The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
52
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sequence length |
207
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structure length |
207
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Chain Sequence |
TVDGNSTAISNLKSDISSNGLAITDLQDRVKSLESTASHGLSFSPPLSVADGVVSLDMDPYFCSQRVSLTSYSAEAQLMQFRWMARGTNGSSDTIDMTVNAHCHGRRTDYMMSSTGNLTVTSNVVLLTFDLSDITHIPSDLARLVPSAGFQAASFPVDVSFTRDSATHAYQAYGVYSSSRVFTITFPTGGDGTANIRSLTVRTGIDT
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Crystallographic structure of the alpha-helical triple coiled-coil domain of avian reovirus S1133 fibre.
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
SIGMA-C CAPSID PROTEIN
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| molecule tags |
Viral protein
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| source organism |
Avian reovirus
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| total genus |
52
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| structure length |
207
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| sequence length |
207
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2008-04-14 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF04582 | Reo_sigmaC | Reovirus sigma C capsid protein C-terminal domain |
| A | PF17750 | Reo_sigmaC_M | Reovirus sigma C capsid protein triple beta spiral |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Up-down Bundle | Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces | Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces | ||
| Mainly Beta | Ribbon | Laminin | reovirus attachment protein sigma1; domain 1 | ||
| Mainly Beta | Sandwich | Adenovirus Type 5 Fiber Protein (Receptor Binding Domain) | Adenovirus Type 5 Fiber Protein (Receptor Binding Domain) |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 3MGN A; 4M3L A; 4HYT B; 3KDP B; 4KHX A; 1J2J B; 2BSF A; 1HJB A; 5AVS B; 1FAV A; 2Z5H A; 3L35 A; 4XE5 B; 2YO3 A; 2R3C A; 2WPS A; 4GU3 A; 2R32 A; 2WWW A; 3NXS A; 4C7N A; 3L37 A; 3P8M C; 5AW5 B; 2QM8 A; 3M0A A; 2WTY A; 1OWA A; 3IR9 A; 5AW2 B; 3VMY A; 2N9B A; 2P2U A; 1T2K D; 1MV8 A; 5APQ A; 2WT7 A; 5APT A; 5AVU B; 2WT7 B; 5AW7 B; 1KQL A; 4AQR D; 3KQG A; 2Q7C A; 1QIU A; 5AW4 B; 1GU5 A; 4GT1 A; 4B86 A; 2WPR A; 3MD0 A; 3OAK A; 5AVW B; 2BAS A; 2XV5 A; 5APS A; 4AUW A; 2WPQ A; 1HWT C; 1MFZ A; 3VMX A; 3VN0 A; 1FOS E; 5APY A; 1S9K D; 3NMD A; 3UIA A; 4C7N B; 1S9K E; 1X8Y A; 1JNM A; 3TK1 A; 1JUN A; 1GK4 A; 3VMZ A; 3VTP C; 2XU6 A; 2E43 A; 1H89 A; 1GD2 E; 2XZR A; 3HTK A; 4LC1 A; 3VYI A; 5APW A; 3A5T A; 4GKG A; 2YO2 A; 5AW8 B; 1H8A A; 4JYC A; 2R5B A; 3M0D A; 1YYC A; 5AVZ B; 1GTW A; 2YNY A; 3T97 A; 5AW0 B; 3M9H A; 1DH3 A; 1NWQ A; 5AVT B; 2P67 A; 3A3Y B; 3NFQ A; 3P7K A; 2Q5U A; 1T2K C; 4JYB A; 5AVQ B; 1GZL A; 3A7O A; 2BT8 A; 1MUU A; 1FOS F; 2ZXE B; 1A02 F; 1SLQ A; 1G2C B; 4EOT A; 5APV A; 5APX A; 1A02 J; 2JJL A; 1HUC A; 2BT7 A; 1KKE A; 1CI6 A; 5AVY B; 3TYY A; 2E42 A; 5CMZ A; 1GU4 A; 4DZO A; 1H88 A; 2C9N Y; 1SP4 A; 1CI6 B; 3TNU A; 1V1I A; 2QM7 A; 3L36 A; 3M91 A; 3B8E B; 5AW3 B; 3TNU B; 3SWF A; 1HBW A; 2IPP A; 3V4W A; 3O8Z A; 2KP8 A; 5APU A; 1OXZ A; 4AYC A; 2P7J A; 3I5C A; 4RES B; 2H7H A; 3LIE A; 2C9L Y; 1CSB A; 5AVX B; 2VRS A; 5AW9 B; 2R5D A; 3V5B A; 3V4Q A; 3A2A A; 2ZFC A; 2Z5I A; 4I2L C; 3P32 A; 2W6A A; 4GU4 A; 3HE5 A; 3LID A; 4I6M C; 3NTN A; 5AVV B; 3HE5 B; 2Q3I A; 1IO4 A; 3S6X A; 1CZQ A; 4C46 A; 5AVR B; 3HE4 A; 5AW1 B; 5AW6 B; 2W27 A; 1NAF A; 3HE4 B; 1V1H A; 3M9B A; 3M06 A; 1GK6 A; #chains in the Genus database with same CATH topology 3H6P A; 5KKZ C; 2IFN A; 3CME P; 2WST A; 3V2N A; 4BRY A; 1M90 Q; 2ZJS E; 1EMN A; 3II6 A; 1IQL L; 2PR3 B; 2BCC J; 3KHU A; 3N8X A; 1OMI A; 1T2K D; 3H1I G; 1N73 C; 1WRG A; 3M36 L; 3L73 J; 1XFE A; 1OVV A; 3U7U G; 1SFC C; 4HJG H; 2O39 A; 3FWL A; 1USD A; 1KN7 A; 1HWT C; 1ZOY C; 1SQB G; 1G1R A; 1VPC A; 3AE4 C; 1W2B O; 1NU1 D; 1Q81 Q; 1U7M A; 3L73 D; 3H1H J; 2P3F L; 4PD4 H; 3HTK B; 2TGF A; 1JL9 A; 1P69 A; 2BQ7 A; 1KIL E; 4NPD A; 1RF0 C; 4WY4 C; 5KJ7 D; 4Y76 B; 4X8S L; 1KOR A; 5CCG A; 3A7O A; 2KNI A; 1CCF A; 1L2P A; 2P93 L; 1QEX A; 2HLO A; 2JJL A; 4H13 B; 2KSE A; 2J58 A; 1YJ9 P; 1CI6 A; 4RRY A; 3HD7 C; 1URQ A; 1LMJ A; 4NGA L; 2LXB A; 1K73 Q; 5APU A; 2G00 L; 2IYO A; 2D1J B; 3CWB J; 1CSB A; 1W2E A; 4PJ0 H; 4ZH8 B; 3B5N C; 1VQ9 P; 4R4M A; 5CKN A; 1SQV G; 2KSJ A; 5IKQ A; 2QLK A; 4XL1 A; 2WSF J; 1MKM A; 4Y79 B; 3H1J J; 5AW1 B; 5AW6 B; 1K9M Q; 3LIW B; 1NAF A; 2W3I B; 2J1K C; 1FDO A; 2YGP A; 3TGU G; 5CCH A; 1J2J B; 3CPW O; 1LT1 A; 1Z56 A; 1AA0 A; 1HRE A; 2YMK A; 3FX0 A; 4ZMD A; 2HOR A; 1AJY A; 2VVV L; 2ZXX A; 3FXE A; 5H2F H; 4AQR D; 2OYI A; 3CX5 I; 3WUV A; 3WU2 H; 5IKT A; 1BGY G; 5AVW B; 1L0N D; 1LT9 B; 1KB9 D; 2BOU A; 1Q86 Q; 2H88 C; 2E76 C; 2QJP B; 3L75 E; 1YHQ P; 3QCW A; 1JY3 O; 1G1T A; 3L72 G; 3AEG C; 2A45 G; 2XU6 A; 1E5W A; 3QND A; 1BE3 D; 1PL5 A; 2UWL B; 2BOK L; 1NAY A; 3L71 E; 2I1K A; 3VP9 A; 3JCU H; 1W8B L; 1SQB K; 2KV4 A; 1NWQ A; 4O1Z A; 3NFQ A; 1YJW P; 1EDK A; 3I55 P; 4M11 A; 2RH0 A; 4JYB A; 1GZL A; 1MUU A; 1FOS F; 2H89 C; 2ZXE B; 1A02 F; 5APV A; 4OTJ A; 4UB6 E; 3CCU P; 1HCG B; 2ITA A; 2VJ3 A; 3KQB L; 3IJE B; 4XLW A; 2C9N Y; 5CKM A; 1RF1 C; 2OYH A; 4Y71 B; 3SOQ A; 4D6T D; 2BQW A; 3CC7 P; 5AW9 B; 1X0T A; 3KQD L; 3SFD C; 3H1L D; 2N1T A; 5AVV B; 1VF5 B; 5KIR A; 1L4A B; 4H44 B; 4BTT A; 1P84 E; 2O1J A; 2XKM A; 5FDQ A; 1CZQ A; 1CX2 A; 1Z6C A; 1M1J A; 2RMZ A; 3SWY A; 2OJ6 A; 4YT6 L; 5KLI B; 3MGN A; 3A0B E; 1A3P A; 3GG2 A; 2FYU E; 3E7K A; 3V2Q A; 2O01 N; 3WUT A; 2R32 A; 2WG4 B; 3CS7 L; 1SQV K; 1FC2 C; 1KC8 Q; 1OWA A; 1L0L G; 5KAF H; 5BU8 B; 2Q9I A; 5KN5 C; 3CX5 H; 1PGP A; 1RY3 A; 4D0E A; 3HO4 A; 2PP6 A; 1MZ9 A; 4B86 A; 2PAJ A; 2WPR A; 4YPC A; 3KRK A; 1HJ0 A; 2WVR A; 4K35 A; 4RO0 A; 1IQF L; 1IQK L; 3VN0 A; 3QH9 A; 2FFD B; 1KYO D; 2QA4 P; 3GCX E; 4WVZ A; 3SFE C; 1S5L H; 2K2S B; 1NGM B; 2E43 A; 1TLE A; 1N1I A; 5APW A; 4DJG A; 3HUS A; 4GKG A; 2FYU K; 4TLF A; 1SQP G; 1GTW A; 2YNY A; 1VDF A; 3TBD A; 2E74 B; 3AE3 C; 2KK7 A; 5CCG C; 3FGA D; 3H1K E; 4BDW A; 1FZC B; 2Y0C A; 3CCV P; 3BCC E; 4ZHA B; 1LJ2 A; 1PP9 J; 2K37 A; 1E79 H; 3TNU A; 1URQ C; 1KQF B; 2GUV A; 3Q5S A; 1K37 A; 1KNB A; 3AE7 C; 2W83 C; 4W7Y A; 2KP8 A; 1L0N G; 2H7H A; 2NRG A; 1CVU A; 1BCC D; 2ZFC A; 2WSE H; 4GU4 A; 1L0L E; 3HE5 B; 2MHP A; 3OLU A; 1KMI Z; 1K36 A; 1RE3 A; 3POY A; 3HE4 B; 2KUB A; 2G8Y A; 1OFC X; 4EDF A; 1SQX G; 5KJ7 A; 1LT9 C; 4X8T L; 3D6Y A; 1NQL B; 4TGF A; 2YXQ B; 4HB1 A; 3G71 P; 2QJP C; 3Q5P A; 3L37 A; 1PFX L; 1EGF A; 4KT0 J; 3S9O A; 2J94 B; 3EXW A; 1NTM G; 4RJT A; 4RRW A; 2O01 H; 2I9A A; 2N9B A; 2WT7 A; 3H25 A; 1HGV A; 1KQL A; 4XA4 A; 2QJK C; 5AW4 B; 4L73 A; 4H13 D; 3M0D C; 1ZLL A; 2VWL L; 3TDK A; 5K5G B; 3V65 B; 1FAK L; 4D6T G; 4YTP C; 1YGC L; 2EI8 B; 4Y28 J; 1IQM L; 2HPC B; 5TJH A; 1L0L K; 1AVY A; 1B9W A; 3CCE P; 2GA1 A; 3SOB B; 2IUM A; 1FJS L; 1N73 A; 2FLB L; 3CWB E; 2K88 A; 1NFX B; 4IFD K; 1LTA C; 2A06 D; 1AVO A; 1GL2 B; 2XND H; 4XQB A; 1GW3 A; 3P7K A; 1EDL A; 2M8R A; 3VMA A; 1VF5 C; 3H1J E; 2KNC B; 4H44 C; 1WHF A; 5APX A; 1EZV E; 1SQQ J; 3PRJ A; 2JEE A; 4GOE A; 3M9Q A; 1HZ8 A; 3H1I J; 1NHL A; 5KLI C; 1GK5 A; 1VQ4 P; 2B87 B; 1SQP K; 4JZF L; 3MUD C; 2OYH C; 1VQ8 P; 1RF0 A; 1R5S A; 1IOX A; 1EQG A; 1N7D A; 4I1L A; 2NPR A; 1NTM E; 2J38 B; 3H1I D; 1XKB A; 1NTK E; 3E1R A; 3JCU E; 3QMO A; 1ATD A; 2J95 B; 1BSH A; 1FZE A; 1IQE L; 1M1J C; 1PTH A; 3GCW E; 1GK6 A; 5B66 E; 1DIY A; 4ASW A; 2I1J A; 3K9X A; 1SQB D; 2FFD C; 1N2D C; 1RE4 C; 5F19 A; 3R05 A; 2WTY A; 1NJI Q; 1HTL C; 3FWN A; 2G3A A; 3RK3 E; 1MFT A; 5APQ A; 1YTZ T; 4MMZ B; 1JB0 J; 4A94 C; 1SQX K; 1ATE A; 5JVZ A; 1IP0 A; 1FSB A; 4BTI A; 1QFK L; 3BAS A; 3PHL A; 5IKV A; 2E74 C; 3VMX A; 2BMG A; 2P28 B; 3W67 A; 1JTH A; 1NTM K; 4NPF X; 2L5G B; 2ZAE B; 1X8Y A; 1ZV8 A; 2P1J A; 3IAO A; 2Y9Y A; 4U3F J; 2J2U B; 1ZR2 A; 1Y47 A; 2FZZ L; 2XZR A; 2VTW A; 2LR2 A; 1AQ5 A; 1G1J A; 1FZB A; 1L4A D; 3HUS C; 2YMY A; 4H44 D; 4GIF A; 2WQY C; 5KAF E; 3TGU J; 2Q1J B; 3T97 A; 4UB6 H; 5AW0 B; 3CXH D; 1S1C X; 5AVT B; 4G1M B; 3RK2 B; 1T2K C; 1R5L A; 3H32 B; 4O9B A; 4JPZ B; 3CL3 D; 1SQV D; 1FZF A; 2YXR B; 2R3S A; 2RHP A; 1RQV A; 2BT7 A; 1JY3 P; 1DVA L; 4Z0L A; 3TGU D; 3B8E B; 1UXA A; 3RL0 B; 3F6U L; 4XQA A; 1OXZ A; 1BGY J; 2JR8 A; 2P58 A; 2XDJ A; 2M74 A; 2Y5F L; 3CMA P; 3A2A A; 3P32 A; 4X8V L; 3A0B H; 2W2P E; 2D2C B; 1USE A; 3TSI A; 4YT7 L; 1P84 D; 3AE5 C; 2Z4E A; 3LW5 J; 1JCC A; 3N8Y B; 1RE3 C; 3L72 J; 2KIK A; 1BGY D; 1VQM P; 1M1K Q; 3CNC A; 4HYT B; 2JWA A; 3PJS K; 3OJA B; 2FYU D; 3ELA L; 2WSS H; 5AVS B; 3EFF K; 1W5C E; 2WYG B; 3NJP C; 2WPM E; 1NPE B; 4ODB A; 1ZW0 A; 5KAI E; 1WHE A; 1FS0 E; 1IFM A; 2OYO A; 4Z6A L; 3L72 D; 2YIU B; 4K3A A; 5AVU B; 2Y7Z B; 2DDU A; 1GU5 A; 1LTT C; 3USS A; 1MOX C; 2K9J A; 5APS A; 1GL2 C; 1T8Z A; 3Q5R A; 5APY A; 1F0R B; 1PP9 E; 2J5U A; 5KLV G; 1JUN A; 2P95 L; 1MQ5 L; 4OGQ B; 4YZU B; 1GD2 E; 2OTL P; 3HTK A; 3S1K A; 1NU1 J; 2O3J A; 4JYC A; 1Q90 D; 3CCJ P; 2Y7X B; 2WSC H; 2VWO L; 5AVZ B; 2K9J B; 4Y99 C; 3M9H A; 1IFD A; 4EYY Q; 1EC5 A; 3KZI E; 3R2P A; 2Q5U A; 2Q3E A; 1EZV I; 2SPZ A; 3V64 C; 2QSI A; 3M37 L; 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