A; 1NHS A; 4WCT A; 3CPI G; 2WHD A; 2DKH A; 2YR5 A; 4P9S A; 3BNM A; 1JA0 A; 4RCZ A; 5M10 A; 1S2Q A; 2ACZ A; 1SEZ A; 4Z2T A; 4RD0 A; 4MYT A; 2BM1 A; 1P2H A; 3MMP A; 2BS3 A; 4Y7C A; 5JCK A; 3LAD A; 4M52 A; 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