The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
51
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sequence length |
147
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structure length |
147
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Chain Sequence |
DDLEQYLDEKILRLKDEMNIAAQLDIDTLNKRIETGDTSLIAMQKVKLLPKVVSVLSKANLADTILDNNLLQSVRIWLEPLPDGSLPSFEIQKSLFAALNDLPVKTEHLKESGLGRVVIFYTKSKRVEAQLARLAEKLIAEWTRPII
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
The Transcription Factor Spn1 Regulates Gene Expression via a Highly Conserved Novel Structural Motif.
pubmed doi rcsb |
| molecule tags |
Transcription
|
| source organism |
Saccharomyces cerevisiae
|
| molecule keywords |
Transcription factor IWS1
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| total genus |
51
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| structure length |
147
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| sequence length |
147
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| chains with identical sequence |
B
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2010-06-10 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF08711 | Med26 | TFIIS helical bundle-like domain |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Up-down Bundle | Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces | Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces | ||
| Mainly Alpha | Up-down Bundle | Transcription Elongation Factor S-II; Chain A | Conserved domain common to transcription factors TFIIS, elongin A, CRSP70 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1H89 A; 1FOS F; 5CMZ A; 5APV A; 4C7N B; 2W6A A; 1DH3 A; 3KDP B; 2P67 A; 3I5C A; 1SP4 A; 2BAS A; 4LC1 A; 5AVQ B; 5AVW B; 3TYY A; 4C46 A; 2WPR A; 3KQG A; 5AVZ B; 4C7N A; 2B4J C; 2C9L Y; 3P32 A; 2XV5 A; 3F9K C; 2E42 A; 3P7K A; 5AVS B; 3LIE A; 1SLQ A; 3NTN A; 4KHX A; 3HTK A; 2E43 A; 2YNY A; 1CI6 B; 5AVT B; 2P7J A; 2R5D A; 1NAF A; 2IPP A; 3HE4 B; 1G2C B; 1GK6 A; 1MFZ A; 3MD0 A; 5AW3 B; 2YO2 A; 3TK1 A; 1GU5 A; 4XE5 B; 4GKG A; 3LID A; 1GTW A; 1CI6 A; 3HPH E; 3HE4 A; 3O8Z A; 1H8A A; 2N3A B; 5AVR B; 2ZFC A; 2XZR A; 5AVV B; 3A3Y B; 5AVU B; 1OWA A; 5APU A; 2XU6 A; 3NXS A; 3L37 A; 4JYB A; 4RES B; 1GK4 A; 1OXZ A; 2ZXE B; 1T2K D; 5APQ A; 3HE5 B; 3B8E B; 3VMZ A; 1CZQ A; 3A2A A; 3M9H A; 5AW4 B; 1EO0 A; 5APY A; 3T97 A; 2Q7C A; 1MUU A; 2KP8 A; 5AW2 B; 4AUW A; 3HE5 A; 3M0D A; 5AW1 B; 5AW5 B; 4EOT A; 5APX A; 1HUC A; 1GD2 E; 2QM7 A; 3VMX A; 3VN0 A; 1FAV A; 4B86 A; 2XPO A; 3UIA A; 3TNU B; 3P8M C; 2WTY A; 3V4W A; 1H88 A; 2WT7 B; 2R32 A; 1MV8 A; 2Z5I A; 1CSB A; 1GU4 A; 2C9N Y; 3V4Q A; 3IR9 A; 3TNU A; 2Z5H A; 2P2U A; 3A7O A; 3M91 A; 4GT1 A; 2WT7 A; 3MGN A; 1T2K C; 1IO4 A; 4I6M C; 5AW7 B; 1WJT A; 5AW9 B; 2R5B A; 3NMD A; 4M3L A; 2W27 A; 5APS A; 1S9K D; 2XPN A; 3OAK A; 1HWT C; 2QM8 A; 3A5T A; 2WPQ A; 2VRS A; 1GZL A; 5APW A; 3V5B A; 1A02 J; 3L36 A; 2H7H A; 1S9K E; 5AVX B; 2XPP A; 1NWQ A; 5AW8 B; 1KQL A; 2N9B A; 3U88 C; 3VYI A; 3M9B A; 3VTP C; 5AW6 B; 1JNM A; 1JUN A; 1J2J B; 4AQR D; 1HJB A; 5AW0 B; 2R3C A; 3VMY A; 4HYT B; 3L35 A; 1FOS E; 3NFQ A; 5AVY B; 3SWF A; 1Z9E A; 3HPG G; 4JYC A; 5APT A; 2WPS A; 1YYC A; 2JJL A; 4AYC A; 3M06 A; 1X8Y A; 2XPL A; 2Q5U A; 1HBW A; 3M0A A; 2YO3 A; 2WWW A; 4I2L C; 4DZO A; 2Q3I A; 1A02 F; #chains in the Genus database with same CATH topology 2HFE D; 2BAS A; 1USE A; 2GUS A; 2GM4 A; 3I55 P; 1JMM A; 3Q5R A; 4PJ0 E; 1LWU B; 3F5H A; 2WSF H; 5AVT B; 1RQV A; 1G2C B; 1NTM K; 1PPJ E; 1N7L A; 5B5E E; 3D7H A; 3HPH E; 3L75 G; 3L74 E; 3NXS A; 4JYB A; 3RK3 E; 2ZXE B; 1VQ4 P; 2B9B A; 3A0B E; 1BGY E; 5KJ7 D; 2I1K A; 1SQX K; 4WY4 D; 4GPL B; 3HE5 A; 2L91 A; 4P44 A; 4PJ0 H; 1VDF A; 5APX A; 3AE4 C; 1ZRT D; 2QRX A; 1IC2 A; 2IZ1 A; 1SQV J; 3MZW B; 1JTH A; 5B5E H; 4NPD A; 1NTK K; 3FF3 A; 1EDK A; 3NMD A; 2FYU E; 1EXJ A; 1U7M A; 1LGH B; 3H1I J; 4MN4 C; 3TGU E; 2J58 A; 3A0B H; 5BVZ A; 3U1C A; 1GZL A; 2H43 A; 2POH A; 1GW4 A; 3SFD C; 4PD4 D; 2XPP A; 1OFC X; 3BVH A; 5AW6 B; 3CWB J; 2CPS A; 5K5G B; 1KFM A; 2KSE A; 1URQ C; 1IK7 A; 1KIL D; 3U1A A; 3IWW A; 1AFO A; 1HGZ A; 1Q90 D; 4DZO A; 3RK2 B; 1FBV A; 1KYO E; 1SQB G; 3H32 B; 1X22 A; 2Q6Q A; 3TYY A; 2D2C D; 1T8Z A; 1NVO A; 1FDO A; 2WMM A; 3S9O A; 2E74 D; 1CI6 A; 2AEF A; 4N78 E; 3H6P A; 4JZ0 A; 5DJT B; 3S9L A; 1YTZ I; 3HUS C; 4PV1 C; 1Q86 Q; 1KYO H; 5AW4 B; 3RBX A; 2KP8 A; 4LGD E; 3IAO A; 5KLV K; 2WZ7 A; 1SQQ E; 5AXI A; 1S1C X; 3CI9 A; 3FGA D; 2LXC B; 4IFF A; 2C6G A; 4HKZ H; 1WJT A; 1URQ A; 2Y1M A; 3PRJ A; 5KJ7 C; 1YHQ P; 2K9J A; 2W6B A; 1KB9 E; 3H1L D; 4ZMD A; 1CX8 A; 1BE3 J; 1ZLL A; 4L76 A; 2W90 A; 1M8O B; 2B87 A; 2OTK E; 2XEG A; 2GUV A; 3CXH D; 1SQB E; 3F89 A; 1BSH A; 4P4I A; 2JP3 A; 4OGQ D; 3H1J J; 2A06 D; 1FJK A; 1QL2 A; 1X8Y A; 1SFC C; 4XFJ A; 2O01 N; 3IFM A; 1J1E B; 1KB9 H; 1NOH A; 1NJI Q; 1N2D C; 2HYN A; 3I5C A; 3HUS A; 3CCV P; 4D6T D; 2WPR A; 3VRN A; 1LP1 A; 1Z56 A; 3EFG A; 1KIL C; 2J59 M; 2P7J A; 2ZXX A; 3H1H G; 2HOD B; 3Q5P A; 1IFP A; 5EFW B; 5CCH D; 4R4L A; 3TSI A; 4PD4 I; 1OWA A; 3G6E P; 5HKW A; 1OXZ A; 3HD7 D; 3KYQ A; 3L70 J; 5APQ A; 2D2C C; 5KJ7 A; 3AED C; 1QX8 A; 3CCL P; 3MUD A; 4NGP A; 4EOT A; 1RQU A; 1GD2 E; 2E74 C; 1PGP A; 4IL6 E; 1ZXG A; 3MHV A; 2M5A A; 3BXM A; 3CX5 D; 3CL3 D; 5AW9 B; 4M3L A; 2JDI H; 4YTP C; 3A0H H; 2NRG A; 1BCC D; 1Q82 Q; 1SFC A; 3PH0 A; 1NH4 A; 3EWK A; 3SFE C; 2GA1 A; 1W2B O; 2NZ2 A; 1NWQ A; 3U59 A; 2E5T A; 2Y0E A; 3TGU J; 4IL6 H; 2OYO A; 4GOE A; 3IF4 A; 1Z9E A; 1KIL A; 1R8E A; 3S1K A; 4AYC A; 3M06 A; 3SWK A; 1SQV G; 3LW5 J; 3VP8 A; 1RF1 C; 2HR3 A; 3SJX A; 1H89 A; 5CCG D; 4L73 A; 3H1I G; 3V6I A; 4OGQ C; 2QVA A; 3V2Q A; 3Q5S A; 1L0N D; 1OVU A; 3L75 J; 2FXO A; 1ZME C; 3JC2 2; 1XTC C; 3GF7 A; 2QJY B; 3RBZ A; 1RF0 C; 1LT9 B; 1VQN P; 1Z8L A; 1JY2 P; 3Q1M A; 2WSE H; 1FBM A; 4TT3 H; 4U3F D; 2MJZ A; 5AW5 B; 3WU2 E; 1OMI A; 5CCH C; 1M1K Q; 1VF5 D; 4GOF A; 3L73 D; 4IL6 X; 3BUN B; 4JF7 A; 2E76 D; 1Y8A A; 2CIJ A; 1VQ8 P; 2WT7 A; 3HD7 C; 2FFD C; 2Q1K A; 1M1J B; 5HKY A; 1J1D C; 1G1I A; 2UWJ E; 4BPU B; 3D7F A; 1SQV E; 1JB0 J; 1A02 J; 1H0T A; 2H7H A; 1RF1 A; 2FYU K; 1EZV G; 1JM0 A; 1M7L A; 3WU2 H; 1NU1 J; 3H1I E; 1UII A; 4WB4 A; 1HJB A; 3VMY A; 2NPS B; 3L35 A; 4KT0 J; 1JCC A; 2JBK A; 3B71 A; 2WPS A; 4P4D A; 1A02 F; 1RF0 A; 2Z4E A; 2E75 B; 1L4A D; 5AVQ B; 3HTK B; 3AE1 C; 2MKV A; 5KLI B; 1BE3 G; 3RL0 C; 3AEG C; 1PPJ D; 4KHX A; 3CX5 I; 2YNY A; 2LXB A; 3L74 D; 5CCH A; 4P4E A; 3RK3 D; 1L4A B; 3V2N A; 1GTW A; 5CCG C; 3H1J G; 1BGY D; 2A45 I; 4JBZ A; 3HD7 A; 4RES B; 2FFD A; 2CBL A; 1JY3 P; 2KB7 P; 1Q7Y Q; 3B8E B; 1G1J A; 5APY A; 3T97 A; 4OC2 A; 1PGJ A; 5E79 E; 5AW1 B; 1BSN A; 2B89 A; 3VP9 A; 4I7Z B; 2QG4 A; 2AXT E; 2N9Y B; 2Q9I A; 1KTM A; 2FYU D; 3D70 A; 1N7S D; 2Z5H A; 1L0L J; 2OYI B; 2R5B A; 4H0L D; 1VQP P; 2L5G B; 2IYP A; 1T3U A; 1GL2 D; 2QJK B; 5E79 H; 4NPF X; 1VF5 C; 2E76 C; 2N1T B; 4I1L A; 3OW2 O; 1VPC A; 2AXT H; 5F13 A; 4ZKP A; 1BE3 E; 3HPG G; 1SQB K; 4NGT A; 2O3J A; 3CC7 P; 4W7Y A; 1KYO D; 1ZN5 A; 4NPE A; 5CMZ A; 5CCG A; 3H1J E; 1PGQ A; 3H1H J; 4ZKU A; 1Y9B A; 5DJU B; 3B5N D; 4WWI A; 3B4S A; 3BUM B; 3D7D A; 1NAF A; 2WSE J; 2H88 C; 4XE5 B; 1PFI A; 2N3A B; 2FXM A; 2Y9Y A; 2K1A A; 3TDK A; 3KAS A; 3AEA C; 1LT1 A; 2IX7 C; 1SQQ D; 3H1K D; 1QEX A; 1IFM A; 3W68 A; 1SQP D; 1KZU B; 2SPZ A; 3AE7 C; 2KS1 B; 3P8M C; 5GTI E; 2XEJ A; 3L70 E; 3CCE P; 2Z5I A; 1MKM A; 2K37 A; 4X3R A; 3TNU A; 1NTZ G; 4GT1 A; 2QIW A; 2I8D A; 3ZDM A; 3L71 G; 1QVG O; 1OX3 A; 4UB8 E; 1WMK A; 1K9M Q; 4OC5 A; 1LTA C; 1USD A; 2N9B A; 2PAJ A; 2ZYD A; 3O6Q B; 1S72 P; 2PP6 A; 2KUB A; 4YXW H; 3D6Z A; 1P84 E; 1GDT A; 1N7S C; 5GTI H; 5AW0 B; 4BRY A; 5M1B A; 4R4M A; 4H0L C; 3FED A; 1IK9 A; 3BI0 A; 3HRN A; 5KAF H; 1GL2 C; 3WUT A; 2Y1N A; 4UB8 H; 1BDD A; 1VQ5 P; 4C7N B; 3ZNI A; 2XNX A; 2XKM A; 4LC1 A; 3RK2 D; 3KQG A; 1P84 H; 5AVS B; 2YIU C; 1SS1 A; 1OW8 A; 3N4X A; 3P8C E; 1KFN A; 2R5D A; 3HE4 B; 3G4S P; 1NU1 G; 1HGV A; 1S5L H; 1E5W A; 3L75 E; 1NTM D; 2YKP A; 5B66 E; 1SFC B; 2ZT9 B; 3B5N C; 1T2K D; 4Z1M H; 1ZV8 A; 2XDJ A; 3BI1 A; 4W80 A; 1M57 D; 1EO0 A; 4C7R A; 3R4Y A; 3BUO B; 1K8A Q; 3LW5 H; 3ITK A; 1SQX D; 3UIA A; 1LWU C; 3II6 A; 1KYO I; 1N7S A; 2JKV A; 2CPB A; 3R2P A; 4O9B A; 5HKZ A; 2ZJS E; 2O1K A; 2KNC A; 3VGO A; 2C6P A; 5B66 H; 1RH5 B; 5APS A; 2B88 A; 2P10 A; 3C8V A; 2E5Y A; 2IBZ G; 1NTK D; 1GL2 A; 2R44 A; 3BCC D; 2FYN B; 1L0N J; 4IOI H; 1FZC C; 1K05 A; 1SQV K; 1J2J B; 1VQ6 P; 3AE5 C; 2OOT A; 5APT A; 4WY4 C; 3MUD C; 4EI2 A; 2HPC B; 2YO3 A; 1NU1 E; 1L0L G; 4LQG A; 1FJP A; 2JR8 A; 2W6A A; 1DH3 A; 3B5N A; 1FZB A; 1K73 Q; 4EYY Q; 1KB9 I; 1OZH A; 1W2E A; 1YVH A; 3TK1 A; 2YO2 A; 1LWU A; 2BEZ F; 3KZI E; 4DOJ A; 1G2C A; 2FBW C; 2H89 C; 3E1R A; 1NYH A; 5APU A; 3OB1 B; 3L37 A; 2KYV A; 3L72 D; 3OJA B; 3BUX B; 1IFJ A; 1WT6 A; 3RK2 C; 1MFT A; 3EFF K; 2KOG A; 1GW3 A; 2IBZ E; 2BCC D; 2P58 A; 1PGO A; 3VN0 A; 1LTT C; 1FZC A; 2R32 A; 5KLV D; 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