The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
45
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sequence length |
162
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structure length |
159
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Chain Sequence |
NAERDEVGARKNAVDEEIERLSQPGDQRLNALAERFGGVLLSEIYDDVSLEDAPYFSALYGPSRHAIVVPDLSQVTEHLEGLTDCPEDLYLIEGDPQSFDDSVFSVDELEKAVVVKIADRQWRYSRFPEVPLFGRAARESRIESLHAEREVLSERFATL
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Structural basis for the MukB-topoisomerase IV interaction and its functional implications in vivo.
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
DNA topoisomerase 4 subunit A
|
| molecule tags |
Isomerase/cell cycle
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| source organism |
Escherichia coli
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| total genus |
45
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| structure length |
159
|
| sequence length |
162
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| chains with identical sequence |
D
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2013-09-09 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Up-down Bundle | Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces | Immunoglobulin FC, subunit C | ||
| Mainly Alpha | Up-down Bundle | Taq DNA Polymerase; Chain T, domain 4 | Taq DNA Polymerase; Chain T, domain 4 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2Q1K A; 1H0T B; 5DJU B; 5CBN A; 2HR3 A; 1LT1 A; 1OVR A; 1EDK A; 4HJG H; 4WWI A; 2SPZ A; 1EDL A; 1U7J A; 2R44 A; 4NPD A; 2KUB A; 2RKL A; 2OTK E; 2P58 A; 2LR2 A; 2I8D A; 4NPE A; 3IBP A; 1EDI A; 1MFT A; 2UWJ E; 4IOI H; 2ZAE B; 1NVO A; 4NPF X; 4GOE A; 1BDD A; 2B89 A; 2QVA A; 1BDC A; 2B87 A; 1OVV A; 2M0B A; 5DJT B; 1SS1 A; 4ZNC A; 3S1K A; 2KZJ A; 2B88 A; 2JWD A; 3PH0 A; 1Q2N A; 2LXC B; 1OVU A; 1X0T A; 1EC5 A; 2KS1 B; 2LXB A; 1LP1 A; 3FXE A; 2WMM A; 4KJM A; 4BXL A; 1Y47 A; 5C39 A; 4CPG A; 4ASV A; 2KZI A; 1EDJ A; 4GOF A; 2K3R A; 1H0T A; 2M5A A; 1U7M A; 4HKZ H; 5K5G B; 2QRX A; 4K3A A; 4HB1 A; 1ZW0 A; 3QWO C; 1JM0 A; 3ZDM A; 2M5A B; 3MZW B; 3MHV A; 4JBZ A; 3RGU A; 4ASW A; 2B87 B; 2KIK A; 4ZMD A; 3FXD A; 4MN4 C; 5EFW B; 1DEE G; 1FC2 C; 1ZXG A; 4GOD A; 4K35 A; 4EYY Q; 5CBO A; 1S3J A; 1LP1 B; 1JMB A; 2KI7 B; #chains in the Genus database with same CATH topology 2IFN A; 4PD4 D; 1SQP D; 2HR3 A; 2KS1 A; 5AW8 B; 1USE A; 1PGO A; 3RR7 A; 2R44 A; 1N2D C; 2NPS D; 1NKC A; 2KLV A; 3I56 P; 1GMJ A; 3L75 E; 3MUD A; 4GDO A; 3JCU H; 3RL0 B; 1TAU A; 2H88 C; 1J1E B; 2WSE H; 1MFT A; 2ZAE B; 1Q7Y Q; 3GHG C; 2OYI B; 1ZME C; 1YJ9 P; 3CXH E; 1MZ9 A; 1PV3 A; 1VQ9 P; 1OWA A; 4GIF A; 4AUW A; 1GD2 E; 5TJH A; 1EC5 A; 3U1C A; 4DWI A; 3FXE A; 1KYO I; 2WMM A; 2AXC A; 1PL5 A; 1CSB A; 1L0N J; 1EZV E; 4DSF A; 1KB9 I; 3WU2 E; 2WT7 A; 3LWM A; 3AEF C; 3HPO A; 5KJ7 A; 4DZO A; 1KB9 H; 1NTK E; 1QVG O; 1RE3 A; 1RQV A; 5AW3 B; 1VQP P; 1K8A Q; 4H0L C; 3I5C A; 1CI6 A; 4IFF A; 1HF9 A; 2BAS A; 5EFW B; 1FDM A; 1NOH A; 1KQF B; 5AW6 B; 1G2C A; 1NTZ E; 1LJ2 A; 1BCC E; 3HE5 A; 4F8R A; 1SKS A; 3HT3 A; 2QJY C; 1NTK G; 1JMM A; 1SQP K; 3M0D C; 1PIX A; 3H32 A; 3H1J E; 1URQ D; 4NPD A; 1L3T A; 5AVR B; 2BEZ F; 3NFQ A; 2JR8 A; 2YIU C; 2H89 C; 3PJS K; 3M06 A; 1BCC G; 1GU5 A; 2FFD A; 2M0B A; 1A02 J; 1TAQ A; 2Y1J A; 2G3A A; 1SS1 A; 4C46 A; 3AE4 C; 1SQV D; 4H44 C; 1EQ7 A; 3L37 A; 2QJP B; 1OZH A; 2HG5 D; 2L91 A; 3H1J G; 4ELU A; 1RHZ B; 3JCU E; 1XC9 A; 2C9N Y; 4DQS A; 2JKV A; 4B9V A; 3CWB J; 3RTV A; 2VRS A; 1JY2 N; 2FXM A; 1YHQ P; 1H0T A; 4HKZ H; 2PP6 A; 4DCK A; 3P7K A; 2N9B A; 3TK1 A; 1KIL C; 5KLI C; 4OGQ D; 2W6A A; 1PPJ G; 1N73 B; 1L0N K; 4UB6 H; 5AW7 B; 4I7Z C; 4PJ0 H; 1KQL A; 3SZ2 A; 4ZMD A; 1GXL A; 1YTZ T; 5TIS H; 2IBZ D; 2O3J A; 4L75 A; 3HUS B; 1IJD B; 2QM7 A; 4BRY B; 2RN0 A; 4B9L A; 3L73 J; 3TNU A; 2NRG A; 2Q1K A; 1NWQ A; 4DLE A; 5CBN A; 4IL6 X; 1VQO P; 2AJQ A; 2FKW B; 1EXI A; 4DSJ A; 1S9K E; 2B9B A; 5APY A; 3TAQ A; 3TI0 A; 1LV5 A; 3L73 D; 1LWU C; 3A0B H; 1OMI A; 4Y99 B; 4KTQ A; 1PGJ A; 2Y9Y A; 4TLF A; 1L0L G; 1USD A; 3H1L J; 2NPS C; 4NPF X; 2ZT9 D; 1NAY A; 1ZP0 C; 4ELV A; 5DJT B; 4B9N A; 2OGU A; 2AXT H; 5KLV J; 1HBW A; 2M3B A; 3H1K D; 1VQL P; 2CPS A; 3H1L D; 1YQ3 C; 1BSH A; 2KS1 B; 1NJZ A; 3AE1 C; 2FYU J; 2ZVN B; 3L35 A; 1GTW A; 2HHT A; 1JTH A; 1MUU A; 2K3R A; 3KZI H; 1U7M A; 5KLV D; 1NU1 J; 4B9S A; 1FZC C; 2FYU D; 1T3U A; 3VTP C; 2Y0E A; 5CCH C; 3CC4 P; 3SWY A; 1GW3 A; 2M5A B; 3MZW B; 2IX7 C; 1ZN5 A; 3JSV C; 4JBZ A; 5CJ0 A; 1NU1 D; 4W7Z A; 2WSS H; 2WSF J; 2HHU A; 2FYN B; 1YJW P; 5H2F E; 4C8M A; 1OW7 A; 1SL0 A; 1HTL C; 1BE3 D; 2A45 G; 1ZLL A; 3L72 G; 4EIJ A; 3H1I J; 1NK7 A; 2KI7 B; 3CCV P; 2YO2 A; 5CJ4 A; 1L4A A; 3PHL A; 2KNC B; 3E1R A; 2HPC A; 2WT7 B; 2XKM A; 1UIX A; 2Q6Q A; 3U1A A; 3RK3 D; 3H1I D; 4N6J A; 3SFD C; 2LR2 A; 3C1L A; 1T7P A; 3SWK A; 1RH5 B; 1CI6 B; 3GG2 A; 1GL2 D; 1URQ C; 1YQ4 C; 4C8N A; 1BGY J; 1E5W A; 4EI2 A; 1P84 I; 2QVA A; 1SQX E; 2O01 J; 3TAN A; 1G2C B; 3WUT A; 2ZXE B; 4WY4 A; 3A2A A; 2E75 B; 1PGQ A; 1ZYQ A; 3A0B E; 3U59 A; 4OH8 B; 3B5N D; 1W2B O; 1IFJ A; 3H32 B; 3CX5 E; 1KFS A; 2C0X A; 5APT A; 5KLV K; 3M9Q A; 2PRR A; 2AXT E; 1SQX G; 2IDB A; 1J1D C; 3KQG A; 3KXD A; 3V4Q A; 2FYU K; 3KTQ A; 3QWO C; 1N7L A; 2FFD B; 1ZR4 A; 1NU1 K; 1LTI C; 2KIK A; 4MN4 C; 4U3F J; 2XV5 A; 1NKZ B; 2OAR A; 4OGQ C; 1VF5 D; 3BCC J; 3L74 D; 3H1H G; 1N7S D; 1DH3 A; 5SZT A; 1H0T B; 2N1T D; 3P32 A; 2KZZ A; 4F4K A; 5KKZ C; 1M57 D; 4U3F D; 4HJG H; 2JJL A; 2YXQ B; 2SPZ A; 3BCC D; 2CK3 H; 2XDJ A; 1SQQ J; 5B5E E; 3TGU G; 3MIW A; 3CXH I; 1NK4 A; 3L71 D; 1XTG B; 1SFC D; 4EZ6 A; 5AVY B; 1W5C E; 4GOE A; 4O9B A; 2JP3 A; 1R5S A; 2E76 B; 4B9M A; 3TNU B; 1EZV I; 1NTM K; 1WMK A; 2ZT9 C; 3HD7 D; 2XY5 A; 1MFZ A; 3PRJ A; 2XU6 A; 1Y47 A; 2IFM A; 1KIL E; 4H13 B; 2YMY A; 3WU2 H; 3KHU A; 1Q86 Q; 3Q2Y A; 4D6T G; 3GHG A; 3RK2 B; 3TF5 A; 2AEF A; 5CHX A; 2Q9I A; 3IF4 A; 1YIJ P; 1S5L H; 3S4R A; 4QMA A; 4BRY A; 5AW5 B; 4ASW A; 4U7J A; 3T97 A; 2BCC D; 1QTM A; 1M90 Q; 3D71 A; 1PP9 D; 2BCC G; 2KP8 A; 1PP9 G; 3UIA A; 3EFF K; 4HYT B; 4RES B; 4PD4 E; 1JTH B; 1VQN P; 2QE7 H; 3BVH A; 1EXJ A; 2W6J H; 1W2E A; 1VQK P; 1U57 A; 3AE5 C; 1ZR2 A; 2JDI H; 1JNM A; 2J5U A; 1IFM A; 1OX3 A; 1X9M A; 3V2Q A; 1S4X A; 1YJN P; 1VQM P; 3RK3 C; 3V5B A; 3FX0 A; 1JOC A; 1QL1 A; 1JO5 A; 3NTN A; 3M8S A; 1SQP G; 2Y0D A; 3E7K A; 5AVQ B; 2IZ0 A; 4XE5 B; 1SQQ K; 3USS A; 2M3E A; 4KHX A; 2KSJ A; 2HFE D; 1GL2 C; 2L5G B; 1L3S A; 1L4A B; 2KTQ A; 1SQB J; 2ZFC A; 2HPC B; 5E41 A; 1YTZ I; 1YIT P; 1K04 A; 1AA0 A; 4GT1 A; 3L4F A; 2M5A A; 5B66 H; 2YKQ A; 5AVW B; 4LGD E; 1OW8 A; 2Q7C A; 4OVN F; 3B5N C; 4DOJ A; 1SQB D; 5GTI H; 2YKO A; 1Y9B A; 2HOD A; 2KLU A; 4UB8 E; 4DFP A; 4F3O A; 1RF0 A; 3P8C E; 3L75 J; 2XZR A; 1L2P A; 1LTJ C; 2GUV A; 5CCH D; 2Z5H A; 1IFP A; 1CZQ A; 4WY4 B; 4L73 A; 2KNC A; 1QX8 A; 3EQ2 A; 3L75 D; 2MKV A; 1KSP A; 1LT9 C; 2E74 D; 2I1J A; 4DF8 A; 3AEB C; 1L0N D; 1S5L E; 1L0N G; 1EDK A; 4DFK A; 3LW5 J; 4YFU A; 3AE2 C; 4PV1 B; 1VF5 C; 4N3Y B; 1KIL A; 1N7S C; 3CXH D; 3SWF A; 4B9U A; 2WSC J; 3GW6 A; 2IYP A; 2N1T C; 4YXD C; 1JB0 J; 3PP5 A; 2OYO A; 5AW1 B; 2ZXX A; 4IOI H; 5AVZ B; 4ELT A; 2V4H A; 1Z56 A; 5KTB A; 3WUV A; 2XO7 A; 3KYQ A; 3CCM P; 3CCL P; 1SFC C; 1SQV E; 3CD6 P; 1NGM B; 1Q81 Q; 3TAP A; 5AVU B; 2LXC B; 1PGP A; 2FYZ A; 1GW4 A; 1KMI Z; 4DLG A; 1NTZ J; 2A45 H; 4ASV A; 4DQR A; 3AE6 C; 1BCC J; 1UA0 A; 2GUS A; 1G1I A; 5CMZ A; 1JY3 N; 3HD7 C; 2NPS A; 4BDP A; 1NK9 A; 1PPJ E; 1SQB K; 1NTZ D; 1SQV G; 2QJK C; 1IK7 A; 4XIU A; 2Y9Z A; 3IR9 A; 1VQ8 P; 4C8O A; 2YNY A; 5H2F H; 3CCS P; 4RKU J; 5B66 E; 1KQS O; 1AQ5 A; 3VMX A; 1RF1 C; 3OJA B; 3ABV C; 2FBW C; 4DQI A; 3CWB D; 3PV8 A; 3VP8 A; 3CLQ A; 5GTI E; 3OJS A; 3CCU P; 2JWA A; 3PY8 A; 1FZC A; 2YXR B; 1HWT C; 3BDP A; 2Q3E A; 3GHG B; 2POH A; 2WSE J; 5AW9 B; 2E5Y A; 2IBZ G; 1L0L E; 1S1C X; 1NKN A; 1R8E A; 4WB4 A; 3RL0 D; 3T97 B; 2Y1I A; 3O6Q A; 1M56 D; 1L3V A; 2B89 A; 2V7Q H; 2B87 A; 4WVZ A; 3H1K E; 3H1L E; 3L73 G; 3PLN A; 2D2C B; 4KJM A; 3EWK A; 1TK8 A; 3A7O A; 5C39 A; 1NTK K; 3G71 P; 4RO0 A; 3W68 A; 1DX7 A; 2WQY C; 3CX5 H; 4GOF A; 2R3S A; 3CPW O; 4H0L B; 1M1J C; 2Z4E A; 2P1J A; 1URQ A; 3T3F A; 1NYH A; 4K3A A; 2KSE A; 1KTQ A; 1KYO D; 3R2P A; 1ZW0 A; 3NXS A; 2OYH C; 4BWN A; 1TKD A; 1DEB A; 4C7N A; 3H1K G; 3TDK A; 5AW0 B; 3H1L G; 2C9L Y; 1NTZ K; 3AE9 C; 1KB9 D; 3RGU A; 4JF7 A; 4L76 A; 3VOP A; 2GA1 A; 4RJT A; 1GZL A; 2QJY B; 3L72 E; 1VQ4 P; 1S9K D; 1BE3 E; 1FC2 C; 5KLV G; 3SSU A; 4YXW H; 5AVT B; 1HGZ A; 2Q3I A; 4N78 D; 2E43 A; 3JC2 2; 5CCG D; 1FZB A; 3H25 A; 1CW5 A; 1X9W A; 2FYU G; 4UQG A; 5DJU B; 4XA4 A; 1OVR A; 2YIU B; 3G3Z A; 3RK3 E; 2Y0C A; 1NU1 G; 1VQ7 P; 2E74 C; 3W67 A; 4JPZ B; 2R5B A; 2HOD B; 5B5E H; 2KUB A; 3D6Y A; 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3RRH A; 1SL1 A; 3C9I A; 2RH0 A; 4UB8 H; 1T8Z A; 4W80 A; 2YO3 A; 1SP4 A; 1M8O B; 1FAV A; 3O6Q B; 3RR8 A; 3FGA D; 4N56 A; 3MHV A; 1M1K Q; 1GL2 A; 2B87 B; 2FY8 A; 2BCC E; 3HP6 A; 2YMK A; 3FWN A; 3TYY A; 4YTP C; 1QSL A; 3A5T A; 1PP9 E; 1FS0 E; 3AED C; 3OAK A; 1WT6 A; 4GOD A; 1X79 B; 2XNX A; 2HLO A; 2JEE A; 1XWL A; 1SLQ A; 1NKE A; 1KLN A; 4PV1 C; 3MGN A; 1T3J A; 5E79 E; 3B5N A; 1M7L A; 1XTC C; 3A0H E; 4ZKP A; 4YPC A; 5APW A; 1URQ B; 3SFE C; 3KDP B; 2QEX P; 5CCG C; 4L74 A; 1U47 A; 1D9F A; 1MV8 A; 1SQX K; 5KJ7 D; 4C7N B; 1LTJ A; 1GK4 A; 1FOS E; 1NKB A; 1J2J B; 2HHW A; 4EZ9 A; 1SQP E; 2PGD A; 4EDF A; 2GM4 A; 1LT9 A; 2P67 A; 1KOR A; 1QL2 A; 1BDC A; 4OWF A; 3BAT A; 1A02 F; 3BRV B; 3L70 J; 1KFN A; 1HUC A; 1PFI A; 2B88 A; 1GU4 A; 1N7S A; 1S2E A; 4I2L C; 3MP7 B; 3WMM 0; 1LTB C; 2E75 D; 1S5L X; 1J1D B; 1FJP A; 1P84 D; 2N1T A; 1FU1 A; 3AEC C; 4JYC A; 3L70 D; 1NJX A; 1T2K D; 2R5D A; 2I1K A; 2QJP C; 1NH4 A; 2QRX A; 2K37 A; 3B8E B; 1QSS A; 5AVV B; 2KYV A; 3M0D A; 4OGQ B; 3M0A A; 1VQ6 P; 2HHS A; 1SFC A; 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