5DN5A

Structure of a c-terminally truncated glycoside hydrolase domain from salmonella typhimurium flgj
Total Genus 46
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
46
sequence length
151
structure length
151
Chain Sequence
DSKDFLARLSLPARLASEQSGVPHHLILAQAALESGWGQRQILRENGEPSYNVFGVKATASWKGPVTEITTTEYENGEAKKVKAKFRVYSSYLEALSDYVALLTRNPRYAAVTTAATAEQGAVALQNAGYATDPNYARKLTSMIQQLKAMS
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Structural and Biochemical Insights into the Peptidoglycan Hydrolase Domain of FlgJ from Salmonella typhimurium.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
source organism Salmonella typhimurium (strain lt2 / sgsc1412 / atcc 700720)
molecule keywords Peptidoglycan hydrolase FlgJ
total genus 46
structure length 151
sequence length 151
chains with identical sequence B, C
ec nomenclature ec 3.2.1.-:
pdb deposition date 2015-09-09

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01832 Glucosaminidase Mannosyl-glycoprotein endo-beta-N-acetylglucosaminidase
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 5dn5A01
2.10.70.40 Mainly Beta Ribbon Complement Module; domain 1 peptidoglycan hydrolase 5dn5A02
1NF5A 4NIJA 1D6PA 2W1YA 4J1AA 3WMKA 1J1OY 1LHIA 1IR7A 4QGZA 154LA 1LSMA 5F81A 4E3UA 2F2NA 2X0AA 5LVGA 1CKCA 4YEOA 4J7VA 1VEDA 3HBHA 5KXRA 3IJVA 4ZIXA 3RW8A 4AXTA 2LZ2A 4H93A 2EPEA 1QQYA 4I8SA 3ULRA 2BQGA 1LJFA 1GE3A 2LZTA 1Z55A 4NGKA 1LZYA 1B5XA 1IX0A 1GBXA 2EKSC 2GV0A 4X3BA 1YKYX 5IDDA 3TXKA 4CFPA 1NDMC 1QUSA 1YANA 5HLLA 134LA 5FDJA 1GB9A 2DQDY 2F4GA 4DD2A 1LKRA 1LZBA 1PS5A 1OUDA 1G7HC 3J6KA 3B72A 1RI8B 1YAMA 5HNLA 3W6FA 5LVKA 1NDGC 4ETCA 1YL0X 1IWWA 1O23A 1LMOA 2MEFA 2I26L 5LYZA 1IC7Y 1LHMA 1GEVA 4ETEA 3SP3A 2LHMA 1LZ1A 4DC4A 1ZVYB 4CFOA 4GN3A 4B0DA 4TX7A 4FDYA 4N1CC 1IIZA 3LYMA 4HSFA 1HF4A 2ZWBA 4RLNA 2D4JA 1GF0A 2ZNWY 1GE0A 1GPQC 1GB7A 3OJPA 4QDNA 5KXKA 1BWIA 4G9SA 1GBYA 3CT1A 4GCCA 3QE8A 3W6EA 3A93A 4NGIA 1GF8A 3P66A 5KXMA 4Z41A 4TUNA 1LZAA 2MEGA 5C6JA 1IP3A 2H9JA 5E4PA 4KPMA 4G4CA 1T3PA 2XJWA 1FKVA 1LMPA 4WMGA 4N0JA 1UICA 3ZVQA 5KKJA 1B5VA 1B7MA 4YM8A 1IOSA 3D3DA 3K3TA 4WLTA 1A4VA 5APCA 5APDA 2HECA 1LMQA 1IP5A 2ZIJA 1IP2A 1JIYA 2YVBA 4U3XB 4KXIA 4PJ2C 5KKIA 1CKHA 3A8ZA 3WPKA 4ZFPA 1IP7A 2ZQ3A 3FI7A 2ZILA 1KXXA 3WL2A 1XGTC 3CSQA 1GF9A 2BAAA 1IP6A 1LSDA 1A2YC 1XSFA 3B0IA 1W08A 1D0MA 1LZSA 3B6LA 207LA 1LHKA 1VDQA 4B4JA 5LXWA 2Q0MX 3F6ZA 4NSGA 4H91A 5LA8A 1LZNA 2XTHA 5DL9A 5B06A 1CJ8A 3A94A 1WQOA 4LT3A 1LSZA 1LYOA 1NQIA 3LYTA 1B9OA 4M4OA 4NG8A 4IASA 4WM2A 2MECA 3A91A 3QY4A 1OUCA 2FBDA 1LYZA 4TTDA 1FBIX 4PGJB 4MSTA 4Z46A 5KXYA 1GFHA 4N9RA 1HERA 1C46A 1VDPA 1D6QA 3P4ZA 1QTKA 2N5ZA 4I0CA 1GB8A 1QIOA 4LYMA 1GBOA 1RFPA 3AGGG 4NHIA 4LYCA 4DD7A 1GDWA 2DQGY 2G4QA 1BB7A 1LSAA 5L3HA 5I4YA 2C8OA 1YAPA 1GF6A 4N5RA 4WLDA 1XGUC 5HMJA 4BAPA 5KXWA 2A7FA 3MGWA 4XJGA 3RT5X 3W6DA 1IP1A 5DN4A 4YOPA 1LMNA 1QTEA 1GE2A 4RW1A 1MELL 4J1BA 3W3EA 1CKDA 2ZYPA 3WPLA 4ET9A 1OUIA 1WTMA 1XGRC 1GEZA 2HU1A 1ZMYL 4GCBA 4LT1A 4WM5A 4WLYA 1QSWA 1WQMA 3AYQA 4R6CA 4WM3A 5KXNA 1WTNA 2MEEA 4HV2A 2DQFC 3WXTA 4CGEA 1UA6Y 2BQIA 3AZ6A 5KXOA 1GFKA 1HEWA 5F9XA 4DD0A 3TXGA 1I1ZA 1LYYA 3LN2A 1IC5Y 3LZTA 5EBHA 3BKHA 1WVVA 4UWVA 3ZVQB 1IR8A 2XBSA 5KJ9A 1UACY 1UIHA 1EL1A 1AZFA 2A7DA 4NSJA 2I6ZA 3BKVA 2D4IA 4H8YA 3RZ4A 1MLCE 4ANRA 2DQEY 1GFJA 1BWJA 4D9ZA 2DQIY 1LAAA 4G4BA 1LZ6A 5D5CA 3TXBA 3CB7A 1BVXA 2YBLA 1ALCA 4WM1A 4XJFA 4BS7A 1LHJA 2Z12A 3B0OA 2Z38A 1AT6A 2H5ZA 4LGKA 5LIOA 1REXA 1REMA 2XBRA 2W1MA 1LJ3A 135LA 4WM6A 4GCDA 4R0FA 3WUNA 1WQRA 2PC2A 3IWRA 4XN6A 3TXHA 1JTTL 1FKQA 4PHIA 4NHQA 1XGPC 1GFAA 2G4PA 1HFZA 1OUFA 4NHPA 1B7PA 2BQOA 3TMUA 1LZGA 4TSBA 5DLAA 1GDXA 4ETBA 1AM7A 2ZYCA 1F6SA 2BLYA 1KXWA 1JJ0A 3WW5A 3LYOA 4WO9A 1BHZA 4HP0A 1LZRA 1XGQC 1GFGA 1NBYC 1IWUA 3WU8A 1FDLY 1F10A 1CJ7A 1HMLA 5IELA 2WARA 1H6MA 2RSCA 3WH1A 1JUGA 4C5FA 2ZIKA 2YDGA 3J4GA 3WYHA 1HELA 2B5ZA 4Z3MA 1JJ1A 2HUBA 1EQ4A 3A92A 2F4AA 3B0KA 3M18B 3OK0A 3RNXA 1LMAA 1NMMA 1XEJA 5I4XA 1UIBA 4RW2A 2H9KA 3KAMA 1EQEA 1KIRC 1GFRA 1IC4Y 2HU3A 1JTOL 4H9EA 5K7OA 1G7JC 5LVHA 2LYMA 3WULA 1IR9A 3A3QA 1LZ8A 4KL7A 4DD3A 1UC0A 1VATA 3P65A 2EQLA 2MEBA 1DKKA 4UWUA 2Z2FA 1BGIA 2NWDX 1KIPC 1LJEA 2BQHA 3A67Y 1NBZC 5E9RA 4CJ2A 1VFBC 1LJ4A 1C43A 3AZ5A 5B05A 1HMKA 5F14A 5APFA 133LA 1GXXA 1OP9B 3A90A 1G7MC 4HTNA 3AB6A 2HTXA 4HTQA 5II3A 1I56A 4LFPA 4OWAA 1TEWA 1BB3A 1LSNA 4DDBA 1WVUA 4LYOA 5FELA 5DM9A 1LZ9A 4H9IA 3ATOA 3TMWA 1JITA 2CGIA 3EXDA 2G4NA 1JKAA 3FE0A 4XJBA 1OUJA 5KY1A 1LZ5A 2LYOA 4PRUA 1JSEA 4NSIA 3WW6A 4NHSA 1B0DA 1C7PA 1BB6A 1GXV2 5LYTA 1XFPL 4EMNA 5L3IA 3LYZA 1TAYA 1C45A 1FN5A 2YSSC 3CQLA 1YKXX 1UCOA 1LOZA 1UUZC 153LA 2Y8PA 4HV1A 1DPXA 1JEFA 4WG1A 1FLQA 1GFEA 4XENA 4XJHA 4B49A 4YEMA 3WUMA 4IJ4A 1G7LC 1B5YA 1GF5A 3EMSA 3TXFA 3W6AA 1UIFA 2BQDA 1AT5A 2BQLA 2DKVA 2Z18A 3AW7A 5I4WA 4C3WA 5A3EA 1GAZA 4O34A 2HEBA 3HBEX 1GF7A 1LJIA 1GBSA 1SLYA 1J1XY 2BQBA 1IOQA 1IWZA 2MEIA 4DD1A 4OW1A 3W6CA 4OOTA 1KIQC 1W6ZA 4AGAA 5F9UA 3HBDA 1DI3A 5KXLA 4PRQA 7LYZA 1BB5A 3AW6A 1GF4A 1DKJA 4N1EI 4H9CA 4H8XA 4RLMA 2ZQ4A 6LYTA 1HHLA 1GD6A 1B5WA 1QUTA 1IOTA 1IWYA 1RCMA 4OWCA 3CT0A 1JJ3A 4XJIA 2MEDA 1LSFA 1LZTA 1QDTA 4DD9A 2Z2EA 1IWVA 2LYZA 2ZNXY 4LT2A 3N9CA 3N9AA 4A7DA 1BQLY 2F30A 2BQCA 1PZYA 2Z19A 5KXSA 3WVYA 3CSRA 3A6BY 1HEPA 1LKSA 2Z37A 4DWXA 5D5FA 5FSTA 1OUBA 5T3FA 1LSCA 2BQJA 1T6VL 4G4HA 5HNCA 2HEAA 3WPJA 4H9FA 1YROA 3TMVA 4QY9A 1GFVA 4L41A 4UWNA 2BQMA 4NY5A 1DQJC 1HSWA 5I53A 2DQHY 5FCPA 1UIDA 4WL7A 4NGJA 1OUHA 1IY3A 2YBIA 2MEHA 1G7IC 3E3DA 4NSHA 4GCEA 2HEEA 4WLXA 2DQCY 3A96A 4GCFA 3VWOA 1GBZA 1IEEA 4NG1A 5FEKA 4RDSA 3ZEKA 1TBYA 4H8ZA 3AGHA 5J7CA 1OUGA 5APEA 4XJDA 6LYZA 1D9UA 4GLAA 1IWXA 1JHLA 1GWDA 4OWBA 1GB2A 2YBHA 4LYZA 1BVKC 1CJ9A 1HSXA 2DQAA 1WQNA 2YBMA 1J1PY 1YAQA 4HPIA 3W6BA 2CDSA 1GE1A 1VAUA 3A95A 3T36A 5I54A 4LFXA 2BQNA 4DT3A 4PPOA 1JSFA 1B7NA 4H9HA 1QDRA 2I25L 3TXDA 1INUA 1P2CC 1UIGA 1LYSA 1LSGA 1UIEA 4TWSA 4WL6A 1LTMA 1LHHA 2BPUA 5ILCA 2EIZC 3A3RX 1DI4A 1LPIA 4H9AA 5A3ZA 4TSCA 4NGYA 4B4IA 4WM4A 1IVMA 1B7RA 1XEIA 4LT0A 4LZTA 1JISA 3WXUA 1IOCA 1HC0A 208LA 1CNSA 1XEKA 2BLXA 1IP4A 194LA 2BQEA 3AGIA 1DZBX 1AKIA 1WQQA 4II8A 1WQPA 4DYGA 4NGZA 1B7QA 1JKCA 3G3BB 1B7SA 3HFMY 5HMVA 5IHGA 2YBNA 2CJLA 4WOAA 1HEOA 193LA 5FHWA 1OUAA 1B7OA 2DQJY 1IY4A 1REZA 1B5ZA 4NWEA 1H87A 4MCKA 4P2EA 4QEQA 1HFYA 2CWIA 2Z39A 5B1FA 9LYZA 3AZ7A 1JPOA 3G3AB 3WUAA 3T6UA 1CKFA 2D4KA 5F16A 1YKZX 3GXRA 4H1PA 4ETAA 1JKBA 2FYCA 4WO6A 1YL1X 4OWEA 1YQVY 1YILA 1NHEA 3P68A 1DPWA 4H94A 4ET8A 4XYYA 4NGWA 4G49A 1LJJA 3M3UA 1F6RA 5ILFA 3WU9A 1LZCA 4B4EA 4YENA 1YAOA 1VDTA 2BQFA 1JTPL 3QNGA 8LYZA 5LVIA 1GB5A 2BQKA 1GAYA 1VDSA 1QSAA 1IWTA 4HPEA 4HJZA 4DDAA 4WG7A 1IO5A 3D9AC 4NGLA 4BAFA 1OQMA 5HQ1A 1UIAA 1YIKA 1LZ4A 5B59A 5DN5A 2IFFY 3WVXA 1GB6A 1EQ5A 4H90A 3A6CY 5LINA 5LA5A 3EO5A 1LSYA 1RE2A 4Z98A 1IORA 2HEFA 4W94A 5C6IA 1REYA 3IJUA 1HNLA 1RJCB 1BB4A 1NWGA 2IHLA 3CSZA 3RU5A 3WU7A 5KXZA 5JENB 4NEBA 2HEDA 3A34A 3AZ4A 4LYBA 3TXEA 1ZV5L 1LHLA 2DBTA 4B1AA 4BADA 1CJ6A 1GE4A 1HFXA 2C8PA 1NKHA 2W1LA 3CT5A 1GF3A 5LVJA 1FLUA 2BQAA 4ML7A 3LHMA 2FBBA 2FYDA 4NGVA 4GN4A 1LSEA 5LAGA 1LMCA 3N9EA 4HJYA 4ZEEA 1V7SA 1GFUA 4W96A 2MEAA 5LAFA 1LMTA 4IATA 1GBWA 4OWHA 1LCNA 3AJNA 2D6BA 1C08C 5M1YA 3TXIA 3LZ2A 1B7LA 1GHLA 5I5QA 1HENA 1LSPA 4M6DA 1B2KA 1D0KA 1GB0A 1OUEA 4CHXA 5KXXA 5LYMA 4NGOA 4YF2A 1I20A 1LZEA 4H9BA 1TDYA 4NFVA 3P64A 1GB3A 1E8LA 1SQ2L 1LJGA 1BWHA 1ZVHL 2YBJA 4XADA 1CKGA 1HEMA 2VB1A 4GLVA 1D0LA 1UBZA 4OOOA 1LZDA 4KT3A 1N4FA 132LA 1HEQA 4ETDA 1B5UA 1GFTA 4MR1A 1DI5A 1LJKA 5KXTA 1TCYA 5B1GA 1F0WA 1FLWA 4J0LA 1V7TA 3EBAB 1JKDA 1LJHA 1JWRA 5L9JA 4HJVA 3GXKA 3TMXA 3TXJA 4NWHA 4GN5C 5KXPA 2D91A 1FLYA 2W1XA 4DDCA 4NHTA 4N8ZA 3ATNA 1LSBA 4FJRA 1KXYA 4H92A 5C6LA 2AUBA 1C10A 4HTKA 1LJNA 4EOFA 1DXJA 5B07A 4LYTA 5AMYA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4NIJA 4J1AA 1LHIA 2KMSA 1OK9A 1D2WA 1VEDA 3HBHA 1LPYA 4J7VA 2EHFA 4ZIXA 4AXTA 2LZ2A 4H93A 2EPEA 1OK2A 2LZTA 1Z55A 2B75A 3GUNA 1HFHA 1L57A 4DAJA 1B5XA 251LA 2DQDY 3D4SA 1PS5A 1OUDA 3J6KA 3L64A 3W6FA 3OEDC 1MD8A 1O23A 1LHMA 4ETEA 1ZVYB 4GN3A 4TX7A 4N1CC 3LYMA 3SBAA 4HSFA 1HF4A 2F2QA 2ZNWY 5KXKA 1GBYA 3W6EA 1SRZA 1GF8A 4TUNA 1LZAA 1IP3A 4G4CA 2XJWA 1L91A 5KKJA 3MQLA 1B5VA 4ARMB 1QTHA 1LYIA 4YM8A 4WLTA 3HU9A 1L10A 1L89A 4I7TA 1CKHA 3A8ZA 1IP7A 1KXXA 3ZD2A 1XGTC 3GUJA 2BAAA 1IP6A 3B0IA 4KKDA 3DN4A 3B6LA 1SWZA 1L48A 1LZNA 220LA 4EXMA 2MECA 1SS2A 1OUCA 1LYZA 4TTDA 1FBIX 1L17A 4Z46A 1VDPA 1D6QA 3P4ZA 2N5ZA 1GB8A 1OWZA 4LYCA 249LA 4DD7A 1SSYA 1LSAA 5L3HA 1QGBA 1GF6A 1XGUC 4K12A 2A7FA 1QT4A 1L49A 1L72A 1LWGA 3W3EA 1CKDA 3WPLA 2RKZA 5HYTB 4WM5A 5KXNA 4WM3A 2BQIA 1L44A 3AZ6A 1GFKA 2O39C 5F9XA 1LI6A 3LN2A 3LZTA 3BKHA 4UWVA 1L28A 5KJ9A 1UIHA 221LA 233LA 2D4IA 2X2ZA 4G4BA 1LZ6A 1CVKA 5D5CA 3FGTA 1BVXA 3B0OA 3NYAA 5LIOA 4WM6A 4GCDA 4R0FA 3WUNA 2PC2A 4PHIA 3V2WA 1HFZA 1OUFA 4NHPA 1LZGA 3T5OA 1AM7A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1NF5 A;  4NIJ A;  1D6P A;  2W1Y A;  4J1A A;  3WMK A;  1J1O Y;  1LHI A;  1IR7 A;  4QGZ A;  154L A;  1LSM A;  5F81 A;  4E3U A;  2F2N A;  2X0A A;  5LVG A;  1CKC A;  4YEO A;  4J7V A;  1VED A;  3HBH A;  5KXR A;  3IJV A;  4ZIX A;  3RW8 A;  4AXT A;  2LZ2 A;  4H93 A;  2EPE A;  1QQY A;  4I8S A;  3ULR A;  2BQG A;  1LJF A;  1GE3 A;  2LZT A;  1Z55 A;  4NGK A;  1LZY A;  1B5X A;  1IX0 A;  1GBX A;  2EKS C;  2GV0 A;  4X3B A;  1YKY X;  5IDD A;  3TXK A;  4CFP A;  1NDM C;  1QUS A;  1YAN A;  5HLL A;  134L A;  5FDJ A;  1GB9 A;  2DQD Y;  2F4G A;  4DD2 A;  1LKR A;  1LZB A;  1PS5 A;  1OUD A;  1G7H C;  3J6K A;  3B72 A;  1RI8 B;  1YAM A;  5HNL A;  3W6F A;  5LVK A;  1NDG C;  4ETC A;  1YL0 X;  1IWW A;  1O23 A;  1LMO A;  2MEF A;  2I26 L;  5LYZ A;  1IC7 Y;  1LHM A;  1GEV A;  4ETE A;  3SP3 A;  2LHM A;  1LZ1 A;  4DC4 A;  1ZVY B;  4CFO A;  4GN3 A;  4B0D A;  4TX7 A;  4FDY A;  4N1C C;  1IIZ A;  3LYM A;  4HSF A;  1HF4 A;  2ZWB A;  4RLN A;  2D4J A;  1GF0 A;  2ZNW Y;  1GE0 A;  1GPQ C;  1GB7 A;  3OJP A;  4QDN A;  5KXK A;  1BWI A; 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 3IJU A;  1HNL A;  1RJC B;  1BB4 A;  1NWG A;  2IHL A;  3CSZ A;  3RU5 A;  3WU7 A;  5KXZ A;  5JEN B;  4NEB A;  2HED A;  3A34 A;  3AZ4 A;  4LYB A;  3TXE A;  1ZV5 L;  1LHL A;  2DBT A;  4B1A A;  4BAD A;  1CJ6 A;  1GE4 A;  1HFX A;  2C8P A;  1NKH A;  2W1L A;  3CT5 A;  1GF3 A;  5LVJ A;  1FLU A;  2BQA A;  4ML7 A;  3LHM A;  2FBB A;  2FYD A;  4NGV A;  4GN4 A;  1LSE A;  5LAG A;  1LMC A;  3N9E A;  4HJY A;  4ZEE A;  1V7S A;  1GFU A;  4W96 A;  2MEA A;  5LAF A;  1LMT A;  4IAT A;  1GBW A;  4OWH A;  1LCN A;  3AJN A;  2D6B A;  1C08 C;  5M1Y A;  3TXI A;  3LZ2 A;  1B7L A;  1GHL A;  5I5Q A;  1HEN A;  1LSP A;  4M6D A;  1B2K A;  1D0K A;  1GB0 A;  1OUE A;  4CHX A;  5KXX A;  5LYM A;  4NGO A;  4YF2 A;  1I20 A;  1LZE A;  4H9B A;  1TDY A;  4NFV A;  3P64 A;  1GB3 A;  1E8L A;  1SQ2 L;  1LJG A;  1BWH A;  1ZVH L;  2YBJ A;  4XAD A;  1CKG A;  1HEM A;  2VB1 A;  4GLV A;  1D0L A;  1UBZ A;  4OOO A;  1LZD A;  4KT3 A;  1N4F A;  132L A;  1HEQ A;  4ETD A;  1B5U A;  1GFT A;  4MR1 A;  1DI5 A;  1LJK A;  5KXT A;  1TCY A;  5B1G A;  1F0W A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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