The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
210
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sequence length |
585
|
structure length |
563
|
Chain Sequence |
MYSMPGYFQNMPTIGKELVNPNPENEQEIKAVESDIHESIKKALDAGITSEEKLNERGQLSAMQRINALIDPGTWCPLNSLFNPENNKFGTTNIVNGLGRVDGKWVYIVASDNKKMAGAWVPGQAENLIRCSDAAKMMHLPLIYLLNCSGVEFPNQDKVYPNRRGGGTPFFRNSELNQLGIPVIVGIYGTNPAGGGYHSISPTILIAHQDANMAVGGAGAEQIIAAQIENSKLKVPAPGSVPIHYDETGFFREVYQNDLGVIDGIKKYISYLPAYNLEFFRVDTPKAPQLPAEDLYSIIPMNQKRPYDIYEVIARLFDNSEFSEYKKGYGPEMVTGLAKVNGLLVGVIANVQGLLMNYPEYKQNSVGIGGKLYRQGLIKMNEFVTLCARDRIPLIWLQDTTGIDVGDEAEKAELLGLGQSLIYSIENSKLPSLEITIRKASAAAHYVLGGPQGNNTNVFSIGTGACEYYVMPGETAANAMYSRKLVKAQPIIGKMNDMIQMYTDKSRPKYCTEKGMVDEIVDMTEVRPYIQAFTEAAYQNPQSICPMHQMLTPRSTREFETFG
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
An asymmetric model for Na+-translocating glutaconyl-CoA decarboxylases
pubmed doi rcsb |
| molecule tags |
Lyase
|
| source organism |
Clostridium symbiosum
|
| molecule keywords |
Glutaconyl-CoA decarboxylase subunit A
|
| total genus |
210
|
| structure length |
563
|
| sequence length |
585
|
| ec nomenclature |
ec
4.1.1.70: Transferred entry: 7.2.4.5. |
| pdb deposition date | 2009-02-26 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF01039 | Carboxyl_trans | Carboxyl transferase domain |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Up-down Bundle | Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces | Single Helix bin | ||
| Alpha Beta | Alpha-Beta Complex | 2-enoyl-CoA Hydratase; Chain A, domain 1 | 2-enoyl-CoA Hydratase; Chain A, domain 1 | ||
| Alpha Beta | Alpha-Beta Complex | 2-enoyl-CoA Hydratase; Chain A, domain 1 | 2-enoyl-CoA Hydratase; Chain A, domain 1 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1K32 A; 4JYJ A; 4JCT A; 3ZWA A; 2VSU C; 2F6Q A; 5KDR A; 2A7K A; 2Q35 A; 5DL1 A; 3N6R B; 3V5I A; 4JCQ A; 3ISA A; 4JWV A; 4KD6 A; 2ZL4 A; 3MFM A; 2D3T A; 5G1R A; 2BZR A; 1HNU A; 4JCS A; 3HP0 A; 5DUF A; 2VX2 A; 3TRR A; 4FZW A; 5G1S A; 4B3I A; 1X0U A; 1Y7O A; 3H02 A; 1PIX A; 3NJB A; 4ZDF A; 4IZC A; 3M6M A; 5JBW A; 4JCR A; 5FUS A; 5DZK A; 1PJH A; 2IEX A; 3I47 A; 1O8U A; 1OD4 A; 3SLL A; 5E0S H; 4L8K A; 3JU1 A; 1EY3 A; 2VSU F; 3P5M A; 3TT7 A; 4ELS A; 3HE2 A; 1HNO A; 3H0J A; 3TV5 A; 5DU8 A; 1WDL A; 5INF A; 2J5S A; 1EF9 A; 3QXI A; 4MI2 A; 4JOT A; 2PBP A; 5ING A; 1XNV A; 1N6E A; 2PG8 A; 3QRE A; 4OMR A; 5CTB A; 2FZS A; 4K3W A; 3G64 A; 4FZW C; 4MOU A; 3ZWC A; 4KNP A; 4JVT A; 1UYR A; 2F9I B; 3GF7 A; 4RYF H; 1NZY B; 3BF0 A; 1RJN A; 2GTR A; 4WCZ A; 2ZL0 A; 2F6I A; 1MJ3 A; 3KTH A; 4Q0G A; 5DU6 A; 4EMP A; 3VIV A; 3GF3 A; 4RCN A; 4NEK A; 3BEZ A; 2QQ3 A; 1RJM A; 5DKP A; 2ZL3 A; 4ZU2 A; 4FJW D; 4GM2 A; 2J5I A; 4B3J A; 2J5I I; 2A81 A; 3TVU A; 3ST9 A; 3T89 A; 3PGQ A; 2EJ5 A; 4QII A; 2HW5 A; 4DI1 A; 2CBY A; 4U0G A; 2F9I A; 2X58 A; 4FND A; 5DTW A; 1NZY A; 5KJP A; 3KTG A; 2A7S A; 4K29 A; 1FCF A; 4QFE A; 5DU4 A; 1N6F A; 1SZO A; 4U1A A; 4WYO B; 4U18 A; 4KPK A; 3TDC A; 3GLM A; 3ZWB A; 3H0Q A; 3ZW8 A; 1XO6 A; 5JBX A; 1XX4 A; 1ON3 A; 3R9S A; 3T3W A; 4NNQ A; 3R9Q A; 3WG5 A; 1UYT A; 2VSU E; 3R9T A; 2DUB A; 3OME A; 1YG8 A; 2NP9 A; 4FB8 A; 4WZ8 B; 4EMM A; 4ZDE A; 3HRX A; 3PE8 A; 1TYF A; 3RSI A; 4JSB A; 3KQF A; 3TLF A; 1FC6 A; 2ZQQ A; 3QWD A; 3LKE A; 3H81 A; 1K39 A; 5DZK H; 3H0U A; 3PEA A; 1SG4 A; 5C9G A; 2F9Y B; 4QIJ A; 3K50 A; 3MT6 A; 3V5E A; 3IBB A; 3MOY A; 3L3S A; 4K2N A; 1OD2 A; 3NJD A; 4B3H A; 4ELX A; 3ZW9 A; 3OT6 A; 4Z0M A; 4IZB A; 4ELW A; 3M6N A; 4HNK A; 5C90 A; 1FC7 A; 3R0O A; 2VSS F; 4I52 A; 4OLQ A; 1EF8 A; 1YG6 A; 2C8T A; 4MXI A; 3U9T B; 1ON9 A; 2F9Y A; 3QXZ A; 2J5G A; 3HLN 1; 4I42 A; 2ZL2 A; 4JFC A; 3GKB A; 2UZF A; 4U0H A; 1WDM A; 3QKA A; 2J5G D; 3T8B A; 5DUC A; 3STA A; 1UYV A; 4LK5 A; 4GHN A; 4I4Z A; 3Q0J A; 1DCI A; 1Q51 A; 1XNW A; 3P2L A; 2CE3 A; 2DEO A; 3QMJ A; 1UYS A; 3IAV A; 5E0S A; 4HC8 A; 2Q2X A; 3TVW A; 4OG1 A; 4F47 A; 3R6H A; 5IKL B; 3KTK A; 4JYL A; 3OC7 A; 5G1Q A; 1XNY A; 3KTI A; 3U9R B; 3GMA A; 3DJA A; 1TG6 A; 3BPP A; 1VRG A; 1Q52 A; 2FBM A; 4ZDB A; 4U0G H; 3U9S B; 2X24 A; 5INI A; 5E0N X; 1N6D A; 1HZD A; 1WZ8 A; 1W2X A; 2FW2 A; 3RRV A; 4IZD A; 4JJT A; 3Q1T A; 2VSU A; 2W3P A; 4L6W A; 4ZDC A; 3P85 A; 4FN7 A; 3KTJ A; 5DTP A; 2Q34 A; 4Q1I A; 3RST A; 4EML A; 5CTC A; 3MYB A; 1UIY A; 3PZK A; 3TZ3 A; 3T88 A; 1WDK A; 3LAO A; 3FF6 A; 3Q7H A; 5KDR B; 4RYF A; 4YLH A; 1JXZ A; 3DOR A; 2WTB A; 4FN8 A; 3SWX A; 4ZDD A; 3QYR A; 3IB9 A; 5MGB A; 4ASI A; 2VSS E; 3T8A A; 2PPY A; 2J5I B; 4FNB A; 3QK8 A; 3FDU A; 3H0S A; 4KWB A; 4G2R A; 1J7X A; 4U19 A; 5FIF A; 2ZQR A; 1FC9 A; 3TT6 A; 2VRE A; 2VSS A; 1DUB A; 3K8X A; 3HIN A; 3Q0G A; #chains in the Genus database with same CATH topology 3RGU A; 1Q86 Q; 3ZWA A; 2ZYA A; 3CCM P; 1T3U A; 5AW8 B; 2Q35 A; 1KB9 I; 1URQ D; 3WUV A; 3L72 G; 3W68 A; 2E74 D; 1BDD A; 4JCQ A; 1FJP A; 1Y47 A; 1PP9 D; 1AA0 A; 2IBZ G; 2I1J A; 3I5C A; 2YKQ A; 1J1E C; 1JY2 P; 3P32 A; 4JWV A; 4KD6 A; 2QM7 A; 3V2Q A; 3B5N A; 3CX5 D; 2O01 H; 1EDJ A; 2CPS A; 1LT9 C; 4RKU J; 1RQV A; 3A5T A; 1JEK A; 2E43 A; 3MUD C; 2JEE A; 2I8D A; 1NTM K; 2K3R A; 3H1H G; 3B5N D; 1Y7O A; 1ZRT E; 2AEM A; 1VQP P; 3H02 A; 1E79 H; 2JWD A; 2XDJ A; 1U7M A; 4GKG A; 3SWK A; 1LTS C; 1BE3 E; 2C0X A; 1DEB A; 4H13 C; 5KLV E; 3USS A; 1L0N D; 1NJI Q; 3D71 A; 3TNU B; 1EY3 A; 1VL2 A; 3QWO C; 4I1L A; 1QX8 A; 1IK7 A; 1BGY E; 1PGO A; 1SQV J; 3LIE A; 4YXW H; 3WU2 E; 3L35 A; 2E76 C; 2J5S A; 1BE3 D; 3QH9 A; 1EF9 A; 2O01 J; 4Z1M H; 3TGU J; 1NU1 K; 3V2R A; 2HR3 A; 4NAR A; 1X0T A; 2WWW A; 5K5G B; 1N6E A; 4N78 D; 2PG8 A; 5KKZ C; 3PRJ A; 1CSB A; 3TNU A; 4DT0 A; 3CCV P; 4K3W A; 4D6T E; 1YJN P; 4FZW C; 3PJS K; 2XND H; 1S3J A; 2Z5I A; 2LXB A; 1NTZ K; 3UIA A; 1NKZ B; 3L71 J; 3CC2 P; 1VPC A; 1JY3 O; 1UIX A; 3H1K G; 4RYF H; 2QJK C; 1UII A; 1MJ3 A; 1T8Z A; 3KTH A; 3M91 A; 2NPS C; 3SFD C; 2IYP A; 4RCN A; 2K1A A; 3KXD A; 4D6T D; 5B66 H; 3BEZ A; 2QQ3 A; 3RK3 C; 1RJM A; 5DKP A; 3BRV B; 2H7H A; 3TF5 A; 3V2N A; 3RL0 g; 4GM2 A; 2OGU A; 2J5I I; 5AVU B; 1L0N G; 1RF0 C; 3PGQ A; 4DI1 A; 3S1K A; 2CBY A; 2C0W A; 4U0G A; 3U1A A; 4HDT A; 1BSN A; 3PHL A; 3VP9 A; 2YJG A; 4ZNC A; 2A7S A; 3Q5P A; 2WPV B; 3TYY A; 3L70 J; 2BEQ D; 4KT0 J; 3OA7 A; 4W80 A; 4KPK A; 2IBZ I; 1SQP J; 3V6I A; 3NFQ A; 2KSE A; 5JBX A; 1N7L A; 4I7Z B; 2BCC G; 2E74 C; 1HVV A; 1NYH A; 2YMK A; 3VMX A; 3GG2 A; 3CME P; 3R9T A; 2P7J A; 2C9N Y; 4WY4 B; 4EMM A; 4KJM A; 1DD3 A; 3PE8 A; 4RJT A; 5GTI E; 4JYB A; 2ZQQ A; 3LKE A; 4I2L C; 2FXM A; 3H81 A; 1SQB G; 2A06 E; 1Q81 Q; 2F9Y B; 1M8O B; 4W7Z A; 4QIJ A; 3V5E A; 3IBB A; 3MOY A; 1N7S C; 5KJ7 D; 1OD2 A; 1DD4 A; 2FYU K; 5KLI B; 2OTK E; 1HBW A; 1S2E A; 1QLE D; 1HF9 A; 2KP8 A; 3D70 A; 3ZW9 A; 4Z0M A; 1MZ9 A; 4IZB A; 3M6N A; 4HNK A; 5C90 A; 4WY4 A; 3R0O A; 4OWF A; 1KYO E; 1A02 J; 3H1J E; 2A06 D; 2KZJ A; 1PV3 A; 4L73 A; 4OLQ A; 5AVT B; 2JKV A; 1SFC B; 1GD2 E; 4WBA A; 4WY4 D; 2F9Y A; 4BWN A; 3QXZ A; 5APV A; 2J5G A; 4MN4 C; 4JFC A; 2N9Y B; 1JCC A; 1KD1 Q; 3D6Y A; 3SWY A; 1K05 A; 1KYO D; 3H1J D; 1WMK A; 2J5G D; 2W83 C; 2A45 G; 1AFO A; 3Q3D A; 1UYV A; 4LK5 A; 2QJP C; 1NAF A; 4I4Z A; 3L71 E; 3Q0J A; 1MFZ A; 1XNW A; 3P2L A; 1SFC A; 2LR2 A; 1PL5 A; 3P8C E; 3QMJ A; 1IC2 A; 4N3Y B; 2IPP A; 1KN7 A; 2M8R A; 3JCU H; 1SFC D; 5AW7 B; 5G1Q A; 5AW6 B; 1PFI A; 3KTI A; 2YNY A; 3L71 D; 1JO5 A; 5CBO A; 1VRG A; 3FX0 A; 1LT9 B; 4B86 A; 1YQ4 C; 5E0N X; 3H25 A; 2FYN B; 1N6D A; 4JPZ B; 3P8C D; 1FE6 A; 3MD0 A; 1OZH A; 1PZQ A; 1WZ8 A; 1MKM A; 2FW2 A; 1OWA A; 4OGQ C; 4ZDC A; 4HJG H; 1ZP0 C; 3KTJ A; 1NOH A; 4H13 B; 1PP9 J; 1VQ8 P; 4EML A; 1HWT C; 1ZW0 A; 5CTC A; 1H8A A; 1SQP E; 1IK9 A; 3MYB A; 5CMZ A; 5AVS B; 1UIY A; 1JTH B; 3U59 A; 3TZ3 A; 4LGD E; 2WPS A; 3SWF A; 1SQX E; 1LT9 A; 4Y99 C; 3AEF C; 5KDR B; 3MP7 B; 4RYF A; 2FY8 A; 1LGH B; 1SQV G; 4YLH A; 2E42 A; 1JXZ A; 1YBK A; 3AEC C; 3QYR A; 3CL3 D; 1IFD A; 2PGD A; 2O1J A; 5HUQ A; 4AYC A; 3CWB G; 1Y8A A; 3WU2 H; 3T8A A; 3L75 G; 1SQP D; 2PPY A; 2J5I B; 1W2E A; 5C39 A; 3TGU G; 3QK8 A; 4KHX A; 1K9M Q; 3FDU A; 3H0S A; 5KKZ B; 4G2R A; 2M3B A; 1FC9 A; 4W7Y A; 1SQX D; 4RES B; 2ZT9 B; 5GTH H; 3HIN A; 1JTH A; 1X8Y A; 4H13 D; 1NTK G; 1K32 A; 3HE4 A; 4JYJ A; 3C9I A; 5DJT B; 2J5U A; 4TLF A; 5KDR A; 5KJ7 C; 3A7O A; 5DL1 A; 1BE3 J; 3AE6 C; 5CJ4 A; 5APU A; 5KLV J; 1S72 P; 2CK3 H; 3ISA A; 1EQ7 A; 2NRG A; 4GOE A; 1QVG O; 2ZL4 A; 3L37 A; 1QVF O; 2D3T A; 3TK1 A; 4I7Z C; 4JCS A; 1BGY J; 2XV5 A; 1OFC X; 1HNU A; 3RK3 B; 5DUF A; 1QEX A; 2OTJ P; 4WY4 C; 4FZW A; 5G1S A; 3I55 P; 2KIK A; 1X0U A; 1NTK K; 4ZDF A; 1QGK B; 4IZC A; 2YXR B; 3M6M A; 4JCR A; 3BVH A; 2ZT9 D; 1IFM A; 1OD4 A; 2Y0E A; 3U1C A; 3JU1 A; 1USE A; 2VSU F; 2WPQ A; 3TT7 A; 5H2F E; 3V4Q A; 1G1J A; 3L70 G; 2KLU A; 1M90 Q; 3TV5 A; 5DU8 A; 3KHU A; 1WDL A; 1SVF A; 2WTY A; 2ZAE B; 4JF7 A; 5AVQ B; 2E5T A; 3Q1M A; 2FFD C; 1LTB C; 2SPZ A; 1HJB A; 3QXI A; 4MI2 A; 2RH0 A; 3VMY A; 2RKL A; 3RK3 D; 1NTZ E; 3MZW B; 2PBP A; 5ING A; 5APX A; 3F89 A; 2PP6 A; 3PTZ A; 1JY3 P; 1SQQ K; 3QRE A; 5CTB A; 2FZS A; 1L4A B; 2KK7 A; 1L0L K; 4PD4 I; 3G64 A; 4MOU A; 5CCG A; 2YO3 A; 1N7S B; 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